2AVVA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAISTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avvA00
5P22A 4B1CA 3S53A 3O9BA 2VNMA 5P3JA 4OD9A 3ZKSA 5COPA 2I4QA 5P60A 4Y41A 3PCZA 1UH9A 4MC9A 4B72A 3OTSA 2QNNA 5OZTA 2I0AA 4PHVA 1D4YA 1HPOA 5IVRA 5ENKA 3BXSA 4EHCA 3IA9A 1LF3A 1HOSA 2RKFA 4Y38A 2RENA 3CICA 5P02A 3QROA 5P0UA 2Q5KA 1D4JA 5AH7A 4ZE6A 4M8XA 5P1NA 3ZKQA 4OBGA 1PSAA 5KR0A 4FM8A 5P4FA 4Y3HA 5P6SA 1ODYA 1C6XA 3QAAA 1W5WA 3T3CA 2JYSA 5KOSA 1MRXA 3O9AA 5P3CA 3SA3A 4Y4DA 2G1SA 1HPSA 2V00A 2OF0A 3EKXA 3SAAA 1XE5A 1MERA 5P7BA 2OHRA 1AXAA 5P55A 1DAZC 5P87A 2JXRA 2P3AA 2P3CA 5OZSA 5P1VA 4F76A 1SBGA 4ZLSA 2NR6A 5P3AA 4R5NA 2IL2A 2P8HA 1M0BA 2Q64A 1K6PA 5OZHA 5P75A 4R95A 4Y57A 5P58A 3UDMA 3JW2A 5ENMA 1IDAA 1YTJA 2WF0A 3S45A 1ZBGA 5P8NA 3WB5A 4Y5GA 1K6TA 4FGXA 5OZ0A 4DJPA 2OHSA 5P2MA 1B5FB 3D3TA 5P7QA 2ZHTA 2FXEA 5P1AA 4QJ8A 5P2WA 5P1HA 5P73A 4A6BA 2V0ZC 3IGBA 5P3HA 3O9LA 1Z1RA 3O9GA 2R5QA 1SDUA 4NPTA 3NDUA 4DI2A 5OYSA 1HTRB 4K4PA 5P6FA 3SA6A 4OC6B 3EMYA 4WY6A 3SLZA 4IVSA 1TQFA 3L58A 5P62A 5P78A 3UF3A 2FNSA 3OY4A 5P13A 3SPKA 1WBKA 2VIZA 5P5UA 2I0DA 3EKYA 3LZSA 3FX5A 1MUIA 4EQJA 5P8QA 1KJHA 5OZFA 5P1XA 3O9CA 5P6YA 2VA7A 5P4TA 5P8SA 3TNEA 1GNMA 1Q9PA 2AVQA 3CKTA 3M9FA 4X2LA 5P56A 2ZJNA 5P1DA 4ZIPA 3KMYA 3L38A 4CKUA 2SAMA 5P8DA 2ZGAA 1BWAA 1KJ4A 5P7VA 3ZOVA 2PSVA 7UPJA 1ZPAA 5P28A 3NXEA 4PYVA 2CEMA 5IS4A 5P2FA 3UHLA 2I1AA 2PSUA 1APWE 2CENA 4PPHA 2QHZA 4XXSA 1B6PA 4B78A 1MT9A 4K4RA 2H6TA 5I3VA 2IRZA 1LZQA 4R93A 3IXOA 3HW1A 5HDXA 4Y35A 4Y3MA 2NPHA 5P3VA 2OHLA 2WJOA 2QHCA 2FDPA 5P4YA 4ZSPA 2B7FA 1T7IA 4A6CA 5SXNA 5P8RA 4Y5EA 4Y3FA 3I6OA 1MT8A 2QZLA 4GJ5A 3NWXA 3HAUA 5OZKA 1EPOE 4J1EA 1BV9A 5P1WA 1IDBA 4H3IA 3KMXA 3VYEA 4RVIA 1EEDP 5P7MA 1MRWA 3BUHA 2AOCA 2O4PA 4LAPA 2XYEA 4YD6A 5DQ2A 5P2SA 5P7EA 1G6LA 4Y45A 2QI6A 4J1IA 3SACA 3TLHA 5P4QA 1IBQA 1IVPA 1NPAA 4KE0A 4Q1YA 1FMBA 2ZDZA 4J1KA 5P0KA 5P0OA 5P5EA 4RROA 5COOA 5P83A 3EM4A 2O4KA 4Y4JA 4R91A 5C9DA 3KYRA 2QI5A 2VJ7A 2OHQA 9HVPA 1E5OE 3ST5A 4J5JA 1B6MA 4D8CA 1RV7A 2G21A 5P35A 3UDQA 5P1ZA 1SGZA 2OHMA 5P0ZA 5E5KA 2OAHA 4EJLA 5P4WA 2AOGA 5KR2A 1UH7A 3OUCA 4GMIA 1HBVA 5OZGA 1AZ5A 5P0CA 3NU5A 3Q3TA 5P46A 2O4LA 3G6ZA 4K4QA 5T4SA 3VCMA 1AAQA 2QD8A 1W50A 4U7QA 3OGQA 3BRAA 2AOEA 2WL0A 5P3PA 3L5BA 2Q54A 2FGVA 1BXQA 1RPIA 5P2OA 4Y3RA 4OC6A 4B1EA 3SQFA 7HVPA 2BJUA 2F3KA 5P17A 1SMRA 5HE5A 5PEPA 5P7SA 3D1ZA 1E81E 2AVVA 2QNQA 3RTNA 1LYWB 1NPVA 1HEFE 2P3DA 4L7GA 4LC7A 1BVEA 1FQ5A 4ZSRA 2R43A 5P4SA 3OK9A 5P24A 4Y56A 2AQUA 2QAKA 5P2HA 3ZKGA 5OZQA 5P0EA 3T7QA 5P0HA 3VF3A 4COEA 5P6RA 3EKPA 1HVSA 1K2BA 3LIXA 3R4BA 5OZ3A 5P5RA 8HVPA 5P68A 5P6WA 3K5FA 2XFJA 2QNPA 1HSGA 1HSHA 5ISKA 5P4NA 5P3SA 2ZHUA 2PMAA 3QVCA 5P8UA 4FE6A 4LBTA 3PBDA 4HE9A 4CPWA 4QLHA 4Y5NA 5P8HA 4Y3AA 5DR3A 4CPXA 3URLA 5EZXA 2FXDA 1MEUA 3LIVA 5P8MA 5P3LA 4EP3A 5P6KA 5P4DA 4APEA 5ISJA 2F80A 2F3FA 5OZRA 4J1HA 3PVKA 3DCKA 1PPKE 1EC2A 4Y47A 5SY2A 3INHA 5AH6A 1FG6C 4I1CA 5JODA 3UDNA 3UCBA 3NU4A 2OHPA 3GGVA 5P6XA 3OUDA 4RVXA 1A94A 4Y4BA 4Y4TA 1ER8E 5P08A 2RKGA 3OU4A 2ZE1A 2OHKA 3TKGA 4XKXA 4DQBA 3N4LA 3FNTA 5P86A 3EC0A 5P89A 3PM4A 4J0TA 1BWBA 5P5JA 4DQCA 4PZXA 5OZBA 1FKNA 4APRE 4L6BA 1QBRA 3WZ6A 4Y3TA 3SA4A 4NKKA 1BAIA 5P6BA 5OYXA 2MIPA 1BDRA 2BKSA 2ER6E 4L1AB 4ER1E 3DUYA 1J71A 4GJ6A 3KA2A 5P0QA 2J9JB 1EAGA 5P1QA 4TRZA 2NXDA 3SA8A 3KDDA 4Y5CA 5P47A 4HZTA 5P23A 4HDFA 1C6YA 1ODWA 2G24A 4B70A 5I70A 2G27A 2QI1A 4FCOA 3SFCA 4Y44A 4HEGA 2BQVA 3R0WA 5P80A 5P3EA 3T7XA 4Z50A 3ZKXA 2QI3A 5P8CA 1F34A 3NDWA 4DQHA 2R3WA 1SIVA 4I0IA 3C9XA 4Q5MA 2O4NA 1BILA 5C9BA 4XX4A 2BBBA 5DQ4A 4I0DA 4I0EA 3UFNA 1HSIA 4LXKA 1F7AA 1APUE 5P5IA 5P6CA 1PFZA 2PK5A 1SDVA 4B77A 4TRYA 2ANLA 3QIHA 4I0HA 1EPLE 2AZ8A 5P2VA 5KQFA 5DQCA 1BVGA 1EPME 5HE7A 5P5WA 5OYTA 5P57A 3KT5A 3VYDA 5P5XA 5P2UA 2Q15A 3IVIA 1QDMA 4GJ8A 5BRYA 3TH9A 1GNOA 5P1PA 4HDPA 1LYWA 5P33A 5P4GA 5P67A 5OYYA 2ER9E 5P1FA 3OQKA 2AVMA 1SMEA 5P5KA 3Q4BA 2ZYEA 3QRSA 1ZTZA 2RSPA 3VSWA 2QI0A 3HVPA 5P4ZA 3DCRA 3UQPA 1ZAPA 3K5CA 5P16A 3VFAA 1HVLA 3DV5A 4GYEA 4PZWA 3CYXA 1SIPA 2V13A 5P5SA 1M43A 4GJ9A 4RCEA 1E80E 5P37A 1XE6A 4KB9A 5P8GA 5ER1E 4Y4ZA 3DM6A 4XX3A 3OOZA 5OZ8A 3H0BA 3VEUA 3K1WA 2IENA 5DR7A 3HLOA 3K5GA 3OQAA 1EC3A 3EBZA 4AUCA 1QBUA 3L5DA 5P4CA 2AZBA 1B11A 4FRSA 2ZJLA 3QPJA 5P4RA 5P0GA 2QZWA 4YOBA 1GVVA 2P3BB 2NTRA 5P1MA 5P64A 2B7ZA 3FSMA 1IVQA 2QU2A 3DJKA 1AJXA 2G94A 3EKVA 4Y3DA 5OYQA 3QI1A 5P2TA 1ME6A 5OZNA 4ACXA 4FRKA 5P14A 5P84A 2I4VA 1HRNA 3OWNA 1IIQA 2HM1A 5P76A 3GI6A 4B05A 5OZCA 3PGIA 3EKQA 2V10C 2BPZA 4Y50A 3S7MA 1FQ6A 1KJGA 2G1YA 5P6GA 3QN8A 4RZ1A 4Q1NA 4BFDA 1XDHA 1EC1A 1HXBA 3OHHA 4I8ZA 3EL9A 3NR6A 4Y3WA 5P0AA 4LXAA 1LF4A 2QZKA 3VLBA 5P0PA 3GGAA 3LINA 4DJVA 4L1AA 5P2JA 3TPRA 1ZLFA 2ZJMA 2ASIA 3SKGA 5E5JA 4YCKA 2J9JA 4ACUA 4EYRA 1M4HA 3VG1A 3IN4A 4OBFA 1XL5A 5P7LA 4MC1A 5P3FA 1TW7A 3ER5E 5P50A 3PRSA 3PSUA 3RU1A 1GKTA 1W6HA 4FRJA 1LYBB 5P8VA 5OZ4A 3WB4A 5P8EA 1MTBA 1K6VA 3OXCA 4E43A 5DR8A 2AIDA 3HVGA 4LP9A 2VS2A 1Z1HA 5P77A 5OYWA 1MVPA 1U8GA 2I4XA 4Y5AA 1PSNA 5P2IA 5P1IA 5KQXA 1PPLE 2Q11A 3OAGA 3ZPTA 2QD7A 5P59A 3ZKIA 2NMYA 5OZZA 5KQYA 1HVJA 5P7FA 5P0MA 4RYGA 3OHFA 1N49A 4EXGA 1E82E 2AZ9A 3HZCA 3FKTA 3D1YA 2R9BA 5P1LA 5P26A 3OQ7A 5P52A 1A30A 4OBDA 4Y3QA 3Q5HA 3UDYA 5P3XA 1XN2A 3QS1A 5P1BA 5P6AA 3PI5A 4H3GA 5P7GA 2A1EA 4BELA 5P3DA 4DV9A 4Y3XA 4J54A 5P34A 4YA8A 5P0TA 5P48A 3CMSA 2WF3A 2B42A 3DOXA 4YD4A 2R5PA 4JPCA 3UQUA 2HAHA 2G1RA 5KQZA 3MWSA 1HIHA 4FAEA 3VUCA 2OHUA 3NU9A 3R2FA 3UFLA 3U71A 3O9IA 5SY3A 3KDBA 2I4WA 4LHHA 2G1NA 3K4VA 3NUJA 1FGCC 3NDTA 1LF2A 2XFKA 2PK6A 3ZLQA 1PPME 5P3UA 5P8OA 4OBHA 5P2QA 3GI4A 1TSQA 3F9QA 4Y5BA 1ODXA 4DJOA 3H5BA 4Y48A 4F74A 4A4QA 3CKPA 2R38A 2FDDA 3S7LA 5AHBA 3GI0A 1KZKA 1HWRA 2Q63A 3TPJA 4FRIA 3UDHA 3AIDA 5P2EA 2WECA 3EL5A 4HLAA 1EPNE 5P4EA 2BPWA 5P4OA 1BIMA 4J17A 5P69A 5SZ9A 4R8YA 4DJWA 5JFUA 1DMPA 4Y6MA 1UH8A 1HTEA 4U8WA 4Y37A 3NSHA 5P8PA 5OZXA 2QI7A 1TCXA 3MSKA 5P2DA 3A2OA 5P10A 3BUGA 4OBJA 2JE4A 5P1EA 4WTUA 5OYRA 1EPQE 2FGUA 2APRA 3LZUA 5OZPA 3MXDA 5P4LA 3WZ8A 5P3RA 5OYUA 5P1TA 5P7NA 2PYNA 2QMFA 1B5FA 4YDGA 2O40A 2G26A 5P05A 4QGIA 5KAOA 2F3EA 5KR8A 5P2KA 5P2LA 3URJA 5P72A 2VNNA 4I0GA 1D4KA 1LV1A 2B8VA 3KN0A 5P65A 5P31A 1RNEA 4AMTA 2ZJIA 1MESA 3JVYA 4Y39A 5P01A 5P0YA 3OXVA 3GI5A 5B18A 1Z8CA 2Q55A 5OZYA 1W5VA 2WEZA 1SDTA 5P81A 3WZ7A 1HIVA 3OQDA 5HU1A 3BGCA 5DQ5A 3Q70A 3GGUA 6APRE 4DQGA 4S1GA 1LYBA 1GNNA 4F73A 4ZEAA 5CLMA 4YOAA 3VLAA 3RTHA 1OHRA 5ER2E 3S43B 5P29A 3MSJA 1GVUA 2BB9A 1LEEA 3TTPA 5AGZA 4DJQA 1QBTA 5HTZA 3QRVA 1EBYA 3LIZA 3OADB 3PWMA 3IAWA 4YDFA 2FMBA 1B6JA 2QK5A 2G20A 5BWYA 2V16C 1NPWA 4OD9B 1LS5A 2ZJKA 2ZHSA 4YE3A 5DR4A 1MPPA 5P6OA 3I8WA 1ZSRA 5P0RA 5P7JA 3INDA 4GJAA 5P5BA 4U7VA 3HD8A 5P5NA 5P6NA 3APRE 3L5CA 4Y3GA 1YTIA 5HVPA 5P4MA 5P3NA 5P61A 4EP2A 3PJ6A 5P1CA 1G2KA 4QJ7A 3UPJA 2VIEA 5P6JA 3EM6A 3PSGA 4B00A 5OZ6A 3PMUA 4LL3A 5P66A 2VA5A 5P3GA 3T7PA 3RVIA 3MSLA 5P85A 5P6PA 4FL8A 2ZHRA 5P6QA 3L59A 3O9HA 3S8IA 5P36A 5P25A 1BDLA 2R3TA 1SH9A 1SP5A 3OOTA 5OZVA 3PBZA 5P51A 4Z4XA 5P0IA 2JJJA 5JG1A 1T3RA 5P8BA 3O9EA 2ZJHA 2B8LA 1ZPKA 3LITA 4HVPA 3O9LB 2P83A 4RYCA 5OZJA 2HPEA 1TZSA 5P4BA 4ER2E 2G22A 5OYZA 4ZPFA 4Z2ZA 5P27A 3NDXA 4Q1XA 2NXLA 5P1GA 5P7TA 1YG9A 3EM3A 5P03A 3QP0A 3NYGA 1FQ4A 3LIYA 5P6MA 3ZMGA 4Y4XA 5P5VA 3CYWA 1YM2A 5P6LA 3OU3A 2HIZA 3LZYA 5P6HA 5P45A 5P38A 4Y4UA 4Y5KA 4BFBA 3ECGA 2B60A 5P88A 5J25A 5P79A 2IQGA 5HDZA 3EL0A 1YM4A 4Y51A 3SA5A 4DFGA 2AOHA 2UXZA 5P6ZA 2IKOA 5P82A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P22 A;  4B1C A;  3S53 A;  3O9B A;  2VNM A;  5P3J A;  4OD9 A;  3ZKS A;  5COP A;  2I4Q A;  5P60 A;  4Y41 A;  3PCZ A;  1UH9 A;  4MC9 A;  4B72 A;  3OTS A;  2QNN A;  5OZT A;  2I0A A;  4PHV A;  1D4Y A;  1HPO A;  5IVR A;  5ENK A;  3BXS A;  4EHC A;  3IA9 A;  1LF3 A;  1HOS A;  2RKF A;  4Y38 A;  2REN A;  3CIC A;  5P02 A;  3QRO A;  5P0U A;  2Q5K A;  1D4J A;  5AH7 A;  4ZE6 A;  4M8X A;  5P1N A;  3ZKQ A;  4OBG A;  1PSA A;  5KR0 A;  4FM8 A;  5P4F A;  4Y3H A;  5P6S A;  1ODY A;  1C6X A;  3QAA A;  1W5W A;  3T3C A;  2JYS A;  5KOS A;  1MRX A;  3O9A A;  5P3C A;  3SA3 A;  4Y4D A;  2G1S A;  1HPS A;  2V00 A;  2OF0 A;  3EKX A;  3SAA A;  1XE5 A;  1MER A;  5P7B A;  2OHR A;  1AXA A;  5P55 A;  1DAZ C;  5P87 A;  2JXR A;  2P3A A;  2P3C A;  5OZS A;  5P1V A;  4F76 A;  1SBG A;  4ZLS A;  2NR6 A;  5P3A A;  4R5N A;  2IL2 A;  2P8H A;  1M0B A;  2Q64 A;  1K6P A;  5OZH A;  5P75 A;  4R95 A;  4Y57 A;  5P58 A;  3UDM A;  3JW2 A;  5ENM A;  1IDA A;  1YTJ A;  2WF0 A;  3S45 A;  1ZBG A;  5P8N A;  3WB5 A;  4Y5G A;  1K6T A;  4FGX A;  5OZ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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