2AYSA

A conserved non-metallic binding site in the c-terminal lobe of lactoferrin: structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with n-acetyl galactosamine at 1.86 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title A conserved non-metallic binding site in the C-terminal lobe of lactoferrin: Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with N-acetyl galactosamine at 1.86 A resolution
rcsb
molecule tags Transport protein
total genus 111
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2aysA02
2ONRA 3R7XA 4IO5A 4ZE8A 2Z22A 4LVQA 2H25A 1B3EA 2F6PA 1QKBA 3M8UA 3I6VA 4RXLA 3VDFA 3W9VA 4NF5A 3RPWA 2HQ0A 1USYH 2OCUA 3K6UA 2DSFA 1M5BA 1DPPA 5J1DA 3WAEA 1LB8A 3HV1A 2R6GE 5AA4A 3U8QA 2DS9A 2XD3A 3PD9A 2CZLA 4RPNA 3PPNA 1RKMA 4R75A 1PDAA 1HSJA 4F3GA 4GFRA 3TTMA 4JSDA 2AL5A 3KG2A 2I3WA 2ZNTA 5AA2B 3KSJA 4U1ZA 4G68A 3JYRA 4RK9A 4I62A 2H9BA 1Y4TA 3RN8A 5H8SA 3EPEA 2FA7A 2H98A 4ZDMA 5DVIA 4BDMA 3QIMA 3GLBA 1IXHA 4GLIA 3CG1A 3C34A 2KLFA 5I58B 4F31B 1D9YA 4P0IA 3FASA 1VR5A 3IO4A 4Q30B 3SEVA 2RC7A 4C0RA 4H65A 1JNFA 4ELOA 2NUVA 2OJTA 2ZYKA 4FIMA 4DXCA 3UGWA 3OO6A 4F1UA 4MLQA 4F1YA 2RF1A 1DTGA 3LSLA 4IO3A 1Y9UA 4YAHX 2PVUA 2I6EA 4NF5B 3TZAA 1BTJA 1JEVA 3BKIB 1UTHB 3OEKA 2Y84A 2XXPA 2M8CA 3IK6B 2A5TB 1Z7ME 3KEIA 3MZBA 2I3VA 1POY1 1AIVA 1H44A 1M5DA 3LSWA 4OTEA 1L5TA 1SI1A 3KFMA 1M5FA 4LZ8A 1GGGA 4PQJA 5F7VA 4XKNA 3ZKKA 4EXKA 4R6KA 5L8DA 3RUMA 5DEXB 1H76A 5CI5A 2H4IA 4G68B 4F2OA 4QFPA 5DYHA 3TEPA 4GL8A 3CFLA 1M5CA 1M5EA 4PFUA 5I56B 1H45A 5K2YA 4H8IA 5TP9A 3E3KA 4AB5A 4OVJA 4ECFA 1P1NA 1I6BA 1EZ9A 2OZZA 1B0HA 1NNFA 1MXYA 3Q29A 4IGRA 1FQDA 1USYE 1NKXA 5H8NA 1OVBA 3N94A 1MY0A 4HS7A 3Q28A 4K3FA 4H67A 2ZMBA 4FEDA 4BDRA 2V3TA 5CMKA 1LAXA 4ZECA 2F34A 5FHNA 1JVXA 3U92A 2HEUA 3PUZE 1NH7A 3C9HA 4X9TA 3V5AA 1YPNA 4QSEA 4LA9A 1HSEA 3DP8A 1XS5A 4MFIA 4YB6A 3PPRA 4OFJA 2F78A 1LBCA 2LAOA 3IR1A 3MZ1A 1B32A 4U2RA 2XD2A 4OXVA 5KDTA 1SD3A 3OO9A 3O2AA 4DE8A 1Y1ZA 2VD3A 3K6WA 3Q26A 4X1BA 1RYXA 1UQWA 4ONYA 3PPQA 4KYSA 3SEXA 3R6UA 4YICA 2Q88A 2DWIA 3UK4A 1QJMA 1WDNA 1P99A 1FTKA 1WVJA 2ALUA 4ZZEA 4H1XA 4YU0A 5L9SA 2YPNA 3THIA 5HM4B 2VOZA 3EN3A 2VGQA 3O6GA 2Q2CA 4G8NA 4XIGQ 4UA8A 4XKPA 2XX9A 1FW0A 5I59B 4R2BA 1EH3A 2H5YA 4H5FA 3K02A 1F9BA 1R1NA 4F19A 3VE1B 4GRKA 4KD5A 2P2AA 4IO6A 4ZEBA 4OERA 1MXXA 4G2ZA 5LOMA 1TWYA 4FJPA 3M3FA 1IXIA 1MH4A 1RYOA 4THIA 4JWOA 1OQHA 2D3IA 1MQDA 4FEBA 1CE2A 4NF8A 2XX7A 3C32A 2RCAA 1US4A 4ZEKA 2D21A 1FTMA 1S7YA 1B3FA 1P1UA 5L9OA 1JETA 4F22A 4N13A 3S4UA 2ESNA 4KI0E 3T9XB 2I49A 1QKAA 4WXJA 4OEUA 2O7IA 3E4RA 4PETA 2OK2A 4GL0A 5FTIA 4MF3A 4FE8A 3LR1A 5H8QA 3DELB 1IITA 2DE4A 1JQFA 1B7ZA 4AB6A 2X7QA 5EHSA 3U94A 4IY5A 3K4UA 2V3UA 2HXWA 3FVNA 2F7BA 2YJPA 3F11A 2B3FA 3KZGA 2REJA 2V3QA 4PFYA 3TAJA 4LONB 3MPLA 1Y3QA 4PFWA 2ZYNA 1US5A 4ELPA 2VD2A 3RLFE 3S9MC 4NE4A 3PMVA 3S9NC 2RC8A 3I3VA 3EQ1A 4RNSA 3S9EA 4GWOA 1MY1A 2E0SA 1I69A 2ONKE 2XXTA 2AYSA 2XXVA 1T0KA 3LUYA 2G93A 3D4CA 5AA3A 3TTNA 5DT6A 4TOZA 1MH3A 1DTZA 4GF8A 4QFNA 4U4SA 2DE3A 4IB2A 5K2XA 2UXAA 3CR9A 3C33A 4U4XA 2XXXA 4G8MA 5IKBA 2HAVA 4C1UA 5BWJA 5HPQA 5H8QB 4NMYA 2I0CA 2I4BA 5JEIA 2O68A 1B05A 1NL5A 1Y1MA 4OFLA 4OHNA 3A09A 4F3BA 1FQEA 1P1OA 4O3CA 3MC2A 2UVGA 3VLUA 3U93A 3HHGA 1B5HA 4GIZA 3FATA 3OO7A 3CIJA 1H43A 3DLNA 3G3FA 4P11A 2Y7RA 2I48A 3WAFA 4TLLB 4MBPA 3N5LA 4E0XA 2GRVA 4NTLA 4F2QA 3N6TA 2PT1A 3H6VA 3LBSA 1Q35A 1MPCA 4HW8A 5KCJB 2F8DA 5IAIA 4YB5A 1B4HA 3PUYE 1MQIA 2DVZA 3S9LC 2QS4A 4QRZA 1O63A 2Y7KA 3O9PA 1ZIUA 2ZYOA 5H8HB 4ZE9A 2F7AA 1SDXA 2YLNA 4DXUA 3MVYA 3D4GA 1A40A 3TTRA 1ELJA 5TU0A 4LQ2A 2OLBA 5FTHA 3FIRA 1SW1A 3FJGA 2ANJA 1SYIA 1JW4A 1LSTA 4R74A 3KOSA 4E0WA 1YAEA 3KN8A 2OWTA 4X1DA 3TDJA 3GBAA 1N7WA 4KFQA 1NFTA 3G3JA 5BUUA 1S9TA 4LP2B 1IZ1A 2REGA 5AA4B 3CVGA 5TPAA 1N7XA 4H5GA 1IXCA 1B5JA 5CRYA 5ELVA 3KGCA 1CB6A 2DXRA 4KHZE 3CRBA 4YKKA 1B3LA 1FTJA 1TFDA 3LC8A 3A3UA 1IUDA 3FD3A 4JWXA 4XTCQ 3V8XB 1OLCA 2UVJA 2UYEA 1FTLA 3K00A 1URSA 3FUZA 3VXCA 4DLDA 3MP8A 2AL4A 3GZGA 4MH5A 3H06B 3K0VA 4I8CA 3HCQA 3U72A 4NWCA 3FVOA 4NF6A 1Y20A 3TELA 3GXAA 4IO2A 1D4NA 3OEMA 4FECA 1MG1A 3OSRA 3L6GA 2PT2A 4JXIA 4NWDA 1MS7A 1VFEA 2DWJA 1GV8A 1YTVA 1LFIA 1XHYA 3UA8A 3TTKA 3CG3A 3RQTA 4GQOA 1BLFA 3QYTA 1QVSA 4DXBA 3TCGA 4NEDA 3MUQA 3DP4A 4XKRA 3TKDA 2QRYA 4FORA 1FTOA 1B7HA 4OFOA 1EZOA 4KYDA 1LGBC 5M2VA 3H7MA 5A5XA 2P0SA 1ATGA 4U1OA 3QUFA 4BDOA 1O64A 2DVCA 3QSLA 2ZYMA 3IOUA 4HCYA 4M1VA 2QS1A 4F3SA 1LCFA 3N6UA 1VFDA 3RNNA 5CBRA 5DVFA 3T96B 4R2FA 1BKAA 3G7WA 4FATA 1ZJLA 1R9LA 3KN3A 2B3BA 2GHBA 2F35A 3K01A 1QW0A 3O29A 5TP9B 3FGSA 4NF6B 3KBRA 3IOWA 2UVIA 4F1VA 5CBSA 5JTYA 4HCWA 2IA4A 4JDFA 1B0LA 2X26A 2NXOA 1O7TA 2R9JA 5H8NB 1JW5A 3EHUA 1B40A 2XXYA 3MVXA 3QXMA 3M3KA 4IO7A 4G8HA 3O97A 2PX1A 3TMGA 4ND9A 3G3HA 4UACA 2RINA 1TFAA 1A7LA 5FHMA 3IJOB 1IXGA 3FJ7A 1UIUA 2XXWA 4IO4A 4DIGA 3IAZA 1R9QA 1TXFA 1B7UA 3TCHA 2ZNUA 4ZZAA 2Y7WA 3UN6A 4ELRA 3SESA 4R6HA 1BIYA 1MQGA 3KN7A 3L6HA 4NF4A 2G29A 3IB0A 3FXRA 4MLVA 3SETA 4KCDA 1ZKBA 3BFTA 3MZ9A 5KDTB 2PBWA 3IJXB 1N3WA 3LSXA 4OQOA 2O7UA 1DSNA 2Z8EA 2QMWA 3RTWB 3VXBA 1QULA 3SKPA 4H6DA 1WODA 1Y3PA 4JWYA 1MPBA 3TCFA 3VVFA 5JTYB 2F36A 1MY2A 2ONSA 3TQLA 5B7DA 1DOTA 2CMOA 4XKQA 1IIWA 4RY1A 1LFGA 1Z7NE 4PE5B 4DDDA 5I2KA 3K6VA 1URGA 2HCAA 1JW1A 3CSBA 5ICTA 4U23A 3OELA 1OMPA 2Q9TA 5EYFA 4ZS9A 2XXIA 4POWA 4U21A 3PU5A 3W15C 2DQVA 1MXUA 3RGYA 3S2VA 4RPOA 3IOVA 4WEPA 5B70A 2RKMA 1I6AA 1MQHA 3FXQA 3K1PA 3PUWE 2GH9A 4XXUA 3W9WA 1B51A 2QSXA 5L9MA 2QS3A 1XT8A 1FCKA 3SEUA 4NF8B 3FVKA 1A8FA 2DOJA 3SEWA 2QJEA 2DWHA 1SBPA 3TQWA 3K6XA 3B6QA 5FHOA 3ONMA 5ITPA 3AXFA 3B6WA 3CFXA 1FQCA 1JVYA 3VVEA 5HBCA 3IOTA 3T9HB 1TT1A 2BJJX 1IEJA 3T93B 3A3CA 3TPAA 3QK6A 4X48A 5AA2A 2V25A 3JV9A 1LB9A 1A99A 3MWBA 1QUJA 2O1MA 3OD7A 3UIFA 3OO8A 2DP8A 3FV1A 3IB2A 3T9VA 2B65A 3LSFB 2FYIA 1B2HA 4O3BA 4IGTA 3PPPA 4POXA 4Q5TA 1XC1A 2NVUB 3I5OA 4RK2A 5I84A 2O6AA 1MDQA 1ZBMA 3G3GA 3IO6A 3RTFB 1N3XA 4ELQA 4YKIA 2O69A 3G3KA 4EQ7A 2Z23A 3BFUA 5AA1A 2QS2A 3VV5A 1B6HA 1P1QA 4F3PA 2HZKA 1B46A 1BP5A 3ZKLA 3ZS6A 2VHAA 1MXWA 3MP1A 1UTHA 1LFHA 4G68C 2RCBA 1PB9A 2A5TA 4M4GA 2XXRA 3B7DA 3MW0A 4EXLA 4OMBA 2HZLA 1ZMGA 1PB8A 1UTBA 2XX8A 3HSTA 3PMWA 4F18A 3TTLA 1XVYA 3DM0A 3RY3A 4YKPA 5DEXA 4EUOA 3OOAA 4PP0A 4P0GA 4KYEA 5EHMA 4YZZA 4EQ9A 4OYVA 4IY6A 1ANFA 5CMMA 4KR5A 4H8JA 4RA1A 1B1HA 3C36A 4R6YA 5I56A 4N6PA 2I0BA 1SW5A 3OSQA 5CM6A 4G77A 1SW4A 4F39A 2P1SA 3JZJA 4LZ5A 3H03A 1FQAA 4DCXA 4G4PA 3PPOA 5DTBA 3H3GA 4BLAA 2V84A 4LZ7A 1XOCA 4U22A 4BDNA 1JEUA 1B3GA 3GBBA 3FZVA 4JSOA 3EHTA 3VLVA 4KQPA 2Y7PA 4C1TA 1ZTYA 1MQJA 3KJTA 3K1MA 1AL3A 5F1QA 4DZ1A 2HFBA 4GVOA 3T9UA 3KSXA 3USDA 3ECRA 3FVGA 3PUVE 3FV2A 3ODBA 4LATA 4N07A 1OQGA 2PMSA 1P1WA 3IB1A 3MQ9A 3SDFA 2DWAA 2ZNSA 1UTBB 4H0WA 2ABHA 4Q0CA 2D5WA 3KOTA 1FQFA 3H6WA 3K2DA 4R73A 3IL1B 2NWJA 1MXVA 1GTKA 5ICQA 2O1LA 4Q8RA 1J1NA 4R9GA 3FXUA 1R6ZA 1AH5A 1B58A 3BBRA 4YMAA 4QFOA 5AA2D 3K1NA 2Q89A 2V93A 1A54A 2Z8FA 1DMBA 4YKJA 2O84X 3OMBA 2XHDA 1MXZA 3M3LA 4GXAA 3OXNA 5TPAB 3VFJA 3V89B 3QAXA 4OWDA 4WEDA 3E13X 3PGFA 4OETA 1EU8A 3H4ZA 5I59A 2UVHA 1MY4A 3MJNA 1KWHA 3CSGA 3T66A 4QHQA 4KPTA 4EQBA 1LCTA 3G3IA 3C4MA 4QSCA 3MP6A 4I9DA 4ZEFA 3RT8A 3PMXA 3HN0A 4GXSB 1FQBA 4GD5A 1SYHA 3HPIA 3TODA 5I2NA 2I58A 3ILTB 1H3DA 1S50A 1OIBA 3IORA 4QF9A 2VP1A 3HHFA 3DP6A 3MAMA 3UORA 4QFLA 1DPEA 4KCCA 1QUIA 1A8EA 3HO7A 3N26A 3RT6B 3VLWA 5CMCA 3CFZA 2PYYA 1AOVA 1B4ZA 3IX1A 4YB7A 2IEEA 3CI8A 4GOTA 2F5XA 3ILUB 4BDLA 3FJMA 1Y3NA 3TYHA 2WKYA 4OEVA 1YCJA 1N76A 2THIA 4OZ9A 1GVCA 4FAJA 2Y7IA 5A5XB 2UYFA 1MDP1 5CMBA 3U1OA 2QL3A 3QUJA 2Q2AA 4TLMB 4EF1A 3TUSA 5H8FA 1LLSA 2XXUA 1NNKA 3R26A 2Q8JA 2FNCA 1MY3A 3PV0E 1N0TA 1B5IA 4Z0IA 1XVXA 1N84A 2XXQA 4DCYA 3VVDA 3B6TA 3C35A 3H6UA 3O28A 2OBGA 2RC9A 3P7IA 1B1XA 2HAUA 3EF7A 3PUXE 5I2NB 1SQYA 3O6HA 1AMFA 1PB7A 2H99A 4PFTA 1LAFE 2F7CA 1PEBA 4O3AA 3Q27A 3ZSFA 2I4CA 2QPQA 4F29A 3MVWA 4EDPA 2Z8DA 1B9JA 5ISUA 1D3KA 1HSLA 1ZU0A 4EF2A 5I57A 2QMXA 3MPKA 1QUKA 1MM7A 1ZLQA 4RYAA 1II5A 4YMBA 5DVJA 4ZEIA 4R9FA 4OENA 4QSDA 1OVTA 3MVZA 2W7YA 2DE2A 3T22A 2E1SA 1LAHE 1LBBA 2F6GA 3SEYA 1POTA 4ISUA 3PD8A 5ITOA 1PBQA 2XXHA 4ZEDA 1A55A 3C31A 1MRPA 4ESXA 4NF4B 1PBPA 1SVXB 5H8FB 2DYXA 3MBPA 3EHSA 1B3HA 2GFEA 3O66A 3TFLA 2GHAA 4JB7A 1Q1KA 5CC2A 2A5SA 2F97A 1EZPA 1NNTA 1IQ7A 4WKMA 4LQ5A 3E9XA 3SERA 1N04A 4QFKA 3KJ7A 3UP9A 1PC3A 5AE4A 1UIVA 2X7PA 1OLAA 5KZTA 2OWSA 4BDQA 3OENA 2NOOA 1SI0A 4RJZA 5KCJA 5I2KB 1URDA 1Y4CA 3O6IA 2ZXTA 5I57B 1NMUA 2R71A 4R72A 2AIXA 4LUBA 4L17A 1VE4A 2DXYA 4AQ4A 1GR2A 4TQUQ 1VSOA 5JK4A 1MPDA 4Z7EA 1D9VA 1MM6A 5H8HA 1NH8A 1I6QA 3V83A 4HTGA 5I58A 1B52A 3H6TA 2O51A 4ESWA 4I1DA 3Q25A 1LAGE 1SW2A 4OESA 1NNPA 4JBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ONRA 2XA5A 3R7XA 4IO5A 4ZE8A 1FPLA 2Z22A 4LVQA 2H25A 1B3EA 2F6PA 1QKBA 3M8UA 3I6VA 4RXLA 3KC0A 4P1LA 3VDFA 3W9VA 4NF5A 5EYHA 3RPWA 4FBPA 4UABA 2HQ0A 1USYH 2OCUA 3K6UA 2DSFA 1M5BA 1DPPA 5J1DA 3WAEA 1LB8A 3HV1A 2R6GE 1KA0A 4MNCA 5AA4A 3U8QA 2DS9A 2XD3A 1FTAA 3PD9A 2CZLA 4RPNA 3PPNA 1RKMA 4R75A 1PDAA 1HSJA 4F3GA 4P56A 4GFRA 3TTMA 2WBDA 4JSDA 2AL5A 2GQ1A 3KG2A 2I3WA 2ZNTA 5AA2B 3KSJA 4U1ZA 4G68A 3JYRA 4RK9A 4I62A 2H9BA 1Y4TA 3NOHA 3RN8A 5H8SA 4X04A 1FJ6A 3EPEA 2FA7A 2H98A 4ZDMA 5DVIA 4BDMA 3QIMA 3GLBA 1IXHA 4GLIA 3CG1A 3C34A 2KLFA 5I58B 4F31B 1D9YA 4P0IA 3FASA 1VR5A 3IO4A 4Q30B 1YYZA 4MHFA 3SEVA 2RC7A 4C0RA 4H65A 1JNFA 4ELOA 2NUVA 2OJTA 2ZYKA 4FIMA 4DXCA 3UGWA 4PE3A 3OO6A 4F1UA 4MLQA 4F1YA 2RF1A 1DTGA 3LSLA 4IO3A 1Y9UA 4YAHX 2PVUA 2I6EA 4NF5B 3TZAA 1BTJA 1JEVA 3BKIB 1EYKA 4MAGA 1UTHB 3OEKA 2Y84A 2XXPA 2M8CA 3IK6B 2A5TB 1Z7ME 3KEIA 3MZBA 2I3VA 4O94A 1POY1 1AIVA 1H44A 1M5DA 3LSWA 4OTEA 1L5TA 4HXVA 1SI1A 3KFMA 1M5FA 1FBCA 4LZ8A 1GGGA 4PQJA 5ET6A 5F7VA 4XKNA 3ZKKA 4EXKA 4R6KA 5L8DA 3RUMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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