2AZ9A

Hiv-1 protease nl4-3 1x mutant
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2az9A00
5P05A 2PK6A 1FQ8A 1GNNA 4R95A 4F75A 1DW6C 2G1RA 5OZXA 3DM6A 4PEPA 5OZ4A 2OHSA 4Y3LA 3LZVA 2V0ZC 3T7QA 1EPLE 2QZWA 3K5DA 5P0IA 5P5WA 4DQFA 1APTE 1GVWA 2QI0A 3OTYA 5P2QA 4Y3WA 2Q54A 2ZE1A 1W5YA 5P11A 3LPIA 5P2VA 1CPIA 4Y41A 4EHCA 2BKSA 1DPJA 3QVCA 1HVJA 2F3KA 5P8FA 4RGHA 1FG6C 3KT5A 4CPSA 4B78A 4YE3A 2ZHUA 4ZPFA 5AH7A 5P4TA 1C6ZA 5OZZA 3CKRA 3BHEA 1HRNA 2BQVA 1LYWA 3TOHA 4JP9A 4Y3TA 1E81E 3EMYA 1SIPA 2PWRA 4MC1A 5P1CA 5P71A 3QI1A 3OQKA 1N49A 5IE1A 3NWQA 1SDUA 4Y3GA 5DGUA 5HTZA 3LPJA 5AHBA 1FQ7A 1MT9A 4GYEA 1EBYA 4J1CA 5OZ6A 2OHUA 5P5UA 5P75A 3OAGA 3ZMGA 4H3IA 4I8ZA 5P3MA 2WHHA 5P39A 5OZPA 2IS0A 3IXKA 3PM4A 3N3IA 3PSUA 3LIQA 5P34A 4CPWA 4DQCA 1SDVA 3EM6A 4ZIPA 5ISJA 1TZSA 5P4DA 5P8BA 2G26A 4QJ7A 4Y3DA 3ZPTA 2VIEA 3VV8A 4K8SA 1GVXA 2IEOA 5P5LA 3HD8A 5T4SA 1IIQA 1NSOA 3SLZA 5P6IA 6UPJA 4MC2A 4DI2A 5AHCA 1AM5A 3RTMA 5P4ZA 2ZHTA 5P77A 4Y4GA 5P1XA 3KA2A 3G6ZA 5I3YA 4FSLA 3CIDA 2AIDA 1FMUA 2R3WA 2PYMA 5AH8A 2F80A 4Y5MA 3CYWA 5P1KA 1EC3A 4UPJA 3SO9A 5P5QA 3IAWA 5P0SA 2QNPA 3FSMA 3QVIA 4TRWA 5P4NA 3VUCA 5P82A 5APRE 5P6PA 2NNKA 5P8MA 3I8WA 1EPQE 2FDEA 1PPLE 2HC0A 2QMDA 4GMIA 1LEEA 1IVPA 3LNKA 1IDAA 1K6VA 1BV7A 3N4LA 3AIDA 5HE4A 5OYXA 3MSKA 3SACA 4QJAA 4NPUA 4EQJA 3RSXA 3S7LA 2Q5KA 2ZHVA 2R43A 4H3JA 4EP2A 4KB9A 4YD7A 5P7SA 3F9QA 4Y38A 5OZHA 5P0VA 3NWXA 4Y3XA 3OU1A 2FXDA 4RCEA 3OU4B 4D89A 2UXZA 5P2LA 4ZSRA 3DCRA 3S7MA 3OGQA 5OZ9A 4JPCA 4U8WA 3VYFA 2IQGA 4PPHA 4J1HA 1HTRB 4KE1A 5P5HA 1EC1A 5P4KA 5P7OA 1ZP8A 5P7FA 3H0BA 2Z4OA 2AVQA 3QBHA 1TCWA 1NH0A 1TW7A 5P60A 2AZ9A 2V11C 4DJYA 2SAMA 4R93A 1M43A 4XX4A 1MIQA 4L1AA 5P2BA 4D8CA 4Z22A 4EJDA 5P7ZA 2AVOA 2V13A 1MUIA 1G2KA 1FGCC 2WF4A 4Y37A 4J1EA 4ZPGA 3EKVA 3HBOA 3K5CA 1META 2I0DA 5C9DA 3IA9A 3K1WA 4CMSA 4Y5LA 2NPHA 5P8OA 1B11A 5P1IA 5P2MA 1BWBA 2FDPA 1ZTZA 2HB2A 5P0TA 2JYSA 1HPSA 2G69A 5J25A 3VG1A 5P07A 5P1VA 4FM7A 2QD6A 1RPIA 3O9GA 1KZKA 2P83A 3UFLA 1ODWA 4FAEA 3PCWA 4Y5PA 4ZEAA 3FV3A 4I0FA 2ZDZA 5HE5A 5P56A 5P33A 5P6VA 1Q9PA 5P5YA 1HXWA 5P5JA 2QI3A 4F76A 5P70A 3OUBA 4HZTA 1XE5A 5C9FA 2PH6A 1XN3A 1B6MA 5P1AA 4EXHA 3DV1A 5P4PA 5I3VA 5P2RA 4QJ2A 2AZBA 2HM1A 3IXOA 1BIMA 5P7YA 3S8IA 3I6OA 4K4QA 5P6AA 3TH9A 5P88A 4EJ8A 3VV7A 3SKFA 9HVPA 5P13A 2ZJMA 3L5EA 3IVHA 3Q3TA 3DUYA 3VSWA 3QRSA 4EXGA 3LPKA 4GJDA 1Z1HA 3UHLA 4RVXA 5OYZA 2ZJLA 5P2SA 2ANLA 5OYWA 3RSVA 2P4JA 3WZ7A 4CPQA 3PSGA 5F01A 4LAPA 1FKNA 1SH9A 5P5IA 5KOSA 4J1KA 4J17A 3HVGA 4Q1XA 4A6CA 1ENTE 3WZ6A 5FIVA 3DJKA 2QI1A 1D4SA 4Y43A 4Y4BA 4RRNA 2VJ6A 4EJKA 4QJ9A 4ZPEA 4J55A 3PMUA 3RU1A 3OXCA 4J1FA 2NXDA 3SA8A 5P7RA 3KF0A 4DPIA 1PROA 3KFSA 4AA8A 4HDPA 2JE4A 5KR2A 3MWSA 2ER0E 1XS7D 1HSHA 3EL0A 3TOGA 1HBVA 4ZE6A 2AVVA 1HTEA 3HW1A 3S2OA 4HDBA 4R91A 4F73A 4PYVA 5P3TA 1AJXA 3PB5A 4U7VA 4U7QA 5OYYA 2HAHA 3GI6A 5OYUA 4I8WA 3OXWA 3IN4A 5HDUA 3ZKXA 1K6PA 5P66A 1WBKA 2HS2A 4I0JA 4JOOA 1YM4A 2H6TA 3OTSA 5P3CA 4FRIA 5OZ5A 5IVTA 5P89A 4OBFA 4DH6A 4BELA 3QRVA 2QP8A 2RENA 3APPA 5KQXA 3S43B 3KFRA 3BUHA 5P84A 4Y4DA 5P6YA 5DGWA 4IVSA 3OU3A 2ZGAA 5P3IA 3LIXA 4NPTA 4FCOA 1M0BA 3DCKA 3UDRA 3GGAA 5P1ZA 1T6GA 1MT7A 5P8UA 3PWMA 2QNQA 3EKYA 2NTRA 2QI7A 1EPNE 1G0VA 1APWE 1YG9A 3S85A 1YTIA 3VFAA 4WTUA 2AOCA 2O4LA 5ER2E 4CPUA 4B1CA 3NLSA 4RRSA 3O9IA 3UCBA 3KDCA 3S45A 5P2IA 1EBKC 2G1OA 5P31A 2PYNA 1UH9A 2PMAA 4Y3QA 3EKQA 4GJ5A 3ZOVA 1HPXA 1FMBA 3GW5A 4LHHA 1AXAA 3SABA 5P5AA 4BFBA 3L5DA 2FLEA 4BFDA 2BPZA 1KJ7A 3SA6A 2RKFA 4D83A 5I3WA 5KAOA 7HVPA 3EC0A 1RQ9A 5P5KA 2QU2A 2XYFA 5P0ZA 2VKMA 3T7XA 5P3ZA 1KJHA 3TOFA 4PZXA 3FNSA 3R0YA 3NU3A 5P62A 2EWYA 2WECA 1TSQA 4XXSA 5OYRA 4Y3RA 5P80A 2OHMA 5P43A 3UQRA 2IGXA 4APRE 3OOZA 3D1ZA 4DQGA 6APRE 1KJGA 3PBZA 4LXMA 4Y4ZA 5I3XA 2WF3A 1BXOA 4DQBA 5P3NA 4Y54A 5P85A 3UDJA 2V16C 3NYGA 1W51A 1ZPKA 4TRYA 5P87A 1PPME 5P0LA 5SXNA 2AZ8A 2Q15A 5P7BA 1K1TA 1T7IA 3UTLA 5P5MA 5P6ZA 5P8EA 2BBBA 3PWWA 3L38A 5HVPA 3NXNA 4Z4XA 3DV5A 3O9FA 5CLMA 1LYWB 1ME6A 4HA5A 5OZGA 2G1SA 3PMYA 5P3DA 5P2ZA 4CPXA 2ZHRA 1HVHA 1A9MA 1UH8A 4Y47A 3GI0A 3ZPUA 1APVE 3EKXA 3RTNA 1FB7A 5P59A 2P3BB 4CP7A 1PSNA 3L58A 2P3CA 1YT9A 5P72A 3OAGB 5P3LA 4GJAA 5BWYA 1ZLFA 4PHVA 5P3GA 3OQFA 2QI6A 3DOXA 1ZSRA 1HIHA 4HEGA 3HZCA 3PHVA 2G27A 3UF3A 2AODA 3GI5A 5P16A 3MXEA 3UDQA 3UQUA 2APRA 2P3BA 4A6BA 2VA5A 5P0QA 1HXBA 4DQHA 5P24A 2AVSA 5P29A 1RL8A 4Y4TA 1EPOE 2BPVA 4WY6A 5P3FA 3CYXA 5P4FA 1E82E 1MRXA 4NKKA 1HVIA 5P02A 1Z1RA 5P4RA 2FNTA 3IN3A 5HD0A 2IENA 1SGZA 5ER1E 5P4XA 4EJLA 2G24A 5P38A 3ECGA 4H3FA 4I0EA 2O4KA 5P4AA 5P3HA 3LIZA 4Y57A 4Y5AA 1GNMA 5P1QA 1HSGA 4EWOA 1ZPAA 1DP5A 2B8VA 2A1EA 5P25A 5P7JA 3QBFA 5P4LA 4YHQA 4AMTA 3SM2A 1QBRA 2Q11A 2F8GA 1FLHA 4J0VA 5B18A 3B80A 2OHKA 4GJBA 4J1IA 7UPJA 2PQZA 3URLA 1PPKE 5P7DA 2OHRA 5P47A 5P5TA 1AVFA 1BWAA 2PSUA 5DR3A 3BXSA 4IVTA 4X7IA 8HVPA 2NMYA 2QHZA 5P5EA 5P40A 1NPVA 4OD9A 3NU9A 4EP3A 5P64A 1B6JA 4D88A 5P3OA 3OUDA 4B72A 4Y3EA 4Y4EA 1GKTA 4DFGA 4L7HA 4YDGA 4X2LA 2Q3KA 2XYEA 3LZYA 2QI5A 3NUJA 5P10A 3ZLQA 1BDRA 3OU1B 5P7TA 3MXDA 5P8KA 2OHTA 5OZYA 5HDVA 1APUE 5P8VA 5P6CA 5P2DA 5P2YA 1HHPA 3CKPA 5OZWA 1CMSA 3BGBA 1YX9A 3NU4A 4MC9A 5P68A 3NU5A 2QMFA 2ZJJA 2HPEA 5P5GA 1EPME 5OZSA 5P09A 3PRSA 5OZNA 1FQXA 4B1DA 5OYSA 3U71A 1RV7A 4YCTA 2VA6A 2G21A 4Y48A 4L1AB 3ZPSA 4JPEA 1LF4A 2O4PA 4RVIA 5HDZA 5KQZA 5P5FA 4DJUA 2O4SA 2QZLA 1FIVA 4GZFA 3LIYA 5P67A 5BRYA 5AGZA 3I7EA 5P4VA 2B60A 2AOGA 5P0XA 1HPOA 1FMXA 1HVCA 4Y58A 4D85A 3RVIA 3EL5A 5P50A 4CKUA 2IDWA 5P54A 4DJRA 1B6KA 5P2JA 3LITA 5P42A 5P7EA 2QD7A 3D3TA 5P0OA 4FRKA 5DQ5A 5TOLA 4I0IA 2HIZA 2FGUA 1PFZA 3OUAA 5ISKA 4B70A 2ER9E 1B5FB 3FKTA 4EQ0A 3QRMA 5P0CA 5P78A 2I4XA 2J9JA 3EL1A 3L5FA 4A4QA 3O99A 3QP0A 2CENA 5P1WA 4Y5CA 3K5GA 5P1PA 1W5VA 4YCYA 3JVYA 2ASIA 1E80E 5P28A 3CICA 3VF5A 5P8SA 5P0DA 5P83A 2G20A 1EPPE 3L5CA 3O9AA 1XL5A 1B5FA 2IKUA 4YDFA 3KMYA 2RMPA 5P4QA 4OBHA 4XKXA 5P2XA 3PSYA 2MIPA 2OAHA 3PI0A 1QBSA 3UPJA 3S56A 5P8NA 1W50A 3QROA 2AOFA 4YD6A 3EKPA 1LF2A 3VV6A 3ZKGA 2XFJA 4GB2A 5P0PA 1OHRA 5P53A 5P2TA 1B6LA 2H6SA 2AVMA 3M9FA 5OZKA 5OZMA 1D4KA 3NDUA 2F3EA 1OEWA 5P6GA 1EPRE 2G1YA 3I2LA 3ST5A 3U6AA 5P1FA 2UPJA 1RNEA 1VIJA 1D4HA 5P30A 5OZBA 4FSEA 4HLAA 4J0YA 5KQFA 4LP9A 2HPFA 3EM4A 3NUOA 3VSXA 5P4SA 5OZ1A 3VFBA 1K2CA 2PWCA 5P8HA 5P44A 4S1GA 3TPJA 3BUFA 5P5DA 4QJ6A 5IVSA 1T7JA 4OBJA 5P3VA 2ZHSA 5P2OA 5KQYA 3NSHA 5P8JA 3T7PA 1FFIC 5P20A 2QCIA 5P6BA 4FGXA 5DQ2A 4OBZA 2AQUA 2VNNA 5P7QA 5P5SA 3HDKA 3UQXA 5P46A 3INDA 2ZJIA 3PLDA 4DJOA 5P57A 4OBDA 2WJOA 1K1UA 1D4LA 5P1UA 5ENMA 3Q6YA 3HAUA 1MESA 3ZL7A 2I0AA 4Y5BA 5DR8A 2OHQA 5P7HA 2Q63A 5AH6A 5P1MA 3EXOA 5P5NA 4J0TA 3URIA 1E5OE 4J0ZA 5P4YA 3OQ7A 5P48A 3FIVA 4AA9A 2O40A 4Y3SA 3U7SA 5P6NA 5P6DA 5P0JA 1LYAB 3TKWA 5P5BA 3GGVA 5P6QA 3CKTA 4Y4XA 5EZXA 5OZEA 3KDDA 2A4FA 5OZ3A 5P4EA 1OEXA 4B05A 4KE0A 3O9CA 5COPA 5SZ9A 5C9BA 3VCMA 5P0BA 3FNUA 2ZJHA 4Y56A 2NXMA 5P2CA 4NJVA 1HVLA 5SY3A 5OZIA 1HPVA 5P79A 3R1GB 5OYTA 1LYAA 3QPJA 3C9XA 4GIDA 1BVEA 2WL0A 1T7KA 5P6OA 3ER3E 4Y5KA 3KFPA 3QS1A 4DVFA 5P6EA 5AH9A 1Z8CA 2FIVA 5E5KA 2OF0A 4NJSA 3SA4A 3ZKIA 1BXQA 1FQ5A 3LHGA 2G1NA 1PSAA 3OHHA 5P7GA 1SMRA 4DUSA 5P4HA 4QGIA 3QAAA 1IDBA 1TSUA 2QK5A 5P7MA 4DV9A 1YTJA 4CPRA 4FM8A 3INHA 5P6MA 5P5ZA 2RKGA 4Y4JA 1ZBGA 5HE7A 4LBTA 3OXVA 5P4CA 5P08A 3PEPA 4FIVA 4CPTA 1NPAA 3SA7A 5OYVA 5P6XA 3R0WA 5AHAA 3IVIA 4RZ1A 3LIVA 4B00A 2QHCA 4Y45A 4Y3YA 1EAGA 1MERA 2ER7E 3EM3A 4ZLSA 3QN8A 2B7ZA 2WEZA 5P4UA 3UQPA 1UH7A 2PH8A 2QMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P05 A;  2PK6 A;  1FQ8 A;  1GNN A;  4R95 A;  4F75 A;  1DW6 C;  2G1R A;  5OZX A;  3DM6 A;  4PEP A;  5OZ4 A;  2OHS A;  4Y3L A;  3LZV A;  2V0Z C;  3T7Q A;  1EPL E;  2QZW A;  3K5D A;  5P0I A;  5P5W A;  4DQF A;  1APT E;  1GVW A;  2QI0 A;  3OTY A;  5P2Q A;  4Y3W A;  2Q54 A;  2ZE1 A;  1W5Y A;  5P11 A;  3LPI A;  5P2V A;  1CPI A;  4Y41 A;  4EHC A;  2BKS A;  1DPJ A;  3QVC A;  1HVJ A;  2F3K A;  5P8F A;  4RGH A;  1FG6 C;  3KT5 A;  4CPS A;  4B78 A;  4YE3 A;  2ZHU A;  4ZPF A;  5AH7 A;  5P4T A;  1C6Z A;  5OZZ A;  3CKR A;  3BHE A;  1HRN A;  2BQV A;  1LYW A;  3TOH A;  4JP9 A;  4Y3T A;  1E81 E;  3EMY A;  1SIP A;  2PWR A;  4MC1 A;  5P1C A;  5P71 A;  3QI1 A;  3OQK A;  1N49 A;  5IE1 A;  3NWQ A;  1SDU A;  4Y3G A;  5DGU A;  5HTZ A;  3LPJ A;  5AHB A;  1FQ7 A;  1MT9 A;  4GYE A;  1EBY A;  4J1C A;  5OZ6 A;  2OHU A;  5P5U A;  5P75 A;  3OAG A;  3ZMG A;  4H3I A;  4I8Z A;  5P3M A;  2WHH A;  5P39 A;  5OZP A;  2IS0 A;  3IXK A;  3PM4 A;  3N3I A;  3PSU A;  3LIQ A;  5P34 A;  4CPW A;  4DQC A;  1SDV A;  3EM6 A;  4ZIP A;  5ISJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2XFI A;  1HSI A;  2FGV A;  4L7J A;  5KR8 A;  3NXE A;  4Y3Z A;  5P6K A;  5IVR A;  3SFC A;  4RRO A;  5P1J A;  1A8K A;  1HIV A;  4GJ7 A;  5P8C A;  4TVH A;  1A8G A;  3OQD A;  5COO A;  4Q1N A;  3SM1 A;  5P0F A;  4Y50 A;  5P6J A;  1VIK A;  4J54 A;  3EL9 A;  4Y39 A;  5P37 A;  3L5B A;  5P1Y A;  1XN2 A;  2PSG A;  3INF A;  4H3G A;  4Y4U A;  2R8N A;  1OD1 A;  4HDF A;  3G70 A;  4YBI A;  3NDW A;  2HB4 A;  5OZT A;  1IZE A;  2WEB A;  5P15 A;  2IKO A;  2QD8 A;  4YD5 A;  3Q5H A;  1HII A;  4R8Y A;  5P7P A;  3BUG A;  3K4V A;  1AJV A;  5P52 A;  1TCX A;  2JJJ A;  3SPK A;  4DJX A;  5P45 A;  2NMZ A;  5P26 A;  1D4Y A;  5P27 A;  1BV9 A;  3PVK A;  3OAD B;  5P3A A;  3TNE A;  5P7V A;  4TRZ A;  1HOS A;  4QJ8 A;  1BIL A;  5HDX A;  5P0G A;  5P8T A;  2OHL A;  5P0K A;  5OYQ A;  4L6B A;  2V12 C;  2R5P A;  5P6L A;  5P18 A;  4NJT A;  4M8Y A;  5P2G A;  2Q55 A;  5DR0 A;  1NPW A;  5P2H A;  5P7A A;  5DQC A;  5P03 A;  3OAD A;  2VIY A;  5P1R A;  5P01 A;  5P3X A;  5P55 A;  5OZ0 A;  1GVT A;  4QLH A;  4RLD A;  5P4W A;  5HCO A;  2JXR A; 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 1BBS A;  3EL4 A;  3D20 A;  3PGI A;  3OXX A;  1EBZ A;  4ZSQ A;  1AAQ A;  2R5Q A;  3OWN A;  4WY1 A;  5P63 A;  4M8X A;  5P2W A;  4Y4W A;  1MT8 A;  2AOI A;  4Y53 A;  4Y5E A;  3EKT A;  3ZKM A;  5P22 A;  4Q5M A;  4B1E A;  3TKG A;  4K9H A;  1A94 A;  2FMB A;  3D91 A;  5P6U A;  2XFK A;  4Y35 A;  5P3Q A;  3JW2 A;  2R9B A;  4Y4A A;  5P3R A;  5P86 A;  3OQA A;  5P1B A;  1F34 A;  2F3F A;  2OHP A;  2BKT A;  1YTH A;  1MEU A;  1SBG A;  3PI5 A;  5P00 A;  2PSV A;  4LC7 A;  2I4V A;  2ZYE A;  1W5X A;  4FLG A;  5P49 A;  1HVR A;  4DJP A;  4Y3P A;  3O9D A;  3I25 A;  5P76 A;  4FRS A;  5JOD A;  3KFN A;  3WSJ A;  1ODX A;  3MSL A;  5P4J A;  5HU0 A;  4OBG A;  4ACU A;  3K5F A;  3PJ6 A;  3S43 A;  1FFF C;  2FXE A;  5HU1 A;  5P35 A;  2WED A;  4OBK A;  4PZW A;  1BVG A;  4E43 A;  5I70 A;  5JFP A;  3RTH A;  1SIV A;  1PSO E;  5P3B A;  3AUP A;  3B7V A;  5P0N A;  3S54 A;  3BRA A;  6FIV A;  5P51 A;  3TTP A;  3CIB A;  5P0R A;  2FS4 A;  5P6W A;  2QHY A;  2QNN A;  3UDH A;  5P8L A;  4ZSM A;  3VEU A;  3HVP A;  5P32 A;  1CZI E;  2WEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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