2AZBA

Hiv-1 protease nl4-3 3x mutant in complex with inhibitor, tl-3
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKIIGGIGIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 97
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2azbA00
4YD6A 4Y38A 3D1YA 5JFPA 3EBZA 3IXKA 3NU3A 1K6TA 4DJRA 2B8LA 5P1NA 4I0EA 3D91A 4Y5PA 5OYRA 5P76A 1EBZA 4DJYA 5P3XA 3RU1A 4ACXA 3UTLA 2QAKA 4YHQA 3PRSA 2NXMA 2G69A 3L5FA 2QD6A 4UPJA 1EPPE 5P0AA 5COKA 3FKTA 3UDPA 2MIPA 5P2QA 5P2LA 4HVPA 4FSEA 5P7CA 1FMXA 3OU4A 3PMUA 4J54A 1LZQA 5P4YA 2F3FA 4Y3WA 5P55A 5P1HA 5HTZA 3GI5A 5P1ZA 2VIEA 4B1DA 4Y41A 4J17A 5P16A 3OOTA 5OYUA 5P1EA 4FAEA 1W5WA 4EPJA 5P18A 3UFLA 5P2UA 5P7EA 2P3BB 5P7PA 5P70A 5P8QA 4FRKA 3OU3A 2JJIA 3SKFA 3HAUA 3OAGA 2ZYEA 3U71A 3TPLA 5P1XA 4OBKA 3KFSA 1HIIA 3BUFA 1PPLE 5P4ZA 1HPXA 1QBUA 1JLDA 1FQ8A 4Y3MA 5OZDA 3OU1B 4JECA 1LV1A 1HXBA 2Q5KA 3MSJA 5P7MA 5HE4A 1WKRA 2FLEA 5P0TA 5OZSA 3NYGA 5P7HA 5KQFA 5P48A 2IRZA 2I1AA 4Y4XA 2JE4A 3ZKIA 2B7FA 2HB4A 3VYDA 4E43A 2ZE1A 4B0QA 5P0PA 4COEA 5P5NA 3HLOA 4Y57A 6APRE 5P39A 2NPHA 3GI4A 3O9IA 2P3DA 1XS7D 3OTSA 3KT5A 5OZIA 2VS2A 5P2FA 5P84A 3O9LA 3LIQA 2OHQA 2B8VA 5P1CA 1LF4A 4K9HA 3DCRA 3EL1A 3WB4A 3KN0A 4Y5MA 4Y47A 3O9CA 3HW1A 3H0BA 2WL0A 3L5EA 5P1AA 5P6VA 1FQ7A 3NU4A 3U6AA 3LINA 4DPIA 3NDWA 2BKTA 4J1KA 5IS4A 4JPEA 5P3EA 1TW7A 2ER6E 2R5QA 2OHMA 3VUCA 5P42A 5OZOA 5P3AA 1SMEA 2XYEA 3EKTA 5P3DA 2AODA 4GZFA 4Y4BA 2WF2A 3VLAA 5P5SA 3VYEA 1QBSA 5P8MA 2CEMA 4B78A 5IVRA 1FMBA 4I10A 3OXWA 5P5MA 4LP9A 3O9BA 1A30A 3NUJA 4R8YA 5P2ZA 2VA7A 5P71A 2OHRA 1HOSA 4J1EA 1LYWB 3UQWA 2QZLA 2RMPA 2I4XA 4D8CA 4DJPA 1XDHA 1KJFA 2XFKA 5P8EA 3K5GA 5C9FA 1A8GA 4Y4AA 3K4VA 2VNMA 5PEPA 1ZSRA 3LZUA 4Y3YA 3U7SA 2AOGA 2V10C 5OZ2A 4GJDA 5OZ5A 1BV9A 5P4VA 1B6PA 4GYEA 5P4KA 1BDRA 1GNNA 1ZJ7A 4Q1NA 5P5TA 1RL8A 5P3MA 4YCKA 2WEAA 4YBFA 5KAOA 3OADA 1AZ5A 5AH6A 5P6FA 3UDYA 4QJ8A 3CMSA 3ZLQA 1M4HA 3ZMGA 4CPTA 2VA6A 5P0VA 3PSGA 5P7RA 4L7HA 4Y3DA 2NXLA 3KDDA 5P88A 5P0CA 4QJAA 5P47A 4LHHA 2ASIA 2RENA 4GMIA 4Y3PA 5OZYA 3T11A 3URIA 5P3OA 3GI6A 5P7NA 2ER0E 3Q5HA 1SGZA 1LF2A 1DIFA 1NSOA 3C9XA 3M9FA 5P23A 1EC3A 1EPLE 2QI6A 5P50A 5P7OA 1MRXA 2NNPA 1E81E 3MSKA 2IENA 2OHTA 2QI4A 3NU6A 3SM2A 1OD1A 2I0AA 5HU1A 1BVEA 4WY1A 3SABA 2EWYA 5KR2A 1IVPA 4Y5NA 4Y3HA 1K1TA 4Y5AA 1LYBB 1ZPAA 3D1XA 5P36A 5P62A 1DMPA 2QI7A 3G6ZA 2AOCA 1FIVA 5P4IA 4EQJA 5P4MA 5P20A 1IIQA 4LAPA 4Y4JA 4K4QA 3HAWA 4KE1A 1G6LA 5P1SA 3NXEA 2Q55A 5P6XA 3ER5E 5HD0A 5P06A 4WTUA 1QBTA 3MXEA 4DQGA 2WEBA 3KA2A 5P4OA 3QROA 5P24A 1T3RA 3HVGA 3CICA 3EL9A 3UDMA 4YBIA 3VV6A 5P1WA 3ZKMA 1F7AA 3QAAA 2UXZA 3PLLA 1KJ4A 1WBKA 5OYVA 2WKZA 3K5DA 1AVFA 4EYRA 4BFDA 2PSGA 5P0FA 1ER8E 5P3NA 4APRE 4FLGA 1GVWA 5P2DA 3WB5A 5OYQA 5UPJA 4RCDA 1XE5A 4YE3A 4D83A 1BWAA 5P2MA 3MXDA 5P4QA 5P09A 1HTRB 2NMYA 4M8XA 4I0FA 2PC0A 5P6BA 5E5JA 4DFGA 4J0TA 4EHCA 2VJ9A 5KR0A 4X7IA 5P8JA 2PWRA 3INHA 3R4BA 3OUBA 3PGIA 1U8GA 5P07A 5P59A 5P4SA 3VG1A 2PH8A 2FDPA 3IXJA 1AAQA 5P17A 5P58A 4I0HA 3UDJA 1B11A 5P68A 4ZSQA 4Y5EA 3EKYA 2AOJA 1NPVA 4Y5KA 5OZLA 3S43B 2NMZA 1BDQA 4DQEA 3UDQA 5P2HA 5P3VA 3T3CA 2G1RA 3TKGA 1B6LA 5P6ZA 3OUAA 5P5WA 1UH9A 3Q4BA 4B05A 3MWSA 5P1LA 1SH9A 4Y4WA 4K4PA 4XXSA 3VYFA 5P63A 4Y51A 1D4IA 1TZSA 5P1YA 5P4WA 2R3WA 4PHVA 1FQ5A 3B80A 4L1AB 1E80E 2G26A 5KOQA 2P8HA 2F81A 2FXDA 3IAWA 3HBOA 3TPPA 2AZ8A 5P6RA 2Q63A 5P72A 3UDRA 4ZSRA 5HU0A 2HM1A 4GJ8A 2G24A 3OHHA 4PYVA 5P0UA 1LF3A 3LZSA 5P8TA 4DJVA 5AHAA 4Y35A 5P1JA 5C9DA 8HVPA 3S45A 5OZHA 2RKFA 3UQXA 1YM2A 5DQ2A 4RCEA 3K1WA 4YOBA 5P3GA 2BPWA 5P7SA 2FDEA 4A4QA 1FLHA 4I0GA 5P1UA 3D1ZA 5P6EA 5HDVA 1HSHA 5P41A 2P3BA 6FIVA 5P1MA 3OXCA 2F3EA 3QPJA 1HVCA 3AUPA 4DJOA 3FX5A 5P30A 5P4TA 4R92A 4FRSA 4Y3ZA 3QS1A 4Y48A 4KE0A 5KOSA 4OC6B 4FRJA 3UQPA 1C6XA 1C70A 5P6IA 3APPA 3OU1A 2R43A 5P12A 4H3IA 1D4HA 2O4PA 5P38A 4J1CA 2JYSA 2JXRA 4RRSA 3OQ7A 3QRMA 4Y4EA 1M43A 3S54A 3OQDA 4GB2A 5P3FA 3F9QA 3KT2A 1EPME 3PB5A 2I4QA 5P6OA 1FG6C 3D3TA 1EC1A 5P69A 2HC0A 3EKVA 5DGWA 2BPXA 2QZKA 4ACUA 2QI1A 4BEKA 4FM7A 2FNTA 1RPIA 4Y54A 5P82A 3BVBA 3WZ6A 2QU2A 2G94A 4ZSMA 3SQFA 4ZPFA 2PSUA 5P8VA 4FM8A 2FS4A 5HVPA 4J55A 5I3YA 5KQZA 4I0JA 3SKGA 4Y45A 4CPRA 4DUSA 3WSJA 2QD7A 4Y3GA 3GGVA 4GJ9A 3OQAA 2A1EA 4F73A 2G1SA 3N3IA 3OXXA 3APRE 5P0KA 3LIVA 4FAFA 4RCFA 5P37A 4LXKA 5P53A 2G1YA 4ER1E 4QLHA 5DQ4A 1APWE 4R91A 1XE6A 4RLDA 4RVJA 2F3KA 3KYRA 5FIVA 1HRNA 1CMSA 1GVVA 4RYGA 1FMUA 5P6NA 3QVCA 4NPUA 4S1GA 3I8WA 4DQHA 5P61A 5P5UA 4Z4XA 1IDAA 1YTIA 4HE9A 3EM6A 4Y3JA 5P01A 2QI5A 1XN2A 1SGUA 5P6WA 3UDKA 3FIVA 2Z54A 5P8IA 1EC2A 4RRNA 4BFBA 1KJGA 3NWXA 2PSVA 5P46A 2AZBA 2QI0A 3SLZA 4H3JA 5P3BA 1XL2A 2J9KA 5P0YA 2WF4A 4K8SA 3G72A 4Y3LA 1ENTE 5P3SA 4Q5MA 5HCOA 3VFBA 5ISKA 6UPJA 1HPSA 2PMAA 1BVGA 1VIKA 1FGCC 1LYWA 5P22A 2AOHA 2UY0A 3VV7A 5EZXA 3TL9A 2P3AA 1HSIA 1TQFA 5P54A 4L7JA 5P5XA 4F76A 2IQGA 5P1BA 3SA8A 3TPRA 1HVHA 5P7QA 4EJKA 2FIVA 5P4AA 1PROA 3SA9A 1YTHA 2Q3KA 4JP9A 5P6UA 4QGIA 5AGZA 4YA8A 4R5NA 3SA3A 3UCBA 5P1QA 4WY6A 4GJBA 4K4RA 4RVIA 3L58A 5P87A 5SXNA 5I3XA 3IXOA 5P52A 5T4SA 5BWYA 5ENMA 1SDUA 4CPWA 1MRWA 5P4HA 4Z22A 4A6BA 3DM6A 1AXAA 2PYNA 4YDFA 3BXRA 2I4WA 2P83A 3BC4A 5OZ4A 2ZHSA 2WEZA 5P85A 4EJDA 3EC0A 2QI3A 3QRSA 4QJ6A 2B7ZA 4APEA 5OZNA 3RSVA 5OZMA 5I3VA 5F01A 5P74A 4CPXA 5P51A 5P2SA 5HE7A 1EC0A 3AIDA 1FB7A 4HLAA 4U7QA 3DJKA 4F74A 1AIDA 4CPQA 4EXGA 2A4FA 1OHRA 5P4DA 3NDUA 3SA5A 3S53A 5P2KA 1EBWA 3L38A 4Y5CA 3PWMA 1ZLFA 1FQ6A 5P6SA 2QMGA 4J5JA 1K1UA 4DJXA 1FQXA 1MT9A 3CYXA 5P2TA 3OK9A 1YM4A 2VKMA 1HVJA 1LYBA 5P4EA 2QNNA 5P2NA 2HPEA 3T7QA 4DQBA 5OZ6A 1BILA 5P5AA 4DPFA 4Y37A 2QD8A 5P64A 3ST5A 3NDXA 4PZXA 2QHCA 3LITA 5OZWA 5P2XA 5P2BA 5P65A 4Y9WA 3VF7A 4DV9A 2R5PA 4YD4A 5JG1A 2PH6A 1G0VA 2B60A 3KFRA 1E82E 3TH9A 5J25A 1Z1RA 1BXQA 4EP2A 1PSOE 1FG8C 5P28A 1CPIA 4B72A 2V13A 5OZ1A 1B5FB 1PSAA 2H6SA 4LBTA 4Y39A 5P8HA 3URJA 3EL4A 4GJ7A 5P8DA 2QCIA 5P35A 3OTYA 4J1FA 1UH8A 1G2KA 1OEWA 5JODA 3TOFA 5P7WA 3JW2A 1AM5A 3QI1A 5P5IA 3IVIA 1SDVA 5P56A 5P1TA 4MC1A 4NKKA 5P86A 3SA6A 3B7VA 4GIDA 2OHUA 1SDTA 1VIJA 5P3HA 1FF0C 3GGUA 1DAZC 1K6VA 2QHYA 3TPJA 5ER1E 3R1GB 4U8WA 5P00A 5P5PA 3BUHA 2V12C 5DGUA 4OBJA 2SAMA 1GKTA 3SAAA 3I6OA 1MSNA 1MVPA 4EP3A 1IZHA 5P83A 3L59A 3QVIA 2O4KA 3S43A 4D85A 3PJ6A 5P5VA 4GJ5A 2F80A 5OZFA 3S85A 1K6CA 4YCTA 3EKXA 5P6KA 3T7PA 2IGYA 2AZCA 4DJUA 3EM4A 5KQXA 4NJUA 4TRWA 5OYTA 2PK6A 5P13A 4EJ8A 4Y4UA 3FSMA 1UPJA 4J0YA 1NPAA 4YD3A 2AVVA 2AVOA 1C6ZA 1LYAB 5P0HA 1HTFA 1MIQA 2O4SA 3OUDA 3PBDA 4L1AA 3LPIA 3EL5A 2Q11A 3BHEA 4NJSA 2G1NA 1FEJC 4D89A 5P60A 5P1OA 2WJOA 3PCWA 4RZ1A 4BELA 5P5YA 5P6LA 4B77A 2Q64A 4Y4TA 5P0OA 3RSXA 4FRIA 2QZXA 4Q1YA 7UPJA 3EL0A 3N4LA 2QK5A 2WF1A 4I0ZA 5ER2E 1HEGE 5P79A 1GVUA 3S56A 2BJUA 2AOFA 4MC9A 5P7JA 3PBZA 1ODXA 3OADB 3NUOA 5P8AA 4Z50A 4TVGA 5DPZA 4L6BA 2UPJA 3Q70A 4OBZB 1ODWA 5OYXA 5P78A 5P3IA 4I8WA 1YG9A 1TSUA 4KB9A 2IS0A 5AH7A 1EPNE 4YDGA 1HVKA 4H1EA 1RQ9A 5SZ9A 1MT8A 5P75A 2VJ7A 2AOEA 5SY2A 5P8PA 4HDBA 3O9FA 1E5OE 1TCWA 5TOLA 5P6JA 4HDFA 5AH9A 5P08A 3DUYA 4GJCA 4I1CA 4OC6A 1OEXA 2CEJA 3IVHA 2O40A 1APVE 1ZP8A 4HZTA 5P2JA 5F00A 5P57A 5P8GA 5P3JA 2V0ZC 4RGHA 5DR8A 2WEDA 4AMTA 3NWQA 1SBGA 5P4CA 4Y5BA 5P3QA 2J9JB 5P0IA 3ZPSA 3TOGA 5DQ5A 4B1EA 4U7VA 5DQCA 5DR4A 1SP5A 3PWRA 1HWRA 4I0DA 4J1HA 1APTE 2BKSA 4B00A 1MERA 1HVIA 5P67A 2FNSA 5P77A 3QBHA 4Y3FA 4EQ0A 3CYWA 1HPOA 3IA9A 2ZJJA 3FNTA 4ZPEA 5OZ3A 4Q1XA 3RTNA 4AA8A 1HSGA 3GW5A 5P8SA 2VIYA 4DQFA 1SIVA 4IVSA 2V16C 3UHLA 5P15A 4Y58A 4AZYA 3ZOVA 2NTRA 5P14A 2BPVA 3JVWA 1DW6C 2HS1A 7HVPA 5P7ZA 3K4VC 5DR0A 5P0MA 3EM3A 2R9BA 1BIMA 2VIJA 1T7KA 2QZWA 2QU3A 2VA5A 4AUCA 4FGXA 5P7LA 5P8UA 2I4DA 1W5XA 5P0RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YD6 A;  4Y38 A;  3D1Y A;  5JFP A;  3EBZ A;  3IXK A;  3NU3 A;  1K6T A;  4DJR A;  2B8L A;  5P1N A;  4I0E A;  3D91 A;  4Y5P A;  5OYR A;  5P76 A;  1EBZ A;  4DJY A;  5P3X A;  3RU1 A;  4ACX A;  3UTL A;  2QAK A;  4YHQ A;  3PRS A;  2NXM A;  2G69 A;  3L5F A;  2QD6 A;  4UPJ A;  1EPP E;  5P0A A;  5COK A;  3FKT A;  3UDP A;  2MIP A;  5P2Q A;  5P2L A;  4HVP A;  4FSE A;  5P7C A;  1FMX A;  3OU4 A;  3PMU A;  4J54 A;  1LZQ A;  5P4Y A;  2F3F A;  4Y3W A;  5P55 A;  5P1H A;  5HTZ A;  3GI5 A;  5P1Z A;  2VIE A;  4B1D A;  4Y41 A;  4J17 A;  5P16 A;  3OOT A;  5OYU A;  5P1E A;  4FAE A;  1W5W A;  4EPJ A;  5P18 A;  3UFL A;  5P2U A;  5P7E A;  2P3B B;  5P7P A;  5P70 A;  5P8Q A;  4FRK A;  3OU3 A;  2JJI A;  3SKF A;  3HAU A;  3OAG A;  2ZYE A;  3U71 A;  3TPL A;  5P1X A;  4OBK A;  3KFS A;  1HII A;  3BUF A;  1PPL E;  5P4Z A;  1HPX A;  1QBU A;  1JLD A;  1FQ8 A;  4Y3M A;  5OZD A;  3OU1 B;  4JEC A;  1LV1 A;  1HXB A;  2Q5K A;  3MSJ A;  5P7M A;  5HE4 A;  1WKR A;  2FLE A;  5P0T A;  5OZS A;  3NYG A;  5P7H A;  5KQF A;  5P48 A;  2IRZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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