2B6YA

T4 lysozyme mutant l99a at ambient pressure
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b6yA00
165LA 1C6AA 255LA 4ARJA 3GUNA 6LZMA 1LI2A 1LW9A 1SSWA 1L32A 4GBRB 205LA 1QT8A 1QT5A 1CVKA 2B6TA 1G0GA 1B6IA 1L96A 2OEAX 2O79A 197LA 3HT8A 1T8FA 245LA 219LA 162LA 2CUUA 1KY0A 1L79A 3GULA 2RB0X 1L17A 2B6XA 2RB2X 3CDOA 122LA 1L66A 1P7SA 1L18A 1L87A 1CU5A 3GUPA 252LA 196LA 4LDOA 1LYDA 1P5CA 1CTWA 183LA 213LA 4YX7C 1L76A 174LA 1L37A 1D3MA 2Q9DA 1CX7A 4ARQA 1KY1A 220LA 1D2WA 2NTHA 1L11A 3CDQA 3HH5A 157LA 1C6NA 142LA 1T6HA 4EKPA 1G0JA 160LA 1L16A 1L44A 2RBNA 4W57A 2QARC 4PJZA 1C68A 195LA 2F32A 1L90A 4I7RA 178LA 186LA 3F8VA 1DYGA 3HTFA 5I14A 3OE8A 4W58A 1L50A 1LWGA 1CU0A 1CV5A 4W51A 3G3XA 4ARMB 262LA 4ARLA 1QT7A 3GUOA 3G3VA 238LA 1L34A 141LA 2B72A 1C67A 1L89A 4EKRA 3HUKA 1L52A 2ANVA 2QB0B 1L04A 239LA 1QUOA 1CV1A 1L36A 3SB8A 3ODUA 1LYFA 1PQKA 148LE 1KS3A 1QS5A 112LA 188LA 1L69A 1L62A 1L40A 1L77A 159LA 1QUHA 1L95A 1L85A 1OV5A 1CV6A 1G0LA 2L78A 1P56A 1L65A 147LA 230LA 2NTGA 1QTZA 2A4TA 1L61A 1L20A 1L33A 1LI6A 227LA 1DYBA 1L12A 1LI3A 175LA 1XJTA 3HH6A 2O4WA 215LA 182LA 243LA 127LA 150LA 1QTCA 2RAZX 7LZMA 1OWZA 1L35A 1P2LA 1L48A 3SN6R 4I7TA 1L88A 4EJ4A 1OWYA 184LA 2OTYX 1XJUA 1CV3A 1LGXA 3GUIA 4ARQB 143LA 3DN4A 4LZMA 1I6SA 3FADA 221LA 187LA 4EPIA 235LA 3OE0A 199LA 167LA 137LA 164LA 1G1WA 228LA 1L55A 1QT4A 152LA 151LA 4E97A 1L49A 1L53A 4IAPA 3RZEA 4YXCA 258LA 1L15A 1L59A 1L29A 1JQUA 225LA 1L75A 111LA 173LA 1QTVA 180LA 1SX2A 166LA 261LA 1L22A 1L68A 1L0JA 2HUMA 118LA 125LA 251LA 3LZMA 158LA 3OE9A 1L10A 1L84A 2LCBA 2OTZX 1L21A 1L45A 1C65A 4LDLA 140LA 1DYCA 120LA 2B70A 1L08A 1LYEA 3QAKA 1SX7A 3L64A 1QSBA 1L58A 1XEPA 146LA 1LYIA 206LA 177LA 1K28A 1LYHA 250LA 4I7KA 1T97A 1L41A 1P46A 3V2YA 1QS9A 4I7JA 259LA 1G0MA 1L82A 1OVJA 102LA 190LA 1L70A 1QTHA 3V2WA 1CU2A 3FA0A 1DYFA 3C8SA 1QT3A 145LA 1QT6A 1L43A 3HTGA 249LA 3L2XA 1G0QA 1L93A 2OU8A 1D9WA 1G06A 1SSYA 3NY8A 1L09A 1C6EA 4OO9A 1C6BA 1L42A 1KNIA 3HT7A 1C6DA 1P36A 3OE6A 246LA 3CDRA 231LA 1OVKA 2Q9EA 3SBAA 2LC9A 2HULA 209LA 1C69A 139LA 4W53A 2RH1A 109LA 1QTDA 3HU8A 1TLAA 1EPYA 233LA 1G1VA 242LA 1CU6A 1L72A 1CX6A 1JTNA 1PQMA 2OE7X 1C6IA 1C6CA 4I7SA 1C6LA 226LA 3GUKA 172LA 3C80A 131LA 1L25A 1L30A 3F9LA 1PQJA 3PBLA 1ZWNA 191LA 1ZYTA 2RAYX 4S0WA 1L64A 192LA 3C7WA 3HH4A 2RBRA 4GRVA 4EPFA 1L67A 1QSQA 1L97A 2LZMA 3NYAA 128LA 2OU9A 1CV4A 3C82A 2OE4X 2B75A 3DMVA 3DMXA 3HU9A 1L02A 198LA 1ZURA 3DNAA 232LA 1KW7A 1SWZA 129LA 1L57A 3C7ZA 181LA 218LA 176LA 1L92A 3SB7A 1L06A 3DMZA 1LYGA 5LZMA 229LA 4I7OA 1C6FA 234LA 3VW7A 108LA 1L73A 4ZPUA 1DYDA 257LA 123LA 241LA 156LA 212LA 2ANXA 2B6ZA 201LA 1L39A 1D2YA 1L98A 1G0PA 161LA 236LA 1LLHA 2RB1X 1L46A 223LA 1P6YA 4K5YA 216LA 144LA 3PDSA 247LA 4YXAC 3D4SA 1T8AA 4W55A 1D3NA 1T8GA 2RBSA 1L83A 4DJHA 1L05A 2B6WA 217LA 1C61A 4DKLA 1L71A 1C6KA 4W56A 3GUMA 2OE9X 119LA 1L01A 1L51A 1L80A 210LA 2B6YA 2B73A 1L91A 3UONA 4DAJA 1NHBA 3C8QA 168LA 1C6TA 189LA 163LA 2IGCA 3HUQA 185LA 4LDEA 3DN3A 1P2RA 2F47A 1QUDA 240LA 4I7MA 171LA 1CUQA 3SBBC 1L0KA 260LA 1L00A 1L27A 3GUJA 1L24A 1L74A 3C81A 1P37A 3K2RA 1OV7A 4I7QA 2RBPA 3HT6A 3DN6A 1L86A 1OYUA 1C6HA 4I7LA 3DN2A 1DYAA 2RBQA 4PK0A 2Z6BA 211LA 2B74A 2B7XA 1LWKA 200LA 103LA 1L13A 1L60A 1L14A 222LA 1L94A 1LGWA 3JR6A 3HDEA 1L31A 155LA 1L81A 1P3NA 3HH3A 126LA 244LA 4ARPA 1LPYA 1G07A 3NY9A 224LA 237LA 4EKSA 115LA 1PQDA 1PQIA 4I7NA 3HTBA 1C60A 138LA 3DN1A 1DYEA 3C83A 104LA 107LA 256LA 1L03A 2RBOA 1L38A 4W59A 1L54A 1C62A 113LA 3SB9A 1C6MA 1KW5A 3HDFA 1LGUA 3DN0A 1L23A 3C8RA 1L26A 1SWYA 1L19A 1D3JA 3G3WA 3HWLA 1L07A 1L56A 1QUGA 4ARMA 1C6JA 4EKQA 4W52A 3FI5A 1CV0A 1C63A 4EXMA 1L63A 4W54A 2F2QA 1OVHA 1JTMA 3SB5A 1L47A 149LA 4AQNA 2O7AA 1PQOA 110LA 1CUPA 1C6QA 1CU3A 3HUAA 3DKEX 3HTDA 169LA 1C6PA 1LYJA 2HUKA 1P64A 3DN8A 3EMLA 130LA 1C64A 253LA 3SB6A 1C6GA 1L28A 3RUNA 1L99A 1C66A 4I7PA 1WTHA 1G0KA 248LA 2OU0X 214LA 1D3FA 114LA 3C7YA 254LA 3CDVA 3HT9A 170LA 3CDTA 1QTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
255LA 6LZMA 1QT8A 2B6TA 1IORA 1G0GA 1L96A 4CGEA 1HFZA 1CJ8A 5HMJA 1LMAA 1T8FA 3T36A 1KY0A 4LT2A 5KXMA 1YAPA 1L17A 1L66A 1L87A 4YX7C 1P5CA 183LA 1JTOL 1L76A 1TDYA 1L37A 4DD9A 4HJVA 5F81A 1XSFA 1CX7A 2ZNXY 4CFOA 1GPQC 2F30A 2CJLA 2VB1A 1NWGA 1FN5A 1L11A 3CDQA 3HH5A 1C6NA 1T6HA 4NGVA 2QARC 3WU8A 5L9JA 195LA 4NSIA 1L90A 4LT0A 178LA 1IWZA 4W58A 1LWGA 1HENA 1OUDA 1LZDA 1E8LA 1HEQA 4HV1A 141LA 1C67A 1KXWA 3TXIA 2ANVA 3RW8A 1QSAA 1L04A 2ZNWY 5I4XA 4GN5C 5DM9A 4G9SA 1GE1A 1LYFA 148LE 1C43A 4H94A 4OWBA 1JWRA 4YENA 5HLLA 1IR9A 2BQCA 3LHMA 1L69A 1LHIA 1QSWA 1L77A 159LA 1L95A 1LMNA 1L85A 4H90A 4ETDA 1L65A 147LA 1QTZA 2A4TA 1L61A 2BQMA 1LI3A 175LA 1XJTA 3WL2A 2FYCA 1D0KA 3AZ4A 4YEMA 1A4VA 3IJVA 7LZMA 1OWZA 1L88A 1VDPA 1OWYA 4ARQB 1WQOA 3AB6A 4TTDA 1I6SA 1YL1X 1LZEA 187LA 1ZMYL 5M1YA 199LA 137LA 1G1WA 4PRUA 4GCCA 151LA 4DYGA 2EIZC 1LSAA 1N4FA 3RNXA 3WXTA 2F4GA 1L75A 5LYMA 1QTVA 4OWCA 1XEIA 5KXZA 1SX2A 166LA 261LA 1LSEA 4NEBA 1L68A 1AKIA 2DBTA 1B9OA 5KXTA 1IY3A 1L10A 3MGWA 4Z46A 4LDLA 2CDSA 1WTMA 4H9BA 1LYEA 3QAKA 4J0LA 3A6CY 4BS7A 1XFPL 1LYIA 5KKIA 1YKXX 4DWXA 1LYHA 2LZ2A 250LA 4I7KA 4BAPA 5D5FA 1JITA 3D3DA 1GB7A 1IP7A 5APDA 4N8ZA 3TXKA 5D5CA 1QTHA 1CU2A 1QT6A 1L43A 1G0QA 3A6BY 1L09A 4OO9A 4RLMA 3A94A 3CDRA 2CGIA 3WPKA 3WXUA 2DQJY 2MEBA 1CKCA 3WW5A 2HULA 4WM5A 1B7QA 5KXOA 5J7CA 109LA 3CT1A 1QQYA 2MEGA 4J7VA 1BVKC 1YIKA 1C08C 3WPLA 3WVXA 1G1VA 1GBXA 2EKSC 1JTNA 1C45A 1IWTA 1C6CA 1WVUA 226LA 3AW6A 1LAAA 1L25A 1GEVA 3TXHA 3A91A 3AGHA 1ZWNA 3B0KA 2RAYX 4OWEA 1VEDA 2YBNA 192LA 4H91A 1V7TA 4EPFA 3EXDA 1L67A 1QSQA 1LZYA 1GXV2 3C82A 1LZRA 5IHGA 4H9EA 198LA 1ZURA 2IFFY 4NWHA 1JEFA 1KW7A 129LA 1SWZA 3C7ZA 4RLNA 5LVJA 2W1LA 3DMZA 229LA 4I7OA 3ZVQB 234LA 4IJ4A 123LA 1XEKA 241LA 5LXWA 1D2YA 1LLHA 3RU5A 223LA 1P6YA 1LCNA 3TXGA 1GF9A 247LA 2BAAA 3D4SA 1T8AA 1LJ3A 1I1ZA 2HEEA 4DJHA 4R6CA 1L71A 1C6KA 1GB5A 2DQIY 3RT5X 2Z39A 4TX7A 3W6EA 1DKKA 5LAFA 2C8PA 5DL9A 1H6MA 1LZ6A 2D4JA 3HUQA 4WM4A 3LYTA 3IWRA 3DN3A 5HMVA 1XGTC 1LKRA 2BQFA 4GCFA 3SBBC 3WUAA 1L24A 1L74A 3C81A 3TXFA 3K2RA 4PGJB 1CKDA 3HBHA 1YAQA 1DI5A 3BKVA 1OYUA 3AYQA 1GFTA 4NSHA 2RBQA 4PK0A 1IP5A 1IR7A 2Z6BA 1NBYC 4WLDA 3N9CA 1LZTA 5LVHA 1BB5A 155LA 1LJIA 1P3NA 3WU7A 1G07A 4HPIA 1NHEA 237LA 4G49A 4LZTA 3A95A 1DI4A 1PQIA 3HTBA 1C60A 3DN1A 3LYOA 1LZ5A 4Z98A 1C62A 1C6MA 2MECA 3HFMY 2BQEA 1L23A 1ZV5L 5DLAA 1GB6A 1SWYA 1L19A 5IELA 1L07A 4XJGA 3CT5A 1C6JA 1V7SA 1LSYA 1LHKA 2ZILA 2DQCY 1NDMC 2O7AA 3OJPA 3G3BB 110LA 1CUPA 1GB8A 4OOOA 4A7DA 1YQVY 1HEPA 3WUNA 4DQJA 1C64A 2HEBA 1VDTA 3GXKA 1IOQA 1YL0X 1L28A 1CJ9A 1Z55A 214LA 1D3FA 2HTXA 1LZCA 1FLYA 3CDVA 1H87A 4Z3MA 170LA 5II3A 3LN2A 153LA 1LHHA 1LW9A 1SSWA 205LA 1GBWA 1REXA 3WYHA 3W6FA 2OEAX 2HUBA 3TXJA 3HT8A 219LA 245LA 4U3XB 162LA 2CUUA 1JJ3A 3GULA 1QUSA 3KAMA 1OQMA 4LDOA 1CU5A 3GUPA 196LA 4H9AA 4NGJA 174LA 1D3MA 4UWVA 4B0DA 1KY1A 5KY1A 1GFAA 1NF5A 1D2WA 157LA 1HSXA 1W08A 1L16A 1BWJA 5AMYA 1DKJA 1RCMA 4PJZA 2BQGA 2F32A 186LA 1C46A 1BGIA 1DYGA 4H93A 5I14A 3OE8A 3ATNA 1B5YA 1CV5A 5DN4A 4DD0A 4ARMB 262LA 3W3EA 1QT7A 4NHIA 238LA 5L3HA 4DDBA 1QIOA 4J1AA 1DPXA 4G4HA 3LZ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 255L A;  6LZM A;  1QT8 A;  2B6T A;  1IOR A;  1G0G A;  1L96 A;  4CGE A;  1HFZ A;  1CJ8 A;  5HMJ A;  1LMA A;  1T8F A;  3T36 A;  1KY0 A;  4LT2 A;  5KXM A;  1YAP A;  1L17 A;  1L66 A;  1L87 A;  4YX7 C;  1P5C A;  183L A;  1JTO L;  1L76 A;  1TDY A;  1L37 A;  4DD9 A;  4HJV A;  5F81 A;  1XSF A;  1CX7 A;  2ZNX Y;  4CFO A;  1GPQ C;  2F30 A;  2CJL A;  2VB1 A;  1NWG A;  1FN5 A;  1L11 A;  3CDQ A;  3HH5 A;  1C6N A;  1T6H A;  4NGV A;  2QAR C;  3WU8 A;  5L9J A;  195L A;  4NSI A;  1L90 A;  4LT0 A;  178L A;  1IWZ A;  4W58 A;  1LWG A;  1HEN A;  1OUD A;  1LZD A;  1E8L A;  1HEQ A;  4HV1 A;  141L A;  1C67 A;  1KXW A;  3TXI A;  2ANV A;  3RW8 A;  1QSA A;  1L04 A;  2ZNW Y;  5I4X A;  4GN5 C;  5DM9 A;  4G9S A;  1GE1 A;  1LYF A;  148L E;  1C43 A;  4H94 A;  4OWB A;  1JWR A;  4YEN A;  5HLL A;  1IR9 A;  2BQC A;  3LHM A;  1L69 A;  1LHI A;  1QSW A;  1L77 A;  159L A;  1L95 A;  1LMN A;  1L85 A;  4H90 A;  4ETD A;  1L65 A;  147L A;  1QTZ A;  2A4T A;  1L61 A;  2BQM A;  1LI3 A;  175L A;  1XJT A;  3WL2 A;  2FYC A;  1D0K A;  3AZ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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