2B70A

T4 lysozyme mutant l99a at ambient pressure
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b70A00
1P64A 2RBRA 1C6LA 170LA 2RB1X 1C6MA 1L87A 1QT8A 3RUNA 1LI3A 1CV5A 1QS5A 1QS9A 2ANXA 141LA 1P36A 2OE7X 1L84A 3SN6R 1G0GA 1L0KA 118LA 2RB2X 4ARJA 3OE6A 1QTBA 4DKLA 1L91A 1SWZA 1L68A 1L71A 4DAJA 252LA 199LA 3CDOA 3C8RA 3HTGA 3L64A 3G3VA 4LDEA 167LA 2B72A 2QB0B 155LA 1P2LA 1L19A 1LYEA 1L58A 1L72A 2B6XA 1L85A 223LA 1L97A 228LA 1CUQA 1L44A 2B7XA 1JQUA 2A4TA 3HH5A 3HUKA 1QT7A 214LA 192LA 1XJUA 212LA 2RAYX 1PQIA 2Q9EA 1L70A 1B6IA 4IAPA 1C6NA 2B70A 230LA 1L81A 1T97A 248LA 183LA 1OWZA 3HT7A 1L93A 1SSYA 2NTHA 3LZMA 144LA 1L98A 244LA 1WTHA 1CTWA 1QTVA 2O79A 3C7ZA 4OO9A 3HDFA 1CU3A 1L12A 1QT3A 261LA 2HUKA 1KY1A 235LA 2Z6BA 4W58A 242LA 1G06A 1L82A 256LA 140LA 4PJZA 1CX7A 3HT6A 4W56A 4ARQB 1L20A 3GUNA 237LA 1T6HA 227LA 241LA 4DJHA 3C81A 190LA 1T8GA 1L83A 1L15A 1L36A 1L17A 1L51A 138LA 4ARPA 1L66A 213LA 1G0LA 4I7SA 1D3MA 1C69A 182LA 234LA 2HUMA 1L88A 4AQNA 1K28A 2OTZX 185LA 174LA 129LA 1L33A 1TLAA 1L86A 251LA 4W54A 216LA 2LZMA 225LA 1CX6A 250LA 1SSWA 1L14A 1OVHA 3C8QA 3C7YA 1LGWA 160LA 1L09A 3DN4A 114LA 2RBQA 2CUUA 1L48A 2OE9X 102LA 2OTYX 1L10A 1L47A 164LA 4LDOA 1L73A 4I7LA 205LA 2F47A 1CV3A 159LA 1QUDA 1L75A 1P2RA 2OE4X 1CV0A 1XEPA 200LA 239LA 3EMLA 1P56A 1P5CA 1L29A 3DN3A 206LA 166LA 233LA 247LA 195LA 253LA 142LA 123LA 197LA 1KY0A 1PQOA 4I7JA 249LA 4E97A 1D2YA 3C7WA 3DN0A 3HU9A 1QTHA 1C6HA 3HH6A 1C61A 2Q9DA 3SB5A 3HWLA 4I7TA 1P6YA 1JTNA 1L41A 3SBBC 1T8FA 3DMZA 1G0MA 1QT6A 3NYAA 3V2YA 1L46A 1L55A 4W55A 2ANVA 3GUMA 173LA 113LA 1CU0A 1LYHA 168LA 211LA 3GUIA 1QTZA 1C65A 1C6QA 1L38A 1LGUA 1C64A 7LZMA 1L04A 1L76A 1L90A 3SB6A 1G1VA 221LA 112LA 246LA 3DN2A 177LA 3CDQA 1L03A 178LA 4YX7C 130LA 240LA 2HULA 1L18A 3DKEX 3FI5A 1G0QA 1L61A 1L92A 1LYGA 2B6WA 1G07A 1L01A 1ZWNA 1KS3A 1L27A 1KW7A 1L89A 201LA 1D3NA 2B6YA 4W52A 1C6GA 1L05A 260LA 1L64A 3DN1A 3PDSA 3HT9A 243LA 257LA 1JTMA 1C6KA 4EKQA 1C6JA 1C6CA 111LA 1L26A 4I7NA 1P7SA 4ARLA 3NY9A 3C8SA 148LE 1L60A 2F2QA 1LI2A 1KNIA 2F32A 3SB8A 4I7PA 1P46A 3GUPA 2O7AA 1C6EA 1QT4A 1SX2A 1SX7A 1C67A 1L02A 1ZYTA 1L52A 2RBSA 1C63A 1LW9A 3L2XA 4K5YA 172LA 1CV1A 3CDRA 1XJTA 3VW7A 151LA 1L35A 3GUJA 3DNAA 3GUKA 4GRVA 3HUQA 4I7KA 1L24A 4EPFA 1C60A 1LI6A 1OV5A 4W53A 1L11A 2B74A 1L13A 1DYGA 4YXCA 4I7OA 1L57A 255LA 3C82A 150LA 1T8AA 3QAKA 1C6DA 175LA 3K2RA 4S0WA 1L45A 2O4WA 3DN6A 158LA 108LA 3HUAA 1LYDA 1DYAA 1L42A 120LA 1OVKA 1L00A 2RAZX 188LA 4I7QA 145LA 1L32A 125LA 143LA 110LA 1C62A 1L40A 1LWKA 3C83A 5LZMA 1L31A 1DYEA 217LA 3G3WA 254LA 1L96A 139LA 163LA 4ZPUA 3FADA 3RZEA 176LA 6LZMA 3HTFA 122LA 162LA 157LA 2RBOA 191LA 1L25A 222LA 2OEAX 1OVJA 171LA 1QSBA 2OU8A 1C6FA 1CU5A 1L56A 1CUPA 1LGXA 198LA 1ZURA 1L80A 3G3XA 1L50A 4ARQA 196LA 4W59A 2OU0X 1NHBA 226LA 3NY8A 2B6TA 1C68A 2B73A 3OE0A 1D2WA 2RBPA 1P3NA 1L69A 4EXMA 4LDLA 2RB0X 4ARMB 1CVKA 1PQMA 258LA 1L21A 1DYBA 218LA 238LA 4I7MA 1L37A 119LA 3CDTA 2L78A 3UONA 180LA 1P37A 1L34A 1L74A 1QTCA 1CV6A 1L54A 1G0JA 1C6AA 1L63A 1CU6A 4I7RA 3C80A 189LA 187LA 1DYDA 1L08A 1C6BA 1D3JA 1LLHA 1LWGA 3F9LA 1C6TA 109LA 229LA 3HU8A 169LA 3JR6A 115LA 1L49A 1L23A 103LA 231LA 2B75A 1LPYA 1G1WA 3SB7A 2B6ZA 2RBNA 4YXAC 1L53A 1QSQA 215LA 181LA 184LA 1EPYA 2LCBA 3HT8A 1D3FA 147LA 1KW5A 3DMVA 4EPIA 5I14A 2QARC 3GUOA 3D4SA 152LA 3HH4A 3V2WA 3SBAA 4EKRA 1L43A 3DN8A 1LYFA 245LA 3HH3A 2LC9A 1PQJA 3SB9A 1L07A 1L67A 1QT5A 104LA 3ODUA 146LA 1CV4A 2OU9A 1OWYA 3DMXA 1OYUA 259LA 3GULA 3HDEA 1D9WA 1I6SA 127LA 137LA 1L94A 2IGCA 262LA 3F8VA 1QUHA 1C66A 1DYCA 4GBRB 1C6IA 3CDVA 1PQKA 236LA 186LA 220LA 209LA 4W51A 1L22A 1PQDA 4PK0A 4EKPA 126LA 1L99A 219LA 1L62A 1LYIA 2NTGA 3PBLA 1OV7A 149LA 210LA 224LA 1CU2A 3OE9A 1L65A 1G0KA 156LA 1L79A 4W57A 128LA 3FA0A 4ARMA 165LA 1L06A 1LYJA 107LA 1L16A 1QUGA 3HTBA 1SWYA 2RH1A 1G0PA 1L95A 1DYFA 1L30A 1L59A 1L28A 1L39A 1QUOA 3OE8A 4EJ4A 3HTDA 1L77A 1QTDA 1L0JA 232LA 131LA 4LZMA 161LA 1C6PA 4EKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBRA 5L3HA 2YBJA 1C6LA 170LA 2RB1X 4DD2A 2MEIA 1IP1A 4DT3A 1CV5A 1QS5A 4NGLA 1B5VA 141LA 4RLMA 3SN6R 1LSBA 5F9UA 1G0GA 2Q0MX 118LA 1C10A 3ULRA 1LJFA 4ARJA 1LSCA 3OE6A 2ZNWY 3WULA 1SWZA 199LA 1CKCA 4DDAA 1GD6A 5B1GA 3W6BA 155LA 1P2LA 4GLVA 4PGJB 1JUGA 1AZFA 1VAUA 2D4KA 4PPOA 1LZ8A 1L72A 1UIGA 223LA 193LA 3W6EA 4IJ4A 1L44A 3WXUA 2A4TA 1QT7A 214LA 212LA 4Z41A 1PQIA 1C6NA 3P66A 1EQEA 1XEKA 1OWZA 1IP5A 1QTVA 2X0AA 5FEKA 2DQEY 3HDFA 1JJ0A 1LSZA 2Z6BA 242LA 4G4CA 1L82A 1CX7A 1PZYA 4W56A 1T6HA 5AMYA 4LYBA 3QY4A 1T8GA 1BB7A 3BKVA 1DXJA 4BADA 1L51A 1F6SA 4L41A 1D3MA 3W6AA 4AQNA 1LJNA 1K28A 3RU5A 2BQBA 1G7LC 1GDXA 1LSMA 4TSCA 1QUSA 1HFXA 1LZDA 3D9AC 4HPIA 216LA 5T3FA 1AT5A 4H9FA 4WG7A 5L9JA 4WM5A 2CDSA 1IWTA 3C8QA 1LMPA 1TEWA 1FLUA 4HTQA 4NHPA 4PRQA 1CKFA 2OTYX 4H9IA 1L47A 164LA 4LDOA 2A7FA 4GN5C 1L75A 2CGIA 4HP0A 1XEPA 3GXKA 1JTTL 3EMLA 1P56A 4B49A 4NIJA 1QQYA 1F0WA 4NSGA 123LA 197LA 4NSHA 2HEEA 3C7WA 2FYCA 4IATA 2BQLA 1LHMA 3ATOA 5HMVA 1QTHA 3IJUA 1UCOA 2Z38A 2Q9DA 1XGQC 2I26L 2HU3A 3AGIA 1AKIA 1UIDA 4OW1A 2H9JA 4HV2A 1IO5A 1G0MA 4Z98A 1QT6A 3NYAA 1L46A 1BQLY 1KIQC 3WU8A 2LZTA 2ANVA 113LA 1NDGC 3RT5X 1L38A 1L04A 4NGVA 2FYDA 1OUJA 3CT0A 112LA 1GEZA 246LA 2F4AA 2MEAA 3AW6A 4LGKA 1LZ9A 4YX7C 4CFPA 2DBTA 1GF5A 1AT6A 3M3UA 1G0QA 1LJ4A 4YM8A 4XENA 4DD0A 1ZMYL 1F10A 1G07A 1L01A 3J4GA 1KS3A 4NG1A 1V7SA 3EO5A 1TBYA 4PHIA 1LSYA 3TMVA 3A91A 2W1YA 1C6GA 1A2YC 4TTDA 1L64A 1JTMA 1C6KA 4I0CA 4R0FA 1P7SA 4YEOA 5DM9A 4H9HA 1B5ZA 4ZEEA 3C8SA 4KL7A 1L60A 1KNIA 4NGIA 1KXWA 4OWBA 4I7PA 1P46A 1L52A 2RBSA 1HHLA 1JTPL 3A3RX 5ILCA 1CV1A 3A6BY 1KXXA 1XEJA 1UUZC 3DNAA 3GUKA 1L24A 3TXIA 1J1OY 5HMJA 1LI6A 1GB2A 1H87A 1IWZA 2B74A 1DI3A 4N1CC 5KY1A 4CGEA 1DYGA 1GB9A 1DQJC 1BWIA 1YILA 1W6ZA 150LA 1T8AA 2WARA 2D4JA 4FJRA 1L45A 4ETBA 1IC4Y 3HUAA 4HV1A 1IR7A 4NSJA 2RAZX 4WL7A 2XQOA 4I7QA 4MR1A 5B1FA 2DQJY 2LYOA 1L40A 3P65A 1XGRC 1C08C 4GCFA 1L96A 4CFOA 5C6IA 5F16A 163LA 4ZPUA 5F9XA 1O23A 1OUAA 2ZYCA 5FELA 4HSFA 1LTMA 2RBOA 4J0LA 4G4HA 1D0LA 171LA 1GB3A 1B7SA 1WQOA 1GXXA 1HEWA 5LVIA 4ARQA 2HU1A 3RNXA 1WQMA 4E3UA 2B73A 4WLYA 1LKSA 4OWCA 3WW6A 4H9BA 4LDLA 1IX0A 1YL1X 1XSFA 1DYBA 3EXDA 1IC7Y 2BQEA 1GDWA 1L37A 3CDTA 1GHLA 1FBIX 3UONA 180LA 3AW7A 1CV6A 1G0JA 1CU6A 4LZTA 189LA 3P68A 1DYDA 1YKYX 4DD1A 1C6TA 229LA 169LA 1VATA 1LZNA 115LA 1L49A 4WO6A 103LA 5ILFA 4ZFPA 2DQIY 1LPYA 1G1WA 7LYZA 4WLXA 2B6ZA 4H9EA 3TMXA 1C46A 1EPYA 3QNGA 5APFA 2FBBA 1D3FA 1KW5A 8LYZA 4ZIXA 1LJIA 3D4SA 3W3EA 3HH4A 1L43A 1NBZC 1LJEA 3SB9A 1L67A 104LA 146LA 1CV4A 1OWYA 3DMXA 1OYUA 3GULA 1OUHA 262LA 3A6CY 3QE8A 2BQAA 186LA 220LA 3CSQA 4R6CA 4W51A 1L22A 1OUGA 126LA 3WH1A 4EMNA 1XEIA 1LYIA 4LFXA 1T6VL 1A4VA 149LA 1JIYA 210LA 2BQOA 1L65A 1HFZA 4H8ZA 5B05A 3CSRA 3G3BB 3SP3A 1IY4A 1LYJA 1ZVYB 3F6ZA 107LA 1L16A 1QUGA 1IIZA 1T3PA 1G0PA 2BQGA 1CJ8A 3W6DA 1WQPA 1QUTA 1L39A 3OE8A 1NBYC 1LHHA 1GFJA 1L77A 232LA 1B7PA 4XJIA 2BQMA 1B7LA 3OJPA 5LA8A 3RUNA 2ZILA 2Z39A 1HSXA 1P36A 4NGJA 2LYZA 4UWUA 4H91A 1L71A 4DAJA 4HPEA 4KXIA 3C8RA 3WUAA 4NGWA 3L64A 3G3VA 1N4FA 5LA5A 1YAMA 4W96A 2B72A 1HC0A 5KXKA 5DN4A 1L85A 2ZIKA 5KXSA 3LYZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBR A;  5L3H A;  2YBJ A;  1C6L A;  170L A;  2RB1 X;  4DD2 A;  2MEI A;  1IP1 A;  4DT3 A;  1CV5 A;  1QS5 A;  4NGL A;  1B5V A;  141L A;  4RLM A;  3SN6 R;  1LSB A;  5F9U A;  1G0G A;  2Q0M X;  118L A;  1C10 A;  3ULR A;  1LJF A;  4ARJ A;  1LSC A;  3OE6 A;  2ZNW Y;  3WUL A;  1SWZ A;  199L A;  1CKC A;  4DDA A;  1GD6 A;  5B1G A;  3W6B A;  155L A;  1P2L A;  4GLV A;  4PGJ B;  1JUG A;  1AZF A;  1VAU A;  2D4K A;  4PPO A;  1LZ8 A;  1L72 A;  1UIG A;  223L A;  193L A;  3W6E A;  4IJ4 A;  1L44 A;  3WXU A;  2A4T A;  1QT7 A;  214L A;  212L A;  4Z41 A;  1PQI A;  1C6N A;  3P66 A;  1EQE A;  1XEK A;  1OWZ A;  1IP5 A;  1QTV A;  2X0A A;  5FEK A;  2DQE Y;  3HDF A;  1JJ0 A;  1LSZ A;  2Z6B A;  242L A;  4G4C A;  1L82 A;  1CX7 A;  1PZY A;  4W56 A;  1T6H A;  5AMY A;  4LYB A;  3QY4 A;  1T8G A;  1BB7 A;  3BKV A;  1DXJ A;  4BAD A;  1L51 A;  1F6S A;  4L41 A;  1D3M A;  3W6A A;  4AQN A;  1LJN A;  1K28 A;  3RU5 A;  2BQB A;  1G7L C;  1GDX A;  1LSM A;  4TSC A;  1QUS A;  1HFX A;  1LZD A;  3D9A C;  4HPI A;  216L A;  5T3F A;  1AT5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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