2B72A

T4 lysozyme mutant l99a at 100 mpa
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2b72A00
1L18A 1JTNA 3SB6A 1L29A 259LA 1C66A 2NTGA 1L49A 1OWYA 2RB1X 4I7PA 1L30A 1QT8A 114LA 152LA 162LA 1LGUA 1WTHA 3GUJA 1L42A 226LA 119LA 4LDEA 253LA 1G0MA 3HT8A 1L33A 1L61A 2CUUA 1L09A 2RAYX 4W59A 3RZEA 1C6KA 110LA 1CUPA 4EKPA 178LA 236LA 4ARLA 144LA 1D2YA 1C62A 1QTBA 1T97A 102LA 1ZYTA 195LA 5I14A 2QARC 1KS3A 3F8VA 3GUMA 1L52A 4ARQB 1ZURA 149LA 1L97A 3SB9A 4EXMA 1OVHA 2B75A 5LZMA 3LZMA 1C6CA 2O7AA 3HTBA 4EPFA 4ARPA 1P36A 183LA 1C6EA 1LI3A 2B6XA 1CU5A 1L98A 1PQMA 1CVKA 2ANVA 244LA 2RBNA 1CV0A 3SB8A 1L39A 112LA 260LA 252LA 4LDOA 2OE9X 3C81A 212LA 1L47A 3GUOA 1PQJA 2RBPA 1I6SA 1L00A 1OVKA 238LA 3C7ZA 4ZPUA 3HTFA 1L19A 2F47A 4GRVA 2OU8A 240LA 210LA 167LA 1DYBA 3HU8A 219LA 3DNAA 1CU3A 1D3JA 1C64A 3CDOA 2LCBA 228LA 3C83A 4EPIA 115LA 143LA 1L91A 1L70A 1L67A 1L02A 1L54A 1LW9A 1C6AA 3HT9A 3HH5A 1CU0A 181LA 3HU9A 1L34A 3VW7A 2LC9A 1L23A 1NHBA 1P46A 3HDEA 1L95A 229LA 1L53A 2OEAX 2RB0X 1CX6A 2B70A 147LA 1L43A 1L48A 3F9LA 262LA 158LA 1QT4A 1DYDA 4I7RA 2B6ZA 1LLHA 151LA 1C6PA 3C7WA 4EJ4A 1C6JA 1L35A 2A4TA 2RH1A 4GBRB 1L69A 1L57A 1L56A 3HTGA 3PBLA 3HT6A 2RB2X 1KW7A 185LA 1QT7A 1KY0A 1T6HA 4I7LA 1CV4A 1L75A 241LA 3DN1A 4IAPA 1L73A 3RUNA 1CV1A 1QTZA 4YX7C 3NY8A 1P56A 3FA0A 126LA 1P7SA 4LZMA 4W54A 1LYIA 1L74A 184LA 4K5YA 1G0GA 239LA 1D3FA 7LZMA 129LA 1L83A 4EKQA 1G1WA 1QS5A 1LWKA 1L24A 242LA 198LA 1C61A 186LA 4DJHA 1QT6A 1L85A 1QT3A 1D9WA 1QT5A 3HH6A 2QB0B 1C6LA 1LYHA 3DMXA 1L12A 233LA 1G0JA 131LA 1L77A 230LA 168LA 2LZMA 165LA 3EMLA 245LA 1L64A 3UONA 217LA 1XJTA 3CDVA 221LA 197LA 3JR6A 156LA 246LA 2B7XA 4ARJA 3SB5A 4W56A 1L84A 150LA 3SBBC 1LYFA 1L80A 1T8GA 1L76A 109LA 4W52A 1L0KA 122LA 1C6TA 1L59A 3C8SA 1CV3A 1C6HA 1L55A 250LA 4E97A 199LA 227LA 148LE 1DYCA 1XJUA 1QUHA 6LZMA 141LA 258LA 123LA 157LA 3G3WA 3D4SA 1C6FA 3GUNA 1L03A 1L89A 251LA 187LA 1SWYA 155LA 1OWZA 1QUGA 3HWLA 3OE9A 1SX7A 3HH4A 146LA 1C6DA 1L65A 3DN6A 2B74A 4I7QA 127LA 164LA 1L44A 1L26A 192LA 3DN8A 3DN2A 191LA 1QTVA 255LA 2RBSA 113LA 1L14A 3DKEX 1PQDA 1L17A 1L71A 1L36A 3SBAA 4W51A 1QUOA 145LA 174LA 1LI2A 2B6WA 3PDSA 234LA 139LA 1P5CA 1G0LA 1LYJA 1SSWA 1LGWA 3DN4A 1LYDA 3C7YA 218LA 4DKLA 140LA 3G3VA 235LA 1KW5A 1L31A 4W55A 1OYUA 1QUDA 223LA 1EPYA 1L72A 247LA 1L82A 4DAJA 243LA 3CDRA 4ARMB 1KY1A 3C8QA 160LA 3OE6A 2F2QA 1CX7A 232LA 4S0WA 1G0QA 1L10A 220LA 3NY9A 2B6TA 1L88A 4LDLA 1QTCA 1LGXA 3OE8A 176LA 3FI5A 1D3NA 214LA 2RBOA 3HUAA 1C68A 1L07A 3HTDA 1DYAA 1P37A 1L38A 3GUPA 3C8RA 130LA 1L37A 1G0KA 2OU9A 3DMVA 2OE7X 2OTYX 4ARMA 1C67A 1CTWA 2OU0X 1DYEA 1LI6A 1L66A 2B72A 1L21A 248LA 138LA 1L58A 1D3MA 3SB7A 1L51A 3HDFA 4I7NA 3NYAA 171LA 1P64A 1C60A 2ANXA 1L45A 107LA 175LA 4W58A 1KNIA 211LA 1L50A 4I7TA 1LPYA 159LA 1SSYA 1L87A 225LA 172LA 1L92A 1P2LA 209LA 254LA 1SX2A 2L78A 1L86A 1PQOA 1QSQA 2IGCA 173LA 1L62A 3HUQA 3CDQA 3C82A 1L99A 1QS9A 2HUKA 4I7OA 1C6NA 2O4WA 256LA 118LA 1L16A 188LA 2RBRA 1L05A 3C80A 1QSBA 2RBQA 1CU2A 1C6GA 1L04A 1OV5A 128LA 3DN0A 1PQIA 1L93A 170LA 2HUMA 1T8AA 2NTHA 1XEPA 189LA 1G1VA 4I7KA 213LA 1L01A 1G0PA 249LA 137LA 3DN3A 1L79A 166LA 1G07A 3GUKA 3K2RA 257LA 1PQKA 3HH3A 1C63A 1B6IA 1JQUA 169LA 2Q9EA 3L64A 4W53A 1CV5A 4ARQA 3HUKA 4YXAC 4EKRA 177LA 111LA 2Z6BA 1C6QA 161LA 4I7MA 103LA 1LYEA 1OV7A 1L0JA 1L22A 1D2WA 1C6MA 1L96A 3GULA 4I7JA 1C6IA 205LA 3GUIA 182LA 1G06A 1C65A 1L63A 3CDTA 142LA 1CV6A 2Q9DA 1P2RA 1DYFA 1DYGA 3HT7A 1P3NA 215LA 180LA 1K28A 1L28A 2F32A 2B73A 125LA 1L27A 1L46A 1L90A 163LA 120LA 1L15A 1L60A 4PK0A 1T8FA 3QAKA 3DMZA 200LA 206LA 4YXCA 4W57A 1LWGA 1C6BA 4AQNA 1L25A 1CU6A 3V2WA 196LA 2RAZX 1L08A 2O79A 2OE4X 222LA 104LA 1L41A 3V2YA 2B6YA 190LA 1ZWNA 231LA 3L2XA 1L32A 237LA 4PJZA 2HULA 1CUQA 3FADA 108LA 261LA 1L68A 1L81A 1L20A 1OVJA 1QTDA 3SN6R 1QTHA 4OO9A 1JTMA 1L06A 1L13A 201LA 1C69A 2OTZX 1L40A 3G3XA 3OE0A 3ODUA 216LA 1TLAA 1L11A 1LYGA 4EKSA 1L94A 4I7SA 224LA 1SWZA 1P6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
7LYZA 1REZA 4XENA 5I4WA 4DT3A 1GWDA 3AZ4A 2NTGA 1OWYA 4I8SA 1GF0A 1UIHA 2YBHA 162LA 226LA 2YVBA 1L33A 2EKSC 4N8ZA 1GEVA 1HMKA 1IEEA 236LA 4ARLA 144LA 1B0DA 1QTBA 3D3DA 4YEOA 4IJ4A 4QGZA 2QARC 5APFA 1IWVA 5KXSA 4XJBA 4RDSA 1JTTL 1A2YC 4EXMA 2B75A 5D5CA 4EPFA 4ARPA 1LI3A 1FBIX 1CU5A 2ANVA 4MCKA 1SQ2L 112LA 1PZYA 3AZ6A 4DD9A 2I26L 252LA 4LDOA 1GF3A 3LN2A 1B9OA 1YAPA 5DL9A 1UA6Y 3AYQA 1GDXA 1DI3A 3C7ZA 1MLCE 1L19A 3B0OA 1YAQA 4YM8A 1UUZC 3HU8A 1C64A 3CDOA 3C83A 3A93A 143LA 3P65A 1L54A 1LMTA 4B1AA 1HELA 181LA 4CHXA 3ZVQB 3HU9A 3HBDA 3M3UA 4WO6A 1CJ7A 2LC9A 1XGPC 4ML7A 1GF9A 1XGTC 2RB0X 5FCPA 147LA 1L48A 3F9LA 262LA 3J6KA 1UACY 1TCYA 1T6VL 5KXTA 4OWAA 5I54A 1LHJA 1DXJA 4DD7A 3BKVA 1KW7A 1QT7A 1LJFA 1HSXA 1T6HA 2ZILA 4HJYA 1J1PY 4YENA 5KXPA 3W3EA 1L73A 4YX7C 3D9AC 1NWGA 3FA0A 3CSZA 2CWIA 4W54A 4K5YA 7LZMA 1D3FA 1LZ5A 1QS5A 2CJLA 242LA 1TEWA 2D6BA 5B06A 1QT6A 4XJFA 3WU8A 1C08C 1QT3A 1D9WA 2HU3A 2QB0B 1GPQC 3DMXA 4NHSA 4PJ2C 4WLDA 165LA 1GF6A 3CDVA 153LA 1LJIA 4NHQA 1XEKA 193LA 1HNLA 5KXKA 1C7PA 1BHZA 1LJKA 1HEOA 1ZMYL 109LA 4W52A 3WW5A 4DQJA 4NGVA 208LA 1CV3A 1L55A 199LA 258LA 1HERA 3HBEX 1HENA 3CT5A 3A92A 3GUNA 1YQVY 5KXOA 3LZ2A 1QUGA 4B4EA 5KJ9A 1GBWA 1NHEA 5APDA 1D0LA 4NSIA 1JKCA 1QSWA 6LYTA 5HMJA 1IP6A 4WL7A 1L44A 1LHMA 3WPJA 3DN8A 1QTVA 2D91A 1PQDA 1L17A 4LFXA 1ZVYB 1L36A 2BQHA 1LI2A 2I25L 1OUJA 2BQCA 1JSEA 1TBYA 1LGWA 2BQOA 3DN4A 5HNCA 4DKLA 140LA 235LA 4J1BA 223LA 4H9CA 3RNXA 3P68A 1EL1A 247LA 1L82A 1IIZA 4B4JA 1KY1A 3C8QA 2F2QA 1J1XY 4XADA 1UIFA 2B6TA 1G7LC 1HEQA 3OE8A 176LA 3FI5A 4UWUA 3W6BA 4ET9A 214LA 3A90A 2MEIA 2BQGA 4PRUA 5DN5A 1CJ6A 1CJ9A 1IORA 4J7VA 3DMVA 5I4YA 2OU0X 1GEZA 1WVUA 4N1CC 4NGLA 1BWHA 3FI7A 4HV1A 1FDLY 5L3HA 4KXIA 2FBBA 3SB7A 1B2KA 171LA 1P64A 1ZV5L 2Z38A 2ANXA 1L45A 3J4GA 4W58A 211LA 4I7TA 4WLYA 1NBZC 1Z55A 1SSYA 1L87A 2NWDX 1L92A 1SX2A 1L86A 5HNLA 3P64A 4NGYA 2XQOA 5LVGA 4NFVA 173LA 1LYYA 1L62A 1CJ8A 2DQEY 1HEWA 1VFBC 3HUQA 4H9BA 4WLXA 3C82A 4QEQA 3EO5A 5LYMA 1I20A 4I7OA 4LYOA 2YSSC 188LA 2BQFA 3C80A 4P2EA 1L04A 4BAPA 1PQIA 4ET8A 2NTHA 189LA 213LA 1JTPL 1YKXX 249LA 4LFPA 2FYDA 1HFYA 1WQQA 4ZIXA 3AB6A 6LYZA 4WM4A 169LA 1HSWA 1GFTA 1LZEA 1C6QA 3CT1A 1LZ8A 4GCEA 4I7MA 3QE8A 1OV7A 1L22A 1B7RA 2G4PA 5C6IA 3GULA 4Z41A 1C6IA 5HLLA 3A3RX 3GUIA 1EQEA 1G06A 1L63A 3CDTA 5B1FA 1OUDA 4PGJB 142LA 2Q9DA 5ILCA 1DYGA 4NSJA 1LKSA 4XJHA 1P3NA 1OUCA 1D0MA 2BQEA 4X3BA 125LA 1L27A 1AZFA 1L90A 3RT5X 1L15A 4OW1A 1XFPL 4RW2A 1T8FA 3QAKA 3AW6A 3G3BB 1LWGA 2LZTA 4AQNA 1L25A 1DPXA 1D0KA 2O79A 3WW6A 104LA 3L2XA 3WU9A 2Z37A 3FADA 4ZEEA 9LYZA 4LT3A 1V7TA 1GB7A 1BB7A 3SN6R 1QTHA 3MGWA 5FSTA 201LA 1BGIA 2A7DA 1PS5A 4YF2A 1TLAA 3WL2A 4EKSA 4I7SA 1IC4Y 1P6YA 1JTNA 3SB6A 1C46A 1GB6A 2Z12A 4XN6A 114LA 1WTHA 3GUJA 253LA 2HTXA 3HT8A 4Z98A 2EQLA 5KKIA 1DKJA 3RZEA 1REXA 178LA 2D4KA 1C62A 4DWXA 2I6ZA 102LA 195LA 1GE1A 4GN5C 3F8VA 1LSMA 4LYTA 4NGOA 5KXZA 1IVMA 1D6QA 1LMQA 3RU5A 1LSDA 1GF4A 4N5RA 5LZMA 1C6CA 1G7HC 4OWHA 1P36A 1P2CC 1C6EA 2D4IA 2W1YA 1LMAA 1L98A 1CVKA 1CV0A 1LHKA 1G7JC 2HU1A 3C81A 212LA 1L47A 1VATA 1CKGA 3GUOA 4U3XB 1L00A 238LA 135LA 3HTFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 7LYZ A;  1REZ A;  4XEN A;  5I4W A;  4DT3 A;  1GWD A;  3AZ4 A;  2NTG A;  1OWY A;  4I8S A;  1GF0 A;  1UIH A;  2YBH A;  162L A;  226L A;  2YVB A;  1L33 A;  2EKS C;  4N8Z A;  1GEV A;  1HMK A;  1IEE A;  236L A;  4ARL A;  144L A;  1B0D A;  1QTB A;  3D3D A;  4YEO A;  4IJ4 A;  4QGZ A;  2QAR C;  5APF A;  1IWV A;  5KXS A;  4XJB A;  4RDS A;  1JTT L;  1A2Y C;  4EXM A;  2B75 A;  5D5C A;  4EPF A;  4ARP A;  1LI3 A;  1FBI X;  1CU5 A;  2ANV A;  4MCK A;  1SQ2 L;  112L A;  1PZY A;  3AZ6 A;  4DD9 A;  2I26 L;  252L A;  4LDO A;  1GF3 A;  3LN2 A;  1B9O A;  1YAP A;  5DL9 A;  1UA6 Y;  3AYQ A;  1GDX A;  1DI3 A;  3C7Z A;  1MLC E;  1L19 A;  3B0O A;  1YAQ A;  4YM8 A;  1UUZ C;  3HU8 A;  1C64 A;  3CDO A;  3C83 A;  3A93 A;  143L A;  3P65 A;  1L54 A;  1LMT A;  4B1A A;  1HEL A;  181L A;  4CHX A;  3ZVQ B;  3HU9 A;  3HBD A;  3M3U A;  4WO6 A;  1CJ7 A;  2LC9 A;  1XGP C;  4ML7 A;  1GF9 A;  1XGT C;  2RB0 X;  5FCP A;  147L A;  1L48 A;  3F9L A;  262L A;  3J6K A;  1UAC Y;  1TCY A;  1T6V L;  5KXT A;  4OWA A;  5I54 A;  1LHJ A;  1DXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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