The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
110
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structure length |
110
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Chain Sequence |
MSRSNRQKEYKCGDLVFAKMKGYPHWPARIDEMPEAAVKSTANKYQVFFFGTHETAFLGPKDLFPYEESKEKFGKPNKRKGFSEGLWEIENNPTVKASGYQSSQKKSCAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High resolution structure of the HDGF PWWP domain: a potential DNA binding domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Hormone/growth factor
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| molecule keywords |
Hepatoma-derived growth factor
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| total genus |
15
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| structure length |
110
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| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00855 | PWWP | PWWP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CEY A; 2L3R A; 5M9O A; 4IUU A; 3P8D A; 3MP6 A; 3OYC A; 3F70 A; 5IN1 A; 4RG2 A; 4C5E A; 2JZ2 A; 2R5A A; 3C4S A; 5FRO A; 4E7L A; 3DB4 A; 4N4G A; 2MWO A; 4GY5 A; 2QQR A; 2XK0 A; 4ZTJ A; 1KHC A; 3SD4 A; 2RI2 A; 3OYN A; 3S3M A; 5J26 A; 3FDR A; 3DLM A; 3OYJ A; 2L8D A; 2X4Y A; 4EDU A; 3E9F A; 1MHN A; 3O8V A; 3MEV A; 3OQ5 A; 4C5G A; 5IAY A; 4IUT A; 3S3N A; 2LCC A; 3PMI A; 5J39 A; 3QKJ A; 4FL6 A; 5KE2 A; 4A4F A; 5FRN A; 3LLR A; 2RHZ A; 2X4X A; 2LTO A; 1RI0 A; 2XDP A; 4QW2 A; 4A4G A; 3PFS A; 3OYH A; 4C5H A; 3OYM A; 2NLU A; 3LX7 A; 4QQG A; 1OYX A; 2EQJ A; 3QII A; 2K3X A; 2QQS A; 2BKD N; 2RHX A; 3MET A; 2P0K A; 3ME9 A; 5C0M A; 2RJF A; 2L89 A; 4BAC A; 2EQM A; 3QBY A; 4E7H A; 2RHU A; 3QJ6 A; 2MWP A; 2YRV A; 4IUV A; 4BE1 A; 4B9X A; 5D6Y A; 3L42 A; 2RHY A; 3MEW A; 3NTK A; 2JTF A; 3NTI A; 3MEU A; 3OS0 A; 2O4X A; 3FC3 A; 1H3Z A; 3H8Z A; 2K3Y A; 3LGL A; 2M16 A; 4BE0 A; 2R57 A; 2X4W A; 5KCO A; 3L2Q A; 4OVA A; 2X35 A; 2EQK A; 4A4E A; 2EQU A; 2O4X B; 4NS5 A; 4BDZ A; 4PLL A; 3L2R A; 3E9G A; 3DB3 A; 4A4H A; 3KUF A; 3UT1 A; 3M9Q A; 5D6X A; 4PL6 A; 2LVM A; 3S6W A; 2WAC A; 4ZTF A; 3EAE A; 4Q5W A; 3OS1 A; 3MEA A; 4E7K A; 2PQW A; 3OYD A; 4L59 A; 2FHD A; 2HQX A; 1G5V A; 2R58 A; 2VYT A; 2RO0 A; 3OYK A; 4IUR A; 3FEO A; 2RJD A; 1SSF A; 2M1H A; 3OA6 A; 4UC4 A; 2E5Q A; 3OYF A; 1OZ2 A; 2GFA A; 4Z02 A; 3OYI A; 2D9T A; 4IKF A; 3OMG A; 2DIG A; 3OYA A; 2BIV A; 3L2V A; 5FRM A; 3BDL A; 3OB9 A; 2GFU A; 2B8A A; 5KCH A; 2E6N A; 4HCZ A; 2EKO A; 3OMC A; 1XNI A; 2RI5 A; 4FU6 A; 2RHI A; 4IUQ A; 5KE3 A; 4N4I A; 3L2W A; 3GOX A; 4PLI A; 3Q1J A; 3OS2 A; 4LD6 A; 4CRI A; 5KH6 A; 4E7J A; 2CKK A; 3OYB A; 1WJR A; 5D6W A; 4X34 A; 3NTH A; 1WJS A; 2IG0 A; 2R5M A; 3MO8 A; 2DAQ A; 3MP1 A; 4II1 A; 5CIU A; 4BE2 A; 4QVZ A; 2G3R A; 4QQD A; 3UWN A; 3LGF A; 4E7I A; 1N27 A; 1OI1 A; 2LDM A; 4QQ6 A; 2GF7 A; 3OY9 A; 3OYG A; 3LH0 A; 2BUD A; 2EFI A; 3PMT A; 2HQE A; 1WJQ A; 3ZEH A; 3S3O A; 3P8H A; 2RJE A; 1WGS A; 2M0O A; 3MP8 A; 2RJC A; 3FLG A; 4BDY A; 4N4H A; 2RI3 A; 4C5I A; 3OYL A; 1OZ3 A; 3H6Z A; 3L2U A; 3LYI A; 3ASK A; 4BD3 A; 3PNW C; 3OYE A; 4IUP A; 2DIQ A; 2LRQ A; 5C6S A; 2F5K A; 4B9W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VYU A; 3JAM E; 5CKD A; 2CSI A; 2RQW A; 5GAO l; 2RQT A; 5FRO A; 4F04 B; 3G7Z A; 1AD5 A; 5GAM h; 4XU2 A; 3M0P A; 4EDU A; 2HZY A; 2JS0 A; 5I22 A; 2KRN A; 3OYH A; 4M75 F; 1JRI A; 1Q81 U; 1TS9 A; 2K3X A; 1PSF A; 1N8R U; 1P92 A; 4CC2 A; 1IXD A; 1YWP A; 4HVW A; 2HBW A; 4AFZ C; 1NEG A; 2EKH A; 1EIF A; 2JTF A; 2K5I A; 2JJ9 A; 2CZ0 B; 1RUW A; 1G3Y A; 4OVA A; 1VIF A; 4BDZ A; 2J6F A; 4A4H A; 5DM7 R; 3CC4 T; 1I8F A; 3C12 A; 1YP5 A; 2WAC A; 1O75 A; 1RLP C; 1YFN A; 4OP0 A; 2XMF A; 5CQX A; 4RCB A; 4M4Z A; 3OYD A; 3JCM f; 5FU6 B; 5GAN 3; 1G5V A; 3H0F A; 4LDX A; 4M7A C; 4MML A; 1TG0 A; 5HCK A; 3CPW S; 1YIT T; 1M1K U; 1BBZ A; 2DBK A; 2CYZ B; 3SWN A; 4IUQ A; 4N4I A; 3CCE A; 2RH2 A; 2CUB A; 4F7U A; 4KGV B; 3CCS A; 1IGU A; 3M4G A; 2XHC A; 3E1S A; 4HKE A; 1BB9 A; 2FG0 A; 1B34 A; 4DBQ A; 3LH0 A; 2F2X A; 1MMA A; 2JT4 A; 2KE9 A; 4PFO A; 4RTZ A; 1X43 A; 1U1T A; 3CPF A; 2E3I A; 2JM8 A; 3VS5 A; 9ATC B; 3ASK A; 3X28 B; 5C6S A; 1TUG B; 1ZUK A; 4J9H A; 2WSC E; 2JMA A; 2J7I A; 3HSB A; 4Y91 A; 5GAO p; 3P8D A; 5KYX B; 1MMD A; 3KFV A; 1X75 C; 1JJ2 P; 2E65 A; 3C4S A; 4DBF A; 3H9N A; 2VXE A; 1VQ8 A; 1UHF A; 2DNU A; 1QVF S; 1OU9 A; 2YDL A; 5GAO q; 3X25 B; 3JCM d; 3O8V A; 5IAY A; 3QKJ A; 4FL6 A; 2DL5 A; 1VQ4 Q; 2XDP A; 1BI2 A; 3FB9 A; 2BE7 D; 4EMK C; 2GCX A; 1BIA A; 1Q7Y C; 1YNZ A; 2ECZ A; 5C0M A; 3UF4 A; 2D6F A; 2DO3 A; 2HSP A; 3QBY A; 3QJ6 A; 3GLX A; 2JNG A; 5FU6 C; 4BE1 A; 1QVG A; 1KD1 U; 2PTK A; 1WLP B; 1YJW A; 2KXC A; 1VQ4 A; 3THK A; 3JCM h; 1K4U S; 1JO8 A; 2RQR A; 3X26 B; 2KXD A; 3EAE A; 4M78 A; 4M75 E; 1GFC A; 3I9Q A; 2QA4 T; 1ABQ A; 4FSX A; 4M77 B; 5GAN 8; 4IUR A; 2WSF E; 1M3B A; 4WCI A; 1K1Z A; 2OJ2 A; 3CCV T; 2RNA A; 2RI5 A; 4FU6 A; 2RHI A; 5GAN 6; 4DEY A; 2BZY A; 3G71 A; 3M56 A; 1M9S A; 5KH6 A; 1VQN Q; 3O5Z A; 1Z9Q A; 4PJJ A; 4C92 B; 1G83 A; 5LJ3 e; 1W2B S; 2DZC A; 2QA4 Q; 3PMT A; 4VUB A; 4CC4 B; 4Z89 A; 1K0S A; 2ROL A; 4KH1 B; 1ZA1 B; 4KT0 E; 4M78 G; 1G3T A; 2HL3 A; 2K6D A; 2RN8 A; 4M77 D; 5GAN d; 2PNI A; 4PJO B; 2K57 A; 1U06 A; 5CKB A; 1M2O A; 1W2B A; 4M78 B; 5A0L A; 5GAO n; 5IN1 A; 5GAN g; 2KEA A; 4M77 A; 3QZ9 B; 1VUB A; 3PVQ A; 2SRC A; 2AZV A; 5HKC A; 3GIB A; 4JPB W; 1S72 T; 2EYQ A; 2NWM A; 1VQM A; 2X4X A; 2O2O A; 1H8K A; 2DXC A; 3LX7 A; 4QQG A; 3VS6 A; 3CCL Q; 2DER A; 4B6M A; 1Q82 C; 1RL2 A; 1IHW A; 1V1C A; 1ZSG A; 2M02 A; 3PIP A; 2X51 A; 2MWP A; 3SWN B; 4J5Y A; 1TH7 A; 2ZZD A; 5I21 A; 2GQI A; 4M7D B; 2X4W A; 1GCQ C; 2ESW A; 1Q95 G; 1TUD A; 2LJ1 A; 2NYS A; 1Y0M A; 1GXI E; 1G2B A; 3I5S A; 4AFS C; 4ZGJ B; 2YLC A; 2DEU A; 4EMK A; 1BK2 A; 4FYW B; 2GTJ A; 1QWF A; 1M4Z A; 4FW2 A; 3TU4 K; 3UAT A; 4QT7 A; 1D1C A; 1YCY A; 2DM1 A; 5FRM A; 1OX8 A; 1KC8 U; 1D0Y A; 2LJ3 A; 2DJZ A; 5HK0 A; 3TSW A; 1Q82 U; 3RKY A; 5IT9 E; 3GOX A; 4OF1 A; 1M90 R; 3NTH A; 1QW1 A; 1Q86 U; 1B34 B; 1TTH B; 2DAQ A; 2H8H A; 2DZ9 A; 2EAY A; 1QQJ A; 1TXQ A; 2ABL A; 1N27 A; 2O9V A; 3DKM A; 2QTV A; 2VAS A; 3OY9 A; 4J9F A; 2HQE A; 3VUZ A; 2BZX A; 4OMP A; 3QYH B; 1VQ6 A; 4J8O A; 1U8R A; 2L2P A; 4GLK A; 1BIB A; 3CXC P; 3PE0 A; 1K9M U; 3OYC A; 1UDL A; 1KC8 C; 1Y96 B; 3QUI A; 4GLM A; 4C0D B; 1ZLM A; 2DXB A; 4KUI A; 5FU7 B; 3U23 A; 1Y7X A; 3GPL A; 3QDR B; 4M7A A; 3CCL T; 1N6A A; 3M0R A; 4BY6 C; 3SWN C; 2XIC A; 2C0T A; 2O01 E; 1FWZ A; 2JTM A; 1K9A A; 2EQJ A; 1VQ5 A; 1WDX A; 3FJ5 A; 1LPL A; 1WHJ A; 2FEI A; 2YWW A; 2YRV A; 1SPK A; 3V7R A; 1O9S A; 2CH4 A; 1H3Z A; 1YI2 A; 2R57 A; 4M77 F; 1Y57 A; 2EQK A; 1IRX A; 3VUB A; 3WXM B; 3KUF A; 2PUK B; 3C94 A; 1FMK A; 3EFR A; 1Q7Y R; 2AKK A; 1HD3 A; 2RQU A; 4MDX A; 2EJG A; 3QYG B; 1GBR A; 5LJ5 j; 1Y96 A; 1M27 C; 1U1S A; 1I5O B; 2KRS A; 3JB9 J; 1Q86 R; 2MIO A; 2D8H A; 1AWO A; 3MPU B; 2FYK A; 1I1J A; 2W0Z A; 1K73 R; 2MI6 A; 1V29 B; 3M4Y A; 4Z88 A; 3OW2 A; 4LD6 A; 3OSS C; 2KSS A; 1N9R A; 1WJS A; 1YHQ A; 3MP1 A; 1NBE B; 1E7O A; 4JS5 A; 1U3O A; 4E6R A; 1NYF A; 1D0X A; 4J9B A; 2LQN A; 5GMK e; 1VQ9 Q; 3P8H A; 2QEX Q; 2F2W A; 3G71 T; 3JCM e; 1GCQ A; 4LN2 A; 1OZ3 A; 2DYI A; 1VQO T; 1JXM A; 3QSU A; 4PJO A; 3L2U A; 3G6E A; 2LT1 A; 1SEM A; 2RPN A; 2DL4 A; 2QA4 A; 1G3S A; 1WHG A; 2L5Q A; 2DTO A; 3A5Z B; 5I2M A; 4Y28 E; 2AK5 A; 4XK8 E; 4JUV A; 2DXT A; 2CT4 A; 1C6V X; 2K2V A; 2KBT A; 1YHQ T; 4PJO E; 1W4S A; 2K7A A; 1UGV A; 2LCL A; 1VQK A; 2QQ9 A; 3CCQ T; 3FDR A; 4JLG A; 2AHJ B; 3I55 Q; 3E9F A; 4D8D A; 3CCJ A; 3OYY A; 4QW2 A; 1B3Q A; 3QHS A; 3PFS A; 3HPW A; 2DD5 A; 1YJW Q; 3MET A; 3CC2 T; 1VOM A; 2RJF A; 3SFM A; 4RTW A; 1Z9Z A; 3EFS A; 1B07 A; 1VQK Q; 3NTI A; 4QVC A; 3BDU A; 4ORZ A; 1VQ8 T; 2HBP A; 1WIE A; 2FZG B; 3CC4 A; 3SEM A; 3VS2 A; 4O5V A; 4PLL A; 1CKB A; 2X3W D; 4EMK B; 4FT2 A; 3S6W A; 4J7I A; 2H3E B; 1Y71 A; 3ULR B; 2J6O A; 1SRM A; 1AZE A; 1GL5 A; 4M77 C; 4RTX A; 2XKO C; 4F17 A; 4J9D A; 3OA6 A; 3G6E T; 4C8Q A; 2E5Q A; 3HRU A; 3TEE A; 2C06 A; 3OMG A; 1NEB A; 1PKT A; 5LJ3 h; 5GAM f; 2BZ8 A; 3JB9 G; 5CK9 A; 4HCZ A; 1MUZ A; 1VYT A; 1VQ6 Q; 2CUD A; 4F7U G; 2VC8 A; 1VQ8 Q; 2DL3 A; 3JRZ A; 2R5M A; 3HKS A; 1W6X A; 3PIO A; 4RCC A; 2QI2 A; 1QWE A; 2CH4 W; 4E7I A; 2VB6 A; 4PJO C; 4RUG A; 3EG2 A; 2E12 A; 2MMP A; 4EPC A; 5I2S A; 2HKQ B; 2YRD A; 2DTI A; 1M90 U; 1WYX A; 3I5R A; 6AT1 B; 4MZM A; 5GJV B; 3RBB B; 2RD1 A; 1RAI B; 3PVL A; 1R77 A; 3CCQ Q; 2KY9 A; 4C8Q G; 1YBY A; 1YCS B; 2A0F B; 2J06 A; 3M58 A; 3L2Z A; 1NPP A; 2DA9 A; 4C5E A; 1IZ6 A; 4M75 D; 2MWO A; 4M7A B; 1ACM B; 1M1K R; 2QEX A; 1H92 A; 3JCM Q; 4C92 D; 1SKU B; 1WQ7 A; 2CZ1 B; 1K73 U; 3VYH B; 2ZPG B; 2ZAE A; 2ZCF B; 2DRM A; 1NM7 A; 3C0C A; 1W2B P; 2FRY A; 2XID A; 3CD6 T; 3CCR A; 3EHQ A; 2KT1 A; 3JCM V; 2QEX T; 1Q82 R; 3E9G A; 3CMA T; 3JCM X; 2P4T A; 4XQ3 A; 2LCS A; 1OU8 A; 1Q81 C; 4XU3 A; 2J6K A; 3P8B B; 4E47 A; 2WSE E; 3GF5 A; 3CCS T; 2GTO A; 3OYF A; 3L1A A; 5GAN f; 2DD4 A; 4JJB A; 2DYB A; 2ED0 A; 2EPD A; 1M1G A; 3EG9 A; 2CGH A; 1HK9 A; 2FPE A; 5LJ3 g; 1WHK A; 3CPW P; 2XDB A; 2CS7 A; 4AFU C; 2EJ9 A; 3JCM W; 3AHU A; 2LDM A; 4JRI A; 4HVU A; 7AT1 B; 2BUD A; 2YRC A; 3S3O A; 1M2V B; 3INZ A; 1M8M A; 1D3B B; 1QVF A; 1AEY A; 2DXU A; 2OAW A; 2L3Q A; 4ESR A; 1UEB A; 2PU9 B; 3D7S B; 2M0Y A; 2D0N A; 4XTX A; 4HT9 A; 3ZBD A; 4FM4 B; 4GY5 A; 1ZBJ A; 1YIT A; 3OYN A; 1CKA A; 5IHI A; 5FLX E; 1QCN A; 3G1J A; 4C0G A; 1LOJ A; 5FWC A; 1RI0 A; 4E7Z A; 3OYM A; 1X2K A; 4BB7 A; 3QWY A; 3CCV Q; 1C0M A; 1WHM A; 2RHX A; 3CCQ A; 2RMO A; 3QXE B; 4IIO A; 4JZ3 A; 4M78 F; 1VQN T; 3SDZ A; 1PKS A; 3VJP A; 4LDY A; 4BUG A; 2FB7 A; 2A7Y A; 5GJW B; 2FO0 A; 3KXT A; 1EFN A; 3X24 B; 2K3Y A; 2GBQ A; 1M2V A; 2HCK A; 1RAF B; 1TWB A; 3L2R A; 1YJ9 Q; 4HXJ A; 3UT1 A; 5IHK A; 2V1Q A; 4M7D G; 4M78 E; 4E2F B; 2ZGW A; 4R56 A; 1YJN Q; 5GAM j; 5ECA A; 2DK3 A; 4EMH A; 1WFW A; 1VQ5 Q; 1KQ2 A; 2R58 A; 1RAB B; 3CCJ T; 4C8Q D; 4IKF A; 2E5K A; 3HP9 A; 3VRZ A; 5CKH A; 1N8R R; 2A37 A; 2HL5 C; 1E6G A; 1NLP C; 3VS3 A; 2QK0 A; 2ZPE B; 2EYY A; 4QKU A; 2DPP B; 2PVG B; 2YXY A; 4KRT A; 3CCM Q; 3QJY A; 1QP3 A; 5KYY B; 1M8V A; 1E6H A; 1UTI A; 3N5B B; 4LDW A; 2Z0W A; 5GAN 2; 2DIL A; 4M7D A; 1VQ6 T; 3OYL A; 4OMN A; 3JB9 D; 2QDY B; 4RTY A; 1RAH B; 2F5K A; 2DVJ A; 3BE3 A; 1BU1 A; 3JCM P; 2CT3 A; 5IXB A; 2Y4X A; 5GAM g; 8ATC B; 2V8J A; 2OTJ T; 1ZUU A; 4BI3 A; 2KK4 A; 2QDL A; 2LX9 A; 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