2B8VA

Crystal structure of human beta-secretase complexed with l-l000430,469
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
391
structure length
373
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Conformationally biased P3 amide replacements of beta-secretase inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 373
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2b8vA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2b8vA02
5P5UA 5KQZA 5P29A 4APRE 3FIVA 4Y4BA 2JE4A 2NPHA 5P1DA 5P7TA 5P3PA 1PSNA 5P28A 5OZEA 3LZSA 3M9FA 4QJ9A 1B6PA 5OZ7A 3TKWA 3HZCA 5OZNA 2EWYA 2AIDA 4Y44A 4Y4EA 3WB4A 5DR0A 3UDQA 3OY4A 4ER2E 3EMYA 4PZXA 3I8WA 3OU4A 1ZSRA 2BJUA 1BXQA 4CPRA 3LIXA 4YA8A 4ZIPA 5P0CA 3HD8A 5P7GA 3OK9A 4DFGA 4IVSA 3PSUA 4Y3YA 2ZHSA 3OUDA 3CKTA 4EXGA 2I4QA 1K1TA 5P2JA 2IGYA 2XYEA 4HA5A 4NJTA 2Q64A 5P1UA 3URLA 1FG6C 3OTYA 1EAGA 4KB9A 1K2BA 1G0VA 1HEFE 1UH9A 3KDDA 4HDPA 4QJ8A 3ZOVA 2QMDA 3PMUA 3OQDA 3NLSA 4J17A 4XKXA 5P5XA 4RGHA 3VUCA 5P2FA 3INFA 4HZTA 4OC6B 5P5JA 5P7NA 1FQXA 3GW5A 4EWOA 1HVLA 4YDGA 3OUBA 5OZXA 5P64A 5C9BA 5P1LA 3O9CA 4DJQA 5P4XA 3PVKA 3L3AA 4CKUA 1C6ZA 2WEAA 1APUE 2VIEA 4Y57A 4YD4A 2ZJLA 4FSEA 2QHYA 5P4CA 4B1EA 5P7AA 2F8GA 2APRA 5OYVA 2VJ6A 4HEGA 2AZ8A 1LF3A 3NWXA 3QVCA 3SM1A 5P2KA 2G94A 3D3TA 4HDFA 3DUYA 5P2HA 4Y5CA 5OZYA 1AVFA 3SQFA 2AOEA 2QZLA 4H3JA 3I7EA 5P7HA 1K2CA 3K5FA 4FE6A 1YG9A 2PYMA 3B7VA 5P6IA 2B7ZA 3Q4BA 5P2QA 1NPAA 4PZWA 1Q9PA 2PQZA 2FGUA 5OZTA 5P4GA 3CIDA 6UPJA 4R8YA 3C9XA 4FS4A 3ER3E 3VF3A 5P8CA 3G70A 5HE5A 1ZBGA 5P0IA 1W5XA 3FNTA 4B1CA 5P4EA 5IVQA 1BDRA 1XN2A 2OHRA 2OAHA 2UPJA 4ER1E 1HVJA 2PYNA 4S1GA 4YBFA 5ER1E 2J9JB 1UH8A 3NU4A 3N3IA 1MEUA 3EC0A 5OZOA 3G72A 4KE1A 4F73A 3EL1A 4FL8A 3LIYA 5P7IA 1ZPAA 4RVJA 3SA5A 5P7CA 5P3CA 2AZ9A 2QI1A 1ZPKA 2QI3A 1UPJA 1A9MA 4CPTA 5P0SA 3OQAA 2FNTA 5P2ZA 1OEWA 5P8AA 2FDEA 2QI5A 1TSQA 1YX9A 2QD7A 2QP8A 4DJVA 2ZHUA 5P4SA 1T6GA 4J0PA 1PPKE 1APWE 3QRMA 5APRE 1EPRE 5P8IA 3LINA 3O9FA 1GVXA 3NU9A 4FRSA 1SMEA 5P3AA 3FSMA 3OGQA 1G6LA 5OZUA 5P1YA 3INEA 5P6KA 5P5TA 1GNMA 2AVOA 1ZAPA 3L5EA 4Y50A 2V12C 3BRAA 4Q1XA 1W50A 5SY3A 5OZGA 4GIDA 5P11A 1HPOA 2OHKA 5P4VA 4Y36A 1SDUA 3K5GA 3HW1A 5DQ5A 5P2TA 5P24A 1WKRA 3GI0A 1K6CA 2Q11A 5P0MA 5P5AA 3DCKA 5P13A 2HPEA 3OHHA 5KQXA 4Y3AA 1ZTZA 2WHHA 1HSHA 4L1AB 2AOHA 2VNNA 5P8UA 5I3YA 2ANLA 3UTLA 3H0BA 4EHCA 3MSJA 2QMGA 7UPJA 1BWAA 5P85A 2ZE1A 1QS8A 1YM4A 5P35A 5P3ZA 1FQ6A 4ZSQA 1TSUA 4EPJA 4FRJA 3UDMA 4Y48A 3IVIA 5P5EA 3QROA 3IN3A 4J1FA 5HE4A 1KJFA 3PLLA 4H3GA 5OZSA 3KT5A 1RV7A 1HRNA 4Y3FA 3ZLQA 3FX5A 3KM4A 4FIVA 5IVRA 5AH9A 3Q70A 1HVKA 2Z4OA 4HDBA 4LXKA 4FRIA 3SLZA 4EQJA 5P68A 2FIVA 3SA8A 5P82A 5P33A 3SABA 4RYCA 2QD6A 3OADA 4H3FA 3MXEA 5P6DA 5P0YA 3DJKA 4WY6A 1K6VA 3CYXA 2ER9E 5HU0A 4RYGA 1AIDA 4Z50A 3O9GA 1LYWB 3ZL7A 4Y47A 1ENTE 3S2OA 2QI4A 3EM4A 3GI5A 2G1RA 3ZPTA 2AOCA 5OYXA 5AGZA 2O4LA 3PBZA 5P3IA 5P5VA 5P02A 5P3WA 2F3EA 5COPA 3SA9A 4Y38A 1QBRA 5P0QA 3VLAA 5P4UA 3BHEA 5IE1A 1CZIE 3WSJA 4X2LA 1W6HA 2PWCA 2Q15A 5P5CA 2G24A 4Y3DA 5P50A 3LZYA 2G27A 4CPXA 4F76A 2JJIA 2AVSA 2B8LA 4Y3EA 5P1GA 3PGIA 4I0DA 4Y5AA 3MSLA 5P4HA 3LIZA 5OZIA 3VFAA 5P5BA 5P5DA 2H6SA 1SIVA 3I6OA 1LYBA 1APVE 3S43A 5P1OA 5KR0A 5PEPA 2PSVA 2F80A 3TLHA 1F34A 3LHGA 1YTGA 4EJKA 1APTE 4ACXA 2MIPA 2VA5A 5P3EA 5P31A 1WBMA 2QCIA 1EPOE 3F9QA 5DPZA 1KZKA 3PI5A 5P0PA 1AAQA 2VJ9A 3CIBA 4JECA 4BELA 3OUAA 3UFNA 5P8EA 2R5QA 2ZGAA 2ZJKA 1LEEA 5P2EA 4I1CA 4GJ7A 3VV6A 2OHSA 5P61A 3L5DA 2BB9A 2I4XA 4F74A 1G35A 2UXZA 2NXMA 4Y5EA 3KMXA 5P1TA 2ZDZA 4B70A 5P05A 2ZHVA 1SH9A 1B11A 4J0TA 3SKGA 4MC9A 4J54A 3PRSA 5BWYA 5P1XA 2FXEA 1D4YA 2VKMA 4EJLA 5P2MA 3T7PA 5P6QA 3SM2A 5OZ1A 4EJ8A 5DR1A 4Y51A 3OXVA 2XFIA 2JXRA 3R2FA 1B5FB 2ZJHA 2BPZA 3DK1A 5P8LA 5E5JA 3TPJA 5P7YA 1HTFA 4DUSA 5P3GA 1E82E 1QBSA 4IVTA 5P8VA 1EC2A 1FQ5A 2QAKA 5P67A 5P7OA 3UQRA 3PCZA 2OHMA 3DOXA 5P1KA 3HVPA 4Y3XA 5P2CA 4LXAA 5P51A 5KR1A 5P1ZA 1LV1A 5P3VA 1SIPA 5P3KA 5P44A 4D85A 2G26A 3KFSA 2IRZA 5IVSA 5P60A 1EBWA 1ODWA 4Y4JA 1XN3A 5P57A 1XDHA 3LPJA 5P45A 5P2GA 3OU4B 2QHCA 5P5FA 3OXWA 4AUCA 2QMPA 2HS1A 2J9KA 2NNKA 3CMSA 5P4NA 1LZQA 2QNPA 5P6NA 2HB3A 3MXDA 5HE7A 5P8OA 5P2WA 4Y56A 4XX3A 4CP7A 3D91A 5P2OA 3KFNA 4BEKA 2R5PA 1BDQA 3OAGB 2AOJA 4Y53A 2CEJA 2JYSA 5DQCA 4J0YA 3O9LB 5HTZA 4D83A 4OBJA 4YD7A 3S8IA 1HTGA 4Y3GA 3OQKA 4Y5LA 3ZMGA 1B6KA 1NPVA 3U6AA 3SAAA 3HAWA 5P0OA 5P8DA 1T7KA 4Y3TA 5F01A 4OBHA 5P0DA 5P4JA 3QPJA 1HWRA 2HM1A 2ZYEA 4GYEA 4U8WA 5P2VA 3QBFA 5P3RA 5P52A 5C9FA 4OBZB 1E5OE 4U7QA 5P2BA 4Y41A 5P41A 4DQEA 1XL2A 3QRSA 4I8WA 3VF7A 3L58A 4OD9A 5P54A 4DJYA 3GGAA 1MERA 3VSWA 5OZCA 1GNOA 3OQ7A 5P1MA 3KDCA 2BPVA 2XFKA 4OBDA 2QZWA 5P3JA 4RCEA 4XXSA 5P69A 1Z1RA 4KE0A 2NXLA 3WZ8A 4GJ5A 2HB4A 5FIVA 2O40A 2VIYA 4DQCA 3O9DA 5P0KA 5P5GA 4RVIA 5P1SA 5P8TA 3PWWA 2QI7A 4J0ZA 3OOZA 2WF2A 1HVIA 3KT2A 2JJJA 5P0FA 1SGZA 3PB5A 5P7EA 5P0JA 2PWRA 4YD6A 3RU1A 2V16C 5P0RA 5P7FA 4QJ6A 5OYYA 5OYUA 3K5DA 4K4QA 3S54A 2Z54A 5P39A 3OU1B 4B0QA 1YTIA 2QMFA 5P8FA 4J1IA 4QLHA 4NJSA 5P2NA 1EPME 2UY0A 1EPQE 3KMYA 3URJA 2ER7E 2ZHRA 1MRXA 3PM4A 4R92A 5P0VA 3EKYA 5P59A 3WZ6A 2ER0E 5P2DA 5P79A 2XFJA 2ZJNA 1MTRA 2VJ7A 4RCDA 5HVPA 5P77A 1HXWA 1D4SA 5P37A 1IZDA 1HIHA 5P78A 5P2LA 1EEDP 5P5ZA 1W6IA 1XE6A 2I1AA 3TH9A 5OZBA 5P6EA 1DIFA 3PWMA 3VLBA 4B72A 4Y5NA 3VCMA 1FQ4A 4JOOA 1FMXA 3NDXA 5P53A 1XL5A 2OHNA 2WF4A 1HHPA 3JVYA 5P73A 4FCOA 5P6YA 5P1CA 4ZSRA 2RKFA 4CMSA 5P49A 1XE5A 5P26A 3SA6A 5UPJA 1J71A 5P34A 1FEJC 3QP0A 4GJDA 2NR6A 5P23A 3VG1A 5ENKA 1SMRA 4QJ2A 3FNSA 4L7GA 3KFRA 5ISKA 5ER2E 2IKUA 5EZXA 5OYSA 1W51A 3IGBA 3VYEA 5KOQA 1LYAA 5OZVA 4RLDA 3QAAA 4MC6A 5AH7A 5P40A 5DGWA 1GVWA 1TZSA 3QIHA 2Q54A 2IKOA 3CKRA 4DH6A 3QBHA 3SACA 4DQGA 5P8SA 5P3MA 4K9HA 1HVSA 4Y4XA 2RENA 4OC6A 3SA4A 2IS0A 5P7BA 4Y5BA 5P3LA 3GGVA 1KJGA 1PROA 3TPPA 5P63A 5P32A 2BKSA 3BGBA 1ZSFA 5P0XA 5P0AA 1HXBA 3PLDA 2AZCA 5P7QA 1F7AA 4FM7A 4J5JA 2H6TA 4FGXA 1W5WA 1C6YA 4GJ8A 2I4UA 4ZLSA 1YTHA 5OZWA 1KJHA 5P27A 1IZHA 1IDAA 3Q6YA 2QK5A 3IAWA 4Y4GA 3TTPA 5KR2A 5P36A 1BILA 1A30A 2AVVA 3QI1A 5P7SA 4E43A 3INHA 2QU2A 3ZKXA 4PHVA 4Y5KA 4F75A 4DJOA 3NXNA 5P6SA 3EKWA 3TL9A 2V0ZC 2OHUA 5P14A 2QNQA 4EJDA 5P1EA 5HD0A 3I25A 2I4WA 1DW6C 1BV9A 1KJ7A 4LC7A 5P1QA 5P1FA 5P18A 6FIVA 5JODA 1SGUA 5P5MA 2FDDA 2ZJMA 1C70A 2I0DA 5P2SA 4TVHA 5OZ8A 3ST5A 2O4PA 2G69A 4Y37A 5P5IA 1BDLA 4YCYA 5P3FA 4EXHA 3NU5A 1HBVA 4NPTA 4X7IA 5P72A 3URIA 2QNNA 4Y3JA 4RZ1A 3O9AA 2HC0A 5P3YA 5P17A 4H3IA 3K4VC 2VIZA 5P7PA 3PSYA 5P8RA 5IVTA 5HU1A 5P6TA 4J0VA 5AHCA 6APRE 2J9JA 3GGUA 4R95A 1QBTA 1D4IA 2QI6A 4ZE6A 1EBKC 2R9BA 3L38A 4DJXA 2FDPA 4YDFA 5P6GA 2IDWA 1AJVA 3MWSA 5CLMA 3UQXA 1ME6A 1BVEA 3NDTA 2RMPA 4GJ9A 3VV8A 5P6OA 5JG1A 3DV1A 4JPEA 4D8CA 2NTRA 4CPWA 4Z22A 4FM6A 1SP5A 4EP3A 5P89A 2P83A 4DJPA 4HVPA 5P38A 4Y4WA 2AOIA 2FXDA 1HSIA 3Q3TA 4JP9A 5OYQA 4LL3A 4LP9A 3LITA 2G21A 3ECGA 5KAOA 5P5WA 2HAHA 5P0EA 5P43A 2O4SA 4YOBA 4EYRA 4NJVA 7HVPA 4I8ZA 2V11C 1LYBB 1M4HA 3T7XA 2SAMA 3S43B 2NXDA 2FLEA 5P07A 1E81E 3CKPA 2AQUA 5OZFA 1G2KA 2IL2A 5P6FA 3BXSA 5P7DA 3OXCA 3S56A 5I3WA 1DPJA 2BQVA 3EBZA 3LPKA 1FG8C 3O9HA 3BVBA 1FIVA 1IVQA 4BFBA 1A8GA 3S7LA 5P8NA 3PHVA 5P8MA 5P4PA 1HTEA 5OZAA 4LBTA 4PEPA 5P7JA 5P2UA 5C9DA 4ER4E 3OOTA 2VS2A 4YD5A 3TOFA 4ZSMA 4QJAA 3INDA 5OZ2A 2O4KA 5P42A 4ZSPA 5KQFA 2P3BA 1W5VA 3UQWA 3OQFA 2FNSA 5P0GA 2FGVA 5P4OA 2F81A 1PSOE 2AVMA 4K4RA 3D1YA 5P84A 5P25A 5HDZA 4B1DA 5OZ5A 5P65A 1BIMA 5P74A 4GJCA 1FFIC 1ODXA 2OHTA 1HIIA 4EQ0A 3RTMA 3D20A 4WY1A 3EKPA 1IZEA 5P4FA 5OZRA 4L6BA 1FMBA 3KN0A 5P47A 3ZPSA 4WTUA 4QJ7A 5DR3A 5P6HA 5P03A 1LS5A 2VA6A 3VSXA 1LYWA 5P0NA 3RVIA 2R3TA 1XS7D 4Y35A 2G1NA 1EC0A 4Y58A 4R5NA 1SBGA 1RPIA 1SDTA 3U71A 3QVIA 4TVGA 1BWBA 5HDXA 1ZLFA 5P01A 3BUFA 2R3WA 4A4QA 4DI2A 5P5LA 3S85A 5OZHA 2NMZA 5SZ9A 3HAUA 3HLOA 5P6ZA 5P6CA 2BPWA 4K8SA 5P86A 3FKTA 3EKTA 4I0FA 1SDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5U A;  5KQZ A;  5P29 A;  4APR E;  3FIV A;  4Y4B A;  2JE4 A;  2NPH A;  5P1D A;  5P7T A;  5P3P A;  1PSN A;  5P28 A;  5OZE A;  3LZS A;  3M9F A;  4QJ9 A;  1B6P A;  5OZ7 A;  3TKW A;  3HZC A;  5OZN A;  2EWY A;  2AID A;  4Y44 A;  4Y4E A;  3WB4 A;  5DR0 A;  3UDQ A;  3OY4 A;  4ER2 E;  3EMY A;  4PZX A;  3I8W A;  3OU4 A;  1ZSR A;  2BJU A;  1BXQ A;  4CPR A;  3LIX A;  4YA8 A;  4ZIP A;  5P0C A;  3HD8 A;  5P7G A;  3OK9 A;  4DFG A;  4IVS A;  3PSU A;  4Y3Y A;  2ZHS A;  3OUD A;  3CKT A;  4EXG A;  2I4Q A;  1K1T A;  5P2J A;  2IGY A;  2XYE A;  4HA5 A;  4NJT A;  2Q64 A;  5P1U A;  3URL A;  1FG6 C;  3OTY A;  1EAG A;  4KB9 A;  1K2B A;  1G0V A;  1HEF E;  1UH9 A;  3KDD A;  4HDP A;  4QJ8 A;  3ZOV A;  2QMD A;  3PMU A;  3OQD A;  3NLS A;  4J17 A;  4XKX A;  5P5X A;  4RGH A;  3VUC A;  5P2F A;  3INF A;  4HZT A;  4OC6 B;  5P5J A;  5P7N A;  1FQX A;  3GW5 A;  4EWO A;  1HVL A;  4YDG A;  3OUB A;  5OZX A;  5P64 A;  5C9B A;  5P1L A;  3O9C A;  4DJQ A;  5P4X A;  3PVK A;  3L3A A;  4CKU A;  1C6Z A;  2WEA A;  1APU E;  2VIE A;  4Y57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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