2BJUA

Plasmepsin ii complexed with a highly active achiral inhibitor
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PLASMEPSIN II
publication title X-Ray Structure of Plasmepsin II Complexed with a Potent Achiral Inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 92
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2005-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bjuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bjuA01
1AVFA 3K4VA 4YD4A 5P2EA 3SM2A 4EJDA 3UDKA 3I7EA 1GVUA 1XL5A 5P8OA 1ZSRA 4TVGA 3CMSA 1ODWA 4B00A 4JECA 1FFFC 1G2KA 2BB9A 5P73A 5P2BA 5P85A 5P47A 4IVTA 3NR6A 1EEDP 4A4QA 3B80A 5P79A 5P50A 3QRMA 1D4JA 7HVPA 5ISJA 3T6IA 2MIPA 1SH9A 3GI5A 3QAAA 4FM7A 4TRZA 5P2GA 4MC1A 4FE6A 3UFLA 3PSGA 2BBBA 5P08A 2QI3A 2HPFA 5OZ4A 1K6TA 5P2LA 5P7MA 1HEGE 3DV5A 4DJVA 5P13A 3TOFA 1BBSA 3MSLA 3PB5A 5P60A 4EJLA 2BJUA 1ZLFA 3HDKA 4L6BA 5DPZA 3HAUA 5P8MA 2R5QA 3L58A 1APWE 1IZIA 4Y58A 5P8QA 3Q70A 2A1EA 3G6ZA 4GJ8A 5P65A 1W5WA 5OZTA 5P54A 3K4VC 3PEPA 4LXAA 5P7VA 1SP5A 5P1BA 1HTEA 4Y4GA 2AODA 2BQVA 2P4JA 1HVJA 3LINA 4RCDA 4LAPA 1MT8A 1TSQA 2G1RA 2QD8A 4I11A 8HVPA 3OXXA 3K1WA 1SDVA 2PK5A 1K2BA 1ODXA 5P2DA 1A9MA 1MTRA 1HPSA 1MEUA 3TPRA 4DPFA 3EL4A 5P36A 2AZCA 3KF0A 4I8WA 5P1PA 4RGHA 5P82A 5P4EA 2BKSA 4Y3WA 3MSKA 5P4XA 4Y48A 2V16C 1PFZA 1LV1A 3UDYA 1UPJA 4GJ6A 2J9JB 4J0YA 3Q5HA 4QGIA 1AJXA 5P33A 4Y4UA 5P3YA 1EBYA 3FNTA 3OOTA 2OHSA 4Y5KA 2BPVA 2OAHA 4OBJA 2JJJA 3KN0A 1FB7A 1KJHA 2B42A 2VA5A 3INEA 4EXHA 4K4QA 4Y3YA 4ZE6A 3RU1A 3O9BA 5P6UA 4B05A 3UQXA 5P3CA 4GJBA 2WF0A 2O4PA 2VJ6A 2IL2A 3VSXA 5CONA 4CPTA 4Y5BA 3S7LA 3GGAA 3S43B 4E43A 3EKTA 3BHEA 5P42A 1UH9A 2WF3A 5P5FA 5P8HA 5P04A 3TOGA 4F74A 4I12A 2PSUA 1M4HA 2P3BB 2WEBA 3MXDA 1BXOA 5P66A 2I1AA 5P6WA 3RVIA 1D4LA 5OYTA 3KDCA 4B77A 4ACXA 2H6SA 4L7GA 3VV8A 4FSEA 1FF0C 4HDBA 4YOAA 5P09A 3VYDA 5P5HA 1IZHA 5P1DA 3S45A 5P7KA 5HD0A 2CENA 4CPUA 5P03A 3SA8A 4Y3RA 2AZBA 1AM5A 1HPVA 3OU3A 5KQZA 1MSMA 3EM6A 2VIZA 4I1CA 5P01A 3EL9A 4U7VA 1XL2A 3UTLA 4J1FA 5P1YA 2ER0E 3KDBA 4Y6MA 3R2FA 4OBGA 5P2VA 2F3KA 2V10C 2F3FA 5P4SA 4Y5AA 1FEJC 1EBKC 4ACUA 4CPWA 5P8UA 2I4XA 3LPKA 3RSXA 5OZWA 5P39A 5P1QA 4DJWA 4Y36A 4YBIA 3R0WA 5P1HA 3ZLQA 1APTE 3R1GB 1DMPA 1W50A 5OZHA 1QBSA 3WB4A 5P6IA 4CPQA 1HIHA 1MTBA 2R3WA 1HXWA 4N00A 5P7IA 1YM4A 4YA8A 5P6EA 4Y3QA 3R4BA 1B5FA 1BDQA 1YTJA 3PRSA 5P69A 2VJ7A 4Q1NA 3OXCA 4YD7A 1ZP8A 1TZSA 1FKNA 5DGUA 1IVQA 3OQKA 5P8EA 1FQ4A 1OD1A 3TNEA 1PSAA 5P64A 4BELA 2RKGA 5P58A 5P87A 5P3OA 5P31A 1HXBA 5P8RA 5OYSA 3O9HA 5P7QA 3IXOA 5P2AA 2IKUA 3OAGB 1IDBA 5P0QA 1D4IA 1EPLE 2G69A 2AOEA 4LBTA 1NPAA 1GKTA 1KJFA 5P4VA 3EKQA 3OXVA 4B72A 3SA4A 4I0EA 3BVAA 4HEGA 1HOSA 3PJ6A 4Y37A 5P75A 4U7QA 2QI6A 4AA8A 5P88A 3S54A 4YDGA 5P55A 4IVSA 3ZKQA 5P12A 4QLHA 1MUIA 2G1OA 3NU9A 3D3TA 2G24A 3UQUA 5KQFA 1SIVA 3ER5E 5P4IA 5P8FA 1HEFE 4ZSRA 2FDPA 1K6CA 1Q9PA 5OYZA 3OQ7A 3PCZA 1LYAA 5OZ8A 1K6VA 5P4NA 1QBRA 5P4DA 2XFKA 4GJDA 3APRE 2AVMA 3LZVA 5P20A 4WY6A 2UY0A 3FV3A 5DR1A 4H3IA 7UPJA 2JJIA 2JXRA 1OEXA 4Y4XA 1D4HA 4Y4EA 2FGVA 4J0TA 2VIJA 5P0LA 4D88A 5P17A 5I3WA 1MIQA 5P2HA 2VJ9A 5BRYA 5P7DA 1BV7A 2JE4A 2RKFA 1HSIA 2XFJA 1FMUA 2Z54A 5ER1E 3SACA 5P3DA 3KT2A 5BWYA 3INHA 5SZ9A 4ZPGA 4OC6A 2F8GA 4R8YA 5P5RA 4EQ0A 2AVSA 4R92A 5DR0A 4M8XA 2PSGA 3U71A 2NXMA 4Y51A 3ZKMA 4Y4BA 4MC6A 4X2LA 4EJ8A 4Q5MA 2QI4A 4Y3AA 1NSOA 4K9HA 3IXKA 3UFNA 5P0OA 2WKZA 5P7CA 4Y5LA 5P4FA 1QDMA 4LXMA 2G27A 5ER2E 4DJQA 2OHLA 4Z2ZA 3OY4A 2O4SA 5P22A 3NDXA 5OZYA 2R9BA 5HCTA 1BWAA 5P8KA 4B1CA 3LIZA 3O9CA 1YT9A 5P8CA 3CKRA 3TPPA 1IVPA 4QJAA 1GVXA 2HB3A 1XE5A 4HDPA 2B7FA 1SMEA 2AOGA 4Q1XA 1HTFA 5ISKA 3INFA 4Y44A 5P7EA 3NU5A 3OUCA 4DQFA 4FL8A 3WB5A 5P3QA 1T7IA 2FS4A 2G94A 5OZ6A 2PSVA 3DOXA 4YOBA 1EPME 1HSHA 2QZWA 4J17A 3IN4A 4NJVA 1OEWA 3QN8A 3HLOA 4TRYA 3OUDA 1W5XA 4PZWA 1W51A 5P5QA 3UCBA 5P46A 4D83A 5AHAA 4HE9A 5IVSA 2QI0A 1UH8A 3EL0A 5P6QA 2AVVA 2ZGAA 2HB2A 5P6JA 5P0JA 4Z22A 5DQCA 4Q1YA 2PH6A 5P5ZA 4HVPA 2NXLA 5OZ1A 1LF4A 1FIVA 5P8BA 3LIQA 5P45A 5P6YA 5P0SA 5P4AA 1HVIA 1BDLA 1META 3QBHA 4RYCA 5P4LA 4F76A 1HVKA 3CYWA 4DI2A 1XS7D 1NH0A 1D4YA 4MC9A 1B5FB 3HAWA 4K8SA 2ZJLA 5P2SA 4Y38A 5P5MA 3SFCA 1YM2A 2V12C 2HS1A 2F80A 2VA6A 4Y3SA 1A8GA 3NUJA 5KOQA 3K5FA 5P2IA 5P2UA 2WF1A 5P2JA 3DCKA 3BRAA 1HVLA 3KDDA 1Z1RA 4LHHA 2Q15A 3T7PA 4FRKA 4R93A 6APRE 5P7SA 3TTPA 1ZPAA 5P84A 3ECGA 3DUYA 3CKPA 4RVJA 3OUAA 4A6CA 4B78A 5P4GA 3UF3A 5OZ2A 2IQGA 4Y3XA 3LHGA 5P25A 4L7HA 5P5GA 4FM6A 4QJ8A 3UDJA 5P48A 2G1YA 3VF5A 5AH8A 5P5CA 5P86A 4RCFA 4PYVA 3S53A 2I0DA 4GJCA 1K1UA 3PSUA 5P7BA 1LYAB 4PEPA 5P2CA 1BILA 2QK5A 1KJ4A 1Z1HA 2WECA 4ZSQA 4CP7A 5P89A 5P2XA 2CEMA 1EC3A 3SA9A 2NNPA 5P07A 4YD5A 3U7SA 4GZFA 2B8VA 5ENMA 5P3IA 2IGXA 5P1RA 5TOLA 3IVIA 3OUBA 4Y3TA 3MXEA 5I3YA 2O40A 2OHTA 4PPHA 5OZBA 5IVRA 4Y41A 3QI1A 2NMYA 3SA6A 3EXOA 4J5JA 3NUOA 4XKXA 1LZQA 3LZUA 3JW2A 5HE5A 5P0FA 5P68A 5P38A 5P6CA 3QS1A 3CIBA 3Q4BA 4OC6B 1F7AA 1E82E 1JLDA 5P02A 4ZIPA 5OZLA 4K4RA 3DM6A 1SGZA 4ZEAA 4DFGA 4GJAA 3FIVA 4EXGA 1ODYA 5P8GA 3UDQA 3O9GA 5P0IA 1FG8C 3EKXA 5HE7A 4PHVA 3VSWA 3GGXA 5P7AA 4XXSA 3D91A 2R3TA 5OZ3A 5P5EA 1C6ZA 3UDHA 5OZMA 5CLMA 3HBOA 5P2NA 4Y5NA 3OQDA 5OZNA 1GVVA 5P3EA 1RPIA 1LS5A 3VLBA 4Z4XA 3UQRA 2WJOA 3BXRA 2B7ZA 3EKPA 1WKRA 3FKTA 3PWRA 3VV7A 3APPA 4J1IA 1FQ8A 5P62A 1EPQE 5P5XA 3K5GA 5P4MA 1TCWA 3QRVA 1E81E 5P77A 4CMSA 2QNNA 6FIVA 5P5BA 1EPNE 3D1YA 5P7ZA 5DQ1A 3CKTA 5P3UA 2QMDA 2WEAA 5KAOA 2R8NA 4J1HA 4YBFA 3ST5A 5E5KA 5P6DA 3OXWA 1FGCC 3DJKA 5P3HA 5P1IA 5APRE 3KT5A 5P56A 1BVEA 5P14A 2PYNA 1B6JA 1DPJA 3EKYA 2AOFA 1W6HA 4LXKA 5P72A 2Q11A 1SDUA 1T3RA 4YD6A 4HA5A 2OHPA 3GI4A 4WTUA 3NDWA 3IVHA 3KFSA 5BS4A 5OYYA 1HTGA 5HDVA 5P3JA 3L38A 3H0BA 1FMBA 5DGWA 4EQJA 3WZ7A 3NU3A 3URIA 1HHPA 2ASIA 2FGUA 5P3AA 5P0MA 3GW5A 1DAZC 2WHHA 3JVWA 5P1TA 4QJ2A 1N49A 5P3SA 3QVCA 2PWRA 5P2ZA 3D1ZA 4LC7A 4MC2A 1PSOE 4HDFA 5P2MA 5P0CA 3SPKA 2HPEA 4Y3FA 4OBHA 3KFNA 1BWBA 4ER4E 5P3KA 1MERA 5P5OA 5P00A 4DV9A 4Y4WA 3QIHA 2IENA 3OHHA 5P1JA 5P40A 5P6BA 1FMXA 2AVOA 4D8CA 5P8IA 1IIQA 3O9FA 3HW1A 2Z4OA 3NXNA 4JP9A 2OHQA 3H5BA 5P0TA 4Y3DA 1SIPA 4NPUA 3VF7A 1RNEA 2F81A 2QP8A 1A94A 5P76A 2I4QA 4Y5PA 3EC0A 5P06A 5P0XA 4FRJA 4UPJA 1QBUA 1PSNA 4OBKA 5P1UA 3ZKIA 3OU4A 3CYXA 5OZKA 5P6RA 2ZHTA 2XYEA 2RENA 1HPOA 3UDPA 4H3FA 5OZQA 3AIDA 4GIDA 3IGBA 4OBFA 1OHRA 3K5DA 5P23A 2J9KA 2O4LA 4KE1A 4Y5GA 2FMBA 3VFAA 3MWSA 5P7TA 3ZKNA 1RQ9A 2IRZA 1EBWA 1FQ6A 5P4OA 3L59A 3VCMA 5P4KA 2HAHA 3ZL7A 2R5PA 3OU1A 1ER8E 3EKWA 1PPME 2G1NA 2ZHUA 2QI1A 5P7NA 3WZ8A 1GNMA 1G0VA 3O9IA 4RROA 5P29A 5P2KA 5HDUA 1CMSA 4FLGA 4FSLA 2OHNA 1SDTA 1W5VA 1A30A 5P6AA 3KYRA 5P5NA 4DVFA 5P4YA 3PI0A 2AOJA 3SKGA 5P57A 3LIYA 4Y3JA 2OHKA 3QROA 4RCEA 4DPIA 5P0EA 2NR6A 4FAFA 4COEA 3U6AA 3N3IA 1HIVA 3M9FA 5P30A 5P4BA 3QPJA 3T7QA 1QBTA 3HZCA 4D89A 5OZCA 4JPCA 3TKWA 5P5UA 2J9JA 1W5YA 1MRXA 5KOSA 2Q54A 4I0JA 1TQFA 5P8PA 3EL5A 2PMAA 4D85A 4JPEA 5P4CA 5P1MA 1K1TA 4FRIA 5P2RA 4Y4TA 3BXSA 4Y47A 3NWQA 4CPXA 5P3NA 3PWMA 5DQ5A 5P6XA 4LL3A 2CEJA 4JOOA 4FRSA 3HD8A 5P4JA 1DW6C 4I8ZA 2P3AA 4A6BA 2VNMA 1HBVA 5P5DA 2O4KA 3UQPA 2QI5A 4FCOA 5P3GA 1F34A 5P6ZA 3FNUA 1BV9A 5P8AA 5P6HA 1GNNA 1M43A 3T7XA 2V00A 3TKGA 5P19A 2QZLA 4J0ZA 1BXQA 3KFPA 5P6TA 2FDDA 3OTSA 4AUCA 2BPZA 5OZIA 1AZ5A 2O4NA 4I0HA 4DQCA 1UH7A 5P1LA 5JFUA 3OWNA 1WBKA 3S2OA 3NLSA 2AVQA 3ZMGA 3F9QA 4RRSA 3Q6YA 3PMYA 3BGCA 2VKMA 3OK9A 1DP5A 3RSVA 2I0AA 5P8NA 3GGVA 5OZFA 3S56A 3KFRA 3A2OA 1AJVA 2P3DA 3PM4A 1HIIA 5P0WA 4NKKA 2Q55A 1APVE 2QAKA 4Y5EA 5P3WA 5P3TA 4GYEA 2JYSA 5P49A 1XN3A 2ZHSA 1EC0A 4B0QA 3LZSA 1MSNA 3VV6A 3NXEA 5P6PA 2PQZA 3OGQA 1FFIC 1K6PA 4DJRA 3QRSA 3C9XA 3BUFA 5P5JA 1B11A 1KJ7A 2WF2A 5P1XA 2R38A 3VFBA 1HPXA 4OD9A 5P27A 5OZGA 1EPPE 2VS2A 2QNQA 1IZDA 5JG1A 4H3GA 5OYQA 2QD7A 5IE1A 2ZJNA 3PLDA 5FIVA 3G70A 4BEKA 3UHLA 1W6IA 4Y43A 4DQHA 5OZVA 3OQAA 4F75A 5P0RA 1HSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AVF A;  3K4V A;  4YD4 A;  5P2E A;  3SM2 A;  4EJD A;  3UDK A;  3I7E A;  1GVU A;  1XL5 A;  5P8O A;  1ZSR A;  4TVG A;  3CMS A;  1ODW A;  4B00 A;  4JEC A;  1FFF C;  1G2K A;  2BB9 A;  5P73 A;  5P2B A;  5P85 A;  5P47 A;  4IVT A;  3NR6 A;  1EED P;  4A4Q A;  3B80 A;  5P79 A;  5P50 A;  3QRM A;  1D4J A;  7HVP A;  5ISJ A;  3T6I A;  2MIP A;  1SH9 A;  3GI5 A;  3QAA A;  4FM7 A;  4TRZ A;  5P2G A;  4MC1 A;  4FE6 A;  3UFL A;  3PSG A;  2BBB A;  5P08 A;  2QI3 A;  2HPF A;  5OZ4 A;  1K6T A;  5P2L A;  5P7M A;  1HEG E;  3DV5 A;  4DJV A;  5P13 A;  3TOF A;  1BBS A;  3MSL A;  3PB5 A;  5P60 A;  4EJL A;  2BJU A;  1ZLF A;  3HDK A;  4L6B A;  5DPZ A;  3HAU A;  5P8M A;  2R5Q A;  3L58 A;  1APW E;  1IZI A;  4Y58 A;  5P8Q A;  3Q70 A;  2A1E A;  3G6Z A;  4GJ8 A;  5P65 A;  1W5W A;  5OZT A;  5P54 A;  3K4V C;  3PEP A;  4LXA A;  5P7V A;  1SP5 A;  5P1B A;  1HTE A;  4Y4G A;  2AOD A;  2BQV A;  2P4J A;  1HVJ A;  3LIN A;  4RCD A;  4LAP A;  1MT8 A;  1TSQ A;  2G1R A;  2QD8 A;  4I11 A;  8HVP A;  3OXX A;  3K1W A;  1SDV A;  2PK5 A;  1K2B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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