2BPUA

The kedge holmium derivative of hen egg-white lysozyme at high resolution from single wavelength anomalous diffraction
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Anomalous Diffraction at Ultra-High Energy for Protein Crystallography.
doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bpuA00
1W08A 2BLXA 4HV2A 5KXOA 1FLUA 1LKRA 2ZNWY 1CJ9A 1H87A 1AT6A 1IWZA 4DYGA 3P68A 1VDPA 4D9ZA 1GF0A 4N8ZA 1LSPA 5F9UA 1ZV5L 1GFJA 3LYTA 1YANA 3LZ2A 1B7LA 135LA 3WH1A 1RJCB 3AZ6A 5FDJA 1KIRC 1GFRA 2D6BA 2LZTA 4KPMA 2F2NA 5B1FA 2LYZA 1NBYC 1GB2A 4GCCA 1LMQA 1WTMA 1DXJA 2BQFA 1YL1X 3A91A 1GB9A 1GAYA 1B7SA 1JSEA 3A96A 3CSQA 1BB7A 1IR7A 3AYQA 4B49A 4WLTA 4GCFA 3RU5A 1BWIA 4IATA 1REMA 1WTNA 4GLVA 1HMLA 2MEAA 1CJ6A 1WVUA 4C5FA 5I4XA 5KXKA 4G4BA 1IWXA 4MSTA 154LA 4NGJA 2ZIJA 1B5VA 1LZDA 1JJ0A 4XN6A 3HBHA 3A6BY 4WLXA 5D5FA 4U3XB 2MEHA 3K3TA 1GF8A 1RE2A 3HBEX 1LHJA 4WLDA 1OUFA 4H8YA 1LSEA 1CKDA 1JISA 4HPEA 2G4NA 1LSDA 1DPXA 5APCA 4DD7A 4G4CA 5C6JA 3A92A 1HEQA 2NWDX 1YIKA 5B59A 4M4OA 1IOSA 1GF9A 4WG7A 5LA5A 5KXLA 1GB6A 4HTKA 1XGTC 2D4JA 4A7DA 3T6UA 1C45A 1JPOA 1QSWA 1Z55A 5HMJA 1FKQA 2RSCA 4WO9A 1LJ4A 4NY5A 2YBJA 2W1XA 3QY4A 4N9RA 5KXSA 4CFPA 4H93A 1NMMA 4XJDA 3W6BA 1LZ9A 4MR1A 4WL6A 4OWHA 3TXGA 4EOFA 5I4YA 1UC0A 1KXYA 1B5UA 1YAOA 2G4QA 1REYA 2CWIA 3LHMA 4LFXA 4YOPA 3WU9A 5ILCA 1LJEA 5F9XA 1GB5A 4TSCA 2C8OA 3WW5A 2B5ZA 3TXBA 1YKZX 3A34A 4NGKA 1SQ2L 194LA 1HERA 3EMSA 1KXWA 4NGWA 1IP1A 5LXWA 1VAUA 3B0KA 4TWSA 1HFYA 3D3DA 1QSAA 4XJBA 4PRQA 4KL7A 1LJNA 4G9SA 5A3ZA 1DI5A 1G7LC 4RW2A 1LSFA 4WL7A 5FHWA 1DZBX 4H91A 3P66A 1GFGA 1LTMA 1OP9B 2Z2FA 4FDYA 4GCEA 4LYMA 3E3DA 4P2EA 2BQBA 1BB4A 1LAAA 1JJ3A 5DN5A 2F4AA 5LVIA 1LMOA 1LZSA 1NQIA 2ZWBA 4RLMA 1C46A 1IP3A 2BQCA 4LYCA 5B1GA 2F30A 1C43A 4E3UA 4DD1A 3AZ5A 3CSRA 1KIQC 4NIJA 5KXTA 1HNLA 2H5ZA 1LHIA 4MCKA 5F81A 3AGGG 2W1YA 3WW6A 4H9EA 4Z3MA 5D5CA 1I56A 4UWUA 1GFAA 1F10A 1LYZA 2BQAA 1BB6A 4NHSA 1ZVHL 5AMYA 1LSMA 3B72A 2Q0MX 1G7HC 4DDAA 1IY4A 3W3EA 2BQDA 193LA 4M6DA 3WL2A 1I20A 4OWEA 1WQMA 1QDTA 2GV0A 4DDCA 2DQCY 1UIGA 2DQAA 1IVMA 1G7MC 4HP0A 1VFBC 1B5YA 1BB5A 1V7TA 4CFOA 5HNCA 1DI3A 1LKSA 1OUGA 1NHEA 4H8ZA 1OUCA 2XJWA 1B9OA 1UIFA 4Z98A 5LA8A 4ETEA 1XGQC 1YKYX 4H90A 4OWBA 1WQQA 4J0LA 3TXFA 4DC4A 5A3EA 4NHIA 4WLYA 5LYMA 1D0LA 1D6PA 3LZTA 1JEFA 4WMGA 4NSHA 2CGIA 4NGLA 5FCPA 1LZ1A 2YBIA 1MLCE 1WQNA 3ATNA 3ZEKA 4FJRA 5KXZA 4ZFPA 4N1CC 3WUAA 1LZCA 1UACY 5LYZA 2BQMA 1LMNA 3HFMY 5APEA 2ZYPA 2W1LA 1QTEA 1HFXA 4WM1A 1GFTA 1VDTA 2HEEA 3FI7A 4W96A 1HSWA 1VDQA 1YILA 4OWAA 3QNGA 4BADA 2C8PA 3A93A 3AZ7A 1JSFA 4J7VA 1IOCA 1J1XY 4DT3A 1NF5A 1C10A 1LZYA 1GPQC 1GE1A 4ANRA 3J4GA 5L9JA 1B7MA 1OUIA 2YVBA 1GDWA 2ZQ4A 4OWCA 1GFKA 4LFPA 1XGUC 1XFPL 5LVKA 1HSXA 4XJHA 5B06A 4AXTA 2MEFA 3WXUA 4HJYA 3TMXA 4NGOA 1LHMA 1LJ3A 3AZ4A 2Z18A 1CKHA 2DQJY 2FYDA 1IOQA 5APFA 1BVXA 3A3QA 2HU1A 1HEWA 5E9RA 4LGKA 3TXEA 4CJ2A 5KKIA 4YF2A 4DD0A 3F6ZA 1B5ZA 1JWRA 1YROA 1GEZA 1DKKA 1UIHA 1LYSA 4XJGA 1REXA 3BKHA 1JKAA 5LVHA 2I6ZA 4H9HA 1UBZA 1IWTA 2CJLA 1HEOA 1A2YC 5M1YA 1LYOA 4LYTA 1LSBA 4BAFA 5LAFA 3A8ZA 4NSIA 1KIPC 3N9CA 3AGHA 3J6KA 3P65A 2A7DA 1UCOA 1XEIA 4PPOA 1XEKA 2MEBA 2MEIA 2EIZC 1HELA 2MEEA 2I26L 3A94A 1GB8A 4WG1A 4QDNA 1BWJA 4XADA 2YBHA 1IP4A 1HENA 4Z46A 1LZ4A 4WO6A 1GF3A 1YAMA 3A90A 1LZ6A 5LVGA 1VEDA 2DQFC 4KT3A 5T3FA 4XYYA 3N9EA 3WUMA 1IR8A 4GN5C 2DQDY 1NBZC 3EXDA 4NEBA 1JKCA 2D4IA 2DKVA 1YAPA 5KXWA 4NSGA 4LT2A 1FN5A 1FLYA 1HFZA 1V7SA 1MELL 3GXKA 2EKSC 1UIDA 1UICA 5E4PA 1OUEA 5II3A 2Z12A 1J1OY 3TXHA 3TMUA 3LYMA 3KAMA 4OOTA 1P2CC 1B5WA 4XJIA 5DLAA 1LZBA 1W6ZA 1IR9A 4YM8A 1LHKA 2BQHA 3B0IA 1GE4A 1WQOA 1GBSA 1LSYA 4PRUA 4TTDA 1JTOL 4LZTA 2MEGA 134LA 1AT5A 1H6MA 1UIBA 1OUHA 3A67Y 4BAPA 5KXYA 2HU3A 1GBWA 1VATA 1LSNA 1QUTA 3W6DA 4L41A 1JITA 1RFPA 5K7OA 4Z41A 1CJ7A 4R6CA 4XJFA 1E8LA 1BB3A 1D6QA 1LSGA 5JENB 1GXV2 1QUSA 2FBDA 1YKXX 2Z39A 2HUBA 1GBZA 1LHHA 1CKCA 1LJKA 1XEJA 1I1ZA 3B6LA 1T6VL 3LYOA 4HPIA 3W6AA 1GB7A 4H8XA 5HQ1A 1B2KA 2G4PA 5HLLA 2YSSC 2DQIY 6LYZA 1QIOA 7LYZA 1IP6A 4HJZA 1ZMYL 1GBYA 4XENA 5I5QA 207LA 2HEDA 4WM2A 2BPUA 1WQRA 3M18B 1F6SA 1KXXA 1LJFA 1NDGC 1OUAA 3CQLA 3IJUA 4IASA 3WU8A 5LAGA 4HV1A 2I25L 3ULRA 3GXRA 1IIZA 2IHLA 4TSBA 3ATOA 1GFEA 5LINA 1LPIA 1LZ5A 1NDMC 4H92A 1LJGA 1D0MA 1GE2A 1GB0A 4YEMA 4II8A 4WM5A 5KJ9A 2Z37A 4CHXA 1LZEA 2FYCA 2DQEY 1XSFA 1GHLA 3AB6A 5DL9A 1OUDA 2DQHY 3A95A 4I8SA 4C3WA 1GF4A 3OK0A 5IHGA 1GWDA 1LMPA 4DD3A 1IP7A 1GF5A 1LMCA 1UIAA 3WPJA 1BVKC 1JUGA 3CSZA 2BQIA 2HEBA 5HMVA 1AKIA 1BHZA 2H9KA 5KY1A 3TMWA 1IEEA 1T3PA 1ZVYB 5I4WA 6LYTA 3WPKA 2HEAA 1EQEA 5LIOA 3ZVQA 3RNXA 1J1PY 1G7IC 1LYYA 1HHLA 2MECA 1FKVA 4QEQA 2WARA 3IWRA 5DM9A 1FBIX 4NSJA 3ZVQB 1IP5A 2EPEA 2HECA 4NWHA 3T36A 4AGAA 2H9JA 2BQLA 4WM3A 2D91A 1D9UA 1GB3A 1WVVA 3WU7A 208LA 5KKJA 1FLQA 2XTHA 1INUA 5KXMA 1IORA 1HF4A 3WULA 1NKHA 4NFVA 2EQLA 4YENA 1JKDA 5ILFA 3RT5X 3SP3A 1EQ5A 1QQYA 2BLYA 5B07A 1LOZA 5C6LA 1BQLY 1DPWA 1SLYA 1IWWA 3W6FA 1GAZA 3WPLA 5B05A 5KXPA 3CB7A 1HMKA 1LJIA 4DD2A 3IJVA 2LYMA 1B5XA 3BKVA 1LMTA 1B7NA 5I54A 3RW8A 4N5RA 4DDBA 1AZFA 1GFUA 153LA 4NG1A 2XBRA 4ZEEA 1LZTA 2ZYCA 3WUNA 4HSFA 1B0DA 4R0FA 4RLNA 1IO5A 1D0KA 4LYBA 4UWVA 4H9AA 2Z38A 4ETAA 4DWXA 1GF6A 4H9BA 4RW1A 5FSTA 8LYZA 3W6CA 2LHMA 4N0JA 1IWVA 1JKBA 1REZA 3CT0A 4QGZA 4NGVA 1XGRC 2ZIKA 5LYTA 3G3AB 1PS5A 5HNLA 1NWGA 3M3UA 4EMNA 5C6IA 1O23A 1AM7A 4LYZA 2XBSA 4DD9A 2PC2A 3AW6A 4ETCA 1DKJA 5KXNA 2D4KA 4NG8A 1B7QA 4QY9A 1B7OA 3EBAB 1XGPC 1LJHA 1CJ8A 1TCYA 3CT5A 2BQKA 2YBLA 2Z19A 4TX7A 4B0DA 1GBOA 4NGYA 4UWNA 5LVJA 4WM6A 4NWEA 4YEOA 2DQGY 4HTQA 1RCMA 2AUBA 4NHTA 2IFFY 3AW7A 5APDA 1B7PA 1UA6Y 3LYZA 1JTPL 1IC4Y 133LA 1EL1A 2YBMA 4ETDA 4ET8A 3EO5A 3WYHA 1IC7Y 1LCNA 1JJ1A 1LJJA 1WQPA 1QTKA 1CNSA 3P4ZA 1HEPA 2BQEA 5F16A 2LZ2A 1C7PA 2DBTA 4LT3A 4PHIA 5EBHA 3W6EA 1GF7A 4RDSA 1IWUA 4H94A 2ZNXY 3QE8A 1HC0A 1IC5Y 3TXIA 3P64A 4HTNA 1IX0A 1DI4A 5IDDA 4B4EA 2X0AA 2ZILA 1GFVA 1UUZC 1IY3A 1YL0X 1CKGA 1LSZA 4G4HA 5DN4A 3CT1A 1JTTL 3A6CY 3TMVA 1OUBA 4NGIA 3RZ4A 3TXDA 4ML7A 1IOTA 3LN2A 1CKFA 3AGIA 1BGIA 4G49A 3HBDA 5L3HA 2BAAA 4H9FA 5F14A 4ET9A 1LZAA 4O34A 1GBXA 2LYOA 4GCBA 4I0CA 1LMAA 1GDXA 1LZNA 2N5ZA 5FELA 3TXKA 5IELA 4H9CA 4B4JA 1C08C 4KXIA 1GE0A 1B7RA 1ALCA 1DQJC 1LHLA 1GE3A 3AJNA 2Z2EA 4H1PA 4GN3A 1GEVA 1BWHA 4WM4A 1IP2A 5FEKA 4NHQA 1FLWA 3MGWA 3G3BB 1LZGA 4PGJB 4WOAA 4ETBA 1F6RA 4BS7A 1QDRA 3B0OA 3N9AA 3WMKA 4NGZA 5L3IA 3OJPA 2BQJA 1JIYA 1GFHA 4PJ2C 2HTXA 2A7FA 4NHPA 1VDSA 2VB1A 4HJVA 4GN4A 1PZYA 4OOOA 4W94A 3VWOA 4ZIXA 1OUJA 1TAYA 1A4VA 1YAQA 1LSCA 2ZQ3A 4B4IA 132LA 1LZ8A 4TUNA 1TDYA 1LSAA 4N1EI 1UIEA 4X3BA 2MEDA 2CDSA 2YBNA 4LT0A 2HEFA 5J7CA 1FDLY 4J1AA 3D9AC 4OW1A 5KXXA 1RI8B 2FBBA 2Y8PA 2BQGA 3TXJA 4GCDA 1GXXA 5I53A 1YQVY 3WVXA 1OQMA 4GLAA 4H9IA 1TBYA 3WXTA 1G7JC 2BQOA 4LT1A 9LYZA 1IWYA 1GD6A 2F4GA 4CGEA 1HEMA 3WVYA 3FE0A 2BQNA 1JHLA 2YDGA 3A3RX 4J1BA 4LYOA 5KXRA 2W1MA 1LZRA 1TEWA 1F0WA 1N4FA 1EQ4A 4B1AA 4IJ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
161LA 4HV2A 1FLUA 1H87A 1DYBA 4EKPA 2L78A 1ZV5L 1L98A 1L26A 135LA 1GFRA 4EPIA 230LA 1LMQA 1WTMA 1DXJA 2BQFA 1YL1X 227LA 1SWYA 1IR7A 4B49A 3RU5A 1L15A 1LYIA 4IATA 2OE7X 1REMA 4GLVA 1WVUA 4C5FA 102LA 177LA 4NGJA 2ZIJA 3K2RA 2RBNA 1P37A 1QT5A 3HBEX 1OUFA 5APCA 1LSDA 1HEQA 1YIKA 4HTKA 149LA 1JPOA 1QSWA 254LA 5HMJA 2YBJA 3QY4A 3W6BA 1UC0A 5F9XA 3WW5A 3FA0A 194LA 229LA 3EMSA 4NGWA 3SB7A 4PRQA 4G9SA 1LSFA 1PQOA 3P66A 4P2EA 141LA 1L85A 236LA 5LVIA 1LZSA 1NQIA 1C46A 1IP3A 2OTZX 1KIQC 4MCKA 5F81A 206LA 5D5CA 4UWUA 5AMYA 1LSMA 1G7HC 2BQDA 146LA 1QDTA 4W54A 4DDCA 2DQCY 1L59A 210LA 238LA 1B5YA 2ANXA 4H8ZA 1OUCA 2XJWA 1UIFA 2F2QA 5LA8A 3HTGA 123LA 1WQQA 3TXFA 4DC4A 1D3NA 103LA 1L74A 5LYMA 4WLYA 3DKEX 4WMGA 2CGIA 4ZPUA 3ATNA 1L05A 4FJRA 4N1CC 1LI3A 1P2RA 2BQMA 1GFTA 2HEEA 1OV7A 2HULA 1JSFA 4J7VA 4DT3A 1B7MA 1OUIA 2YVBA 1GDWA 5B06A 4AXTA 3TMXA 1LHMA 1LJ3A 158LA 3AZ4A 1CKHA 2DQJY 2FYDA 5APFA 1BVXA 5E9RA 3DN8A 1GEZA 1DKKA 4XJGA 1LYSA 5LVHA 3BKHA 3CDTA 2I6ZA 4ARMA 1LYOA 4LYTA 1L06A 4ARMB 4BAFA 1KIPC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W08 A;  2BLX A;  4HV2 A;  5KXO A;  1FLU A;  1LKR A;  2ZNW Y;  1CJ9 A;  1H87 A;  1AT6 A;  1IWZ A;  4DYG A;  3P68 A;  1VDP A;  4D9Z A;  1GF0 A;  4N8Z A;  1LSP A;  5F9U A;  1ZV5 L;  1GFJ A;  3LYT A;  1YAN A;  3LZ2 A;  1B7L A;  135L A;  3WH1 A;  1RJC B;  3AZ6 A;  5FDJ A;  1KIR C;  1GFR A;  2D6B A;  2LZT A;  4KPM A;  2F2N A;  5B1F A;  2LYZ A;  1NBY C;  1GB2 A;  4GCC A;  1LMQ A;  1WTM A;  1DXJ A;  2BQF A;  1YL1 X;  3A91 A;  1GB9 A;  1GAY A;  1B7S A;  1JSE A;  3A96 A;  3CSQ A;  1BB7 A;  1IR7 A;  3AYQ A;  4B49 A;  4WLT A;  4GCF A;  3RU5 A;  1BWI A;  4IAT A;  1REM A;  1WTN A;  4GLV A;  1HML A;  2MEA A;  1CJ6 A;  1WVU A;  4C5F A;  5I4X A;  5KXK A;  4G4B A;  1IWX A;  4MST A;  154L A;  4NGJ A;  2ZIJ A;  1B5V A;  1LZD A;  1JJ0 A;  4XN6 A;  3HBH A;  3A6B Y;  4WLX A;  5D5F A;  4U3X B;  2MEH A;  3K3T A;  1GF8 A;  1RE2 A;  3HBE X;  1LHJ A;  4WLD A;  1OUF A;  4H8Y A;  1LSE A;  1CKD A;  1JIS A;  4HPE A;  2G4N A;  1LSD A;  1DPX A;  5APC A;  4DD7 A;  4G4C A;  5C6J A;  3A92 A;  1HEQ A;  2NWD X;  1YIK A;  5B59 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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