2BPVA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpvA00
3O9HA 2QI6A 2O4NA 3TPJA 2P3CA 5P7RA 5KOQA 5P00A 1BDRA 3FX5A 5P6DA 1HWRA 3VYFA 5P1GA 3VYEA 5P26A 1ZJ7A 4L7JA 5OZSA 1WBMA 2VNNA 3SA5A 5OYUA 3CYXA 5KR1A 3IAWA 2G1RA 3O9LA 2H6TA 5CLMA 5DQ2A 5OZOA 3L5EA 1K2BA 3S43B 1FMBA 3DV5A 5IVQA 1UH8A 5P64A 2OHPA 5P61A 5DQ5A 3CYWA 3TOGA 2ASIA 4OC6B 5P5SA 3VLBA 3NU6A 4PZXA 4KUPA 1FQ5A 5P80A 1EBZA 2O40A 1C6YA 3M9FA 3PMYA 1E82E 3KFSA 4CKUA 3OY4A 3UDKA 5DPZA 2BB9A 2WF1A 3O9AA 2FMBA 5P29A 5OZLA 2FLEA 5P3SA 3B80A 5P1HA 3HW1A 4I0HA 2ZHRA 2V12C 4ZSRA 3EKTA 3UDRA 3KT5A 1J71A 2QI0A 4D8CA 2ZJNA 3ZKNA 5P6KA 1LF2A 2Z54A 3RTMA 4K4RA 3VF7A 1FQ6A 4YBFA 5P7MA 1XE5A 1SIVA 2FGUA 3OQKA 4X7IA 5OZXA 2BKSA 2XFJA 3KMYA 3WZ6A 3EL5A 3PI0A 7UPJA 2QMFA 4RLDA 5P43A 3PWRA 3T7QA 2HB4A 5P6CA 4XX3A 4TRZA 2NXDA 5P3TA 2O4LA 1HVJA 5COOA 3VF3A 5HDZA 4OBJA 2VA6A 4Y3SA 2JE4A 2B7ZA 2Q55A 5P58A 1YM2A 1KJ4A 4OD9A 2PWRA 4K4QA 4QLHA 3KFRA 3OGPA 1Q9PA 3K5CA 5P1OA 4PHVA 1MUIA 3QROA 3S8IA 4ER4E 3MSKA 1E5OE 1B6MA 5P6NA 1SDUA 2ZDZA 4S1GA 3N4LA 5HE7A 1IZHA 5P0HA 3SA9A 2WEAA 3LIVA 3RSVA 1B6KA 1QBTA 5DR3A 1G35A 4K4PA 5P52A 1APUE 2QI7A 2R38A 5P3QA 4APEA 1KJGA 1TCXA 5P83A 2IQGA 5P4JA 2IGXA 3LIYA 5P7TA 2BPWA 5TOLA 1ZTZA 3G72A 4HLAA 1IVPA 2ZHSA 4JP9A 3UPJA 3VFBA 4XXSA 3FIVA 1QBRA 3OOZA 1GNMA 4I8ZA 5COKA 2PWCA 1EBKC 4DUSA 4GJBA 1BAIA 5P4WA 1W5XA 5P5IA 1MT8A 5P5MA 3KT2A 5P2YA 3APRE 4Y3XA 5BS4A 2WEZA 1G2KA 3R0WA 1SDVA 5IVSA 4NJUA 4FE6A 3G6ZA 1LF3A 5P7HA 2G20A 3NLSA 5P3VA 1EPPE 5P51A 3S2OA 4EJLA 5P7FA 5P5OA 5P1CA 5P6XA 1ODXA 2BPZA 4CPSA 1HSIA 4R91A 5OYWA 1YTIA 5P6WA 1A30A 3EL4A 1B5FA 2ZHUA 4L1AA 2J9JB 4TRYA 4Y4WA 2QNQA 5P2MA 2QZLA 3NYGA 4B1DA 5P19A 5OZ2A 2JXRA 5BRYA 4J0ZA 5P2QA 3VV6A 1QS8A 1MT7A 2Z4OA 3UDJA 4Y9WA 1IDAA 5OZNA 1SDTA 3EMYA 1GVUA 3DV1A 5P2AA 5P31A 3ZKSA 5I70A 5P2DA 5P8KA 3SQFA 5P3DA 2RMPA 2OHSA 5P35A 5P2TA 4FM8A 5KAOA 5HE5A 2P83A 5P5YA 3LNKA 3NU3A 4ER1E 3LPKA 5P8RA 3L3AA 5P1PA 4OC6A 2B8VA 5P56A 3PRSA 3SLZA 1HHPA 2HS1A 5OYVA 4FGXA 1K1UA 5P2RA 2AODA 5SY2A 1BVGA 5P36A 1EC2A 2F3EA 3EKXA 5P1TA 3D1ZA 4KE1A 5P5VA 4Y4EA 2F3FA 2QHYA 3PBZA 3OADA 1D4IA 4Y36A 4Z2ZA 5SXNA 3SA6A 3OXVA 3GW5A 2R43A 1HPSA 1BILA 5P4DA 5P2WA 4TVGA 2NXLA 2AVSA 4Y3AA 3TPPA 3ZKXA 3MWSA 1Z1RA 1XS7D 1ZSFA 4L7HA 1DPJA 1MERA 1FQ8A 5P8TA 3T3CA 4RVXA 4NJSA 4Y51A 2A1EA 1LYBB 5DR7A 1M0BA 3OK9A 5P6ZA 2QD8A 3EXOA 2AOHA 4H3JA 4Y44A 2G1NA 3QPJA 4Y5NA 2OAHA 3URIA 2AOFA 3UTLA 3C9XA 3PLDA 1UPJA 3TL9A 1PFZA 4DJVA 2NR6A 5P0QA 4HE9A 2VJ7A 3R4BA 5P34A 3VLAA 2PC0A 5P77A 5P8LA 3PLLA 5P2SA 3SKGA 5P0SA 1HVCA 5KQYA 5P7IA 3TNEA 3SA3A 5P5KA 1OEXA 1EC0A 5P0IA 2I4XA 3R2FA 5DGWA 5OZEA 4A6CA 3NXEA 4F75A 1E80E 4RRNA 5P6OA 1T6GA 4FCOA 4JOOA 3QBFA 3L5CA 5P3HA 3Q5HA 4RVIA 3U6AA 4Y6MA 5P5AA 4DPFA 4D88A 2VS2A 1K6CA 4DJWA 5P7QA 2G1YA 2PYMA 5P33A 4DI2A 3HD8A 4F73A 4GJ8A 2FDEA 5P3UA 5P1LA 2Q3KA 3PM4A 2AVQA 4Y5EA 4J54A 5ER1E 4Z4XA 1GNNA 4RRSA 5P0VA 4GJAA 2G1SA 1DAZC 5OYRA 4EJ8A 1BV7A 4LP9A 4ZSMA 3OAGB 4Y56A 3BRAA 1W5VA 4Y37A 2I4VA 2QZXA 4FAFA 3GI0A 4A6BA 5JODA 4Y48A 2G69A 2QMPA 1W50A 5OZKA 1HRNA 3S7LA 5P0NA 4K9HA 5P3LA 4JPEA 2PSGA 2VIEA 2HC0A 3HBOA 5P12A 2PSVA 2QCIA 3PCZA 4YHQA 4OBZB 5P08A 3S56A 1TCWA 2V0ZC 5OZCA 3OQAA 1LV1A 4EXGA 3T7XA 1BIMA 5P0YA 3GI4A 4DFGA 5P4ZA 3CMSA 1W51A 4FL8A 1EAGA 3Q4BA 3UQXA 5P8BA 3EKYA 4K8SA 5P13A 4CPTA 5P7GA 4FSEA 1APVE 5IS4A 5P0WA 4Y35A 5P68A 3ZPSA 5P7UA 3RTHA 5COPA 2G22A 4Y39A 2I1AA 2V00A 5I3XA 5P1EA 3O9FA 5P2UA 5P78A 3BVAA 3TKWA 2QI4A 4L7GA 1BBSA 2ZGAA 5P84A 5P8HA 4MC2A 3PSGA 4QJ6A 4Y5PA 3L5BA 5P3FA 1NSOA 4B1EA 3KA2A 4PYVA 4DJOA 5P8GA 5P10A 3GGUA 5JFPA 5P01A 1HTRB 5P5FA 5KQXA 4Q1YA 1IZDA 4F76A 4Y4XA 1IIQA 4YCYA 3K4VC 4GJDA 4J0YA 5AH7A 4BEKA 3CIDA 1DP5A 3OUBA 1UH7A 5P5PA 5P50A 4HDBA 1BDQA 4YD5A 1OEWA 2AVVA 2OHKA 4GJ9A 5P0KA 1GVVA 4Y45A 1MSMA 2ZHVA 3VV7A 3EBZA 4FRSA 4NPUA 5T4SA 2F81A 2I4DA 1LYBA 4Y4UA 5OZ1A 1C6XA 4RROA 7HVPA 5P2ZA 1RNEA 5OZUA 5OYYA 2H6SA 4I0EA 4RYGA 5P6YA 3F9QA 1T6EX 5P89A 2WECA 5P7NA 1ZPAA 4HVPA 1FGCC 2F80A 1EC1A 1VIKA 2BPYA 4YDGA 1W5YA 2QZWA 3OQFA 2B7FA 5P8NA 4ZPGA 4QJ9A 5P53A 1FIVA 5P57A 4Y5BA 4I0IA 1MTBA 4YD7A 5P6EA 2ER0E 5P3WA 5P1XA 4H1EA 5DQ4A 2V16C 2AIDA 1D4YA 3QP0A 3KDBA 5DR4A 3OTSA 3Q3TA 4ER2E 2AZ8A 3DCRA 4J1EA 1W6IA 5OYQA 3L38A 4J1FA 5P2GA 1EPOE 4Y5KA 5AGZA 3UQUA 4B72A 1AIDA 2IKOA 3PMUA 5P28A 4EYRA 3WZ7A 1HIVA 1QRPE 5ISKA 1IZIA 1ZAPA 1HEGE 4U7VA 4YDFA 3T11A 4NKKA 2WKZA 3Q6YA 5P1FA 4Y3HA 5DR1A 4DV9A 3DUYA 2QHZA 1QBSA 2CENA 1LYWA 3BXSA 3RVIA 1BWAA 2PH8A 5OZFA 5P0MA 1MRWA 2FDDA 5P3RA 2FNSA 4Y3FA 3NSHA 3UFNA 5P4OA 1OHRA 4DQGA 3ZKMA 2OHLA 4BFBA 4UPJA 5OZJA 1SGZA 4OBFA 5P0CA 5P7YA 2R9BA 1MTRA 2B42A 4J1IA 1BWBA 5P1VA 3ER3E 3GGVA 4YA8A 2I4UA 4LXMA 3LPIA 4TVHA 2I0DA 3K5DA 5KR0A 3OU1A 1KJHA 4H3IA 3G70A 2P3BB 4Y5LA 5P2NA 1EEDP 3HZCA 3NUOA 5P4IA 5P59A 5P48A 5SY3A 2P3DA 3INHA 3SKFA 4EPJA 3VYDA 3LZSA 1KJFA 1ODYA 3APPA 3L5FA 4J1HA 5OZ7A 2PH6A 4D85A 3IVHA 5P4UA 1YX9A 4PEPA 4FRJA 5P0LA 2NTRA 4J1KA 6FIVA 2QMDA 5P54A 3EKWA 1FG6C 2FS4A 3CKPA 3ZKGA 5P0XA 5P8QA 5P1NA 2RENA 4D83A 3LIZA 1LYAB 2FXEA 1FMXA 5P3NA 1K6VA 1M43A 5OYTA 3SO9A 5HDVA 5OZRA 4DJQA 5OZ4A 4Y41A 1A94A 5P7AA 5EZZA 5P4EA 5OZIA 3HVGA 3L58A 5P5HA 1AM5A 1BXQA 3O9DA 3TH9A 3I8WA 4R92A 3FSMA 3UDNA 3EL9A 3CKTA 4YE3A 2IEOA 4AA8A 5P73A 5P8FA 3HLOA 1DMPA 2IL2A 5P88A 3SA7A 3I25A 1EPNE 4OBDA 2HPFA 4RGHA 3LZYA 5P44A 4NJVA 3L59A 3PVKA 4GJ6A 5P0DA 5P5BA 3QIHA 1HTGA 1K6PA 1NPAA 4YD6A 3OOTA 3QRSA 5HD0A 5P3YA 1XN2A 1EPQE 3ZOVA 3UCBA 4CPXA 3D20A 4Y3GA 4MC6A 1HVSA 3PWMA 1MVPA 2I0AA 5P06A 2Q54A 2MIPA 4A4QA 2I4QA 5P16A 5P2HA 5P2IA 4DQEA 4TRWA 5OZDA 3OUDB 5C9DA 2NMZA 2J9KA 4OBHA 5P4NA 5P4LA 5F00A 5PEPA 4Y4AA 5P41A 2HPEA 2R5QA 3O9EA 3S43A 5P3ZA 1N49A 5P7DA 5P8UA 1FEJC 3EKVA 4Y3ZA 4QJAA 3IN3A 5OZZA 2AOCA 3URJA 1HSGA 3HVPA 5HVPA 3BGCA 1XN3A 4AA9A 5P4HA 3IXJA 4XX4A 3LPJA 4FM7A 3QVCA 1EPRE 1LEEA 2IS0A 3HDKA 2FNTA 4Y38A 2AVOA 3NU4A 3TPLA 3QAAA 3IN4A 3L5DA 5P5TA 1BDLA 6APRE 1K1TA 1A8GA 4Y57A 5P6PA 2PYNA 2FDPA 2Q15A 2G21A 2IENA 5P76A 3S54A 1HVIA 3K1WA 3DCKA 4I0GA 5HCOA 3IGBA 3VEUA 4Y3DA 1F34A 3OWNA 5OZ5A 3BVBA 2V10C 2AQUA 2NPHA 5HU1A 5P0TA 5P0UA 3BHEA 2R5PA 3IXOA 2Q11A 4HA5A 3QN8A 2OHRA 5AH6A 5OZQA 3O9IA 5OZYA 4B78A 4Z50A 4R5NA 1G6LA 3NUJA 5P67A 3JVYA 4CPUA 1FF0C 5P4PA 2QD7A 3PWWA 3SA4A 3WZ8A 1FQ7A 1PSAA 2G1OA 3ZL7A 4Y3PA 4L6BA 3OUAA 5ENKA 1APTE 3NDUA 1EPLE 1ENTE 2QZKA 5OZBA 3HAUA 4LL3A 1HTFA 4Y50A 4Y3MA 3TOHA 2G24A 3VF5A 3T7PA 5P5JA 3R1GB 2ER7E 2FXDA 5OZVA 3OXCA 3N3IA 5P25A 3SACA 3RSXA 4I0JA 3O9LB 3OTYA 3LINA 2AOEA 3GI5A 5P0FA 2ZJIA 1GKTA 3UDQA 4ZPFA 3EM6A 4Y3NA 3FNSA 2AZCA 3VUCA 9HVPA 5P0OA 1FFFC 4ACUA 4HEGA 4DPIA 4GB2A 3PSYA 5P1DA 5KR8A 3S53A 5P4SA 2QD6A 5DQ1A 2UY0A 5P7XA 3CKRA 2Q5KA 5P05A 3KFNA 5P32A 1W5WA 5P8PA 3O99A 5P6RA 3PJ6A 1LYAA 1HXWA 3CICA 1HXBA 1TSQA 3SA8A 5P7BA 4R93A 3GGXA 5P66A 3CIBA 5P46A 4ZSPA 4I12A 3UQPA 1GNOA 4Y3LA 4DQBA 2BKTA 2O4PA 1D4JA 1MRXA 1IBQA 3UQWA 5P6IA 2QP8A 1MPPA 2AOGA 5JG1A 2G26A 1RV7A 2FGVA 5P1JA 3UDMA 1YTGA 5AHCA 3S7MA 1ZBGA 1PPKE 4OBKA 3JW2A 4OBGA 4Y58A 4EP2A 5P49A 5OZ8A 4D89A 4YOAA 2J9JA 1K2CA 5C9BA 5UPJA 5P6FA 5HTZA 5P5GA 5P0GA 2AZ9A 1T3RA 3MXEA 4GIDA 4Y3QA 4GJCA 5HDXA 1AAQA 1WBKA 1KJ7A 5P07A 5P30A 2VJ9A 4APRE 5P1ZA 1UH9A 2P4JA 3WB4A 1IVQA 5P3JA 5P1SA 4J17A 5E5JA 6UPJA 1XE6A 3UF3A 5P4CA 1T7JA 5SZ9A 2I4WA 4COEA 4Y3YA 5OZTA 2G94A 2ANLA 3PEPA 2OHMA 5KR2A 5AH8A 3QRVA 2OF0A 2ER9E 5OZHA 2WEDA 3INDA 1EPME 3D91A 1G0VA 5P8IA 2VIZA 4EQ0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9H A;  2QI6 A;  2O4N A;  3TPJ A;  2P3C A;  5P7R A;  5KOQ A;  5P00 A;  1BDR A;  3FX5 A;  5P6D A;  1HWR A;  3VYF A;  5P1G A;  3VYE A;  5P26 A;  1ZJ7 A;  4L7J A;  5OZS A;  1WBM A;  2VNN A;  3SA5 A;  5OYU A;  3CYX A;  5KR1 A;  3IAW A;  2G1R A;  3O9L A;  2H6T A;  5CLM A;  5DQ2 A;  5OZO A;  3L5E A;  1K2B A;  3S43 B;  1FMB A;  3DV5 A;  5IVQ A;  1UH8 A;  5P64 A;  2OHP A;  5P61 A;  5DQ5 A;  3CYW A;  3TOG A;  2ASI A;  4OC6 B;  5P5S A;  3VLB A;  3NU6 A;  4PZX A;  4KUP A;  1FQ5 A;  5P80 A;  1EBZ A;  2O40 A;  1C6Y A;  3M9F A;  3PMY A;  1E82 E;  3KFS A;  4CKU A;  3OY4 A;  3UDK A;  5DPZ A;  2BB9 A;  2WF1 A;  3O9A A;  2FMB A;  5P29 A;  5OZL A;  2FLE A;  5P3S A;  3B80 A;  5P1H A;  3HW1 A;  4I0H A;  2ZHR A;  2V12 C;  4ZSR A;  3EKT A;  3UDR A;  3KT5 A;  1J71 A;  2QI0 A;  4D8C A;  2ZJN A;  3ZKN A;  5P6K A;  1LF2 A;  2Z54 A;  3RTM A;  4K4R A;  3VF7 A;  1FQ6 A;  4YBF A;  5P7M A;  1XE5 A;  1SIV A;  2FGU A;  3OQK A;  4X7I A;  5OZX A;  2BKS A;  2XFJ A;  3KMY A;  3WZ6 A;  3EL5 A;  3PI0 A;  7UPJ A;  2QMF A;  4RLD A;  5P43 A;  3PWR A;  3T7Q A;  2HB4 A;  5P6C A;  4XX3 A;  4TRZ A;  2NXD A;  5P3T A;  2O4L A;  1HVJ A;  5COO A;  3VF3 A;  5HDZ A;  4OBJ A;  2VA6 A;  4Y3S A;  2JE4 A;  2B7Z A;  2Q55 A;  5P58 A;  1YM2 A;  1KJ4 A;  4OD9 A;  2PWR A;  4K4Q A;  4QLH A;  3KFR A;  3OGP A;  1Q9P A;  3K5C A;  5P1O A;  4PHV A;  1MUI A;  3QRO A;  3S8I A;  4ER4 E;  3MSK A;  1E5O E;  1B6M A;  5P6N A;  1SDU A;  2ZDZ A;  4S1G A;  3N4L A;  5HE7 A;  1IZH A;  5P0H A;  3SA9 A;  2WEA A;  3LIV A;  3RSV A;  1B6K A;  1QBT A;  5DR3 A;  1G35 A;  4K4P A;  5P52 A;  1APU E;  2QI7 A;  2R38 A;  5P3Q A;  4APE A;  1KJG A;  1TCX A;  5P83 A;  2IQG A;  5P4J A;  2IGX A;  3LIY A;  5P7T A;  2BPW A;  5TOL A;  1ZTZ A;  3G72 A;  4HLA A;  1IVP A;  2ZHS A;  4JP9 A;  3UPJ A;  3VFB A;  4XXS A;  3FIV A;  1QBR A;  3OOZ A;  1GNM A;  4I8Z A;  5COK A;  2PWC A;  1EBK C;  4DUS A;  4GJB A;  1BAI A;  5P4W A;  1W5X A;  5P5I A;  1MT8 A;  5P5M A;  3KT2 A;  5P2Y A;  3APR E;  4Y3X A;  5BS4 A;  2WEZ A;  1G2K A;  3R0W A;  1SDV A;  5IVS A;  4NJU A;  4FE6 A;  3G6Z A;  1LF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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