2BPXA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpxA00
1MTRA 4JP9A 4R95A 5P0RA 1FF0C 5P0SA 3ZL7A 1UH9A 3OOTA 2O4LA 2NPHA 3QRSA 5ENMA 1OEWA 3D1XA 4B78A 4K8SA 5P3UA 3EKTA 3HW1A 5P2QA 1LZQA 3SA3A 1WBKA 2UXZA 5P5NA 4F76A 2F3KA 4BEKA 5IS4A 3Q6YA 5ISJA 3OAGB 3TPPA 5P8IA 5FIVA 3NUOA 2CEMA 2OHMA 5P5GA 1W5WA 5P13A 4RYGA 5P7BA 4Y39A 5P03A 2WF1A 4APEA 2MIPA 3ZKIA 4Y43A 4LXMA 5P8HA 4Y36A 5P7TA 4ER2E 1EPRE 5P05A 3L5BA 5DPZA 1A8KA 1MERA 4Y54A 1EPNE 1FFIC 4Y3AA 4QJ2A 5P3CA 4FLGA 5P84A 4FAEA 4D88A 4Y4DA 3C9XA 2AOIA 1QBSA 1FB7A 4TVGA 2FXEA 4Z2ZA 5C9FA 3G72A 4H1EA 2QI1A 1YX9A 5P5RA 2R9BA 4X2LA 2ASIA 5OZNA 5P28A 5P58A 3EL0A 1T7KA 4J17A 5DR1A 3SM1A 1D4SA 3IN3A 4EJ8A 5OZ0A 4RZ1A 1YTHA 5P4FA 5AH7A 1KZKA 5UPJA 3S7MA 3NDUA 2OHQA 4QJ7A 4EHCA 4F75A 1HTFA 3H0BA 3BUHA 3JVWA 1PSOE 5P10A 5P5ZA 2FGVA 5DQCA 2RSPA 2P8HA 3R0WA 4GIDA 5KR8A 2P3BA 1SIVA 4QJAA 5P77A 4Y4EA 4I0HA 1RL8A 3PSGA 5OYSA 5P5XA 1LS5A 3WSJA 1W51A 1JLDA 3IVIA 2ZHUA 4OBGA 3WZ8A 1HVHA 2FIVA 5OYUA 1HVKA 4CP7A 4FGXA 4I1CA 3G70A 3OQDA 4DJVA 5AH9A 1G2KA 2QAKA 2QI7A 4J1IA 3URJA 1HPVA 1F7AA 2I0DA 4Y5BA 5ER2E 3LITA 1EC1A 4Y5PA 3NDTA 3CIBA 4GJ6A 4FCOA 3UPJA 3PEPA 4Y5LA 4NJVA 3NXNA 1M4HA 3LZVA 5P8QA 2FLEA 1LV1A 4YBIA 3KDCA 5BRYA 1W6HA 5SXNA 5P32A 1LYBA 3BGCA 5OZ3A 4EJDA 4EXGA 1ODWA 1HXWA 5P2WA 3OU4A 5OYQA 3UDPA 5P8PA 2HC0A 3LINA 2NNPA 1G0VA 2PC0A 3PM4A 1EAGA 5P1NA 3CYXA 5KOQA 3L5FA 1BILA 2IGXA 4Y4JA 2AOJA 4LBTA 8HVPA 3NSHA 2V16C 2QD8A 1T7JA 5P41A 5P4SA 4Y35A 5P48A 3QRVA 5P4YA 2PQZA 1BVGA 2UPJA 5P8MA 2ZGAA 1C6XA 1AJVA 3VF5A 2OHRA 3NUJA 4HA5A 5OYYA 2P3DA 4L7JA 3ZOVA 4Y5KA 5P6EA 4DJXA 3QBFA 4FRIA 3VLBA 1M0BA 2B8LA 1SMRA 2OHUA 5P0PA 1NH0A 2OHSA 2R3WA 1G35A 4GJ7A 3RTMA 3UTLA 5P0IA 2A4FA 4ZSPA 3SLZA 2H6SA 4Y3SA 1HSIA 4KUPA 2AZ8A 4DFGA 2QNPA 2F80A 7UPJA 5OZHA 5P8CA 5P63A 2ER6E 2QNQA 2WF0A 1ZTZA 4XXSA 5P1OA 3ZKNA 5P1WA 3NLSA 3OUCA 2I4XA 4Y3TA 2ANLA 1VIKA 4N00A 5P44A 5P7FA 3VFAA 5C9DA 2BPWA 3I8WA 3NWQA 3OXCA 3QAAA 5OZ5A 3EM3A 2R5PA 3TOGA 3PSUA 5DGWA 4B0QA 1W50A 3KT5A 2P4JA 3Q3TA 5P2RA 4AA9A 2O4PA 4TRYA 5P1VA 5P1BA 3EL5A 3TPLA 5P12A 4U7VA 4DQEA 1B6LA 2IDWA 2O4KA 4TVHA 5JG1A 1BXOA 5P23A 5P67A 4RROA 3D1ZA 4EXHA 2VIYA 3QP0A 1YM2A 2HIZA 5OYTA 5P61A 1ZJ7A 5P5CA 1HVJA 5P0MA 3VYEA 3S45A 1HXBA 1IBQA 4B72A 2QMGA 5I3VA 3HAWA 3NDWA 3KN0A 5P5OA 1A9MA 5P7RA 4QGIA 5P6PA 4R5NA 3IGBA 1SP5A 1HVCA 3EL4A 5P6TA 3RTNA 5P79A 5P7LA 5P4TA 4YD5A 4J1CA 5IE1A 5P8LA 3SABA 5OYRA 3N3IA 3OU3A 1FMBA 3BUFA 4GJ5A 5P55A 3RU1A 5P34A 4Z4XA 6UPJA 5P80A 6FIVA 3OU1A 2AOGA 3S7LA 2V12C 5P1DA 3QVCA 5P7GA 4Y4UA 3SA4A 4YHQA 1HVSA 1ODXA 1YTGA 2VIZA 3LIZA 2VA6A 3EMYA 4GYEA 5P5VA 4ACUA 3ST5A 1LYWA 3LZSA 5P04A 1SGZA 3GGVA 3IAWA 2CENA 5P2KA 5P7JA 3DV1A 4A4QA 3TPJA 4Y5EA 1BIMA 2QD6A 3PGIA 1HEGE 3PLLA 4I0FA 2ZJIA 2WEAA 2G27A 2P3BB 5ISKA 7HVPA 4HLAA 5OZSA 2ZDZA 2VIJA 1BAIA 1YT9A 1D4YA 3TKGA 3VYFA 5P3DA 5P6MA 4Y3NA 1HVRA 5P3KA 4PEPA 1HWRA 4Y3DA 3KDDA 3QROA 1MTBA 5KOSA 4JPCA 3VV7A 5P1GA 4RRNA 1ZBGA 3UQWA 3VCMA 4DQBA 5P0TA 1ZAPA 5OZRA 4D83A 2AOHA 3APPA 2G1RA 1AXAA 1MSMA 5P0NA 3GW5A 2VA5A 1XL2A 1Z8CA 5P7IA 5AHBA 2AQUA 1EC0A 3T6IA 5DR8A 4AMTA 3OQ7A 1CPIA 2IS0A 2PK6A 2G20A 5JODA 4JOOA 3TOHA 1XN2A 1YTJA 3S53A 3OOZA 3SA8A 5KQYA 4XX4A 5P6YA 1LYBB 2V0ZC 5P81A 5AHAA 2OHTA 1EEDP 3VV8A 3EL1A 1AIDA 4YOBA 5P6UA 1MSNA 4K4PA 1BWAA 3OU4B 4Y3RA 4FL8A 1EPLE 1FIVA 2VKMA 4MC2A 5P8VA 3TPRA 1OD1A 4QLHA 5B18A 1HOSA 2OF0A 3GGAA 1W6IA 1IZDA 5P4WA 5IVRA 5P3ZA 1QS8A 3EKQA 1EBYA 3IA9A 3Q5HA 3TH9A 5HVPA 5P3HA 3AIDA 1W5YA 1HPOA 4HZTA 3T11A 3TTPA 3O9LA 4CPWA 5P1XA 5P5FA 1MPPA 5OZWA 4CPSA 5P0CA 1OHRA 3R1GB 3VLAA 2Q3KA 3QN8A 1SGUA 4EPJA 1DIFA 4L1AA 2G69A 4Y4WA 5P3LA 5P3IA 4FS4A 5P4CA 4Y3ZA 4QJ6A 5P5AA 4Y3XA 5P39A 3BXSA 3NU3A 3UDYA 1GVUA 5EZZA 5P0HA 2V10C 5P4DA 3DK1A 3O9AA 5OYXA 3HVPA 4RCEA 4YOAA 3ZKSA 3NYGA 2G1YA 3DOXA 1Z1RA 3EBZA 3VFBA 2J9KA 4HDBA 2FXDA 5P5DA 1E81E 5P5IA 3ZMGA 2Q64A 3T7QA 4Y4XA 1T7IA 5OZYA 3TL9A 5P38A 5P8GA 1B5FA 3LHGA 3GI5A 3D3TA 5P71A 3RSVA 4Y53A 5P2NA 1GVWA 3EM4A 2VJ6A 5OZ6A 3DJKA 5P78A 5P7QA 5J25A 2I4QA 5OZGA 2WJOA 1LF2A 4ZE6A 1IVQA 4JPEA 5P17A 4Y38A 4APRE 4KE1A 4WY1A 4Y3LA 1K2CA 1HIVA 2R5QA 1HTEA 3UDJA 2BPXA 4AUCA 1IZEA 3D1YA 1Z1HA 2AOEA 1EPPE 3O9FA 1HVLA 2SAMA 3UQRA 1SIPA 2ER0E 4OBHA 5P5HA 4XX3A 3GGXA 2F3FA 3IXOA 3K1WA 2Q55A 3R0YA 3WB5A 3O9BA 4DJOA 3I25A 2VNMA 3S2OA 3OGPA 5COKA 5P08A 3OTYA 5P2MA 4Y5GA 2O4SA 1QBRA 2R3TA 5OZLA 4DUSA 4FM8A 4J1HA 2AZ9A 5P6KA 2EWYA 1CMSA 2BPZA 1IZIA 4Q1WA 3FKTA 4ZSQA 5P74A 5P0EA 2QI3A 5P7WA 2IQGA 1HEFE 4LXKA 1IDAA 3MXDA 5HTZA 2ZJNA 3URLA 4ACXA 2AODA 4YCYA 3GI0A 3ER5E 5P7SA 4Y3HA 5P73A 4K9HA 4KB9A 5P6CA 5P15A 3OU1B 3EKVA 1N49A 4RGHA 3LIXA 3O99A 3UDNA 1HPSA 4ZIPA 1ZSRA 3OADA 4PYVA 1A30A 2ZJHA 2ZHRA 2B42A 5P31A 5P35A 3NDXA 4FE6A 5SY3A 5P2XA 3L5EA 1W5XA 1D4JA 5P2SA 1LYWB 5P46A 4I8ZA 2O40A 2WF2A 3QS1A 4A6CA 5OZIA 5P2CA 3PRSA 4DJWA 5P53A 4Z22A 1RNEA 4Y5CA 5P19A 2PSUA 4AZYA 1IIQA 4FRSA 3CKPA 4R93A 2XFJA 4FSLA 2IENA 4PPHA 4U7QA 2WF4A 3OUBA 4CPXA 5P4MA 2HB3A 1MT8A 4DI2A 5P6IA 1FQ4A 1YTIA 3CIDA 1APTE 5P0OA 2QI4A 5ER1E 3INDA 1EBZA 3RSXA 2B60A 5P6JA 1TCXA 4Y3FA 3RTHA 5P0GA 3O9DA 5P0WA 5P5LA 3UCBA 3QVIA 5OZ9A 2PYMA 3SM2A 5P4PA 2FDPA 1DP5A 5P89A 4J1FA 3TOFA 3RVIA 5P4HA 4ZPEA 3OUAA 4J0VA 4ER1E 4RRSA 1ZPAA 1B6KA 5P4BA 5P1SA 5OZCA 5OZEA 5P7HA 5HDVA 3ECGA 4Y37A 3EKWA 1EPQE 5P5EA 4DPIA 1YG9A 3UFLA 4LHHA 5TOLA 5P8AA 4DJQA 5OZUA 1SBGA 1BDLA 1OEXA 2PH8A 1BXQA 5HE5A 1PFZA 4EP3A 4PHVA 4FSEA 1Q9PA 4IVTA 3ZKMA 5P1MA 5P51A 5P65A 5OYVA 3KFRA 3SKFA 5AHCA 1GNOA 5P30A 5HE4A 3PCZA 4LP9A 5P2DA 3VV6A 4J5JA 3EXOA 2QD7A 5P4RA 4F74A 3O9LB 3SACA 1GVVA 5OZQA 1PROA 3K5DA 1LF4A 1ZP8A 4Y3GA 3ZPSA 4KE0A 5P57A 4RVXA 1T6GA 5IVTA 5P85A 2XYEA 4L1AB 5P06A 6APRE 5P7VA 5P8SA 1DPJA 3S85A 2P3AA 1EC2A 4RLDA 5P2GA 2NMYA 2HPEA 5P7DA 2V00A 5P24A 1RV7A 4U8WA 3UHLA 3O9IA 4I12A 1PPME 1B11A 2BPYA 5P3YA 2Z54A 3FNSA 3M9FA 1C6YA 2G21A 1BDRA 3IXJA 5OZPA 4DJYA 1HBVA 4Q5MA 4Y5NA 2QZXA 1FGCC 5CONA 3INFA 5E5KA 5P2HA 1ENTE 2ZJLA 2ZYEA 3GGUA 3KT2A 4Y3JA 4Y41A 5P1YA 5I70A 4DQGA 1YM4A 4ZSMA 4RVJA 3L59A 1B5FB 5P3AA 3EM6A 5P2YA 3SFCA 5P60A 1ODYA 4FRJA 4OBFA 5HU1A 3WZ6A 3NU5A 2QHYA 3BRAA 5P0JA 9HVPA 5SZ9A 5P8KA 1FFFC 4IVSA 3KF0A 4I0DA 2I4DA 3U6AA 1TCWA 2PSVA 4D8CA 5P5KA 3UDQA 3KFNA 3FX5A 5P86A 5P7ZA 2PMAA 3O9GA 5P1CA 2NXMA 4L7GA 1TQFA 2H6TA 2HS1A 2VJ9A 3B7VA 3INHA 5P5PA 2FNSA 5HCOA 3LZYA 5P4NA 2OHLA 2JJJA 5P09A 5HDUA 5P4IA 2ZJMA 3U7SA 5OZVA 5I3WA 3PWRA 4Y4AA 4Y57A 4RYCA 4RCDA 5P6WA 4Y3QA 5P27A 2R8NA 4D89A 4COEA 3KMXA 4I10A 1FQ5A 2WKZA 1C70A 5P0DA 5IVSA 5P4VA 4Y3EA 5P6XA 1GKTA 5P3SA 3ER3E 1KJFA 4UPJA 4EJKA 2BBBA 3LIYA 5P6ZA 3IXKA 5CLMA 4CPTA 2G22A 1NPVA 1MIQA 5P64A 2ZJKA 5P4EA 1QRPE 3WB4A 4DJUA 4BFBA 5HCTA 5P75A 5P0ZA 4Y9WA 3QPJA 2FGUA 1FQXA 3K5GA 2AVMA 3G6ZA 3NU4A 5KQZA 5KAOA 2FDDA 1B6PA 5P3TA 4K4RA 3OUDA 2RENA 3OQAA 1HRNA 1LF3A 3OQKA 3OADB 4NKKA 2I0AA 1WKRA 2QU2A 3VSXA 4S1GA 2PSGA 1NPWA 3DCKA 5HDXA 3ZPTA 3EC0A 5P1JA 5P76A 3BXRA 2ZE1A 1U8GA 4GB2A 1AZ5A 3QIHA 2QNNA 1BV9A 1D4IA 2OHNA 1SDTA 3NR6A 4YD4A 3SKGA 5IVQA 3SA9A 5P1LA 1UH8A 4F73A 4OD9A 5P1RA 1XE5A 4Y50A 2IKUA 5BWYA 4R8YA 5P4KA 3KM4A 5P7UA 5P37A 3HZCA 1VIJA 5C9BA 5P2JA 1BVEA 3PI5A 3MSLA 4YD3A 3K4VC 3OXWA 3UDRA 5KQFA 2QCIA 5KQXA 1DAZC 3I6OA 1KJ4A 4LL3A 5P7OA 1T3RA 1W5VA 1D4HA 1FQ8A 5P8EA 4RVIA 1RQ9A 1APWE 2P3CA 2PH6A 4J55A 2O4NA 2WEBA 3NWXA 4I0ZA 1MRWA 2IGYA 5DR4A 4YCKA 3QRMA 1K6PA 1TZSA 1HHPA 5P83A 2QHZA 5OZ8A 5OYWA 3D20A 2OHKA 2R43A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MTR A;  4JP9 A;  4R95 A;  5P0R A;  1FF0 C;  5P0S A;  3ZL7 A;  1UH9 A;  3OOT A;  2O4L A;  2NPH A;  3QRS A;  5ENM A;  1OEW A;  3D1X A;  4B78 A;  4K8S A;  5P3U A;  3EKT A;  3HW1 A;  5P2Q A;  1LZQ A;  3SA3 A;  1WBK A;  2UXZ A;  5P5N A;  4F76 A;  2F3K A;  4BEK A;  5IS4 A;  3Q6Y A;  5ISJ A;  3OAG B;  3TPP A;  5P8I A;  5FIV A;  3NUO A;  2CEM A;  2OHM A;  5P5G A;  1W5W A;  5P13 A;  4RYG A;  5P7B A;  4Y39 A;  5P03 A;  2WF1 A;  4APE A;  2MIP A;  3ZKI A;  4Y43 A;  4LXM A;  5P8H A;  4Y36 A;  5P7T A;  4ER2 E;  1EPR E;  5P05 A;  3L5B A;  5DPZ A;  1A8K A;  1MER A;  4Y54 A;  1EPN E;  1FFI C;  4Y3A A;  4QJ2 A;  5P3C A;  4FLG A;  5P84 A;  4FAE A;  4D88 A;  4Y4D A;  3C9X A;  2AOI A;  1QBS A;  1FB7 A;  4TVG A;  2FXE A;  4Z2Z A;  5C9F A;  3G72 A;  4H1E A;  2QI1 A;  1YX9 A;  5P5R A;  2R9B A;  4X2L A;  2ASI A;  5OZN A;  5P28 A;  5P58 A;  3EL0 A;  1T7K A;  4J17 A;  5DR1 A;  3SM1 A;  1D4S A;  3IN3 A;  4EJ8 A;  5OZ0 A;  4RZ1 A;  1YTH A;  5P4F A;  5AH7 A;  1KZK A;  5UPJ A;  3S7M A;  3NDU A;  2OHQ A;  4QJ7 A;  4EHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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