2BPYA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpyA00
4PEPA 5P65A 1HEFE 2RKFA 4D88A 5P5IA 2VIYA 1QDMA 5UPJA 3QVIA 1WBMA 1BDLA 1GNMA 4Y53A 1UH9A 3CIBA 3TKWA 4H3GA 5P76A 3ECGA 3UDJA 1FLHA 3ZPTA 5KAOA 4Y3SA 5P5JA 3VYDA 1W6IA 4Y51A 4GJ9A 5P2SA 2FS4A 4OD9B 4Y3RA 3UPJA 4ZSQA 5P0EA 5P0MA 2VA6A 3VYEA 4Z50A 1ER8E 3KDBA 5P1BA 5P5ZA 1A9MA 5P15A 3LIXA 2IENA 2OHUA 1FQ7A 2CENA 2NXMA 5OZGA 1YTHA 4GJBA 5P6FA 2FNTA 3OU4A 3UDHA 1APUE 4RVIA 4YD4A 4TRWA 4ZPFA 2VS2A 1LYBA 3VV6A 4B72A 4Y56A 4Y5PA 1YX9A 2B7FA 5P5KA 4Y3YA 5P2EA 1PSNA 1T6GA 4HDPA 5P4XA 4DJRA 5ER2E 1YM4A 1IVPA 5KQYA 2ZJMA 5P4KA 5P1HA 2R3WA 2P3CA 1HXBA 3O9AA 3UDMA 5P01A 1FB7A 5OYVA 3KM4A 4HEGA 3PWRA 4YD5A 5DR1A 2ZHTA 4DJPA 4L7JA 4Y5CA 5P7HA 5P4AA 4ER1E 3CYWA 5P67A 1IZEA 1ZSRA 4OBJA 5P0WA 4CPWA 2V13A 5P35A 4Y54A 4NJTA 4OC6A 4Q1WA 2B8VA 5P3EA 5P71A 1PPLE 5AHBA 5P7BA 3VF7A 4I0ZA 3INDA 2PWRA 1GVXA 5AHAA 2QZWA 3R0WA 5OZFA 4OBZA 1W5XA 3L59A 5P43A 1DW6C 3OXVA 3UFLA 2PH6A 5P5WA 1AXAA 5OZ2A 5P3JA 4Y3WA 2O4PA 5P7OA 3PLDA 5P2OA 1WKRA 2ER9E 5P22A 2FDEA 1E5OE 2QMGA 2AZ8A 5P13A 4L7GA 5P1FA 5P68A 2BPWA 2QU3A 5P54A 3EMYA 3T7XA 2G94A 1LYAB 5P2ZA 2VNMA 5P3TA 5P1MA 5P3MA 3FX5A 4Y4ZA 3GGUA 5P51A 1IDAA 2HIZA 3HW1A 4MC9A 3OOZA 3SA9A 4Y4WA 4EJLA 3NWQA 4H3FA 5P7KA 5P0JA 3RSVA 3O99A 3ER5E 3HD8A 4PZXA 2AZ9A 5HDZA 1BVGA 1JLDA 1FMBA 2BPZA 2FDPA 5P5GA 5P7ZA 4B00A 4R95A 1MSMA 5P8OA 3MXDA 3SKGA 2XYEA 3MXEA 4Y35A 5P39A 5AH9A 1AIDA 1HIVA 5P8HA 4Y3PA 2HPFA 2JYSA 3EKVA 4EP3A 5OZVA 3U71A 3IN3A 5IVSA 5P2QA 3KFSA 3OTYA 1SIVA 3GGVA 4DQFA 1MT8A 4IVTA 3NU4A 2QNNA 1SGZA 2G27A 5HE5A 1BAIA 2WF0A 5P4PA 2R8NA 1C6XA 3BVAA 3EM6A 1MTRA 5P8GA 3QP0A 5P23A 4UPJA 2HS1A 3KMXA 5OZIA 2VJ9A 4WY6A 3AIDA 4CPUA 2V10C 3EC0A 3FNSA 5P1IA 4Y4DA 2OHNA 3O9BA 5KR1A 3QS1A 1D4LA 3OAGA 3KT5A 5P0UA 5FIVA 3MSKA 1PSAA 3VFAA 2OHLA 4EYRA 3OHFA 2PYMA 2JE4A 2NXLA 4R8YA 1MERA 2PSGA 3F9QA 2OHRA 1TCXA 5P8AA 1AVFA 5OZRA 5OZYA 4FIVA 1HEGE 4GB2A 1FKNA 5J25A 1LYWB 3BC4A 4Y5LA 5P69A 1KJ7A 1QS8A 5P29A 4Y3EA 4Y4UA 1NPVA 2OHPA 3LPIA 4HVPA 1G2KA 5P8BA 2ZJNA 4X2LA 2BPXA 3PWMA 1HSGA 4U7QA 1TQFA 5OZCA 3Q4BA 4L1AB 4Y3DA 2OHTA 2QI5A 4LXMA 2V0ZC 4I1CA 5P7WA 5C9DA 1BVEA 5OZ6A 4B1DA 5KQFA 5P6NA 5P6MA 5P5UA 2QI1A 2AIDA 5P4VA 3CKTA 1HTEA 1Z1HA 5P3KA 1UH8A 5I3WA 2QMFA 1D4HA 1TSQA 4F74A 5P4CA 2RENA 3O9HA 5P6EA 5P00A 1B6LA 2EWYA 5P1ZA 2ANLA 3SFCA 1XE5A 1GNOA 1EPLE 1HPSA 1PROA 3IAWA 2VIEA 3PHVA 3TOHA 5P7PA 2HPEA 2P3DA 1FQ6A 1FEJC 5DR0A 3URLA 4TVGA 1FIVA 3K5FA 5HCTA 3KYRA 3UDNA 2WEZA 4GIDA 3FKTA 1BIMA 5P18A 5DQ5A 3PSUA 4YOBA 2NXDA 3OHHA 4OBFA 5OZ9A 1ODYA 5OZLA 3WB5A 4D85A 2VJ6A 1G6LA 4XX3A 5ENKA 3EL1A 5HDXA 4WY1A 2G1SA 4Y44A 4YD6A 4DQHA 4YBIA 2AOEA 2QNPA 6FIVA 1ENTE 5CONA 1WBKA 3VG1A 4ZPGA 3O9FA 3ZOVA 5P58A 5P7EA 3O9LA 5P5PA 2G20A 4EJKA 5ISJA 1LYBB 3PB5A 3PI5A 2NTRA 7HVPA 4Y5BA 3SO9A 1QBTA 2MIPA 4I0DA 5P38A 5P3ZA 5OZHA 1ZSFA 4BFBA 4DPIA 4Y4JA 2V16C 5P4IA 4MC6A 5P4BA 3VSXA 1ZTZA 3L5CA 5P72A 5C9FA 4Y4XA 5P2KA 5P5DA 5HD0A 3OWNA 1K1TA 5P5EA 4J0VA 2QZKA 2PK5A 1NH0A 2CEMA 4YDGA 5P1XA 1IZHA 5P3GA 1EPQE 1MRWA 5P4DA 3RVIA 5HE4A 1EC3A 5P8SA 2ZHVA 8HVPA 2I4WA 2G22A 2PWCA 4GMIA 3S53A 4R5NA 3KFPA 5OZ3A 5HU1A 2QHCA 4I0IA 5P2YA 3ZPSA 3UDPA 4CPTA 3S56A 4OBZB 4YCTA 4ACUA 5IVRA 2G1OA 2R3TA 3B7VA 5P82A 4DI2A 1EPPE 2AQUA 2HAHA 2NNPA 4B1EA 5P3UA 5P0GA 2AZBA 5P3SA 1PSOE 4I10A 5P4RA 3ZMGA 3EM4A 2ZJHA 1ODWA 2Q64A 3VSWA 4I0FA 5KR0A 5HE7A 3Q70A 5P41A 9HVPA 4Y3JA 2XYFA 4Y57A 4QJ8A 3VV7A 4Q5MA 1IVQA 4GZFA 4RVJA 3FSMA 2JJIA 3HLOA 5P5RA 5ISKA 3PMYA 4H3JA 5P1WA 3EKQA 3JVYA 5P1UA 3SA5A 4Y4AA 4MC2A 5P50A 1D4IA 5P8DA 2WEBA 4DQBA 3S43A 4KE1A 3IN4A 2PQZA 4NPTA 4Y3NA 5P1KA 5P1NA 4I11A 5P77A 3OU1A 1ZPKA 3T7PA 4Y39A 4Y5NA 4HLAA 4TRYA 3SACA 1MT9A 5P5BA 5P3YA 3NU5A 5ER1E 5P86A 3O9DA 4RRNA 2H6SA 1GKTA 3ZKXA 1YG9A 4ZSMA 3BUFA 1KJFA 4K9HA 4AUCA 3LIZA 5P79A 3PSYA 1IDBA 1T7IA 5P07A 3ZKIA 3PI0A 3PCZA 4CPXA 5HDUA 5I3VA 5BS4A 3WSJA 4GJ7A 1TCWA 3NDWA 1ZAPA 3R1GB 5P7QA 2VNNA 4GJ8A 4CMSA 3LIYA 1ODXA 1HHPA 2I4QA 5OYYA 5P52A 4DJQA 4ZLSA 5B18A 1LS5A 3OAGB 2PH8A 5P2AA 3DV5A 3DM6A 4Q1XA 1HIIA 1N49A 1ZJ7A 5OZNA 5DR8A 4EWOA 2F8GA 4ZE6A 5OYWA 3WZ8A 2HS2A 1DP5A 5P28A 4APEA 5P6SA 3DJKA 1W50A 4X7IA 3OK9A 5P46A 2XFIA 2IGYA 4DQGA 2QHYA 3I2LA 5P3VA 5P4GA 1HIHA 1AAQA 1HPOA 3GGAA 3H5BA 5P06A 5P1CA 4FAEA 2AVMA 4HDBA 1META 5P6DA 2J9JA 5F00A 4F76A 4QJ2A 4Y37A 3QVCA 4D89A 4F75A 3OQ7A 5DQ1A 3QBHA 2QAKA 3BRAA 5SY3A 3EXOA 4CPRA 5P1AA 4ER2E 5OZ7A 5DR7A 2NPHA 5P7JA 1B6MA 5OYXA 1KZKA 5OZ4A 1GVTA 2O4NA 3GI5A 3IXOA 5P31A 5P1GA 5OZKA 3QPJA 5P83A 1FQ8A 1EBYA 4Y48A 1LEEA 5I3XA 5P49A 4RYCA 5P8VA 3SA3A 5OYZA 4EP2A 5P56A 5P0QA 4Q1NA 1FF0C 4YOAA 1HPXA 3TOGA 3TKGA 5P80A 5P4SA 1FQXA 4Y3TA 1HVJA 2G26A 5P5QA 5P6KA 3T3CA 2FMBA 2ZHRA 5P25A 5P2TA 5P88A 5P03A 2QK5A 2NR6A 3OQFA 4DJXA 1VIJA 3NR6A 2WF4A 5P8UA 5P73A 2WHHA 5P0DA 2QI7A 5OZ1A 5COPA 2VA5A 4U7VA 4YCKA 3LIQA 1HBVA 3O9CA 5P6CA 4AA9A 2WKZA 4BELA 3O9GA 3O9LB 5P4ZA 1NSOA 5P85A 3Q3TA 1MPPA 5P1VA 4XX4A 3I8WA 4Y3QA 4DQEA 2B60A 3INHA 5P66A 3IVIA 3HAWA 5JFPA 1BV7A 3OGQA 5P2IA 4NJVA 1Z8CA 2ZJJA 1EBKC 5P6JA 1PFZA 4GJDA 3VUCA 5OZJA 3TOFA 2R43A 2NMYA 2QD6A 4J1KA 3APRE 4YHQA 2F80A 5P44A 5P1QA 4COEA 1OEWA 1W5YA 5KOQA 5P1OA 3DV1A 4K4PA 1GVUA 5P11A 3T7QA 5P75A 5OYUA 5EZXA 3FIVA 3PJ6A 2UY0A 3NXEA 3UCBA 3I6OA 4XXSA 3EKTA 3SQFA 5P7CA 4I8ZA 5P7SA 1QBRA 1DAZC 5P6OA 1B5FA 1CMSA 4FRJA 5OZZA 4EJ8A 5SXNA 3EBZA 1BXQA 3L58A 1BXOA 1W5VA 2QI0A 3L5FA 2IEOA 2NMZA 4LAPA 4RVXA 3QRSA 4OBHA 2J9KA 4DQCA 3DCRA 5P4EA 2Q3KA 3S45A 5P8MA 1VIKA 3S2OA 3D3TA 1E82E 3UDRA 1YTIA 2WF3A 1LF4A 5EZZA 1FMUA 3UTLA 5P2DA 5DPZA 4K4RA 3DUYA 2PC0A 4NJUA 5P3CA 3KFRA 2WECA 5P2BA 1K6TA 5P57A 1LV1A 5IS4A 3DOXA 5OYQA 1EEDP 4Y3AA 3IXKA 4YD7A 3URJA 4B70A 3LZUA 5P8TA 5P0VA 5OZ8A 3D91A 5P5NA 5HTZA 1F34A 4QJ7A 1HTRB 3S43B 2F81A 2NNKA 3NYGA 5F01A 5P6TA 5P8JA 3KF0A 3KFNA 3PGIA 5P34A 4OD9A 1HOSA 1Q9PA 2PK6A 3URIA 5P7IA 1FFIC 5KR2A 5P8PA 4Y5GA 3T11A 4Y5AA 5DR4A 3VCMA 3TPLA 5DR3A 1G0VA 3RTNA 4PPHA 4LXAA 5P2NA 5P60A 1MSNA 1YM2A 2BB9A 3EM3A 3KT2A 5P8IA 4EPJA 3SAAA 3DCKA 3CKPA 2O4KA 1B6PA 3NDUA 1IZDA 3L3AA 1E80E 3NUJA 5P0TA 5P0LA 1BBSA 4J0YA 3TPJA 2FXEA 4FSLA 2I4VA 1FQ4A 1RPIA 5OZBA 4FS4A 2JJJA 1B6JA 5DQCA 5APRE 5P48A 5HU0A 3LHGA 3Q5HA 5IVQA 2Q55A 3NU6A 5P6RA 4CPSA 2BPYA 1MRXA 5P3PA 2BKSA 4WTUA 3OADA 3GGXA 1MTBA 5SZ9A 2BPVA 4MC1A 5E5JA 2HB2A 1ZBGA 1K2BA 3SA8A 1AJXA 2O40A 4AMTA 1FMXA 3UDQA 1AJVA 2Q63A 4EQ0A 2PSUA 3TLHA 4JPCA 3T6IA 1SMRA 5OZSA 5P61A 1YTJA 2IKOA 5P6PA 1DMPA 1UH7A 2IDWA 3EL9A 4HZTA 3CIDA 3ZL7A 5P40A 1FQ5A 5OZUA 4Y41A 1CPIA 1MESA 4DVFA 4Y3GA 2J9JB 1HVKA 5OZOA 2FNSA 3OU4B 3PM4A 4RCEA 5P6VA 5P12A 5P6YA 5P4QA 5P4FA 2Q15A 4Y3XA 4AZYA 5P5OA 1T6EX 4OBDA 2AOHA 4N00A 3VLAA 3LZYA 1OD1A 4I0EA 2OHKA 1EBZA 4J1HA 5P2LA 4D83A 3GW5A 2CEJA 5I3YA 4H3IA 4GJAA 4RLDA 2VJ7A 3OXXA 1HTGA 3UQPA 5OZWA 5P0FA 4PYVA 3UQUA 4Y4EA 4R91A 3JVWA 5COOA 3VFBA 5P4LA 3SPKA 3OU3A 3FNUA 3TPRA 4APRE 1T7KA 4EHCA 2FLEA 3KMYA 1BWAA 5P6IA 5P2JA 3S8IA 4B05A 3TH9A 3PBDA 3R0YA 2PMAA 5P33A 1LF2A 1MUIA 4K4QA 1RV7A 4J17A 1HWRA 2RMPA 3MSJA 5P5FA 5P64A 3VLBA 4FSEA 4OC6B 5P2UA 1J71A 5SY2A 5P4OA 4QLHA 4FLGA 2WEAA 5P8LA 4HDFA 3CMSA 3ZKSA 1EBWA 2FGUA 3U7SA 4FRKA 4GJ5A 5P37A 4DJUA 4TVHA 3QRMA 3EL0A 4Y3FA 1BDQA 5P8EA 5P1RA 3FNTA 5P36A 3PLLA 1B6KA 5AH6A 4ZSPA 6UPJA 1OEXA 2WEDA 2I4DA 5P0RA 4RCFA 2RKGA 1XN3A 5P17A 3PVKA 5DGWA 1IIQA 4FGXA 1EC0A 3NLSA 5AH7A 5OZPA 3L5EA 1FFFC 4Z2ZA 4CP7A 4F73A 4J1IA 5IVTA 4JECA 2G24A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PEP A;  5P65 A;  1HEF E;  2RKF A;  4D88 A;  5P5I A;  2VIY A;  1QDM A;  5UPJ A;  3QVI A;  1WBM A;  1BDL A;  1GNM A;  4Y53 A;  1UH9 A;  3CIB A;  3TKW A;  4H3G A;  5P76 A;  3ECG A;  3UDJ A;  1FLH A;  3ZPT A;  5KAO A;  4Y3S A;  5P5J A;  3VYD A;  1W6I A;  4Y51 A;  4GJ9 A;  5P2S A;  2FS4 A;  4OD9 B;  4Y3R A;  3UPJ A;  4ZSQ A;  5P0E A;  5P0M A;  2VA6 A;  3VYE A;  4Z50 A;  1ER8 E;  3KDB A;  5P1B A;  5P5Z A;  1A9M A;  5P15 A;  3LIX A;  2IEN A;  2OHU A;  1FQ7 A;  2CEN A;  2NXM A;  5OZG A;  1YTH A;  4GJB A;  5P6F A;  2FNT A;  3OU4 A;  3UDH A;  1APU E;  4RVI A;  4YD4 A;  4TRW A;  4ZPF A;  2VS2 A;  1LYB A;  3VV6 A;  4B72 A;  4Y56 A;  4Y5P A;  1YX9 A;  2B7F A;  5P5K A;  4Y3Y A;  5P2E A;  1PSN A;  1T6G A;  4HDP A;  5P4X A;  4DJR A;  5ER2 E;  1YM4 A;  1IVP A;  5KQY A;  2ZJM A;  5P4K A;  5P1H A;  2R3W A;  2P3C A;  1HXB A;  3O9A A;  3UDM A;  5P01 A;  1FB7 A;  5OYV A;  3KM4 A;  4HEG A;  3PWR A;  4YD5 A;  5DR1 A;  2ZHT A;  4DJP A;  4L7J A;  4Y5C A;  5P7H A;  5P4A A;  4ER1 E;  3CYW A;  5P67 A;  1IZE A;  1ZSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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