2BQFA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNVADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqfA00
2BQHA 1LMCA 4RLMA 1VFBC 3A6CY 4IJ4A 4NGZA 4E3UA 1I1ZA 1F6RA 4H8ZA 1BB5A 1GBYA 1LMTA 1C7PA 3D3DA 1TBYA 3OK0A 4HPIA 1NQIA 1XEIA 4LT0A 1NDMC 2W1YA 3P4ZA 4BAFA 4EMNA 5B1GA 5APFA 4XYYA 4QDNA 2PC2A 4WM2A 1XSFA 4XN6A 1B5ZA 3RW8A 3TXHA 3LZTA 2YBIA 3TXFA 2H9JA 1FKQA 1LZ6A 1T6VL 4H9FA 4NGYA 4B1AA 1GE1A 4LYTA 4H94A 4M4OA 1GEVA 3W6EA 1JWRA 3TMUA 1HEPA 2Z38A 4B4IA 4NSGA 3A67Y 4YENA 5FEKA 4GCBA 1JJ0A 3TXJA 4OWCA 1D0MA 3B0OA 2YBMA 3G3BB 1LZ4A 4NGIA 1OUFA 1LSCA 2D4JA 4W94A 4NG8A 4Z3MA 1WVVA 4H9HA 5KXOA 1IIZA 2Z37A 7LYZA 4H90A 1DI5A 3K3TA 5KXZA 1GF4A 1GF5A 2ZIJA 1XGQC 1JJ3A 1YL1X 5HMJA 1GFJA 1OUEA 4B0DA 3WL2A 1GB0A 5LVGA 4NFVA 4BADA 5C6JA 1VDQA 4LYZA 1CKDA 4H8YA 5FDJA 1LHMA 2H5ZA 5ILFA 3EBAB 1LHLA 1UICA 1GB3A 1GEZA 1J1PY 2MEAA 3LYTA 4KPMA 4WM4A 3QNGA 1HC0A 3T6UA 2W1MA 1INUA 1LMAA 2CWIA 2BQMA 5KXLA 5KXWA 3HFMY 1HEMA 1GF0A 3LYOA 4H1PA 3SP3A 2H9KA 3F6ZA 5B1FA 5I53A 4XADA 2BAAA 5KKIA 5KY1A 2MEDA 4ETDA 1JTPL 4KT3A 2DBTA 1XGTC 3B0IA 1IR9A 2BQIA 3WUMA 1GFEA 3W6BA 2MEIA 1JUGA 2FYDA 3A3RX 1LJIA 4NG1A 5A3ZA 1PS5A 5D5FA 3GXRA 1YAMA 3WMKA 1JHLA 1GB5A 1YROA 1B5UA 1DKJA 2N5ZA 3WU7A 1GFAA 4AXTA 1NBYC 3A94A 1WQOA 133LA 1JKAA 2MEFA 3TXEA 4NSIA 1TDYA 4WLYA 3LYZA 1YKXX 4HTKA 4NSHA 3RU5A 3B0KA 4XJFA 5KXSA 3KAMA 4G4BA 4ETCA 2YDGA 1YILA 3WXUA 1IP4A 1HFYA 1CKCA 1JJ1A 4LT1A 4G9SA 4NHTA 1DPXA 153LA 4UWUA 6LYZA 1FN5A 3WYHA 1KIRC 1AKIA 1GAZA 5F16A 1JEFA 4NHIA 1HHLA 4HSFA 2BQLA 5LXWA 4W96A 4WLXA 4DD2A 3FE0A 4ZIXA 4YEMA 1BVKC 2VB1A 5KXXA 1LZDA 1D6QA 1IP7A 4H9EA 4NGWA 1OUCA 3N9CA 4WG1A 3TXIA 1YQVY 4WLDA 1G7LC 1GWDA 1WQQA 1WQPA 3AB6A 4HP0A 4WM1A 4P2EA 1GB7A 1IP2A 1LSBA 1IX0A 3IJVA 1IORA 1H6MA 1EQ5A 1LZGA 135LA 4OWBA 2B5ZA 1LZ1A 1DQJC 5DM9A 5APDA 1LZCA 3AJNA 1LSYA 1WVUA 1JTTL 2XBSA 4ETEA 1QIOA 3A90A 4HJZA 4RW2A 5II3A 3RZ4A 1IP6A 2FBBA 1I20A 5HLLA 5F81A 1YIKA 4ETAA 2LYOA 5L9JA 2A7FA 1UIFA 1BGIA 1GBSA 5E9RA 1GBOA 4WG7A 4C5FA 4BS7A 1F6SA 4YOPA 4HJYA 1LYOA 1LHIA 1GFGA 4AGAA 1JSEA 1LZEA 1HMKA 4N5RA 3CSRA 3ULRA 1QDRA 2Z12A 3ZVQA 1LJKA 4A7DA 1TEWA 1GB2A 3BKVA 1G7MC 1H87A 1LYZA 3TMXA 1LSAA 1HERA 1MELL 1UIBA 3GXKA 4B49A 5KXPA 1CKHA 2G4PA 1NMMA 1QQYA 1B7MA 1GFHA 1YAPA 1YKYX 4GCEA 4QEQA 1FKVA 2DQDY 4PPOA 1RI8B 4WL7A 1REYA 3A96A 5FHWA 1VEDA 5HMVA 1LJGA 2I6ZA 5J7CA 1IY4A 3AGHA 4X3BA 5KJ9A 1AT6A 2FBDA 4Z46A 2DQIY 4RDSA 4I8SA 4RW1A 4ZEEA 1BB7A 4J1AA 1ZV5L 1UIGA 3P65A 5T3FA 3W3EA 1HFXA 1AM7A 4H92A 1LCNA 1IWXA 1HFZA 3TXDA 5HNCA 1FLYA 1O23A 1Z55A 4PRQA 2Z19A 1OQMA 3HBEX 4R0FA 1GPQC 1REZA 2DQCY 2LYMA 4N1CC 4N8ZA 1GFUA 1ZVHL 2ZQ4A 3EO5A 1IWUA 4LYBA 3WH1A 2BQOA 1QSAA 2HTXA 2YBNA 3AZ6A 1IOCA 1EQ4A 207LA 2XJWA 2X0AA 1HSWA 3P68A 1YANA 4NGOA 4GN3A 1KIQC 4NWHA 1QSWA 2F2NA 8LYZA 2BQJA 3WPLA 2CJLA 1BB3A 4NSJA 1KIPC 4XJDA 1WQMA 1JITA 1DXJA 1LZTA 2YSSC 2ZYCA 1RCMA 4HV2A 4O34A 132LA 1LHJA 2D6BA 3D9AC 4WL6A 5DN5A 5B59A 5KXKA 3ZVQB 2XBRA 4HTQA 5ILCA 4GLVA 3TXGA 1RE2A 1MLCE 1UCOA 4TUNA 1PZYA 4OWHA 3WVYA 5LIOA 1HEQA 3AGIA 4DD3A 1LPIA 3WW5A 1G7JC 2ZILA 4NIJA 5LVHA 1W6ZA 1W08A 4XJIA 1HNLA 3BKHA 2D91A 4YEOA 1B5YA 1BB4A 1LKSA 4LYMA 4I0CA 2AUBA 4N0JA 2BQFA 1LJ3A 3LYMA 3A34A 2WARA 1REXA 1LJEA 4RLNA 5F9XA 4DT3A 1UBZA 2HEDA 1TAYA 2MECA 1LMOA 4NWEA 5LVIA 4DYGA 1LSZA 3E3DA 1B7QA 2NWDX 3A95A 5KXYA 4YM8A 5LA5A 2I25L 2BQGA 4OOTA 3RT5X 5LYTA 3WU9A 1IVMA 3N9AA 4OW1A 2MEBA 4J0LA 1BWHA 3CSQA 1OP9B 4WMGA 5DLAA 1JTOL 4CGEA 2G4NA 2ZNWY 1SLYA 2EKSC 3A93A 2C8OA 5HQ1A 1IP1A 1RJCB 1LZRA 4DD1A 1HEWA 5F9UA 1B9OA 5IHGA 4LT2A 1B7RA 1C46A 1B0DA 2DQHY 4C3WA 1NHEA 1BHZA 4MSTA 5M1YA 3WU8A 2XTHA 1DI3A 3AW6A 194LA 1OUBA 3ATNA 4WO6A 3HBHA 3QY4A 1IWTA 4ANRA 2RSCA 1IR8A 3CT0A 2HUBA 3WUAA 4TSBA 5JENB 1LSPA 4NGKA 3W6DA 1B7LA 5FELA 1CNSA 4G49A 1JKBA 1GF3A 1GAYA 3HBDA 4HV1A 1LSDA 4DD0A 1OUGA 3M3UA 4NHPA 1SQ2L 4HJVA 4B4EA 1WTMA 4NEBA 4OWAA 3J4GA 4NY5A 4Z98A 1IWZA 1GB8A 3AGGG 4G4CA 4CJ2A 3EMSA 1B5VA 1C43A 3P64A 1JIYA 4QY9A 1LZNA 2HU3A 3W6CA 3AW7A 2MEEA 4DDCA 4WM6A 2F4AA 2BQAA 1HELA 1LKRA 3J6KA 1GF6A 2HECA 4LZTA 2LHMA 4H9BA 5KXMA 1QTEA 1HEOA 1YAQA 5E4PA 2Z2EA 1LYSA 1IC5Y 1QTKA 1JPOA 3A92A 1GFRA 1LHHA 5HNLA 1TCYA 3WPKA 1UC0A 1B5WA 4NGJA 4ETBA 3ATOA 2W1LA 4LT3A 1HSXA 3WULA 5C6IA 4PRUA 1F10A 1CJ8A 1GF7A 1OUDA 1FLWA 4GLAA 1LSFA 1GFVA 2DQAA 1KXXA 1LYYA 5LVKA 2MEGA 2CDSA 3N9EA 1LOZA 3RNXA 1IOSA 1GE3A 208LA 1D6PA 1B7NA 2HEAA 4DDBA 1D0KA 1ZVYB 2BQDA 4L41A 2CGIA 4U3XB 1GB6A 1HF4A 1NKHA 1IY3A 2IFFY 1LZYA 4PJ2C 2LZTA 1LTMA 2BQKA 2Y8PA 4N9RA 1XEJA 1V7SA 4UWNA 1G7HC 5DN4A 5FSTA 4DWXA 1NBZC 5IELA 2HU1A 4D9ZA 5L3HA 4H93A 1UIEA 1UIDA 1XEKA 2BQEA 2YBHA 1BB6A 1I56A 3WPJA 4DC4A 1D9UA 1LSNA 1UIHA 3AYQA 5AMYA 4TSCA 1BQLY 5L3IA 3W6FA 5IDDA 1XGUC 3LN2A 5APEA 1LZAA 4TWSA 1OUJA 1GE2A 1QDTA 2MEHA 1BWJA 4H9IA 1VATA 4MR1A 1GE0A 4XJHA 3A91A 3VWOA 4ZFPA 4BAPA 4WLTA 3EXDA 3IJUA 5D5CA 4KL7A 1LJJA 1VDSA 4B4JA 5LAFA 2LYZA 3A8ZA 2DQJY 1GB9A 2YVBA 5LVJA 2EPEA 2EQLA 1LMNA 5APCA 3W6AA 1IC4Y 5F14A 3QE8A 3MGWA 3CT1A 4EOFA 1IWYA 1LZ5A 4H9AA 1GHLA 2ZNXY 1C10A 1QUSA 1GE4A 2BQNA 2HEEA 134LA 4PGJB 4ET9A 1XFPL 1JSFA 3WVXA 4LGKA 1LJHA 1WQRA 1LZ8A 3G3AB 1FDLY 4H9CA 1AT5A 1LJFA 3TXKA 1C45A 5LINA 2D4KA 4QGZA 1CKFA 2GV0A 4WO9A 1GXV2 4HPEA 1EQEA 1KXWA 1LSGA 2Z2FA 4CHXA 1DI4A 5LA8A 1IP5A 4II8A 3TMWA 9LYZA 4OOOA 4GCDA 2DQEY 1LMPA 1YAOA 3AZ7A 3WW6A 1UUZC 3LZ2A 4XENA 1DZBX 4IATA 4LYCA 4NHQA 4DD9A 1J1OY 3CT5A 5KXRA 1CJ6A 5C6LA 4MCKA 1REMA 1B7PA 4J7VA 3P66A 1UIAA 4ML7A 5LAGA 1OUAA 4GCCA 1E8LA 3B6LA 1GF9A 1IWWA 2ZQ3A 3CSZA 1JISA 2BQCA 1WQNA 5FCPA 1IR7A 2A7DA 1CJ7A 1VDTA 2DQFC 4GN5C 4R6CA 4CFPA 1V7TA 1DPWA 4J1BA 4GN4A 1P2CC 3AZ5A 5KKJA 4H91A 3CQLA 2ZWBA 2Q0MX 5LYMA 1OUHA 1T3PA 1GF8A 2EIZC 4KXIA 1WTNA 1FLUA 1LHKA 1YL0X 5I4XA 1BVXA 2I26L 2HEBA 1B5XA 5I4YA 3T36A 1DKKA 1N4FA 6LYTA 1NWGA 3ZEKA 4HTNA 4IASA 1KXYA 2Z39A 2DKVA 2YBLA 4UWVA 1ZMYL 5LYZA 5I4WA 5I54A 1GBWA 1B7OA 2C8PA 1LSEA 1BWIA 1F0WA 5KXNA 4OWEA 1C08C 2BLXA 4FDYA 4H8XA 3WUNA 2LZ2A 1NF5A 2G4QA 1GDXA 2IHLA 1UA6Y 3A6BY 4XJBA 1UACY 3M18B 3CB7A 2D4IA 2HEFA 1XGRC 1FLQA 2Z18A 3A3QA 3IWRA 154LA 1JKCA 5B07A 4M6DA 1NDGC 1LZ9A 3LHMA 1GDWA 5A3EA 1IOQA 1YKZX 4WM5A 1IWVA 2BLYA 1G7IC 1GXXA 193LA 3AZ4A 1GFTA 1CKGA 1IC7Y 1J1XY 2ZYPA 1B7SA 2FYCA 4PHIA 4ET8A 1LSMA 4LFPA 2F4GA 4GCFA 2YBJA 4LFXA 1IOTA 2DQGY 2BQBA 1GD6A 2BPUA 5B06A 4CFOA 1A4VA 1GFKA 1LJNA 1HMLA 4DDAA 1LMQA 1OUIA 2F30A 5I5QA 4LYOA 1HENA 4XJGA 5DL9A 3FI7A 3TMVA 1XGPC 2W1XA 4TX7A 1GBXA 1LAAA 1VAUA 1IP3A 3B72A 3WXTA 2ZIKA 4DD7A 1CJ9A 1LZBA 5EBHA 1A2YC 1VDPA 4NHSA 4N1EI 1LZSA 1FBIX 5K7OA 4TTDA 1AZFA 1EL1A 1GBZA 1IO5A 1JKDA 3OJPA 1QUTA 4WM3A 1RFPA 1D0LA 4NGLA 4YF2A 4Z41A 4FJRA 4WOAA 5KXTA 4NGVA 4G4HA 3TXBA 1IEEA 1B2KA 1LJ4A 1ALCA 5B05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RLMA 1G06A 3HDFA 3GULA 4E3UA 1GBYA 1LMTA 3OE0A 3HUQA 4HPIA 139LA 103LA 4LT0A 1NDMC 1L04A 4WM2A 4XN6A 3RW8A 3TXFA 2CUUA 2OU9A 3F8VA 1L69A 4W55A 1QTZA 4GCBA 3TXJA 1D0MA 1OUFA 4W94A 4NG8A 1L86A 5KXOA 5KXZA 1CU2A 1XGQC 4BADA 1VDQA 2H5ZA 5ILFA 1UICA 228LA 1C67A 1GEZA 1J1PY 249LA 1L27A 1LMAA 2BQMA 5KXWA 3SP3A 4H1PA 5KKIA 2MEDA 4NG1A 1LJIA 1L74A 3WMKA 1YAMA 2N5ZA 4YXAC 3WU7A 4AXTA 1QUHA 133LA 184LA 1C63A 1L59A 201LA 3HTDA 1C6AA 1LI6A 2YDGA 1IP4A 1JJ1A 1FN5A 4NHIA 4W96A 1P36A 4LDEA 1YQVY 4WLDA 1WQQA 104LA 1JTMA 1IORA 135LA 196LA 2Z6BA 4RW2A 5II3A 3RZ4A 2OE9X 3NY9A 2RBNA 1L19A 4ETAA 2LYOA 4ZPUA 1UIFA 200LA 5E9RA 4BS7A 4AQNA 4HJYA 1SSYA 1CTWA 1G0LA 3CSRA 1QDRA 3ZVQA 1LJKA 1DYDA 1GB2A 1H87A 107LA 1HERA 1MELL 1CVKA 1GFHA 1FKVA 4WL7A 1L88A 2I6ZA 1IY4A 1AT6A 4ZEEA 4J1AA 1ZV5L 1L31A 3DKEX 3HBEX 3HT6A 2LYMA 4N8ZA 1CX7A 261LA 1P37A 4NGOA 2X0AA 8LYZA 1QSWA 4NSJA 1KIPC 1CU6A 1WQMA 226LA 2YSSC 2D6BA 4EJ4A 167LA 1C61A 5ILCA 3TXGA 1RE2A 1G07A 1L55A 251LA 4DD3A 1LPIA 4EPIA 112LA 3GUIA 5LVHA 1W6ZA 2D91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQH A;  1LMC A;  4RLM A;  1VFB C;  3A6C Y;  4IJ4 A;  4NGZ A;  4E3U A;  1I1Z A;  1F6R A;  4H8Z A;  1BB5 A;  1GBY A;  1LMT A;  1C7P A;  3D3D A;  1TBY A;  3OK0 A;  4HPI A;  1NQI A;  1XEI A;  4LT0 A;  1NDM C;  2W1Y A;  3P4Z A;  4BAF A;  4EMN A;  5B1G A;  5APF A;  4XYY A;  4QDN A;  2PC2 A;  4WM2 A;  1XSF A;  4XN6 A;  1B5Z A;  3RW8 A;  3TXH A;  3LZT A;  2YBI A;  3TXF A;  2H9J A;  1FKQ A;  1LZ6 A;  1T6V L;  4H9F A;  4NGY A;  4B1A A;  1GE1 A;  4LYT A;  4H94 A;  4M4O A;  1GEV A;  3W6E A;  1JWR A;  3TMU A;  1HEP A;  2Z38 A;  4B4I A;  4NSG A;  3A67 Y;  4YEN A;  5FEK A;  4GCB A;  1JJ0 A;  3TXJ A;  4OWC A;  1D0M A;  3B0O A;  2YBM A;  3G3B B;  1LZ4 A;  4NGI A;  1OUF A;  1LSC A;  2D4J A;  4W94 A;  4NG8 A;  4Z3M A;  1WVV A;  4H9H A;  5KXO A;  1IIZ A;  2Z37 A;  7LYZ A;  4H90 A;  1DI5 A;  3K3T A;  5KXZ A;  1GF4 A;  1GF5 A;  2ZIJ A;  1XGQ C;  1JJ3 A;  1YL1 X;  5HMJ A;  1GFJ A;  1OUE A;  4B0D A;  3WL2 A;  1GB0 A;  5LVG A;  4NFV A;  4BAD A;  5C6J A;  1VDQ A;  4LYZ A;  1CKD A;  4H8Y A;  5FDJ A;  1LHM A;  2H5Z A; 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 1DKK A;  1N4F A;  6LYT A;  1NWG A;  3ZEK A;  4HTN A;  4IAS A;  1KXY A;  2Z39 A;  2DKV A;  2YBL A;  4UWV A;  1ZMY L;  5LYZ A;  5I4W A;  5I54 A;  1GBW A;  1B7O A;  2C8P A;  1LSE A;  1BWI A;  1F0W A;  5KXN A;  4OWE A;  1C08 C;  2BLX A;  4FDY A;  4H8X A;  3WUN A;  2LZ2 A;  1NF5 A;  2G4Q A;  1GDX A;  2IHL A;  1UA6 Y;  3A6B Y;  4XJB A;  1UAC Y;  3M18 B;  3CB7 A;  2D4I A;  2HEF A;  1XGR C;  1FLQ A;  2Z18 A;  3A3Q A;  3IWR A;  154L A;  1JKC A;  5B07 A;  4M6D A;  1NDG C;  1LZ9 A;  3LHM A;  1GDW A;  5A3E A;  1IOQ A;  1YKZ X;  4WM5 A;  1IWV A;  2BLY A;  1G7I C;  1GXX A;  193L A;  3AZ4 A;  1GFT A;  1CKG A;  1IC7 Y;  1J1X Y;  2ZYP A;  1B7S A;  2FYC A;  4PHI A;  4ET8 A;  1LSM A;  4LFP A;  2F4G A;  4GCF A;  2YBJ A;  4LFX A;  1IOT A;  2DQG Y;  2BQB A;  1GD6 A;  2BPU A;  5B06 A;  4CFO A;  1A4V A;  1GFK A;  1LJN A;  1HML A;  4DDA A;  1LMQ A;  1OUI A;  2F30 A;  5I5Q A;  4LYO A;  1HEN A;  4XJG A;  5DL9 A;  3FI7 A;  3TMV A;  1XGP C;  2W1X A;  4TX7 A;  1GBX A;  1LAA A;  1VAU A;  1IP3 A;  3B72 A;  3WXT A;  2ZIK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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