2BQGA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVARDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqgA00
1LZ8A 4LYMA 1LMOA 2MEFA 4HJYA 5F81A 1O23A 4ETAA 2ZYPA 132LA 1REZA 3GXRA 4OWBA 2HTXA 1G7LC 1OUJA 1RCMA 1JKCA 4TSCA 2W1LA 2I25L 1GFJA 4E3UA 1G7IC 5HLLA 4FDYA 1JTTL 1GF4A 4QY9A 1XGTC 5DN4A 1HEOA 3TXEA 1UA6Y 3OK0A 1LKSA 4LT1A 1OUDA 5DM9A 4AGAA 2ZQ3A 4OWHA 1GBSA 1B0DA 1LYSA 3HBHA 5KXOA 3A6CY 1GFRA 4UWUA 3J6KA 4ETCA 2BLYA 1GBYA 1JWRA 3A6BY 4YEMA 1ZMYL 1VATA 3EO5A 1IP2A 4TTDA 4A7DA 1UACY 5C6LA 1JITA 1JJ0A 1KXWA 1LSZA 1FLUA 1NMMA 4O34A 3AGIA 1LHMA 1YROA 2F4AA 1IOSA 4L41A 2Y8PA 1GB3A 1LZ5A 4LFPA 4NGOA 4XJDA 5LYZA 4U3XB 4NGKA 3F6ZA 4WMGA 5D5CA 1EQ4A 1T3PA 1IVMA 5HQ1A 4J1AA 5APFA 3G3BB 1W6ZA 4GCCA 5II3A 5LYTA 1LZ6A 1GDXA 1QDRA 1ZVHL 1NQIA 1LJEA 135LA 1LJNA 1B5WA 3AB6A 5I4WA 1GB9A 4NWEA 5KXXA 1C46A 3P4ZA 1WQMA 1B7MA 1GE3A 1I56A 1JTOL 5B1GA 1DQJC 4HV2A 1LYZA 4FJRA 2WARA 1LZAA 1TCYA 1LHJA 2G4NA 4GCBA 4KPMA 1CNSA 1KIQC 1NKHA 3WVXA 2Z38A 1EQEA 4DDBA 1GXXA 4DD0A 1A4VA 3RNXA 3M3UA 4KT3A 4XN6A 3LYMA 4H9FA 1BVKC 1NDMC 3MGWA 4PJ2C 4QGZA 4WL7A 1HEWA 3A3RX 1LJGA 4DYGA 1CKFA 1HMLA 5ILCA 2ZIKA 4ET9A 1FN5A 1XGUC 1EL1A 3CT0A 1LSGA 1GF3A 4W96A 1HEMA 4G49A 4BAPA 7LYZA 5KXLA 3QE8A 4N1EI 4OWAA 3ZVQB 1KIRC 2MECA 1IWXA 1XEJA 4GN3A 2Z39A 1LZTA 3B72A 4XENA 1IP4A 2NWDX 4J7VA 2G4PA 4LZTA 133LA 3OJPA 3IJUA 3WH1A 4NGWA 5KXNA 1BB4A 4N8ZA 2MEGA 1F6RA 3FI7A 2AUBA 4HJZA 1DKJA 1GHLA 1KXYA 2HUBA 4XJBA 1LHIA 2RSCA 1QTEA 2DQJY 5IHGA 1LMNA 1NBZC 2BPUA 2ZNXY 4H9HA 4YM8A 1G7JC 1QDTA 2Z19A 1YAMA 1IWVA 2GV0A 4H91A 1D0MA 1DI5A 1BB7A 2YBLA 3RU5A 1DPWA 3RZ4A 4NGLA 1J1XY 1B7SA 2N5ZA 2XJWA 2XBSA 3A96A 1GFKA 1LJ3A 2A7FA 1LSCA 5LAGA 1B7LA 1GE4A 4WLTA 1VFBC 1YAPA 4QDNA 4NHPA 1REMA 5LIOA 1QUTA 1QIOA 2I26L 2YBJA 3WW5A 1CJ7A 2LZTA 3CT5A 3K3TA 8LYZA 4N1CC 1CKHA 1SLYA 1IOCA 1REYA 134LA 1YQVY 5LA8A 4DC4A 1LJIA 4Z98A 4YF2A 2DQIY 1LSMA 4NHIA 1HMKA 1LSFA 3B0OA 5I4XA 1JIYA 1GE2A 4H9BA 2W1XA 4J0LA 1G7HC 1QUSA 5KXZA 4CGEA 207LA 5LAFA 2Z12A 1IO5A 4DDAA 4LGKA 4RDSA 4W94A 4WG7A 4GCEA 3WMKA 1GF7A 1PZYA 1C7PA 5HMJA 1AZFA 3CSRA 1P2CC 1QSAA 1YKYX 1GFVA 2ZWBA 3EBAB 3TMVA 1BGIA 1LZ1A 4DDCA 2ZIJA 2BQCA 3IJVA 4N9RA 4AXTA 1YKZX 1J1OY 1HEQA 4H9CA 1XSFA 2BQBA 1CKDA 3TXIA 4ETEA 1MELL 5DL9A 1LSYA 2BQOA 1LMAA 2W1YA 2C8OA 4G9SA 1YILA 3B0KA 4ZIXA 1RFPA 5I4YA 5HNLA 1B5UA 1RI8B 3WVYA 5M1YA 5LYMA 4MR1A 4NGJA 3B0IA 4RLMA 1YIKA 4B1AA 4Z41A 1WQNA 2B5ZA 3G3AB 1RE2A 5APEA 1JJ1A 4QEQA 5KKIA 2BQDA 193LA 1HHLA 3AGHA 5LVJA 4NGZA 4OOOA 4B4EA 1LZ9A 4NSGA 3AJNA 4ETBA 2HEAA 1QTKA 1INUA 1GAYA 1UIDA 1NDGC 1XEIA 5KXRA 5FELA 1LJKA 4BADA 1GFHA 3WXTA 4WLYA 5KXMA 2BQEA 1LYOA 2DQDY 1I1ZA 1UIEA 3TXJA 1LZNA 4G4BA 1BVXA 4H8YA 3WPLA 5B05A 1YL1X 1IWWA 5F9XA 3ZEKA 4H94A 2IFFY 1IC7Y 4OWEA 1GXV2 1IX0A 1IWUA 1XGRC 3ATNA 1GFEA 1IP7A 1CJ8A 1WVUA 1FLYA 2XTHA 1LPIA 1WTMA 2BQGA 4NG8A 4HTNA 1D6PA 1FKQA 1LAAA 2EPEA 9LYZA 2HEDA 4GLVA 5ILFA 1AT6A 1F6SA 1LSBA 5HNCA 1XFPL 3A8ZA 4LYBA 1JKDA 4IJ4A 1WQRA 3WPJA 2Q0MX 2LYMA 3M18B 4NFVA 1UUZC 1B5YA 5B07A 1PS5A 5DLAA 5IELA 1B7QA 1GPQC 1HEPA 2FYCA 4NHTA 2YVBA 1LCNA 5DN5A 3WU7A 3WU8A 1IOTA 4MCKA 4DD7A 1LKRA 1HC0A 4TUNA 4GN5C 3WUMA 2MEDA 4C5FA 2BAAA 4UWNA 1LMQA 4WM2A 2I6ZA 2CJLA 4LT0A 2YBIA 3TXFA 3J4GA 2EIZC 4NSHA 4YOPA 1AT5A 3GXKA 2EQLA 1LZEA 1DKKA 4I8SA 4CJ2A 3CT1A 1AM7A 1GF6A 4GCDA 5KXYA 1OUBA 2BQIA 1IR9A 2F4GA 2ZILA 4NSJA 4M6DA 1HERA 1BWJA 1LSEA 1KXXA 4LYTA 1HSWA 2FBBA 5EBHA 2H5ZA 1NHEA 1HENA 1IP3A 1GBXA 1UCOA 2C8PA 1AKIA 1FKVA 4H93A 4NY5A 2G4QA 2IHLA 1DI3A 5KJ9A 4NIJA 3EXDA 1LJJA 3E3DA 4PPOA 2MEIA 5C6JA 5L9JA 3IWRA 1LSNA 1I20A 4HSFA 3LYOA 1IP1A 1GDWA 1WQOA 4HPIA 3T6UA 3HBDA 2MEEA 1C45A 1BWHA 4RW2A 2DKVA 2MEBA 5FSTA 1GB6A 4KXIA 4ZFPA 4CHXA 4H90A 3A3QA 2BQFA 3P66A 5B1FA 4NWHA 3AZ5A 4H8ZA 5J7CA 1A2YC 1OUCA 1BWIA 4G4HA 3N9EA 4WLXA 2YSSC 4ZEEA 1LZDA 1V7TA 1RJCB 5KXWA 1HF4A 1OUEA 1GAZA 2DQGY 3EMSA 4RW1A 4LT3A 4H9AA 4NHQA 1TBYA 1OUGA 3W6CA 1TAYA 1YAOA 3W6AA 3BKHA 1GB2A 1WQPA 1JJ3A 1LZBA 2FYDA 4LYCA 4YENA 2YBHA 3RW8A 1BHZA 2H9KA 1UC0A 5JENB 4NEBA 4WM3A 4XYYA 2CGIA 5APDA 1IEEA 5LVHA 1XGPC 4WOAA 3WU9A 4OOTA 3P65A 1G7MC 2CDSA 2D4JA 2W1MA 3SP3A 2Z37A 5LVIA 4TSBA 1UICA 5I5QA 3AZ6A 1HNLA 2Z2EA 1UIHA 3TMXA 1LZRA 3W6BA 1C43A 4DT3A 3HFMY 1LZYA 4N0JA 3HBEX 1DPXA 2DBTA 1IWYA 5C6IA 3LZ2A 1JPOA 1LMTA 4WL6A 1CJ9A 1LZ4A 1LYYA 4PRUA 3A91A 4NG1A 2LZ2A 3LYZA 3A94A 1LSPA 3N9CA 2BQMA 1GB0A 4LYOA 1B5ZA 4XJGA 4GCFA 1VDQA 5L3HA 2YDGA 153LA 4NGYA 1IR8A 1VDSA 4II8A 1IWZA 5KXPA 1SQ2L 1B2KA 1GB5A 4WM1A 3ATOA 3RT5X 1D6QA 1LOZA 3AGGG 3AW6A 1F10A 1GFAA 1YKXX 4I0CA 1VDPA 3A93A 4HJVA 3W6FA 4WM4A 1GF0A 1B7PA 2XBRA 1B5XA 1GF9A 3T36A 2BQNA 1HFXA 4D9ZA 1UIGA 3P64A 194LA 1F0WA 1LHHA 4MSTA 1GBZA 2D6BA 5LXWA 208LA 1WQQA 5I53A 5E4PA 4CFPA 2ZQ4A 1IP6A 2EKSC 5KY1A 1EQ5A 1B9OA 4J1BA 4ANRA 4ETDA 2YBNA 2MEHA 4X3BA 3ULRA 4OW1A 1IORA 4DD3A 1H6MA 1Z55A 4BAFA 1GWDA 1GFTA 4CFOA 1DXJA 1OUAA 3LN2A 2H9JA 1LSDA 5KXSA 1LTMA 1HELA 1FLQA 1JHLA 2Z18A 4B4JA 1IY3A 3A67Y 1LSAA 4H1PA 2ZYCA 1WVVA 4YEOA 1FLWA 1C10A 2DQFC 4TWSA 4LT2A 1YL0X 3WUNA 1KIPC 3CB7A 4NGVA 1OUIA 4PGJB 3WYHA 3QY4A 2HECA 4XJIA 3W3EA 1ZV5L 1CKCA 1VAUA 5KKJA 2DQAA 3AW7A 1H87A 4WM5A 1TEWA 1QQYA 1JKBA 4DD1A 3KAMA 1JISA 2DQCY 4LFXA 5LVGA 6LYTA 5B59A 1B7OA 1QSWA 4C3WA 1REXA 2ZNWY 1IOQA 5FEKA 1B7NA 3A90A 1LZCA 2A7DA 3W6EA 2BLXA 4HP0A 3LHMA 1JSEA 3N9AA 1N4FA 1UIBA 1IR7A 4B0DA 5LA5A 4PRQA 4OWCA 1D0KA 4Z3MA 5F9UA 1ALCA 3A34A 1GE1A 4GN4A 4WLDA 1LJ4A 3LZTA 4G4CA 1NBYC 1GEVA 4ML7A 3WW6A 4HTQA 4WG1A 1NF5A 2DQEY 4IASA 2FBDA 1DI4A 1D0LA 5F16A 4P2EA 5K7OA 1GB8A 1VDTA 3A95A 1UIFA 4TX7A 2BQJA 3D9AC 1JTPL 4BS7A 4B49A 1GB7A 3CSZA 5AMYA 1IIZA 1BQLY 2BQKA 2F2NA 1TDYA 4B4IA 3B6LA 2D91A 1JEFA 1B5VA 1JKAA 1GEZA 1J1PY 3LYTA 4H92A 1WTNA 4NHSA 4UWVA 3WPKA 4DD9A 5APCA 5E9RA 3TXGA 1GD6A 3AYQA 5HMVA 1LHKA 4PHIA 1ZVYB 1GF8A 4KL7A 1BB3A 1GFUA 1OUHA 4HPEA 2DQHY 4R6CA 2HU1A 2LYOA 1B7RA 1GF5A 2F30A 3AZ7A 4EOFA 1D9UA 5D5FA 4NSIA 5IDDA 1HSXA 2D4IA 1BB5A 1LMPA 1FDLY 1T6VL 1XEKA 1HFZA 2BQAA 2LHMA 4WO9A 5FHWA 5T3FA 2PC2A 1VEDA 2YBMA 5LINA 3WUAA 2BQLA 1FBIX 1JSFA 3A92A 4H9EA 4GLAA 3WL2A 5A3ZA 4M4OA 1C08C 1HFYA 1V7SA 5LVKA 3W6DA 1OQMA 1NWGA 4DWXA 154LA 1GBOA 4HV1A 5FDJA 5I54A 3WXUA 5KXKA 2BQHA 2LYZA 4EMNA 1OUFA 4IATA 3TXKA 2X0AA 3P68A 4ET8A 4H8XA 5B06A 1BB6A 5L3IA 3FE0A 4HTKA 4LYZA 2CWIA 4N5RA 1E8LA 3TXBA 1UBZA 1JUGA 3CQLA 1CJ6A 4R0FA 2HU3A 6LYZA 2Z2FA 1LMCA 2MEAA 2HEFA 3TMWA 1GFGA 1IY4A 2HEBA 1IC5Y 1LHLA 1UIAA 2VB1A 1W08A 3TMUA 1YANA 3TXHA 5A3EA 1GBWA 1OP9B 1LZSA 1DZBX 4Z46A 5F14A 2HEEA 3WULA 4WO6A 1IP5A 1IC4Y 3VWOA 2D4KA 3ZVQA 5KXTA 1LJHA 1YAQA 4RLNA 3TXDA 3D3DA 1XGQC 1MLCE 4WM6A 1IWTA 4NGIA 1GE0A 4H9IA 5FCPA 3AZ4A 4DD2A 1LZGA 1LJFA 3CSQA 4XADA 4XJHA 3BKVA 4XJFA 1CKGA 3QNGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZ8A 1LMOA 2O4WA 4ETAA 2ZYPA 247LA 132LA 1OUJA 1XJUA 4TSCA 1L05A 4E3UA 1L32A 5HLLA 1L06A 1XGTC 5DN4A 1L56A 3TXEA 3OK0A 1OUDA 1GBSA 1B0DA 3HBHA 4EPIA 102LA 3EO5A 122LA 1KXWA 4O34A 3HWLA 1LHMA 2IGCA 4NGOA 1L15A 1LZ5A 4XJDA 144LA 4U3XB 5D5CA 5APFA 174LA 1LZ6A 1GDXA 1C6LA 120LA 1LJNA 1B5WA 3AB6A 1GB9A 213LA 4AQNA 5KXXA 3P4ZA 1JTOL 5B1GA 1LZAA 4GCBA 1JTMA 1GXXA 7LZMA 1L82A 3M3UA 4H9FA 1BVKC 1NDMC 4QGZA 1LJGA 1HMLA 1DYCA 2ZIKA 1GF3A 4G49A 4I7SA 4OWAA 1XEJA 251LA 4J7VA 133LA 3WH1A 4NGWA 2MEGA 2AUBA 1JQUA 4HJZA 1L12A 5IHGA 3DN0A 4H9HA 1QDTA 2RBOA 2YBLA 3RU5A 4NGLA 109LA 2N5ZA 3A96A 1L19A 1LJ3A 224LA 1GE4A 4NHPA 1CKHA 3C80A 4YF2A 2DQIY 1LSMA 148LE 1LYDA 1D9WA 1GE2A 1C6PA 1QUSA 4CGEA 207LA 1CTWA 1L44A 164LA 1L67A 139LA 1L86A 1P2RA 4WG7A 3WMKA 1GF7A 245LA 5HMJA 1AZFA 2ZWBA 2ZIJA 4AXTA 1J1OY 3TXIA 4ETEA 5DL9A 260LA 1LMAA 1L64A 210LA 241LA 3B0KA 1L25A 1PQOA 3B0IA 191LA 1P2LA 1CV3A 1JJ1A 3C8QA 200LA 1HHLA 3LZMA 1T6HA 4B4EA 4NSGA 2B72A 1LJKA 4BADA 1GFHA 1L42A 4WLYA 1DYEA 188LA 240LA 4H8YA 1L62A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZ8 A;  4LYM A;  1LMO A;  2MEF A;  4HJY A;  5F81 A;  1O23 A;  4ETA A;  2ZYP A;  132L A;  1REZ A;  3GXR A;  4OWB A;  2HTX A;  1G7L C;  1OUJ A;  1RCM A;  1JKC A;  4TSC A;  2W1L A;  2I25 L;  1GFJ A;  4E3U A;  1G7I C;  5HLL A;  4FDY A;  1JTT L;  1GF4 A;  4QY9 A;  1XGT C;  5DN4 A;  1HEO A;  3TXE A;  1UA6 Y;  3OK0 A;  1LKS A;  4LT1 A;  1OUD A;  5DM9 A;  4AGA A;  2ZQ3 A;  4OWH A;  1GBS A;  1B0D A;  1LYS A;  3HBH A;  5KXO A;  3A6C Y;  1GFR A;  4UWU A;  3J6K A;  4ETC A;  2BLY A;  1GBY A;  1JWR A;  3A6B Y;  4YEM A;  1ZMY L;  1VAT A;  3EO5 A;  1IP2 A;  4TTD A;  4A7D A;  1UAC Y;  5C6L A;  1JIT A;  1JJ0 A;  1KXW A;  1LSZ A;  1FLU A;  1NMM A;  4O34 A;  3AGI A;  1LHM A;  1YRO A;  2F4A A;  1IOS A;  4L41 A;  2Y8P A;  1GB3 A;  1LZ5 A;  4LFP A;  4NGO A;  4XJD A;  5LYZ A;  4U3X B;  4NGK A;  3F6Z A;  4WMG A;  5D5C A;  1EQ4 A;  1T3P A;  1IVM A;  5HQ1 A;  4J1A A;  5APF A;  3G3B B;  1W6Z A;  4GCC A;  5II3 A;  5LYT A;  1LZ6 A;  1GDX A;  1QDR A;  1ZVH L;  1NQI A;  1LJE A;  135L A;  1LJN A;  1B5W A;  3AB6 A;  5I4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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