2BQHA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWAAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqhA00
1F10A 3BKVA 1IP6A 3WPKA 1DPXA 4LYZA 3EMSA 2BQKA 3G3AB 4NGZA 2F4GA 4ETCA 1LOZA 3WXTA 1WQOA 1IR8A 1BQLY 1JKAA 1TEWA 4YEMA 1B7OA 1ZV5L 2HUBA 207LA 1JTPL 1LSYA 2N5ZA 2MEIA 1V7TA 1ZVYB 1IWUA 1BB5A 1FLWA 1HEWA 3CSZA 4WO6A 2DQHY 153LA 1G7JC 3QY4A 3AGIA 3A8ZA 2ZYPA 2FBDA 4C5FA 4EOFA 1T3PA 1UIFA 3EBAB 1LZRA 1YL0X 2BQLA 5FCPA 1UIBA 4WL6A 4GN3A 5I4YA 4NY5A 5LAFA 5ILCA 4YOPA 3CT1A 4NHSA 1LZ9A 1YANA 3LYTA 1D9UA 3WUAA 4W94A 5DN4A 1HSXA 2BLYA 1LZNA 1LKRA 2XJWA 2Z12A 1CKHA 4WL7A 1OUAA 1GF3A 1GB3A 1FLUA 1H6MA 2DQEY 4TWSA 1VFBC 1GEZA 1IX0A 134LA 1D6PA 3WUMA 4DD2A 1DI5A 4DD7A 1HSWA 4NGJA 1XEIA 4OWEA 3A67Y 4WLTA 5LXWA 1O23A 2LHMA 1KIQC 2Z2FA 3W6CA 5LYZA 3FI7A 1RFPA 4TX7A 1Z55A 1LZTA 1IC7Y 1CJ9A 1QSWA 1LSGA 2BQEA 1IO5A 1HHLA 1LTMA 4LT1A 1UIHA 1DI4A 1BWIA 5LA8A 1OUGA 2RSCA 4J1AA 5KJ9A 1CJ7A 4LYTA 1IWVA 3E3DA 3A3QA 3TMXA 1GFEA 2WARA 1OUIA 1IOTA 1A4VA 3HFMY 3WMKA 2BAAA 3TXHA 4R0FA 5KXOA 2FYDA 1HFYA 3F6ZA 3D9AC 4PRUA 3QE8A 1VDPA 1B5UA 5DN5A 1C45A 4ETDA 1QSAA 1VDQA 4H1PA 4LYMA 2Z18A 4NGWA 1OUEA 2BQDA 4LYBA 3M3UA 4HV1A 1QTKA 3TMUA 3LYOA 4CHXA 1LZGA 5KXRA 1AKIA 4TTDA 1GDWA 4U3XB 1LMAA 3ZVQA 1FKQA 4M6DA 3TXFA 4YEOA 3J4GA 2CGIA 1SQ2L 3B0KA 1TCYA 4NG1A 1PZYA 2BQIA 5E9RA 2H9JA 1GFTA 2ZNWY 1BWHA 1KXXA 2MECA 1JKCA 2MEBA 1HEMA 2W1MA 4LFPA 7LYZA 1IEEA 1IOQA 4O34A 1F0WA 5DL9A 1DKJA 1GF0A 1LJJA 2ZWBA 1IP4A 2BQHA 3K3TA 3A6CY 4LT2A 3FE0A 1JKDA 1GBWA 4H94A 4XENA 5LVIA 2B5ZA 5KXTA 2ZQ3A 2XBSA 1JUGA 3GXKA 1GD6A 5APDA 4H90A 1YL1X 1BB3A 1GXV2 2GV0A 4Z98A 1AT5A 1HNLA 3AZ4A 1YILA 1GF9A 4N0JA 1YIKA 5KXPA 3AW6A 2YSSC 4E3UA 1HEPA 1LZSA 3W3EA 1JJ0A 1OQMA 4H8ZA 1LHLA 2F30A 4H8XA 1JJ3A 4GLAA 4OOOA 2Z2EA 5FDJA 1OUHA 2LZTA 3LN2A 4MCKA 1P2CC 1BWJA 3WH1A 1GEVA 5D5FA 4NFVA 1H87A 2G4NA 4A7DA 3J6KA 3P4ZA 1I20A 1KIPC 4GLVA 1RCMA 1CJ6A 2HU1A 4LZTA 5KXZA 3A6BY 5HNLA 4ETEA 1LYOA 2I25L 1ALCA 2MEAA 4RW2A 1XFPL 1XEJA 3AZ7A 4ML7A 1IP1A 1LHMA 1LHJA 3CB7A 4H91A 2DQAA 2EIZC 5FEKA 4DD0A 1EL1A 5I4XA 2DQIY 132LA 5II3A 4NSHA 3B72A 1UIAA 4OWAA 5B05A 2W1XA 3EXDA 4XJIA 5B07A 2CJLA 1GF6A 1LSPA 4AGAA 5E4PA 3A95A 4DDCA 1QTEA 1LJFA 2Q0MX 4N8ZA 5KXNA 1GBZA 3EO5A 5ILFA 1QUTA 3IJVA 3WPJA 4Z46A 3P64A 1CKFA 1G7IC 4G4CA 4DD1A 2BQAA 1IP2A 4DWXA 4WLDA 4H9BA 1QDTA 1GBXA 3ATOA 4KXIA 4OWHA 1NDGC 5F16A 4H9EA 1IC4Y 4C3WA 2YBIA 4QDNA 2G4QA 5AMYA 2YVBA 2A7FA 1B5VA 4HJYA 1DI3A 4PGJB 1KIRC 4G4BA 1LJHA 4HTKA 4NGIA 5A3ZA 4NEBA 3CSQA 1MELL 3MGWA 1GF5A 5C6LA 3CQLA 1F6SA 1IP3A 4Z41A 1BGIA 4FJRA 1B5ZA 2YBLA 1YAPA 1CKGA 3LYMA 4XJDA 4LYOA 2HTXA 3A34A 6LYZA 1D6QA 1HFZA 1LJ3A 2BQCA 3RW8A 4CFOA 2A7DA 5IHGA 4LYCA 4NWHA 5APEA 5FSTA 4D9ZA 5LIOA 3G3BB 4GCFA 2DQCY 4RW1A 2HEBA 3AW7A 3HBHA 2HEEA 4GN5C 1EQ4A 5EBHA 1D0LA 5HQ1A 5L3HA 1NDMC 1LJNA 3TXBA 5C6JA 5KXWA 3W6DA 4B49A 1G7LC 1LYYA 1PS5A 2FYCA 1LZDA 1YAQA 3B0OA 4NSIA 4X3BA 8LYZA 3WW5A 3ZEKA 1GFAA 2DBTA 1OUCA 1CJ8A 1IR7A 1LZ5A 5JENB 4IATA 1IY4A 1WQPA 1F6RA 1T6VL 1XGRC 2DQDY 2DQJY 5F9XA 1HERA 1DQJC 3IWRA 4DC4A 2ZIJA 4LT3A 1GF4A 1LZ1A 1LZ6A 3LHMA 4II8A 5LAGA 1IOSA 1HEQA 1UUZC 4WM6A 4WM3A 1BVXA 3TXJA 5KXSA 2Y8PA 1LJIA 2HECA 5KXLA 5F14A 1GXXA 1XGQC 3KAMA 5LVHA 4UWNA 1YKYX 2BQNA 1DPWA 5HMVA 1QUSA 1B7NA 3CT5A 1UICA 1LMTA 1YKZX 1HEOA 4G4HA 1HENA 1WQNA 5M1YA 1UACY 1WVVA 4WM2A 3W6EA 4PRQA 1CKDA 4N9RA 4HJVA 4NGYA 5B1FA 1JSEA 1J1OY 1GE4A 1LHKA 2YBHA 3ATNA 3WU8A 3W6FA 2W1LA 1LSMA 4WLXA 1BB6A 1WQRA 4YENA 2MEFA 1HMKA 3CT0A 2BQOA 3WW6A 1OUJA 3AGHA 1IWTA 3TXKA 1UIGA 1IWXA 1DZBX 1LPIA 3W6AA 4NIJA 1LYSA 4ETAA 1IP7A 1GB6A 1IC5Y 4H8YA 4WM4A 1YQVY 1YROA 2DQFC 1UIEA 2LZ2A 3AYQA 3WYHA 2DQGY 1LHIA 1GE2A 2XTHA 1GBYA 1REXA 3OK0A 3RZ4A 1WVUA 5I54A 4HPIA 4RLNA 5KXXA 2ZQ4A 1LCNA 4CFPA 1GBOA 1LSEA 4H9IA 5L9JA 6LYTA 1QDRA 2PC2A 1B7PA 5IELA 2ZILA 1VATA 2BQGA 4R6CA 2MEHA 2FBBA 2HEFA 1C46A 4TSBA 4MR1A 1GFKA 1TAYA 3WXUA 4BAFA 1NBYC 4HP0A 1B7LA 1LSBA 3RNXA 3IJUA 3TXEA 9LYZA 2CDSA 4GCDA 5LINA 1WTNA 3LZ2A 1GHLA 1GF8A 1B5WA 4NSGA 5LYMA 4TSCA 4XJFA 2XBRA 1FLYA 2AUBA 1N4FA 1E8LA 2YBMA 4NGKA 5DLAA 4ZEEA 1GF7A 1B5XA 4UWUA 1LJEA 3GXRA 4H92A 4DYGA 2LYMA 4ET9A 3TMWA 4N1EI 2I26L 1INUA 4WMGA 2EPEA 4WG1A 1IIZA 4M4OA 2I6ZA 4ANRA 1GB8A 4N5RA 1RI8B 1UA6Y 2H9KA 3A3RX 1JTOL 5LA5A 4P2EA 1LAAA 1WQMA 3N9AA 4PPOA 1AM7A 1TBYA 1LZCA 4DD3A 4DDAA 4L41A 1NHEA 1VAUA 3A96A 1MLCE 5J7CA 1AZFA 4QGZA 3AB6A 4KT3A 1KXYA 1FKVA 5K7OA 1I56A 4CGEA 3VWOA 3CSRA 1LSZA 1B9OA 1NQIA 1GBSA 133LA 3B6LA 1GB7A 1DKKA 2W1YA 3LZTA 4NHQA 1JEFA 4B4EA 2Z39A 2C8OA 4H9CA 4IASA 5KXKA 154LA 4FDYA 1TDYA 1B7QA 1JISA 1WTMA 3TXGA 3ZVQB 1HELA 3M18B 4WM1A 1GE3A 3HBDA 2BPUA 4RDSA 5I4WA 1LJKA 1NF5A 4N1CC 5HLLA 3WPLA 1DXJA 4DD9A 1UIDA 5I53A 1JWRA 1LKSA 4XJGA 3WU9A 1UBZA 4HJZA 2D4JA 1JSFA 1VDSA 2CWIA 4HTQA 3P68A 5I5QA 1GE0A 1JIYA 4WM5A 5L3IA 2HU3A 1BHZA 1W6ZA 2MEDA 1GFJA 5KKIA 5C6IA 2H5ZA 4G9SA 1J1PY 1B5YA 4BADA 3WULA 4HPEA 1CKCA 3WVXA 3A94A 5B06A 4B4IA 1LSFA 1GE1A 4XJBA 1IVMA 2LYOA 1GAYA 1XEKA 1LZBA 4HSFA 2MEGA 4I0CA 1IR9A 1GFRA 4EMNA 1LZYA 1GB2A 1HF4A 4XYYA 1IWWA 1GB9A 1ZMYL 2IFFY 1NBZC 1OUDA 1OUBA 1XGUC 1EQ5A 3AZ5A 4GCEA 2G4PA 2ZYCA 3T6UA 2YBNA 4WOAA 2C8PA 1LSAA 1FLQA 1QIOA 5B1GA 2NWDX 1LMPA 4KPMA 3A91A 5DM9A 5FHWA 2HEDA 1JTTL 1FN5A 2BQFA 1C08C 4NHPA 5KY1A 3RT5X 5LVKA 1LZAA 4LGKA 1LZ4A 1VDTA 1YAMA 1UCOA 2ZIKA 1D0MA 3TXDA 4ETBA 1GFGA 4ZIXA 5LVJA 4LT0A 1D0KA 1BB4A 4H9FA 2Z19A 3WVYA 1SLYA 1WQQA 5D5CA 5HNCA 1I1ZA 2D91A 3TMVA 4ZFPA 4TUNA 1JITA 4BAPA 1B2KA 2D6BA 1GPQC 4AXTA 1B7RA 4I8SA 1LJ4A 1LMOA 3P66A 1BVKC 3HBEX 5T3FA 1IORA 1ZVHL 3N9EA 1JKBA 1LYZA 1CNSA 1IY3A 1G7HC 2D4IA 4HTNA 1IWZA 4WLYA 4NGLA 4XN6A 3BKHA 5IDDA 3WL2A 5KXMA 1UC0A 1FBIX 4GN4A 2BQJA 4NWEA 5FELA 1REYA 4IJ4A 3W6BA 4B1AA 3WU7A 4B0DA 4BS7A 1LJGA 4LFXA 1YAOA 3SP3A 4CJ2A 4OW1A 4DT3A 1RJCB 2IHLA 2ZNXY 3P65A 1IP5A 1LZ8A 2VB1A 3RU5A 5A3EA 5LYTA 1GFUA 1OP9B 2LYZA 4G49A 4NG8A 5F81A 4Z3MA 4NHTA 1XGTC 3A93A 1JPOA 2HEAA 1LMQA 1FDLY 4J1BA 3QNGA 2Z37A 4NSJA 4QEQA 1REMA 5KXYA 1C10A 3A90A 4PHIA 2MEEA 3T36A 4MSTA 3N9CA 1AT6A 1LZEA 1GB5A 3AGGG 1EQEA 1YKXX 1QQYA 4OWCA 1B7MA 3B0IA 1VEDA 1A2YC 4KL7A 1RE2A 4GCBA 2BLXA 3WUNA 1W08A 4J0LA 1GFHA 3D3DA 2YDGA 4NGVA 193LA 1JHLA 3OJPA 1LSDA 2Z38A 4PJ2C 2X0AA 4YF2A 1LSCA 4H9AA 5HMJA 4NGOA 1GAZA 1XGPC 2F2NA 5APCA 1IOCA 1B7SA 1HFXA 4XADA 3LYZA 4H9HA 3TXIA 4ET8A 1REZA 4WO9A 1LMCA 1IWYA 1NMMA 4W96A 2DKVA 1HMLA 135LA 1NKHA 1J1XY 4NHIA 4QY9A 3AJNA 5APFA 3A92A 4GCCA 4WG7A 2EQLA 4B4JA 1C43A 1GWDA 1G7MC 4DDBA 2F4AA 1KXWA 4J7VA 4OWBA 1GB0A 1NWGA 2D4KA 5KKJA 5LVGA 1GDXA 208LA 3ULRA 4H93A 4XJHA 1LSNA 1OUFA 2YBJA 1JJ1A 4YM8A 1C7PA 4RLMA 4OOTA 1HC0A 1BB7A 5F9UA 1V7SA 2EKSC 1LHHA 194LA 1XSFA 3AZ6A 4HV2A 5B59A 4UWVA 1GFVA 2BQBA 2BQMA 1LMNA 1B0DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGZA 4LYZA 1LOZA 1IR8A 1QTVA 4YEMA 1ZWNA 1B7OA 1ZV5L 4EXMA 3HH3A 1JTPL 1LSYA 3HH5A 2MEIA 1ZVYB 1HEWA 1BB5A 3OE8A 4ARJA 256LA 4EKRA 4C5FA 3EBAB 3HH4A 3V2YA 1L82A 5FCPA 175LA 5LAFA 3LZMA 1LZ9A 1YANA 4DQ5A 1L79A 1GB3A 4TWSA 134LA 1DI5A 1HSWA 1C60A 4OWEA 4WLTA 3A67Y 2Z2FA 1KIQC 4TX7A 1RFPA 1L73A 1IC7Y 1LTMA 3HT8A 1BWIA 5KJ9A 1CJ7A 4ARMB 3A3QA 3TMXA 1OUIA 1A4VA 2BAAA 3FI5A 2OE9X 4PRUA 1VDPA 4ETDA 1VDQA 2Z18A 4YXAC 1C66A 4LYBA 1QSQA 1QUOA 1FKQA 4M6DA 3TXFA 5E9RA 2BQIA 1HEMA 2ZWBA 1IP4A 3A6CY 4LT2A 3FE0A 231LA 2B5ZA 145LA 2ZQ3A 1JUGA 1GXV2 3AZ4A 1CUQA 1GF9A 1L56A 1C6KA 3W3EA 2XQOA 4ZPUA 1P56A 4H8ZA 1JTMA 5IDDA 1OUHA 3F9LA 1BWJA 1L64A 1D3MA 120LA 1H87A 3P4ZA 1KIPC 103LA 1CJ6A 4LZTA 1SX2A 213LA 3DN3A 3A6BY 115LA 1ALCA 2MEAA 1C6IA 3HUAA 1XFPL 1XEJA 3AZ7A 1IP1A 1LHMA 5FEKA 1EL1A 5II3A 2RAYX 1L21A 1QT5A 146LA 4AGAA 2CJLA 1GF6A 1LSPA 182LA 5E4PA 4DDCA 221LA 1GBZA 3EO5A 5ILFA 4Z46A 1CKFA 1QUGA 1P2LA 5LZMA 2G4QA 5AMYA 137LA 1LYEA 5A3ZA 4Z41A 4I7TA 183LA 7LZMA 4XJDA 6LYZA 1HFZA 1L23A 4CFOA 2BQCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F10 A;  3BKV A;  1IP6 A;  3WPK A;  1DPX A;  4LYZ A;  3EMS A;  2BQK A;  3G3A B;  4NGZ A;  2F4G A;  4ETC A;  1LOZ A;  3WXT A;  1WQO A;  1IR8 A;  1BQL Y;  1JKA A;  1TEW A;  4YEM A;  1B7O A;  1ZV5 L;  2HUB A;  207L A;  1JTP L;  1LSY A;  2N5Z A;  2MEI A;  1V7T A;  1ZVY B;  1IWU A;  1BB5 A;  1FLW A;  1HEW A;  3CSZ A;  4WO6 A;  2DQH Y;  153L A;  1G7J C;  3QY4 A;  3AGI A;  3A8Z A;  2ZYP A;  2FBD A;  4C5F A;  4EOF A;  1T3P A;  1UIF A;  3EBA B;  1LZR A;  1YL0 X;  2BQL A;  5FCP A;  1UIB A;  4WL6 A;  4GN3 A;  5I4Y A;  4NY5 A;  5LAF A;  5ILC A;  4YOP A;  3CT1 A;  4NHS A;  1LZ9 A;  1YAN A;  3LYT A;  1D9U A;  3WUA A;  4W94 A;  5DN4 A;  1HSX A;  2BLY A;  1LZN A;  1LKR A;  2XJW A;  2Z12 A;  1CKH A;  4WL7 A;  1OUA A;  1GF3 A;  1GB3 A;  1FLU A;  1H6M A;  2DQE Y;  4TWS A;  1VFB C;  1GEZ A;  1IX0 A;  134L A;  1D6P A;  3WUM A;  4DD2 A;  1DI5 A;  4DD7 A;  1HSW A;  4NGJ A;  1XEI A;  4OWE A;  3A67 Y;  4WLT A;  5LXW A;  1O23 A;  2LHM A;  1KIQ C;  2Z2F A;  3W6C A;  5LYZ A;  3FI7 A;  1RFP A;  4TX7 A;  1Z55 A;  1LZT A; 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 1RJC B;  2IHL A;  2ZNX Y;  3P65 A;  1IP5 A;  1LZ8 A;  2VB1 A;  3RU5 A;  5A3E A;  5LYT A;  1GFU A;  1OP9 B;  2LYZ A;  4G49 A;  4NG8 A;  5F81 A;  4Z3M A;  4NHT A;  1XGT C;  3A93 A;  1JPO A;  2HEA A;  1LMQ A;  1FDL Y;  4J1B A;  3QNG A;  2Z37 A;  4NSJ A;  4QEQ A;  1REM A;  5KXY A;  1C10 A;  3A90 A;  4PHI A;  2MEE A;  3T36 A;  4MST A;  3N9C A;  1AT6 A;  1LZE A;  1GB5 A;  3AGG G;  1EQE A;  1YKX X;  1QQY A;  4OWC A;  1B7M A;  3B0I A;  1VED A;  1A2Y C;  4KL7 A;  1RE2 A;  4GCB A;  2BLX A;  3WUN A;  1W08 A;  4J0L A;  1GFH A;  3D3D A;  2YDG A;  4NGV A;  193L A;  1JHL A;  3OJP A;  1LSD A;  2Z38 A;  4PJ2 C;  2X0A A;  4YF2 A;  1LSC A;  4H9A A;  5HMJ A;  4NGO A;  1GAZ A;  1XGP C;  2F2N A;  5APC A;  1IOC A;  1B7S A;  1HFX A;  4XAD A;  3LYZ A;  4H9H A;  3TXI A;  4ET8 A;  1REZ A;  4WO9 A;  1LMC A;  1IWY A;  1NMM A;  4W96 A;  2DKV A;  1HML A;  135L A;  1NKH A;  1J1X Y;  4NHI A;  4QY9 A;  3AJN A;  5APF A;  3A92 A;  4GCC A;  4WG7 A;  2EQL A;  4B4J A;  1C43 A;  1GWD A;  1G7M C;  4DDB A;  2F4A A;  1KXW A;  4J7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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