2BQIA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDARQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqiA00
1UUZC 2Z18A 3LHMA 1I56A 4XJFA 1IWWA 5I53A 1FDLY 1GPQC 1WVVA 3CQLA 3P68A 1YIKA 3T6UA 4ZFPA 5DN4A 4DD3A 5HMVA 4C5FA 1LYSA 4NWHA 1JJ0A 3W3EA 4II8A 3CT1A 1FLYA 2Z19A 1G7IC 1GF5A 5HLLA 5L9JA 1E8LA 1LZNA 1B7OA 1D0KA 2MEDA 4H9BA 4WOAA 2LHMA 1VAUA 1WQQA 1XSFA 5LVHA 2F2NA 1F10A 4NSJA 1GB7A 2BQKA 3WVYA 2D6BA 4H91A 2YSSC 1A4VA 1LTMA 2IFFY 4MCKA 4WLYA 1IR9A 5F9XA 4H90A 3WL2A 4O34A 4Z46A 3TXGA 2MEGA 1LHHA 2XBRA 2YBLA 4HV2A 4NGWA 1BB6A 1I1ZA 4N5RA 4W96A 1LHKA 1JWRA 1YKZX 1UIFA 1LMOA 3P65A 1RE2A 4LYZA 4NHIA 4QY9A 4DT3A 1ZMYL 4WLDA 1OUJA 1QSAA 4GN5C 1XGTC 4N1EI 1JTTL 1YAPA 2C8OA 4NHPA 4NGVA 1LKRA 2AUBA 5FDJA 5F16A 3BKVA 3W6CA 5LAGA 2HEEA 5LAFA 1LYZA 4XJIA 4C3WA 1LMNA 2ZNWY 1DI5A 1GBOA 1OQMA 4R0FA 1REMA 1FLUA 1UIBA 1YL0X 3WVXA 1QUTA 2MEBA 1HERA 3W6DA 6LYZA 5KJ9A 4XJHA 1GF3A 5KXKA 2EQLA 1KIRC 1LZ1A 4NHQA 4AXTA 1GAZA 4YEOA 2DQAA 4XJDA 1CJ6A 4H9HA 2VB1A 1LHJA 4N0JA 3WXTA 1LZGA 4XENA 2D4IA 5KXYA 1W6ZA 5KXNA 1DPXA 3TXFA 1IO5A 3AGHA 1LMCA 1YL1X 5FSTA 3RZ4A 4ETAA 3TXHA 1CNSA 1IEEA 1RFPA 5I4YA 4WL7A 3B0KA 4UWVA 1IWXA 1UA6Y 4X3BA 5DN5A 1GE2A 3A94A 1PS5A 5HQ1A 1G7MC 1BWIA 154LA 1CJ7A 3F6ZA 2BAAA 5DL9A 3AZ4A 1OUBA 5F81A 1EQ5A 1N4FA 1IC5Y 5HNLA 4GCCA 1WQOA 2BLYA 1LSPA 4LGKA 1CKCA 1J1OY 1XGRC 2W1XA 1GWDA 4H1PA 1GBWA 1GFAA 4TSCA 1IIZA 1GFRA 1TBYA 4H8YA 4Z3MA 1OP9B 5LIOA 1LZAA 3RW8A 4EMNA 2X0AA 4DD2A 5A3EA 1GE0A 1GBXA 1YAMA 1O23A 4N8ZA 4OWHA 4WLTA 1NDGC 5IDDA 2H9KA 5B06A 3A92A 208LA 4G4BA 3KAMA 1C46A 1XGQC 1IX0A 1GE3A 1GB8A 4LT0A 1ZVHL 4DDCA 2DQCY 4J7VA 4ML7A 4AGAA 1YAOA 3TXDA 4H9IA 3VWOA 4OW1A 5I5QA 5KXWA 2F30A 5C6IA 1IY4A 1D6QA 2N5ZA 1DI4A 3LYOA 1OUFA 1QTEA 207LA 2YBHA 4EOFA 5LVIA 4IASA 1H87A 1REYA 3A8ZA 2HEAA 3W6AA 3ZVQB 3TMXA 1QDRA 5I4WA 2YBIA 4OOOA 5D5CA 4ET8A 4HTKA 1BWJA 3AZ6A 1GAYA 4GCDA 4OWCA 3TMWA 1ZV5L 4BADA 5APDA 1IP6A 3N9CA 2ZQ3A 4WLXA 3A91A 4PGJB 1F6RA 5M1YA 4G9SA 1INUA 1AT5A 1GF8A 4U3XB 4NHSA 5DLAA 4Z98A 1HMLA 5LA5A 2W1MA 1YROA 4H93A 4QGZA 1YAQA 5A3ZA 4HV1A 1JTOL 4WG1A 4ZEEA 3T36A 4HJVA 4NFVA 5E4PA 5T3FA 1OUDA 5APCA 1J1PY 2HEDA 1CKHA 4B1AA 3LN2A 5J7CA 2DQEY 4TUNA 3A95A 1WVUA 3CSRA 3FE0A 4OWEA 2D4KA 4TWSA 5FELA 1EQEA 1B7MA 3SP3A 1DPWA 1QDTA 5AMYA 3WYHA 4BAFA 4ETBA 1MELL 5ILFA 1LKSA 3WUAA 3ATOA 1XGUC 2FYDA 1CJ9A 4GN4A 1TCYA 1IWVA 3P66A 4LFPA 3ULRA 4UWUA 3A6CY 2HUBA 2MEAA 134LA 3AGIA 4NHTA 4TX7A 4XADA 135LA 1LZEA 4RW2A 1LJNA 4R6CA 1AM7A 2LYOA 1IOCA 1SLYA 2Y8PA 4YF2A 2ZILA 1LJJA 1IWYA 3A34A 1BB7A 2MEHA 2HU3A 3ATNA 3TXEA 4WM5A 4DD7A 1IP2A 2HEFA 1LJIA 1LPIA 1LZYA 4GLVA 1IORA 1HSXA 4HSFA 4NY5A 4PHIA 4H9CA 4KPMA 4J0LA 1NHEA 3GXRA 4RW1A 4BAPA 1LHIA 5I54A 3A3RX 3WW5A 1UIEA 5B1FA 1F6SA 1HEPA 3FI7A 5LYMA 1RJCB 4GN3A 1HEOA 1WTNA 1LZ9A 5FEKA 1IVMA 1G7LC 132LA 1IOTA 2CJLA 1GDWA 1GF4A 4NEBA 1C08C 4NGJA 5KXTA 4RDSA 4LT2A 1VDSA 1GF6A 4HJZA 2BPUA 2Z39A 5KXPA 3ZVQA 1OUGA 1LJ4A 1B7RA 5I4XA 1FBIX 1LSGA 5KKIA 4ETDA 1JKBA 1C7PA 4M4OA 1B5YA 1RI8B 1OUEA 1GFEA 5KXLA 1JKDA 1UIDA 1GF9A 1XEKA 1XFPL 2BQGA 2W1LA 4OWBA 1W08A 5KXSA 1LZBA 2DQFC 1TDYA 1FLQA 1YKYX 1T6VL 1TEWA 4LYTA 3WMKA 4CFOA 1G7JC 4TSBA 1LZDA 3WXUA 8LYZA 4A7DA 2BLXA 1B7LA 1JUGA 3TXBA 5B59A 1JJ1A 3GXKA 4B4JA 1GFGA 2Z12A 9LYZA 1C45A 3TMVA 4DDAA 3M18B 1GEVA 1GFVA 2Z38A 3N9AA 2Q0MX 1WQMA 1HNLA 3LYZA 3D3DA 4CJ2A 5F14A 2WARA 1LYOA 2DBTA 2MEEA 1LMPA 1HF4A 2D91A 2IHLA 1JKCA 4YENA 5KXZA 1YILA 4HPEA 2DQGY 4D9ZA 2DQDY 1VDPA 1DKKA 2BQLA 3ZEKA 1LZSA 3CSQA 4LT3A 3WUNA 3WUMA 4DWXA 1HFZA 3WPKA 1QQYA 1B7PA 1OUHA 4DD0A 1NBZC 4CFPA 2BQEA 2BQCA 3LZTA 4HTQA 2A7DA 1IWTA 1XEIA 4HPIA 1AT6A 1LZ8A 1EQ4A 1CJ8A 1BQLY 2MEFA 4GCEA 2ZYPA 3WU9A 1D9UA 2CDSA 2YBJA 5D5FA 1BB3A 1IR7A 2XTHA 5LVKA 3N9EA 4IATA 3B0OA 1HHLA 1ALCA 3LZ2A 1D6PA 4WM2A 3A96A 1HEWA 3J6KA 1GF7A 2BQMA 3EBAB 4H8ZA 4HTNA 1TAYA 1GB3A 1LSMA 4G49A 4I0CA 1VDQA 3K3TA 2YBNA 1B5WA 4DD1A 5C6LA 4WM1A 4WL6A 4LFXA 4DYGA 3AZ5A 2DQHY 4ET9A 3QY4A 1LMTA 4NG8A 4XJBA 3AZ7A 1BWHA 1HFXA 2I26L 1GFTA 1Z55A 5KKJA 1LOZA 1P2CC 3AYQA 3IJUA 1BVXA 4NGOA 1C10A 3J4GA 4B4EA 1JHLA 4ETCA 3AJNA 1IP3A 1LJEA 3WPLA 2ZIKA 1CKGA 4LYOA 1QSWA 2DQIY 3QNGA 3WU8A 4NGLA 1DZBX 2D4JA 1AKIA 1IR8A 4WM3A 1GD6A 1FKVA 2I25L 2ZYCA 5F9UA 4B0DA 4ZIXA 3EO5A 4B4IA 5FCPA 2YBMA 3TXIA 133LA 4FDYA 1GF0A 4YOPA 1IP5A 1REZA 2HU1A 2LZTA 2MEIA 1BHZA 1BB5A 4LYCA 1SQ2L 2Z37A 5LXWA 1AZFA 3CT5A 3HBDA 1B0DA 3A67Y 3RT5X 1QIOA 1IP7A 5B07A 1LSAA 1REXA 4XYYA 1VDTA 4KL7A 5LVJA 1GB9A 2FBDA 1J1XY 4NGIA 2LYZA 4H9FA 1QUSA 2FYCA 4NIJA 1GFJA 3CB7A 1RCMA 1GXV2 4QDNA 4RLMA 1LJ3A 1T3PA 3P4ZA 4W94A 1HFYA 1KXWA 1JKAA 4G4CA 3HFMY 3RU5A 1JTPL 3IWRA 1JJ3A 1B7SA 4LYBA 3WU7A 5II3A 1LHMA 1GBZA 2Z2FA 4LZTA 4MR1A 1FN5A 1LJGA 3P64A 1NBYC 1BVKC 4Z41A 1UACY 4J1AA 1GE4A 2DQJY 4N9RA 1LZ4A 2W1YA 2XBSA 1DXJA 1YQVY 4XJGA 4NSHA 1JISA 1LZTA 5LA8A 3RNXA 5B05A 2CGIA 1KXXA 2G4QA 4CHXA 4DC4A 153LA 3EMSA 1JITA 4OWAA 1JEFA 5KXMA 1B9OA 1OUCA 1HEMA 1UC0A 2XJWA 2BQDA 1QTKA 4LYMA 5KY1A 2G4PA 3LYTA 3AW7A 4H92A 4OOTA 1LSFA 1YKXX 1CKDA 1LSYA 4WMGA 1GFKA 2ZWBA 4WO6A 4WO9A 4WM4A 1HSWA 1V7SA 1B5ZA 1JIYA 4I8SA 2RSCA 1D0LA 1BB4A 3HBHA 4H9AA 1WTMA 1IOSA 2G4NA 1GB5A 1JSEA 4M6DA 3G3AB 4NWEA 3LYMA 3WPJA 1HMKA 3B6LA 5L3IA 5B1GA 5E9RA 3B0IA 1UCOA 1LSNA 3D9AC 5DM9A 1JSFA 1GFHA 1XEJA 1IP1A 1PZYA 3M3UA 2H5ZA 1WQNA 1NF5A 5APFA 5APEA 4PPOA 5LINA 1DKJA 1OUAA 1UIAA 2Z2EA 1C43A 1HEQA 2BQOA 4J1BA 4H8XA 4DD9A 5HNCA 4NG1A 1V7TA 2F4AA 2F4GA 1ZVYB 2BQNA 1GB6A 4YEMA 1KXYA 2GV0A 4NGZA 4FJRA 1B5UA 1VATA 1VEDA 2ZQ4A 1NMMA 1G7HC 1LJHA 3G3BB 5IHGA 4KT3A 4WM6A 1HELA 1LCNA 4HP0A 2BQHA 4N1CC 1DQJC 1LJKA 2DKVA 2PC2A 3EXDA 5ILCA 1LHLA 3A3QA 2H9JA 5LYZA 1HC0A 1IWZA 1MLCE 1UIGA 2HTXA 3BKHA 1D0MA 1NKHA 4YM8A 5K7OA 1GB2A 4G4HA 1GBYA 1GXXA 2MECA 2BQBA 1F0WA 1JPOA 1IP4A 4BS7A 3TXJA 1LSBA 4MSTA 2EIZC 3AB6A 3OK0A 1IOQA 4KXIA 1LAAA 4DDBA 3HBEX 4L41A 5EBHA 1IWUA 4NSGA 1B7QA 194LA 4GCBA 4PJ2C 4QEQA 1B7NA 3W6FA 2HECA 1XGPC 4E3UA 1KIPC 1UICA 4B49A 1GDXA 1NDMC 3QE8A 3WW6A 5LYTA 3IJVA 2NWDX 1LZCA 4UWNA 4LT1A 1YANA 1NQIA 4WG7A 5KXRA 2ZIJA 3A90A 3CSZA 3A93A 3OJPA 1UBZA 4ETEA 5C6JA 5KXXA 1LMAA 1GEZA 2B5ZA 2I6ZA 4GLAA 4ANRA 1UIHA 4NGKA 3WH1A 5LVGA 1LJFA 2LYMA 1LSCA 1NWGA 2YDGA 1WQPA 4RLNA 1GFUA 2A7FA 4NGYA 5KXOA 3A6BY 4IJ4A 2YVBA 1LSEA 1WQRA 3CT0A 5L3HA 1A2YC 3TXKA 3WULA 1IC4Y 3W6EA 4HJYA 1FLWA 1KIQC 2CWIA 1DI3A 2HEBA 4P2EA 3MGWA 1GBSA 4CGEA 4TTDA 1IY3A 4GCFA 3AGGG 4H94A 6LYTA 1LZ5A 1B2KA 4PRUA 1H6MA 3E3DA 4PRQA 1OUIA 1EL1A 3AW6A 2FBBA 1I20A 1HENA 2ZNXY 1GB0A 2LZ2A 1LSZA 1GE1A 1LZ6A 193LA 1VFBC 5FHWA 3W6BA 4H9EA 1LYYA 2C8PA 1B5VA 2BQFA 4NSIA 7LYZA 5JENB 4XN6A 1CKFA 1GHLA 3TMUA 2BQJA 2EKSC 1BGIA 1IC7Y 2BQIA 3B72A 1LSDA 1FKQA 1B5XA 1LMQA 5IELA 1LZRA 5HMJA 2EPEA 2BQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UUZC 2Z18A 1C6DA 1L16A 3CQLA 3HT6A 3T6UA 5DN4A 5HMVA 126LA 1L07A 2Z19A 1G7IC 5HLLA 1LZNA 4H9BA 4EKQA 224LA 1XSFA 5LVHA 1L75A 1B6IA 4NSJA 4H91A 3UONA 2YSSC 3HU9A 2RBOA 213LA 3TXGA 1LHHA 2XBRA 3HT9A 4HV2A 4NGWA 1YKZX 4ARQB 1ZMYL 1QSAA 1XGTC 1L86A 4NHPA 2AUBA 5FDJA 5F16A 3W6CA 3GUIA 177LA 3HH5A 1SSWA 1HERA 228LA 1LZ1A 1QS5A 4NHQA 195LA 1L53A 1LHJA 1LGUA 1L02A 5KXNA 3TXFA 5FSTA 1LMCA 1L15A 1IWXA 3FI5A 4X3BA 1L21A 1GE2A 1CJ7A 3F6ZA 1PQIA 5DL9A 3AZ4A 157LA 1CU6A 4DJHA 123LA 242LA 4LGKA 1CKCA 137LA 1XGRC 4TSCA 3RW8A 4OWHA 3GUKA 2H9KA 1C67A 3A92A 208LA 1C46A 1L60A 1PQDA 2F30A 1D6QA 1DI4A 2YBHA 5LVIA 4IASA 128LA 3ZVQB 5I4WA 2RB0X 1L59A 147LA 1GAYA 233LA 1IP6A 3N9CA 5DLAA 4NHSA 167LA 2W1MA 1OVKA 5A3ZA 4HV1A 4W53A 4NFVA 108LA 1G0GA 4EKRA 1CKHA 2DQEY 3A95A 5FELA 5FCPA 1L97A 3WYHA 5ILFA 1T8FA 3ATOA 1XGUC 1G0JA 4LFPA 3OE9A 3A6CY 135LA 4RW2A 1L40A 4YX7C 1AM7A 2LYOA 1SLYA 4YF2A 2OEAX 2ZILA 1LJJA 236LA 2B6TA 3SB9A 1P3NA 4DD7A 2HEFA 227LA 1HSXA 4NY5A 127LA 4H9CA 1L51A 1LHIA 3FA0A 1HEPA 1L03A 1LZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UUZ C;  2Z18 A;  3LHM A;  1I56 A;  4XJF A;  1IWW A;  5I53 A;  1FDL Y;  1GPQ C;  1WVV A;  3CQL A;  3P68 A;  1YIK A;  3T6U A;  4ZFP A;  5DN4 A;  4DD3 A;  5HMV A;  4C5F A;  1LYS A;  4NWH A;  1JJ0 A;  3W3E A;  4II8 A;  3CT1 A;  1FLY A;  2Z19 A;  1G7I C;  1GF5 A;  5HLL A;  5L9J A;  1E8L A;  1LZN A;  1B7O A;  1D0K A;  2MED A;  4H9B A;  4WOA A;  2LHM A;  1VAU A;  1WQQ A;  1XSF A;  5LVH A;  2F2N A;  1F10 A;  4NSJ A;  1GB7 A;  2BQK A;  3WVY A;  2D6B A;  4H91 A;  2YSS C;  1A4V A;  1LTM A;  2IFF Y;  4MCK A;  4WLY A;  1IR9 A;  5F9X A;  4H90 A;  3WL2 A;  4O34 A;  4Z46 A;  3TXG A;  2MEG A;  1LHH A;  2XBR A;  2YBL A;  4HV2 A;  4NGW A;  1BB6 A;  1I1Z A;  4N5R A;  4W96 A;  1LHK A;  1JWR A;  1YKZ X;  1UIF A;  1LMO A;  3P65 A;  1RE2 A;  4LYZ A;  4NHI A;  4QY9 A;  4DT3 A;  1ZMY L;  4WLD A;  1OUJ A;  1QSA A;  4GN5 C;  1XGT C;  4N1E I;  1JTT L;  1YAP A;  2C8O A;  4NHP A;  4NGV A;  1LKR A;  2AUB A;  5FDJ A;  5F16 A;  3BKV A;  3W6C A;  5LAG A;  2HEE A;  5LAF A;  1LYZ A;  4XJI A;  4C3W A;  1LMN A;  2ZNW Y;  1DI5 A; 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 1LSB A;  4MST A;  2EIZ C;  3AB6 A;  3OK0 A;  1IOQ A;  4KXI A;  1LAA A;  4DDB A;  3HBE X;  4L41 A;  5EBH A;  1IWU A;  4NSG A;  1B7Q A;  194L A;  4GCB A;  4PJ2 C;  4QEQ A;  1B7N A;  3W6F A;  2HEC A;  1XGP C;  4E3U A;  1KIP C;  1UIC A;  4B49 A;  1GDX A;  1NDM C;  3QE8 A;  3WW6 A;  5LYT A;  3IJV A;  2NWD X;  1LZC A;  4UWN A;  4LT1 A;  1YAN A;  1NQI A;  4WG7 A;  5KXR A;  2ZIJ A;  3A90 A;  3CSZ A;  3A93 A;  3OJP A;  1UBZ A;  4ETE A;  5C6J A;  5KXX A;  1LMA A;  1GEZ A;  2B5Z A;  2I6Z A;  4GLA A;  4ANR A;  1UIH A;  4NGK A;  3WH1 A;  5LVG A;  1LJF A;  2LYM A;  1LSC A;  1NWG A;  2YDG A;  1WQP A;  4RLN A;  1GFU A;  2A7F A;  4NGY A;  5KXO A;  3A6B Y;  4IJ4 A;  2YVB A;  1LSE A;  1WQR A;  3CT0 A;  5L3H A;  1A2Y C;  3TXK A;  3WUL A;  1IC4 Y;  3W6E A;  4HJY A;  1FLW A;  1KIQ C;  2CWI A;  1DI3 A;  2HEB A;  4P2E A;  3MGW A;  1GBS A;  4CGE A;  4TTD A;  1IY3 A;  4GCF A;  3AGG G;  4H94 A;  6LYT A;  1LZ5 A;  1B2K A;  4PRU A;  1H6M A;  3E3D A;  4PRQ A;  1OUI A;  1EL1 A;  3AW6 A;  2FBB A;  1I20 A;  1HEN A;  2ZNX Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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