2BQKA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqkA00
1G7MC 2RSCA 5KJ9A 2BQCA 2DKVA 3WH1A 1C45A 5IDDA 2MEEA 1CNSA 1LSZA 4WLTA 2WARA 1LTMA 2BQJA 1WQQA 1GF7A 1KIRC 1VDQA 2I6ZA 2I26L 4AXTA 5DM9A 2D4IA 4H9IA 1B5WA 4H90A 3RNXA 1LJFA 3D9AC 1NDGC 5D5CA 4NSIA 2H5ZA 4N1EI 1LSYA 4A7DA 3D3DA 4II8A 1LZRA 4LT0A 4DT3A 132LA 2Y8PA 3CT5A 2HEEA 4WMGA 1GBZA 1JPOA 4TX7A 1HEQA 4WM6A 4BAPA 5ILFA 3TXJA 1LPIA 1IY3A 1CKFA 1JJ3A 1GB2A 2H9KA 4GLVA 5LVKA 1IIZA 2BQMA 3ATNA 3A67Y 4KXIA 5D5FA 1IEEA 5KXLA 5JENB 1IP7A 1QIOA 2HUBA 3EMSA 4NG8A 3RZ4A 2CJLA 5I5QA 1FN5A 1OP9B 1QTKA 1B7MA 1GF3A 2BQIA 4WLDA 3TMVA 3QE8A 3TXDA 4YEMA 1EL1A 1IR9A 1LZGA 1LSDA 3A6BY 4DDBA 4M4OA 2H9JA 2HU3A 1WQNA 4H93A 3EXDA 4NGZA 2DBTA 1FLUA 4KL7A 4LYZA 4DD7A 1HSXA 1OUAA 2W1YA 2YSSC 4G4CA 1JSFA 4XJDA 1GFVA 3TXEA 3WU8A 1GBOA 1LSMA 1VATA 5APDA 2HEFA 2LYZA 1QDRA 4NGLA 1UUZC 1LJ4A 2A7FA 4HJYA 4H91A 1LSBA 4B49A 1B5XA 5HNLA 194LA 4OWBA 1GB6A 2C8OA 3AW6A 1IOTA 3BKHA 1DKKA 1B2KA 1OUJA 1OUFA 3FI7A 4GCCA 3TXBA 5KXTA 1LSEA 4LT2A 1GF6A 4LYCA 1XGPC 1I1ZA 1QSAA 2LHMA 1NWGA 2YDGA 5T3FA 4ETAA 3MGWA 2D91A 1JKDA 1EQ4A 2YBHA 3CT0A 2Z19A 2BLYA 4WLYA 4H8XA 1WTNA 4ETDA 2DQDY 3WVYA 1B7OA 5F81A 1GFUA 4XJHA 1C08C 1EQEA 1DQJC 2YBIA 3B0KA 5LYMA 1WVVA 1XFPL 2G4NA 5DL9A 4J7VA 4G4HA 4G9SA 4NEBA 1O23A 4HSFA 1G7JC 3LYTA 1A4VA 1GHLA 1FDLY 1XSFA 4ETCA 1CKHA 4ZEEA 1JTPL 4OOTA 4WM3A 1LYOA 5K7OA 1D6PA 3AW7A 1LMOA 1UC0A 4HP0A 1YAOA 1WQMA 1DKJA 1RI8B 1ZVHL 1YAQA 2BQHA 2LZ2A 4HPIA 1LHHA 2HEAA 1A2YC 1LZBA 4EMNA 1B7RA 5ILCA 1DXJA 1REMA 5L9JA 3FE0A 1LYZA 2HTXA 3B0OA 1GE2A 2D4JA 2YBLA 2Z38A 2ZYPA 5FCPA 5KXZA 1LKRA 1OUDA 2LZTA 4GLAA 4WL6A 2BQNA 1IP4A 1C10A 1GB7A 1ZVYB 3HBHA 4QGZA 5E9RA 5KXYA 3A8ZA 4DD3A 8LYZA 2Z39A 3CSZA 3A3QA 4RLMA 4PRUA 4L41A 1JKAA 1WQRA 1VDSA 1GBXA 1J1OY 1BB5A 5HNCA 1YL1X 2ZIKA 3E3DA 4N9RA 1GF8A 2LYOA 2CWIA 1OUBA 2DQFC 2F30A 2IHLA 4TSCA 3ZVQA 1LZSA 4HTKA 1GXXA 4DD2A 4MR1A 4ET8A 1LJJA 4LYMA 3VWOA 1LOZA 1REXA 1REYA 3HBDA 1VEDA 4HV1A 2FBDA 1IOQA 3RW8A 1PZYA 1DI4A 4NGIA 3WXTA 1IWYA 4WG7A 5HMJA 1T3PA 3G3BB 4P2EA 4J0LA 1IP3A 4GN4A 4RW2A 3AZ4A 2BQFA 4NHQA 193LA 1B5UA 1NF5A 2ZQ3A 1B5VA 1LSAA 1ZMYL 1JWRA 1QDTA 1V7TA 2W1XA 1I20A 3A90A 4IASA 1LZ9A 2ZYCA 3G3AB 5LVHA 5F16A 1UIFA 1G7LC 1IOCA 3TXFA 4XJFA 4NHPA 1P2CC 3A3RX 1GE4A 3AZ6A 4ETEA 4UWVA 1LZCA 3ULRA 5KXSA 1HHLA 3K3TA 2XBSA 3WUMA 1F6SA 4DC4A 4DD1A 2W1MA 1IX0A 1HF4A 1LCNA 1NKHA 5LAGA 3IJVA 1LJIA 3A6CY 1IP2A 3OJPA 4R0FA 1NBZC 5L3IA 1GB3A 1HMLA 5J7CA 4H92A 134LA 1T6VL 4HTNA 1B0DA 1BB6A 2Z37A 1J1PY 4LZTA 5APCA 3WPKA 7LYZA 1LZAA 1LZEA 4LGKA 1JKCA 4N8ZA 2DQEY 1IOSA 1HENA 4KT3A 3W6CA 3WPLA 4CJ2A 4R6CA 1XGTC 3T36A 5I54A 1GFGA 2YBJA 3ATOA 4H1PA 4NWEA 4XJGA 3HBEX 1UA6Y 1IWWA 1FLQA 4O34A 4MCKA 1NBYC 1AT6A 3WW5A 154LA 3AGIA 2BQGA 1QQYA 2G4QA 3WXUA 1GF0A 3CT1A 1LMQA 1KXYA 1OUHA 3ZEKA 5F14A 1LHKA 1GFJA 4H94A 4W96A 2D6BA 1XGRC 4N5RA 1LZ5A 5M1YA 1LSFA 3WUAA 1LZ1A 4LYBA 4XJIA 2MEAA 4J1AA 4B0DA 1KXXA 4EOFA 1BVKC 2MEIA 4NG1A 1VAUA 1JISA 5L3HA 3EO5A 4LFPA 1AKIA 2Z18A 1HSWA 4E3UA 1LHJA 2BQOA 1WQPA 5I4YA 1LMAA 4IJ4A 4GCBA 5EBHA 1D6QA 3A96A 4PPOA 5B1FA 1JUGA 1HEOA 4X3BA 1B7PA 2Q0MX 1LJGA 4B1AA 4D9ZA 3W6BA 1LYSA 2DQJY 2ZIJA 2BQLA 4NWHA 4Z3MA 1GB0A 5B1GA 1E8LA 3M18B 3A94A 2F2NA 1GF9A 1HELA 1JITA 5KXXA 2NWDX 1IP5A 2IFFY 1UCOA 4RDSA 5LAFA 3BKVA 5DN4A 1IC7Y 4WOAA 3B72A 2BLXA 2DQGY 3QY4A 1CKGA 1LSNA 1HFXA 1IWVA 1UIAA 1IWXA 1JEFA 4H9CA 4NSGA 3W6FA 5LINA 1NHEA 1C46A 4NGJA 1RE2A 4WO9A 4Z98A 4NGVA 3B0IA 4AGAA 1I56A 2HEBA 4DD0A 1C7PA 3KAMA 5LVIA 1HMKA 2Z2FA 1G7HC 3OK0A 5FELA 3P65A 3N9EA 3WVXA 1KXWA 1IORA 1B7LA 4I8SA 4BAFA 3W6DA 3TXGA 1XEKA 4B4EA 1FBIX 4M6DA 1LJ3A 4XJBA 1YKYX 1TDYA 2XBRA 5HMVA 4LT1A 4DDAA 1YKXX 3LYOA 1MLCE 1RFPA 135LA 1HFYA 5KY1A 1LSGA 1JTTL 2VB1A 4KPMA 1LYYA 4OW1A 2MEGA 1YROA 1DPXA 3A91A 9LYZA 1YKZX 1LAAA 3WU9A 5HQ1A 1GB5A 3AGHA 4NSHA 4YENA 6LYTA 2D4KA 1JSEA 4TTDA 4CFPA 1LMTA 5DLAA 3RT5X 4H9HA 3P4ZA 1KIPC 2BQAA 5A3EA 5II3A 4G4BA 1GE0A 1H6MA 2BQBA 1VDPA 1INUA 1CJ8A 1IC4Y 4W94A 4H9AA 5A3ZA 4NIJA 4DD9A 1C43A 4H9FA 1QTEA 1VDTA 5LYTA 5F9UA 3TMUA 1TAYA 2DQIY 4GCEA 4IATA 4GCDA 4WM1A 3WYHA 4J1BA 3CSQA 1LMCA 1CJ9A 4XADA 4C5FA 2N5ZA 1FLWA 1LZTA 1BHZA 1GPQC 3TMXA 5FSTA 5KXPA 1QUSA 1CJ6A 1CJ7A 1UIEA 1XEIA 4CHXA 2DQHY 1YQVY 2CGIA 1TCYA 3W6AA 1LZ8A 1LZ6A 1JJ0A 1UIBA 2F4AA 1JIYA 5KXKA 153LA 4ZFPA 1B7QA 1GEZA 5I4WA 2MEDA 1GFAA 3LYZA 5LIOA 4ETBA 5LXWA 1BB7A 1QUTA 1GFEA 1NDMC 133LA 1D0LA 3AJNA 3LYMA 1BWJA 4H8ZA 4YM8A 2C8PA 4C3WA 1GAYA 4LYOA 3P66A 1YANA 1IWZA 1IP6A 1AZFA 1GAZA 1J1XY 1GEVA 3LHMA 4HJZA 5KKIA 2W1LA 4UWUA 4UWNA 1B7NA 5I4XA 1BB3A 3W6EA 1TBYA 1YILA 1HFZA 1CKCA 1EQ5A 1WVUA 4XENA 1GF4A 5APFA 3QNGA 1BWIA 5I53A 5LVGA 1B7SA 4LFXA 4PJ2C 1W08A 3A34A 3TXHA 1GFTA 5C6IA 1UBZA 1REZA 1JHLA 1GDWA 1GBSA 1F6RA 1LJEA 4ANRA 3AB6A 1GFHA 1HC0A 2MECA 2YBNA 1XEJA 2MEFA 208LA 1RJCB 1HEMA 2AUBA 4LYTA 2LYMA 2ZNWY 1KIQC 2DQCY 2F4GA 5AMYA 1F0WA 3F6ZA 1BGIA 4QDNA 1GBYA 1D9UA 1SQ2L 4NHSA 4WLXA 1NQIA 4NGYA 5IHGA 1DI5A 1JKBA 1GFKA 5C6LA 5FHWA 2Z12A 5KKJA 4N0JA 5FEKA 1WQOA 4TWSA 6LYZA 3RU5A 3IJUA 1D0MA 1NMMA 1UIGA 2YVBA 4NGWA 3WW6A 5LA5A 4ML7A 2GV0A 3A92A 1V7SA 1BB4A 5KXRA 3WMKA 5B06A 1XGUC 4B4JA 1GDXA 2MEBA 1LKSA 3P68A 5APEA 2B5ZA 2XJWA 4MSTA 1AM7A 1OUIA 2FYDA 2ZILA 1B5YA 2G4PA 2PC2A 2YBMA 4I0CA 1GXV2 4RLNA 4DYGA 4CGEA 2EKSC 3AYQA 1B9OA 1D0KA 2X0AA 3P64A 4G49A 4WM5A 4XYYA 5IELA 2BPUA 5E4PA 5KXNA 5B05A 1OUEA 3WULA 1LZ4A 4NSJA 4Z46A 1LJKA 3WL2A 5HLLA 3WUNA 4WG1A 1IWUA 4PHIA 4NGOA 4GCFA 5LA8A 1RCMA 1LSCA 1UICA 4HJVA 1DZBX 3HFMY 3TXKA 1MELL 3WPJA 3SP3A 1TEWA 1HEWA 1HERA 1YIKA 1YAMA 2BQKA 4U3XB 2ZQ4A 4XN6A 5B07A 3AZ7A 1XGQC 1JTOL 1IC5Y 3J4GA 1YAPA 4OWCA 1UACY 4Z41A 1LMNA 4QEQA 1ALCA 1F10A 4HPEA 1IWTA 1GD6A 1H87A 4YF2A 2EPEA 2HEDA 3AGGG 2FYCA 4HTQA 3TXIA 2I25L 3IWRA 3EBAB 3TMWA 3LZ2A 2HECA 5F9XA 2DQAA 1W6ZA 1FLYA 4NHTA 4WL7A 3A95A 1BWHA 1IO5A 3J6KA 1FKQA 1GFRA 5LYZA 4FDYA 4BS7A 2ZWBA 4NFVA 4OWAA 5C6JA 4ET9A 5LVJA 2BAAA 2CDSA 2EQLA 3N9AA 4PGJB 1DPWA 1OUCA 1LMPA 4TSBA 1FKVA 1LJNA 4OWEA 2FBBA 4BADA 1BVXA 1LJHA 1QSWA 4NGKA 5KXWA 1LZNA 4HV2A 3AZ5A 1LHMA 1SLYA 2BQEA 1Z55A 4GN5C 4RW1A 1N4FA 2MEHA 4N1CC 2A7DA 1IR7A 4FJRA 4H9EA 4CFOA 4OWHA 1VFBC 1LZYA 1IP1A 1IY4A 1ZV5L 4NHIA 3CB7A 1GB8A 4OOOA 3T6UA 1WTMA 1LHIA 2HU1A 3N9CA 4LT3A 4TUNA 1LHLA 1GF5A 1LSPA 1JJ1A 1PS5A 3GXKA 3M3UA 4B4IA 4DWXA 1GE3A 4PRQA 1BQLY 1HEPA 3GXRA 4QY9A 4H9BA 5KXOA 1HNLA 1UIDA 4DDCA 5B59A 3B6LA 3LZTA 3CSRA 3W3EA 1GWDA 1CKDA 1UIHA 4NY5A 2XTHA 1GE1A 5KXMA 4YOPA 3A93A 4H8YA 1IVMA 3WU7A 1GB9A 4WM4A 4WO6A 5FDJA 4YEOA 3LN2A 1IR8A 1LZDA 4GN3A 1OQMA 1OUGA 2EIZC 3CQLA 5DN5A 4ZIXA 1AT5A 1DI3A 1G7IC 1GBWA 4WM2A 2ZNXY 1YL0X 207LA 3ZVQB 2BQDA 1B5ZA 2Z2EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
119LA 2DKVA 1C45A 2OE7X 1WQQA 1KIRC 2I6ZA 2I26L 5DM9A 1B5WA 4H90A 3D9AC 1L34A 2H5ZA 4LDLA 4DT3A 1GBZA 4BAPA 1LI2A 5D5FA 1IP7A 131LA 4DJHA 1OP9B 2BQIA 3QE8A 125LA 145LA 2HU3A 1WQNA 3EXDA 1LI6A 1LYGA 1FLUA 256LA 2W1YA 1JSFA 1GFVA 1LSMA 4W56A 4I7LA 1L73A 1LSBA 1B5XA 5HNLA 4ARQA 3GUOA 1LYHA 5KXTA 1OUFA 1GF6A 1XGPC 2YDGA 1KS3A 1JKDA 1KY0A 2Z19A 2BLYA 3UONA 4H8XA 1WTNA 3RUNA 1B7OA 1P6YA 5LYMA 1WVVA 1XFPL 3FA0A 1TLAA 1C6TA 1XSFA 1D2YA 1LYOA 1LI3A 1D6PA 3AW7A 115LA 1RI8B 4EMNA 1C6NA 5ILCA 1DXJA 3FE0A 2ANVA 242LA 1GE2A 1L15A 2D4JA 248LA 1LKRA 2LZTA 4WL6A 3HBHA 1L67A 1LWKA 2Q9EA 1JKAA 5HNCA 214LA 2LYOA 2CWIA 129LA 245LA 102LA 3ZVQA 4DD2A 2B74A 1L29A 3G3XA 2FBDA 4W58A 4WG7A 1JTNA 4J0LA 4GN4A 2BQFA 4NHQA 244LA 1B5UA 1ZMYL 2W1XA 3HH4A 5F16A 1IOCA 3TXFA 1OYUA 4XJFA 1L86A 3A3RX 1GE4A 1LZCA 5KXSA 3K3TA 1L13A 139LA 262LA 5LAGA 3IJVA 4R0FA 1IP2A 1HMLA 134LA 3DKEX 1B0DA 2Z37A 7LYZA 1LZAA 1JKCA 137LA 1HENA 4CJ2A 3DNAA 1L99A 4H1PA 1FLQA 4MCKA 2BQGA 177LA 4ARMB 1LMQA 1LHKA 2RH1A 4W96A 4XJIA 4W57A 4J1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7M C;  2RSC A;  5KJ9 A;  2BQC A;  2DKV A;  3WH1 A;  1C45 A;  5IDD A;  2MEE A;  1CNS A;  1LSZ A;  4WLT A;  2WAR A;  1LTM A;  2BQJ A;  1WQQ A;  1GF7 A;  1KIR C;  1VDQ A;  2I6Z A;  2I26 L;  4AXT A;  5DM9 A;  2D4I A;  4H9I A;  1B5W A;  4H90 A;  3RNX A;  1LJF A;  3D9A C;  1NDG C;  5D5C A;  4NSI A;  2H5Z A;  4N1E I;  1LSY A;  4A7D A;  3D3D A;  4II8 A;  1LZR A;  4LT0 A;  4DT3 A;  132L A;  2Y8P A;  3CT5 A;  2HEE A;  4WMG A;  1GBZ A;  1JPO A;  4TX7 A;  1HEQ A;  4WM6 A;  4BAP A;  5ILF A;  3TXJ A;  1LPI A;  1IY3 A;  1CKF A;  1JJ3 A;  1GB2 A;  2H9K A;  4GLV A;  5LVK A;  1IIZ A;  2BQM A;  3ATN A;  3A67 Y;  4KXI A;  5D5F A;  1IEE A;  5KXL A;  5JEN B;  1IP7 A;  1QIO A;  2HUB A;  3EMS A;  4NG8 A;  3RZ4 A;  2CJL A;  5I5Q A;  1FN5 A;  1OP9 B;  1QTK A;  1B7M A;  1GF3 A;  2BQI A;  4WLD A;  3TMV A;  3QE8 A;  3TXD A;  4YEM A;  1EL1 A;  1IR9 A;  1LZG A;  1LSD A;  3A6B Y;  4DDB A;  4M4O A;  2H9J A;  2HU3 A;  1WQN A;  4H93 A;  3EXD A;  4NGZ A;  2DBT A;  1FLU A;  4KL7 A;  4LYZ A;  4DD7 A;  1HSX A;  1OUA A;  2W1Y A; 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 3AGG G;  2FYC A;  4HTQ A;  3TXI A;  2I25 L;  3IWR A;  3EBA B;  3TMW A;  3LZ2 A;  2HEC A;  5F9X A;  2DQA A;  1W6Z A;  1FLY A;  4NHT A;  4WL7 A;  3A95 A;  1BWH A;  1IO5 A;  3J6K A;  1FKQ A;  1GFR A;  5LYZ A;  4FDY A;  4BS7 A;  2ZWB A;  4NFV A;  4OWA A;  5C6J A;  4ET9 A;  5LVJ A;  2BAA A;  2CDS A;  2EQL A;  3N9A A;  4PGJ B;  1DPW A;  1OUC A;  1LMP A;  4TSB A;  1FKV A;  1LJN A;  4OWE A;  2FBB A;  4BAD A;  1BVX A;  1LJH A;  1QSW A;  4NGK A;  5KXW A;  1LZN A;  4HV2 A;  3AZ5 A;  1LHM A;  1SLY A;  2BQE A;  1Z55 A;  4GN5 C;  4RW1 A;  1N4F A;  2MEH A;  4N1C C;  2A7D A;  1IR7 A;  4FJR A;  4H9E A;  4CFO A;  4OWH A;  1VFB C;  1LZY A;  1IP1 A;  1IY4 A;  1ZV5 L;  4NHI A;  3CB7 A;  1GB8 A;  4OOO A;  3T6U A;  1WTM A;  1LHI A;  2HU1 A;  3N9C A;  4LT3 A;  4TUN A;  1LHL A;  1GF5 A;  1LSP A;  1JJ1 A;  1PS5 A;  3GXK A;  3M3U A;  4B4I A;  4DWX A;  1GE3 A;  4PRQ A;  1BQL Y;  1HEP A;  3GXR A;  4QY9 A;  4H9B A;  5KXO A;  1HNL A;  1UID A;  4DDC A;  5B59 A;  3B6L A;  3LZT A;  3CSR A;  3W3E A;  1GWD A;  1CKD A;  1UIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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