2BQNA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAAAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqnA00
4XN6A 3TXKA 4MCKA 5I4YA 3D3DA 4LYTA 4NGIA 207LA 2YBNA 4NGLA 1LJIA 3TXFA 1CKCA 1GB3A 1GFJA 1JTTL 1OUHA 1BB7A 5FDJA 4LYCA 4B1AA 4O34A 1AT6A 4LT1A 3TMUA 3WL2A 4NSJA 1H87A 1D0KA 1C43A 5FSTA 1LYZA 1GDWA 4H8YA 3M3UA 5KXPA 1IY3A 1HC0A 1LJKA 1IP3A 4WG1A 2VB1A 6LYTA 2HEBA 4ANRA 1ALCA 2I6ZA 2PC2A 1GFEA 2DKVA 4PPOA 1IP4A 1DPXA 4N8ZA 5DN4A 3ZVQB 5LYTA 1LSMA 1LCNA 2HU3A 3A3RX 4GCCA 1BB3A 1LZ9A 5A3ZA 4DD0A 4OOOA 2ZYCA 4LYZA 4OWCA 3A6CY 3LYOA 1JEFA 1W6ZA 5JENB 1GE4A 5F81A 2H9JA 1FN5A 5I53A 5KKIA 1IOCA 1NWGA 4M4OA 2DQAA 4CFOA 1VAUA 7LYZA 2Y8PA 2HECA 3CB7A 1GF8A 3RW8A 1J1PY 2AUBA 1UIAA 4N9RA 208LA 2ZQ4A 4ETEA 1LZYA 3ATOA 1LTMA 1JHLA 2BQFA 2LYZA 1LZGA 4H9IA 3G3BB 1T3PA 4OWHA 1BVXA 1IR8A 1GBYA 1QSWA 3WYHA 1LSBA 3A94A 2W1MA 2D4JA 4OW1A 2BQAA 1LZSA 1YL0X 4LT2A 5F9XA 1W08A 4PGJB 4R0FA 1YKZX 3T6UA 1FLYA 1LMQA 4OWEA 5F14A 5KJ9A 2CJLA 1YAMA 3VWOA 1QDRA 1YQVY 2DQIY 1GE2A 1UIGA 1A2YC 4QDNA 4HTNA 4BS7A 1C45A 1DI5A 1GDXA 1OUIA 2LZTA 3B6LA 4WL6A 5LINA 1XFPL 1IORA 1CKDA 1TDYA 4HPEA 4W96A 4RW2A 4E3UA 4HP0A 3CSZA 1OP9B 2FYCA 1XGUC 1BHZA 1LJHA 2XBRA 1UIHA 1DZBX 3WVYA 1LMTA 4GLAA 1BB4A 1NBZC 3B0OA 4HPIA 5F16A 4IATA 4EMNA 3CSQA 1MLCE 3AGHA 1GAZA 1JIYA 2BQCA 3GXKA 1RE2A 4G4CA 1HENA 4G49A 1JSEA 2XTHA 3W6DA 1GD6A 4QEQA 3J4GA 1G7MC 1GEZA 1LMOA 5B1FA 4Z46A 4YEMA 4N0JA 1GBWA 5KY1A 4BAPA 1REMA 1REZA 5LYZA 4ETCA 3WPKA 1WQNA 193LA 5B06A 3TMXA 4N1CC 1IEEA 5AMYA 4CGEA 4LT0A 1OUFA 1LJGA 2CWIA 2XJWA 3OJPA 4H9CA 1AM7A 2EPEA 5LVIA 194LA 2MEAA 2LYOA 4KL7A 4RDSA 1YILA 3EO5A 3AB6A 1IOTA 1HSWA 1VDTA 2YBLA 4HSFA 1FLWA 5M1YA 2DQEY 2BQNA 4H93A 1LZCA 1FLUA 4HV2A 2ZQ3A 1AT5A 1GBXA 4TSBA 1LMNA 4WM2A 4N5RA 3A96A 5J7CA 5DLAA 1XSFA 5C6LA 1IIZA 4I0CA 3B0IA 3RU5A 3WU8A 1HFZA 3FI7A 4NY5A 1J1OY 1LZEA 1LJNA 4B4JA 1WQRA 1LZAA 2ZIJA 4DD9A 1LYOA 1B7OA 3CT5A 1GXXA 4LFXA 3WUAA 1GPQC 5LXWA 1HEQA 3HBEX 1HEMA 1GHLA 4NFVA 5DM9A 1JKDA 4KT3A 1HNLA 3TXDA 3E3DA 5E4PA 4UWUA 5EBHA 4DDCA 4NGKA 4B0DA 1GBSA 3W3EA 3EMSA 4II8A 4DC4A 4WLYA 3ULRA 1GB7A 3TXGA 5HLLA 4WOAA 5ILFA 1RI8B 4NWEA 5HQ1A 4QGZA 1JPOA 2YBIA 3P4ZA 4NIJA 4FDYA 4WM4A 2YBMA 1IWVA 5APEA 1LKRA 1IR9A 5LVKA 2LHMA 1IR7A 1JUGA 2A7FA 3MGWA 4IJ4A 4RLMA 2FBDA 3WW6A 4C5FA 1B7SA 4WG7A 4CHXA 1LHLA 3P64A 5IHGA 1YAQA 5L3IA 3RZ4A 2W1XA 5I4XA 2HEAA 3TXBA 1LMPA 3TMWA 3WXTA 1JTPL 4H94A 4ETDA 2W1LA 1XGPC 4L41A 1FLQA 1AKIA 1LPIA 3LYZA 1F0WA 1VEDA 1B7RA 4GN3A 2HEEA 1B0DA 1GF5A 1YKYX 1I1ZA 1LHMA 1LSPA 1B5WA 1TBYA 1UIBA 4YENA 1XGTC 2MEHA 1TAYA 4HTKA 1C08C 3A8ZA 3EBAB 1KIRC 3CSRA 3TXJA 5LVGA 1I20A 1UUZC 4BADA 4XYYA 1HELA 1LZ6A 1YROA 5FCPA 2YVBA 1Z55A 1HFYA 1HMLA 4R6CA 1HEWA 1IP1A 3FE0A 3N9EA 2ZYPA 1T6VL 5F9UA 1OUCA 1EQEA 2X0AA 4H90A 3OK0A 1IWYA 4WMGA 4XJBA 3B72A 1PS5A 5KKJA 4WL7A 3RNXA 3K3TA 2MEGA 1LSYA 4WM5A 1GFGA 1LZNA 1LSAA 1XEKA 2NWDX 3KAMA 1C10A 1AZFA 1JKCA 2EKSC 3TMVA 1IP5A 2DQFC 2C8OA 5HMJA 1FBIX 3A92A 3P66A 154LA 1IOQA 1LHHA 5KXXA 4TTDA 3IJVA 2YBHA 1GFTA 4GLVA 3RT5X 4DDAA 2BQEA 2YBJA 3A90A 1JSFA 1DKJA 5KXSA 3AGGG 2HTXA 1EQ4A 3AW7A 1KXYA 1GF4A 5D5CA 2D6BA 3WUMA 1GFUA 4J7VA 3G3AB 2IHLA 1QDTA 1JJ3A 3A95A 5KXWA 3LZ2A 1D0MA 1B7PA 1GXV2 2MEEA 4UWNA 3BKVA 4G4BA 1GBZA 3W6BA 4NGVA 1OUAA 1UIDA 3IJUA 1WTMA 2ZILA 5LAFA 1G7JC 1IX0A 2BQHA 4NGWA 135LA 1IC7Y 1OUEA 2ZNXY 5IDDA 3SP3A 1LYSA 1D6PA 1QTKA 4NHPA 1C7PA 1GF7A 1LMAA 1JISA 4PRUA 5LIOA 4OOTA 5DL9A 5I4WA 1LJJA 2ZNWY 1I56A 1HHLA 1J1XY 2BQIA 1G7HC 1LSNA 2HU1A 1REXA 3QY4A 5KXMA 1LZRA 1IVMA 1BQLY 1LOZA 1HMKA 3HBHA 5HNLA 5KXYA 1HFXA 2G4PA 4HV1A 5KXLA 2ZWBA 2FBBA 5L3HA 1N4FA 5C6IA 1B5XA 2BQOA 1A4VA 3D9AC 3AGIA 4ET9A 5LVJA 4NHTA 2F2NA 4WLTA 1GE3A 1LSZA 4ETAA 1GF9A 1GFKA 2BQGA 2Z2EA 3ZEKA 4X3BA 1B5UA 1D6QA 1XEIA 4TSCA 3CT0A 1BB6A 4IASA 2Z38A 3AZ4A 3AZ5A 4W94A 2Z39A 5D5FA 1PZYA 1ZV5L 2MEIA 1CJ7A 3T36A 3WULA 4KPMA 1F10A 5L9JA 4YEOA 5E9RA 2I26L 4PHIA 4H9HA 1GF3A 2BAAA 4HJVA 4NEBA 1QSAA 1UACY 2G4QA 4TX7A 2CDSA 1HF4A 4G9SA 1GE0A 2Z19A 1QQYA 1TCYA 2BLYA 1DPWA 4ZEEA 5LA5A 1JJ0A 1LZDA 1WTNA 1LJ3A 4YF2A 2BPUA 4HJZA 3AJNA 1UBZA 1B7QA 1EQ5A 4YOPA 1CKGA 4PRQA 1UCOA 4WLDA 1VDSA 1LSCA 1V7SA 1WQQA 5FELA 1RJCB 3P65A 1LSGA 3CQLA 1IWTA 2C8PA 2G4NA 2CGIA 3F6ZA 1E8LA 1EL1A 4A7DA 1GFRA 5B59A 4TUNA 4WO9A 3WPLA 4H9BA 1DKKA 2BQLA 5KXRA 1IY4A 4QY9A 1GB9A 2LYMA 1QUSA 2HEFA 1YKXX 2I25L 4H9FA 4XADA 2F4GA 4DD2A 1UA6Y 5HMVA 4WM1A 4MR1A 2EIZC 1H6MA 2LZ2A 4NGJA 3LYTA 4GN5C 133LA 4XJIA 1JWRA 2B5ZA 5ILCA 134LA 4NHQA 4RW1A 3EXDA 1NHEA 1RCMA 1ZMYL 4DT3A 153LA 4GN4A 1LHIA 4P2EA 2YSSC 1HEPA 1DXJA 1YANA 3BKHA 1B9OA 1LZ4A 4ZIXA 1CJ9A 4RLNA 5T3FA 4ETBA 1REYA 1GB5A 1WQMA 4HJYA 4D9ZA 1LZ8A 2BQBA 1JKAA 1DI4A 3A6BY 2MEBA 2XBSA 4H91A 2Z2FA 3QNGA 5LA8A 2BQMA 3CT1A 2DQGY 4C3WA 3M18B 1QUTA 1WQPA 4H1PA 1NDGC 1IWZA 1IOSA 1LMCA 2MEDA 4NGZA 3W6AA 3HBDA 1BWIA 4OWBA 1GB2A 3WU7A 1OQMA 3W6CA 1GF0A 5A3EA 1GFAA 2BQJA 1CJ6A 4OWAA 1LJ4A 1ZVHL 1GB8A 4LYMA 5LYMA 1GFHA 1B5VA 1VDPA 4G4HA 4DD1A 2H5ZA 5B05A 2F4AA 1KXXA 1BGIA 3HFMY 1JTOL 5K7OA 5KXOA 1KXWA 4XJHA 2DQDY 1P2CC 3QE8A 2BLXA 1F6RA 5APDA 3WMKA 4B4EA 132LA 3AW6A 2Q0MX 3N9AA 1B7NA 1G7IC 1XEJA 1LZBA 1TEWA 3ZVQA 4J0LA 4XJGA 1LSDA 5FHWA 4CJ2A 5I5QA 1GF6A 4DYGA 5I54A 1B7LA 4I8SA 3LHMA 1LJEA 1DQJC 1NDMC 4YM8A 3TXHA 1IWWA 4B49A 1SLYA 2BQKA 1YAPA 4LZTA 3WW5A 2DQHY 4NG8A 4J1AA 1MELL 1KIQC 1IO5A 4Z3MA 1XGQC 3A34A 1INUA 4ET8A 5IELA 1JJ1A 4DD7A 1GAYA 4H8ZA 2D4IA 1D0LA 1LSFA 1ZVYB 4TWSA 2GV0A 3LN2A 5APFA 1UIEA 2D4KA 4NSHA 4GCBA 3W6FA 2ZIKA 1WVVA 1LYYA 2BQDA 4NWHA 4LFPA 1B5YA 2IFFY 1B2KA 3TXEA 5KXZA 1FKVA 1JKBA 2N5ZA 4GCEA 1IP2A 1NBYC 1B5ZA 3A91A 2HUBA 2Z12A 4LYBA 4EOFA 5LVHA 4B4IA 2W1YA 1CNSA 1JITA 3WU9A 4MSTA 4WM3A 4H8XA 1BVKC 1IWUA 3AZ6A 1HERA 1OUBA 1LZ1A 1RFPA 3N9CA 2Z37A 4U3XB 5II3A 1OUDA 4LT3A 1LSEA 2FYDA 1OUJA 2EQLA 1LZTA 4BAFA 2Z18A 1QTEA 4AXTA 4NGYA 4N1EI 1YIKA 1LHKA 4XENA 1OUGA 1UC0A 6LYZA 2H9KA 1FKQA 2YDGA 1O23A 3P68A 5KXKA 3LYMA 4H92A 9LYZA 4Z41A 4AGAA 1D9UA 1IC4Y 1NQIA 4DWXA 1WQOA 1UIFA 4NSIA 4Z98A 2A7DA 2RSCA 5FEKA 3WVXA 1GWDA 1LHJA 1NMMA 1C46A 2HEDA 4LGKA 1BWHA 2MECA 4WLXA 2DQCY 2DBTA 3J6KA 4ML7A 4H9AA 5B07A 5KXNA 5LAGA 1QIOA 3AYQA 1CKHA 1G7LC 1SQ2L 3LZTA 4PJ2C 3A3QA 4H9EA 4GCDA 4J1BA 3WXUA 2MEFA 2D91A 5HNCA 4NHIA 3WUNA 1GE1A 1KIPC 4NG1A 4XJDA 1DI3A 1F6SA 5DN5A 3WPJA 4GCFA 4NGOA 1LJFA 4WM6A 5KXTA 1B7MA 1BWJA 2WARA 8LYZA 5B1GA 2F30A 3A93A 4KXIA 3TXIA 1GB0A 3W6EA 1FDLY 1HEOA 1V7TA 3A67Y 4UWVA 3WH1A 1LAAA 4DDBA 1IP7A 1IC5Y 3GXRA 1VDQA 4CFPA 1LKSA 2DQJY 1GB6A 1BB5A 1YL1X 4DD3A 3AZ7A 1VFBC 3IWRA 4WO6A 1YAOA 5APCA 1CKFA 1HSXA 5C6JA 3ATNA 4NSGA 4M6DA 4HTQA 3B0KA 4NHSA 1LZ5A 1IP6A 1VATA 1IWXA 1NKHA 1XGRC 1WVUA 1UICA 4ZFPA 4XJFA 4FJRA 1GFVA 1GBOA 1CJ8A 1GEVA 4LYOA 1NF5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XN6A 3TXKA 1L21A 259LA 2YBNA 1LJIA 229LA 4O34A 5FSTA 1D2YA 1L77A 4WG1A 211LA 3HU8A 1GFEA 3G3VA 4LYZA 1W6ZA 4I7OA 5KKIA 1FN5A 3PBLA 5I53A 1IOCA 2O4WA 1CV5A 7LYZA 3RW8A 1J1PY 1XJTA 3ATOA 1LTMA 2BQFA 195LA 3G3BB 1BVXA 3WYHA 2W1MA 4OW1A 2BQAA 4LT2A 1W08A 3T6UA 2NTHA 1FLYA 5KJ9A 3VWOA 1QDRA 3SB9A 1YQVY 1L18A 1QS9A 1QT4A 4EKQA 3SBAA 1GDXA 241LA 1QUGA 4WL6A 1IORA 1CKDA 1TDYA 4ZPUA 3CDVA 1CU6A 103LA 1D3JA 1L50A 3FADA 1DZBX 3HH5A 3DMZA 5F16A 4HPIA 4IATA 3CSQA 1MLCE 3AGHA 4G4CA 1GEZA 232LA 165LA 4ETCA 5B06A 3TMXA 1OVHA 1L62A 1OUFA 2CWIA 4H9CA 1AM7A 1L80A 5LVIA 4KL7A 2LYOA 150LA 1VDTA 3UONA 1CUQA 2BQNA 1T8GA 4TSBA 2B75A 1AT5A 4WM2A 1L05A 191LA 4PJZA 5C6LA 4I0CA 1L95A 2NTGA 1J1OY 1LZEA 1C6BA 1L0JA 1LZAA 1LYOA 238LA 5LXWA 1LYEA 3PDSA 1DYBA 5E4PA 1C6CA 1GBSA 3W3EA 1LYGA 1L49A 1L99A 1L27A 1L65A 1RI8B 3GUPA 4QGZA 4WM4A 4EKPA 3MGWA 1IR7A 1JUGA 177LA 4IJ4A 4CHXA 1B7SA 225LA 3RZ4A 2A4TA 1JTPL 4ETDA 1XGPC 4L41A 1LPIA 4GN3A 1JTMA 201LA 2HEEA 4LZMA 1YKYX 1KY1A 3HWLA 1TBYA 1XGTC 4ARQB 4DKLA 1KIRC 3QAKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XN6 A;  3TXK A;  4MCK A;  5I4Y A;  3D3D A;  4LYT A;  4NGI A;  207L A;  2YBN A;  4NGL A;  1LJI A;  3TXF A;  1CKC A;  1GB3 A;  1GFJ A;  1JTT L;  1OUH A;  1BB7 A;  5FDJ A;  4LYC A;  4B1A A;  4O34 A;  1AT6 A;  4LT1 A;  3TMU A;  3WL2 A;  4NSJ A;  1H87 A;  1D0K A;  1C43 A;  5FST A;  1LYZ A;  1GDW A;  4H8Y A;  3M3U A;  5KXP A;  1IY3 A;  1HC0 A;  1LJK A;  1IP3 A;  4WG1 A;  2VB1 A;  6LYT A;  2HEB A;  4ANR A;  1ALC A;  2I6Z A;  2PC2 A;  1GFE A;  2DKV A;  4PPO A;  1IP4 A;  1DPX A;  4N8Z A;  5DN4 A;  3ZVQ B;  5LYT A;  1LSM A;  1LCN A;  2HU3 A;  3A3R X;  4GCC A;  1BB3 A;  1LZ9 A;  5A3Z A;  4DD0 A;  4OOO A;  2ZYC A;  4LYZ A;  4OWC A;  3A6C Y;  3LYO A;  1JEF A;  1W6Z A;  5JEN B;  1GE4 A;  5F81 A;  2H9J A;  1FN5 A;  5I53 A;  5KKI A;  1IOC A;  1NWG A;  4M4O A;  2DQA A;  4CFO A;  1VAU A;  7LYZ A;  2Y8P A;  2HEC A;  3CB7 A;  1GF8 A;  3RW8 A;  1J1P Y;  2AUB A;  1UIA A;  4N9R A;  208L A;  2ZQ4 A;  4ETE A;  1LZY A;  3ATO A;  1LTM A;  1JHL A;  2BQF A;  2LYZ A;  1LZG A;  4H9I A;  3G3B B;  1T3P A;  4OWH A;  1BVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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