The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
69
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structure length |
69
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Chain Sequence |
KDPKFEAAYDFPGSGSSSELPLKKGDIVFISRDEPSGWSLAKLLDGSKEGWVPTAYMTPYKDTRNTVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
New approaches to high-throughput structure characterization of SH3 complexes: the example of Myosin-3 and Myosin-5 SH3 domains from S. cerevisiae.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
MYOSIN-3 ISOFORM
|
| total genus |
13
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| structure length |
69
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| sequence length |
69
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RUG A; 2L0A A; 1BB9 A; 2W0Z A; 1SSH A; 1GRI A; 3UF4 A; 2SRC A; 1PKT A; 1H92 A; 2MCN A; 4A63 B; 1KSW A; 2JS0 A; 2LQW A; 2JW4 A; 1E6H A; 2RMO A; 4OML A; 1X43 A; 2O31 A; 4RTZ A; 3NHN A; 2C0T A; 4RTU A; 1VYU A; 2EGA A; 5IHI A; 4K11 A; 2LMJ A; 1M30 A; 2YUN A; 1M8M A; 2K79 A; 1ZLM A; 1MV0 B; 3O5Z A; 2GTO A; 2HSP A; 3SEM A; 2W10 A; 1PKS A; 4AG2 C; 2F2V A; 1FMK A; 1T0H A; 2B86 A; 4Z8A A; 1I07 A; 1B07 A; 2LJ1 A; 2V1Q A; 2LJ0 A; 4IIO A; 4QT7 A; 2EYX A; 2ROT A; 2CSI A; 2KR3 A; 3VRZ A; 2J6K A; 2DL4 A; 4RTV A; 5L23 A; 4AFZ C; 3TSZ A; 1JEG A; 2KXC A; 1X6B A; 1UGV A; 2DNU A; 2A28 A; 3RBB B; 2AK5 A; 2FG0 A; 1UG1 A; 1T0J A; 1QKW A; 4OMQ A; 1K1Z A; 1UTI A; 1NEG A; 2RQR A; 2A36 A; 2ROL A; 4F14 A; 1ZUY A; 1EFN A; 2DYB A; 4HVU A; 1H3H A; 3PVQ A; 2YUQ A; 1UFF A; 2YDL A; 3EG2 A; 1CKA A; 3GBQ A; 1K0X A; 1SHG A; 3U23 A; 1GL5 A; 1UHC A; 2EQI A; 2OI3 A; 2E5K A; 4J9F A; 4AFU C; 3VRY A; 2O2O A; 1BU1 A; 2JXB A; 4OMM A; 2KT1 A; 1SEM A; 1YP5 A; 3H41 A; 4JPB W; 4J9D A; 2CT3 A; 2FRW A; 2J05 A; 1TUD A; 1WXT A; 1YCS B; 4HCK A; 2DL3 A; 4RTY A; 2A08 A; 1NEB A; 3VS4 A; 2C0O A; 1UEC A; 3JV3 A; 2KT8 A; 2LP5 A; 4J9B A; 2DLP A; 1BK2 A; 1GCP A; 2JMC A; 4WCI A; 2XMF A; 3NMZ C; 3FJ5 A; 1PNJ A; 4HVV A; 2DBK A; 1GBQ A; 1X6G A; 2EYW A; 4LE9 A; 1K0S A; 4GLM A; 2FEI A; 2FRY A; 1X69 A; 1JU5 C; 4IIM A; 1OEB A; 4ZNX A; 2YUP A; 5FWB A; 1MUZ A; 2D8J A; 2VVK A; 2F2X A; 3EG1 A; 2KBT A; 2GGR A; 2RQV A; 2MIO A; 5GJV B; 4RTT A; 4J9E A; 3PVL A; 3SHW A; 1G2B A; 2J06 A; 1X2K A; 1SRM A; 4J9I A; 5I22 A; 3QWX X; 1E6G A; 1HSQ A; 2EGE A; 1HJD A; 1WXB A; 1WYX A; 2KRO A; 1WFW A; 1NM7 A; 1V1C A; 2JTE A; 1Y0M A; 3EGU A; 1E7O A; 2ABL A; 2EKH A; 2FPD A; 4CC3 A; 2C0I A; 1QWE A; 1HD3 A; 1ZSG A; 2DE0 X; 4RTX A; 2K7A A; 2RQW A; 1ZBJ A; 1U5S A; 5I11 A; 2CDT A; 4J9H A; 1VYV A; 4F17 A; 2M0Y A; 2LNH B; 2HBW A; 5GJW B; 1JXM A; 2EW3 A; 1OPK A; 3VS7 A; 2O88 A; 2DL8 A; 2EVR A; 2LJ3 A; 3R6N A; 1AOJ A; 3UAT A; 3M0R A; 1NLO C; 3UA6 A; 1RLQ C; 1Z9Z A; 4LUE A; 1QWF A; 1H8K A; 2SEM A; 2GNC A; 1UUE A; 1W1F A; 3CQT A; 2PTK A; 2RQU A; 4LN2 A; 1AWW A; 1T3L A; 2LCS A; 4R0K A; 2JT4 A; 1OV3 A; 1J3T A; 1KFZ A; 2GBQ A; 1M3C A; 1PRM C; 4D8D A; 2FPE A; 2RPN A; 2PZ1 A; 2KYM A; 2DJQ A; 1K9A A; 1I1J A; 2HEQ A; 4D8K A; 1AWO A; 1OPL A; 2PNI A; 1CSK A; 2L3P A; 3EG3 A; 5FW9 A; 2DRK A; 1QCF A; 3NGP A; 1T3S A; 2D8H A; 4EIK A; 1WIE A; 1RI9 A; 2KE9 A; 1UJY A; 1SPK A; 4CC4 B; 2P4R A; 1JQQ A; 4CC7 A; 2H8H A; 3EHQ A; 4OMN A; 1ARK A; 2JS2 A; 3ZL7 C; 1JXO A; 5IH2 A; 2NWM A; 1GCQ C; 1U06 A; 4F16 A; 1YWP A; 2FPF A; 2DA9 A; 2ECZ A; 4KRT A; 2K6D A; 4AFS C; 1ZUK A; 2DX1 A; 1PRL C; 1AVZ C; 2DBM A; 2IIM A; 4ESR A; 3C0C A; 2JM9 A; 2EGC A; 1YWO A; 3ULR B; 2FO0 A; 1SHF A; 2DL7 A; 2MOX A; 1WA7 A; 1FYN A; 3H0I A; 4HVW A; 1VYT A; 2YSQ A; 4Y92 A; 2CT4 A; 3KFV A; 1W6X A; 1YN8 A; 2CH4 A; 2AKL A; 2DL5 A; 3EHR A; 2HCK A; 4J9C A; 3NPF A; 1KJW A; 4LNP A; 3M0U A; 1XOV A; 5EC7 A; 1GBR A; 3M0P A; 2CUB A; 2L3S A; 2DMO A; 1NYG A; 2DF6 A; 2J6F A; 2YT6 A; 1AD5 A; 1AWJ A; 1WXU A; 1IO6 A; 2I0N A; 1GFD A; 2LZ6 B; 2D1X A; 4ORZ A; 2RQT A; 1WX6 A; 2L2P A; 1RLP C; 1KIK A; 2J6O A; 2GQI A; 1S1N A; 2GTJ A; 2KEA A; 2JMA A; 4OMP A; 2A37 A; 3VS1 A; 2KGT A; 2M51 A; 1AZE A; 1ABQ A; 2NUZ A; 1SRL A; 2LX7 A; 2DRM A; 2EBP A; 5HCK A; 2DM1 A; 3I35 A; 4RTW A; 2D0N A; 3UA7 A; 3QWY A; 4AG1 C; 2EYY A; 3TSW A; 1RUW A; 4OMO A; 1WI7 A; 2BTT A; 2AKK A; 1Z9Q A; 3VS5 A; 2KNB B; 1G83 A; 2AZV A; 2BZY A; 3M0T A; 1GCQ A; 1PHT A; 2EPD A; 1UDL A; 1UE9 A; 3PE0 A; 1M3A A; 2RNA A; 2KYB A; 2ED0 A; 2RN8 A; 2KRS A; 2DVJ A; 2J7I A; 2EYZ A; 1U3O A; 4DEX A; 1QKX A; 1W70 A; 2AZS A; 1K76 A; 2L3Q A; 1NG2 A; 1CKB A; 2HDA A; 4FSS A; 3VS0 A; 3I5S A; 2X3X D; 4JZ3 A; 1JO8 A; 3THK A; 2YUO A; 1TUC A; 4J9G A; 2LQN A; 1WLP B; 1TG0 A; 2CRE A; 2F2W A; 4JJD A; 1NLP C; 1X2Q A; 1ZX6 A; 4X1V A; 1PWT A; 2O9V A; 1UHF A; 1X27 A; 2G6F X; 2ENM A; 3I9Q A; 4GBQ A; 1WDX A; 2K3B A; 1MV3 A; 2RF0 A; 3H0F A; 2K9G A; 3H0H A; 4CC2 A; 5IHK A; 3REB B; 3I5R A; 1M3B A; 1I0C A; 1BBZ A; 2VKN A; 2BZX A; 1K4U S; 3VS6 A; 1AEY A; 4JJC A; 3EG0 A; 4Z89 A; 4M4Z A; 1N5Z A; 3REA B; 5ECA A; 5IXF A; 1UJ0 A; 2ED1 A; 1LCK A; 5FWC A; 2OJ2 A; 1GFC A; 1QLY A; 3A98 A; 2QDL A; 1YNZ A; 1A0N B; 2DIL A; 4AFQ C; 2BZ8 A; 3VS3 A; 2CUD A; 2KRM A; 4HXJ A; 1VA7 A; 1Y57 A; 1AWX A; 2X3W D; 4LUD A; 5IXB A; 3M0S A; 3M0Q A; 3RNJ A; 3TVT A; 3IQL A; 2K2M A; 4E6R A; 1M27 C; 2CSQ A; 2CH4 W; 2KRN A; 1ZUU A; 4DEY A; 1NYF A; 4JJB A; 1B3Q A; 2OAW A; 2V1R A; 5IHN A; 1OOT A; 3VS2 A; 2JM8 A; 2KXD A; 1AZG B; 2VWF A; 2O9S A; 4Z88 A; 4JZ4 A; 1ABO A; 2ESW A; 3LH5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L0A A; 2W0Z A; 3UF4 A; 1PKT A; 3CCJ Q; 4HT9 A; 2QQB A; 1X43 A; 1OQK A; 2LMJ A; 1KQS S; 3MET A; 2DPP B; 4JS4 A; 4O6J A; 1ZLM A; 3C94 A; 5LJ3 g; 1RAE B; 3QZ5 B; 2E6N A; 1VQ4 Q; 5CO7 A; 2W10 A; 2X51 A; 3VU3 C; 3I55 T; 2DZC A; 2E41 A; 2ZPF B; 2RA2 A; 2J6K A; 3QDR B; 4FYY B; 3CCV Q; 3RKY A; 4RTV A; 2DFU A; 4IUU A; 3CC2 A; 3EG9 A; 1X6B A; 1UGV A; 2DNU A; 5GAN 7; 4IUV A; 3TCJ A; 1Q82 U; 4JJN K; 2AK5 A; 2FG0 A; 1VQL Q; 3L2U A; 3ZEH A; 1PSE A; 1FMV A; 2RQR A; 3UWN A; 4C0D C; 4WTO B; 4F14 A; 5KCO A; 1VQP T; 1ZUY A; 1EFN A; 3BDL A; 3I56 A; 5GAN 2; 4PJN A; 2OTL A; 4EPC A; 3EGD B; 2YUQ A; 2YDL A; 3EG2 A; 1CKA A; 4XU1 A; 2YLB A; 1K0X A; 2OI3 A; 4AFU C; 3VRY A; 4OMM A; 3G6E T; 3E2U A; 4XTU A; 2RH2 A; 3CCM A; 2EJF A; 2FRW A; 4NL3 A; 2J05 A; 5GAM d; 4HCK A; 2DL3 A; 2G3R A; 1D1C A; 2ZPI B; 1W2B A; 1OZ2 A; 4BI3 A; 2C0O A; 1UEC A; 4J9B A; 4PJO B; 1BK2 A; 3I55 A; 5EG2 A; 1R0C B; 2VGM A; 1YBY A; 3P8B B; 3AT1 B; 1TTH B; 2JMC A; 4ELY C; 3NMZ C; 4O5V A; 1YJN Q; 2VGN A; 5CIU A; 3JCM b; 2RO0 A; 1X6G A; 1RL2 A; 4C0Z A; 4GLM A; 4M78 D; 1WJR A; 4MMK A; 5IT9 E; 3OMG A; 2FRY A; 1K8A R; 2VB6 A; 3OS1 A; 3FLG A; 2CZ0 B; 3G4S Q; 2DTI A; 2RQV A; 3RER A; 4RTT A; 3URG A; 2BE7 D; 1G2B A; 3RUX A; 4KT0 E; 1MMD A; 4BY6 B; 2AHJ B; 3OYE A; 2LQK A; 5J26 A; 4M7A E; 2EGE A; 1M9S A; 2KRO A; 1DJ7 B; 3G6E A; 4P5N A; 2K3Y A; 3JCM W; 2PVG B; 3BFM A; 4CC3 A; 4F04 B; 2O01 E; 2DE0 X; 2HD0 A; 2WSE E; 4LD9 K; 3GLX A; 4E47 A; 3WXM B; 1ZBJ A; 4M77 F; 1U5S A; 4BI8 B; 2L3R A; 1JXM A; 2AIR B; 1X01 A; 2EW3 A; 1KD1 U; 2O88 A; 4PL6 A; 3R6N A; 1AOJ A; 3M0R A; 1M1G A; 2RHU A; 3ASK A; 1B7T A; 3GNG A; 1VQ6 T; 3J7A F; 2SEM A; 4A4E A; 2XHC A; 5GAN 6; 4JDS A; 2RQU A; 3CPW S; 2LCS A; 3ME9 A; 5IAY A; 2QQR A; 4GY5 A; 1J3T A; 1VQN T; 3GOX A; 1M3C A; 1JJ2 S; 4D8D A; 4C5H A; 3OYK A; 4M77 C; 3MCA B; 2HEQ A; 4D8K A; 4E7S A; 2PNI A; 2L3P A; 2X4X A; 4JUV A; 4PFP A; 4M75 G; 3CCE Q; 1T3S A; 1R77 A; 3CCL Q; 4EIK A; 2KE9 A; 4KGV B; 2HMA A; 4CC7 A; 1BKB A; 3EHQ A; 4OB3 B; 2JS2 A; 2QEX A; 2XG8 D; 2KSS A; 5GMK j; 4EMK A; 1U06 A; 4F16 A; 1YWP A; 3NTH A; 3A8M B; 2FPF A; 2KK4 A; 2ECZ A; 3V7S A; 4BB7 A; 2OTJ Q; 2QA4 T; 1BCM A; 2GQV A; 1G3W A; 1V76 A; 1AVZ C; 3C12 A; 1WJQ A; 2IIM A; 4QKU A; 4X9C A; 1PCX A; 2K5F A; 1WHH A; 3JCM h; 1VQ7 T; 4KUD K; 4MML A; 1HXD A; 1H64 1; 4DQ2 A; 4HVW A; 2RJD A; 1VQ6 A; 3CCJ T; 2YSQ A; 2CT4 A; 1W2B S; 2YLC A; 3BE3 A; 4PJJ A; 2CH4 A; 3CCR Q; 1ZSZ B; 4X9D A; 3VV0 A; 1K9M C; 2Z0W A; 2DL5 A; 4F7U A; 3FC3 A; 2QDY B; 3JB9 F; 1VQN A; 2LCC A; 5KE3 A; 1VQ4 T; 1XOV A; 4NS5 A; 3GNF B; 4E7J A; 1BI0 A; 2NYS A; 1NYG A; 2J6F A; 1KHC A; 2I0N A; 1GFD A; 4BD3 A; 2LZ6 B; 3Q1J A; 3OYG A; 1RLP C; 1KIK A; 2J6O A; 1S1N A; 2KMT A; 2GTJ A; 2JMA A; 5CKE A; 3MKD A; 3CC7 Q; 1ABQ A; 4FIB A; 2QA4 A; 1XJW B; 1VQL T; 4XTX A; 5CQX A; 1RAB B; 2R5M A; 2EBP A; 1BI2 A; 8ATC B; 2EQU A; 4M77 D; 3UA7 A; 1VQ7 A; 3KXT A; 3CCQ Q; 3VS5 A; 1N8R R; 2BZY A; 2LT1 A; 3M0T A; 4QVD A; 3QJY A; 3SWN A; 1D3B B; 2EPD A; 3V8J A; 2DVE A; 4KH0 B; 2R58 A; 3HRS A; 2VXE A; 3HPW A; 1VQM Q; 4PK4 A; 5GAN g; 1YHQ Q; 1QMC A; 1U3O A; 3HP9 A; 2AZS A; 1JBM A; 1MND A; 1K76 A; 3OYD A; 2DD4 A; 3QBY A; 1OI1 A; 4C8Q F; 1CKB A; 2XIC A; 3I5S A; 1JO8 A; 4OF1 A; 2WSF E; 1TUC A; 1YJN T; 1WLP B; 3NTK A; 2E3H A; 4LDY A; 1X2Q A; 1K8A U; 1BIB A; 1PWT A; 1PSF A; 1WGS A; 2K2V A; 1WDX A; 1MV3 A; 3ER0 A; 2K9G A; 3H0F A; 4M75 B; 2HSE B; 1VQL A; 1KQ2 A; 1HYO A; 2GFA A; 1X6O A; 2CZ1 B; 3VS6 A; 1MMN A; 1KC8 C; 1TSF A; 4JJC A; 3QKJ A; 4C8Q C; 1N5Z A; 2H3E B; 3REA B; 3FB9 A; 4XU2 A; 4NL2 A; 1I5O B; 2DO3 A; 2X4J A; 2JTM A; 4DBQ A; 1A0N B; 4AFQ C; 4PFZ A; 2CUD A; 2KRM A; 5GAN 4; 4QW2 A; 4LUD A; 5IXB A; 2YWW A; 3OY9 A; 3M0S A; 2LX9 A; 3TVT A; 3OYC A; 4E7L A; 4EMK B; 4C92 A; 1ZUU A; 2RHI A; 4DEY A; 3JB9 D; 4FYX B; 3LH0 A; 2KY9 A; 2OAW A; 2M9U A; 2O9S A; 4Z88 A; 3EH1 A; 5KYY B; 5CKF A; 2RI3 A; 5L8R E; 3TQ7 P; 4C0G A; 2KVQ G; 4RUG A; 1PD0 A; 2MPX C; 2JZ2 A; 4L6V 5; 3MHX A; 5FU7 B; 2F5K A; 4C5G A; 1H92 A; 2MCN A; 4A63 B; 5LJ3 e; 1KSW A; 2LQ8 A; 2JS0 A; 4QVC A; 4JRP A; 2K57 A; 3CBM A; 2RMO A; 2O31 A; 1VQO A; 2CGH A; 2EGA A; 2QQA A; 1S72 Q; 3CPW P; 1NBE B; 2NUP A; 4OMF B; 3MEW A; 2E4H A; 3CCL T; 1T0H A; 4Z8A A; 1BCO A; 5GAN h; 1M90 C; 5HK0 A; 3QPH A; 2DET A; 1I07 A; 1B07 A; 1IRE B; 5GAN 3; 2LJ1 A; 2LJ0 A; 2X4W A; 2P84 A; 3VRZ A; 2DL4 A; 1M1K U; 1JEG A; 3RBB B; 1N9S A; 4BI4 A; 1T0J A; 3OBW A; 5HY6 A; 4F7U E; 4C8Q D; 3G71 Q; 1QKW A; 4OMQ A; 1K1Z A; 1BI3 A; 1UTI A; 1NEG A; 5GAO n; 4M7D A; 2A36 A; 2BUD A; 2ROL A; 4HVU A; 3D7S B; 1UFF A; 4OB2 B; 1IHW A; 3SWN B; 1KD1 R; 1SHG A; 3U23 A; 2EQI A; 2BKD N; 4LDW A; 2CP0 A; 4M7A G; 4HCB A; 1YP5 A; 5GAM f; 4PJO F; 3OS2 A; 4M7D G; 1KG1 A; 1VQ9 Q; 4XTY A; 3PMI A; 2QGF B; 4EMG A; 3HHT B; 3VS4 A; 3VUB A; 1RAD B; 3LWH A; 3X28 B; 2PVO B; 4MZM A; 2LP5 A; 2DLP A; 2BIV A; 3EGX B; 3MPU B; 3CXC P; 4M78 A; 1QP2 A; 3FJ5 A; 2O4X B; 4HVV A; 1SG5 A; 3CC7 T; 4LE9 A; 2EYW A; 2MAM A; 1LPL A; 1Q81 C; 1D0Y A; 3BDU A; 4IIM A; 4LDV A; 3CCU Q; 5CKB A; 1Y96 A; 1ZQ1 A; 1N8R U; 4MZT A; 5LJ5 f; 2GGR A; 2HQH A; 3CCQ T; 3PVL A; 1Y07 A; 3RKW A; 3SHW A; 2GCX A; 3MP6 A; 1SRM A; 5GAM j; 5I22 A; 1QVF P; 1HJD A; 3C4S A; 4AT1 B; 1WXB A; 5GAN 5; 1YCY A; 3HRT A; 5C0M A; 1WFW A; 5GMK i; 1VQM T; 2MF2 A; 2JTE A; 1WJS A; 3C95 A; 3L2Q A; 1Y0M A; 1K9M R; 3OB9 A; 1YIT Q; 1NJI C; 3PT9 A; 4HA8 A; 5A0L A; 2ABL A; 2EKH A; 5I21 A; 5CR2 A; 4BY6 C; 1TOV A; 3E1S A; 3CME Q; 1LOJ A; 2E65 A; 1HD3 A; 5D7U A; 4UC4 A; 2D0Q B; 1VYV A; 2IG0 A; 3RES A; 5GAO q; 2M0Y A; 2QTX A; 3SB2 A; 2IPO B; 2EVR A; 1VQ5 T; 4N4H A; 2CP2 A; 3UA6 A; 3E19 A; 3CC7 A; 3CCS Q; 2COY A; 1QW1 A; 2GNC A; 1UUE A; 5LJ5 j; 1W1F A; 3CQT A; 2DIG A; 1YJ9 Q; 4LN2 A; 2QTV A; 3GIB A; 4FT4 A; 2ZGW A; 4A4G A; 1OV3 A; 4PLL A; 2GBQ A; 3NFC A; 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