2C16A

5-(4-carboxy-2-oxo-butane-1-sulfinyl)-4-oxo-pentanoic acid acid bound to porphobilinogen synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
333
structure length
325
Chain Sequence
FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAYASAYYGPFRDAVGSNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus 114
structure length 325
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2005-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2c16A00
5LHFA 4I9AA 1F6PA 2HSAA 3PF3A 4CQ8A 4FX7A 3WJYA 5TBOA 4N9CA 2V2CA 3STCA 4QAIA 4FX8A 4OV9A 4WJEA 3CB8A 5AC8A 1OJXA 1HG3A 3NQMA 4TMBA 1OX6A 3SGZA 2ISSA 4NNAA 3PWAA 3MHFA 3JRKA 3MI3A 4UCGA 2FPTA 1YDOA 3M41A 2J9YA 3B06A 3K30A 2GVJA 5AHEA 5KZEA 3IIVA 3ZR4A 4IX0A 1KM0A 4G1KA 1TJPA 3FS2A 3BW3A 5AYZA 5CGQA 1C29A 2YXGA 3NPUA 2Z6JA 4YCPA 1K3UA 3U8GA 3TKFA 2C18A 3IVUA 3QSRA 3QFEA 2C3ZA 1ME7A 3DFPA 2A7RA 1RQHA 2W0UA 4XKYB 2NUXA 3WJZA 1W31A 1VYPX 2FPYA 2ZRUA 1WAUA 2QUTA 4NJJA 3AO0A 3W2NA 4JTJA 1ML1A 3QJAA 1ZHAA 2R94A 3CIWA 1AL8A 4OE7A 4CLMA 3HGJA 1A50A 3E9AA 1EB3A 4FNQA 3UY8A 2X1SA 2B7QA 1SU5A 2DZVA 1EWEA 2DZTA 1FWTA 4IQLA 5DXYA 2JKPA 2V0TA 1HO4A 3QZEA 4A22A 1J4EA 3NR0A 4IWWA 4MFDA 1BWLA 1V5XA 8TIMA 3G24A 4DPPA 2DZSA 3I7RA 5CKSA 5FF2A 3MMTA 2I1OA 3HG5A 1ZAIA 4A21A 4ORIA 3TW6A 3CEPA 5U7SA 3C56A 5CZ0A 1G4TA 3QYQA 1VS1A 4Y6GA 3E96A 4M6PA 1YTEA 2Z2UA 1FWSA 4JS3A 3GNNA 4WUIA 4BI7A 4RXFA 2VEIA 3DFNA 1TPC1 3L0NA 3G3DA 5LGZA 4QQ3A 2Y7DA 4N9BA 3IEBA 4IJBA 4WXZA 3UWUA 2R8WA 4DF2A 1HL2A 3LRLA 1LOQA 1FCQA 1RPXA 4R33A 3QMRA 2Y70A 4UFJA 3H53A 4EIVA 1TRDA 3PM6A 3TMLA 4EVZA 4FIRA 4FHAA 2C0AA 4WOZA 4FNSA 5LNWA 2WNNA 4N4PA 2CLOA 2NV1A 1MSSA 2Z1BA 4Y90A 3GB6A 4NJHA 5FEPA 3V75A 2WKJA 1M7OA 1VQTA 4TU1A 1EEPA 3WK2A 3NGJA 1DJQA 1IXPA 3LV5A 3DFSA 1OHLA 1R47A 4Y96A 2ZFAA 3LXCA 2A2IA 3W07A 4LY8A 1JCNA 2WO5A 2ATSA 2ZA2A 3ABOA 4JTSA 1CI1A 1FXQA 2Y6ZA 5D05A 3S1WA 1XM3A 3PBVA 3YPIA 4UTLA 3TQ0A 4KFPA 5KMYA 3L5AA 2ZZ5A 3N9SA 3M44A 1B9BA 1L9WA 3L66A 4C1LA 3ZWTA 1KM3A 1GT8A 1FCBA 5H91A 3Q2DA 2OMAA 3GDLA 2ZTKA 1KM1A 3G1YA 2V81A 1YXYA 3LCLA 3F4WA 2PE4A 4D2JA 3HMJG 3TSMA 1OX5A 4AAJA 4O1DA 1TPEA 1OYBA 1QAPA 2CW6A 1ONRA 2NV2A 5E93A 2A6NA 1MEIA 1JCYA 1YPIA 3OA3A 3S42A 3UNDA 1THFD 3MWAA 4UUIA 4QSHA 5DN1A 5G4WA 1WX0A 3L2IA 3LLFA 2R14A 2NXIA 1JQVA 2QR6A 4O52A 1Z48A 4WY0B 3W7HA 2WJZA 1DOSA 5D2YA 1YXDA 3TAOA 4MOZA 1SZFA 3W7MA 3EX3A 4UTJA 3NPWA 1H1YA 3A5FA 1TV7A 4UFIA 1G7UA 3NQEA 1T8XA 3ABQA 4K7VA 4K37A 2TPSA 3C61A 3NQ8A 1KTBA 2UV8G 3TQVA 2DZPA 5C54A 2E1DA 1HO1A 3NG3A 1TRIA 3A24A 3LOTA 4ML9A 4M7SA 3LHYA 1MZHA 5D33A 3UD6A 3HJZA 1LZOA 2B0MA 2QF7A 4JYDA 2E5BA 5HUOA 2GQAA 1SZGA 4GBUA 3WJWA 2CWNA 4FO4A 1Z44A 1RVGA 3TU9A 1A5SA 4ZL1A 2E6YA 4JYEA 2YZRA 1GPWA 3W7PA 2Q3RA 4O16A 2GVGA 3R8RA 2YW4A 3NL2A 5DBTA 1XCFA 2FDSA 4O11A 3G1AA 4K7YA 3RMJA 3C6CA 3SW6A 3RLUA 3S5NA 5BW6A 4OWGA 4IOTA 1G6CA 1P0KA 1X6UA 1W8SA 1OABA 2GJLA 1JVNA 1BEUA 1GTEA 4GNJA 3G1DA 3S5OA 1I2OA 2CZEA 3BG3A 1FX6A 4BWLA 4O0ZA 1P4CA 2JK2A 3DFTA 3N14A 2DJXA 4X3ZA 5I3JA 4IX2A 1CW2A 2QJHA 3GKAA 4GWEA 4CQAA 4LS2A 1PHWA 4RZ5A 3UPBA 1SW3A 3OVRA 4A2SA 4FX6M 5LNUA 4UXDA 2ZZ3A 4NUWA 5LZLA 1M7PA 1H7WA 5LNSA 3L0KA 2QCLA 4FNTA 1K8XA 1G4PA 3LBCA 4UFLA 2E68A 3M6YA 2JKEA 2BWGA 3JR2A 1GVSA 1GVFA 2I9EA 2Y7FA 2JKAA 5D04C 3GZ3A 1O95A 5I3IA 5F4SA 3W7NA 3GNDA 3S1VA 1LYXA 4JTKA 4JX6A 4TX9A 3N19B 2ZRZA 4O8RA 2WQPA 1XXXA 1TCDA 3N73A 3NXFA 2WSRA 4OU1A 5K7JA 3EXSA 2JGQA 4MKNA 2VELA 3PG9A 4A2RA 1ME8A 1OYAA 4JICA 1PL9A 2BLEA 3GX9A 5AB3A 1OFPA 4YWIA 3PB2A 5HNRA 4UTUA 4S2BA 3W3OA 5HQEA 3ZWSA 2PCQA 3EWBX 4WXYA 2WV8A 4HPJA 1C9DA 1H1ZA 5KITA 5LGXA 3GXTA 4RCXA 3WK1A 4UTKA 1Q3NA 2GOUA 3NAVA 3P7YA 2OZ0A 5D37A 4ONVA 2H6RA 1H61A 1U5JA 3MI2A 5AYYA 3PUOA 1MEWA 3CWOX 4JD4A 2DP3A 3LHUA 2NLIA 3IGSA 5D2WA 1W5NA 2Y7GA 2V2HA 3G0UA 1SO6A 3LHTA 3E02A 1WDWA 4HKPA 4UMCA 4JGDA 4GFSA 4IPIA 3QSTA 3T4CA 3W7EA 1TO3A 4MVAA 2A21A 4J9JA 4NXKA 4FNUA 1W5QA 3O05A 5LNRA 1SZNA 4CCCA 1E51A 5D32A 5DY3A 5KSWA 3G1FA 3ANYA 2QCDB 3CWNA 1LRTA 4Q4KA 4RR4A 4JIQA 2B7PA 1TPDA 1SO5A 2H8XA 4ZQMA 1N7KA 2A7NA 3CC1A 1WOAA 5D02A 2OT1A 1GG0A 5T26A 3DAQA 3C2FA 5F2MA 2LLEA 3FYOA 4NZFA 1VGAA 1P1XA 1FBAA 2E09A 1YDNA 2NUWA 1H51A 3QMTA 3NQ7A 4N2YA 3T40A 3W7OA 3P84A 1L6YA 3BW2A 1KV5A 2Y88A 2BSLA 3L68A 3GAYA 4XTIA 4O0KA 4MY9A 4RKAA 5HMSA 3PSVA 4N9EA 3W2JA 3CU2A 2RDUA 3KXQA 4O17A 3THQA 2E5DA 4JDBA 3U2OA 3MHUA 3N34A 3PSWA 1AMKA 3M47A 4UTWC 3E0IA 3WK3A 2RHGA 2TSYA 3TJXA 4YL2A 2QAPA 4KKXA 3F1QA 4CCEA 1F05A 5C6MA 2XN0A 5HJLA 4O14A 3UWQA 4AB4A 2DZUA 1LCOA 1IXOA 3P74A 4JTIA 2WSYA 3PC0A 1H50A 4LRSA 4BR1A 4E2DA 1A5CA 3UXAA 1ZAJA 1YPFA 3W7JA 3TC6A 1JQXA 3I7SA 1UBSA 4LVBA 5A8GA 5AC6A 3M5XA 3R89A 5HWNA 3FEMA 3LGEA 2HS6A 3BVJA 1I2NA 2J88A 2OCZA 2D73A 1XDMA 3QPYA 4JNMA 3W7KA 2C1HA 1KFEA 4GUHA 3HIJA 4RK8A 1VCGA 2J9ZA 4RX0A 4Y8FA 2ZA3A 5EL1A 1EIXA 4FNRA 2OX1A 1L6SA 1RR2A 4O4VA 3LHWA 1QPQA 3PBUA 4P2VA 2QDHA 4DEFA 4HNTA 3TR2A 2V8ZA 2Y85A 4IMCA 1PV8A 1CX9A 2NUYA 3DKLA 1I45A 5DCEA 4OQVA 5BMWA 1XBXA 3BO9A 2E6DA 4RZ6A 3P60A 4RLIA 4OHQA 4LC6A 3NOEA 4LVAA 4HNNA 3W6YA 1YTDA 2Y89A 3EKLA 1X1ZA 4HIBA 5K9DA 4MJZA 1KV8A 2ZDRA 4CCDA 5EPDA 5KZMA 1DJNA 1W37A 4M7TA 1TTJA 4LW7A 2BZNA 3LI1A 1XFBA 2W6RA 3G1HA 1FDYA 4MY8A 1D3HA 5HR6A 1FQ0A 4MY1A 3UZJA 1VCVA 2QKFA 1TPFA 5K4ZA 1V7YA 5EYWA 4AF0A 1YYAA 5H2ZA 5LSMA 1DL3A 5BNKA 4ICNA 1VC4A 1KTCA 4K8HA 1XUUA 1KM6A 3GIYA 1H7PA 1OF8A 1KLYA 1QOQA 4ZQRA 2FFCA 3SI9A 2NWRA 1H62A 3CIXA 1LRNA 2H8ZA 2VFHA 1FWRA 2Z6IA 3HGRA 3TX9A 1N55A 4FIQA 2CZ5A 1H63A 1ZFJA 2VEMA 3W7LA 4IPJA 5BMXA 1O60A 2PC4A 3EB2A 5E0KA 3W73A 4OT7A 4HSNA 3LTYA 3M5VA 3W1AA 3O6DA 1X1OA 3EX1A 3MP4A 3EXRA 2DORA 3S1XA 4O15A 4XTDA 1I2RA 2P0OA 1OX4B 4BI5A 4LC8A 5C2XA 3G8EA 2CLLA 2V9DA 4LRTA 4C1KA 1VCFA 4HT3A 1FDJA 6ALDA 3MJYA 1OFBA 1ADOA 3B0UX 3EWXA 3FJ6A 5IBXA 2QJIA 2NX1A 3OIXA 3LDVA 3L65A 4O1BA 5G2HA 3C52A 3DH7A 1H7RA 4UR7A 5L9FA 1FDZA 4NJGA 4GUGA 3GDKA 3O06A 3NQDA 1Q6QA 3S8HA 1RQBA 4UMAA 4LT9A 4WY0F 2C13A 3KFTA 3LTSA 3NNTA 4AEOA 3TUUA 4XZ9A 3SGUA 1VHNA 1FCVA 1O4UA 3RLVA 3LERA 2A85A 1F73A 3R5EA 2VC6A 1TSIA 4MJMA 3RNDA 3STGA 3S6DA 1OFOA 3FKKA 4A3UA 2JGYA 3OBKA 3G3MA 3IVSA 3VFLA 1F2JA 4KWVA 3LV6A 4QITA 2VFEA 3MHGA 3NYZA 2EPHA 2TRSA 3OG3A 3FKRA 1T96A 1XC4A 5KTLA 3DENA 1B4KA 5K9CA 4B5NA 4YLWA 1LBMA 3N9RA 2P1FA 1DHPA 5HWJA 1XBZA 4DQWA 4YXGA 5D2TA 2FIQA 4FB7A 3B03A 4NXSA 1ICSA 3W7DA 1KBJA 1JUEA 1WBHA 2YSWA 3UYCA 4ADSA 4JTEA 3RU6A 1U83A 4WOQA 4O18A 1A5BA 2E5CA 5EA9A 1EA0A 3G1SA 3SECA 5FF3A 2QEZA 3FJLA 2YDAA 3C2VA 3I7QA 3W7QA 2QCMA 3C8FA 1ME9A 3P82A 5I3KA 1GVOA 2NWSA 3S5ZA 3NZ1A 3T55A 1TJRA 1SO3A 3BLFA 1NAL1 4IXXA 4GXMA 3W9ZA 4O50A 1FY6A 4EF8A 4GE8A 2JBMA 1Q6RA 4OBTA 4NJIA 4ZMGA 2ABBA 3NZRA 4UTMA 3W87A 4LOCA 1DQXA 1G4EA 5E1QA 1RQEA 2J27A 1BWKA 3LCXA 5KZDA 4HPXA 3L5MA 1I2QA 4FNPA 1W54A 1VZWA 1I8JA 3R13A 3M5ZA 3Q37A 4MUZA 3WFAA 3R12A 4AXKA 4JX4A 3GR8A 1PCKA 1LM1A 3L21A 2GQ8A 3W76A 3SZ8A 5I3HA 1WXJA 3LCGA 4M5PA 4Z1DA 4MYAA 1ZALA 4JTTA 4MIMA 2CLEA 3W2MA 4RZ4A 4UC5A 3HOJA 4WZHA 1EP2A 1GEQA 1ICQA 3C0JA 3NVTA 5G1TA 2BXVA 4K8EA 1QO2A 4QNWA 4EF9A 1X8FA 4O10A 3A21A 1VH7A 3TFCA 1G4SA 1QPOA 2EAWA 3BG9A 3A5VA 4UFKA 2G5WA 4Z1CA 3HG3A 1FXPA 4DXVA 4M19A 1K7FA 3R2GA 3PVFA 4BFAA 2XFWA 4UNKA 5F4XA 1JJKA 3O1NA 1VRDA 4PL1A 3KVJA 1AG1O 2V82A 3P8IA 3C2OA 2NX9A 3S5YA 4LU0A 1OVDA 3P8JA 1IXNA 5L6UA 3LCFA 3DHFA 1J5TA 4I7UA 1F74A 2RH9A 1H7XA 4CNOA 3LRKA 4LV4A 4JXCA 3TE9A 4PODA 5MHBA 4MFEA 1DKWA 1PS9A 2VEPA 4N6EA 5CSSA 4W9TA 2F84A 3QH2A 2OT0A 1DVJA 1Q6LA 1Q45A 2AAMA 4FEZA 1MEHA 1H7OA 2BX7A 4JTUA 1N8FA 2GJNA 2FB2A 1JRBA 1Q6OA 5CZSA 1WA3A 1KFJA 3EWYA 1NFBA 5K4XA 1F7BA 2X1RA 4Z0SA 5LHEA 1F6KA 4ZQPA 3W2UA 3HG4A 1L2UA 2J24A 2QCFA 4H6KA 1QWGA 2R91A 3GXNA 4Q33A 1XBYA 2QCDA 3S1UA 2B7OA 3KX6A 4UNLA 2J6XA 3NQ6A 3HGOA 4XUGA 2Q3OA 4AHQA 3HBLA 4O13A 3W23A 2VFFA 4DO6A 5DY2A 3MYOA 3ZFHA 3BV4A 3W83A 4GUFA 1K02A 4O57A 2GQ9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z42 C;  1DWJ M;  2WM0 A;  3QHO A;  4Q4S A;  2YBU A;  5CC6 A;  2HSA A;  4HN8 A;  3V18 A;  1ZP3 A;  4CVU A;  2V2C A;  1SMD A;  4QAI A;  1HZY A;  1KBK A;  2VEG A;  2OYL A;  4N0R A;  3CB8 A;  2B81 A;  3NQM A;  3MHF A;  1RJR A;  3DC8 A;  1YDO A;  2EEX A;  4EPE C;  5A6J A;  3IIV A;  5J04 A;  1E6P A;  2YXO A;  1E72 M;  5AYZ A;  4IGM A;  2YXG A;  4YCP A;  1K3U A;  1IZK A;  2YKK A;  4C6I A;  3E2S A;  3WQ8 A;  2P76 A;  4KCW A;  2B31 A;  4XKY B;  3WJZ A;  1W31 A;  4Z2H A;  4UB9 A;  2FH6 A;  2ZRU A;  1OT2 A;  4JTJ A;  1ZHA A;  3MSR A;  5CSY A;  1A50 A;  4HBK A;  1R3Q A;  4GIR A;  1E70 M;  2D0H A;  3R1Z A;  3UY8 A;  1RY0 A;  2B7Q A;  3RHG A;  2JKP A;  2V0T A;  4XD6 A;  1KO0 A;  1VEN A;  2UZ9 A;  1UP2 A;  1RCQ A;  1PKM A;  4MFD A;  1BWL A;  3OBE A;  4YVP A;  2ZUM A;  1QOX A;  1TWZ A;  3I7R A;  5CKS A;  1VBU A;  2GVE A;  3MMT A;  1ZAI A;  4ORI A;  5U7S A;  3C56 A;  1ZU8 A;  4ZO7 A;  3QYQ A;  1FWD C;  3ARR A;  2Z2U A;  3WLT A;  1UP0 A;  3R94 A;  4UZS A;  4RUB A;  4PUD A;  3VGG A;  1TPC 1;  3PJX A;  2XYL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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