2CEMA

P1' extended hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol in the transition-state mimicking scaffold
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL PROTEIN
publication title Microwave-Accelerated Synthesis of P1'-Extended HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimicking Scaffold.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2cemA00
4LHHA 3PEPA 2OAHA 4XX4A 5P22A 4FLGA 1APUE 1IZHA 2FGVA 5P42A 3OXWA 4U7QA 5OYSA 5P2TA 5P4RA 5P2FA 3S8IA 3SA7A 3MWSA 3L5BA 5P56A 2WECA 4A6CA 1RQ9A 3ZLQA 1LYAA 1WKRA 1DW6C 5P71A 2PK6A 5OZEA 4XKXA 3VSWA 1W5XA 2OF0A 4S1GA 4QGIA 2I4DA 3K5GA 3GI5A 1A94A 1AJXA 3TOHA 1T6GA 3FIVA 1HVJA 5P53A 2H6TA 2P4JA 4Y4DA 3AIDA 3KN0A 2NTRA 4HE9A 4Y4WA 5OZOA 4Z2ZA 1MEUA 1ZSRA 1KJGA 3NU6A 5P2NA 4Y4AA 5OZMA 3NU4A 2BPXA 3BGCA 5P5NA 3N3IA 4CMSA 5P0ZA 5P0SA 2HIZA 1ZAPA 2IGYA 3KYRA 5OZUA 5P76A 3I2LA 3KMXA 1UH8A 5P8VA 4ZE6A 3O9DA 5P25A 5P3KA 5P0AA 4L7JA 5SXNA 3SFCA 5P4ZA 3UDMA 4L7GA 5P87A 2AOHA 5OZHA 1MUIA 3QS1A 1NPWA 4Y3XA 4YDGA 3ZMGA 2R5PA 1T3RA 3INEA 4GMIA 2OHRA 2WF0A 1C6XA 4OBZB 5P0NA 1HTRB 5P1IA 1HVKA 6APRE 2PWCA 4FCOA 4I0HA 1HVSA 3L5EA 3ST5A 4AA9A 2F8GA 1ODYA 3VYFA 5P2CA 3WZ8A 3OQKA 3DK1A 5P2SA 3VF3A 4RRNA 2QHZA 1Z1RA 5P82A 5P6YA 1B6PA 5P28A 5P2WA 4FM8A 3NDWA 1K6PA 2NNPA 4PZXA 4NKKA 3BC4A 1LF2A 4TRWA 1EAGA 4A4QA 1DIFA 1OHRA 3OGQA 2AZ9A 5P1NA 5OZXA 5CONA 4EP2A 1G35A 5P4WA 3S45A 5P65A 5P5FA 5P74A 3UPJA 5OZIA 3ZKGA 4QJ7A 2AVOA 1B6JA 2ER9E 5OYRA 3IVIA 3EKPA 4OBHA 1HHPA 2Z54A 4M8XA 1C6ZA 1HVRA 5KQFA 2B42A 5P8FA 3UHLA 4Y4EA 4NJVA 5P3MA 1B5FB 3CKRA 5ISJA 4Y5BA 5P6FA 3S53A 3FNSA 4KE0A 3BHEA 4Q1WA 5OYWA 5P07A 4B70A 1LYWA 4FIVA 5P3WA 5P2RA 4J0VA 2PYNA 1XN2A 1CMSA 3KDDA 4LXKA 9HVPA 5KQXA 4I0EA 5OZWA 1T7JA 1EC2A 3VFAA 5P1DA 5P0CA 3EL1A 3KT5A 3CKTA 5P3IA 4B77A 1SMEA 5P5EA 1SIPA 5P4EA 5P45A 5P19A 2Q64A 1FFFC 5P3HA 1FKNA 3OK9A 3INDA 1YT9A 5P5MA 4YA8A 1PFZA 2AOGA 4ER2E 3MSJA 5P12A 5P5CA 3DCKA 4DJWA 5OZPA 2IRZA 4TVGA 5P7YA 3UDNA 5P1MA 2I4XA 1MRXA 4TRZA 5P4HA 1D4YA 1ZPKA 3S85A 5P05A 4OBGA 2QU2A 4Q1YA 3OQFA 4FM7A 1ZBGA 5P6TA 1K2BA 5P0HA 3LIXA 4K4PA 4CPUA 2ER0E 4DJPA 2AVQA 4Y3YA 3PLDA 2R8NA 1MT9A 3PWWA 3APRE 4YD4A 3ZKIA 3NWXA 5P6AA 4HA5A 3KFPA 3EL5A 3UDHA 5P86A 4AA8A 4EP3A 4ZPEA 5BWYA 2HPFA 3DOXA 5P5RA 4CPTA 3QRVA 5JODA 2NPHA 1HTEA 3PLLA 4DQCA 5P4YA 5P1KA 2ER6E 3PSGA 3VF5A 5P3QA 3AUPA 5COPA 4EJKA 1HRNA 1TCWA 2V0ZC 5OZ1A 1QBSA 3URLA 5OZSA 2FDDA 3TLHA 1M43A 4AUCA 5P8CA 1MSNA 2P3BB 3BVBA 1PROA 2XFIA 1E82E 2RMPA 3PVKA 4Y4XA 5DR0A 4OC6A 5P69A 4FGXA 4I8ZA 5P0GA 3GGXA 3UFLA 5P5SA 4Y48A 1QDMA 2AZ8A 5SY2A 2ER7E 1HPXA 3QROA 4TVHA 1FG6C 2NR6A 3T6IA 3OQAA 5P6ZA 4NJUA 2WF1A 5P84A 1C6YA 5P2MA 1YM2A 1W51A 3K5FA 3RSVA 5P6IA 5P6LA 5P46A 3L38A 3SAAA 3T7XA 4YCTA 2HS1A 4Y38A 1B6LA 1PPLE 2JYSA 3RTHA 4OBKA 5P0FA 2ZHRA 5EZXA 4DJRA 3ZPSA 2FXDA 2ZJIA 3BUFA 4RVJA 5OZFA 5P7SA 4YHQA 2I4WA 3OUCA 2I4QA 1HSHA 3PB5A 3OXVA 3LNKA 3EL4A 4FL8A 3IXOA 3PSUA 5P34A 5P5QA 5P8NA 4I11A 3WB5A 4YDFA 2RKGA 1OEXA 3OUDA 5P4DA 5P4OA 3UF3A 4U8WA 1LYBA 2AIDA 5AH6A 2G69A 3R0YA 5P11A 5P3LA 3BUGA 4B05A 4LAPA 5P5PA 1XE6A 1HXWA 4DJOA 3CYXA 5P7XA 2F3FA 4BFBA 2BKTA 4Y3PA 2IQGA 3CMSA 5P4AA 3FSMA 3PHVA 1F7AA 4RVXA 1RL8A 2I1AA 4GYEA 3LPJA 2AVVA 5P7PA 5P51A 5P0VA 3CKPA 2H6SA 3O9AA 4HDFA 4HLAA 5P7QA 5P8GA 3KMYA 2UXZA 4DJQA 5P68A 3SO9A 4YD6A 5OZBA 3I6OA 4Y58A 2CEJA 4EHCA 2CEMA 4R5NA 3TOFA 3QVIA 3TPLA 3U7SA 2ZE1A 5OZDA 2NNKA 3NDXA 5P4LA 1UH9A 4YOAA 5P5IA 1IZDA 4GJBA 2G1RA 1AAQA 5P47A 2I4VA 3JVWA 5P08A 3U71A 2OHKA 5P7UA 5P6QA 3GI4A 3C9XA 5P1BA 2J9JB 3G72A 2JJJA 3MSKA 5DPZA 2AQUA 4F75A 3OAGA 5P0YA 3NR6A 4R92A 4Y3JA 1YTJA 5P0WA 4K4QA 1W5WA 3CIDA 5P2YA 3OADB 2ZJJA 4ZEAA 5P8TA 3KFSA 1KJ7A 4R91A 1HPSA 1PSAA 3OWNA 3G70A 3S7MA 1CPIA 4F76A 3TH9A 4ER4E 1SBGA 3DJKA 5P40A 2FLEA 2IGXA 5P66A 1K6VA 1ZSFA 1FGCC 3OU4B 5P6JA 3OU1A 3M9FA 5HE7A 3NSHA 4Y41A 4YBIA 3R4BA 4FRJA 3VLBA 3KDBA 4JOOA 5HCOA 4MC6A 4HZTA 3MSLA 4Z22A 4Y3ZA 3HBOA 2HS2A 2NXDA 2WKZA 3LIZA 4Y4TA 4ZSPA 5PEPA 4J0PA 5P3BA 4GJ7A 5P5YA 4CPQA 2OHMA 2FMBA 2PSGA 1FQ5A 2PC0A 5KAOA 3D1YA 5SY3A 2BPWA 4LXMA 5P6SA 4B1EA 5AHAA 2B7ZA 1MERA 5UPJA 5P83A 1MESA 2RSPA 3BXRA 4DQGA 5P6DA 5IS4A 1APWE 3IXJA 4PPHA 5P4CA 3SABA 3OXCA 4Y47A 7UPJA 3MXEA 1XN3A 4GZFA 2FNTA 3I25A 1FQ4A 5OZ6A 2O4KA 2Q63A 2O4PA 2QD8A 4Y3DA 5IE1A 2AOJA 5P1QA 4FE6A 1WBMA 4YCYA 4GJCA 2QZWA 4DPIA 5P6RA 4I0JA 3I8WA 3SA4A 5P64A 4Y35A 5P5VA 3H5BA 3VUCA 1GVWA 2AOEA 3PBZA 1RPIA 5OYUA 1QS8A 2QI6A 1BXQA 2HAHA 4Y5MA 1FMXA 3VLAA 5P0RA 2IEOA 5P24A 4KUPA 3K1WA 5P7FA 2AVMA 1IVQA 2WEDA 4WTUA 5P2JA 5ENKA 1XDHA 5P30A 4FAEA 4L6BA 4EJDA 4ZIPA 5JFPA 4I0ZA 3O9LB 5P60A 1BILA 1HSGA 1ODXA 5P7TA 2WEAA 3UDJA 1DMPA 5P1CA 5P3VA 5P0MA 4Y5EA 1G6LA 5P4NA 4ZSRA 1META 5P38A 5P1LA 5P3XA 1AXAA 1HPOA 1SH9A 2WEZA 4EQJA 4BEKA 5E5JA 1PPKE 5P1EA 2ZYEA 2G94A 4Y51A 4J17A 4CPSA 1EPOE 3KF0A 5P0TA 2QMPA 4J1KA 4MC1A 4H3GA 5OZLA 4AMTA 5HCTA 5P20A 3VEUA 5T4SA 2G27A 1B11A 2V16C 2HPEA 1LS5A 4B1DA 3OHFA 3LINA 3BRAA 4K8SA 5P4MA 3KT2A 5P4GA 5P7HA 3EL0A 1FEJC 2UY0A 4B78A 3NXEA 2A1EA 1OD1A 2WF4A 3EM3A 2B8LA 3OOTA 4J1IA 1GVVA 4J1FA 2OHNA 5P4PA 5P7CA 2PWRA 3QAAA 1ZLFA 5OZ3A 5P3GA 1SIVA 1FG8C 5TOLA 3UTLA 1FQ8A 2XFJA 2QAKA 4Y9WA 5ENMA 5OZTA 5P67A 5AGZA 3HD8A 3KFRA 1A9MA 4Y3GA 3EXOA 3SKGA 2I0DA 4Y6MA 5IVSA 3B7VA 3TL9A 1G2KA 1IZIA 2PH6A 3QBHA 2R38A 5P4JA 1IZEA 1EBYA 2O4NA 2BJUA 5OZZA 4YBFA 1MRWA 3VYDA 5P5TA 2QI1A 4CPWA 5I3VA 4DQFA 2QI4A 5P3TA 1BV9A 2BPYA 4L1AA 1HXBA 3O9IA 5OZRA 4QLHA 5P7EA 3UDKA 4Y3WA 5P55A 5HE4A 1FMBA 5P80A 3L58A 3RVIA 1EPLE 3UDQA 5DQ1A 4OD9A 5P6UA 1T7KA 3RSXA 4J1CA 5P1YA 1F34A 1JLDA 4BFDA 2BPVA 5E5KA 3LZVA 3D3TA 5B18A 1BXOA 2XYEA 1BDRA 3PCZA 3NLSA 4DJVA 5DQ2A 4CKUA 3PRSA 3VG1A 2NXLA 3O9CA 3FNTA 5P2AA 4E43A 4K9HA 5P3FA 3VV7A 5HDZA 4ZSQA 5P2EA 4APRE 4NPTA 3D1XA 5SZ9A 1BDLA 1QRPE 5DR1A 3EL9A 4QJAA 2QNQA 4EJ8A 5J25A 4U7VA 4RRSA 1EC3A 4RCFA 3VSXA 1K1TA 5AH9A 2PK5A 5P6HA 3G6ZA 4GJ5A 1GKTA 4DQEA 2HC0A 5P7AA 5P8LA 3INHA 5HU1A 1XL2A 2IDWA 4I0IA 4QJ8A 3PCWA 1D4LA 5P3SA 4YD3A 2G1NA 2RKFA 4YD5A 2VA5A 3R0WA 4X7IA 1Z1HA 3B80A 5P6MA 2ZHUA 2R43A 4IVSA 3N4LA 5KQZA 3FKTA 1E5OE 1GVXA 1Z8CA 1RV7A 4Y4JA 5P16A 5P3DA 5P6KA 3S43A 1MTBA 5P32A 5OYYA 5DQCA 5OZ0A 5P7JA 2V11C 3T3CA 2G1YA 4Y43A 5P89A 4DJXA 3EKXA 1HVCA 3VV6A 4LBTA 4GJ6A 1TZSA 1NPVA 5HVPA 3PGIA 1SDUA 2I0AA 3URIA 5OZCA 2VA7A 3U6AA 2OHSA 3T7QA 3MXDA 5P1OA 3EKWA 3GGAA 5P8JA 5I70A 5DR8A 5P43A 5P0BA 1K1UA 4Q5MA 2FDEA 3Q4BA 4Y5PA 2R5QA 5CLMA 5P7NA 5P8QA 3EM4A 5P81A 3H0BA 5P2XA 4ZSMA 2F81A 2IKOA 3HVGA 4RCEA 1W50A 1T7IA 2O4LA 3PJ6A 5P7GA 5P8UA 5P1SA 4WY1A 4Y4GA 5P54A 4QJ9A 1LYAB 3TNEA 4FM6A 3HAWA 4Y4BA 3VCMA 2IS0A 3ZKMA 2MIPA 6UPJA 1NH0A 1LF4A 3DV1A 1K6CA 3QBFA 1DP5A 5P41A 4APEA 2BKSA 5P0OA 5P62A 3DCRA 3DUYA 2QHYA 3UQUA 1AJVA 3WB4A 1ME6A 3SM1A 3KM4A 4YE3A 3D1ZA 2FDPA 1YX9A 3S2OA 2G26A 2PSVA 2VJ9A 3ZPUA 3PMYA 5P5GA 4J1EA 4Y3SA 4I1CA 5KOQA 2WF3A 1ENTE 5DQ4A 2B8VA 4PYVA 3EC0A 4YD7A 1BV7A 4J54A 5P8OA 1SGZA 2OHTA 2I4UA 2AOCA 1FMUA 5HD0A 3Q5HA 4F74A 5P1RA 2WHHA 2R9BA 5APRE 4Y45A 1M4HA 1HIIA 4Q1NA 4DJUA 1A30A 1D4KA 1MSMA 5OYTA 1E81E 5P6CA 5P6OA 5P23A 3LITA 1BWAA 2QD7A 2NXMA 3HZCA 4OBZA 5P4KA 4DQHA 5P78A 3PM4A 5AH7A 5I3WA 4PHVA 1BVGA 1W5YA 3VF7A 4DFGA 3TTPA 3PI0A 1SP5A 2P3DA 1BVEA 1MPPA 2OHUA 4FSLA 5P0KA 1XE5A 4Z4XA 1PSNA 2AOIA 2SAMA 3IGBA 5P13A 4JECA 3WZ6A 4Y3HA 5OZYA 5F00A 2G24A 5P8EA 2Q55A 3ECGA 4RYCA 1GNNA 5C9BA 2JJIA 5P18A 2AVSA 1MT8A 5P0PA 2IL2A 5P0XA 1FFIC 1GNOA 3DV5A 3TOGA 5P0QA 1W6HA 2JE4A 5P5OA 3EKTA 5P49A 2NMYA 3T11A 4DJYA 1EC1A 5P2KA 4Y50A 5JFUA 4Y5KA 1KZKA 2F3KA 1D4JA 4YOBA 4J0YA 2WF2A 4FRSA 3T7PA 4D8CA 2BPZA 5P75A 1B5FA 5P4UA 4NJSA 5P5KA 5DGUA 3ZKSA 4H3IA 4B00A 1FQXA 3VV8A 4QJ2A 3IXKA 2VIYA 4RVIA 5P14A 1LYWB 5P10A 3SLZA 3K5DA 3O9GA 4Y3FA 5HDVA 2Q3KA 2ASIA 5P39A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LHH A;  3PEP A;  2OAH A;  4XX4 A;  5P22 A;  4FLG A;  1APU E;  1IZH A;  2FGV A;  5P42 A;  3OXW A;  4U7Q A;  5OYS A;  5P2T A;  5P4R A;  5P2F A;  3S8I A;  3SA7 A;  3MWS A;  3L5B A;  5P56 A;  2WEC A;  4A6C A;  1RQ9 A;  3ZLQ A;  1LYA A;  1WKR A;  1DW6 C;  5P71 A;  2PK6 A;  5OZE A;  4XKX A;  3VSW A;  1W5X A;  2OF0 A;  4S1G A;  4QGI A;  2I4D A;  3K5G A;  3GI5 A;  1A94 A;  1AJX A;  3TOH A;  1T6G A;  3FIV A;  1HVJ A;  5P53 A;  2H6T A;  2P4J A;  4Y4D A;  3AID A;  3KN0 A;  2NTR A;  4HE9 A;  4Y4W A;  5OZO A;  4Z2Z A;  1MEU A;  1ZSR A;  1KJG A;  3NU6 A;  5P2N A;  4Y4A A;  5OZM A;  3NU4 A;  2BPX A;  3BGC A;  5P5N A;  3N3I A;  4CMS A;  5P0Z A;  5P0S A;  2HIZ A;  1ZAP A;  2IGY A;  3KYR A;  5OZU A;  5P76 A;  3I2L A;  3KMX A;  1UH8 A;  5P8V A;  4ZE6 A;  3O9D A;  5P25 A;  5P3K A;  5P0A A;  4L7J A;  5SXN A;  3SFC A;  5P4Z A;  3UDM A;  4L7G A;  5P87 A;  2AOH A;  5OZH A;  1MUI A;  3QS1 A;  1NPW A;  4Y3X A;  4YDG A;  3ZMG A;  2R5P A;  1T3R A;  3INE A;  4GMI A;  2OHR A;  2WF0 A;  1C6X A;  4OBZ B;  5P0N A;  1HTR B;  5P1I A;  1HVK A;  6APR E;  2PWC A;  4FCO A;  4I0H A;  1HVS A;  3L5E A;  3ST5 A;  4AA9 A;  2F8G A;  1ODY A;  3VYF A;  5P2C A;  3WZ8 A;  3OQK A;  3DK1 A;  5P2S A;  3VF3 A;  4RRN A;  2QHZ A;  1Z1R A;  5P82 A;  5P6Y A;  1B6P A;  5P28 A;  5P2W A;  4FM8 A;  3NDW A;  1K6P A;  2NNP A;  4PZX A;  4NKK A;  3BC4 A;  1LF2 A;  4TRW A;  1EAG A;  4A4Q A;  1DIF A;  1OHR A;  3OGQ A;  2AZ9 A;  5P1N A;  5OZX A;  5CON A;  4EP2 A;  1G35 A;  5P4W A;  3S45 A;  5P65 A;  5P5F A;  5P74 A;  3UPJ A;  5OZI A;  3ZKG A;  4QJ7 A;  2AVO A;  1B6J A;  2ER9 E;  5OYR A;  3IVI A;  3EKP A;  4OBH A;  1HHP A;  2Z54 A;  4M8X A;  1C6Z A;  1HVR A;  5KQF A;  2B42 A;  5P8F A;  3UHL A;  4Y4E A;  4NJV A;  5P3M A;  1B5F B;  3CKR A;  5ISJ A;  4Y5B A;  5P6F A;  3S53 A;  3FNS A;  4KE0 A;  3BHE A;  4Q1W A;  5OYW A;  5P07 A;  4B70 A;  1LYW A;  4FIV A;  5P3W A;  5P2R A;  4J0V A;  2PYN A;  1XN2 A;  1CMS A;  3KDD A;  4LXK A;  9HVP A;  5KQX A;  4I0E A;  5OZW A;  1T7J A;  1EC2 A;  3VFA A;  5P1D A;  5P0C A;  3EL1 A;  3KT5 A;  3CKT A;  5P3I A;  4B77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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