2CZFA

Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with xmp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
MIVLALDVYEGERAIKIAKSVKDYISMIKVNWPLILGSGVDIIRRLKEETGVEIIADLKLADIPNTNRLIARKVFGAGADYVIVHTFVGRDSVMAVKELGEIIMVVEMSHPGALEFINPLTDRFIEVANEIEPFGVIAPGTRPERIGYIRDRLKEGIKILAPGIGAQGGKAKDAVKAGADYIIVGRAIYNAPNPREAAKAIYDEIRGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus horikoshii
publication title Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Pyrococcus horikoshii OT3 complexed with XMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 72
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2005-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2czfA00
2E68A 3W7KA 1GWJA 4JN6A 1YXCA 3LV5A 1H7NA 1VPXA 3USBA 3IGXA 3BLEA 2H8XA 3F4WA 5K2ZA 4GFSA 5AC7A 1CI1A 5I3JA 4AB4A 3SW6A 4ZQOA 3H53A 3I65A 1LRQA 1XUUA 3E12A 1EPXA 5D38A 4BI7A 4DF0A 4I7WA 1MO0A 1W5OA 2E1DA 1ALDA 2DZSA 3TUUA 1QPQA 4ZQMA 5LNSA 1JR1A 1ICSA 3MJYA 3C2RA 3M5ZA 5K3VA 4JTFA 3THAA 1DOSA 3F1QA 4JY8A 1WOBA 4WJEA 2R94A 3NL5A 3P5ZA 5EMUA 2QCGA 1OK6A 4LS1A 4BWLA 1VHCA 2FPTA 3UQNA 2E5CA 1JUKA 1SZNA 4CQAA 4E2BA 4Z0JA 1ZJIA 4HNUA 2R8WA 1XM3A 4MJZA 1SSGA 3LCXA 2CLKA 4N9BA 1QAPA 1GVSA 1TPVA 1TJRA 2CLEA 4I9AA 3TK7A 3O6YX 2E6DA 4XWUA 2C13A 1LLZA 4JEQA 3I6RA 4K38A 3NVTA 1QMLA 1PHWA 1DJQA 4JTTA 1FQ0A 4N9DA 1DV7A 1I2OA 3M9YA 1K3UA 4TO8A 1SZFA 1PV8A 3NQ6A 4FO4A 4O17A 2F7FA 1DJNA 4NJGA 3PM6A 3TMQA 1GVOA 1RVGA 1JQVA 2NX9A 1EUAA 1G69A 4CNNA 4YLWA 1JRBA 2NV2A 4OBTA 3HB9A 5DY3A 4FX8A 3R5EA 1KV5A 1LTDA 1FY6A 1N8FA 1A50A 4XKYB 2PE4A 1JQXA 2ZRUA 2WSRA 3TJXA 2BLEA 3WK1A 4PODA 5CZTA 1H7XA 5K9DA 1CW2A 2DZPA 4MVAA 3NQDA 3Q37A 4RJEA 3UY8A 4K37A 3PULA 4K7VA 4UR8A 2NV1A 1XXXA 5BNKA 1VR6A 1Y0EA 5LSMA 4NNBA 3W1AA 5BW6A 3LRKA 1K8XA 3HG3A 3LBCA 1SO5A 3BLFA 2WKJA 2GJNA 2ZZ4A 4NX5A 3W7CA 2V82A 4AWSA 2NX1A 4CNOA 1Q45A 1GG0A 4WD0A 1VYRA 2GPTA 5ABTA 3PAJA 1W5NA 5D2YA 2OT1A 1ME9A 4JD4A 1NF0A 3VI2A 3GDTA 3CB8A 5DLCA 4UTMA 4CCDA 3EWXA 3EKZA 2GQ8A 1LBLA 4RXGA 1FCBA 4XTIA 3ABRA 3P80A 1R2TA 2FDSA 1V5XA 3DU0A 4JTIA 3W7IA 5I3FA 1OFEA 1C8VA 4MYXA 4MUZA 3PSWA 3W73A 1JVNA 2ATSA 3YPIA 4N2YA 5DY2A 4Z1AA 1IXOA 3K30A 3U2OA 1SW7A 2HMCA 2WPBA 1DVJA 1I2QA 3QFEA 4FHAA 4A21A 4O15A 2R14A 3LOTA 2ATMA 1WBJA 3LCLA 4AHQA 2YW3A 2VFGA 4UFHA 2W0UA 3DBPA 2BZNA 5K9CA 2NUXA 1HUVA 3PBYA 4A3UA 1D3GA 3EXRA 3ATYA 3OHIA 3PWAA 3G18A 2A85A 4L4LA 5E0KA 1T99A 3MI6A 2A5HA 3C2VA 3AJXA 3MI2A 1KTCA 4FNTA 1W8SA 3TSDA 3U6WA 2GQ9A 3S1WA 4FXSA 3GB6A 3TC6A 5AYYA 3W2LA 1B57A 4IJBA 2ISWA 3M5VA 1ZAHA 2C16A 1AW2A 4AXKA 2QDGA 3S0CA 3DKLA 3QF0A 3TE9A 3GDLA 3BW4A 2BX7A 3G3DA 4Z08A 1FWRA 5FESA 1BWKA 5KSWA 4JR5A 3IIZA 1TTPA 1O94A 2X16A 3EX4A 4H4IA 3NEVA 4LC6A 3N9RA 2V2CA 2ZQ0A 3JS3A 4EVZA 3MWAA 3O07A 3M1ZA 3M43A 2FPYA 5EKYA 4O54A 1TTIA 1W54A 3C8FA 3MUXA 4R33A 4UTWC 4JYFA 1R2RA 4DEFA 5KZDA 4HT3A 3W2KA 3CU2A 4WOZA 1MEIA 2JBMA 2FTPA 3P8IA 3STFA 1E51A 2QCDB 1VQTA 3VNDA 4I7VA 4O1DA 2NUYA 4M7TA 3N19B 3BVJA 3GXTA 2A7RA 2JKAA 3UZ5A 5F1UA 1GQNA 3LLDA 5D30A 3QSTA 5BOOA 4HNTA 4KKXA 5MHBA 2GVJA 3OEXA 1IXQA 2B7PA 4UXDA 1GT8A 4I7UA 4NJJA 5LNUA 2W6RA 1JCXA 1K02A 3DENA 3TMLA 3N34A 1G6CA 1TTQA 2YW4A 2QUUA 3NR0A 2QUVA 2I9EA 3GLCA 1EP3A 2Q8ZA 2CZFA 1W31A 1EWEA 2DZXA 4GJ1A 4IX2A 3UNDA 4Q4KA 4MIMA 1GOXA 3OBKA 1ZHAA 3WFAA 4NNCA 1ZALA 3STGA 1VCGA 1TV5A 3O15A 4WY0A 3TXZA 4OHQA 2C1HA 4IXXA 1WX0A 3G1SA 3INPA 2NWRA 5AOUA 3B8DA 1JULA 3QJAA 4N02A 3W9ZA 1JRCA 2RKXA 4LVDA 3TR2A 4D2JA 4GRSA 3H54A 4LWWA 1MEWA 1GTHA 1OFBA 3L66A 1MXSA 1G7VA 3G1YA 4LC8A 5L6UA 1K8YA 3W7NA 5AHMA 4LT9A 1I2RA 4UTUA 5KZEA 1FWWA 4LVGA 3PUDA 3S9YA 3SIZA 4IPJA 3EXSA 3B04A 3NPUA 1W5PA 1NF7A 1SFJA 4Q32A 4JXCA 2Y7FA 3W1XA 4JTJA 2V2HA 3L0KA 3ZWTA 3UWWA 3HGSA 3W71A 2ZA1A 3QQ0A 4FIQA 2PRMA 2Q3RA 3L2IA 3KVKA 2E09A 3N14A 3UWVA 2QJGA 3EX6A 1OYCA 3IIOA 5CG7A 2Y7DA 4DF2A 1H51A 1KA9F 3HGOA 3NZ1A 4MYAA 5CPOA 1QR7A 2CZDA 3I7QA 4FNSA 4FIRA 3TQ0A 4JTEA 1MZHA 3WJXA 2H3DA 3NZRA 2A6LA 1OX4B 5HWJA 4AHPA 4ORMA 5EYWA 2O7QA 1DHPA 3W72A 2P0OA 2QAPA 3ZR4A 3T55A 3HIJA 3C2OA 2VEPA 3NA8A 1EP1A 3ABQA 3P61A 1GYLA 5C5YA 3NQCA 5G1TA 4ADUA 1R30A 3LCFA 4CCEA 4O12A 4AEOA 1PHQA 1H1YA 2WQPA 3NQFA 1KW1A 1KM4A 4WX2A 1GJPA 4DELA 3HPZA 2X1UA 2X1RA 1YXDA 3IRDA 2NLIA 4Z1CA 3UXDA 1I4NA 3L5LA 2QCNA 5DN1A 3E9AA 1I2PA 4MY1A 5FEWA 3WJWA 4MZ8A 3W7EA 5DCBA 1FWTA 3S1VA 2OX1A 1W3IA 3HF3A 3ZWSA 4NVTA 2PRLA 3IIXA 2CLIA 2E6AA 5F4WA 2FB2A 3BW2A 1TPFA 5F4XA 1T96A 1TCDA 1YTDA 3EWZA 1H7WA 1QO2A 3DFPA 3G1FA 3N2XA 4WOQA 1G67A 3R8RA 4PC8A 1A5BA 2JKPA 1VCVA 2EF9A 4UMBA 4XKYA 2ZRZA 2E5DA 1VZWA 2QUTA 1H61A 4RCXA 4NXSA 5CZJA 3I7RA 1GVFA 3QC3A 3TSMA 2YPIA 4JX4A 3NL2A 4JTUA 3W70A 2VELA 2YYUA 3PSVA 1SU5A 4OWGA 2EHHA 4GNJA 5D09A 4XUGA 5KZMA 2QF7A 1KM1A 4NJIA 5T26A 4O11A 3CHVA 1R47A 2NXGA 4M7SA 4JTGA 2FQIA 2Y61A 2YXGA 2PURA 2ZRYA 4KFOA 2VEKA 3E0IA 3T78A 2V5BA 1KFJA 2CLFA 2HTMA 3LGEA 1TPB1 3LHWA 2B7NA 1JCNA 3QPYA 2AAMA 4UFIA 1W3TA 1VS1A 1OFAA 3G8RA 4EF8A 3DI1A 1VYSX 3KXQA 3L21A 2V0TA 4O8RA 3HQ1A 1VCFA 1EEPA 5FF0A 3E02A 4EWND 1BWLA 3UZJA 2J9XA 4O19A 1TMHA 3MP3A 1F5ZA 2WNQA 3MI3A 2YZRA 1YYAA 1Z48A 4LW7A 5H2ZA 4M6VA 3QH2A 1UB3A 3P82A 1VYPX 3FLUA 3NYZA 4JNMA 1NVMA 1DKWA 3QZEA 4UR7A 2VENA 3G8EA 3HG5A 4UFLA 2CLHA 1MSSA 5E1QA 1G4PA 1HFBA 3O8AA 3GDKA 4XZ9A 3O05A 2WSYA 2A1YA 4NUWA 4EIVA 3NQGA 2RHGA 1XBZA 4Z0SA 5G2WA 5DCDA 2FPVA 4UTTA 4O57A 4MY8A 2NX3A 5G2IA 1O95A 4IMEA 4LOCA 2WOQA 5CKSA 5EL1A 5F4SA 3M44A 3O63A 4IMCA 3KAOA 5EY5A 2C0AA 1G4SA 4KWVA 3TU9A 5IM51 3CWOX 1KLYA 3W88A 5FF3A 1UJPA 3PR2A 3T4CA 3UXAA 3W6YA 3TKFA 2VFFA 5HR6A 4DO5A 1HO1A 2IQTA 4AF0B 4HN4A 4POCA 3MYPA 2A2IA 4MPQA 5HQEA 4QITA 1PE1A 3SI9A 1U5JA 5A5WA 2QKFA 1IXNA 4O1AA 4WUIA 2CU0A 1FDZA 1QOPA 3LI0A 1H7PA 5HR7A 2AQWA 4M6QA 4OU1A 3PY2A 3FJLA 4MOZA 3SY5A 3GXPA 1YADA 3IIPA 4UC5A 2V81A 1SO4A 3HJZA 3L0GA 2GQAA 4P61A 3BG9A 2C6QA 3E49A 4LVFA 3QPZA 4CNPA 4K6AA 1GTEA 3L9CA 3EWYA 4IWWA 1S5WA 3UPWA 2A0NA 1Q6QA 2QCDA 1ML1A 3C4UA 1YDOA 1ZY9A 4N4PA 4K8EA 3LM7A 3PUEA 4ADTA 2A7PA 3M16A 1WYIA 1GVRA 2ZZ5A 1LBMA 1XBVA 5LGZA 1FWNA 1KFEA 4LU0A 3WK2A 1H63A 4JDYA 1F73A 3GKFA 4NU7A 4UFKA 2J24A 3S5ZA 2DZUA 3MP5A 4ZVJA 3TNOA 3P60A 1W0MA 3Q94A 3BGJA 1S3HA 3M41A 1OFQA 2HS8A 3QW4B 2I14A 3A9IA 2VOMA 4Y90A 1SW0A 3LCHA 1NSJA 4JYEA 2XN0A 4JS3A 3Q58A 1Z41A 1ZFJA 3LV6A 3BO9A 3KHJA 8TIMA 3W7HA 4OGZA 2A4AA 3AO0A 4GXMA 3GNDA 3QMRA 4HPJA 1DQWA 1TO3A 1ONRA 4OV4A 3V75A 5D03A 1EIXA 1TTJA 2VEMA 3FIGA 3GAKA 2J88A 1KM2A 3QW3A 2WNZA 1ZAIA 1TQJA 4BFAA 2R91A 4N9CA 3NO5A 2EKCA 3EKLA 4NJKA 3G1DA 3S42A 2DZTA 5CSRA 5U7SA 3G1VA 4QJ1A 3TW7A 3PC0A 1LOLA 5IBXA 3OVQA 3L65A 3U8GA 3FFSA 3W1PA 5AYZA 4O18A 4GC4A 3M5XA 2Y70A 1FX6A 1EX5A 2ZYFA 3G0SA 3MYOA 3W86A 2Z6JA 2ZA3A 3LXCA 3SGUA 4C1KA 3QSRA 2GJLA 2O7SA 3NAVA 2P1FA 3FA5A 4LV4A 3FEMA 3DZ1A 1TYGA 2C18A 1B4KA 1KBJA 3KVJA 4AMAA 3GVGA 1QNVA 1YXYA 3IEBA 4PL1A 1R46A 2CW6A 1LLWA 4ZZ9A 3NQAA 1AW5A 2ZFAA 2OZ0A 3W23A 4O53A 1Q3NA 1VJIA 1KFKA 3LTYA 5U4NA 3FYOA 2FJKA 4QIUA 4W9TA 2WV8A 2Y7EA 1OX4A 3STEA 2WNNA 3NG3A 3MHFA 4MKNA 3LTSA 4CQ8A 3THQA 4RX0A 5BMXA 2E6FA 3S1XA 1EUNA 5GVJA 3LB0A 4ALDA 3CLMA 4UNLA 1ICPA 2HSAA 1WXJA 3JRKA 5D32A 1MEHA 1TPDA 3W1NA 5KTLA 4Y8FA 4N4QA 3HO8A 3UD6A 4TMCA 1Q6RA 1VC4A 5F2MA 3B0VC 3MBDA 1UUMA 1WOAA 2X1SA 3O6CA 1GYNA 4TMBA 2ZTKA 3UWQA 1HL2A 5I3GA 2ZZ1A 4HSOA 1J2WA 3TXVA 3V1PA 1KFCA 3N73A 5CZ0A 1FCUA 3STCA 5HWMA 3C56A 3M5YA 1OHLA 3QYQA 4IGHA 2J9ZA 1X8FA 1M5WA 4YXGA 3QRHA 5D2VA 2X2GA 3NQ7A 4FNPA 4O10A 4JGDA 3VE7A 4L4MA 1IXPA 1B9BA 3TCEA 4YL2A 4JTKA 4RZ5A 3KVLA 4PEKA 4O14A 4Z1BA 4R53A 1ZENA 4Z1DA 1G4TA 3TV8A 2A6NA 5LZLA 2NUWA 4ZQPA 3L67A 1KM6A 2GVGA 1LDCA 4BI6A 2J9YA 1XBYA 2Z0IA 4ONVA 4JYDA 4IQLA 3PVFA 4A2SA 2J27A 4JTLA 2QAFA 2FIQA 4JICA 3A22A 3GX9A 1LRTA 4R7JA 3FKKA 3O1NA 3QQ1A 4RKAA 3GKAA 1SUXA 2JGQA 2KZHA 2QCLA 3B06A 3HPXA 3HG4A 4PA8A 4O16A 4AHOA 1KTBA 4UNKA 3LBMA 3SSJA 4FF7A 3W2JA 3W1RA 2RDTA 3W83A 3M6YA 3UWYA 2VFIA 3BK0A 4LRTA 5F1VA 4QAIA 3W7JA 1B3OA 1OFPA 3G1XA 3C2FA 1OVDA 3TX9A 3G0XA 3W1LA 3KRSA 2YR1A 5CPNA 4BWLC 4X9SA 3W07A 1UBSA 2XN2A 3FJ6A 4QSHA 4Y9AA 5CGQA 2YSWA 3PB2A 4GUHA 3S5NA 5I3HA 2ZCGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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