2D0AA

Crystal structure of bst-rnase hiii
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords ribonuclease HIII
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0aA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0aA02
1Q8IA 1JFIC 1YT3A 1L3SA 1NJWA 3JYTA 4CGHA 3L3UA 3OJSA 2IV9A 4IFYA 3M8RA 1TKDA 1R4XA 1JLAA 2G8HA 4CF2A 3OYIA 4DTRA 1RBVA 5HRPA 3O3FA 3SI6A 3ZSWA 4ZHRA 4DFPA 1HYSA 1VSFA 1S5JA 4L8RB 3U3GA 3HK2A 3V1QA 4HCCA 1VSMA 3ZSQA 1B9DA 1Q9YA 1RT2A 2WOMA 3VQAA 1WSFA 2ETJA 2OA8A 2P51A 2Q3SA 3PO5A 4KHSA 1ITGA 2W42A 2HHQA 2YV0X 2RKIA 1S6PA 4DFJA 2WONA 3KLFA 3AVFA 2E4LA 2GV9A 4CEAA 2HVHA 3WNHA 3ZT3A 5FRNA 4DMNA 1Q9XA 4FLZA 4M3RA 1JKHA 3OYMA 4F3TA 2HNZA 2D0BA 1REVA 1NOZA 3MEGA 2YKMA 2E6LA 3MAQA 1NGMA 1JL1A 1L3UA 4KKOA 4PWDA 5JS2A 3CM6A 3ZSYA 5CYQA 3OYAA 3V81A 1CDWA 4RW4A 4I9QA 1RTHA 4H4OA 1NJXA 1NVPA 3HXMA 2BGGA 1B9FA 3DLEA 3SUQA 3OYBA 3ITHA 1VTOA 1YTBA 4BWMA 1B92A 4OKKA 4OGCA 3VN5A 4W5RA 1LWEA 4JS4A 4FJMA 3MXIA 3HPOA 3SUOA 3I8DA 4DTXA 2Y1JA 1RILA 4ELUA 3TAGA 3AO3A 1JXBA 1QN5A 3QEWA 3SYZA 3OYLA 4B0AA 4LD0A 4FCYA 3T3FA 2X74A 2IGIA 4IG0A 2RPIA 3K59A 4FLUA 4E7IA 3P83D 1XHZA 3AO2A 4DF8A 3ZSXA 2XY8A 4F4KA 3CQ8A 1D3UA 3PX0A 5C25A 4M3XA 3NFAA 4QOZB 5SZTA 3SQ4A 1HRHA 3ASMA 4CIGA 2KZMA 4W5NA 4F2RA 4B9VA 1NK7A 3K5OA 1YVUA 3K57A 4CJRA 3HJFA 1B9KA 3NCIA 1HPZA 1I39A 1LW0A 3LP2A 5SWMA 1ZBLA 3VA3A 4C8OA 4FK0A 1D9FA 1QNCA 3P5JA 3LWMA 1A5VA 3V4IA 1BIUA 3NF9A 3NF6A 5C24A 4FJHA 3DOLA 3S3NA 4CJ4A 4Z4IA 1VSJA 3FFIA 4ID5A 3K58A 4DTOA 4M3TA 4B08A 3KKRA 1RTJA 4FJXA 3RR8A 4DS5A 4KB0A 4IKFA 4DLEA 1ZYQA 4Z4EA 2QK9A 2HVIA 1JLEA 3OYEA 3NDKA 2G8IA 1ASVA 3K5NA 1JLQA 3CFOA 4KHNA 1E42A 1RCHA 3PUFA 4CGGA 4XIUA 4CJLA 2R7YA 4CFCA 4ID1A 4OJRA 5C42A 2IAJA 4YFUA 3QETA 3SUNA 1RDDA 1DTQA 1EX4A 1R0AA 1A5XA 5KGWA 1U49A 3TR8A 1WSIA 1TK0A 3IS9A 4CJQA 1RBUA 1U48A 3KK1A 1NK6A 4CJWA 1TL1A 1TKTA 4AHRA 1SL1A 4B9UA 3DRSA 1L3TA 4CHNA 3SPYA 1RT3A 2G8WA 3UIQA 1IG9A 4FJ9A 2KTQA 1S9EA 3OYGA 3SQ0A 3KIOA 5JS1A 3SPZA 4CHYA 4FJGA 1W9HA 2HNDA 1T8EA 3VQPA 3QO9A 3NF7A 4LSLA 4EP5A 3QEIA 3KTQA 1NK4A 1S1XA 1RBSA 1JLGA 1RT1A 1KY7A 1QN9A 5I3UA 1TKXA 1U47A 4ELVA 4E1MA 1WSJA 4KO0A 2YNGA 1QS4A 3NGZA 4DTUA 1X9MA 3AVIA 3IAYA 4FK4A 1QTMA 1BHLA 3NH1A 3L2VA 4MFBA 3TAMA 3DRRA 4FJ5A 2QKBA 4GVMA 4RW9A 3VQCA 4EP4A 3AVMA 4NYNA 3VQQA 2A1RA 1XWLA 3SQ1A 1Y97A 1RT7A 4CGDA 4W5OA 4DS4A 1MU2A 2DFFA 2QXFA 4IFVA 3DLHA 4CGJA 4Z4HA 1BL3A 1CZBA 4CK1A 3HS8A 2X78A 1QSYA 2ITGA 3VQ5A 4FJNA 4BDYA 4NCAA 1GOCA 3DMJA 5HRRA 3L2QA 2XY6A 3S9HA 3QEXA 4B8CA 4DQPA 1HNIA 1UA0A 4DTPA 4C8KA 4ROEB 1J9AA 1KLNA 3K5MA 4J2AA 1PZDA 3TWHA 3ZSZA 1C6VA 2BE2A 2O4GA 4M42A 1TK5A 4M3UA 2HB5A 1DTTA 1T7PA 2X6NA 3TAPA 4OKJA 3QEPA 4FZYA 3MEDA 4CEBA 2BANA 3OVNA 4FLYA 4DQSA 4CK2A 4J2BA 1D5AA 2PYJA 2B6AA 4CHZA 4B9NA 2VG6A 2VG5A 4KPYA 4CJVA 4FJLA 4CIEA 4CE9A 3OYNA 4AILC 1NK8A 3BGRA 1VOLB 1HMVA 3SZ2A 5KTQA 1EKEA 1U04A 2YNIA 4E3SA 4F3OA 3OYHA 1HNVA 3KKSA 4FVMA 1QNEA 2RF2A 3RTVA 2Y1IA 4O44A 5DK5A 4FM0A 1A5WA 3KLIA 4N76A 5J2NA 3TARA 1UA1A 3DOKA 4DSEA 2E6MA 1QN3A 3HYFA 4CIFA 2OZMA 3AA4A 1BGXT 1BCOA 2DFEA 1KYFA 4NCGA 4CJUA 1JXEA 3F9KA 2X6SA 4DSLA 1VK0A 3AVKA 2P1JA 4UQGA 3OS2A 1JL2A 4FJJA 1UOCA 4LY7A 4HUEA 2P5GA 3HVRA 5CZ1A 2IV8A 3DI6A 4BDPA 4RG8A 1VSHA 3ULDA 1RT4A 1C0UA 2PZSA 1X1PA 4CJSA 3CFPA 4E0DA 1LAVA 4CERA 4FJ7A 4MQ3A 4RODB 3D0PA 4AHCA 2IOCA 1KYUA 5HLFA 2MJ7A 3SUPA 3HP6A 5D3GA 1YTUA 2GUIA 1ZBHA 3VQ8A 4OPKA 3OYFA 1QNAA 3TAFA 4LH4A 2HHSA 4FW2A 3OS1A 2ZQBA 4B9SA 4CGFA 4HUFA 1TL3A 1JLCA 1Z25A 3L3VA 3OYKA 4FJKA 2AJQA 4KAZA 3AA5X 1RDAA 4CEEA 2Z1GA 3IG1A 4HHTA 3QESA 1QTPA 1RNHA 2OPPA 3HPHA 3AV9A 3ALYA 4I2PA 1RTIA 4ROCB 3P1GA 3K5LA 3NHGA 5EU7A 1TK8A 2HHXA 3LDSA 3O4QA 1KTQA 1KVBA 1W0HA 3T19A 4DU3A 1RTDA 4Q0BA 2QKKA 3LP0A 1VSEA 4Z4GA 4HVJA 4Y1CA 3TI0A 1QN7A 1EETA 3CM5A 2XRIA 1N6QA 4PY5A 4KI6A 3LWLA 1SV5A 2VJ0A 1EXQA 3EY1A 4CJPA 2Z1HA 1C9BB 3M8SA 1RDCA 3RRHA 4ZTFA 2KFZA 1Z26A 3EIKA 4Z4FA 3ZT1A 3O3HA 3RR7A 5HRNA 4M3YA 1WNSA 3L2WA 3ZT0A 4BDZA 2G8KA 5HP1A 1WN7A 1WAFA 3DM2A 2HHWA 4DSIA 4M45A 2FBXA 2OPQA 3S3MA 1HQUA 1QSSA 3NE6A 1QN4A 4AHUA 4B9TA 3D45A 4CFAA 4IG3A 1C1BA 3C94A 2EX3A 2IDOA 3KK3A 5I42A 2F8SA 2VWKA 1YTAA 3B6OA 5J1EA 1S9GA 3O3GA 5E41A 3OC3C 3AVGA 4O0IA 4R5PA 2P5OA 1LAWA 4FLWA 1G15A 1FKPA 3MECA 3TANA 3KLHA 1BQMA 2HHUA 3RMBA 4CJ5A 3V9XA 4Z4CA 3DLBA 2FC0A 3A2FA 2Z8UA 1RDBA 1TKZA 4CGIA 1U45A 3NGIA 3H08A 1NK5A 2DTUA 1S1TA 4DLGA 1QNBA 4YNQA 1QQCA 4H8KA 1VRUA 3OS0A 3U6FA 4E1NA 3ZT4A 2VG7A 4Z0UA 1TAUA 2LSNA 3NGYA 1J53A 4C8NA 1VSLA 1QN8A 2ZD1A 3QIPA 1VOKA 3AO4A 3PO4A 4CECA 3RRGA 4CESA 1ASWA 1C1CA 1D9DA 4EZ9A 2F8TA 1CLQA 3AVNA 4FM2A 4DFKA 1NJYA 4OKEA 2YNFA 1NOYA 2YHBA 1QE1A 2XY7A 1HYZA 3LZJA 1KY6A 1I3AA 2HW3A 1SL2A 3DLGA 4W5TA 3V9SA 1RBRA 3G10A 4E7JA 3PX4A 3O4NA 3K2PA 4AHVA 3C6UA 1SUQA 4E7LA 4FZZA 4DQIA 3VA0A 2XO7A 1CXQA 4BACA 1SL0A 3C6TA 3OYJA 3AA3A 1WSGA 2KW4A 2Z1IA 3AVJA 3HL8A 3QERA 3SV3A 3S3OA 4JRQA 5J2QA 3AVBA 1IH7A 4KRFA 4J2EA 3V9ZA 1KVCA 4OGEA 5KI6A 3L8BA 4PQUA 4I2QA 4JRPA 3NF8A 3LP3A 4CK3A 1T05A 4B9MA 1RT5A 2YKNA 4O5BA 3AA2A 4N47A 4IBNA 3OYDA 1NJZA 4WZSD 3CFRA 3QINA 3M8QA 2VWJA 2FBTA 4DQQA 3LAKA 1TAQA 4BE1A 1NK9A 1KFDA 3PY8A 2G8VA 2O4IA 3CG7A 4FYDA 1IKYA 1F21A 4OVLA 3VQBA 1RT6A 3EYZA 1VSIA 1L3VA 1O1WA 4PA1A 4DTSA 5KRTA 1WLJA 2F96A 4CHOA 3VQEA 3DYAA 1RM1A 1KFSA 4FJ8A 3SQ2A 2B4JA 4K8XA 2EHGA 4JLHA 4RW8A 4O55A 1S6QA 3KK2A 4DTJA 1L5UA 1S1UA 2NUBA 4QAGA 3H1ZA 5HRSA 1JLFA 2ATQA 3RMAA 4FW1A 3AVLA 3M8PA 1SKRA 1KSPA 1TGOA 3L2UA 4CFDA 3WNEA 1CXUA 1AISA 1KVAA 1W80A 3OCIA 2I5JA 3AVHA 4WE1A 1MP9A 3TAEA 1LWFA 3V9WA 5J2MA 1TBAB 3DLRA 4CEOA 2RN2A 4NYFA 4CHQA 2D0CA 4Y1DA 3NH0A 3KJVA 4E7HA 2XY5A 1GOBA 4H4MA 4OPJA 1QSLA 1TBPA 4FLXA 1NH2A 3WNGA 4CEFA 3AVCA 3LZIA 4TSXA 4DSJA 1ZBFA 4PUOA 2OYQA 4HTUA 3HSTB 4O4GA 5CY4A 3LP1A 3T1AA 2PYLA 2OZSA 1UWBA 4OLAA 1RBTA 3TABA 5IYDP 4C8LA 3DLKA 4DSKA 4ELTA 3G0ZA 4DG1A 1X9WA 1NKCA 4CCHA 3F73A 5HROA 3V1RA 1S1VA 3HT3A 3SNNA 3LPTA 4KI4A 1C0TA 3VQ6A 1FKOA 2OPSA 4DQRA 3HP9A 4N41A 3ZSVA 1DLOA 1VSDA 1BI4B 4M41A 3VQ4A 4FZXC 1BIZA 4DF4A 1LW2A 2D0AA 3SJJA 5KRSA 1ZBUA 2FBYA 4CEQA 4CF0A 1XHXA 4ICLA 4KHYA 1S1WA 2IS3A 5FROA 3EZ5A 1FK9A 4FLTA 3BDPA 1J54A 3IRXA 2ZE2A 4DSFA 3V6DA 2OPRA 4O0JA 3V1OA 4CF1A 1GOAA 4I9LA 1CZ9A 3I0RA 5FDLA 1XC9A 4NCBA 1D8YA 2Z1JA 3KD5E 1VTLE 1C1AA 3CYMA 4KHUA 1NK0A 4KFBA 2YNHA 4FXDA 1XI1A 4I7FA 2G30A 4F8RA 3ZSRA 1QN6A 1IKVA 1KCFA 1VRTA 3VQ9A 4CJ3A 4CEZA 2XHBA 4DFMA 4KTZA 1WAJA 3PX6A 4B3OA 2G8UA 4JS5A 3AO5A 4CJFA 1HYVA 1ZBIA 4FM1A 1IO2A 3HM9A 1BQNA 4CFBA 2B5JA 1SKWA 3I0SA 4RW6A 4N5SA 5J2PA 4J2DA 4FK2A 4CF9A 1VSKA 1NKBA 3HPGA 3MXJA 2DFHA 4BE2A 2PY5A 4KHWA 2KQ2A 1YTFA 4HUGA 1WSHA 1NKEA 1KYDA 4CHPA 3NH2A 2DY4A 4AHTA 5K14A 4DU4A 4KREA 1ASUA 4FJIA 1IKXA 4CEDA 1FXXA 5HBMA 2FBVA 3AVAA 4LH5A 4ZTJA 2HMIA 3MEEA 1HQEA 4K8ZA 2HNYA 3E01A 3ZCMA 3VQ7A 1KLMA 1TGHA 5T7BA 4N56A 3WNFA 3L2RA 1QTSA 3SCXA 3HS9A 3PV8A 1U4BA 5FRMA 4IDKA 1X9SA 4E19A 1BI4A 4AHSA 5DMRA 4KHQA 1EP4A 4FLVA 3QNOA 5IYBP 3KD1E 2KZZA 4BWJA 4B9LA 4KV8A 1T03A 2G8FA 3KLEA 4BE0A 3DRPA 4DTMA 1LWCA 3U3YA 2HHTA 4EZ6A 2JLEA 3LAMA 2D5RA 4KTWA 3THVA 4C8MA 3HO1A 3TAQA 1J5OA 4LSNA 3JSMA 1WSEA 4GMJB 3RMDA 2KFNA 3SV4A 4Q5VA 5CYMA 1N5YA 4M3ZA 4AH9A 4B8AB 3KLGA 3ZSOA 4RW7A 3OJUA 4CF8A 1JLBA 4KB1A 3B6PA 2GBZA 1PCZA 4G1QA 2JGUA 3QEVA 2IC3A 4CJEA 4DWIA 4KTQA 4CJTA 4DU1A 5KGXA 1HJRA 5CZ2A 4OLBA 1K6YA 1UAXA 3OYCA 1BCMA 3C95A 2A1SA 3V9UA 3RMCA 4DTNA 3RWUA 4HCBA 4CJKA 4E7KA 3LANA 1QHTA 4W5QA 2YHAA 4GW6A 3VQDA 3ZT2A 1C0MA 5IYCP 1IKWA 3QNNA 1SKSA 1KRPA 4F2SA 1BISA 3ISNC 3QIOA 3NAEA 4QCLA 3AO1A 3LALA 1LV5A 3NBPA 1TVRA 3HVTA 4M3WA 2HHVA 2BDPA 3LPUA 4E89A 3QLHA 3MXMA 3OY9A 1TV6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Q8I A;  1C0F A;  3JYT A;  3L3U A;  3OJS A;  2IV9 A;  3OYI A;  4DTR A;  2FSJ A;  4JKH A;  1Q81 O;  2P9I A;  1GLJ O;  4WQ4 C;  5AQO A;  1XQS C;  3VOV A;  3VQA A;  4H5W A;  3CVS A;  1GLA G;  2Q3S A;  2W42 A;  2HHQ A;  5ELZ A;  2RKI A;  3PLA A;  4DFJ A;  3AVF A;  4DV6 K;  4CEA A;  1X3M A;  5GIP A;  2HVH A;  4DMN A;  3WXI A;  4FLZ A;  3OYM A;  2D0B A;  3I3W A;  4I6M A;  3ENC A;  2E6L A;  3O5B A;  1JL1 A;  4PWD A;  2ZFD B;  3CM6 A;  5CYQ A;  3CCQ N;  4FWL A;  4RW4 A;  1KXP A;  1DGK N;  3SUQ A;  2ITM A;  3ITH A;  1T6A A;  4OKK A;  5F2R A;  4FJM A;  2I7N A;  3MXI A;  3SUO A;  2P9S B;  3I8D A;  3GG4 A;  3TAG A;  2YX6 A;  2CGL A;  3QEW A;  3OYL A;  2E2P A;  4MRQ A;  2RPI A;  3C6H A;  2E2Q A;  2GX9 A;  3AO2 A;  4DF8 A;  3CW7 A;  4DUZ K;  5C25 A;  4M3X A;  5AR0 A;  3DXK A;  2HST A;  5M1Q A;  3CCE N;  3WXM B;  4CIG A;  2O8B A;  2QRE A;  2HBM A;  4W5N A;  2JHN A;  3K5O A;  4JI1 K;  2NLV A;  5FPD A;  3VA3 A;  1WUA A;  4C8O A;  4WQ5 C;  1QNC A;  1A5V A;  4BRM A;  3THW A;  5C24 A;  3CET A;  3DOL A;  3S3N A; 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