2D4JA

Transformed monoclinic crystal of hen egg-white lysozyme from a heavy water solution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Structural phase transition of monoclinic crystals of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2d4jA00
5HMJA 4XJBA 1KIQC 1WVVA 4R0FA 2YBNA 4H1PA 4WM5A 2W1LA 3SP3A 4XYYA 4GCFA 5II3A 3TXJA 2BQFA 4PPOA 1LMCA 1GFTA 3TMUA 2BQNA 1JJ0A 3AGGG 3RNXA 1QUSA 1GFRA 2Z19A 1H87A 1GFKA 4FJRA 3AZ4A 1LHJA 194LA 2YBMA 3A92A 1JJ1A 1GBZA 2Z2EA 3LZTA 4NGYA 4XJHA 3LYOA 3LYZA 1G7MC 1NHEA 1WTNA 5C6LA 1IVMA 2D4JA 4NWHA 1HMKA 1E8LA 1LZCA 1GXXA 3A67Y 1IO5A 3WW5A 2D4IA 2FBBA 4B0DA 4BAFA 4EOFA 1G7LC 1LSFA 3B6LA 4H9EA 3LYTA 4M4OA 2ZIKA 1DXJA 4OWBA 4WMGA 3ZEKA 2D6BA 5APFA 5KXNA 4Z41A 2D91A 2LYOA 1YQVY 4DDCA 3CSZA 1LJ4A 1LZBA 2ZYPA 1HFYA 1UC0A 3P64A 4LYTA 1QIOA 3E3DA 1FBIX 3A34A 5KXLA 3EXDA 1GE2A 1LHMA 1GFVA 208LA 1HFXA 2X0AA 1GHLA 2HEBA 1LSMA 4J0LA 4RLNA 5C6IA 1F6SA 1YKZX 1JWRA 1IP5A 4CJ2A 1DQJC 1VDSA 4MCKA 3HBDA 3BKHA 1B5WA 5EBHA 5KKJA 1KXYA 1LZ6A 2IHLA 1ZVHL 5ILCA 1AT6A 1BB4A 1IC4Y 2ZQ3A 1LZGA 3WU8A 3WUMA 4ML7A 1IIZA 5LVGA 1JSFA 1TAYA 1JTOL 3AGHA 1NDMC 2VB1A 3P66A 5T3FA 1JITA 1KIPC 4H94A 1GB3A 4OOTA 4DD9A 1B9OA 1LKRA 3K3TA 4DDBA 5DN5A 1ALCA 3M3UA 2F30A 1JKAA 3N9EA 2EPEA 2HECA 4WM2A 3ZVQB 3A3QA 3A3RX 2Z18A 1YAPA 4H9BA 1IR7A 1BB6A 5KXYA 4IATA 1LJKA 1CKFA 1RE2A 8LYZA 6LYZA 1HEPA 1IWZA 4H92A 4GN3A 4LYMA 4LGKA 1GFAA 1DI5A 2MEDA 1B2KA 4G4CA 4GCBA 1B7RA 2F4GA 4GCCA 4H9HA 1G7JC 5FEKA 4BAPA 2C8OA 3AB6A 4NIJA 4NSIA 1GB0A 5I4WA 1C08C 1XEJA 1LTMA 1NBZC 1OUDA 1B0DA 3BKVA 4WLYA 1GF3A 2H9KA 1JHLA 4TWSA 2FYCA 1REXA 1LHLA 4LZTA 2XTHA 5FHWA 1XGTC 3A93A 4L41A 4PGJB 5FSTA 1UIDA 4RW1A 4YENA 1XGRC 1LPIA 3HBHA 2DQCY 5A3ZA 2DQGY 4LYCA 4NGIA 5I4YA 1LOZA 1FKVA 4TTDA 1IWXA 4G4BA 4WL7A 4NGJA 4ET8A 4ZFPA 2YVBA 1CJ7A 1LZYA 1LYZA 1HERA 1MELL 3J4GA 1AKIA 1GBWA 4WO6A 1RI8B 3F6ZA 5LVIA 1GE1A 1LZTA 1Z55A 4N1CC 5KY1A 2CDSA 1J1PY 1IC5Y 1QDTA 1JKDA 4IASA 4OWAA 1GB9A 2BLXA 1OUGA 1HF4A 1LZSA 4WM4A 4O34A 4CHXA 1REZA 4RDSA 4OOOA 1HHLA 1RJCB 4B4EA 1GBOA 1GB6A 1W08A 1LSEA 4HPEA 4XJGA 2BQOA 1GDWA 4U3XB 1D6PA 1CJ9A 1XGUC 5APCA 1QQYA 4B49A 3ZVQA 4TUNA 4LYBA 1UUZC 5HNLA 5B1FA 4WO9A 4G4HA 1IP4A 5LVHA 1D0LA 3WU9A 1GBYA 3T6UA 3EBAB 4CFPA 1IP3A 1B5UA 1LJHA 1CKGA 1REMA 1B5XA 2CJLA 4HV2A 1XFPL 1FLWA 2YSSC 4XJFA 1LMNA 3TMWA 3RW8A 5C6JA 4GN4A 5K7OA 3WUAA 1IOCA 5LA8A 2F2NA 4XENA 4QEQA 1WTMA 4Z46A 1IX0A 1VDTA 1KXWA 1BGIA 1XEKA 2Z38A 1F6RA 2MEGA 2MECA 1BWIA 2EIZC 1OUEA 4HV1A 3A91A 1GF4A 1RFPA 1ZMYL 5KXRA 2HTXA 1OUCA 4I0CA 1VEDA 1QTKA 1QUTA 2WARA 4PRQA 1IR8A 5DL9A 2YBHA 1DPWA 135LA 2EKSC 4WG7A 5I53A 4HTQA 4WM3A 4MR1A 5HQ1A 1AZFA 1YKXX 5LAFA 5LIOA 3WMKA 2HEEA 1B7LA 1HNLA 1PZYA 1HEMA 3MGWA 5F9XA 4HTNA 3FI7A 4DD2A 4NSGA 1NMMA 3P68A 2BLYA 4P2EA 4H8XA 4HTKA 1GF8A 1YAOA 1IP7A 1IEEA 132LA 2XJWA 4BS7A 1SQ2L 4N1EI 1JTPL 1LZEA 5KXMA 1B5VA 2Z37A 1GXV2 1MLCE 1LZNA 1TEWA 3G3BB 2I25L 1JUGA 2BQAA 4GCDA 1FDLY 2BQLA 3B72A 3CT0A 1YAQA 1J1XY 2HEFA 2DQFC 3CQLA 3TXFA 1LMTA 5APDA 1WVUA 4ETCA 1B7OA 1LMPA 2DQIY 3G3AB 1C10A 1GFEA 4H91A 5B05A 2BQCA 1T6VL 1VDPA 3HBEX 5DM9A 3TXGA 4DD0A 4W94A 4HJYA 3WUNA 2RSCA 4NY5A 3WVYA 1V7TA 3B0OA 5J7CA 2BQIA 4TSBA 3WULA 5KXPA 2LYMA 4NG8A 2W1XA 1BB5A 1VAUA 4OW1A 5DLAA 4B1AA 1GFUA 4G9SA 4YEMA 4ETBA 2AUBA 3RT5X 1VDQA 1BWHA 1LJ3A 4NSJA 4AXTA 1WQPA 3ULRA 2GV0A 1LJJA 2DBTA 4H90A 1C43A 2BQMA 2D4KA 2F4AA 2HEDA 1AT5A 1XGPC 2ZQ4A 1LHKA 3B0KA 4KT3A 4NEBA 1IP6A 5KXWA 7LYZA 1C46A 4GN5C 2YBLA 3CB7A 5KXOA 4YF2A 1IP1A 3AGIA 2DQHY 4NGLA 4D9ZA 1LZ9A 2LHMA 2MEFA 3M18B 2DQAA 1IWWA 5E9RA 1GB8A 5L3IA 1YROA 1LSPA 4KXIA 3TXKA 4ZIXA 2MEAA 3WYHA 5APEA 3TXEA 4H9FA 1T3PA 4MSTA 1JKBA 1LHHA 1XEIA 1UIGA 3LYMA 4ANRA 1DI3A 153LA 1CKCA 5KXZA 4CGEA 5I4XA 1HMLA 3AJNA 1FLQA 1GFJA 1UIFA 4FDYA 2MEEA 3WW6A 4B4IA 1GD6A 1UCOA 1VFBC 4HPIA 1IWYA 1LYOA 1C45A 1LJIA 2BQHA 4QGZA 5I5QA 3QNGA 4C3WA 1TDYA 2Z12A 4CFOA 9LYZA 2BQBA 3A8ZA 4EMNA 1JPOA 1GPQC 1B7SA 4ET9A 1YAMA 1HC0A 4OWEA 4TSCA 1LZ5A 5FDJA 1B7PA 1WQNA 1NF5A 2LYZA 1REYA 4WOAA 5D5CA 1GB2A 2C8PA 5D5FA 1EL1A 1HENA 4PHIA 3AW6A 2HEAA 1BWJA 1GE4A 5HMVA 1UICA 1GBXA 4UWVA 5IELA 1LSDA 2DQEY 4WM6A 1DPXA 1J1OY 1GF9A 3QE8A 1LYYA 2BQDA 3IWRA 2YBJA 5L9JA 3A95A 1IWVA 1DI4A 4DDAA 1YL0X 4R6CA 1CKHA 3A96A 5HLLA 4NHQA 4HP0A 1IR9A 4I8SA 4QY9A 5L3HA 1I56A 2B5ZA 4J1BA 4B4JA 4UWNA 3WL2A 1UIHA 3LHMA 3RU5A 1GF5A 2I6ZA 2YBIA 3T36A 154LA 1WQRA 4LFXA 1JSEA 5IHGA 1GEVA 1SLYA 4LT2A 1LYSA 1JJ3A 1QSWA 3W6AA 2IFFY 2XBSA 1CJ8A 3KAMA 1TBYA 2DQDY 4H9IA 4WLXA 2ZIJA 1LKSA 4NHIA 1HEQA 5KXTA 1IWTA 1UIAA 4WL6A 2DKVA 3CSQA 4ETDA 1EQ5A 2XBRA 4HSFA 4DWXA 3D9AC 4NWEA 5B07A 3N9CA 4TX7A 1JKCA 1FLYA 3W6CA 4QDNA 5LYMA 3FE0A 3TMXA 3VWOA 5JENB 5A3EA 1A4VA 4GCEA 2NWDX 3EO5A 4LYZA 3W6DA 4GLVA 3TXIA 4NSHA 3A90A 5KKIA 1B7QA 4W96A 2HU1A 4NFVA 4YOPA 4ZEEA 3IJVA 2MEIA 4ETAA 1GEZA 1OUJA 1CKDA 4E3UA 1RCMA 3QY4A 5B1GA 1IC7Y 1NBYC 1LCNA 3AZ5A 4DYGA 5F9UA 5LVJA 5LXWA 1B5YA 1D9UA 3B0IA 2A7DA 2BQJA 1WQMA 1HEWA 1INUA 1GBSA 4J1AA 1ZVYB 5B59A 4PJ2C 2EQLA 1GFGA 1NDGC 2ZILA 2ZNXY 3AZ6A 3LZ2A 4N0JA 4NGWA 4WLDA 3W3EA 1LSYA 1BVXA 1LZ4A 1EQ4A 2BQEA 1G7IC 2BPUA 4IJ4A 3J6KA 5B06A 4II8A 5KXSA 2DQJY 1LMOA 1YIKA 2H5ZA 4N8ZA 4NGZA 1HEOA 4NHPA 1BB7A 2HUBA 4G49A 1F10A 5DN4A 5FELA 2ZYCA 1YANA 1JISA 5LVKA 1CNSA 1DKJA 1GFHA 1BQLY 1DKKA 1OUFA 2PC2A 3AW7A 1D0MA 3P4ZA 4YM8A 5KJ9A 1GE3A 4DD7A 1LZ1A 4WM1A 5LA5A 1KXXA 1NKHA 5LINA 5KXXA 1LJGA 1O23A 1KIRC 1QSAA 4AGAA 1V7SA 1LZAA 4DD1A 1D0KA 1LAAA 1OQMA 2N5ZA 2G4QA 3WXTA 1LHIA 3D3DA 1IP2A 1OP9B 1LJEA 1W6ZA 3GXKA 1BHZA 1N4FA 4H8YA 1F0WA 1LJFA 1ZV5L 134LA 2MEHA 3IJUA 1GDXA 2H9JA 4GLAA 3AZ7A 1IWUA 1P2CC 193LA 2ZNWY 3CSRA 2HU3A 5FCPA 3HFMY 3A6BY 2FBDA 1BVKC 1XSFA 4Z98A 1LSCA 1LSZA 3ATOA 1LSNA 1LSAA 1CJ6A 1YILA 2CWIA 1GAZA 2LZ2A 4NG1A 1BB3A 1I1ZA 1OUIA 1HSXA 3CT1A 1GWDA 3TXDA 4LYOA 1B7NA 4ETEA 3LN2A 3TXBA 3TXHA 4OWCA 5F16A 2Q0MX 3OJPA 4KPMA 4H9AA 1FN5A 1IORA 6LYTA 1JIYA 3RZ4A 2W1YA 1C7PA 1GF6A 1HELA 2ZWBA 1OUAA 4UWUA 4M6DA 3WPKA 3A94A 1VATA 4X3BA 1D6QA 4DT3A 1LSBA 2G4PA 1IOQA 5I54A 5LYZA 4J7VA 1LZRA 1XGQC 4NGOA 4LFPA 5E4PA 3OK0A 2A7FA 1B7MA 1A2YC 1JEFA 1QDRA 1B5ZA 2BAAA 3TMVA 1AM7A 4KL7A 1LSGA 2Z39A 4H8ZA 1PS5A 5F81A 4N9RA 4N5RA 133LA 2BQGA 5IDDA 3WVXA 2BQKA 3P65A 1FKQA 3N9AA 3AYQA 4NHTA 2MEBA 4YEOA 1YL1X 5LAGA 3W6EA 1DZBX 3WPLA 4C5FA 1G7HC 1YKYX 2YDGA 1LZDA 1QTEA 4H9CA 4HJZA 4XADA 5M1YA 1GE0A 1LMQA 2FYDA 4PRUA 4RLMA 4NHSA 2I26L 3WXUA 2Y8PA 4LT1A 4BADA 5F14A 4WLTA 5LYTA 4H93A 1H6MA 1IOSA 1UIBA 4OWHA 4RW2A 1EQEA 4XN6A 4A7DA 4WG1A 1GB7A 1UACY 1LJNA 2LZTA 5ILFA 2W1MA 4LT3A 4DD3A 4XJDA 1WQQA 4HJVA 2Z2FA 5AMYA 1JTTL 207LA 1WQOA 3EMSA 1UBZA 4LT0A 3WPJA 3WU7A 3CT5A 1FLUA 3A6CY 1IY4A 3W6FA 1LMAA 1UA6Y 1UIEA 1I20A 1GAYA 1GF0A 1GF7A 3GXRA 1HSWA 4Z3MA 1HFZA 1OUBA 3W6BA 2CGIA 1TCYA 2G4NA 4NGVA 5KXKA 4DC4A 1NQIA 4NGKA 3ATNA 4XJIA 1LZ8A 1NWGA 1GB5A 3WH1A 1OUHA 5HNCA 1IY3A 1IOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7PA 5HMJA 1KIQC 1WVVA 4H1PA 4ARJA 5II3A 1LMCA 200LA 1JJ0A 4DQJA 1QS5A 1QUSA 2LCBA 3RNXA 212LA 1GBZA 1L30A 3LYOA 1NHEA 139LA 3C80A 1LYDA 1G07A 4BAFA 2D4IA 1G7LC 3B6LA 3LYTA 4M4OA 4GBRB 4WMGA 4EPFA 2D6BA 155LA 2LYOA 4S0WA 1L94A 235LA 1L60A 3P64A 4LYTA 3E3DA 5KXLA 3DKEX 1C6IA 1CV3A 1LHMA 4EKQA 1C6HA 2X0AA 130LA 2RAYX 4RLNA 1YKZX 4DAJA 1L15A 1LPYA 252LA 2OEAX 1QTHA 1AT6A 1BB4A 1IC4Y 1JTOL 3P66A 104LA 4H94A 3K3TA 2F30A 1JKAA 2EPEA 1C64A 3A3RX 2Z18A 3SN6R 1RE2A 6LYZA 1HEPA 176LA 1IWZA 4H92A 4LGKA 4BAPA 3GUKA 5I4WA 1C6CA 1B0DA 2RBPA 4TWSA 2FYCA 1REXA 1L68A 1LHLA 2XTHA 4RW1A 1LWKA 1XGRC 3G3WA 4LYCA 4NGIA 1LOZA 1FKVA 1L37A 4ZFPA 2YVBA 3J4GA 1C6JA 1RI8B 5LVIA 1QUHA 1LZTA 1Z55A 1QUGA 4OWAA 1OUGA 3G3XA 3DN4A 4WM4A 196LA 1REZA 1RJCB 1D6PA 120LA 2B75A 4WO9A 3WU9A 4EJ4A 1B5UA 1LGWA 1D3MA 2CJLA 1B5XA 1SX2A 1L10A 2YSSC 4XJFA 1LMNA 5C6JA 3RW8A 4GN4A 1QTBA 3WUAA 3HH6A 1T8FA 1L99A 1WTMA 1VDTA 3HUKA 3HTGA 2MEGA 2O4WA 163LA 1IR8A 110LA 103LA 4MR1A 5LIOA 3WMKA 1KY0A 2HEEA 1HEMA 5F9XA 4HTNA 4DD2A 1NMMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HMJ A;  4XJB A;  1KIQ C;  1WVV A;  4R0F A;  2YBN A;  4H1P A;  4WM5 A;  2W1L A;  3SP3 A;  4XYY A;  4GCF A;  5II3 A;  3TXJ A;  2BQF A;  4PPO A;  1LMC A;  1GFT A;  3TMU A;  2BQN A;  1JJ0 A;  3AGG G;  3RNX A;  1QUS A;  1GFR A;  2Z19 A;  1H87 A;  1GFK A;  4FJR A;  3AZ4 A;  1LHJ A;  194L A;  2YBM A;  3A92 A;  1JJ1 A;  1GBZ A;  2Z2E A;  3LZT A;  4NGY A;  4XJH A;  3LYO A;  3LYZ A;  1G7M C;  1NHE A;  1WTN A;  5C6L A;  1IVM A;  2D4J A;  4NWH A;  1HMK A;  1E8L A;  1LZC A;  1GXX A;  3A67 Y;  1IO5 A;  3WW5 A;  2D4I A;  2FBB A;  4B0D A;  4BAF A;  4EOF A;  1G7L C;  1LSF A;  3B6L A;  4H9E A;  3LYT A;  4M4O A;  2ZIK A;  1DXJ A;  4OWB A;  4WMG A;  3ZEK A;  2D6B A;  5APF A;  5KXN A;  4Z41 A;  2D91 A;  2LYO A;  1YQV Y;  4DDC A;  3CSZ A;  1LJ4 A;  1LZB A;  2ZYP A;  1HFY A;  1UC0 A;  3P64 A;  4LYT A;  1QIO A;  3E3D A;  1FBI X;  3A34 A;  5KXL A;  3EXD A;  1GE2 A;  1LHM A;  1GFV A;  208L A;  1HFX A;  2X0A A;  1GHL A;  2HEB A;  1LSM A;  4J0L A;  4RLN A;  5C6I A;  1F6S A;  1YKZ X;  1JWR A;  1IP5 A;  4CJ2 A;  1DQJ C; 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 1HEL A;  2ZWB A;  1OUA A;  4UWU A;  4M6D A;  3WPK A;  3A94 A;  1VAT A;  4X3B A;  1D6Q A;  4DT3 A;  1LSB A;  2G4P A;  1IOQ A;  5I54 A;  5LYZ A;  4J7V A;  1LZR A;  1XGQ C;  4NGO A;  4LFP A;  5E4P A;  3OK0 A;  2A7F A;  1B7M A;  1A2Y C;  1JEF A;  1QDR A;  1B5Z A;  2BAA A;  3TMV A;  1AM7 A;  4KL7 A;  1LSG A;  2Z39 A;  4H8Z A;  1PS5 A;  5F81 A;  4N9R A;  4N5R A;  133L A;  2BQG A;  5IDD A;  3WVX A;  2BQK A;  3P65 A;  1FKQ A;  3N9A A;  3AYQ A;  4NHT A;  2MEB A;  4YEO A;  1YL1 X;  5LAG A;  3W6E A;  1DZB X;  3WPL A;  4C5F A;  1G7H C;  1YKY X;  2YDG A;  1LZD A;  1QTE A;  4H9C A;  4HJZ A;  4XAD A;  5M1Y A;  1GE0 A;  1LMQ A;  2FYD A;  4PRU A;  4RLM A;  4NHS A;  2I26 L;  3WXU A;  2Y8P A;  4LT1 A;  4BAD A;  5F14 A;  4WLT A;  5LYT A;  4H93 A;  1H6M A;  1IOS A;  1UIB A;  4OWH A;  4RW2 A;  1EQE A;  4XN6 A;  4A7D A;  4WG1 A;  1GB7 A;  1UAC Y;  1LJN A;  2LZT A;  5ILF A;  2W1M A;  4LT3 A;  4DD3 A;  4XJD A;  1WQQ A;  4HJV A;  2Z2F A;  5AMY A;  1JTT L;  207L A;  1WQO A;  3EMS A;  1UBZ A;  4LT0 A;  3WPJ A;  3WU7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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