The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
97
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structure length |
97
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Chain Sequence |
b'GSSGSSGMLSARTMKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLYRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHMEAHKNSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the sam-domain of mouse phosphatidyl ceramidecholinephosphotransferase 1
rcsb |
| molecule keywords |
Phosphatidylcholine:ceramide cholinephosphotransferase 1
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Transferase
|
| total genus |
11
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| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| ec nomenclature |
ec
2.7.8.27: Sphingomyelin synthase. |
| pdb deposition date | 2005-12-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YTU A; 2ESE A; 3TAD A; 2QKQ A; 1X9X A; 3K1R B; 2KIV A; 1KW4 A; 1JI7 A; 1SV0 A; 2KSO A; 1OW5 A; 1PK1 B; 1V38 A; 4IS7 A; 4NJ8 A; 1SGG A; 2Y9U A; 1PK3 A; 2QAR A; 2L5Y A; 1X40 A; 1WWV A; 3KKA C; 5J8Y C; 2E8O A; 1V85 A; 1SV4 A; 2EAN A; 5F3X B; 2EAP A; 2FE9 A; 2QB0 B; 4PZN A; 1SXD A; 3BS5 A; 3HIL A; 1B4F A; 1Z1V A; 1LKY B; 4PZO A; 2QB1 A; 2F3N A; 2JV3 A; 2KG5 A; 1B0X A; 2KSO B; 4NL9 A; 3KKA A; 5J8Y A; 2D8C A; 3BS7 A; 1WWU A; 1UCV A; 2QAR B; 2K4P A; 1SV0 C; 2K60 A; 1X66 A; 2E8P A; 1COK A; 4MHV A; 1RG6 A; 2DKZ A; 3TAC B; 5JU5 A; 2EAO A; 4RQN A; 5L1M A; 3H8M A; 3SEN A; 1OXJ A; 2E8M A; 3SEI A; 2DKX A; 2ES6 A; 2QB0 A; 2F8K A; 2F44 A; 2EAM A; 2KE7 A; 1PK1 A; 1LKY A; 2LPE A; 3TAD C; 2E8N A; 5KNI A; 1DXS A; 2B6G A; 5JRT A; 2DL0 A; 2Y9T A; 3BQ7 A; 1UQV A; 5JTI A; 1SXE A; 2KMD A; 2D3D A; 3BS5 B; 4RQM A; 2GLE A; 4NL9 C; 3IDW A; 1F0M A; 2LMR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H3Z A; 1UT5 A; 4XUS A; 1A77 A; 2P6R A; 4KLS A; 2KIV A; 2HBJ A; 4GLX A; 2LYA A; 1D8Y A; 3WK9 A; 1SGG A; 4MEY A; 4GC7 A; 4QW9 A; 4C8N A; 2PFP A; 7ICG A; 3NRW A; 4MEX A; 1Y88 A; 2MA1 A; 4PGX A; 5IIK A; 5ALI A; 1D9F A; 4DQQ A; 7ICM A; 1EXN A; 3F2C A; 3S6J A; 4ICA A; 4IQV A; 2BQU A; 1WYG A; 8ICN A; 2CN1 A; 3T3F A; 5DBB A; 3PR5 B; 4AYB C; 5KFL A; 4DQI A; 3ZDC A; 1KL9 A; 3WKB A; 8ICJ A; 2LI6 A; 2D8C A; 3OJU A; 5EE3 A; 3GIJ A; 1YZ6 A; 1HUO A; 1QSY A; 2G07 A; 4UB5 A; 4ECY A; 1L3U A; 4F5P A; 1JUD A; 5H2F U; 2ZTD A; 3KHL A; 2W9B B; 1O08 A; 3RJF A; 2CXY A; 3O0F A; 3ISD A; 2C28 A; 2A1A A; 1P7D A; 1RZT A; 2AGO A; 4RPZ A; 3QUQ A; 4FS1 A; 3I76 A; 7ICV A; 2ES6 A; 2RQ5 A; 3Q8K A; 2FPM A; 3PNC A; 4UAY A; 2ODG A; 4NM2 A; 1ZQH A; 4P4P A; 8ICR A; 1UHU A; 1ZRM A; 3JPT A; 2W7O A; 2BHN A; 4GXJ A; 5HR6 A; 1T4G A; 3RB4 A; 2Q4T A; 4F5Q A; 2F1H A; 4TUP A; 1NK4 A; 5AKZ A; 4RNM A; 3AQE A; 2AH5 A; 2OCE A; 2QKQ A; 1X9M A; 2KIW A; 2JGA A; 1KW4 A; 3WKA A; 1ZQL A; 3FAH A; 1KLN A; 2NRZ A; 4DF4 A; 3UXO A; 4RQ6 A; 4UAV A; 3ZDD A; 4TQR A; 4UBC A; 4J9M A; 1ZQJ A; 4I29 A; 4UQG A; 2E8O A; 2EAN A; 5AM1 A; 3NTU A; 5DDM A; 3GQC A; 3RB3 A; 1MA7 A; 3QYP A; 2IOF K; 5ALH A; 4Y2X A; 9ICK A; 4O5C A; 2C2R A; 3UMC A; 1B4F A; 2OH2 A; 5CHG A; 1BPE A; 4CF5 A; 1U45 A; 4M6W B; 3ZD8 A; 5HHH A; 1S0V A; 4NL9 A; 4RQ8 A; 4B9U A; 1KFT A; 3C29 A; 4F5R A; 1QSS A; 5ALO A; 5DG8 A; 1RQL A; 2ZIX A; 5KT5 A; 2AHO B; 1XO0 A; 3ZDB A; 2WAQ C; 1X66 A; 3N7R C; 5J2J A; 9ICW A; 1ZD4 A; 1ZQP A; 3TAC B; 3ZD9 A; 8ICF A; 3BQ1 A; 5ALD A; 5AM0 A; 5AK4 A; 7ICE A; 4C4T A; 5AKX A; 3E58 A; 4UB4 A; 3RF9 A; 4JUZ A; 3PY8 A; 2HOF A; 4XRH A; 3M8R A; 2ASJ A; 1X9S A; 1T3N A; 4ECR A; 7ICK A; 5AI5 A; 3AMZ A; 1RYR A; 2KZZ A; 5DBC A; 2A19 A; 3LVV A; 8ICG A; 2ZJ8 A; 4KLM A; 5KG1 A; 3BQ7 A; 3I1Y A; 1TFR A; 2BCR A; 4QZH A; 2BPF A; 2DBY A; 1Z3E B; 2P35 A; 5D49 A; 3T5H A; 4RT3 A; 4DLE A; 8ICE A; 1ZOL A; 3GIL A; 2JRZ A; 4OJ6 A; 5J2G A; 4UW9 A; 9ICB A; 4IQW A; 3L5K A; 2YML A; 4DFM A; 2OEH A; 4DL4 A; 4C8K A; 1BPD A; 4U7C A; 3CYM A; 3RRH A; 2W54 A; 5ALL A; 4FFD A; 1TK0 A; 4JWM A; 2W9B A; 1SV4 A; 4IRD A; 2E1E A; 4B9T A; 2DQN B; 5J2H A; 4OO1 J; 3RAX A; 2N1R A; 4Y2T A; 5KFT A; 2UVV A; 4IL6 U; 2KG5 A; 1NOM A; 4DOC A; 4KLH A; 1QLN A; 9ICS A; 4ECU A; 4KLQ A; 4EYH B; 1A0P A; 4GFJ A; 5HR7 A; 3MGI A; 1BPY A; 2BCS A; 4MFF A; 5J2I A; 2AU0 A; 2ZIV A; 1ED1 A; 2B0C A; 3PW7 A; 1C20 A; 5IIL A; 3HRD D; 2JEF A; 3H8M A; 3MFI A; 1TK5 A; 2MUT B; 7ICJ A; 4M9H A; 2DWQ A; 2ZTC A; 1QH9 A; 3R9K A; 3JPQ A; 4DSI A; 1U47 A; 3AEV A; 2DUY A; 2KE7 A; 2WF5 A; 5ALT A; 2WHE A; 4F4Y A; 2OM6 A; 4AYB F; 4KLO A; 3ISC A; 3AU2 A; 4CF4 A; 2W9C B; 5KG3 A; 4P4O A; 3GU3 A; 3RBE A; 1X42 A; 3HW8 A; 2R18 A; 3JPR A; 4ED2 A; 2JR5 A; 4Q44 A; 5AKY A; 2KTQ A; 3BZK A; 3HP6 A; 1X9W A; 4PGQ A; 2EQY A; 1IXR A; 4MF2 A; 4UB1 A; 9ICJ A; 3FYH A; 3WU2 U; 5EWF A; 2WTF A; 2BGW A; 4BJQ A; 9ICM A; 3WKE A; 5KFV A; 3N97 B; 1JXE A; 2VAN A; 1HUZ A; 1WG8 A; 4PZN A; 4A8E A; 2F8L A; 2ZUD A; 1NKC A; 5J2D A; 3MDA A; 2JV3 A; 1ZD5 A; 3D2S A; 1L7P A; 3BS7 A; 4YD2 A; 2HBK A; 2HHX A; 2KHV A; 3C2K A; 4QWC A; 1RPL A; 2VA2 A; 7ICN A; 5KL1 B; 4DSE A; 4NM1 A; 3T5L A; 2K89 A; 3G6V A; 3LDA A; 1DGJ A; 4YVZ A; 1IIP A; 5JU5 A; 5KT4 A; 4TUQ A; 7ICH A; 3THV A; 4QJF B; 4QWA A; 9ICN A; 8ICU A; 1SIJ A; 4R65 A; 7ICL A; 2VJ4 A; 4E0D A; 4CRX A; 2HHS A; 1SWV A; 2EDU A; 2HBM A; 2QB0 A; 2C2E A; 1CRX A; 3ETL A; 4EEL A; 4P0Q A; 5KAF U; 3RJI A; 1B22 A; 4M04 A; 2KJ8 A; 2JMG A; 4KMO B; 2ATL A; 5KFF A; 1ZJN A; 2W7P A; 4IRK A; 1M6Y A; 2Q0Z X; 5AK5 A; 1A6S A; 2DGZ A; 1RM6 C; 2E3T A; 2YQE A; 2DL0 A; 5J0U A; 3OHB A; 4YR2 A; 1Q3V A; 4PPX A; 3PML A; 3RTV A; 4LVS A; 1KTQ A; 2BKE A; 5KG5 A; 2KV2 A; 3C2L A; 2BDP A; 2WAQ F; 2PFQ A; 3OJS A; 1F0M A; 1ZQM A; 3PZP A; 1ZD3 A; 3MGH A; 5KFG A; 2MU2 A; 2OHF A; 4TUR A; 1QQ6 A; 5KFB A; 4M0A A; 4NJ8 A; 2JZB A; 3IRU A; 3RJH A; 4FBU A; 1S10 A; 2ZIW B; 2BQR A; 1S77 D; 5J0Q A; 2HHQ A; 5CB1 A; 5KL8 B; 5ALU A; 3SV4 A; 4UB8 U; 2XIC A; 3PX4 A; 5KFU A; 3PW4 A; 2KVC A; 1V85 A; 1H38 A; 4R8U A; 1JMS A; 5EWE A; 5ALJ A; 1VDV A; 3V6H A; 2MUT A; 2KOB A; 4ELU A; 1FFU A; 5J2F A; 3U26 A; 2O6K A; 4Z6E A; 4QZI A; 9ICT A; 1MN8 A; 3QUC A; 1NJY A; 3SMV A; 5ALK A; 5ALR A; 2K8A A; 3E2E A; 2F77 X; 3H0L B; 3H0M B; 3L3F X; 2OYY A; 2W9C A; 5DKW A; 1T8E A; 4Q8F A; 2HHT A; 3NVV A; 2KJ9 A; 1GO3 F; 2CRX A; 5KFD A; 4I2G A; 4US8 A; 3RH6 A; 3KD3 A; 3GIM A; 2EZY A; 3K1Z A; 5J2E A; 4F3O A; 3D2N A; 4ECZ A; 4J9O A; 4B9N A; 5KFP A; 5C0Y A; 5ALW A; 4O0I A; 2IOF A; 2LPE A; 1FFV A; 4KLD A; 5ALY A; 8ICS A; 1DXS A; 1RDF A; 8ICM A; 4F2S A; 2HBL A; 2YMP A; 1U4B A; 2KVS A; 4KLL A; 5AI6 A; 3QNM A; 5EE0 A; 1J2M A; 4O3O A; 1ZQO A; 2F1J A; 5ALM A; 5KT3 A; 5KFA A; 3DEE A; 3IV6 A; 1SV0 A; 2XI9 A; 2WB1 C; 4CE6 A; 2YX8 A; 4DF8 A; 3EWA A; 3QEB Z; 5ALP A; 4TQS A; 3K4G A; 3PSF A; 1PK1 B; 1S8O A; 3V7J A; 3UQ2 A; 2A3V A; 4J9N A; 2G09 A; 1Z4O A; 1TAQ A; 4XA5 A; 4YG2 A; 3JPN A; 2EH9 A; 2BCU A; 1N2X A; 3KHR A; 1N56 A; 4PHD A; 5F3X B; 3LYS A; 5IIN A; 1V97 A; 4OD0 A; 2JXJ A; 3L4P A; 4NXZ A; 3G6Y A; 1ZQX A; 5AM3 A; 4NV0 A; 5AM4 A; 2ZTE A; 2W8K A; 2MRL A; 1WWU A; 3QXG A; 4C8M A; 4QZE A; 2IOH A; 3ZDE A; 2KZM A; 1N62 A; 4YR3 A; 4F2R A; 3BZC A; 3H8W A; 4O5K A; 2W04 A; 4DSJ A; 4UAR A; 4LZD A; 4JV2 A; 3A0H U; 1NI3 A; 4RQN A; 3ZI4 A; 8ICK A; 1ECW A; 1NK8 A; 1BGX T; 3GV5 B; 4PJ0 U; 2ZIW A; 3TAD C; 5CRX A; 8ICZ A; 2QLT A; 1U48 A; 1OUQ A; 4ZH4 A; 5AKH A; 5KFR A; 5JTI A; 5KFQ A; 3QU5 A; 2PFO A; 1N48 A; 3MR3 A; 3V6J A; 1C7Y A; 3TAD A; 4DSF A; 2D6F C; 4F4X A; 1SZH A; 4X5V A; 4NLC A; 1KQQ A; 4IS7 A; 4PL2 A; 2EZX A; 1ZET A; 3M8S A; 4USA A; 2YB4 A; 2ZIV B; 4FZN A; 4ACO A; 2UVR A; 3AL0 B; 7ICT A; 4FE3 A; 4PL1 A; 3M7D A; 5L1I A; 2RHF A; 1S76 D; 1RQN A; 4P2H A; 2H3I A; 3RFA A; 5DBA A; 3PSP A; 4Y2Q A; 5KFC A; 4DL2 A; 3SAF A; 7ICS A; 5KFE A; 3Q8L A; 2PKE A; 4DL6 A; 2XY6 A; 2KP7 A; 1ZQA A; 3WK4 A; 1Z1B A; 2W03 A; 2XVT A; 3C5F A; 1TAM A; 1NJX A; 2JEJ A; 5IIM A; 1IG6 A; 2GOL A; 1DGS A; 1SWW A; 2LYH A; 4F91 B; 3LVW A; 4K4I A; 5AKG A; 1XNS A; 3PX0 A; 1BPZ A; 4P0P A; 2IHN A; 4O3M A; 1YZ7 A; 4PGY A; 1ZQN A; 4EBD A; 1Z00 B; 5ALQ A; 2F8K A; 1PK1 A; 3TAR A; 4DLG A; 4Y2R A; 3WKD A; 1L3S A; 3FDS A; 2ZUC A; 4HYK A; 5KFN A; 5JRT A; 3H40 A; 3AN1 A; 5KT6 A; 3SZ2 A; 8ICT A; 3H8S A; 4C4S A; 4YP3 A; 5DQI A; 2KD1 A; 5AI8 A; 5GTI U; 4EEY A; 3H8J A; 2ESE A; 8ICW A; 4ED6 A; 1TKD A; 4DS4 A; 5ALG A; 3SI8 A; 5KFH A; 1QTM A; 1HJP A; 2G08 A; 3SD7 A; 4KX5 A; 3RB0 A; 5DB6 A; 9ICV A; 1ZQS A; 2IMW P; 1JRP A; 4ELV A; 3UPQ A; 3NRZ A; 4GC6 A; 3NGD A; 3AQF A; 4UBB A; 3PVX A; 2CPR A; 8ICQ A; 3TFR A; 1LV5 A; 3QE9 Y; 5CJ7 A; 5ALZ A; 2QB0 B; 4I2F A; 5J2K A; 5J2C A; 4RPY A; 4P0Q B; 3HJE A; 1FIQ A; 1U9L A; 1LVH A; 1ZQC A; 3QU9 A; 3ALR A; 4G9B A; 4YXJ A; 3PST A; 1L3T A; 3M9M B; 2HVH A; 1COO A; 2WB1 F; 3SR6 A; 2AGQ A; 4C7Z A; 3AU6 A; 5IIJ A; 5G5G A; 4QZ9 A; 4UB3 A; 2IBK A; 4Q8E A; 2KFN A; 5IIO A; 3MR6 A; 3Q8R B; 4MHV A; 4B6J A; 4OJL A; 9ICR A; 1DK2 A; 5III A; 2ASD A; 1S9F A; 2BR0 A; 5B66 U; 4U6P A; 2ZIU A; 1PVQ A; 3H4B A; 4J9R A; 2KKP A; 1Q3U A; 5HP4 A; 5J0S A; 2ZJ5 A; 3QU7 A; 2JZB B; 2DF4 B; 4EEK A; 4BGD A; 5AKJ A; 5DLF A; 3UXP A; 3BJY A; 3GZF A; 3UMG A; 4I28 A; 5KFS A; 5EOZ A; 2Y1I A; 4J9P A; 2BPG A; 2E8N A; 4KIT B; 1L7O A; 4R8U B; 2BPC A; 3NVY A; 4C0Z A; 4I2H A; 5ALE A; 5HML A; 1UT8 A; 5AKL A; 3K75 D; 3IG8 A; 1F44 A; 2K4I A; 3LWL A; 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2K4H A; 3CW2 C; 4JMU A; 3MR2 A; 3BQ0 A; 3KKA C; 5AKE A; 2WF9 A; 2LBO A; 5KFI A; 3UMB A; 4NLK A; 2AQ4 A; 3BS5 A; 3WK7 A; 4KLE A; 3LK9 A; 3ETR A; 2YB1 A; 2NYV A; 5C5J A; 2XGQ A; 3SAH A; 4NLB A; 2LHT A; 3KKA A; 1DK3 A; 2PMZ C; 2VJ5 A; 4J9L A; 3M9N B; 3G6X A; 4KTQ A; 2K4P A; 3M6Z A; 2RRD A; 4GXK A; 1NK0 A; 1ZQF A; 4GXI A; 5DQH A; 3Q8Q B; 5KG7 A; 1L7M A; 4UAT A; 2LKY A; 2W3R A; 2FJ6 A; 2M0N A; 2ZUB A; 1TK8 A; 1ZQW A; 1MQ2 A; 5ALS A; 1ZQ1 C; 4F5O A; 5KFY A; 1N61 A; 5L1J A; 2K4E A; 1SL1 A; 4EX7 A; 4ED7 A; 4KLT A; 4YMN A; 1JXL A; 1ZQR A; 2AGP A; 5AI9 A; 5EE1 A; 5D4B A; 4DQS A; 3JPS A; 2G5I B; 5DDY A; 2I9G A; 3T5K A; 3PV8 A; 5CR0 A; 2RDI A; 5KG6 A; 1JIH A; 2HVI A; 4B9S A; 2GLE A; 2KZ3 A; 4HAI A; 3FM9 A; 3TI0 A; 1S0M A; 2BQ3 A; 4UAZ A; 4C7Y A; 2AXT U; 2ALZ A; 1FO4 A; 3C21 A; 5KT7 A; 4M2Y A; 2C2D A; 1OW5 A; 1V38 A; 5KG0 A; 5J0X A; 1S0O A; 4RQ3 A; 7ICI A; 1F5S A; 3E0F A; 3WK8 A; 4DWI A; 5AIA A; 3RB6 A; 4RU9 A; 7ICP A; 5AI0 A; 5DB9 A; 2P6U A; 2HI0 A; 4IR1 A; 5BOL A; 2R8J A; 3CP8 A; 4P0P B; 2XC9 A; 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