The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
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Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
|
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Unknown function
|
| total genus |
8
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4HXJ A; 4CC2 A; 1KJW A; 2SEM A; 1NEB A; 3UAT A; 1FMK A; 1NEG A; 1T0H A; 4GLM A; 2LJ0 A; 2GBQ A; 3R6N A; 3M0S A; 2BZY A; 1V1C A; 1M3B A; 1X6G A; 1YCS B; 1I1J A; 2EYZ A; 1K4U S; 4AFQ C; 1AEY A; 4LUD A; 4AFU C; 2GTJ A; 2W10 A; 3M0Q A; 1JXO A; 1MV3 A; 1ARK A; 1WFW A; 2DX1 A; 1QCF A; 4JJC A; 3VRZ A; 3UA7 A; 2DLP A; 1QKW A; 2B86 A; 2K3B A; 2MCN A; 2AZV A; 3PVL A; 2J06 A; 3TSW A; 4AG1 C; 4RTX A; 4AFZ C; 1JO8 A; 4GBQ A; 1TUC A; 1FYN A; 2D8H A; 2RPN A; 2I0N A; 5EC7 A; 1SRL A; 2J7I A; 1RUW A; 1UE9 A; 1YN8 A; 2H8H A; 1ZUY A; 1B07 A; 2FO0 A; 2HEQ A; 4DEY A; 2LNH B; 1GFD A; 2LQN A; 2V1R A; 3EG2 A; 2ED0 A; 1ZX6 A; 4OMN A; 3VS0 A; 1PRM C; 4OMO A; 1SSH A; 4LN2 A; 3JV3 A; 3VS7 A; 2DL7 A; 1GCP A; 2DJQ A; 2JS2 A; 2MOX A; 2FPE A; 2XMF A; 4J9G A; 3H0H A; 2VWF A; 1T3L A; 1G2B A; 2DF6 A; 2E5K A; 2A08 A; 2JS0 A; 1JQQ A; 3I5R A; 2EQI A; 2P4R A; 4J9E A; 2C0O A; 1H3H A; 1MUZ A; 2KYM A; 3REB B; 1IO6 A; 2O31 A; 4OMQ A; 2RQV A; 5IHN A; 1OPK A; 1WX6 A; 1GRI A; 2ECZ A; 2LP5 A; 4J9I A; 2EYY A; 1WYX A; 2DL8 A; 2D8J A; 1RLP C; 1PKT A; 3M0U A; 4FSS A; 3TSZ A; 2KR3 A; 2EGA A; 1M30 A; 1JXM A; 2PZ1 A; 4CC7 A; 1E6G A; 3EG1 A; 3NGP A; 2ENM A; 3O5Z A; 1X69 A; 2CUB A; 1X2Q A; 1Y57 A; 4EIK A; 2CDT A; 1S1N A; 1UEC A; 2JTE A; 4J9B A; 1NYF A; 2KNB B; 1SPK A; 3GBQ A; 2D1X A; 2DA9 A; 1OPL A; 1GBQ A; 2HDA A; 1AVZ C; 2JM9 A; 1SRM A; 2C0I A; 3A98 A; 4AG2 C; 3M0R A; 1WIE A; 1BU1 A; 5GJV B; 2GGR A; 1NM7 A; 4JZ4 A; 2EW3 A; 2DIL A; 2JT4 A; 3THK A; 2YT6 A; 2PTK A; 4X1V A; 1WA7 A; 2AKK A; 1A0N B; 1NLP C; 3KFV A; 2DYB A; 2J6K A; 2O9V A; 3H41 A; 3EHR A; 1UG1 A; 2L3S A; 2JMC A; 3M0P A; 4OMP A; 1AOJ A; 1ZUU A; 1KSW A; 1K1Z A; 3EHQ A; 2BZX A; 2EKH A; 3NMZ C; 3U23 A; 2F2V A; 1PNJ A; 1PRL C; 3I9Q A; 2J6F A; 4Z89 A; 2EPD A; 2JW4 A; 5IXB A; 4JJB A; 4RTZ A; 1UUE A; 2DRM A; 1X6B A; 2DM1 A; 1U5S A; 1WXB A; 4HVW A; 1VYT A; 2HSP A; 4A63 B; 2J6O A; 2KE9 A; 3IQL A; 4QT7 A; 1SEM A; 1TUD A; 1UFF A; 1HSQ A; 4ESR A; 1PHT A; 2KGT A; 1SHF A; 1UHC A; 4RUG A; 1WDX A; 2G6F X; 2JM8 A; 2YUQ A; 2FPF A; 4Z8A A; 2CSQ A; 4OMM A; 4Z88 A; 4CC4 B; 2KBT A; 1WXT A; 4AFS C; 1J3T A; 2RQW A; 2DMO A; 4CC3 A; 2ESW A; 2DBK A; 2DE0 X; 3EG0 A; 2EVR A; 4M4Z A; 4Y92 A; 4HVV A; 4LE9 A; 1M3A A; 1GL5 A; 1CKB A; 4OML A; 2CH4 A; 4IIM A; 1K76 A; 1M8M A; 2O2O A; 2D0N A; 2AK5 A; 1PWT A; 2K79 A; 1E7O A; 1T3S A; 2YDL A; 3PE0 A; 1G83 A; 1VYU A; 4RTY A; 2DNU A; 4J9C A; 3SEM A; 2FRW A; 1CSK A; 5IHI A; 1RI9 A; 2HBW A; 1K0S A; 1UTI A; 1X27 A; 4HVU A; 4E6R A; 4KRT A; 2M51 A; 1UJ0 A; 3NHN A; 1YWO A; 2PNI A; 1SHG A; 2L2P A; 2CT3 A; 4LUE A; 2V1Q A; 1M3C A; 2AZS A; 2ED1 A; 2RQU A; 1WLP B; 5HCK A; 3EGU A; 1YNZ A; 1QKX A; 2FPD A; 2NUZ A; 4K11 A; 3VS1 A; 2AKL A; 3I35 A; 3UA6 A; 2EYX A; 3REA B; 2GQI A; 2CT4 A; 3QWX X; 2KRM A; 1AWJ A; 1UHF A; 1W1F A; 3LH5 A; 4JPB W; 2A28 A; 1H92 A; 1YP5 A; 2OJ2 A; 4ORZ A; 1WI7 A; 1GBR A; 1QWE A; 2K9G A; 2BTT A; 2KYB A; 4HCK A; 4LNP A; 1HJD A; 1LCK A; 2KT8 A; 2K6D A; 2OI3 A; 2F2X A; 2O88 A; 4F14 A; 1EFN A; 2KT1 A; 2KRS A; 1I07 A; 3ZL7 C; 5FW9 A; 4ZNX A; 1CKA A; 1PKS A; 4RTW A; 1UGV A; 1BK2 A; 1GCQ A; 2DL3 A; 2YUN A; 1XOV A; 4RTV A; 2EBP A; 2HCK A; 3NPF A; 4JZ3 A; 4RTT A; 2CUD A; 1HD3 A; 3EG3 A; 1NYG A; 3M0T A; 1X2K A; 1AZE A; 4J9D A; 1AD5 A; 1H8K A; 5IXF A; 2EGE A; 2J05 A; 2ROT A; 3TVT A; 2DRK A; 1ABQ A; 2RN8 A; 1VYV A; 4F17 A; 1Z9Z A; 2K2M A; 2ABL A; 4J9F A; 4J9H A; 4WCI A; 2M0Y A; 2EYW A; 5FWB A; 1X43 A; 2C0T A; 2BZ8 A; 2X3W D; 2VKN A; 2DVJ A; 4JJD A; 3ULR B; 1YWP A; 2W0Z A; 4RTU A; 1BBZ A; 3I5S A; 2JXB A; 1U06 A; 2RMO A; 2YSQ A; 1E6H A; 1W6X A; 1ZSG A; 1AZG B; 1ZBJ A; 1AWX A; 4R0K A; 5IHK A; 1OEB A; 4D8K A; 1ZLM A; 1K9A A; 2MIO A; 2YUO A; 1W70 A; 2IIM A; 5FWC A; 1U3O A; 2KEA A; 1KIK A; 2KRN A; 2LJ1 A; 1VA7 A; 2CRE A; 2RQT A; 1AWO A; 2EGC A; 1T0J A; 2KXD A; 1K0X A; 2CSI A; 2ROL A; 1OOT A; 1QLY A; 2GTO A; 1JEG A; 4IIO A; 1ABO A; 3RBB B; 1ZUK A; 2LCS A; 3VS4 A; 1Y0M A; 2KXC A; 3UF4 A; 2L3P A; 3PVQ A; 4F16 A; 2A37 A; 5I11 A; 3FJ5 A; 3RNJ A; 3H0I A; 2JMA A; 2OAW A; 2A36 A; 1NLO C; 1MV0 B; 2VVK A; 2LQW A; 2L3Q A; 2FG0 A; 2SRC A; 1GFC A; 2LZ6 B; 5ECA A; 4D8D A; 1BB9 A; 2FEI A; 1TG0 A; 2LMJ A; 3VRY A; 4DEX A; 1I0C A; 1AWW A; 5IH2 A; 3H0F A; 3SHW A; 3VS5 A; 2DBM A; 2F2W A; 1OV3 A; 5L23 A; 2NWM A; 1M27 C; 3CQT A; 1JU5 C; 1B3Q A; 3VS6 A; 1N5Z A; 2CH4 W; 2GNC A; 2LJ3 A; 1GCQ C; 2DL5 A; 1UJY A; 2KRO A; 3VS2 A; 1UDL A; 2RF0 A; 1RLQ C; 1NG2 A; 2K7A A; 3QWY A; 2X3X D; 5GJW B; 1KFZ A; 1Z9Q A; 2QDL A; 2RQR A; 2LX7 A; 2YUP A; 2RNA A; 1QWF A; 2FRY A; 2O9S A; 2DL4 A; 3VS3 A; 5I22 A; 2L0A A; 1WXU A; 3C0C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NEB A; 2XKO C; 1FMK A; 1YIT T; 1VQ8 A; 1T0H A; 4M7D B; 4GLM A; 3M5A A; 2LJ0 A; 2ZPG B; 1YJW A; 1I1J A; 5GAN j; 1AEY A; 2D6F A; 2YLC A; 4LUD A; 1UB4 A; 1WNL A; 2EQJ A; 4AFU C; 1RI0 A; 4C92 G; 4HT9 A; 4N0A C; 3M0Q A; 3TEE A; 1IB8 A; 1ARK A; 3VYH B; 2DX1 A; 1YJ9 Q; 2FB7 A; 4PJO A; 2DLP A; 1FMW A; 5C6S A; 1QKW A; 2B86 A; 4PFZ A; 4BY6 B; 5CKF A; 1D1B A; 2BKD N; 4PJJ A; 4LDX A; 5KCH A; 1JO8 A; 5GAN 2; 1JB0 E; 2ZPI B; 1D3B A; 1OQK A; 3CCS Q; 1SRL A; 1YN8 A; 1ZUY A; 2RJE A; 4QW2 A; 3OS1 A; 4OMN A; 3VS0 A; 4KH0 B; 5KYX B; 1TOV A; 4JJN K; 1KQS A; 4NL3 A; 4J9G A; 4DA4 A; 4KUI A; 2VWF A; 1D09 B; 2CYZ B; 4BE1 A; 2DF6 A; 2JS0 A; 5GAM j; 4J9E A; 4C8Q G; 3REB B; 2BE7 D; 3EGX A; 2RQV A; 2DIQ A; 4JUV A; 4P5N A; 2RM4 A; 2ECZ A; 2LP5 A; 2X4J A; 3CC2 T; 2OTJ A; 2DTO A; 2D8J A; 2Y4Y A; 5HK0 A; 1AHJ B; 4BE2 A; 4FSS A; 1KHI A; 2EGA A; 4LDU A; 3CC7 Q; 4M77 F; 2E4H A; 4PLL A; 1VQL T; 2HKQ B; 3EG1 A; 2WSF E; 3NGP A; 2ENM A; 3O5Z A; 3QDR B; 2L8D A; 4EIK A; 4BI4 A; 1UEC A; 4J9B A; 2VB6 A; 2KNB B; 1IRE B; 4FSX A; 5CQY A; 2JZ2 A; 1K8A U; 4N4I A; 5KCO A; 3G4S A; 1U8R A; 3MHX A; 3CME T; 5GJV B; 3G71 Q; 2GGR A; 4JZ4 A; 2DIL A; 2M02 A; 4FYY B; 1VQ7 Q; 3THK A; 5GAO l; 3LGF A; 2YT6 A; 3A1P A; 2ZPH B; 1NBE B; 1B34 B; 1M90 C; 2DYI A; 4M75 F; 3JCM W; 4C8Q C; 5D6Y A; 5IN1 A; 2J6K A; 2O9V A; 4ATO A; 4OB2 B; 4M78 E; 2F5K A; 5CQX A; 1S72 Q; 1AOJ A; 3CCQ T; 3JB9 H; 5GAN 7; 1K1Z A; 2LT4 A; 4L5G A; 2QQA A; 4QVZ A; 2XHC A; 3I9Q A; 3PMI A; 5GAN 4; 3FJP A; 1WPY A; 2EPD A; 4M7D A; 2JW4 A; 1XNI A; 1UUE A; 1RAB B; 3M54 A; 1M1K R; 1YFN A; 3QXE B; 4BD3 A; 2E6N A; 2XU8 A; 2HSP A; 3CCV T; 2VXF A; 4ESR A; 2L89 A; 2X51 A; 2KGT A; 3CCJ A; 1WDX A; 2G6F X; 2YUQ A; 5GAN d; 5KH6 A; 3C94 A; 3QKJ A; 3QPH A; 3S6W A; 1VIF A; 1WJQ A; 3OW2 S; 4KGZ B; 5GAO r; 3VUB A; 5CAI A; 4M77 G; 4FL6 A; 2DMO A; 3SWN B; 2ZAE A; 4M75 D; 4Y92 A; 4HVV A; 2PVO B; 1M3A A; 3PGG A; 1QVG A; 3VKI A; 4J83 A; 3UWN A; 2PU9 B; 4IIM A; 2GQV A; 2O2O A; 2AK5 A; 3BDL A; 3CXC P; 3V8L A; 2K79 A; 2YDL A; 2DNU A; 2FRW A; 5IHI A; 2HBW A; 4PK4 A; 1X27 A; 2M16 A; 4HVU A; 2E10 A; 1UGR B; 3SB2 A; 3CCE A; 4R55 A; 2RK2 A; 3AT1 B; 4QQG A; 3OBW A; 4LUE A; 2LRQ A; 2V1Q A; 1IGQ A; 1M3C A; 2YRD A; 1G8X A; 2AZS A; 2V26 A; 4PL6 A; 2DET A; 4RG2 A; 1TWB A; 5GAM d; 4N4H A; 3VS1 A; 2AKL A; 2IVW A; 3UA6 A; 3ZBD A; 3QWX X; 1VOM A; 1ACM B; 4PJO C; 1TSF A; 4XTZ A; 2PQW A; 3UDC A; 3Q1J A; 5AYF A; 3MJX A; 4HCK A; 1HJD A; 1LCK A; 2KT8 A; 2JOY A; 2K6D A; 2F2X A; 1EFN A; 2DAQ A; 2VC8 A; 1UGP B; 3ZL7 C; 1M2O A; 2CZ7 B; 2K4Y A; 2LT1 A; 2DEQ A; 4ZNX A; 3URG A; 4IUU A; 4RTW A; 2HL3 A; 3PIP A; 1VQK T; 1B34 A; 2KK4 A; 4C0G A; 4C92 E; 3GIB A; 1YIJ A; 2C06 A; 5GAN g; 1VQ5 Q; 2V8I A; 3QJ6 A; 5GMK i; 2V8J A; 5GAN 6; 3A8O B; 1AZE A; 1AD5 A; 1H8K A; 5GMK h; 2ROT A; 5CR2 A; 2FZC B; 3TVT A; 4E47 A; 3C95 A; 3RMQ A; 1VYV A; 4LD9 K; 4M7A E; 5A0D A; 1WGS A; 2BIV A; 1RAE B; 5IT9 E; 3CD6 T; 1V29 B; 3X26 B; 2HNI A; 1FMV A; 9ATC B; 3OYF A; 3QG1 A; 5FWB A; 2BZ8 A; 2VKN A; 1YWP A; 4RTU A; 4BI3 A; 1VQN A; 5FU7 B; 5I2S A; 1E6H A; 1W6X A; 1OZ3 A; 1AWX A; 1N6A A; 2YUO A; 4IKF A; 1W70 A; 5FWC A; 2KSS A; 1BCM A; 2LJ1 A; 3L2W A; 1VA7 A; 1ZA2 B; 1AWO A; 2BUD A; 2KXD A; 1K0X A; 1NJI R; 3PT9 A; 2CSI A; 2ROL A; 1YI2 A; 4FYV B; 1M1K C; 1TTH B; 5GAM g; 3UF4 A; 3N5B B; 1YHQ A; 1ZA1 B; 3SWN A; 3EFO B; 2HQH A; 2JMA A; 1YJ9 T; 1O9S A; 2QAZ A; 2K57 A; 3X20 B; 3JB9 G; 2E3H A; 2LZ6 B; 5ECA A; 5FRO A; 4JRP A; 1TG0 A; 3MCA B; 1Q81 R; 4DEX A; 3CCS T; 1M1K U; 1VQ6 A; 5L23 A; 3V8K A; 3I55 Q; 4M78 D; 2MYS A; 3CQT A; 3HFN A; 2GNC A; 4FW2 A; 4L6V 5; 4ANJ A; 4M7D C; 3CC4 A; 1UDL A; 3S3N A; 1RAD B; 5CCA A; 2K7A A; 2X3X D; 3LGL A; 1K9M R; 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1M5Q 1; 4HA8 A; 1YIT A; 4LXC A; 1JXM A; 3EFO A; 4PLI A; 2CUB A; 4C8Q F; 1X2Q A; 2NUT B; 2XK0 A; 3E9G A; 1BI1 A; 2JTE A; 3EGD B; 1NYF A; 3MEA A; 2QTV A; 3GBQ A; 2NUP B; 2X9H A; 3SDZ A; 1NPR A; 2DA9 A; 1NJI C; 5LJ3 h; 2JM9 A; 3OYH A; 3I56 Q; 5CKB A; 4AG2 C; 3M0R A; 2QQ9 A; 1BU1 A; 3OMG A; 2CP6 A; 4EPC A; 3RR6 A; 2LTO A; 1I5O B; 1WA7 A; 4OGE A; 3JCM h; 2AKK A; 1KQ1 A; 1A0N B; 3HP9 A; 1NJI U; 1KD1 R; 4MML A; 4BDY A; 3J7A F; 3M0P A; 1B7T A; 5DLO A; 3MO8 A; 3L2Q A; 1ZUU A; 4Q5W A; 5CK9 A; 5EG2 A; 2EKH A; 4E7S A; 2F2V A; 3CMA A; 1PNJ A; 4OMF B; 1VQ4 Q; 2VUB A; 4XU1 A; 1BYM A; 5IXB A; 4JJB A; 4CI0 C; 3LH0 A; 2LQ8 A; 2B8A A; 1D1A A; 4J6X A; 2F69 A; 2HQE A; 4B9X A; 4C8Q D; 1Y96 B; 3QYH B; 2DM1 A; 4HVW A; 3SWN C; 1VYT A; 2JN0 A; 3HL8 A; 3CC2 A; 1NPP A; 2KE9 A; 4QT7 A; 3QJY A; 1TUD A; 1HSQ A; 4R56 A; 3RKW A; 2K5F A; 1Q82 R; 1LNX A; 1VQL A; 3MP8 A; 1BKB A; 2COZ A; 2FYK A; 4MDW A; 1QCO A; 1WQ7 A; 2JM8 A; 2FPF A; 2QA4 Q; 2QG9 B; 4Z88 A; 5DM7 R; 4HCZ A; 5FRM A; 2KBT A; 1SG5 A; 3CMA T; 1K9M U; 4AFS C; 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