The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
|
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| total genus |
8
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F16 A; 4HXJ A; 2F2V A; 4AFQ C; 1M30 A; 1FYN A; 2JS0 A; 4ORZ A; 1M8M A; 2JTE A; 2RPN A; 1X43 A; 2CRE A; 1AWW A; 4QT7 A; 2DLP A; 5FW9 A; 1NYG A; 1I0C A; 5FWC A; 2G6F X; 2HBW A; 1SRL A; 2B86 A; 2KNB B; 2F2X A; 1GBR A; 1CSK A; 1E6G A; 2RF0 A; 2DIL A; 1T3S A; 3M0T A; 2SRC A; 2EBP A; 3C0C A; 2DRM A; 1A0N B; 1WDX A; 4GBQ A; 4J9F A; 1N5Z A; 4D8D A; 2C0I A; 1UEC A; 2ENM A; 5EC7 A; 1AEY A; 3O5Z A; 1PWT A; 4IIM A; 3PVQ A; 2X3X D; 4M4Z A; 1BB9 A; 2L3Q A; 2KEA A; 1ZUU A; 2EGE A; 2K9G A; 2CT3 A; 3JV3 A; 3ULR B; 3VS7 A; 1RUW A; 2YUQ A; 2D8H A; 1H3H A; 1E7O A; 2VKN A; 1SHF A; 1WXU A; 2JMC A; 3GBQ A; 2IIM A; 1T3L A; 1AVZ C; 1X6B A; 2LMJ A; 1I1J A; 2D0N A; 1UJ0 A; 3UAT A; 1YNZ A; 2L3P A; 4J9G A; 2DL5 A; 2HSP A; 4JZ4 A; 2LCS A; 5IHN A; 1PHT A; 2J7I A; 2DVJ A; 2CH4 A; 1S1N A; 2KXC A; 2K2M A; 1QKX A; 2RQT A; 4J9B A; 3EG3 A; 1WFW A; 1OEB A; 2LJ3 A; 1U3O A; 2BTT A; 1OPK A; 2FEI A; 2EYW A; 2LQN A; 2DMO A; 2DNU A; 4F14 A; 2AZS A; 2M51 A; 4Z88 A; 1CKB A; 3QWX X; 2YT6 A; 5IHK A; 2KBT A; 1CKA A; 3REA B; 1I07 A; 3RBB B; 2DE0 X; 2J6K A; 1WYX A; 4JJC A; 2LP5 A; 1OPL A; 4DEX A; 2YUO A; 2J6F A; 2KYM A; 3H0H A; 1UFF A; 2EKH A; 3EHR A; 4J9H A; 2D1X A; 2JM9 A; 2RNA A; 1NLO C; 2BZX A; 2GQI A; 4DEY A; 3I35 A; 3EHQ A; 3KFV A; 2CSQ A; 2HEQ A; 3ZL7 C; 1AZG B; 2KE9 A; 1K4U S; 3PVL A; 4OMO A; 1QWE A; 4LNP A; 1HD3 A; 1M3B A; 1WLP B; 4KRT A; 2KYB A; 1Z9Z A; 2PTK A; 2A37 A; 1X27 A; 2VVK A; 1ZUK A; 2A08 A; 2JW4 A; 2CDT A; 1K0X A; 1WA7 A; 1WX6 A; 1X6G A; 3VS2 A; 2O9S A; 4RTZ A; 3REB B; 2A28 A; 1M27 C; 2K3B A; 3TVT A; 1UDL A; 2FG0 A; 1TUC A; 1K1Z A; 2DBK A; 1GL5 A; 4EIK A; 1JO8 A; 4OML A; 1UJY A; 1KJW A; 1QLY A; 2CH4 W; 2MIO A; 1U06 A; 1ARK A; 2W10 A; 1AWJ A; 2J06 A; 2YSQ A; 2LZ6 B; 4GLM A; 1GBQ A; 3NGP A; 4Z8A A; 1NYF A; 2DL8 A; 3SEM A; 2YUN A; 2KT1 A; 2F2W A; 4CC4 B; 2AK5 A; 1BK2 A; 2EGA A; 1M3C A; 1PRL C; 2W0Z A; 4AFU C; 4AFS C; 2KT8 A; 2DA9 A; 4K11 A; 2L3S A; 3TSZ A; 1MUZ A; 1SRM A; 2GTO A; 2EGC A; 1QKW A; 2K79 A; 1K9A A; 4HVU A; 2EYZ A; 2YUP A; 3NPF A; 5I22 A; 3EGU A; 5ECA A; 3VS3 A; 4HVW A; 1YWO A; 1WI7 A; 2GNC A; 1MV0 B; 2XMF A; 3U23 A; 2LQW A; 3LH5 A; 1Y57 A; 3UA6 A; 2KRM A; 2I0N A; 2NUZ A; 1AOJ A; 2FO0 A; 1H92 A; 2MCN A; 4JJD A; 2DL3 A; 2C0T A; 2ABL A; 3VS5 A; 4Z89 A; 2RQR A; 1ZLM A; 3VRZ A; 4D8K A; 2ROL A; 2DL4 A; 1ABQ A; 4FSS A; 5GJV B; 1UHC A; 2HDA A; 2BZY A; 3FJ5 A; 1AWO A; 2RN8 A; 1ZUY A; 2GTJ A; 2KRS A; 1V1C A; 2AKK A; 5IHI A; 4CC7 A; 1NEG A; 2K7A A; 2RQU A; 4CC3 A; 2ROT A; 1JU5 C; 2D8J A; 1YP5 A; 3M0S A; 5I11 A; 3VRY A; 4HCK A; 4CC2 A; 1X69 A; 1YWP A; 1ZX6 A; 2YDL A; 4IIO A; 1PNJ A; 1PKS A; 1KFZ A; 1H8K A; 4F17 A; 4LE9 A; 4JZ3 A; 2EW3 A; 1IO6 A; 3NMZ C; 1SPK A; 5L23 A; 5IH2 A; 2HCK A; 1SHG A; 3UF4 A; 3H0F A; 1OV3 A; 2DBM A; 2L2P A; 2LJ1 A; 1UUE A; 1J3T A; 1AD5 A; 2DYB A; 2J05 A; 5FWB A; 2RQW A; 4JJB A; 1X2K A; 2CSI A; 1AWX A; 3M0R A; 2DJQ A; 2LJ0 A; 2EYY A; 1OOT A; 1AZE A; 1RLP C; 3H0I A; 1HJD A; 2AZV A; 1WXB A; 2ED0 A; 4ESR A; 1VYU A; 3THK A; 4OMN A; 2DX1 A; 3VS0 A; 1YN8 A; 4LUD A; 2RMO A; 1WXT A; 1E6H A; 3EG2 A; 4A63 B; 3NHN A; 4RTW A; 2GGR A; 1GRI A; 1TUD A; 1B07 A; 2DF6 A; 2OAW A; 3M0U A; 3M0P A; 2JM8 A; 3I5R A; 4AFZ C; 2KGT A; 2RQV A; 1QCF A; 1KIK A; 1SSH A; 2K6D A; 1KSW A; 4OMP A; 3A98 A; 4AG1 C; 2KRO A; 1X2Q A; 3PE0 A; 2PZ1 A; 2H8H A; 2M0Y A; 4R0K A; 2EVR A; 1T0H A; 1GCQ C; 3M0Q A; 1GCQ A; 1K76 A; 1MV3 A; 2FRW A; 2O31 A; 2O9V A; 4JPB W; 1UGV A; 1NG2 A; 3R6N A; 2DM1 A; 1ABO A; 4HVV A; 1GFC A; 2MOX A; 1UG1 A; 2O2O A; 4X1V A; 3VS4 A; 2EYX A; 3QWY A; 2JS2 A; 2KRN A; 1GFD A; 4Y92 A; 3I9Q A; 1NLP C; 1WIE A; 1RI9 A; 2JT4 A; 2LX7 A; 3IQL A; 1JXM A; 1VYV A; 4RTX A; 1NM7 A; 2QDL A; 4OMQ A; 2KXD A; 1G83 A; 4RTV A; 1TG0 A; 2P4R A; 2V1R A; 2C0O A; 3UA7 A; 3EG1 A; 2EQI A; 2OJ2 A; 5GJW B; 5IXB A; 1K0S A; 4OMM A; 2CT4 A; 3CQT A; 1JXO A; 3VS6 A; 3H41 A; 1G2B A; 4AG2 C; 2AKL A; 4LN2 A; 2J6O A; 1UHF A; 2DRK A; 1JEG A; 4LUE A; 1BU1 A; 4ZNX A; 2DL7 A; 1UTI A; 2LNH B; 2O88 A; 3RNJ A; 1UE9 A; 2NWM A; 5IXF A; 2BZ8 A; 1U5S A; 4J9D A; 2JXB A; 4J9I A; 2ESW A; 2E5K A; 4E6R A; 1W70 A; 1T0J A; 1JQQ A; 1BBZ A; 4J9C A; 4RUG A; 1HSQ A; 1RLQ C; 1Z9Q A; 5HCK A; 2CUD A; 4RTU A; 2JMA A; 1VYT A; 2EPD A; 2FPF A; 2L0A A; 2SEM A; 1FMK A; 1YCS B; 1LCK A; 2GBQ A; 1W6X A; 2CUB A; 4WCI A; 1VA7 A; 1B3Q A; 2X3W D; 2PNI A; 1EFN A; 2KR3 A; 1GCP A; 3VS1 A; 1W1F A; 1SEM A; 1ZBJ A; 2FRY A; 2OI3 A; 4J9E A; 4RTY A; 2ED1 A; 2FPD A; 1Y0M A; 1NEB A; 1QWF A; 3EG0 A; 2V1Q A; 3SHW A; 1ZSG A; 2ECZ A; 4RTT A; 2VWF A; 1PRM C; 1PKT A; 3I5S A; 2A36 A; 2FPE A; 1XOV A; 1M3A A; 3TSW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5L8R E; 4HXJ A; 1EIF A; 3X24 B; 4OB1 B; 3E2U A; 5FRO A; 1XJW B; 2VXF A; 2RPN A; 5FU7 B; 4EMH A; 3QSU A; 4DBR A; 1NYG A; 4MMK A; 5FWC A; 4XTY A; 2HBW A; 2HSE B; 1PD1 A; 1SRL A; 3MCA B; 4KGV B; 1M2V A; 2F2X A; 1E6G A; 2DTI A; 2SRC A; 4MZM A; 2EBP A; 3EGX B; 1DJ7 B; 3PFS A; 5GMK m; 8ATC B; 1KQ1 A; 3HFO A; 4O5V A; 1K73 C; 4FU6 A; 3H9N A; 1Q95 G; 3OYH A; 3MO8 A; 4XAX B; 1Q86 R; 4XQ3 A; 1UEC A; 1YIJ Q; 5EC7 A; 4M7A G; 2RH2 A; 1WGS A; 2Y90 A; 2X3X D; 3EFR A; 2K9G A; 3CCJ T; 1RUW A; 2X4X A; 2JMC A; 1T3L A; 1AVZ C; 2LMJ A; 3ZFJ A; 2D0N A; 1UJ0 A; 2FB7 A; 4BE0 A; 4LDY A; 3G1J A; 4KH0 B; 2LCS A; 2J7I A; 2DVJ A; 2YXY A; 2MF2 A; 3CCL Q; 3DKM A; 2V8K A; 1RAA B; 4OP0 A; 4BY6 C; 4C8Q C; 1QKX A; 2RQT A; 5CO7 A; 2M0O A; 2RHY A; 2E6N A; 3HTR A; 3EG3 A; 3A8L B; 4J9B A; 1W2B S; 1K73 R; 1VQ6 A; 4A4G A; 2LJ3 A; 2BTT A; 4PJO B; 5AT1 B; 4R55 A; 1EZZ B; 2FEI A; 2RA2 A; 1FX7 A; 2LRQ A; 2COZ A; 1N8R C; 4PJO A; 3CCL A; 4J6X A; 3KXT A; 2DIQ A; 3JB9 G; 3RMS A; 2O4X B; 5KYW A; 5LJ5 e; 3PIP A; 3OSS C; 1QVF P; 1WHH A; 2DTH A; 2J6K A; 3LLR A; 5CKF A; 2YUO A; 1GXI E; 2KYM A; 2E12 A; 1UFF A; 2XID A; 1QVP A; 4OMF B; 1NLO C; 3T9N A; 4EMK A; 2XD0 A; 3I35 A; 1BIA A; 1MND A; 3EHQ A; 2X9H A; 3CCV Q; 2CSQ A; 3ZL7 C; 2KE9 A; 4FSX A; 4BI8 B; 5GAN 8; 3MEV A; 4M77 D; 2QEX A; 3S6W A; 1RI0 A; 1YI2 T; 1Z9Z A; 4M75 G; 2PTK A; 3WVE B; 2A37 A; 5LL6 S; 2VVK A; 4KGX B; 2JW4 A; 2CDT A; 2QA4 T; 2OTL T; 4J6Y A; 1WZO A; 2A28 A; 4DBH A; 3PGG A; 1UDL A; 2BIV A; 1K1Z A; 1VQ5 A; 3O8V A; 3OYG A; 1VIE A; 3G6E Q; 1M1K C; 1R8O B; 3QHS A; 2QK0 A; 4EIK A; 4E7L A; 5LJ3 j; 2RHU A; 2CP0 A; 2CH4 W; 4A4F A; 1U06 A; 2ZPE B; 1ARK A; 2W10 A; 2JOY A; 1AWJ A; 2J06 A; 2HQE A; 1G3T A; 2DKG A; 3E1S A; 1M8V A; 4GLM A; 1GBQ A; 1G3Y A; 2DL8 A; 3QO3 A; 2KT1 A; 3OYA A; 2AK5 A; 4PLI A; 2KT8 A; 2L3S A; 3TSZ A; 1MUZ A; 5C6S A; 2EGC A; 1QKW A; 1K9A A; 1FMW A; 4HVU A; 2PVG B; 2HD0 A; 2WSC E; 4LD9 K; 2DER A; 4PNO A; 1YJN T; 3VS3 A; 1WI7 A; 3M9Q A; 2XMF A; 5I2S A; 3OS2 A; 3SDZ A; 1Y57 A; 2KRM A; 2NUZ A; 1AOJ A; 2FO0 A; 2DXT A; 1H92 A; 3FDR A; 4IUR A; 1VQP T; 4FM4 B; 2MCN A; 4JJD A; 2C0T A; 2R5M A; 3VS5 A; 3JCM J; 4J6W A; 4D8K A; 4FYW B; 1ABQ A; 1K9M C; 2KVQ G; 4E7H A; 3FJ5 A; 4BDY A; 3INZ A; 1AWO A; 2RN8 A; 3OW2 P; 2AKK A; 3CC7 Q; 4CC7 A; 2ZPG B; 3UT1 A; 2VYT A; 2RQU A; 1Y96 B; 2CP7 A; 5CVI A; 4CC3 A; 2F5T X; 1WJS A; 3C12 A; 3M0S A; 3CC4 T; 2CZ6 B; 4JRP A; 1YI2 A; 2F1L A; 4CC2 A; 3NFC A; 3H8Z A; 1TWB A; 3CCR T; 4N4G A; 1YWP A; 1ZX6 A; 3D7S B; 3CCR A; 1FMV A; 5GAM h; 1PKS A; 2X51 A; 4X34 A; 2CZ1 B; 1IO6 A; 4M75 E; 5L23 A; 5GAM j; 1G3S A; 4X9C A; 4J8O A; 3J7A F; 2YRV A; 3L2W A; 4QQ6 A; 2VB6 A; 4OGC A; 4M77 C; 3PMI A; 1AD5 A; 2J05 A; 3OY9 A; 3LGL A; 4C0G A; 4ZGD B; 2YLC A; 1B34 A; 1Q82 U; 4BY6 B; 4RKU E; 1RLP C; 3QDF A; 4MML A; 5GAO q; 5GAN 5; 3EG2 A; 1VQN Q; 4RTW A; 1VQ5 Q; 1TUD A; 1B07 A; 1U1T A; 2V8J A; 2EQJ A; 5DM7 R; 2Y4Y A; 1RAE B; 1VQO T; 4IUP A; 1VOM A; 4PKC C; 2RQV A; 4JLG A; 1QCF A; 4TVR A; 1SSH A; 3OQ5 A; 1JBM A; 2M1H A; 1SSF A; 4FT2 A; 4EPC A; 3QJ6 A; 2EVR A; 2JUF A; 1T0H A; 2E41 A; 4C8Q F; 5KH6 A; 3RKW A; 2CP2 A; 1R0B G; 4HT8 A; 3I55 A; 2KK4 A; 4C92 G; 2RB6 A; 2E3H A; 2EQM A; 3CCS A; 1ABO A; 1VQL Q; 4DQ2 A; 1UG1 A; 4C0Z A; 1K9M R; 3TCJ A; 3QWY A; 3Q1J A; 5FU7 C; 3QZ9 B; 4PJJ A; 4ZN3 A; 1WIE A; 2JT4 A; 4UC4 A; 4M75 D; 2F69 A; 2EQU A; 4RTX A; 4V2S A; 3TQ7 P; 2QDL A; 3OYE A; 4PFP A; 3X20 B; 2KXD A; 3M54 A; 1TG0 A; 3V7S A; 2V1R A; 4XTX A; 5GJW B; 2HKN A; 4MDW A; 1K0S A; 3CMA T; 2CT4 A; 3CQT A; 1JXO A; 1TTH B; 3CBM A; 3AHU A; 2DK3 A; 3TU4 K; 4E7S A; 1I4K 1; 4ZNX A; 1VQM Q; 2O88 A; 3MEU A; 1MHN A; 3RNJ A; 2NWM A; 3BW1 A; 2JJ9 A; 3CCE T; 4J9D A; 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1TS9 A; 2CH4 A; 2JN0 A; 3PIO A; 2K2M A; 5D7U A; 4F04 B; 2A7Y A; 3V7C A; 4B9X A; 1YJ9 A; 3G71 Q; 1WFW A; 3I56 Q; 3JB9 J; 2E4H A; 1OPK A; 3FJP A; 1OX9 A; 3F70 A; 4M7A A; 2EYW A; 2DNU A; 1M90 U; 3OYF A; 2D6F A; 1WHK A; 2XU8 A; 4PJO C; 3OSV A; 5GAN g; 3VUZ A; 1SF9 A; 2MK5 A; 2M51 A; 4Z88 A; 3REA B; 5GAN 7; 2DIG A; 3RBB B; 2LCL A; 3M55 A; 2KY9 A; 2LP5 A; 3L42 A; 3EHR A; 4HKE A; 2MWP A; 2BZX A; 2QXF A; 4E7J A; 2GQI A; 2OTJ A; 1XTD A; 1BI0 A; 2HEQ A; 3X26 B; 4PLL A; 3MP1 A; 4A4K A; 2DD4 A; 2QEX T; 1UEB A; 2KAF A; 4M7D A; 3JCM b; 2DVE A; 1OQK A; 1QCO A; 2O9S A; 2NLU A; 3REB B; 1M27 C; 2FZC B; 1WHL A; 2QA4 Q; 5DLQ E; 4C5G A; 3A5Z B; 4M78 C; 2DBK A; 2XDP A; 4P5N A; 3OYB A; 1JO8 A; 4OML A; 4FIB A; 1YJN Q; 3BFM A; 2DD5 A; 3JCM P; 1D0Z A; 4FT4 A; 4C0F A; 3SEM A; 5GAO l; 3RES A; 3C94 A; 1K8A C; 5J3B A; 3CC7 A; 1SKU B; 2EGA A; 3CC7 T; 4EMK B; 4AFS C; 2KMT A; 4OF1 A; 3CBO A; 2K79 A; 1YCY A; 2EYZ A; 2JZ2 A; 3LW5 E; 1W2B P; 1D1C A; 3NPF A; 2QTV A; 2WSF E; 4C5H A; 5J26 A; 1VQL A; 1U1S A; 4HVW A; 1M2O A; 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