The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
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| total genus |
8
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| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YSQ A; 1NLO C; 2CSI A; 2RQW A; 3M0S A; 1HJD A; 2DE0 X; 2F2V A; 4DEX A; 1YP5 A; 3ZL7 C; 1YN8 A; 2LZ6 B; 1ZLM A; 2RN8 A; 1NYG A; 2HDA A; 2KRM A; 4F16 A; 3PE0 A; 2BZX A; 2DL3 A; 2C0I A; 1QWE A; 1KJW A; 4HVV A; 2KRS A; 4RTV A; 1IO6 A; 3REB B; 5IXB A; 2CRE A; 2E5K A; 2L2P A; 2EGE A; 3TVT A; 4AFU C; 1X2K A; 2MIO A; 3ULR B; 2AZS A; 4RTT A; 1AZG B; 2EYZ A; 3H0F A; 3LH5 A; 4RTX A; 4CC3 A; 1KIK A; 1BU1 A; 3NPF A; 3VS1 A; 2JXB A; 1WXT A; 2K9G A; 3VS6 A; 1M8M A; 4JZ3 A; 1RI9 A; 4J9G A; 1UHF A; 1RLP C; 4LN2 A; 1PRM C; 4OMO A; 4F14 A; 2LP5 A; 1PKT A; 1ZUU A; 4J9H A; 1LCK A; 1V1C A; 1AVZ C; 1CKA A; 1K9A A; 4JPB W; 2JMA A; 1I07 A; 1A0N B; 2DL5 A; 3EHR A; 2X3W D; 2MOX A; 3EG3 A; 4JJB A; 4M4Z A; 2W0Z A; 2HEQ A; 1AOJ A; 1VYV A; 3PVQ A; 1XOV A; 2EGC A; 1UGV A; 2QDL A; 4JJC A; 1H8K A; 2LJ0 A; 2DL7 A; 2EBP A; 2LX7 A; 2ECZ A; 2ED1 A; 3UA7 A; 1MV0 B; 5IHK A; 1GFD A; 5IXF A; 4J9C A; 2CH4 W; 1E7O A; 2DVJ A; 3I5R A; 2EYW A; 4FSS A; 1K1Z A; 5I22 A; 3NGP A; 1BB9 A; 2KRO A; 1JEG A; 1SRL A; 4EIK A; 1K4U S; 1HD3 A; 2OJ2 A; 3I5S A; 4HCK A; 1PWT A; 1RLQ C; 1X69 A; 2LJ3 A; 2J6K A; 2O31 A; 2ED0 A; 3I35 A; 5EC7 A; 2RQT A; 2BZ8 A; 2A28 A; 3UA6 A; 5IHI A; 4R0K A; 1OPL A; 2KXD A; 4DEY A; 1ZX6 A; 1UG1 A; 2EPD A; 1G2B A; 1QWF A; 1H3H A; 5I11 A; 3JV3 A; 3EG1 A; 1FYN A; 3H0H A; 1KFZ A; 1MV3 A; 1UDL A; 2YUQ A; 5HCK A; 4ESR A; 4Z8A A; 2KE9 A; 1QCF A; 2CH4 A; 2ROL A; 1QLY A; 2DYB A; 2EVR A; 3EG0 A; 1AWX A; 4LUD A; 2KYM A; 1YCS B; 4J9F A; 4AG2 C; 4D8D A; 1T0H A; 1WLP B; 1NEG A; 1M3A A; 3I9Q A; 3CQT A; 2DL8 A; 1WXU A; 1AWJ A; 4K11 A; 2EQI A; 2JM9 A; 4Z89 A; 2JM8 A; 4J9B A; 2NWM A; 1UUE A; 1FMK A; 1BBZ A; 2CT3 A; 2FG0 A; 2DM1 A; 2KBT A; 4GBQ A; 2BZY A; 1J3T A; 1WYX A; 2RF0 A; 1GRI A; 4AFZ C; 2A36 A; 3M0Q A; 1HSQ A; 4HVW A; 2DF6 A; 1PRL C; 1JQQ A; 3SEM A; 3VS4 A; 3THK A; 1GFC A; 2IIM A; 4A63 B; 5GJV B; 1Y0M A; 2L0A A; 1Z9Z A; 3VS0 A; 3M0U A; 2OI3 A; 4RTW A; 1B3Q A; 1X2Q A; 1UFF A; 2KT1 A; 4AFS C; 2DL4 A; 5ECA A; 1W6X A; 2B86 A; 2CUB A; 1QKX A; 2EW3 A; 4X1V A; 3M0P A; 2GTJ A; 2DLP A; 1WA7 A; 1WXB A; 2DA9 A; 4HXJ A; 1U06 A; 1I0C A; 1ZUK A; 2FO0 A; 1N5Z A; 2V1R A; 1X6G A; 4Y92 A; 5FWB A; 1UJY A; 1E6G A; 1NM7 A; 2J05 A; 1SPK A; 2K7A A; 1AZE A; 1OEB A; 1M3C A; 4RTZ A; 3R6N A; 1NG2 A; 1NYF A; 2DBK A; 2GGR A; 2YT6 A; 2L3Q A; 1Y57 A; 2KEA A; 4LE9 A; 2O2O A; 1UJ0 A; 2ABL A; 4JZ4 A; 1T3L A; 4E6R A; 1K0X A; 2JTE A; 2FRW A; 2KT8 A; 2DRM A; 3U23 A; 1CKB A; 2J6F A; 1ABO A; 1SRM A; 2RQR A; 4RTU A; 1JXO A; 3VS5 A; 2EGA A; 2K79 A; 2O88 A; 4J9E A; 2AKL A; 1PKS A; 2FPE A; 4OMP A; 1JXM A; 2L3S A; 2H8H A; 1AD5 A; 1PHT A; 1UE9 A; 2O9S A; 2CSQ A; 3KFV A; 4Z88 A; 2K2M A; 2DX1 A; 2F2X A; 1K76 A; 4QT7 A; 1NEB A; 1UTI A; 1E6H A; 4LNP A; 1WI7 A; 3VRZ A; 2EYY A; 2J6O A; 1H92 A; 2BTT A; 2I0N A; 2J06 A; 2KXC A; 1YNZ A; 3H0I A; 2CUD A; 3RBB B; 2DNU A; 2NUZ A; 2O9V A; 2HCK A; 1M3B A; 2GQI A; 2GNC A; 2JT4 A; 3IQL A; 2AK5 A; 3NMZ C; 1X43 A; 1GCQ A; 1VYT A; 1K0S A; 3UAT A; 1SHF A; 2DJQ A; 1TG0 A; 3C0C A; 3SHW A; 3PVL A; 2P4R A; 2PNI A; 1ZBJ A; 1T0J A; 1W70 A; 1G83 A; 3RNJ A; 3QWY A; 1SHG A; 3FJ5 A; 2KRN A; 4WCI A; 1MUZ A; 1X6B A; 2HSP A; 2LMJ A; 3TSW A; 2J7I A; 1JU5 C; 2RMO A; 2RQU A; 1WFW A; 1KSW A; 4LUE A; 1WIE A; 2ENM A; 2M51 A; 2YUN A; 2D8H A; 2DIL A; 1GBR A; 4CC4 B; 4ZNX A; 1GBQ A; 1S1N A; 2G6F X; 1WX6 A; 2SEM A; 2VKN A; 2V1Q A; 2C0O A; 2LCS A; 2KNB B; 1U3O A; 2JW4 A; 4CC7 A; 2DMO A; 3QWX X; 2ESW A; 5FW9 A; 1AEY A; 3EGU A; 1QKW A; 3EG2 A; 3VS2 A; 1JO8 A; 1GCP A; 3GBQ A; 3H41 A; 5IHN A; 1T3S A; 1CSK A; 1W1F A; 2KR3 A; 4CC2 A; 1OOT A; 1UEC A; 2KGT A; 2EKH A; 2PTK A; 1VYU A; 3EHQ A; 4RUG A; 2JS0 A; 3VRY A; 2ROT A; 2LJ1 A; 1M27 C; 2AKK A; 5L23 A; 1X27 A; 2W10 A; 3NHN A; 1AWO A; 1VA7 A; 3TSZ A; 2AZV A; 1GCQ C; 1YWO A; 2RPN A; 4IIM A; 3VS7 A; 2JMC A; 2DRK A; 2GTO A; 4GLM A; 1Z9Q A; 4OMQ A; 1ARK A; 2XMF A; 5FWC A; 4JJD A; 2LQW A; 2OAW A; 1ZUY A; 2M0Y A; 1TUD A; 4HVU A; 5IH2 A; 4OMM A; 1OPK A; 2GBQ A; 4OML A; 3UF4 A; 2KYB A; 2D8J A; 2RQV A; 2YUP A; 3O5Z A; 1I1J A; 2MCN A; 2CDT A; 3VS3 A; 2L3P A; 2DBM A; 2FRY A; 2LQN A; 2CT4 A; 2A08 A; 4F17 A; 2X3X D; 3M0R A; 4J9D A; 2F2W A; 2A37 A; 2VVK A; 4IIO A; 2JS2 A; 2RNA A; 1WDX A; 5GJW B; 4KRT A; 4J9I A; 1PNJ A; 1TUC A; 2FPF A; 2FEI A; 1RUW A; 4AFQ C; 2FPD A; 1UHC A; 4AG1 C; 2D1X A; 1B07 A; 1SEM A; 2PZ1 A; 2K6D A; 2VWF A; 2HBW A; 2C0T A; 4RTY A; 1ABQ A; 1BK2 A; 2SRC A; 3M0T A; 2K3B A; 1SSH A; 3REA B; 2YDL A; 1ZSG A; 4ORZ A; 1M30 A; 3A98 A; 1OV3 A; 2D0N A; 1YWP A; 4D8K A; 1AWW A; 1U5S A; 2EYX A; 2YUO A; 4OMN A; 2LNH B; 1NLP C; 1EFN A; 1GL5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KYX B; 3SWN C; 4F7U G; 2DE0 X; 2E1H A; 2CZ7 B; 2JTM A; 3C4S A; 3ER0 A; 4PJN A; 1K9M U; 1UGP B; 5LJ5 e; 4M7A C; 4EDU A; 3ZL7 C; 1IRE B; 1KD1 U; 1V76 A; 2E6N A; 3CCL A; 2GCX A; 3JB9 I; 2HNI A; 2BZX A; 2DL3 A; 2C0I A; 3REB B; 3FEO A; 2EGE A; 3TVT A; 2B8A A; 4Z02 A; 3L2Z A; 4NS5 A; 3UWN A; 2AZS A; 2RA2 A; 4MML A; 4BI8 B; 1EZZ B; 4C8Q F; 5C0M A; 2RHX A; 4RTT A; 3CBP A; 3V8K A; 2HD0 A; 4L6V 5; 2IPO B; 5A2Q E; 4MDW A; 3VS6 A; 4OMF B; 2O4X A; 1M8M A; 1R0B G; 4JZ3 A; 3CC4 Q; 1PRM C; 1LCK A; 3CXC A; 5LJ5 f; 1AVZ C; 1CKA A; 1K9A A; 4RMO A; 2DL5 A; 3EHR A; 4QW2 A; 5CAI A; 2X3W D; 2K4Y A; 1KK7 A; 1MGQ A; 2F5K A; 3EGD B; 2D0Q B; 1YJW A; 1VQL Q; 1XOV A; 2RH2 A; 1FXX A; 1G3S A; 3CCE A; 4JJC A; 5KE2 A; 4TVR A; 2RK2 A; 2EBP A; 2ECZ A; 3VUB A; 4OB1 B; 4ZGD B; 5IHK A; 1GFD A; 3DLL A; 5CK9 A; 2CH4 W; 3FIF A; 3I5R A; 1M2O A; 4C92 A; 3NGP A; 1JEG A; 2G3R A; 4ZN3 A; 2NUT B; 2OJ2 A; 1YI2 Q; 1PWT A; 1RLQ C; 2CZ1 B; 4J6X A; 3PFS A; 1G8X A; 4HCC A; 4Y28 E; 2A28 A; 5HKC A; 4PL6 A; 3UA6 A; 1VQL T; 2KMT A; 2Y4Y A; 1I81 A; 1QVG A; 1OPL A; 5GAN 4; 4XU2 A; 1S72 Q; 1UG1 A; 2EPD A; 1QWF A; 1M1F A; 1D0Y A; 4LDY A; 3EG1 A; 1FYN A; 4LD9 K; 1BIA A; 1MV3 A; 1UDL A; 5HCK A; 4ESR A; 3V8J A; 3HRU A; 4XTU A; 1QCF A; 4FW2 A; 1YI2 T; 2CH4 A; 3JCM P; 2ROL A; 1IGU A; 1AWX A; 3EFO B; 2KYM A; 1C1A A; 4E2F B; 1KC8 C; 1YCS B; 4D8D A; 3HL8 A; 3MPU B; 3OYG A; 3CCM A; 2KSS A; 5I2S A; 4A4G A; 2CP6 A; 2EQI A; 2LNV A; 9ATC B; 5GAN 7; 2NWM A; 1UUE A; 2DD4 A; 4M75 B; 1FMK A; 1BBZ A; 1Q82 R; 1VOM A; 2KBT A; 1J3T A; 5GAN e; 1TWB A; 1WYX A; 1OX8 A; 2RB6 A; 4M7D C; 4M7A G; 2MWO A; 2FZK B; 1IB8 A; 1OX9 A; 3CCU Q; 3VS4 A; 2VGN A; 2IIM A; 1W2B S; 1YIT T; 2CZ6 B; 4PJM A; 3VS0 A; 2OI3 A; 5GMK l; 2DYI A; 4XTV A; 1VUB A; 1Q86 R; 1XJW B; 1B3Q A; 4J7F A; 3A5Z B; 1K9M R; 2DLP A; 2LTO A; 2HQX A; 5KYW B; 1KD1 R; 1M1K U; 2E65 A; 5D7U A; 3N5B B; 2YRV A; 3GF5 A; 1WXB A; 3CBM A; 4HXJ A; 4C8Q C; 3MET A; 1N5Z A; 5A0D A; 1BI1 A; 4Y92 A; 1UJY A; 4J7I A; 2M9U A; 5GAN f; 1NM7 A; 2J05 A; 1Y96 B; 3QG1 A; 1IGQ A; 1O75 A; 2COY A; 2K7A A; 2L89 A; 3MO8 A; 1NG2 A; 3CC7 A; 5KCH A; 4LD6 A; 1YJ9 A; 2L3Q A; 4CI0 C; 2ABL A; 1Q81 C; 2RHZ A; 1K0X A; 3CCS A; 3JCM c; 3OW2 S; 4XTW A; 4JLI A; 3WXM B; 3U23 A; 1M8V A; 2XDP A; 3DKM A; 3I56 A; 3OYB A; 2QAS A; 2RI5 A; 5FU7 C; 5DM7 R; 3M5A A; 4Q5W A; 5GAO l; 2LCL A; 3VS5 A; 1HXD A; 2K3X A; 2EGA A; 5KCO A; 1YHQ A; 3VKI A; 4C5H A; 5GAM d; 4OMP A; 5FLX E; 2CP3 A; 2P4T A; 3OSS C; 1JXM A; 1PD0 A; 2L3S A; 2H8H A; 1AD5 A; 1PHT A; 2A7Y A; 4Z88 A; 1XNI A; 1AT1 B; 2FVU A; 5FRO A; 1UTI A; 4LNP A; 1KHI A; 5J39 A; 4LXC A; 3CCE Q; 1RI0 A; 2EJG A; 3CPW S; 4MZP A; 2CUD A; 2RJF A; 3OYI A; 2NUZ A; 1M3B A; 2GQI A; 2YRD A; 4C0D B; 3CC2 Q; 1VYT A; 1K0S A; 2DJQ A; 5GAM h; 3C0C A; 2KAF A; 2RHI A; 1T0J A; 1NJI U; 1W70 A; 1G83 A; 3JAM E; 1VQ5 A; 3T9N A; 1VQ4 Q; 3GP8 A; 4WCI A; 1UEB A; 1LVK A; 2RQU A; 2YWW A; 1KSW A; 1V29 B; 1WIE A; 2D8H A; 4JS5 A; 3LH0 A; 3MEW A; 1YIJ Q; 2SEM A; 3GNF B; 2V1Q A; 2C0O A; 4M75 E; 3J81 E; 1Q7Y U; 4V2S A; 2LDM A; 1U3O A; 5HK3 A; 3CEY A; 1VIE A; 5LJ5 d; 2ESW A; 2DTH A; 4UC4 A; 4MDX A; 1WHL A; 3URG A; 3EG2 A; 3LYI A; 3VS2 A; 4HCZ A; 1TXQ A; 3FDR A; 3CC2 T; 3H41 A; 2KR3 A; 2BE7 D; 2EYQ A; 1UEC A; 3TU4 K; 4M7D G; 5GAN 8; 1R8O B; 2FZG B; 2JN0 A; 4RUG A; 2JS0 A; 3VRY A; 4XQ3 A; 1VQ4 T; 1M27 C; 1VQ9 Q; 1B34 A; 4C92 B; 3CMA T; 2AZV A; 5KE3 A; 3CCJ T; 3CCM Q; 3VS7 A; 2DRK A; 5LL6 S; 4M75 F; 1Z9Q A; 4OMQ A; 1YIJ T; 3L2V A; 5FWC A; 2LQW A; 2M0Y A; 1TUD A; 2XDD A; 2EKO A; 2R5M A; 3FLG A; 2XU8 A; 4IUQ A; 2YUP A; 3I55 T; 2QQA A; 3EGD A; 4X9D A; 1QMC A; 1I1J A; 2MCN A; 2KY9 A; 5FU6 C; 1UGQ B; 3EFS A; 1LOJ A; 2DBM A; 4FT4 A; 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1LJO A; 1RL2 A; 1QVF P; 2LJ0 A; 5GAN 2; 2OX7 A; 4PJO D; 2ED1 A; 2XG8 D; 1I8F A; 2R58 A; 1VIF A; 2EQJ A; 4M78 G; 3MEA A; 2DVJ A; 2EYW A; 1JRI A; 1K1Z A; 4DBQ A; 3E9G A; 5I22 A; 2KRO A; 1PSF A; 3HSB A; 4PNO A; 3PT9 A; 1K4U S; 1IHV A; 4PFZ A; 4HCK A; 4JUV A; 1X69 A; 2LJ3 A; 2MYS A; 3OW2 P; 2ED0 A; 3S3N A; 4M75 C; 4FU6 A; 1WPY A; 3I35 A; 3AHU A; 4QVZ A; 1OQK A; 5GAO p; 2R5A A; 5IHI A; 4R0K A; 3OYH A; 1RAF B; 1Y07 A; 1ZX6 A; 1N9R A; 2Z0W A; 3X20 B; 3RKW A; 1H3H A; 4BY6 B; 5I11 A; 3JV3 A; 5A0G A; 5AT1 B; 3GNG A; 2YXY A; 3NTI A; 2KE9 A; 3NTH A; 2VYT A; 1MNE A; 3A8H B; 2ZPI B; 4A4E A; 3CCR A; 2DYB A; 1U1S A; 3EG0 A; 1KQS S; 4Y91 A; 3QO3 A; 1MND A; 3CPW P; 2VUB A; 1WLP B; 3CQT A; 3M55 A; 4M77 G; 3JB9 D; 2JM9 A; 3CME Q; 1VQP T; 1VQN A; 1UGS B; 2V8K A; 3M57 A; 3S6W A; 2BZY A; 3V7S A; 1GRI A; 3E2U A; 1B34 B; 4HVW A; 1JQQ A; 3M53 A; 4A63 B; 4OP0 A; 1Y0M A; 2PVD B; 2QGF B; 2QEX A; 1FX7 A; 4RTW A; 2CGH A; 3ME9 A; 2HSE B; 2QXF A; 3QZ5 B; 1VQO Q; 1N8R U; 2KT1 A; 5EG2 A; 3UDC A; 3G71 Q; 4B9W A; 2E12 A; 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