The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
80
|
structure length |
80
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Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Unknown function
|
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
|
| total genus |
8
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WCI A; 1WA7 A; 1ZBJ A; 1GCP A; 3PVQ A; 3VS5 A; 2GNC A; 1Z9Z A; 2E5K A; 1NM7 A; 1NLO C; 1GFC A; 1I0C A; 1T0J A; 2FG0 A; 2YUP A; 1X69 A; 2DL7 A; 1I07 A; 2KRM A; 2X3X D; 1U5S A; 1NEG A; 1KJW A; 1OPL A; 4LN2 A; 3M0T A; 2FRY A; 4OMQ A; 3REA B; 2HCK A; 2ROL A; 2EKH A; 5GJV B; 3VS1 A; 2JXB A; 2V1Q A; 3QWY A; 3TSZ A; 1M3A A; 2O2O A; 1SRM A; 2DLP A; 2YUO A; 2YSQ A; 2CUB A; 1V1C A; 2YT6 A; 3ZL7 C; 3CQT A; 1JU5 C; 4RTT A; 3EG0 A; 3H0H A; 4A63 B; 2LQN A; 4OMP A; 2F2X A; 4OMN A; 4E6R A; 3I35 A; 2CUD A; 2KYM A; 2DA9 A; 2CH4 A; 1FMK A; 1ZUY A; 4J9C A; 2DX1 A; 2J05 A; 2EYW A; 1PNJ A; 1NLP C; 2KR3 A; 2P4R A; 4ESR A; 2SEM A; 2C0T A; 2HDA A; 1GRI A; 1K76 A; 2W0Z A; 2EYY A; 3M0S A; 3NMZ C; 2GBQ A; 1X27 A; 1XOV A; 2A36 A; 4R0K A; 4J9D A; 4RTU A; 4JPB W; 1A0N B; 2O88 A; 2AZV A; 2GQI A; 1WI7 A; 4JJB A; 2PZ1 A; 2M0Y A; 1ZUU A; 1GL5 A; 2ENM A; 2I0N A; 5GJW B; 1SHF A; 2X3W D; 4F16 A; 2VVK A; 2YUN A; 3I5S A; 1J3T A; 1W6X A; 1PKS A; 2B86 A; 3UF4 A; 4AFZ C; 1QCF A; 1BK2 A; 2CT3 A; 2J06 A; 2KRS A; 2EGA A; 2DL3 A; 1AVZ C; 1QLY A; 4RTV A; 2CT4 A; 3TVT A; 2DF6 A; 2VWF A; 1VYV A; 4CC4 B; 1E7O A; 5IHN A; 1N5Z A; 1VYT A; 2LJ1 A; 2KXD A; 2LZ6 B; 2DNU A; 2KXC A; 3JV3 A; 3VRY A; 4RTX A; 1WFW A; 1NEB A; 2EVR A; 2EYX A; 2G6F X; 2JMA A; 2OAW A; 2SRC A; 3EG3 A; 3H0F A; 4JJD A; 4LUD A; 1JO8 A; 2J6K A; 2D0N A; 3NHN A; 1VYU A; 5FWC A; 3O5Z A; 2EPD A; 1ARK A; 4AG1 C; 2HEQ A; 3RNJ A; 2O9V A; 1K0X A; 1TUD A; 2KYB A; 1VA7 A; 3VS2 A; 1JEG A; 2RN8 A; 1K1Z A; 4CC2 A; 2CDT A; 3M0R A; 3I9Q A; 1HSQ A; 1H92 A; 4J9G A; 1PKT A; 3RBB B; 1WYX A; 1H8K A; 2ED1 A; 4IIO A; 2DE0 X; 3KFV A; 1YN8 A; 2IIM A; 1UDL A; 1MV3 A; 2DMO A; 2GTJ A; 2RQR A; 2LQW A; 2AZS A; 2DBK A; 1LCK A; 1YCS B; 1UJY A; 2AKL A; 2JTE A; 4J9B A; 4RTW A; 1M3B A; 1JQQ A; 1M30 A; 1GCQ A; 4F14 A; 3NPF A; 1X6B A; 3H41 A; 2JS0 A; 1WXU A; 1K0S A; 2O9S A; 4J9H A; 2EGC A; 2LJ0 A; 2EYZ A; 4J9F A; 2DVJ A; 1B3Q A; 2LJ3 A; 4LE9 A; 2ESW A; 1PRL C; 2JW4 A; 2EGE A; 1SEM A; 2MIO A; 1OOT A; 3LH5 A; 2DJQ A; 1W70 A; 4OMO A; 1NYG A; 3A98 A; 4HVU A; 4Z8A A; 3EG2 A; 2YUQ A; 2FEI A; 1G83 A; 4DEY A; 1UEC A; 1YWO A; 2DL4 A; 1MV0 B; 4HCK A; 2DRK A; 1G2B A; 2BTT A; 3GBQ A; 1HJD A; 2KE9 A; 1HD3 A; 2K6D A; 1WLP B; 1T3S A; 1OEB A; 5IHK A; 3THK A; 2DIL A; 2RQU A; 5IH2 A; 4JZ3 A; 4OML A; 1QKX A; 5EC7 A; 2K2M A; 5I11 A; 1RLQ C; 1T3L A; 1Y0M A; 1QWE A; 3I5R A; 2EBP A; 4HXJ A; 2L3S A; 1B07 A; 1W1F A; 2JMC A; 4ZNX A; 3R6N A; 1ABO A; 3SEM A; 4QT7 A; 3VS7 A; 2FRW A; 1M27 C; 2ED0 A; 4GLM A; 1KFZ A; 2JS2 A; 1JXM A; 1TG0 A; 1EFN A; 2PNI A; 1MUZ A; 1UGV A; 2K79 A; 1ZX6 A; 2C0I A; 1M8M A; 1YNZ A; 2NWM A; 1X2K A; 2OJ2 A; 2AKK A; 1Z9Q A; 3EGU A; 2GTO A; 4GBQ A; 1BBZ A; 2RQW A; 2W10 A; 4LUE A; 1BU1 A; 1AWO A; 1WIE A; 2LCS A; 1AEY A; 4RUG A; 2D1X A; 1IO6 A; 2EW3 A; 2D8H A; 2O31 A; 2CH4 W; 3QWX X; 1UJ0 A; 3FJ5 A; 1CSK A; 4F17 A; 1AD5 A; 2NUZ A; 2LMJ A; 4K11 A; 3VS4 A; 1NG2 A; 3UA7 A; 4FSS A; 1SHG A; 4Z88 A; 1YWP A; 4CC3 A; 2D8J A; 1U06 A; 2RMO A; 1KSW A; 1SSH A; 3M0Q A; 1GBR A; 3U23 A; 3NGP A; 1GCQ C; 1SPK A; 2FPF A; 4J9I A; 1ZSG A; 4RTY A; 1AWX A; 4ORZ A; 1ZUK A; 2HSP A; 3REB B; 5IXB A; 2J6O A; 1E6H A; 4HVW A; 1I1J A; 1PRM C; 2CSI A; 2LX7 A; 1NYF A; 1M3C A; 2KGT A; 2BZ8 A; 1UUE A; 3VS0 A; 2FPD A; 2ROT A; 2DYB A; 1QKW A; 1T0H A; 2K9G A; 2L3Q A; 2FO0 A; 2MOX A; 4LNP A; 3UAT A; 1YP5 A; 2J6F A; 1QWF A; 2F2W A; 4JJC A; 4D8K A; 1AWW A; 5FW9 A; 2KT1 A; 1WDX A; 3TSW A; 2RNA A; 2DL5 A; 2LNH B; 1X2Q A; 2A28 A; 2BZX A; 1WXB A; 2V1R A; 2AK5 A; 1GBQ A; 4AFU C; 3EHR A; 1TUC A; 2RF0 A; 2DRM A; 4CC7 A; 3UA6 A; 1AOJ A; 2KEA A; 1UG1 A; 4AFQ C; 1PHT A; 3EG1 A; 2L2P A; 4RTZ A; 5ECA A; 2VKN A; 4AG2 C; 2CRE A; 4HVV A; 4X1V A; 3M0P A; 1CKA A; 1AWJ A; 1K4U S; 2KBT A; 1UHF A; 1E6G A; 1UFF A; 3ULR B; 1OV3 A; 3VS6 A; 2MCN A; 2JM9 A; 4EIK A; 2RPN A; 3PVL A; 2DBM A; 1CKB A; 3IQL A; 1JXO A; 1FYN A; 3PE0 A; 1AZE A; 2RQT A; 4AFS C; 4JZ4 A; 4Y92 A; 1RUW A; 1WXT A; 1U3O A; 4OMM A; 2ABL A; 1RLP C; 2DL8 A; 1AZG B; 1S1N A; 5L23 A; 2H8H A; 1WX6 A; 1BB9 A; 1UHC A; 2HBW A; 2ECZ A; 3EHQ A; 2KRN A; 2KT8 A; 2FPE A; 2PTK A; 2M51 A; 1K9A A; 2CSQ A; 2DM1 A; 3M0U A; 4Z89 A; 1KIK A; 2A08 A; 1X6G A; 5FWB A; 5IXF A; 1ZLM A; 2J7I A; 3H0I A; 4M4Z A; 1PWT A; 1RI9 A; 1UE9 A; 4J9E A; 4DEX A; 2C0O A; 2RQV A; 2JM8 A; 5HCK A; 1OPK A; 2K3B A; 5I22 A; 3VRZ A; 1Y57 A; 5IHI A; 2XMF A; 1GFD A; 2YDL A; 2OI3 A; 3SHW A; 2BZY A; 2QDL A; 2L3P A; 2KNB B; 1UTI A; 2F2V A; 4IIM A; 2KRO A; 4D8D A; 3C0C A; 1X43 A; 2A37 A; 2LP5 A; 2L0A A; 1ABQ A; 1H3H A; 2JT4 A; 1SRL A; 2EQI A; 2K7A A; 3VS3 A; 2GGR A; 4KRT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZBJ A; 5J26 A; 4C92 G; 2JOY A; 1D0X A; 3I55 Q; 4BY6 C; 1NLO C; 3WVE B; 1I0C A; 2FG0 A; 4E2F B; 1YIT T; 1YJW T; 4C5G A; 1PG5 B; 4XTX A; 4B9W A; 5GAN 4; 3QJY A; 3PIO A; 3M0T A; 5GAO l; 2K3X A; 4OMQ A; 2RD1 A; 1Q82 R; 2D0Q B; 5GJV B; 3KXT A; 2JXB A; 3S3N A; 5KYX B; 2RJE A; 2CUB A; 2D9T A; 1UGQ B; 1JU5 C; 2YRD A; 3RKX A; 1XJW B; 3INZ A; 1PSE A; 4Z02 A; 2EKO A; 5I21 A; 4JLI A; 5CAI A; 2H3J A; 4EMK B; 5FRM A; 4E6R A; 3OW2 P; 3G1J A; 4C92 B; 2E5Q A; 1FMK A; 3PGG A; 5C0M A; 1VQ8 T; 4XU0 A; 5GAM g; 1PNJ A; 3M55 A; 2KI7 A; 3MP6 A; 4ESR A; 1KC8 C; 2C0T A; 4JRK A; 1NZ9 A; 1C0M A; 1PD1 A; 2XID A; 3P8B B; 4C92 F; 2COY A; 2YLB A; 4R0K A; 3SDZ A; 2OTL T; 1JJ2 S; 4JPB W; 4M7A E; 2AZV A; 3DLM A; 3CCM T; 2ENM A; 3GNF B; 1TSF A; 5FU7 B; 1SHF A; 1WJS A; 4B6M A; 1VQ8 Q; 2YUN A; 4ZTJ A; 2WAC A; 3I5S A; 2R57 A; 2JVV A; 4M7D B; 4UC4 A; 3RMQ A; 4KGZ B; 1OX9 A; 2EGA A; 3OYC A; 2G3R A; 3OBW A; 2DF6 A; 3CC2 T; 5GAN d; 5GMK l; 1VQ4 A; 3CC4 A; 1ZHI A; 3I55 A; 4ZGD B; 3J7A F; 3VRY A; 1BI1 A; 1WFW A; 2EVR A; 4JJD A; 2KQW A; 4PJO A; 3G4S Q; 2J6K A; 1VQK T; 4FW2 A; 3QJ6 A; 1VYU A; 5FWC A; 3MEA A; 3O5Z A; 1ARK A; 4AG1 C; 5DLO A; 3RNJ A; 4HCC A; 3CPF A; 2QEX A; 3ER0 A; 3LWH A; 2FZG B; 4CC2 A; 3RR6 A; 2VB6 A; 5J39 A; 4PJO D; 4QW2 A; 3RDV A; 1WYX A; 4OB3 B; 1H8K A; 2EYQ A; 4E7J A; 1I4K 1; 5GAN e; 1MV3 A; 2YRC A; 4M7D C; 2LCL A; 3MCA B; 1MMA A; 2AKL A; 5DM7 R; 4J9B A; 1WNL A; 1I5O B; 1N8R U; 1DJ7 B; 2XDP A; 3GP8 A; 3QXE B; 4C92 D; 1WXU A; 4C0F A; 3TCJ A; 3G6E Q; 2O9S A; 1TTH B; 4A54 A; 2CZ0 B; 2K5L A; 3LW5 E; 2LJ0 A; 2O01 E; 2P84 A; 4J9F A; 1M1K C; 1QVG S; 4HT9 A; 4LE9 A; 2QGG A; 2ESW A; 2EQM A; 2XIC A; 2MIO A; 1OOT A; 3OSV A; 4OMO A; 1PSF A; 1VQ5 Q; 2DTH A; 1ZA2 B; 4XTY A; 2FEI A; 5CQX A; 5KCH A; 2DXC A; 3UT1 A; 4BY6 B; 1PCX A; 2K6D A; 3OYJ A; 1IB8 A; 1T3S A; 4N4I A; 3CCV A; 4JJN K; 1OEB A; 5IH2 A; 4JZ3 A; 3QZ9 B; 3JB9 G; 2K57 A; 3OS0 A; 4PK4 A; 4YTL A; 5GMK e; 1M90 C; 4M77 E; 4C5H A; 4HXJ A; 2L3S A; 3A5Z B; 1W1F A; 1G3Y A; 4ZNX A; 4ME7 A; 4ATO A; 4C0D C; 4FT2 A; 3G7Z A; 3SEM A; 4N0A C; 1KHC A; 3X26 B; 2QA4 A; 4GLM A; 1KFZ A; 3H8Z A; 4NL3 A; 1TG0 A; 3CC2 Q; 2RHZ A; 4FL6 A; 2JTM A; 2PNI A; 5IN1 A; 2QA4 T; 2BIV A; 1BIA A; 3CC7 A; 5GAN h; 5GAN j; 1X2K A; 2OJ2 A; 2AKK A; 1Z9Q A; 1C6V X; 2GTO A; 4GBQ A; 1FX7 A; 5GAN f; 1YIT A; 1B7T A; 1AWO A; 2MF2 A; 2QTV A; 2LCS A; 2R58 A; 1LVK A; 5LL6 S; 6AT1 B; 5GMK m; 4RKU E; 2P0P A; 2DO3 A; 5KYY B; 4LDX A; 2EW3 A; 4OF1 A; 3CCV Q; 2CH4 W; 4EPC A; 3OYD A; 1BCO A; 3VUB A; 1CSK A; 2A0F B; 2Y4X A; 4E47 A; 2R5A A; 1XNI A; 2EJG A; 8ATC B; 4PFP A; 4PFO A; 4Y91 A; 1Y07 A; 1VQN T; 2M02 A; 2RMO A; 2PVG B; 1KSW A; 1GBR A; 2K5I A; 1GCQ C; 2H3E B; 2O4X A; 4J9I A; 3CCE Q; 5DY9 A; 2J6O A; 1E6H A; 1QW1 A; 1I1J A; 4M75 F; 3BW1 A; 4KH1 B; 3PFS A; 5KYW A; 2LX7 A; 2QQ9 A; 2FYK A; 2KGT A; 1X75 C; 1OYX A; 3VS0 A; 3HHT B; 2DYB A; 3OYF A; 5LJ3 h; 1QKW A; 2VGM A; 3JRZ A; 3PMI A; 2RI3 A; 1U8R A; 1YHQ A; 2HAX A; 5CKD A; 3MET A; 3CXC P; 1QWF A; 1K8A C; 3FDR A; 1U1S A; 2QAZ A; 3FJP A; 2LNH B; 3S3M A; 2QGF B; 2JUF A; 1JJ2 A; 2AK5 A; 1GBQ A; 4AFU C; 3EHR A; 5FRN A; 2RF0 A; 2DRM A; 4CC7 A; 1AOJ A; 1UG1 A; 1FMV A; 2EQK A; 4F7U G; 3M59 A; 5ECA A; 5FRO A; 4AG2 C; 4E7K A; 4LDV A; 3OYB A; 4X1V A; 3JB9 I; 5LJ3 g; 3GIB A; 3OYK A; 1CKA A; 3KBG A; 3OYE A; 2DK3 A; 5KYN A; 3I56 Q; 4BI3 A; 1UFF A; 1OV3 A; 4A4G A; 3OBY A; 1D0Y A; 3IQL A; 1JXO A; 4M77 G; 4BDY A; 1AZE A; 2RQT A; 3QDF A; 3CBM A; 4OMM A; 2ABL A; 2HMA A; 1D09 B; 2DL8 A; 2LQK A; 2H8H A; 1WX6 A; 1BB9 A; 2QEX T; 1IRX A; 5CO7 A; 2OTJ T; 2KRN A; 1HK9 A; 4FSX A; 2GFA A; 2KT8 A; 2NUP A; 2CP7 A; 1RAC B; 1N8R C; 4Z89 A; 1D1B A; 1MMD A; 1ZLM A; 2NLU A; 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4XU3 A; 3EFR A; 2VVK A; 5EG2 A; 4JS4 A; 1AT1 B; 3CME T; 1J3T A; 4PFZ A; 3UF4 A; 3LGL A; 1QCF A; 5GAO q; 2LCC A; 2KRS A; 4M75 D; 1AVZ C; 1QLY A; 4RTV A; 2HQX A; 3CCJ Q; 3GF5 A; 3CCU A; 4PJL A; 3JCM f; 1JRI A; 3CXC S; 1N5Z A; 3MHX A; 2MWP A; 3E9F A; 2E1H A; 2DNU A; 2KXC A; 4PJO E; 3L2Z A; 5KYU A; 4C8Q D; 2G6F X; 4Y28 E; 3H0F A; 1JO8 A; 2RK1 A; 1IGQ A; 3OYL A; 1M9S A; 2MMP A; 4CRI A; 1WJR A; 2EPD A; 2HEQ A; 3FIF A; 4N4H A; 2O9V A; 1XTD A; 1K0X A; 1TUD A; 5CCA A; 3CXC A; 2XDB A; 2X4J A; 2KYB A; 3VS2 A; 4C5I A; 4J7F A; 2CDT A; 2FZC B; 3DB4 A; 2QA4 Q; 4EDU A; 1HSQ A; 4M77 F; 4J9G A; 1PKT A; 3RBB B; 1M1K U; 1NJI U; 5KYY A; 2ED1 A; 4M75 B; 2DE0 X; 3KFV A; 3JAM E; 2IIM A; 1SG5 A; 1UDL A; 1RAB B; 4MML A; 2RQR A; 3UDC A; 3SWN A; 2LQW A; 2RK2 A; 1TH7 A; 1GXI E; 2P0K A; 4J6W A; 4XQ3 A; 3QDR B; 4X9D A; 2EJF A; 1JQQ A; 3CCV T; 1M30 A; 1GCQ A; 2ZPH B; 3LYI A; 3SB2 A; 3NPF A; 3CEY A; 3H41 A; 2DEQ A; 2E65 A; 2EIF A; 4X9C A; 5GAN g; 3V8J A; 4L59 A; 4J9H A; 3FLG A; 2EGC A; 3CPW S; 4OB2 B; 3CCE T; 1M5Q 1; 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