2DDXA

Crystal structure of beta-1,3-xylanase from vibrio sp. ax-4
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
LDGVLVPESGILVSVGQDVDSVNDYASALGTIPAGVTNYVGIVNLDGLNSDADAGAGRNNIAELANAYPTSALVVGVSMNGEVDAVASGRYNANIDTLLNTLAGYDRPVYLRWAYEVDGPWNGHSPSGIVTSFQYVHDRIIALGHQAKISLVWQVASYCPTPGGQLDQWWPGSEYVDWVGLSYFAPQDCNWDRVNEAAQFARSKGKPLFLNESTPQRYQVADLTYSADPAKGTNRQSKTSQQLWDEWFAPYFQFMSDNSDIVKGFTYINADWDSQWRWAAPYNEGYWGDSRVQANALIKSNWQQEIAKGQYINHSETLFETLGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio sp.
publication title Atomic resolution analysis of beta-1,3-xylanase catalytic module from Vibrio sp. AX-4
rcsb
molecule keywords beta-1,3-xylanase
total genus 135
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.32: Endo-1,3-beta-xylanase.
pdb deposition date 2006-02-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ddxA00
2E3ZA 1E4LA 4CKQA 1QNPA 4J3XA 2DGAA 4WKHA 4M56A 4D6EA 2VR4A 2OSXA 2QPSA 1UWSA 1QPKA 4BCEA 4J3VA 4ZE4A 2WWDA 5CZKA 4B15A 4HU8A 1E4IA 1QOXA 3W38A 2DSVA 4W7VA 4OOUA 2VZOA 2CESA 4P8VA 3WEMA 3M7SA 2EPLX 3VILA 1J18A 1R87A 3FHAA 3SCVA 3WDPP 4UQDA 1CPUA 1G5AA 1I1WA 1Q4NX 2XTKA 2D23A 3PZMA 1C91A 3VIHA 2G3IA 2CHNA 1SMAA 2PWEA 2J75A 2J7FA 1DHKA 4QAWA 3KE0A 3B9EA 3WDIA 3I3BA 3VGGA 1MFVA 3MS8A 2JEQA 3W24A 1J0YA 2E4TA 4V2XA 2W66A 1QVBA 5E09A 4CD7A 5I23A 3NDZA 3APGA 3D5HA 4IM4A 3NSXA 2VX4A 1UHVA 2FHCA 1B3ZA 4FLSA 4FLRA 4GO8A 3W26A 1H11A 5A8OA 5HPOA 1MW1A 1ITCA 4CUCA 3OLGA 1W1PA 4UQEA 3TTQA 5GNYA 1QBAA 4E4PA 4AZ6A 1BFNA 2TAAA 4MNJA 4QLLA 2X0HA 1C90A 1UR8A 4EANA 3AXHA 3EDKA 2XVGA 1ISZA 1E72M 1KFWA 1JYXA 1BHGA 3KEHA 2WB5A 2WC7A 4AYSA 3PZGA 1KCKA 5I3DA 2PWFA 1VFUA 2BXZA 2VVNA 2E9BA 1KCLA 4PMQA 3AIBA 1JNEA 2WXDM 1A3HA 3OLIA 4U33A 2ZE0A 3WF4A 5ABHA 1BSIA 1Q6DA 1EH9A 1P6WA 3FAWA 5E6ZA 4DUWA 1ZB5A 1R8LA 1KXTA 2YIHA 4M8UA 1VJZA 1FOBA 4HZ7A 3ECQA 1PAMA 4JKMA 2WCAA 4WLCA 3ZT7A 2YL5A 2EPNA 1J10A 4AMCA 1OB0A 2DSKA 1V6WA 2D1ZA 3WD3A 2OWXA 1KGWA 2YLAA 1J12A 5BROA 3WD4A 3POCA 4CVWA 5BRQA 3TONA 1CNVA 3RILA 5JBDA 1UWRA 1TE1A 4PRWA 3ZJ7A 2FHFA 2DSWA 1H3GA 3LPOA 4P8WA 1KBKA 4AXNA 4DWSC 3CPUA 5EFFA 3WQ5A 4AD0A 1C3FA 1CLXA 1BTCA 1V0NA 1LF1A 1W1VA 3EDJA 2WSKA 1IV8A 1C7SA 2WW5A 1FHDA 2CKSA 4TXEA 4LGXA 4Z2GA 3VU2A 1XSJA 3GXMA 3UG3A 2A3HA 2ZXBA 2Q8XA 2VR5A 3AIRA 4H41A 4ML4A 4FF5A 2CYGA 3GH5A 2GJPA 3WELA 1ISWA 1WDSA 3OBAA 2UY4A 2BHUA 5HPCA 1JZ3A 4PUEA 2VX7A 3VDHA 3BLKA 5HDRA 3PZ9A 3QHMA 4RE3A 3PBGA 5DO8A 1WZAA 2EEXA 3TTYA 4MB1A 4JHZA 1AQ0A 1KQYA 4D6IA 5ABFB 3WENA 1PPIA 3VD4A 4F8XA 1TA3A 3MV11 2VZTA 3VIPA 3A3HA 1Q6FA 5IXEA 3WDQA 3WQ6A 1E70M 4P7RA 4B3LA 1KXHA 1MW3A 2J47A 4IPNB 1V3LA 4QFUA 2WAGA 4JFSA 1B3VA 4F79A 3VGDA 1JDAA 4UNIA 2X1IA 4D6JA 4PEEA 2ZICA 5A6BA 1VFMA 1OSEA 4CU8A 4WIWA 3CZGA 4MPKA 2D3LA 3AZRA 1DWFM 5F7UA 1V6UA 4TVDA 4RE2A 3NDYA 4P7NA 1E1EA 1E6QM 5KZ6A 1GJWA 3VIOA 3VX1A 4NRRA 5JIWA 2DT0A 3L4YA 4U5KA 1K9EA 3AIQA 4PN2A 4AWEA 1H5VA 2VI0A 1W91A 1XCXA 4BF7A 1X6LA 3VX0A 3ZR6A 4AIEA 2VQUA 1DWAM 1UKPA 1JFHA 2WK2A 5D8WA 7A3HA 1V3IA 4J28A 3VMOA 4Z2KA 4X0VA 4HU0A 4GKLA 3A4AA 1E40A 3PZOA 2BHYA 4BQ4A 2GUYA 2J7EA 1EQCA 5AY7A 4HA3A 9CGTA 4ATDA 1W3JA 3G6MA 1BVNP 3ZQ9A 3MSDA 4AZ7A 1B30A 2XFRA 1H2JA 1XH0A 5LA2A 1UH3A 2F61A 1OM0A 5A8NA 1G01A 2YL9A 2YBUA 4MNMA 1SR0A 2X8RA 3WNPA 2WHJA 4M81A 1XYFA 5A95A 2XIIA 2FGLA 4MAZA 4HOXA 4X9YA 3UETA 2WANA 2ZUWA 2QV4A 3WKZA 1ZS2A 1AQHA 3N1AA 2ZUMA 2Y8KA 1SYTA 1W1TA 1CLVA 4LPCA 2VURA 5DFAA 3T08A 5E0FA 2VCAA 4P7QA 3RM4A 3DYMA 4CCCA 2D0FA 5I2UA 1JZ4A 1KGXA 3SUWA 4DM2A 2A3EA 1TMQA 3GXIA 5CSUA 1ODUA 3AZTA 2DSUA 1M53A 2WMIA 3L4ZA 4XX6A 4DM1A 1PIGA 3SCPA 1GCYA 1C8XA 5LYRA 7CGTA 2ZIDA 1K9FA 4AZGA 4TTUA 4URIA 1CXFA 2Y8VA 3IANA 2W63A 4HOWA 1NARA 2XVLA 2PWHA 3OG2A 4MB3A 2CXGA 1ISXA 2XUCA 3RDKA 4PTVA 1GOOA 2W92A 4UOZA 3QR3A 3WDHA 3ZIZA 1GOKA 1E6PA 2HVMA 3VIGA 4CU7A 4Z2IA 5HBFA 3ARZA 1TG7A 2EO7A 4ATLA 5CGTA 1JI2A 2VCBA 2BY0A 4QLKA 3CMGA 1XGZA 3FY1A 4PTMA 4FLOA 4H04A 1OGSA 1QNSA 1HXJA 4TX6A 2E8ZA 2JF6A 1J0HA 5ABEA 1E3XA 3K8MA 2VO5A 2ZUSA 4OUEA 2PBGA 4EE9A 3OA5A 1CZ1A 1H1NA 1QBBA 3EYPA 1QI0A 2YDRA 3VNYA 3ZSSA 2DH3A 4PMXA 4DWSD 3GZAA 4UOJA 3MMUA 4GI8A 1NM9A 4YHEA 2CPUA 1R85A 3CZLA 4AW7A 5KEZA 1UWQA 2ZWYA 1HVXA 4H7VA 3AHXA 1BG9A 1V3HA 4CN4A 1WDPA 4A3YA 4CD5A 2Y24A 1FA2A 5FOOA 4JIEA 1V0KA 1GZJA 2C0HA 1J0KA 3T2OA 1RPKA 1IZKA 3N11A 4TVUA 1W9PA 2BS9A 4FMVA 3BAJA 3WNKA 4P7OA 1PJ9A 3MV01 3GXDA 2WKLA 2BNJA 2FH8A 1OT1A 3VIKA 3SCRA 4FK9A 5BXPA 4CU6A 5I77A 1GVIA 2G3MA 3M6DA 4AD3A 4AZHA 2PC8A 3ARWA 1GNXA 2VVSA 1CGVA 2YA1A 3PN8A 5DT5A 1EDTA 3ALGA 1M04A 3WH9A 1GHSA 2CCRA 2GDVA 4D6CA 2DIEA 1JAEA 2CETA 3THDA 1XSIA 5HNNA 2JIEA 3MMWA 1RP9A 2J74A 4Z2JA 4PSPA 1J9YA 1NWRA 3SEPA 1BYCA 3WNMA 3WD2A 1E6ZA 1XV8A 3MKKA 5AC5A 3SUUA 4E8DA 3WNOA 1CXIA 1F4HA 5IDIA 3ARXA 4JFVA 4JAWA 4PMYA 3UG5A 2VMFA 4S3JA 3AMKA 2G3NA 4HMCA 1HNYA 5I78A 2PI6A 4JKKA 1XCWA 4HA4A 1V6VA 5A6SA 2YL6A 2OSWA 5IFPA 4MNKA 1HF6A 2GK1A 2OWWA 1JXKA 1TFVA 2V38A 1BQCA 1X6NA 1LWJA 2V3FA 2J7DA 2VC9A 3MUIA 2NW0A 1PZ2A 7TAAA 4M80A 3GBDA 3CZKA 1JYWA 3NCOA 2Z1SA 4U2ZA 1DWHM 1AQMA 2ZWZA 3T2PA 3ZO9A 3HU7A 4ACZB 5GNXA 2YDQA 3F5LA 3AQUA 1U33A 1V3KA 3AIUA 3CHFA 4P8XA 1W9XA 2WBKA 1AVAA 3J7HA 4W8BA 2BVDA 4LX4A 4BQ2A 4GIAA 2WVVA 3VGHA 5EB8A 3RM8A 1MW0A 2JALA 1V03A 5E0CA 2D3NA 2QHAA 3WBEA 2UWFA 1OD8A 1VB9A 1CYGA 2G3JA 3BAIA 5FD0A 2V3EA 4QCEA 4BQ3A 1RP8A 1VJSA 4TX8A 5IHSA 1W3LA 3NJ3A 2X05A 4PCTA 1W32A 4PBGA 3AMCA 2W62A 1MXDA 3RIKA 1Q6CA 5M03A 2WVSA 5D9NA 5C70A 3TOPA 2X2YA 4W89A 4MJ2A 3WMSA 4JHOA 4WKFA 1X1NA 3BMVA 2V5DA 1NOUA 1R7OA 3OGRA 1B3XA 2XSBA 1EIBA 1C92A 3GYCA 3AFBA 3K4DA 2PBOA 1US3A 1YQ2A 2J8FA 5FIPA 3UERA 1QI4A 2WNWA 1JD9A 4D6GA 5A2CA 5D4YA 1JD7A 3VOCA 2F8QA 3W27A 2DH2A 1EGZA 1E6RA 4LQ1A 1WZLA 2O92A 3LMYA 1EOMA 1ZBCA 3IJ9A 5FCZA 2BY3A 5A8MA 2WC4A 1OWQA 1XH2A 3VO0A 4W5ZA 3SCOA 3W82A 3BXWA 1UWIA 2CITA 3ARYA 1DWIM 2PWGA 5I0DA 3ARQA 1A47A 1XH1A 3AI0A 1BYAA 3VD3A 4JL2A 4OBRA 4CGTA 4J3WA 3GTNA 4L4PA 2GJXB 2GVYA 1F4AA 3VMPA 1NOFA 4W85A 1V0MA 5E70A 3OGSA 3KZSA 4ZEPA 3DYOA 3SCTA 1JYNA 2YBTA 1HX0A 3IAQA 3UCQA 3BAXA 2WHKA 4ATWA 1M03A 5HOSA 1VF8A 3VMNA 2IUZA 1FFRA 3ARRA 8A3HA 1EQPA 1GPFA 4HP5A 3HN3A 5CLTA 2VX5A 3B8SA 3BLPX 2XWDA 1OCQA 4PMOA 3KWXA 3OIHA 4NRSA 2WMHA 4N42A 4UTFA 2DPEA 3RM9A 3RJYA 4GZIA 5BWFA 4PMRA 2RGMA 3WH8A 1PBGA 4CCDA 2WLZA 1XHGA 1MXGA 1VBUA 1E5JA 1MVYA 3ALFA 2HISA 1WP6A 4UFJA 2YLLA 4C7GA 2FGZA 1CENA 2FH6A 4F66A 1VFFA 1Q6GA 4MNLA 4LYQA 3IJ7A 3WNLA 2YL8A 2OYMA 1QNRA 1XSKA 2GJRA 3VUPA 6A3HA 1HKKA 2XWEA 3CBWA 2WMJA 1M7XA 1V08A 2C8NA 2DQXA 3VIFA 3WUBA 3PZQA 3TA9A 1E15A 1U2YA 4NSBA 1SMDA 1EHAA 4AZCB 1EO7A 4KH2A 4E8CA 1FH9A 1OT2A 3CIVA 3VM5A 6TAAA 2NSXA 2O9PA 2BXYA 1JF5A 3N17A 3PTKA 3D3AA 5M17A 3CHEA 1LL4A 3CTTA 2WLYA 2XVNA 1EDGA 3HJEA 4UR9A 4ZENA 4OKDA 2ZX6A 4CCEA 3DECA 5I6SA 4A4AA 1Z32X 1GOIA 2WWCA 3PZTA 1ISVA 2BHZA 3VM7A 1QI3A 4BA0A 1W9BM 3WQWA 3CUFA 4OBSA 4H8HA 3AHTA 2JIWA 4TUFA 1FP8A 2DDXA 1UQZA 3WFLA 5FKYA 4DWSB 3AMDA 4M29A 3M07A 2GSJA 3SUTA 1WZMA 2WCGA 1QI2A 3ARTA 1GJUA 3U57A 2YA0A 3IAPA 3W37A 4JCLA 2F2HA 2NT1A 5BXTA 3NIYA 1TVPA 1JL8A 1CXKA 4A3HA 1GOMA 3DHPA 2D20A 3WQ4A 1E43A 1JGIA 5FL0A 1DTUA 4WK9A 4M82A 3LPFA 4TOQA 2EQDA 4WSKA 2VT0A 4IUGA 3SCSA 3VNZA 3VVGA 4MDPA 5A6BD 3GXFA 1H0GA 1WE5A 4MJ4A 1E0WA 3N9KA 2V3GA 1CXHA 2G8ZA 3AYSA 3AS2A 3GDBA 3MUY1 4NF7A 3AMGA 2WCSA 1DWGM 3TTSA 3VGBA 4W8LA 3ARPA 2XFYA 4CD6A 1ISYA 4MDOA 3DHUA 5ABGA 1UA3A 5E6YA 1B2YA 1V3JA 1GUVA 4S3KA 3O6AA 2CIPA 3MUAA 1UZ1A 3MUZ1 1EA9C 2QMJA 1QHPA 5CSYA 5DMYA 3N15A 5CPTA 4D1JA 1EO5A 2E0PA 5A2BA 1TCMA 4D1IA 1R86A 3VD5A 4P8UA 3VKKA 1UD6A 4UQCA 1CDGA 4R27A 3SCNA 3VINA 1HVQA 1CWYA 1KXQA 1MQRA 3PHAA 1BAGA 4AIOA 1GQLA 1HKIA 4GXPA 5BXSA 2YDSA 3WQVA 1HJQA 1V3MA 1WO2A 2A3BA 5CPSA 1PZ3A 4WSJA 3UEQA 4H8VA 1E56A 4Z2HA 3F5KA 2ESCA 3WNNA 1AMYA 1ECEA 1JZ8A 3VDAA 4DUVA 1JZ5A 4YN5A 1HN1A 1GORA 1E3ZA 1SFSA 1W1YA 3SCUA 2JFEX 5M5DA 1JFXA 4OJYA 1U30A 1B0IA 3AZSA 1D2KA 2WMKA 1WB0A 3L4TA 3AHVA 3B9AA 4LYPA 1E5NA 3RPMA 5CLWA 4X0NA 2ZXAA 1KB3A 5A8QA 4TTGA 1JIBA 4OIFA 3SUVA 3I3EA 4N0RA 1UKOA 3MANA 2ZOXA 5BYWA 1GQJA 2W91A 4AEEA 1JI1A 3OZPA 4IPLA 5A6KA 4GZJA 3EMQA 4P7LA 3TP4A 2BY2A 3ZJ6A 5A94A 1Y7VA 4JCMA 3VD7A 1V6YA 2QMKA 2J25A 3OLEA 1UOKA 2G41A 1VENA 5GNZA 1WDQA 1E6NA 4Z2LA 3OLDA 1VIWA 4MB4A 1PEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E3Z A;  1E4L A;  4CKQ A;  1QNP A;  4J3X A;  2DGA A;  4WKH A;  4M56 A;  4D6E A;  2VR4 A;  2OSX A;  2QPS A;  1UWS A;  1QPK A;  4BCE A;  4J3V A;  4ZE4 A;  2WWD A;  5CZK A;  4B15 A;  4HU8 A;  1E4I A;  1QOX A;  3W38 A;  2DSV A;  4W7V A;  4OOU A;  2VZO A;  2CES A;  4P8V A;  3WEM A;  3M7S A;  2EPL X;  3VIL A;  1J18 A;  1R87 A;  3FHA A;  3SCV A;  3WDP P;  4UQD A;  1CPU A;  1G5A A;  1I1W A;  1Q4N X;  2XTK A;  2D23 A;  3PZM A;  1C91 A;  3VIH A;  2G3I A;  2CHN A;  1SMA A;  2PWE A;  2J75 A;  2J7F A;  1DHK A;  4QAW A;  3KE0 A;  3B9E A;  3WDI A;  3I3B A;  3VGG A;  1MFV A;  3MS8 A;  2JEQ A;  3W24 A;  1J0Y A;  2E4T A;  4V2X A;  2W66 A;  1QVB A;  5E09 A;  4CD7 A;  5I23 A;  3NDZ A;  3APG A;  3D5H A;  4IM4 A;  3NSX A;  2VX4 A;  1UHV A;  2FHC A;  1B3Z A;  4FLS A;  4FLR A;  4GO8 A;  3W26 A;  1H11 A;  5A8O A;  5HPO A;  1MW1 A;  1ITC A;  4CUC A;  3OLG A;  1W1P A;  4UQE A;  3TTQ A;  5GNY A;  1QBA A;  4E4P A;  4AZ6 A;  1BFN A;  2TAA A;  4MNJ A;  4QLL A;  2X0H A;  1C90 A;  1UR8 A;  4EAN A;  3AXH A;  3EDK A;  2XVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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