2DJ2A

The solution structure of the second thioredoxin domain of mouse protein disulfide-isomerase a4
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
GSSGSSGVTLSLTKDNFDDVVNNADIILVEFYAPWCGHCKKLAPEYEKAAKELSKRSPPIPLAKVDATEQTDLAKRFDVSGYPTLKIFRKGRPFDYNGPREKYGIVDYMIEQSGSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Protein disulfide-isomerase A4
publication title The solution structure of the second thioredoxin domain of mouse Protein disulfide-isomerase A4
rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Isomerase
total genus 24
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2006-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dj2A01
1EV4A 4DSQA 2H19A 2TRXA 1GSQA 3D6IA 3VK9A 1XWBA 2GSTA 3FZ9A 4GRFA 4V1Ap 1A23A 5C04A 5IOXA 5HFIA 2KUCA 4KGIA 1TU7A 2DC5A 4HDEA 4N0ZA 4OWYA 4PUFC 1MD4A 2OBIA 3UOMA 2GQMA 3OR5A 3ZFLA 4IHUA 1VF1A 4L0WA 1EP7A 3VPTA 1O85A 3QMXA 2GLRA 2XBQA 4V2NA 2PMTA 3DGQA 2D2ZA 3DVXA 4PQHA 3ERFA 9GSSA 2V32A 4JE1A 1TRVA 3IHQA 1XOAA 4EL1A 2HZEA 2AYTA 4MJCA 5AGYA 1PKWA 2RM5A 1GSDA 3M9KA 1GSSA 3UBLA 3CXGA 3NIVA 4AJ6A 1XFLA 2KHPA 3FZ5A 3G7IA 3GN3A 4MF5A 1Z7PA 5IOWA 3DEXA 3LJRA 1BEDA 3RAZA 5DAKA 2PVQA 3HZ8A 1GL8A 3P8WA 3UMAA 4JZQA 4BA7A 4OO4A 1PA3A 2QGVA 4ZIJA 1JZWA 1GUHA 19GSA 3VI7A 5JCWA 1EOGA 3ZYWA 4KNDA 5L71A 3A3TA 2YANA 3RHBA 4F9ZA 1TRWA 5J41A 5IMDA 2J23A 2FUG2 3EU3A 1FG4A 4J57E 2YOIA 4WR5A 1Q4JA 1SJIA 1PL1A 4ZBAA 2B7JA 1GSUA 2JADA 1F3BA 1GH2A 2HLSA 1BG5A 3RDWA 3H8QA 4POLA 4KX4A 4TR1B 2I1UA 3BD2A 1QFNA 5D9TA 1V58A 2YV9A 2MBTA 4QQ7A 5HQPA 1ML6A 5KN3A 4MZWA 1K3LA 4O5RA 4OCEA 1X9SB 1J0FA 3C71A 5E59A 1A8LA 3GMFA 5IPHA 4P3YB 1PN9A 1XBSA 5F07A 4KW6A 1ZGNA 4MCUA 1GTAA 3IPZA 4O92A 4TVEA 3UJ1A 2DJ3A 3IE3A 1I5GA 4GXZA 2YN1A 3VWUA 3KXOA 4JBBA 1URMA 2ON7A 1EP8A 1U87A 3LFLA 3UVTA 4MJBA 2KP2A 4MA9A 1OC9B 3TRQA 2X99A 4KH7A 2H30A 4KDYA 1T4ZA 3C7MA 6GSTA 1ZCPA 2IMKA 4IELA 3FKFA 3IAS2 2OBKA 3M9JA 3GHAA 1RQMA 2WB9A 4EO3A 2H01A 1FO5A 10GSA 1TK5B 3UBKA 2ZUPA 1YZXA 1TK0B 3EINA 1GTBA 4IKHA 3KP9A 2GVPA 1M0UA 1DE2A 2GT5A 1V57A 2VD0A 4I2UA 4HJ2A 1V2AA 3QDNA 2IMFA 2XPEA 1GSFA 1GP1A 2L6CA 2FWHA 3PR8A 4DVCA 1B48A 1UN2A 2FHEA 2LQOA 3EMXA 4CDOA 4J56E 4WETA 1A8YA 4MH3A 3P7XA 1QGVA 3IR4A 4Z7XA 3QPMA 4WKWA 2OA7A 3CTFA 3HDCA 1NM3A 4K9ZA 3C8EA 1OKDA 4MF6A 2DJJA 5COHA 3KTLA 4N11A 2V1MA 2IIYA 5CREA 1UVZA 1EOHA 2YWOA 2H6XA 3TJGA 5IO0A 3PH9A 3QFAC 4EVMA 1EEJA 4G19A 3RHCA 1AUCA 3VLNA 5AISA 1G0TA 4TXVA 2A2RA 3FR3A 5E4WA 3E9JB 2HRNA 3TKRA 4TN8A 3GFKA 4RUVA 2H1BA 4WR4A 3WGEA 4HI7A 1G7EA 3FZ4A 5EL8A 1ZOFA 5F06A 2HI7A 2VLVA 2YZHA 2DIYA 1BX9A 4BVXA 4K6XA 3KJYA 1S3DA 3DIEA 1ACVA 2ES7A 3H4KA 1SENA 3ZRDA 2GSRA 1JFUA 2R5GA 5IMVA 4XCSA 2GZZA 3DD3A 4HZ2A 5ID2B 1KBNA 2LQQA 1GRXA 4OFNA 1MEKA 3EE2A 3U6VA 14GSA 3I9V2 2VCTA 3FEUA 1Y25A 5HR3A 3BJ5A 6GSYA 4ZL7A 2NDOA 3H93A 4RQRA 1J9BA 1T4YA 1S3AA 3TJKA 1K3YA 1EZKA 3TDGA 5D9XA 3GRXA 4HUAA 4GCIA 3IK9A 4N10A 1MD3A 1GSYA 3L9SA 2P31A 3C1SA 4TKYA 1DUGA 4TR1A 2VLUA 1VF3A 1XWAA 2PWJA 3HYPA 2LV3A 2J9HA 1FB6A 2XBIA 1B8XA 4I6XA 1GWCA 3LORA 1ERVA 1QUWA 3GKMA 2OJLA 2C3TA 1A2MA 2FNOA 1M2AA 3CMIA 1JZRA 3DWVA 4JR6A 4OD7A 5ECMB 2KLXA 4G10A 1GULA 3IC4A 4K8MA 1B4PA 1ERWA 4DSSA 3ZVJD 3DVWA 1AXDA 3VPQA 4Q5NA 1OYJA 1S3CA 1K3OA 5A4VA 1H75A 3ZITA 1PMTA 3QD9A 2EIRA 3APSA 1OC9A 2G0FA 2WDUA 2K8SA 1XVWA 2QKEA 5F05A 1SL0B 2JZRA 3ZIVA 4TOPA 5KN1A 3LQ7A 3Q6OA 1R26A 2VAFA 2C0DA 3FW2A 1BJXA 1FVKA 3R2QA 2LRNA 2RM6A 1RW1A 3ERWA 1WE0A 1OKTA 4CW9A 3BOAA 2CVBA 4ACSA 1OC3A 4I97A 1ABAA 3GL5A 1JZDA 3KEBA 5JWRB 5J4UA 3RPPA 2YJ7A 2M80A 3I69A 3L9VA 1ST9A 3D5JA 3IXRA 1TI1A 5CRGA 4Q5RA 2WJUA 8GSSA 5IMCA 1V40A 3MAKA 4I8BA 2H76A 3TKPA 5ELAA 1KNGA 3TJJA 1UC7A 4ISDA 5INYA 3HVVA 1A0FA 4IP1A 4D73B 2H1GA 1GUMA 3IDVA 2L4QA 4O7HA 4WEYA 2LNSA 2DSAA 2ZCTA 2X8CA 3EYTA 2B6MA 1QXHA 1XPVA 2GDRA 1Z7RA 3KM6A 1XOBA 1X9MB 2PVOC 4XRDA 3O6TA 2AUVA 4PNFA 3GKNA 2L6DA 2TIRA 1MDKA 2P0GA 3JCML 1CQHA 4KAEA 12GSA 2OE3A 4ZL8A 2H0HA 1WMJA 2JU5A 3ISOA 4X0XA 4OO5A 4GTUA 1ZMAA 2HFDA 1YEPA 4NV5A 3MWHA 1SKWB 2YJHA 3PGTA 5DVBA 4KE3A 4G9HA 3FY7A 2O87A 1YF1A 4MZBA 2QC7A 3HZ4A 3QAWA 2DJ1A 4ECIA 4FH8A 5G1LA 4K0NA 5DCHA 5EVOA 3CRTA 2EIOA 4BWSA 5IQYA 3LGCA 3TKSC 4V1Ag 2A2SA 1X5EA 2E2MA 1LBKA 1HYUA 3HD5A 2MZCA 2RIIA 2E0QA 2O7KA 4DSRA 3LEFA 3KGKA 2WRTA 3HXSA 3TOUA 2OACA 4I2TA 3HJMA 1FB0A 1M2DA 5ID2A 2R37A 2HNLA 5DJLA 3E0UA 1NW2A 2WZ9A 3D4TA 1R7HA 2HSYA 2NTOA 2H8LA 2BTOT 5AIXA 3DYRA 3F9UA 1XCCA 1Q98A 2P5RA 3WD6A 5IIZA 2C4JA 3L78A 3NOFA 3IA1A 2CZ2A 4ZBBA 4PX1A 2CZ3A 1O7UA 2VO4A 3N5OA 3TB2A 5D73A 2VCVA 2VL2C 4J2FA 4KDUA 3DMLA 5IPGA 2F3MA 2G2QA 4TXOB 2YWIA 3EMPA 5G5FA 4BWQA 5IMFA 3IBHA 3RBTA 4F0CA 2CV4A 2BMXA 3QCPA 1YQ1A 4LL1B 4N0VA 3GH6A 1M99A 2MMOA 2H0GA 4EDZA 3VFIA 5KN2A 3QAGA 4MP4A 3L9UA 3IOSA 4KA0A 5D8IA 2C3QA 3ZIJA 1SYXA 2R4VA 4KSOA 3EVIA 3H79A 1TRSA 2JZTA 3CTGA 5J3RA 2CVDA 1GTIA 3N9JA 2GTUA 2FA4A 1EWXA 4KUNA 3TKSE 4GF0A 1ZYEA 2K6VA 1SK0A 4XS6A 3G7YA 2C3NA 4ML6A 1XVQA 3D0ZA 3O76A 5CRWA 2MMZA 4LMWA 3MDKA 4K0GA 3LXTA 1QMVA 1T00A 3UVHA 2C1YA 5IMAA 2OE0A 3QOUA 2B1KA 4KCEA 3TRXA 1SL1B 1XIYA 5LD0A 4DSSB 2O8VB 4Q5QA 1N2AA 4YAPA 3F4SA 1YY7A 4XS1A 2ZNMA 5FHIA 3LYKA 4WF5A 1PKZA 2VOCA 5ECOB 4DEJA 1SD9A 5F8BA 2JSZA 1SKSB 1OE7A 2MMAA 4RQXA 4G2EA 1EGRA 1M9AA 4PGTA 1TRUA 2X8HA 4EXJA 5DDLA 2R2JA 4HOJA 4D73A 22GSA 2H1DA 3GKXA 1B9YC 2HXKA 1K0CA 4L5OA 4V2LA 1PX7A 1YJ6A 4HJMA 7GSSA 1AAZA 1AC1A 1MDJA 2I4AA 2H75A 5H5RA 4JEDA 16GSA 4JRRA 4GQFA 4ZL9A 2O85A 1FHEA 3GSSA 4L5LA 5AIVA 2IJYA 5G5EA 1O6JA 3KCMA 1U3IA 2VM1A 1F2EA 1VRSD 1RK4A 2JZSA 3Q18A 5DALB 1A24A 4YQUA 1JHBA 6GSWA 2LJAA 5B7CA 13GSA 1LU4A 2B5XA 1R5AA 2YWMA 1O8XA 1WPIA 2FCHA 3EWLA 4V2MA 4OMVA 4L0UA 2WULA 4BPYA 2L57A 3QAVA 3W6GA 3FRCA 3KH9A 2IN3A 3WT1A 3GKKA 3TOTA 4POKA 1Z5YE 3A2VA 1C72A 3ZLPA 3J7Yb 1GNWA 3GYKA 2PBJA 3F6FA 4ZBDA 1GSEA 3F4TA 3F63A 1K0OA 1OVNA 3ERGA 2H73A 1Y6EA 1PQNA 2IMIA 5CNWA 3VI5A 2VIMA 1U6TA 3M3MA 3LSZA 3I43A 4IP6A 3IK7A 2H0IA 4IS0A 3HJPA 5ECNB 4FO5A 1WOUA 1YEXA 20GSA 2C0FA 1M2BA 1JLVA 1BYEA 4MZCA 2EC4A 3L4NA 3US3A 5B6NA 3TKSA 4TXOA 4X43A 4NAXA 3FYGA 2H70A 11GSA 1H4OA 2CVKA 2NPBA 1U3AA 1B9XC 1FVJA 4MPFA 3NZNA 3GTUB 5J5NA 4PNGA 2VM2A 1FW1A 1W4VA 1ZZYA 2H6ZA 1XZOA 1MTCA 3W8SA 2RUFA 1SJZA 2E2GA 2LRCA 5ECQB 2P5QA 4IW9A 4F82A 2AV4A 2CAQA 3WGXA 2HZFA 6GSUA 3HJOA 4KB3A 4K2DA 3EU4A 2YNXA 1R5PA 4NHZA 2HE3A 2VL2A 2VCZA 1YKAA 1TK8B 3C73A 3D4MA 1X0RA 5GAND 1BQ7A 4CHSA 3FHKA 3M8NA 4QL9A 4EE0A 4GSSA 3GUSA 2GSSA 2NVLA 2I3YA 4E8HA 3IRAA 1THOA 2VCXA 2XC2A 4HU7A 2FWGA 5HR0A 5G31A 2DIZA 1WRYA 2HT9A 4TR0A 3GSTA 6GSSA 4F2IA 1M9BA 1TU8A 3VURA 3UAPA 2CAIA 1LJRA 5JWOB 4MMMA 4GSTA 3VWWA 4LLRA 3F6DA 2V2GA 5ECHB 1TDIA 1TXXA 1DBYA 3EURA 4XTSA 1NSWA 5D9WA 3M1GA 1T7PB 3D22A 2C0EA 3KIJA 3FR6A 4ZB8A 1WP0A 2V6KA 5GSSA 5ECRB 1AQWA 1DSBA 4MLYA 5ECPB 4KCAA 2ON5A 5HR2A 3IAM2 1XW9A 2GGTA 3ZTLA 1EGOA 2YP6A 2DJ2A 4FYCA 4HEA2 4POBA 2FA8A 1J08A 2VCQA 2N5AA 1VF4A 4I5QA 2O89A 4EDYA 4MABA 5D9VA 3GA4A 2MYGA 1IYHA 5CAXA 2TRCP 1Z6NA 4AJ8A 2H72A 3LWAA 4MK3A 2RLIA 3M0FA 1PGTA 4PQ1A 2B3SA 2DJ0A 2LNTA 5DALA 4MDCA 4GQCA 5DJMA 2QSIA 1SL2B 3E3EA 2KOKA 4AJ7A 2KP1A 2I9HA 3KMNA 3I6AA 1PSQA 1NHYA 3J7Yk 3F4RA 2R6KA 2REMA 3KD0A 2PPTA 1MDIA 1GNEA 3V1WA 3H1NA 1F3AA 1ILOA 1K0BA 1ERUA 2V6OA 3GV1A 2IL3A 3F0IA 4X1UA 3Q74A 1E6BA 2GZYA 2B7KA 4H86A 3FR9A 3MNGA 3IV4A 2VL9A 3S9FA 4HQZA 4K7OA 3WGDA 3FK8A 2LRTA 1I9DA 3P90A 1HNBA 2JSYA 5KN0A 2NBSA 1K0DA 2R3XA 2L4CA 1OE8A 2HYXA 3LG6A 2DBCA 4ECBA 1K0AA 4TW5A 5HFGA 1E2YA 3BBYA 4YQMA 1F6MC 3FZAA 2PERA 5GZZB 5ECSA 1TP9A 2F9SA 4FIWA 1ERTA 4LA1A 3ME7A 4BVYA 4TR4A 3G9BA 5ENUA 4ZB6A 2H1AA 4O32A 2M46A 4IVFA 4WF4A 3GTUA 4MJEA 3HCZA 4F0BA 1HQOA 4Q5FA 2LKUA 2DMMA 5DCGA 4YAVA 2PUKC 2C0GA 4ULXA 3HA9A 4QL7A 1EEMA 3APQA 4ZILA 2H6YA 4ZB9A 5B8BA 5EY6A 3CSHA 1T8EB 1HNCA 5JCUA 2N5FA 4RI7A 2PGTA 2LUSA 1JLWA 4IGJA 4AGSA 1T3BA 2A4VA 2GQLA 1WIKA 1XXUA 4ZXGA 2IPAA 2B5EA 1A2JA 4LL4B 1YKCA 3WYWA 3UEMA 2OADA 5DQYA 4OFMA 1AQVA 5C00A 1PX6A 1AW9A 3Q19A 5CO3A 2X8GA 2AJQB 3KH7A 4YQVA 3O3TA 5GSTA 2PN8A 2GT6A 3BCKA 2FWEA 2DJKA 1OAZA 5IO2A 1XW5A 2RUEA 5F0GA 3QFBC 3GNJA 2V41A 3KP8A 5G2ZA 3GURA 3TJFA 5AN1A 4GSNA 4PQIA 4RI6A 4XHMA 4PUAA 4N30A 1K0NA 2HRFA 3AY8A 2K18A 5A4WA 3SWLA 2CT6A 4NV2A 2WGRA 5A4UA 2L5LA 4HZ4A 3TCOA 5DBQA 1JZOA 2E7PA 5FWGA 5CYYA 1A0RP 3UL3A 3QR6A 3TRPA 1AQXA 3F3QA 4ECJA 1TI3A 2WCIA 2YPMA 3PINA 5G30A 3ED3A 3TKQA 4NWYA 4KSMA 3CBUA 5JCGA 2AHEA 2DLXA 1X9WB 1XWGA 1TKDB 4IN0A 3KZQA 2H66A 2WS2A 1TOFA 1TJDA 2YZUA 2LJRA 2L5OA 3HVXA 5J9CA 3C1RA 2GS3A 1O8WA 1SJ6A 3GX0A 2XHFA 2K9FA 4IBPA 2VL3A 3DRNA 2VLTA 1M7TA 2JL4A 3WT2A 4MH2A 3KMOA 6GSXA 5CRHA 2LTKA 4KDXA 5CP1A 2FY6A 2FD3A 5DQSA 2IMEA 4F03A 1IYIA 2H74A 4XS4A 2L59A 1V98A 5B8AA 4AF2A 3HHVA 4ECCA 1F37A 5IMZA 2I81A 3SBCA 1BAYA 1U88A 1SK1A 4POMA 1FAAA 1NHOA 1G6YA 4PURA 4YH2A 3GIXA 4TRXA 3U5RE 4IQ1A 1SKRB 1HD2A 2IFQB 3HVSA 4HS1A 4EUYA 5G1KA 3L0HA 2F8AA 1TTZA 1YDKA 1PL2A 2AAWA 3K8NA 4XRAA 3G7JA 3LYPA 4MPGA 3ZREA 1K0MA 3A2WA 5D96A 5ECLB 2X64A 1KEBA 1G6WA 1EV9A 3ZFBA 2EIQA 1V9WA 3HKRA 4OFTA 2K8VA 3UIWA 3KTBA 4TR3A 2Z9SA 3RPNA 1GTUA 4IQAA 1WJKA 4EF0A 2VUPA 1W89A 2LEGA 1WWJA 2OE1A 4K1FA 1X5DA 1VF2A 4NXIA 4PXOA 1F9MA 1USBA 1CQGA 4EC0A 1THXA 1ON4A 2GSQA 4HQSA 2B5YA 5H5QA 5LNKe 2HSHA 3A2XA 3CSJA 2YWNA 5H5SA 4WBRD 4IJIA 3GX8A 3W8JA 2FGXA 5ECIB 5ECKB 2DMLA 1G7OA 2M72A 3F3RA 5FT3A 4MF7A 2VCWA 1PRXA 1ZL9A 17GSA 2HZEB 3ZL5A 4NPBA 3DKSA 4OCFA 3ZVJA 1GLQA 1SK2A 5GAPD 2JACA 2CA8A 1GLPA 3ZMKA 5HFKA 18GSA 2F51A 5CRDA 1QQ2A 5J9BA 1A2LA 4IJ3A 2F8FA 5DAKB 5ELGA 2AB6A 3ME8A 2CX3A 5IM9A 1XWCA 3HY2A 3VWVA 1R4WA 2IMDA 4FYBA 4JR4A 5HR1A 3D21A 2YV7A 4ML1A 1DE1A 6GSVA 1TW9A 1HNAA 3UARA 4JU5A 1X5CA 2LS5A 4NHWA 2B1LA 3ZMLA 2LJKA 1XWKA 1O81A 4MJAA 3GH9A 5LCZA 1Z6MA 3MSZA 2XPDA 4L8EA 3EC3A 2YCDA 1KTEA 2MBSA 5JWQB 2CQ9A 1QK8A 4BL7A 3P2AA 2IWTA 2PU9C 2GQKA 1N8JA 3CYNA 4K7NA 4NMUA 4HU9A 1FOVA 2OKAA 1VGLA 2WFCA 3DXBA 5EPFA 1SD8A 3TGZA 1SU9A 4E8EA 3CRUA 4LMVA 1Z3EA 2C80A 5ABRA 1GUKA 1SYRA 4GWRA 3APOA 5A5KA 5B6MA 3LXZA 4K7IA 1PD21 5KEJA 2ALBA 3ZZXA 4FYUA 3GL3A 2LSTA 4ID0A 1T1VA 1XW6A 1YF0A 3BCIA 2N5BA 1ZYQB 4WBJA 4GLTA 2MMNA 4WXTA 1OC8A 1UA5A 4XIHA 1AIUA 3CSIA 2C8UA 4ILFA 1O73A 2H71A 3TJBA 2VD1A 3F8UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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