2DKH | Genus

Total Genus 195

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	195
sequence length	639
structure length	614
Chain Sequence	b'MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA'

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-hydroxybenzoate hydroxylase
molecule tags	Oxidoreductase
total genus	195
structure length	614
sequence length	639
ec nomenclature	ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date	2006-04-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain
A	PF07976	Phe_hydrox_dim	Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.9.50	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2	D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2	2dkhA02
3.40.30.20	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2dkhA03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	2dkhA01

4OPUA 3QVRA 4U8IA 3GMBA 3GDNA 1GETA 2HQMA 3QSEA 3ZYXA 5BVAA 1B4VA 1GRBA 3G5RA 1YQ4A 3ATRA 4JY3A 3G5SA 2Y6RA 4GF7A 2XFPA 3P9UA 4I58A 2BABA 5ER0A 2QA2A 4KX6A 4A79A 1PXAA 3KVEA 1OJDA 3UKKA 1GRTA 2VRLA 1TDEA 1ZKQA 1O5WA 1TYPA 4M52A 4Y4LA 2YG5A 1E1KA 4JY2A 1QLBA 1TYTA 3G5QA 2XVJA 1BKWA 2YM2A 5U25A 1QJDA 4NEVA 1L0VA 2BS3A 2V60A 2YLSA 2WOVA 2OAMA 5KOXA 1OJCA 4O5UA 4IV9A 2GR1A 3T37A 1ZY8A 3NGCX 1K0IA 1E1NA 1FEAA 2X99A 3PO7A 1JRYA 2VQ7A 5EOWA 5JCIA 1BWCA 3GRTA 3AE3A 4U8KA 5M10A 5CQFA 2YLZA 2B9YA 1CC4A 2BC0A 4BJYA 1IUUA 2VZ2A 2C70A 5U1OA 1CHUA 3GSIA 3M13A 4XWZA 4YTPA 1BZLA 3DGZA 3DK4A 3Q6JA 1BGNA 3K7MX 2WOWA 1PBFA 2WPEA 3RP8A 3P4RA 3AE4A 1Q1RA 2AQJA 4GCMA 3ALMA 2BC1A 2GAGB 2YLXA 3DJEA 3RP6A 1IJHA 1COYA 1PBCA 5FS6A 4CY6A 2B76A 4Z2TA 2B7SA 4H2QA 2WESA 3SFEA 2XFQA 2B9XA 1EL7A 1FECA 4JDRA 1NHSA 4EIQA 4HB9A 1X31B 3SQPA 3II4A 3E1TA 1LVLA 4LIIA 1N4WA 2NVKX 2APGA 2AAQA 3ALJA 5C2TA 2W0HA 2WDVA 1CJCA 1K4QA 2C3DA 3IHGA 1KDGA 1VG9A 3BNMA 2H89A 2WP6A 4J34A 1O95A 2X8GA 1NEKA 3CNDA 3AE1A 2GV8A 3ICSA 4K2XA 3DK9A 1LPFA 1H7XA 1OJ9A 2DKIA 3UKAA 5EB4A 3K7QX 1MO9A 1ZOYA 2OLNA 2XFNA 4GDPA 4X9NA 4C74A 1GEUA 3D1CA 2ARDA 3NN6X 2E4GA 4EMJA 4ECHA 4YKFA 3UP4A 1GRGA 2FJBA 1B8SA 2V61A 3AE6A 4K8DA 4U8JA 1FL2A 4H7UA 4NEWA 1DODA 3UOVA 1E6EA 4CCQA 1OJAA 3NHOX 3UKLA 2YLWA 4H4VA 2WU5A 4B1BA 4EMIA 1TDNA 3ZDNA 4YWOA 5J7XA 4YKGA 4CBQA 1GESA 2V6OA 2JAEA 2XVFA 2IVEA 3AYJA 4H4QA 1F8WA 4OVIA 3M0OA 3L8KA 4TLXA 1D4CA 3CGCA 3CTYA 3ALLA 2X3NA 3HZLA 4J56A 3CPHG 2CULA 3L1RA 4D04A 3NTDA 3EF6A 4OPDA 2JK6A 3DMEA 2NPXA 1H84A 1F6MA 3K30A 3KLJA 4NTEA 2E1MA 5KRQA 5L46A 3AE5A 2RGJA 1YY5A 1E39A 1L9CA 2Z5XA 3VRDB 2GB0A 2EQ8A 4U2LA 4C3XA 2C66A 2EQ7A 3VR8A 3KD9A 3I3LA 1B37A 2VVLA 2EQ9A 3CPJG 3AEDA 4FK1C 4CCRA 1XANA 4FDCB 4B65A 3GD4A 3EANA 2C3CA 3AYLA 4OPCA 5KVIA 3AE2A 3GDPA 4BURA 2VQBA 2C73A 2C7GA 3NH3X 4U2TA 1F8SA 4NZHA 1GOSA 1CJ2A 3LADA 2WPCA 3ATQA 2X8HA 2QCUA 2PHHA 1S3EA 3OZ2A 4K5SA 2GVCA 1JRXA 1IUWA 3DK8A 2C76A 3ABVA 1SEZA 2Q0KA 4H4UA 2YG3A 3LXDA 2CVJA 4J57A 4H4YA 4KPRA 1RYIA 4ADWA 1N4UA 1YKJA 3NYEA 1ZP0A 4A65A 4IA5A 3AEFA 4Y4NA 1H6VA 4WCTA 3SFDA 4RG4A 2YR6A 4RSLA 1CBOA 2YVFA 1V59A 3UKHA 3LZWA 4EM3A 2CDUA 4I59A 5FS9A 3AEBA 4B68A 1D7YA 2GR3A 3GYIA 3FG2P 4TM1A 4BK2A 2RGHA 2R0CA 2J3NA 4H4PA 4TLZA 3RHAA 3CNJA 3NKSA 1NDAA 4EIPA 2JB3A 1GNDA 2YR4A 1PXCA 3FBSA 3LOVA 1ZOVA 1KSSA 5HY5A 2BXRA 1ONFA 1CC2A 1NAAA 1JRZA 2GQFA 3BI2A 4U8OA 4XWRA 1GRHA 2UZZA 3AD7B 5IQ1A 3AEGA 2XLTA 4H4ZA 4GDEA 1JEHA 1NENA 5KVHA 1GTEA 2R9ZA 4U8LA 2WDQA 3H8IA 3I6DA 2WPFA 3AD9B 3AEEA 3DJDA 3NT6A 4DGKA 2I0ZA 4A6NA 2R45A 2VOUA 4BV6A 5EBKA 1VRQB 2FJAA 2Q0LA 4EQXA 4UDQA 4YSYA 3B6DA 1VQWA 3F8RA 4YSZA 1DJQA 1XHCA 4NTDA 1YQZA 5M0ZA 2WOIA 1ZK7A 1K0JA 2YG4A 3REDA 4H4XA 2XVHA 4H4TA 3Q9TA 3B3RA 2C67A 2WDRA 3BI5A 3OC4A 1LTXR 2YLTA 4FX9A 1FOHA 2BACA 2TMDA 4OCGA 5JCKA 3ITJA 1LV0A 3IC9A 4K7ZA 3UTEA 2XLUA 1KSUA 3NNEA 2WP5A 3UTFA 2YG6A 4U8MA 2GMJA 1FEBA 1H86A 1HYUA 4AT0A 2ZBWA 2GH5A 5IQ4A 1S3BA 1JOAA 2XYOA 2ZZ0A 3AYIA 1NG3A 1F3PA 4EQSA 2BXSA 2FJDA 3O0HA 4GRTA 3DH9A 5BRTA 4B67A 4Z26A 1P2EA 3UOYA 3H4KA 2BS2A 1EL9A 3F8PA 4UDRA 4BK1A 2EQ6A 2R0PA 1FCDA 3GYJA 2B7RA 2B9WA 4B69A 4ZCDA 1OJTA 1PJ5A 4JNQA 3NK1X 4BJZA 1PBDA 4U2SA 3CPIG 2WETA 1MXTA 4C77A 3GD3A 3QFAA 3IHMA 2BK3A 4J31A 4AP1A 1PXBA 4P9SA 4AT2A 4CRTA 1Y0PA 2WU2A 2GEWA 3R9UA 3UOZA 2DKHA 2QA1A 2YVGA 4Z43A 2XLSA 5GSNA 1GREA 4B63A 1MOKA 4USRA 1DNCA 2FBWA 2RGOA 1KF6A 2ZZBA 1IUVA 2BA9A 2VVMA 1GV4A 1PS9A 4LU6A 1BF3A 4HA6A 4TM4A 3UP5A 4FK1A 5BUKA 2YQUA 4H4WA 3DJGX 3P4SA 1ZMCA 4TM0A 4JNAA 3LB8A 1B5QA 1YQ3A 1LQTA 3QSMA 4Z24A 3BHKA 1M6IA 1ZMDA 3NIXA 3AE7A 4J36A 4O5QA 2Y6QA 3AECA 4OPIA 2IIDA 1S2YA 1W4XA 3P1WA 1AOGA 2TPRA 3VRAA 2YG7A 5HYMA 2YR5A 3CN8A 3NLCA 1E1LA 1CL0A 2A87A 1QO8A 4B66A 2GR0A 2JB1A 2H88A 3D8XA 3DJJA 3QSSA 5JCLA 1JNRA 4LA1A 1BGJA 3C4AA 3BNUA 1CJ3A 3CNTA 4GUVA 2OALA 3P4QA 1EBDA 3DA1A 5BULA 1LQUA 1GXFA 4OPLA 3SGLA 5CKUA 4OPTA 4X4JA 1ELIA 2OA1A 3CNPA 2BCPA 1IUSA 3AEAA 2BS4A 3AE9A 4UP3A 5FMHA 4DNAA 1PBEA 3IWAA 2ACZA 4YTMA 3UTGA 2YWLA 5DBJA 2IVDA 3VR9A 2XFUA 1PN0A 4MJWA 2RABA 3UKFA 1H81A 5C3JA 4A99A 2XVEA 4A5LA 4D03A 5KOWA 1DXLA 4IVMB 1O94A 4AP3A 1PHHA 3NYCA 4ZN0A 3FIMB 1TDKA 2C64A 4C5OA 4EM4A 1XPQA 1S2QA 1H83A 3KU9A 3S61A 5FS7A 1RSGA 3C4NA 4RG3A 3URHA 4WX1A 1D5TA 4DSGA 3EPTA 3VQRA 3PS9A 2FJEA 4Z2UA 1KNPA 3GMCA 2BK4A 4APNA 5KXJA 3PVCA 2WS3A 4JQ9A 2OLOA 1EL8A 3UCLA 2BCGG 5EB5A 2E5VA 2AR8A 3KPFA 4U8NA 1Q1WA 5JCNA 1Y56A 1Y56B 3FMWA 4USQA 1REOA 1RP0A 2R4EA 1KNRA 4DSHA 2QAEA 3NN0X 1TDFA 3C96A 3QFBA 4K5RA 2XVIA 3S5WA 1DOEA 2JBVA 2YM1A 5U63A 4A6NB 4EQRA 4XXGA 3NRNA 2WEUA 3P4PA 1K0LA 1NHPA 2GF3A 2JB2A 3RNMA 3NG7X 4IA6A 1L9DA 1F8RA 2X50A 1L9EA 4H50A 4E0VA 3GWFA 3CGEA 3CNSA 4AOSA 2V3BA 4AOXA 1KFYA 2C72A 1JU2A 1UKVG 1Q9IA 3F8DA 4J33A 1LJ1A 4ZCCA 3RP7A 3SM8A 1PJ6A 1NG4A 4ICYA 1NPXA 4BK3A 1E1MA 2VRMA 3K7TA 3NYFA 4Y4MA 3AE8A 1CJ4A 2YAUA 1VG0A 3LZXA 1GALA 1IUXA 1DOCA 3BHFA 5HXIA 2ZZCA 2Q6UA 3NTAA 3QVPA 3M12A 2GR2A 4Z25A 3CGBA 1PJ7A 4H2NA 2PYXA 3QJ4A 3GRSA 4J2WA 1ZDLA 2V5ZA 3AD8B 1PBBA 1GPEA 2WBAA 4UDPA 4A9WA 4H4SA 4YTNA 2XLRA 4Z2RA 2R46A 1GRAA 4YXDA 3AWIA 3CIRA 4CY8A 1GRFA 5LV9A 3AB1A 1NHQA 3V3NA 2GMHA 5FS8A 2YLRA 3AXBA 4C3YA 5IPYA 1TDOA 1IUTA 2R4JA 3WE0A 4YT0A 1H7WA 4Z44A 1CF3A 2A89A 3H8LA 1EL5A 3BI4A 3JSKA 4OPGA 1VDCA 3V3OA 5KWFA 3ICRA 3V76A 2YVJA 3CGDA 1PDHA 1GTHA 2WQYA 4YSHA 3VRBA 2V3AA 1TRBA 2VVLG 3COXA 4B64A 2BYBA 3EAOA 2WHDA 1GERA 3FPZA 4REKA 2O9ZA 3KA7A 1DOBA 4U8PA 1D7LA 4PABA 4X9MA 4CNKA 3ICTA 3LJPA 4H2RA 4H4RA 4EMWA 2GAHB 2WP9A 2C65A 2F5ZA 1N4VA 1GT8A 5TR3A 1E7PA 2Q7VA 1Z6LA 4JN9A 4TM3A 2X8CA 4CNJA 2CFYA 4EQWA 3UTHA 4YSXA 5JCMA 1P2HA 2XCGA 2Z5YA 4GR1A 1JNZA 1N1PA 2R0GA 1D4EA 2JKCA 5GRTA 5J60A 3ISHA 2A8XA 4NTCA 3NK0X 4K22A 2C75A 2BK5A 2GQWA 1D4DA 5HHFA 1XDIA 3ADAB 4A7AA 1H82A 3NK2X 1M64A 3UKQA 4PAAA 1GSNA 1ZX9A 2XFOA 3GWDA 3UKPA 1DJNA 2GRTA 4N9XA 3IF9A 3KKJA 4H2PA 1CC6A 1NHRA 2XLPA 3UOXA 3DGHA 2XDOA 4IVOB
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4U8IA 5BVAA 4KNDA 2H6ZA 3G5SA 1OAZA 4IP6A 2IMEA 5ER0A 2CA8A 4A79A 1PXAA 2IIYA 1NHYA 5JWRB 4KCEA 1UC7A 3IHQA 3UKKA 1GRTA 1ML6A 1BYEA 4M52A 3QD9A 3TDGA 4Y4LA 1E1KA 3O3TA 2XVJA 5U25A 1QJDA 3SBCA 1L0VA 3BBYA 2YLSA 2WOVA 5DCGA 3TB2A 3T37A 4PTSA 3F9UA 3EURA 4LMWA 4OD7A 3D21A 5M10A 4BJYA 1IUUA 2MBTA 2H1GA 3M13A 1IYIA 3DGZA 3DK4A 3K7MX 2WOWA 2WPEA 3RP8A 4XRDA 3KTBA 4F82A 3ALMA 1PSQA 3CXGA 3DJEA 1PBCA 2DJKA 1U3AA 4RQRA 4H2QA 5JWOB 1K3YA 2B9XA 2K18A 4JDRA 1NHSA 1TTZA 1S3CA 3II4A 3E1TA 2PUKC 2DLXA 4K7OA 2BTOT 2APGA 3QAVA 2WDVA 2X4AA 3MNGA 3TCOA 1NSWA 3BNMA 2WP6A 4J34A 5JCWA 5IMFA 2A4VA 3GKMA 2LEGA 1V57A 10GSA 1OJ9A 3DMLA 2VAFA 6GSUA 4LLRA 3T2YA 4XHMA 3UIWA 3L9UA 3ZZXA 3SXIA 4EKZA 3D1CA 2ARDA 1PRXA 4EMJA 4YKFA 4G19A 4BVYA 2YWIA 2V61A 4K8DA 4U8JA 2I3YA 5C04A 4NEWA 1GTIA 5IMAA 4MJCA 2IN3A 4CCQA 3NHOX 1H4OA 4EMIA 1TDNA 4YWOA 4CBQA 4ECBA 3KZQA 1OC8A 3CTYA 4J56A 2CULA 1BJXA 1J0FA 4FH8A 4OPDA 3DMEA 5KRQA 3A5WA 4NTEA 1F3AA 3AE5A 1E39A 3NZNA 4MMMA 1FAAA 2REMA 3CTGA 2HE3A 4PUFC 1SK2A 2XPEA 2EQ8A 2C66A 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2FLSA 3QFAA 2BK3A 4J31A 1Y0PA 4MCUA 2QA1A 2YVGA 1SKWB 1GTBA 5GSNA 4USRA 4KGIA 1DNCA 1UN2A 4WETA 3E9JB 2VVMA 3RBTA 1GV4A 2AB6A 3UP5A 3V1WA 3K8NA 4K7NA 5BUKA 4FYCA 1ZMCA 4Z24A 4PGTA 1LQTA 3BHKA 5GZZB 1M6IA 1ZMDA 4O5QA 3AE7A 4J36A 1XVQA 2O85A 4OPIA 1YJ6A 2DMLA 1AOGA 2FWHA 2TPRA 1E1LA 3D6IA 2B1KA 3C4AA 1CJ3A 3TKPA 3HJMA 2DJ0A 4GUVA 14GSA 3EC3A 4OPLA 3T2KA 2FCHA 3E3EA 1M2DA 4X4JA 1XVWA 4XS6A 2OA1A 3CNPA 2BCPA 3SZFA 3AEAA 2YV9A 2CX4A 5ECHB 5FMHA 4MA9A 2PVQA 3GKKA 5EY6A 3VR9A 2M46A 2XFUA 1ERVA 2C8UA 1GL8A 1H81A 4I2TA 5C3JA 2E7PA 2XHFA 1PHHA 3NYCA 2HRNA 3H1NA 2MMOA 3FIMB 1TDKA 1GTUA 1DDOA 3A2XA 1E6BA 1XPQA 1S2QA 3FZ9A 3WT1A 1ERWA 1QMVA 4RG3A 1OE7A 4WX1A 1D5TA 5KMPA 4ZB8A 3GYKA 3I69A 1WRYA 4MF7A 3EPTA 2H66A 4MH2A 3MSZA 3VI7A 3PS9A 2FJEA 4I5QA 2BK4A 4G6HA 3PVCA 4JQ9A 1YEXA 4MPGA 5D8IA 3KPKA 4EDYA 3Q74A 1FVKA 1ERTA 3KPFA 1Y56A 2TRXA 5LD0A 1RP0A 1VGLA 4DSQA 2QAEA 2H1BA 2M80A 3M8NA 4ECIA 3S5WA 1DOEA 5HR2A 4A6NB 2GSRA 1GULA 4EQRA 4XXGA 1MTCA 4RI7A 3P4PA 4MJAA 1L9DA 3GX0A 1SENA 2H1DA 2GSTA 1L9EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 2OE0 A;  3FMW A;  4ID0 A;  1REO A;  1KNR A;  4G0L A;  3NN0 X;  1TDF A;  1FB0 A;  1NW2 A;  2B5E A;  2FGX A;  1OVN A;  1K0L A

2DKHA

Total Genus

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Chain Sequence

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