2DOJA

Crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA02
3H4ZA 1B3EA 3HCQA 4EQ9A 1MH3A 3R7XA 1IXIA 4K3FA 1AL3A 3IB2A 3K1NA 2F78A 1MS7A 4HCWA 3OEKA 3KZGA 3FJ7A 1SBPA 4H6DA 1B52A 3O66A 2HQ0A 2V84A 1B58A 2GFEA 1D9YA 4H0WA 5DYHA 2RF1A 1OLCA 1BIYA 2VOZA 3MUQA 3TCFA 3O97A 1RKMA 5H8SA 4GXSB 1DTZA 1YCJA 2O7UA 4M1VA 3SKPA 4TLLB 1B7HA 1Y20A 1XS5A 4KCDA 2R71A 3TTNA 1OMPA 4KHZE 4UA8A 2V3UA 1YAEA 4H5FA 3OXNA 1MXZA 1FTOA 3MW0A 3CR9A 4LUBA 3FV1A 2XX7A 4QF9A 1PB8A 1EZOA 1SQYA 4OZ9A 4JWXA 4OFJA 3TFLA 5FHOA 1XHYA 4ND9A 3OD7A 3DM0A 1H76A 1MY1A 2DWJA 1LFIA 3KJTA 1AH5A 2DS9A 3RNNA 1J1NA 1SW5A 1USYE 3S2VA 1MY0A 3EHUA 4GLIA 2QL3A 4BDLA 4M4GA 2H5YA 1EH3A 1IXHA 3EN3A 2ZNUA 5CI5A 4YKPA 2DE4A 3O6GA 2PYYA 1A54A 2NWJA 2Q2AA 3HPIA 4O3BA 3K02A 4N13A 3L6HA 3PMVA 2D5WA 4IY6A 1UTHB 4QFNA 4RXLA 3FVGA 5FHNA 3RLFE 2VP1A 4PQJA 4H67A 3MQ9A 2CMOA 2M8CA 4YMAA 1VSOA 2THIA 4NF6A 3PD8A 3E9XA 4OFOA 3KN3A 3UGWA 2O68A 4GVOA 2ESNA 4ELPA 1ANFA 2ABHA 3MPKA 3MZ1A 3B6QA 3KBRA 3H3GA 2X7QA 2P1SA 1Y3PA 4OVJA 3BFTA 1Q1KA 1UTHA 3KG2A 1XVYA 4NE4A 4JXIA 2I3WA 4RYAA 1ZMGA 3ZKKA 2UYEA 4LZ8A 1DMBA 3DP8A 1R1NA 3OO9A 1M5BA 2ZYNA 4ELQA 3O2AA 2RINA 3QK6A 4F29A 1QJMA 3CFZA 1B3GA 1ELJA 1FQDA 1M5EA 3K4UA 3SEVA 1MXXA 4JWYA 2X26A 5FTIA 3FV2A 4OXVA 3EHTA 3GZGA 4G68B 3V8XB 4X1DA 3H6TA 2QS3A 4MFIA 1P99A 3LSLA 1JEUA 2HFBA 3VXBA 4NF8B 3O28A 3CG3A 3O6HA 3W9VA 3A3UA 4RY1A 2VHAA 3MZ9A 1YPNA 4AB5A 3I6VA 4ZS9A 3MAMA 2XXQA 3C31A 3KSJA 4G68A 2H4IA 5J1DA 4NWCA 1TWYA 3D4CA 4QFOA 3GBAA 4NF8A 3TDJA 1Y4TA 3MVZA 1ATGA 4LONB 4U1ZA 4H8JA 1O64A 1P1NA 4YKJA 2RC9A 1P1UA 4NF4B 3MP1A 5H8HB 3IJXB 5CC2A 3PD9A 4ZDMA 4P0GA 1TFDA 3K6UA 3U92A 1B4ZA 3OEMA 2Q88A 1MG1A 4DLDA 1M5CA 4YKKA 4ZE9A 3EQ1A 1IXGA 4NF4A 4PFYA 1POTA 3IR1A 5DVJA 5AA2D 5H8HA 4GF8A 2Z8DA 3K1MA 3D4GA 3IX1A 2V93A 3GXAA 2XD3A 1RYXA 3LUYA 3ODBA 4F22A 1OQHA 3U72A 2I4CA 3H7MA 2QJEA 2DWHA 4RJZA 2UVHA 3TELA 2I4BA 3C35A 4NEDA 3R6UA 2Q8JA 1NH7A 5ITPA 3SETA 3H6VA 3TQLA 4KD5A 2OWSA 3HV1A 2F6PA 2Y7KA 1URDA 3SEXA 1BKAA 3TZAA 2H9BA 2Q2CA 2G29A 1UIVA 4DXCA 2F8DA 3K2DA 2A5SA 2E1SA 2Y7WA 1GV8A 4HS7A 3RPWA 4XKRA 3MBPA 1B51A 4PFUA 3RUMA 3W9WA 5ITOA 4C1UA 1MXUA 3QUFA 4C0RA 5I57B 3FASA 4FIMA 1B40A 5F7VA 2I0CA 1S7YA 4Q0CA 3DELB 2IA4A 2ZNTA 3SEWA 3MP8A 3FXRA 3QAXA 3JYRA 3DP4A 1SI0A 3QUJA 1N0TA 3RGYA 1QUJA 3VVDA 1N7WA 3G3HA 4ISUA 2QSXA 3T66A 4GQOA 1LB9A 2P2AA 4KCCA 4LVQA 3W15C 3CFLA 3VLWA 5I57A 4EF2A 3TAJA 3K6XA 1B5IA 1A8FA 4O3AA 4FORA 4X48A 4GRKA 2AL5A 1ZBMA 5L9SA 1N84A 4R6KA 2OZZA 4TQUQ 4EXKA 1S9TA 4DCYA 1DSNA 1LAHE 2ALUA 4G77A 4LZ7A 3E13X 5K2YA 4RK2A 3THIA 1WDNA 3PUXE 3Q26A 3EPEA 4GD5A 4XKPA 4L17A 1MRPA 1PEBA 1B32A 2OWTA 4RPOA 1D3KA 4P11A 4EDPA 4HW8A 2OLBA 1MY4A 2F7AA 3S4UA 4KFQA 4MF3A 4ZE8A 1LBBA 5M2VA 2DE2A 1Z7ME 3VLVA 4LA9A 3DLNA 1URGA 1DPEA 4LZ5A 1MXVA 1DOTA 3Q25A 1MDQA 5I58B 3SERA 1LFGA 4IO6A 5CM6A 2AL4A 1WVJA 2QMXA 1LGBC 1UQWA 3G3KA 3TTRA 1HSEA 2OK2A 3CVGA 2G93A 5H8QB 4QSCA 4DZ1A 2Y7PA 1SYHA 1I6QA 2I48A 5A5XA 2H25A 3SEUA 2I0BA 5ISUA 3C33A 5I58A 2DXYA 3G3JA 4IO4A 3VE1B 5JEIA 1B1HA 1VFDA 2PT1A 3F11A 4GL0A 3PPNA 1S50A 3LSWA 1US5A 1Y1ZA 4U23A 1PBQA 3I3VA 4YAHX 1MPCA 2H99A 5H8QA 3H6UA 3C34A 4U2RA 1Y1MA 3SDFA 3FD3A 4C1TA 4QSDA 4GOTA 5FTHA 2E0SA 2DWAA 1B7UA 1MPBA 1NNTA 4HCYA 2NOOA 3VFJA 3B7DA 3LBSA 4FE8A 1MM6A 3TPAA 2XXPA 3HO7A 3C4MA 1Y3NA 4IO3A 2FYIA 3HN0A 4OENA 5IKBA 1NNKA 1OVBA 4OYVA 4LQ5A 4JSOA 3N6UA 3OOAA 3FIRA 4EF1A 1URSA 1US4A 1NMUA 3K0VA 4F3GA 3QIMA 4U1OA 3DP6A 1CB6A 3JV9A 1IIWA 1DTGA 4R6YA 4NF6B 3CSBA 4LP2B 4WKMA 3KJ7A 3WAEA 3CIJA 4F1VA 2REJA 2Y84A 3KSXA 3CG1A 3PV0E 2GH9A 4P0IA 3USDA 1OQGA 3G7WA 1FTJA 3RTWB 1LSTA 3A3CA 1XOCA 3T9HB 4PFWA 3IOUA 3VLUA 1FTLA 4E0XA 3HSTA 4XTCQ 1BTJA 1JW5A 4GIZA 2Z8EA 3G3IA 2GHBA 1R9QA 1QUIA 2I6EA 1KWHA 3EHSA 5CBSA 3MVXA 3PUZE 4OHNA 4KYDA 5I2KB 4OETA 1JVXA 3K6WA 1GR2A 1SYIA 4YU0A 5AA3A 3TMGA 3IL1B 2FNCA 4OQOA 4DE8A 4EQBA 3FJMA 2Z22A 5H8NB 4KQPA 4PE5B 5HPQA 3KFMA 5AA1A 1PB9A 3IB1A 3A09A 5I2KA 3N26A 3P7IA 5HM4B 5KDTA 1B0HA 2DP8A 5TP9B 1TT1A 4RA1A 4H5GA 1JEVA 4I1DA 5H8NA 5B7DA 4QFPA 4YB5A 3VXCA 4ZEIA 1JETA 1JVYA 4ZZAA 2F97A 1NNPA 3MVWA 4DDDA 4GL8A 5KCJA 1H3DA 1B6HA 3M3FA 2GRVA 5TP9A 1IUDA 4U21A 5CMKA 4I9DA 4R74A 3MP6A 3PPQA 5I59A 1JW1A 1QVSA 3TYHA 1MQHA 3FZVA 4DCXA 3CSGA 3ZSFA 2ANJA 3K1PA 2F6GA 4ESWA 1SW2A 4IY5A 3T22A 4NF5B 3G3GA 2HZKA 3TUSA 3S9NC 2ZMBA 3VVEA 3PUVE 3ILUB 4I8CA 4RK9A 4G8MA 1A99A 1FQFA 3VVFA 4LATA 4ZEDA 1SI1A 5L9MA 4Q5TA 5CMCA 2I3VA 4YMBA 4ZEKA 2O7IA 2O1MA 4FAJA 5JTYB 4NF5A 2D21A 2XXHA 1MPDA 4MBPA 3TKDA 1FCKA 2ZYOA 4BDMA 4GWOA 2NXOA 3KOSA 1ZTYA 2BJJX 3SEYA 5TPAB 3RTFB 1CE2A 1O7TA 4QRZA 3TTLA 1FTMA 5JTYA 4F3SA 4G8HA 2XXVA 4FEDA 2ONRA 3PPRA 4IGRA 2UVIA 1LAXA 1A7LA 3UK4A 3N5LA 5I56B 1Y3QA 4Q8RA 3IORA 1MY2A 2XXRA 1FW0A 2XX9A 5DEXA 3TQWA 1B4HA 4F3BA 4MLVA 1VR5A 5TPAA 4YKIA 4YICA 3ONMA 4OEUA 3FJGA 2ZYKA 3IAZA 1NKXA 3VDFA 2QS4A 1QKAA 3C9HA 1AMFA 3ZKLA 1WODA 4IO5A 1MM7A 2XXIA 5I56A 1II5A 3O9PA 1LCTA 2QMWA 5CMBA 3ZS6A 3U1OA 4OTEA 4JB7A 1Z7NE 5BWJA 4F31B 1XVXA 1ZU0A 4NTLA 1VFEA 1D9VA 2NUVA 3BBRA 1FQBA 3MJNA 3BFUA 1B46A 3UIFA 4ZZEA 1B7ZA 2ONSA 1P1OA 3BKIB 2RKMA 4NWDA 3UP9A 2PMSA 1XC1A 1QULA 3VV5A 3M3LA 1M5DA 4DXUA 2DXRA 4BDOA 4EXLA 2O1LA 5L8DA 1P1QA 1YTVA 1OLAA 1QKBA 4HTGA 2V3TA 3LR1A 1MY3A 3EF7A 3LSXA 5EYFA 1JW4A 4N6PA 4JWOA 3FVKA 4ECFA 2V3QA 1D4NA 5EHMA 2ZNSA 2CZLA 2DSFA 1N76A 4TOZA 1TXFA 1A55A 3RY3A 3V83A 1NL5A 3KN8A 4Q30B 2DVCA 4OESA 5A5XB 2XX8A 4PP0A 1Y9UA 1XT8A 2DVZA 3TCHA 2OCUA 1PDAA 3ECRA 2YPNA 1MQIA 4ZECA 1B9JA 3OELA 1LB8A 3K6VA 2OJTA 2GHAA 4TLMB 3C32A 3FVNA 1H44A 2HAUA 3KOTA 1ZIUA 3CI8A 2XXUA 2UVJA 3TODA 3IO4A 2HAVA 4ELRA 1T0KA 5AA4B 4U4XA 3N94A 2QS1A 4UACA 3S9MC 5FHMA 1I69A 5K2XA 2P0SA 2VGQA 4KYSA 5ICTA 3OO6A 5CMMA 4R75A 4F1UA 2XXYA 3H6WA 4Z7EA 3IB0A 2ZXTA 4MLQA 1I6AA 1A40A 3FUZA 3WAFA 3I5OA 3V89B 4PFTA 2O6AA 2RCAA 3FGSA 3HHGA 1POY1 5AA4A 5IAIA 4BDRA 3U94A 2PVUA 3UA8A 5DT6A 1B5JA 2F35A 4RPNA 2O69A 1A8EA 4ZEBA 3ILTB 2AIXA 2VD3A 5I84A 4YB7A 5ELVA 3QSLA 1F9BA 4EUOA 5I2NB 4BLAA 1HSLA 2IEEA 3IO6A 4R73A 4H65A 1EZ9A 2QPQA 1SW4A 4G2ZA 2O51A 4QFLA 2B65A 1B1XA 1IXCA 4FECA 3RN8A 1M5FA 4R9FA 4BDNA 2XXWA 1SW1A 4LQ2A 2Q9TA 1R9LA 2QS2A 3PUYE 4FATA 4X9TA 2DE3A 2F34A 3O6IA 5TU0A 3OSRA 1FTKA 5I2NA 1B05A 1PBPA 3S9EA 1R6ZA 4N07A 1PC3A 4XKQA 3PU5A 3IOVA 3OO8A 1FQEA 2XXXA 5F1QA 4OERA 4QSEA 1MH4A 1EU8A 1UIUA 3PGFA 2A5TB 5DVIA 3S9LC 1B0LA 3IOTA 1DPPA 3LC8A 4IB2A 2UXAA 2R9JA 3B6WA 2F7BA 2X7PA 2HXWA 3FVOA 1GTKA 3IOWA 2YJPA 2DYXA 2ONKE 2XHDA 3MWBA 4OMBA 4MH5A 5KDTB 3AXFA 2RC7A 2FA7A 2A5TA 4R2BA 1IQ7A 3IK6B 1B2HA 1LAFE 3U93A 1GVCA 5CBRA 1RYOA 1LLSA 3PUWE 2I58A 3RQTA 5L9OA 1H43A 4QHQA 4O3CA 4U22A 4AQ4A 4GXAA 3TCGA 4Z0IA 5KCJB 5B70A 3M3KA 1QW0A 3E3KA 3N6TA 4KI0E 2XXTA 5I59B 4OWDA 3OSQA 1B3FA 2NVUB 4OFLA 2WKYA 4E0WA 1ZJLA 3GLBA 1MQJA 1B5HA 3MZBA 4WXJA 3M8UA 5AA2B 1USYH 2B3BA 3T9UA 1IITA 3TTMA 5JK4A 4G8NA 4R6HA 2VD2A 4H8IA 2OBGA 3H03A 1MDP1 2Z23A 4G4PA 4XXUA 1PB7A 1Y4CA 4YZZA 4GFRA 2DQVA 2W7YA 1O63A 2B3FA 2HEUA 2Q89A 4F3PA 5AA2A 1N7XA 4KR5A 3MC2A 3T9VA 1GGGA 2O84X 4XIGQ 3GBBA 2XD2A 1MQDA 1SVXB 1NFTA 3Q27A 2F7CA 2UVGA 1SD3A 5AE4A 5LOMA 5DTBA 3PMWA 5HBCA 3PPPA 4ELOA 1LFHA 3KEIA 3KGCA 4KYEA 2F36A 1JQFA 5KZTA 4F2OA 4F18A 4ONYA 3FXUA 2PT2A 4YB6A 4X1BA 1P1WA 4F39A 2ZYMA 1I6BA 4EQ7A 1MQGA 3L6GA 1BP5A 4JDFA 1LBCA 4THIA 2RCBA 3MPLA 1EZPA 1UTBB 5DEXB 4KPTA 3FATA 2DWIA 2UYFA 1TFAA 4AB6A 1H45A 4WEDA 3CFXA 5BUUA 4POXA 3H06B 4DIGA 1FQAA 1Q35A 1B3LA 2AYSA 3U8QA 3G3FA 1MXYA 2Y7RA 4IGTA 1N3XA 1UTBA 4H1XA 4BDQA 2HCAA 1IZ1A 3T93B 3RT8A 5DVFA 2Z8FA 3TEPA 3T96B 3R26A 4XKNA 3IJOB 1VE4A 3FXQA 4WEPA 1N04A 4JSDA 3K00A 1FQCA 1SDXA 3Q29A 2R6GE 3OMBA 4RNSA 4FEBA 4G68C 4QFKA 1ZKBA 1B3HA 3T9XB 1NNFA 1OIBA 1QUKA 2Y7IA 2F5XA 3V5AA 4U4SA 1IEJA 3OENA 4R72A 1AIVA 3Q28A 3PPOA 3E4RA 1AOVA 2YLNA 2HZLA 1N3WA 2PX1A 4F2QA 3LSFB 2LAOA 5CRYA 4F19A 3JZJA 3C36A 1HSJA 4OEVA 3PMXA 4IO7A 1MXWA 3RT6B 5H8FB 5ICQA 4ZEFA 1BLFA 4JBZA 3MVYA 1OVTA 3OO7A 1LAGE 2H98A 3UN6A 3SESA 1NH8A 2DOJA 4R2FA 4ESXA 4R9GA 1JNFA 3K01A 3QXMA 3TTKA 1LCFA 3HHFA 2KLFA 2REGA 2PBWA 2QRYA 3CRBA 2D3IA 1ZLQA 4F1YA 3UORA 4POWA 5H8FA 4DXBA 2RC8A 5EHSA 2V25A 4IO2A 2I49A 3QYTA 4I62A 4NMYA 3O29A 3B6TA 3KN7A 1L5TA 4FJPA 4PETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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