2DOJA

Crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA02
4KD5A 1A8FA 5F7VA 2A5TB 4LZ8A 4RPOA 4EQ9A 4BDQA 4NF5B 2UYFA 5FHOA 3K6WA 2Z8DA 3TCHA 5TP9A 3RTFB 1FW0A 4NWCA 1BIYA 4KQPA 4NF8A 1AH5A 2QS2A 3FJMA 3IORA 4TOZA 5AA2B 3N94A 4F3SA 3H4ZA 5AA1A 1MY4A 2O1LA 2UVIA 1YCJA 1ZMGA 2E0SA 4THIA 3G3FA 1JETA 2REJA 4RK9A 3C9HA 1US4A 4JWXA 4AB6A 3PGFA 1B7UA 1TFDA 2UVGA 3VLUA 3ILTB 5CBRA 3KG2A 3IL1B 1B46A 2YJPA 5B70A 4OVJA 2XXXA 5HPQA 1LFHA 3H6VA 3O66A 3UN6A 3F11A 2DVCA 4OEVA 2QS3A 5AA2D 1XC1A 2XXQA 4YB6A 1XVYA 3JV9A 4QF9A 4YMBA 1IXIA 1OQHA 2RCBA 1AOVA 1PDAA 2H25A 4JSOA 3MZ9A 3MPKA 3PPQA 3IJXB 3K1NA 2H98A 1LAXA 1B3LA 3U72A 3T66A 2ZYMA 4R6HA 5ITOA 4LONB 2Y7IA 4F19A 3C31A 1A55A 2HAVA 2D5WA 2XD2A 3HN0A 4KPTA 5H8NA 4RJZA 3FXUA 1MPCA 3IB2A 1D3KA 4M4GA 1Y9UA 3HO7A 5DEXA 4ELPA 3PUZE 3SEUA 3K1PA 1EZOA 4IO7A 2G93A 3PPNA 2QL3A 3FXQA 4QFLA 5L9SA 1ELJA 1B7HA 3KJTA 1FTJA 1SYIA 3MJNA 1D9YA 4YB5A 1DOTA 3FJGA 1PEBA 2I0CA 2V84A 4QSDA 4N07A 5I2NB 1LB8A 3PD8A 4ZEFA 3ZKLA 2OK2A 1FQAA 2F7CA 2DYXA 1QVSA 2DWIA 3PUXE 1LAFE 4U4XA 4RK2A 3K6XA 3KN8A 4F1VA 1GVCA 2QRYA 3MP8A 4ZDMA 2AL4A 2A5SA 3UIFA 3KN7A 1LCFA 2VGQA 1FCKA 1TWYA 3CSBA 2F7BA 3OENA 1D4NA 4WEPA 5I59B 1B1HA 4H5FA 1TFAA 1NKXA 4BDMA 2UYEA 3H06B 1VE4A 1IQ7A 1SBPA 3CG1A 1IITA 3E4RA 1XHYA 3TTRA 1B32A 1J1NA 3HCQA 1A40A 5KZTA 1MM6A 1IUDA 1MM7A 4ZEKA 4R2BA 3GZGA 5DVFA 3TTKA 3TTNA 2RC8A 1SW5A 4BDOA 1FQEA 4DCYA 1BTJA 4KYSA 3V89B 4ZEIA 3Q26A 4H1XA 3LC8A 3M3FA 4YKKA 1H3DA 4F22A 2XX7A 2ZNSA 5B7DA 1EH3A 4YU0A 1ZBMA 4R6YA 4O3CA 4JWYA 2XX9A 2GH9A 2VHAA 1I6QA 3MVWA 4YB7A 4PFUA 4HCWA 1B4HA 5H8QA 3U93A 3RT6B 1EU8A 4EDPA 1Y1MA 3C33A 3KN3A 2D21A 4OERA 1P1NA 1S7YA 1PB9A 4LUBA 4OTEA 4YKJA 4FIMA 1VSOA 5CM6A 4C1UA 4DLDA 1QKAA 3ZSFA 1MRPA 1SQYA 2HFBA 4DZ1A 5AA4A 1GTKA 3OOAA 4I1DA 4LZ5A 4AQ4A 3OEMA 1DTZA 2REGA 1B3HA 3RY3A 1ANFA 4G8MA 2GFEA 3FIRA 4H6DA 2F97A 3SESA 2I48A 4R75A 2V25A 1GGGA 4IGTA 4G68B 2ZXTA 5KCJA 4P0IA 3CR9A 4KI0E 4QFNA 3LSFB 1JW1A 1DTGA 1FQFA 1DPPA 4XIGQ 3RQTA 3L6HA 3QXMA 1N3WA 4GD5A 3T9VA 4EXLA 2DP8A 4BDNA 5I58A 4ZS9A 4I62A 4JDFA 2O68A 1LB9A 4ONYA 3VVDA 3VXCA 3TQWA 3ECRA 3OO9A 2NWJA 3W9WA 3HSTA 1WVJA 3PMXA 3CSGA 1LAGE 3B6WA 2XXTA 1NMUA 1ZKBA 1N76A 2OWSA 4OMBA 4QFOA 1FTMA 3BFTA 1QULA 3CRBA 1OVBA 3SETA 4OFJA 1A8EA 4F1YA 3FASA 5BUUA 1LLSA 4EQ7A 3IO4A 1H45A 3UA8A 4HW8A 1NNKA 4Q30B 4H0WA 2V3QA 3A3CA 2VOZA 4E0XA 3EQ1A 3HV1A 3ODBA 3V5AA 1BKAA 1ZTYA 2H5YA 1JNFA 1S50A 5H8HA 2PT1A 3VVFA 1H76A 3VLWA 3WAFA 4WEDA 1D9VA 3HHGA 2HZKA 3IOTA 3GBBA 4JWOA 3DM0A 2DS9A 5FHMA 4XKPA 1UTBB 4NMYA 3T9UA 3TCFA 3N26A 3TAJA 1YTVA 4RNSA 2QMXA 4R9GA 3RT8A 3TKDA 4GOTA 1XS5A 3K01A 4I8CA 4X9TA 3VFJA 1QW0A 3PV0E 2Y7KA 2UVHA 3TDJA 4U2RA 3UORA 5FTIA 3IB0A 4FORA 3MP6A 3HHFA 1MY2A 5CC2A 3E9XA 1ZLQA 1M5CA 5J1DA 3LSLA 2F5XA 2NVUB 2O69A 2R9JA 1N84A 3OELA 2AYSA 2ZYOA 3QAXA 1QKBA 5CBSA 1Y4TA 4MBPA 1URDA 4GQOA 5TPAA 3S4UA 3I6VA 5FHNA 1OIBA 3MUQA 3IX1A 4EUOA 2I0BA 4GL8A 3Q27A 2P1SA 2F6GA 3H6WA 2H4IA 4PETA 3MAMA 2Z8FA 1Y3QA 4GRKA 4GXAA 1P1QA 1NFTA 2DXRA 1URSA 4F29A 4GFRA 2XHDA 5F1QA 5K2YA 3C4MA 2YPNA 4H67A 2A5TA 2GHAA 2DWJA 1S9TA 1SI0A 4NF5A 3B6TA 5L9OA 3CVGA 4TLMB 1RYOA 1JW4A 4Q8RA 3G3JA 3S9MC 1MQDA 4ELOA 3MVYA 3QUFA 3SKPA 3OO8A 5AA2A 3RGYA 4U1ZA 2I4CA 4TQUQ 5L9MA 4F2QA 4IO2A 1MPBA 1NH8A 2F6PA 1SW1A 3V8XB 1Z7ME 3RPWA 4OWDA 4JXIA 4QHQA 4IO6A 1B05A 3JZJA 4YKIA 3GXAA 3AXFA 1QUJA 4PQJA 5DYHA 1MQGA 3KJ7A 4R72A 4LP2B 1I69A 1R9LA 1FQDA 4BDLA 2DQVA 3LSWA 4RA1A 3R26A 1B2HA 3PPRA 3V83A 1IXGA 4EF1A 3EHTA 2QS4A 1LFGA 1B3GA 4F3BA 5CMMA 1US5A 3BKIB 1B4ZA 2NUVA 3O28A 4ZE8A 4OQOA 2E1SA 5H8FB 3UK4A 1DSNA 2OZZA 1OLCA 1PC3A 3S9NC 4ELRA 3PMWA 2IEEA 1I6BA 5ELVA 4F3PA 5EHMA 4ZE9A 2FNCA 2XXHA 2Y7RA 4BDRA 3EF7A 3CIJA 2XXUA 2HZLA 4NWDA 3O6GA 1AIVA 3DP8A 3IOVA 4FECA 1N0TA 1EZ9A 2XXYA 3FVOA 1MXYA 1MXZA 3N6UA 3CI8A 4YKPA 3B7DA 3M3KA 2Y7WA 4DE8A 2WKYA 4WKMA 2UVJA 3THIA 4H8IA 4MLVA 2Y7PA 3QSLA 1MDQA 2CMOA 1URGA 3R7XA 4POWA 1LFIA 3EPEA 1B1XA 1H43A 2RCAA 3LUYA 4LVQA 5I2KB 4G68C 2QPQA 5I2NA 5ICQA 3FXRA 4RYAA 3QK6A 1HSEA 2DWHA 2RC9A 1B6HA 2I3WA 4F3GA 1B5HA 5FTHA 2Z22A 1A99A 1HSLA 3C32A 4AB5A 3WAEA 4LA9A 4H5GA 4ZZEA 4HTGA 3PUYE 4Q5TA 1RKMA 3G3HA 3QYTA 1OLAA 1Q35A 2HQ0A 4U4SA 3RNNA 4R6KA 1UTHB 2DVZA 5I59A 4MLQA 3MP1A 5JEIA 2OBGA 5JK4A 2PT2A 5JTYB 4XKQA 1B40A 3D4GA 1Y3NA 4YZZA 4ECFA 1USYE 3KBRA 2DE4A 2W7YA 1O7TA 4KYDA 4NF4B 3T93B 4I9DA 3RLFE 3FV2A 5EYFA 1R6ZA 4MH5A 4IO4A 4Z0IA 2HAUA 3ZKKA 3VE1B 3PPOA 1ATGA 4NF6B 3C34A 4G77A 2P2AA 3MPLA 3TODA 1NH7A 2DOJA 1QUIA 3TCGA 1USYH 4IO5A 4PFYA 3O9PA 2DSFA 4IO3A 3TQLA 1VR5A 1CE2A 1O64A 4PFTA 3G3KA 1EZPA 2Z8EA 1IZ1A 3FUZA 2O84X 3K4UA 2HCAA 4K3FA 1FQCA 5BWJA 2GHBA 3SEVA 3BBRA 1WODA 1GV8A 3TPAA 1MH3A 2QS1A 5I57B 3IR1A 1JVXA 3CFXA 4N6PA 1MXUA 1O63A 3KOTA 4OEUA 5CRYA 2QMWA 4X1BA 5IAIA 4ZECA 4IY5A 3ZS6A 1M5FA 2VD3A 3O97A 4ESWA 4OESA 2XXWA 1MQJA 4OFOA 1PB8A 2I58A 1B3FA 2Q2CA 1MY0A 5I56B 2ONSA 4RXLA 2F78A 1AL3A 1DMBA 2OLBA 5AE4A 4C1TA 3DLNA 3CFLA 2ONKE 3LBSA 4O3BA 2DWAA 3MZ1A 2Q8JA 4FJPA 1Y4CA 1MQIA 4KYEA 3E13X 3IK6B 5A5XB 4FEDA 4ESXA 3Q25A 5M2VA 2NOOA 4G68A 1ZIUA 4FATA 3TUSA 4DIGA 5KDTB 2Q89A 3CG3A 3T96B 3K1MA 1ZU0A 2HXWA 1YAEA 3U94A 2Q88A 2PVUA 4F18A 2I4BA 3PMVA 3U8QA 3G3IA 4ZZAA 2X7PA 1II5A 3PPPA 1B5JA 1BP5A 2YLNA 3GLBA 1KWHA 1POY1 3LR1A 3O29A 5HBCA 3TTLA 2F7AA 4U1OA 3M3LA 2F36A 3IAZA 4QFPA 4XKNA 4JSDA 3T9HB 4QFKA 1A54A 4RPNA 4ISUA 2NXOA 1IEJA 3TEPA 3DELB 2ZYNA 3FGSA 1B58A 2HEUA 5H8SA 5TP9B 4R2FA 5CMCA 4PE5B 4NF8B 4X48A 1P1WA 3VV5A 3D4CA 4Q0CA 2DXYA 5DT6A 2XX8A 1MDP1 4NEDA 3MQ9A 3O2AA 3OMBA 3FZVA 1MPDA 3PUWE 3KSJA 1PBQA 4F1UA 3IOWA 4JBZA 2RINA 3IB1A 2CZLA 2O7IA 3QIMA 3C36A 1UTBA 3S9LC 3ONMA 1SD3A 2ZYKA 1MY3A 1ZJLA 3GBAA 2XXRA 2XXVA 2H9BA 4BLAA 3FVGA 1VFEA 3K00A 4F2OA 3TZAA 3RUMA 3SEYA 2P0SA 1N3XA 4FE8A 1TT1A 2ANJA 3ILUB 2B65A 5CMKA 1MH4A 1B52A 2X7QA 3MBPA 1P1OA 2V3TA 1SI1A 4Z7EA 1XVXA 3CFZA 3EHUA 4F31B 1MXVA 2XXIA 5H8NB 3N6TA 3PD9A 4C0RA 5DTBA 2Y84A 1AMFA 5CI5A 5DEXB 1MY1A 5HM4B 3MZBA 4X1DA 2O1MA 3G3GA 2OWTA 3OSRA 3VVEA 1NNPA 3FV1A 2DE3A 1UQWA 3A3UA 2THIA 1LBCA 2B3FA 1L5TA 1MXXA 4GF8A 2X26A 4U22A 3RTWB 4DXUA 2R71A 3TELA 2PMSA 5K2XA 2IA4A 1MXWA 4NTLA 3N5LA 1B3EA 4H65A 5DVJA 1NNTA 1MQHA 4ZEBA 4QSEA 4U23A 4P0GA 4XKRA 1A7LA 4EQBA 3OEKA 1P99A 4OXVA 4PFWA 4ND9A 1M5BA 4ZEDA 2V93A 1JEVA 1N7WA 2F35A 1XT8A 3K02A 2PBWA 1SW4A 3SDFA 1JQFA 1YPNA 3G7WA 1PB7A 2ABHA 3SEWA 1M5EA 4F39A 4GIZA 4HCYA 1B7ZA 4KR5A 2G29A 4LQ2A 3EHSA 3K6VA 3C35A 3H6TA 4HS7A 1TXFA 4RY1A 3BFUA 4OZ9A 1B5IA 2RC7A 2ONRA 1B0LA 2FA7A 4GWOA 4XTCQ 3EN3A 4G2ZA 5H8FA 4KCDA 2AL5A 3USDA 3IO6A 4OETA 1Y1ZA 1IIWA 1CB6A 4G8NA 3KOSA 4FEBA 1Q1KA 5TU0A 4DDDA 4WXJA 3KFMA 4G8HA 3MWBA 1SYHA 3H6UA 2O7UA 3MVXA 1JVYA 4IGRA 3O6IA 2OCUA 3I3VA 4G4PA 1VFDA 5H8QB 3OO7A 4N13A 4UA8A 4EF2A 2V3UA 3K2DA 2OJTA 3HPIA 3MVZA 3DP6A 1B9JA 3LSXA 5I2KA 1BLFA 4POXA 4GLIA 4O3AA 3MC2A 2GRVA 3IOUA 3DP4A 3S2VA 1QJMA 3E3KA 3TTMA 4DXCA 4KHZE 5CMBA 1WDNA 3L6GA 4KCCA 2PYYA 3QUJA 2RKMA 3KEIA 4E0WA 1R9QA 5AA4B 3UP9A 4L17A 4LZ7A 3KZGA 4XXUA 1SDXA 2I6EA 4IY6A 1B51A 3FJ7A 4YAHX 4TLLB 1IXCA 4GVOA 3A09A 4EXKA 2PX1A 1UTHA 3FVKA 3TFLA 4DCXA 5KCJB 5JTYA 2F34A 4R73A 2FYIA 4LQ5A 1LCTA 1UIVA 3SEXA 2R6GE 1MS7A 2H99A 1POTA 1LAHE 3OXNA 4NF4A 4LATA 4FAJA 1H44A 4OYVA 5I58B 4R74A 3I5OA 3K6UA 3OO6A 3W9VA 4NF6A 2D3IA 3Q28A 4H8JA 1LGBC 1FTKA 4YICA 1I6AA 5AA3A 2M8CA 3JYRA 3H7MA 1LSTA 2Z23A 1SW2A 5DVIA 1F9BA 3U92A 4R9FA 1GR2A 4IB2A 5IKBA 3RN8A 3KGCA 2AIXA 5I84A 2QJEA 4DXBA 1B0HA 3U1OA 1RYXA 5I57A 5ITPA 3TMGA 3PUVE 3FVNA 4QSCA 1OQGA 3OSQA 3H03A 4JB7A 2I3VA 2XXPA 1NNFA 1Y3PA 4OFLA 2I49A 4GL0A 3SERA 5H8HB 4UACA 3PU5A 2ZNTA 3UGWA 4YMAA 5ICTA 1DPEA 2BJJX 1R1NA 4PP0A 1SVXB 5I56A 1QUKA 1MG1A 1UIUA 1FTOA 3B6QA 2ZMBA 2B3BA 1OMPA 3VXBA 3OD7A 4MF3A 2VD2A 1IXHA 3MW0A 3T9XB 2UXAA 4OHNA 4MFIA 1HSJA 5LOMA 4P11A 3M8UA 5ISUA 3FATA 5A5XA 1JEUA 3IJOB 1XOCA 2QSXA 2O6AA 2VP1A 2RF1A 3KSXA 4NE4A 3Q29A 1T0KA 1N04A 3FD3A 5KDTA 1NL5A 2Q2AA 4ELQA 1FQBA 3W15C 3O6HA 1Z7NE 2XD3A 1PBPA 3VLVA 3P7IA 1M5DA 1JW5A 1FTLA 1LBBA 3R6UA 2O51A 3H3GA 3K0VA 2Q9TA 4U21A 2DE2A 5TPAB 5EHSA 2ZNUA 4QRZA 1OVTA 4OENA 4M1VA 2F8DA 2ALUA 2ESNA 3TYHA 5L8DA 3S9EA 2KLFA 4KFQA 1Y20A 4GXSB 1N7XA 2LAOA 3T22A 1P1UA 3VDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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