2DOJA

Crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with adenosine at 2.4 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dojA02
2XXIA 3PPOA 4YKPA 2PT2A 4GD5A 1B4ZA 1SDXA 2Q88A 3P7IA 3VE1B 1TXFA 2E0SA 4IO7A 3QIMA 4DXCA 4HTGA 1MQGA 1B40A 4WXJA 4H65A 2F36A 1I69A 4TQUQ 4YB6A 3TEPA 1NNFA 1JEUA 2B3FA 4PFTA 5AA3A 5B7DA 1FQCA 1ZBMA 4GF8A 3RN8A 1I6QA 2O69A 2V93A 3OOAA 4LUBA 2E1SA 5ICTA 3VLWA 1H44A 4XTCQ 3K02A 5KDTA 2H4IA 2IEEA 3CFZA 3CR9A 1IXHA 2F6GA 2X26A 1Y1MA 4ESXA 4OFOA 3FIRA 5I2NA 2XXYA 2VOZA 3GZGA 2ZYMA 5DEXB 4ZZAA 3OEMA 3V89B 4LQ5A 4RNSA 1P1NA 1BIYA 3VXCA 1PBQA 5L9MA 3PUWE 1B0LA 3QYTA 3IB0A 2I58A 4BDNA 4P0GA 4EQBA 1DPPA 3O66A 2OJTA 5TU0A 1LB8A 4ELQA 1R6ZA 4ZEIA 4NE4A 3RGYA 2ZYNA 3RTWB 3SEWA 3MP6A 3U72A 4F18A 3S9NC 4G8MA 3DP8A 2HCAA 1TFDA 2OLBA 3OO7A 2BJJX 1LFHA 4FAJA 1DTZA 4HCYA 4QF9A 4MFIA 4G77A 4YKJA 4P11A 1ZMGA 2CZLA 3I3VA 3DM0A 5A5XA 2QS1A 3M8UA 3U1OA 3C9HA 2ZYOA 1QJMA 1YTVA 3EF7A 4ELPA 4F31B 1D9YA 4OWDA 2Q8JA 2PVUA 3RLFE 1GGGA 3FJ7A 2FA7A 4ZDMA 1Z7ME 2DXYA 4DE8A 5I56A 1H76A 4GL8A 1NKXA 1URSA 1FQEA 4G8HA 4Q8RA 5I56B 1SQYA 4OFLA 3T9VA 5AA4A 3MPLA 3TTKA 4Z0IA 2REGA 1MXWA 3IOTA 1S9TA 2DYXA 2I3WA 4LP2B 3VVFA 2VD3A 4GIZA 1RYXA 4XKRA 4EDPA 4HS7A 5ITPA 2O6AA 1FTLA 4OFJA 2NOOA 4YMBA 4R6YA 5IKBA 2OWSA 1MXUA 3TFLA 3HCQA 5DEXA 4FJPA 3CSBA 1S7YA 3G3GA 4U22A 3KOSA 4R75A 2YPNA 2A5SA 5AA2A 2RC9A 5ELVA 1OLAA 4X9TA 3KZGA 2ABHA 2DQVA 1LAXA 3G3JA 1B6HA 1YAEA 3IO6A 3OXNA 3TMGA 1EH3A 4OETA 3TCFA 1SW4A 2DWIA 2P0SA 2UYFA 2V25A 4IGTA 4WEDA 2GRVA 2THIA 3E13X 3RNNA 3WAFA 2ONKE 3VV5A 1N04A 2P1SA 1OQHA 4U1ZA 3W15C 3MBPA 1MQJA 1MPDA 1PDAA 2V3QA 3OD7A 4I1DA 3FXRA 3PGFA 1JW4A 3LSLA 1D3KA 3TELA 1QUIA 3KSJA 2I3VA 4H0WA 2DVCA 5TPAA 2Y7IA 1R9QA 5DVIA 3SEVA 1FTKA 5KCJB 1WVJA 1GVCA 2UYEA 3H7MA 2X7QA 4H6DA 3U8QA 3IJOB 1L5TA 1XC1A 4ZEKA 4PFYA 2IA4A 3N6UA 5I2KB 2R71A 3FD3A 4G68C 1M5CA 4GOTA 3IR1A 2H9BA 3SERA 2X7PA 2Q2CA 1N3XA 4OERA 1VFDA 4ZE8A 3DLNA 1URGA 2QS3A 4GL0A 4F2OA 4H5GA 4KYDA 3RY3A 2F78A 2HEUA 1O7TA 1YPNA 1XVYA 4KHZE 4F3SA 4ZECA 1B3LA 3R7XA 4OHNA 1M5EA 1XT8A 4BLAA 1N84A 4F29A 5AE4A 1JVXA 1QVSA 4PFWA 2XXTA 4ECFA 1AL3A 3IORA 3O9PA 3OENA 4F3BA 2H5YA 4MLVA 4KYSA 3QK6A 3JZJA 4QFLA 3O97A 5AA1A 1EZOA 1IITA 4ZEDA 1VE4A 2XD3A 4N13A 4FIMA 5H8SA 3H6UA 3U92A 3RPWA 3R26A 2I6EA 1B1XA 1LLSA 1Q35A 3IOUA 5F1QA 3D4GA 1MDP1 5I84A 3ZS6A 2ESNA 4TLMB 1SW5A 1VSOA 4N6PA 1B2HA 4N07A 1AH5A 2Y7PA 3DP4A 4R74A 1US4A 2QSXA 4O3AA 5FHNA 3MVZA 3SDFA 2LAOA 3UK4A 2O7IA 1FTMA 1P1UA 4NMYA 1USYE 3M3FA 2W7YA 2OK2A 4H67A 5FTHA 5K2YA 3SETA 1IXIA 2H99A 3EQ1A 1RYOA 3TYHA 3VVEA 3L6HA 4JSOA 4PE5B 4PFUA 2REJA 3EN3A 3O2AA 3ONMA 3MVWA 4GXSB 3TPAA 1AOVA 2I4CA 3IOWA 4F39A 2QRYA 3FGSA 2UVGA 3TTMA 3TTLA 3H6WA 3TZAA 3G3FA 3KFMA 4UACA 1EZ9A 4EF1A 1QUKA 2GFEA 3RT6B 3S2VA 4H8JA 1NNTA 1ZIUA 2I48A 3PPRA 3C36A 4H5FA 5FTIA 1MXVA 3HO7A 5DVFA 2O84X 3FJGA 3HHFA 5I59B 4AQ4A 3PPPA 4F2QA 2RINA 4IO6A 1FQBA 3ZSFA 3KJ7A 1OIBA 3BFTA 2A5TB 4RK2A 1I6BA 4F1UA 3K6WA 3A3CA 3KSXA 1ZU0A 2ZXTA 4F1YA 3C4MA 2ONRA 3GBBA 4G8NA 4IO5A 4KYEA 4G68A 3VLUA 1WODA 4K3FA 3U94A 1DTGA 1FQDA 2F7BA 3DP6A 4XKQA 3MVYA 3A3UA 3TDJA 4F22A 2DVZA 1SI1A 2DWAA 4I8CA 3Q25A 3KJTA 3PPNA 1D4NA 4ND9A 1SD3A 4THIA 4XKPA 3T96B 3G3IA 3TCGA 3Q27A 1QW0A 4KCCA 3LC8A 1UIUA 1LCFA 3TCHA 3K6UA 2DE2A 4U23A 4YAHX 1PEBA 3TAJA 4Z7EA 4LZ5A 3ODBA 3PMWA 3KN7A 5I2KA 4P0IA 4R2FA 2H25A 1Y1ZA 4FEDA 1MPCA 1JQFA 3MQ9A 3MZ1A 4BDOA 2RCBA 1BKAA 1POY1 5JTYB 5B70A 5I59A 2V84A 5L9OA 1MY3A 3O6IA 1Y3QA 3EHSA 2UVJA 1LBBA 2RF1A 3PUXE 2O68A 3GLBA 2I0BA 4IO4A 4IO3A 4OZ9A 2DWJA 1OMPA 2AYSA 2XXUA 1MQHA 1VFEA 4O3BA 4OXVA 3T22A 3CSGA 2M8CA 1B3HA 3DELB 3E3KA 1MS7A 3FVKA 4NF5A 3H4ZA 1LAFE 4MH5A 3CIJA 4M4GA 1US5A 1Y3PA 2AL5A 3MW0A 4G2ZA 3M3LA 2R9JA 3MVXA 3H6TA 1AMFA 3V83A 1M5DA 3SEUA 1PC3A 2F34A 1ZKBA 3RT8A 1IZ1A 3LR1A 5F7VA 4L17A 3OO8A 2Y84A 3TKDA 3MUQA 1YCJA 4JBZA 3G3KA 1H3DA 4RYAA 4AB6A 4YB7A 4QHQA 5H8QA 1B3EA 1A55A 2ZMBA 5BWJA 3HV1A 4QFOA 3T9XB 1HSLA 1PB7A 2ZNUA 1S50A 4LZ7A 2HFBA 1EZPA 4WKMA 3USDA 3ZKKA 1DMBA 3H06B 4QSDA 3S9MC 1PB9A 3CFLA 1BP5A 4F3PA 3RTFB 3M3KA 2PX1A 3SEXA 3OSRA 3UGWA 4YU0A 1R1NA 1GR2A 4FE8A 4YICA 4XKNA 3K00A 3L6GA 3QSLA 3K2DA 4R6HA 4TLLB 4X1DA 5TP9B 3VVDA 4WEPA 3PV0E 1Y4TA 1LCTA 5AA4B 2ANJA 1MPBA 4BDQA 1ZLQA 4IB2A 5H8FA 2VGQA 3B6QA 4RXLA 4NF8A 4ZEBA 3B7DA 4OVJA 4ESWA 5CM6A 4OEUA 1UTHB 4KR5A 1H45A 2PT1A 4OQOA 2RCAA 3R6UA 2QJEA 3S9EA 3E4RA 4LZ8A 2F35A 2HAVA 3C34A 4X1BA 3HN0A 3PUVE 3UA8A 3W9VA 4I62A 2D3IA 3G7WA 3HHGA 3OELA 4U2RA 2VD2A 2XD2A 2Z8DA 4U4XA 1CB6A 4ISUA 3IK6B 4GWOA 1JW5A 4GXAA 3PMVA 1B1HA 4DXUA 5KDTB 2Z22A 2AIXA 1MXYA 3BBRA 4DLDA 3PD9A 3MZ9A 5ICQA 3FVNA 3MAMA 4NWCA 3K6VA 1D9VA 4PETA 4F3GA 3B6TA 3S9LC 5H8NB 4GVOA 5H8NA 1IXCA 2WKYA 2DXRA 2P2AA 5I2NB 1SW1A 3B6WA 3Q26A 5TPAB 3LSWA 4LQ2A 1B3GA 4LVQA 4DCYA 2OBGA 4R6KA 3ECRA 2XX9A 3FJMA 3IO4A 3FXUA 3U93A 4ONYA 2CMOA 2NUVA 4TOZA 1JW1A 2OWTA 2GHAA 2XXQA 3F11A 3GXAA 2XHDA 3PUZE 4IY5A 3T66A 4BDRA 4JXIA 4LA9A 1NL5A 2D21A 1B7HA 2DE4A 3MP1A 4ZS9A 1EU8A 4JSDA 3KOTA 4GLIA 1II5A 4IO2A 4QSCA 3N5LA 3PUYE 4YKIA 3IB2A 4RPOA 4OENA 3TQLA 4UA8A 4RPNA 1Y3NA 3KGCA 2G93A 2FNCA 2QMWA 4GFRA 3C35A 3KBRA 3V8XB 4KFQA 5JEIA 1DPEA 1N76A 1Y20A 3TQWA 4NEDA 1M5BA 2Z23A 2XXWA 2B3BA 3IB1A 3FZVA 5EHSA 2KLFA 2OZZA 1MRPA 5H8FB 4FATA 4JWOA 2NXOA 3QUJA 4F19A 1A8FA 1OLCA 2XXPA 3W9WA 1NH8A 3ILUB 3RQTA 5CBSA 3EHTA 1SYIA 2F8DA 3JV9A 1TFAA 3VXBA 4YB5A 4O3CA 4ELOA 3MPKA 1ELJA 3CFXA 2GHBA 3RUMA 4OMBA 5I58B 4MF3A 4G4PA 4LATA 2DSFA 2O1MA 1GV8A 5I57B 5ISUA 3QAXA 1SVXB 4DCXA 3OEKA 1NNPA 2DE3A 2RC7A 3K0VA 4QFNA 1J1NA 5CMCA 2R6GE 4DDDA 3TTRA 3UIFA 2Q89A 4C1TA 2ZNSA 3ZKLA 4GQOA 4ZE9A 3A09A 2F7CA 4H8IA 1LBCA 1Y4CA 3TODA 3FV2A 2OCUA 3KN3A 1P99A 1B0HA 5H8HA 1IUDA 4HW8A 5L9SA 4MBPA 1URDA 4AB5A 2Z8EA 2VHAA 1XHYA 3MZBA 4H1XA 4M1VA 4POXA 1IIWA 1N3WA 4DZ1A 4R73A 5IAIA 4NF5B 3FATA 4E0WA 3OO9A 5TP9A 2UVIA 3CG1A 3FUZA 3I6VA 1ANFA 1PB8A 2HAUA 1ZJLA 2QMXA 1XS5A 3FASA 4U21A 3THIA 4EXLA 1LAHE 1MG1A 1B32A 3K1NA 1MQDA 1FTJA 2HXWA 4NF8B 3K6XA 1MXZA 3AXFA 4FEBA 1T0KA 3IL1B 1LB9A 1BTJA 1USYH 1POTA 2XXRA 2V3TA 3K1MA 4JWYA 4NF4A 4QSEA 1N0TA 2B65A 3ILTB 4R9FA 5H8QB 2NVUB 4EUOA 1Z7NE 2O1LA 1MQIA 1P1WA 1MY0A 2YJPA 2F7AA 1B7UA 3N94A 2O7UA 3IJXB 2XXVA 2F5XA 1A99A 1JEVA 3TTNA 2XXXA 4PP0A 4EQ7A 1MM6A 1NFTA 3MWBA 1MM7A 4FORA 3SKPA 3JYRA 1FQFA 3HPIA 2Y7KA 1UQWA 3FVOA 4G68B 4JDFA 2UVHA 1XVXA 2Z8FA 3LUYA 5HM4B 5DVJA 2QL3A 5M2VA 1UTBB 5I58A 4OEVA 1MDQA 1VR5A 2GH9A 3LBSA 1A7LA 1B9JA 2XX8A 3D4CA 5CMKA 1FQAA 1M5FA 5DTBA 2F6PA 5CMMA 3IOVA 4DIGA 2XXHA 5HPQA 1LGBC 4KQPA 3O6HA 4NF6A 1B05A 4ELRA 3QUFA 1IQ7A 1OVBA 1ATGA 1SBPA 5CRYA 4E0XA 4JB7A 1NH7A 1B7ZA 3SEYA 2PBWA 3E9XA 4RK9A 1R9LA 1JVYA 1QKBA 2Q2AA 3UN6A 2V3UA 2YLNA 3N26A 1O63A 3TUSA 4NF6B 4ZZEA 3KG2A 3MP8A 2DOJA 2HZLA 3GBAA 4JWXA 4KD5A 5FHMA 4BDMA 4U1OA 5CBRA 3G3HA 2F97A 2DS9A 2Y7RA 1N7WA 3O6GA 4YMAA 2G29A 1TT1A 3BKIB 5LOMA 3T9UA 2I0CA 4ZEFA 4C0RA 5KZTA 5CI5A 1B52A 5JK4A 3KN8A 1LSTA 1KWHA 3CG3A 4QRZA 1SYHA 1SW2A 2RC8A 4HCWA 3VLVA 2XX7A 3S4UA 1N7XA 1O64A 3PPQA 2Y7WA 3MJNA 1A8EA 2PMSA 4OESA 1B5JA 1FCKA 2ALUA 2VP1A 1AIVA 1F9BA 4NTLA 1MY4A 4BDLA 2AL4A 3K4UA 5CMBA 3LSFB 1B5IA 1CE2A 2A5TA 3MC2A 3Q29A 4GRKA 3C32A 4Q0CA 1JNFA 1B5HA 3HSTA 4NF4B 2QS4A 3CI8A 4EXKA 1IEJA 1OQGA 2I49A 4R72A 1WDNA 2DWHA 4R9GA 1GTKA 2HZKA 3FV1A 1DOTA 1FTOA 4XIGQ 5ITOA 5J1DA 1DSNA 4OYVA 4C1UA 1UIVA 3KEIA 4EQ9A 1MH4A 3V5AA 4XXUA 1QULA 1QKAA 1PBPA 4KCDA 4FECA 5DYHA 2QPQA 1P1QA 4DXBA 4NWDA 5JTYA 2FYIA 2H98A 1UTHA 3T93B 3IAZA 3PU5A 1B58A 4OTEA 3QXMA 4Q30B 5EYFA 2O51A 1XOCA 4IGRA 5HBCA 3OSQA 3VDFA 5FHOA 1LFIA 1RKMA 5DT6A 1A40A 1BLFA 1HSJA 3CRBA 4MLQA 3I5OA 4R2BA 1Q1KA 2ZYKA 1P1OA 3CVGA 4QFKA 1LAGE 3OMBA 5H8HB 5L8DA 5CC2A 5I57A 3H03A 3EPEA 4POWA 3IX1A 1SI0A 1OVTA 1IXGA 2NWJA 1B3FA 3LSXA 5A5XB 3WAEA 3K01A 3H6VA 4RY1A 2I4BA 2RKMA 2QS2A 2D5WA 2PYYA 2ZNTA 3EHUA 4I9DA 4KI0E 4LONB 4PQJA 3FVGA 1NMUA 2HQ0A 1MY1A 1NNKA 3C31A 4IY6A 4F1VA 4RJZA 1MH3A 1MXXA 1I6AA 3PD8A 2Q9TA 1B4HA 4YKKA 1HSEA 1B51A 3PMXA 4X48A 1MY2A 5K2XA 5AA2D 2DP8A 3T9HB 3O29A 1FW0A 4RA1A 1LFGA 2UXAA 4Q5TA 3K1PA 1JETA 1B46A 3Q28A 5EHMA 3UP9A 5KCJA 4YZZA 3OO6A 3VFJA 4EF2A 1TWYA 1UTBA 4KPTA 3SESA 1A54A 3N6TA 1Y9UA 2ONSA 3BFUA 3UORA 4QFPA 3H3GA 3O28A 4U4SA 5BUUA 1ZTYA 3FXQA 1QUJA 5AA2B 1H43A 3C33A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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