2DQEY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (hy53a) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqeY00
3K3TA 2CJLA 2MEDA 1LHMA 3D3DA 4UWUA 4HTKA 4G9SA 2DBTA 2DQDY 4ML7A 2BQFA 4OWCA 4WM2A 4AGAA 1JJ0A 4N5RA 2FYCA 1CJ8A 3WUNA 5F14A 134LA 1LKSA 4BS7A 4DD9A 1GF6A 4H9AA 5IELA 1QSAA 1JKBA 1NQIA 3EBAB 4LT3A 3TXEA 1FLQA 3WULA 1DKKA 3A96A 132LA 3WPKA 1LSPA 4WMGA 4BAFA 5LVJA 2YBMA 1NWGA 4J1BA 1AT5A 1LSGA 2BQOA 2GV0A 1NMMA 1IO5A 2VB1A 2BQIA 1AT6A 1KXWA 4WG1A 2ZYPA 2G4NA 5F81A 3RU5A 4UWNA 3HBHA 3LZ2A 4H8XA 5D5CA 5F9XA 1WQRA 1BWIA 1XSFA 1AM7A 2ZIJA 4NWEA 3A91A 5ILFA 2G4QA 2DQCY 4Z46A 4NSIA 5B59A 5LA5A 1KIPC 1IX0A 1LSAA 1IOTA 1UICA 1OUGA 1LSMA 1TAYA 1XGPC 2BQCA 2LZ2A 1BB7A 2LZTA 3EO5A 4NHIA 1BB5A 2HEDA 4PJ2C 3A3RX 1HEPA 1REMA 4G4CA 194LA 1GE4A 1B0DA 1UIFA 1WQQA 3P65A 4DDAA 4EMNA 4WL7A 4GN4A 1QIOA 4A7DA 2LYMA 5F16A 2BQLA 3RT5X 1IC7Y 4N1CC 1IEEA 2Z37A 1LMCA 4OOTA 1B5ZA 5HMVA 4M4OA 1JSEA 3B72A 5DN5A 1YQVY 1C10A 3CSRA 1YKYX 1XEKA 3T36A 1SQ2L 2C8PA 1XEIA 1YAQA 3BKVA 1LHIA 2H9JA 3CSZA 4LYTA 2F4AA 4NSHA 1HERA 1YILA 1GAZA 1SLYA 1UIBA 2HTXA 3CT5A 3P4ZA 4NIJA 1GE3A 3WL2A 1MELL 4ZFPA 4WLYA 9LYZA 1B5VA 2BQGA 1LSBA 2EIZC 3B6LA 1IOCA 2BPUA 5LVGA 4ET8A 2I25L 1OUCA 1IR9A 1LAAA 4NGKA 1VDTA 4OWAA 1G7MC 2Z2FA 4HTNA 2ZQ3A 4QY9A 4RDSA 1IC4Y 1HFZA 1XGQC 1LZTA 3ULRA 1DKJA 5KXNA 1OUJA 2MEHA 3WPLA 1GBOA 1C45A 2RSCA 133LA 1LZDA 193LA 2DKVA 4ZIXA 4OWHA 1A4VA 2MEEA 1D6QA 1GXV2 3HBEX 4X3BA 5APCA 1LYYA 1IP1A 1OUFA 2NWDX 3P64A 3E3DA 5HLLA 1GFGA 1YANA 1NHEA 4P2EA 1CKGA 2W1MA 1IWUA 1IORA 4OW1A 153LA 1YIKA 4U3XB 1H6MA 1LHLA 2A7DA 2DQEY 2Y8PA 5I53A 4CJ2A 3A6BY 4KXIA 2XBSA 1MLCE 4PPOA 3A3QA 2YVBA 3TMVA 1OUHA 2BQBA 2DQIY 4Z3MA 1NBYC 1PS5A 1WQPA 4CFPA 3WXTA 1REZA 1B7RA 1D0LA 1QDRA 2G4PA 3TXJA 3QNGA 4C5FA 3A67Y 4GLAA 1LMQA 3IWRA 5KXPA 1GFHA 1F0WA 4DYGA 5I4XA 4G4BA 1YL1X 1LHKA 4LZTA 1LYSA 208LA 1IP5A 5M1YA 2HEBA 2ZNWY 1YROA 2AUBA 1XGRC 4LYMA 1HNLA 1B5XA 4Z41A 1DQJC 2DQFC 1IY4A 2D4JA 1JPOA 3LZTA 4O34A 1JKAA 1KXYA 4XJBA 2MEGA 4WLXA 1EQEA 1VEDA 3HBDA 5C6JA 3ATOA 1B2KA 5I4YA 3N9EA 1IC5Y 4QEQA 3TMXA 4RLMA 1F6SA 3A8ZA 1UACY 1HEOA 2FBDA 3RZ4A 1NF5A 1BGIA 3M3UA 4NY5A 1QTKA 2ZNXY 1DZBX 1B5UA 4NGWA 3W6BA 1W6ZA 4L41A 1CJ7A 4GCBA 5KXYA 5LVHA 5KXLA 3VWOA 4IATA 4NHQA 4NGVA 3ZVQA 1WVVA 1B7SA 2CDSA 2WARA 4DD2A 1FLUA 4H91A 4OOOA 3P66A 1GBYA 3G3AB 5E4PA 4DD7A 4HPIA 4B1AA 1WTNA 4RW2A 5T3FA 4GCEA 4KPMA 2BAAA 4WM5A 1LPIA 1WQMA 3HFMY 1DXJA 2YBIA 4KT3A 2X0AA 2Z19A 4NGLA 1C7PA 3FI7A 3CQLA 4W96A 1JJ1A 2BQAA 2D4KA 4EOFA 1H87A 1YAMA 6LYZA 1LZCA 1B7NA 1QDTA 3A95A 3AW6A 5I4WA 3TXBA 4WM4A 4RLNA 4DD1A 1IWYA 4H8ZA 7LYZA 1GFTA 1GE0A 2YBNA 1QUSA 4GCCA 4H94A 5IDDA 3OJPA 4XADA 1GF8A 5D5FA 1IWWA 4YOPA 3AGHA 4WG7A 1VDSA 1T6VL 1I20A 1UIEA 5FCPA 1UIAA 1FKVA 1LTMA 5KJ9A 1NDGC 1TDYA 2MEFA 1GD6A 1IWTA 3WMKA 1GDWA 5KKIA 4TSCA 2ZQ4A 2ZIKA 3ZEKA 1LJHA 4DC4A 5KKJA 3WVYA 1IOQA 4XJHA 2Z2EA 3LYTA 5C6IA 5EBHA 1BVXA 4H90A 4H9IA 1C46A 1VDPA 1YKXX 4J7VA 4LYOA 3W6EA 1DPXA 1JTTL 3TXDA 1B7OA 1LZ8A 1LJFA 2DQAA 3GXRA 4HJVA 1CKDA 4QDNA 2HU3A 5LA8A 1BB4A 1LZ5A 3AZ4A 5B05A 1LJNA 4B4IA 3GXKA 1UIGA 1GBZA 3TXGA 4ET9A 3WH1A 4NSGA 2W1YA 4MR1A 4NGIA 4ANRA 4NGOA 2ZILA 4NGYA 5FDJA 4N9RA 207LA 1INUA 2DQGY 4I8SA 3RNXA 1HEMA 1RFPA 1ZVHL 1QTEA 3CSQA 4WM1A 1OUAA 1RE2A 5HNCA 1NKHA 4HV2A 5APFA 2I26L 8LYZA 1HMLA 4NGZA 1BWJA 5KXXA 1UIDA 2HUBA 3WU9A 5HNLA 1JJ3A 1OUEA 1D0MA 1JHLA 4LYBA 5LYZA 4ETEA 5B1GA 1IP2A 1LSEA 4MSTA 2HECA 2B5ZA 2FBBA 1QUTA 154LA 5KY1A 1GB6A 1FLYA 2HEAA 2FYDA 1HFYA 5KXWA 1OUIA 1GBXA 4OWEA 1QQYA 4HJZA 1AZFA 4TSBA 1IR8A 1I56A 3AZ5A 1IIZA 4B4EA 2XJWA 3AYQA 1LHHA 4H9EA 1GFEA 1WQOA 3A92A 4UWVA 1GB7A 5DL9A 4Z98A 3WW6A 5C6LA 3AJNA 4M6DA 1CKCA 1GB0A 1JEFA 1LYZA 1ALCA 1BHZA 1GFRA 1HENA 4B0DA 3TMUA 1HC0A 3AGGG 3AB6A 4H9CA 4PRUA 5E9RA 1C43A 4G4HA 1V7TA 1XGUC 1YKZX 3IJVA 1CNSA 4YF2A 1GFKA 1LZAA 5DM9A 3TXIA 5HMJA 3A94A 3W6AA 2BQJA 4NG1A 3QY4A 5F9UA 1OUDA 2PC2A 4CHXA 4ZEEA 4N0JA 1FKQA 1O23A 4J1AA 3OK0A 2A7FA 4NWHA 1LMAA 1YL0X 1ZVYB 2LYZA 4HV1A 2Z12A 1LKRA 4HSFA 5DLAA 3AZ7A 4NGJA 3SP3A 1LZ6A 2Z38A 4XYYA 3WUAA 2EPEA 2N5ZA 4GCDA 4LFPA 1GF7A 1LMPA 1LZSA 3J4GA 1YAOA 1HMKA 4XJIA 4FDYA 3W6DA 1LSCA 3P68A 1GB9A 2W1XA 3M18B 3D9AC 1BB3A 1LJ4A 1JTOL 3AW7A 4PHIA 1J1PY 1UIHA 1F6RA 1GHLA 1XGTC 1JKCA 2EKSC 2IHLA 3B0OA 1UBZA 3T6UA 3A93A 2MEIA 4NHSA 4ETAA 4II8A 3N9AA 2LYOA 1LMOA 4HTQA 1LSDA 1N4FA 5LAFA 1P2CC 4FJRA 2ZYCA 1AKIA 3W6FA 5KXKA 1TCYA 1UCOA 4WM3A 1CKHA 1J1XY 5FELA 5LAGA 5A3EA 3LYZA 1OP9B 1BQLY 4H9FA 2W1LA 4I0CA 1LJ3A 5LVIA 1IWXA 2BLYA 3TXFA 5L9JA 1GBWA 1NBZC 3A34A 4TTDA 5L3IA 1A2YC 3WW5A 1LZRA 2Z39A 4N1EI 1BB6A 3TXKA 4B49A 5KXOA 4CGEA 1WQNA 4TX7A 3LYOA 5APEA 1LSYA 4LT0A 3TMWA 5B06A 1TEWA 1LJEA 1B5YA 2CGIA 2YBLA 4WL6A 1GDXA 5B1FA 1B7MA 3WYHA 1T3PA 1FDLY 3FE0A 3RW8A 1REXA 3LYMA 4R0FA 5A3ZA 3F6ZA 4E3UA 2BQEA 3J6KA 2BQKA 4R6CA 2YBJA 4H9HA 4H93A 4LFXA 4XJGA 3WPJA 3A90A 1DPWA 1HSXA 1G7IC 1GFVA 1HF4A 1V7SA 1LCNA 3AGIA 1DI4A 4WLDA 4D9ZA 2Z18A 1VDQA 2BQNA 4DD0A 1IP3A 1VAUA 1CKFA 4PGJB 6LYTA 4C3WA 1HELA 4KL7A 3TXHA 1RI8B 1UUZC 2HEEA 2MEAA 4MCKA 3W6CA 3CT1A 1B9OA 2BQHA 4DDCA 1LZGA 4CFOA 1LZNA 4GN3A 1LZ4A 4WM6A 5LIOA 4GN5C 1D6PA 4TUNA 5KXZA 4TWSA 1G7LC 3MGWA 1E8LA 3LHMA 4DT3A 1XEJA 2ZWBA 1EQ5A 1LJKA 2D6BA 3B0IA 3IJUA 4YEOA 1LZ1A 4HJYA 5J7CA 3CB7A 1B7LA 3WVXA 5K7OA 1FN5A 3WXUA 4ETBA 1LSNA 1W08A 4OWBA 5KXMA 5I5QA 4H9BA 5DN4A 2LHMA 1D0KA 4XN6A 5LYTA 1GB2A 2BQDA 1DI3A 135LA 5L3HA 4BAPA 5LXWA 4WOAA 1ZMYL 2D91A 1XFPL 4IJ4A 1LZBA 1IWZA 4PRQA 1JITA 2MEBA 1YAPA 1OQMA 2XBRA 1GB8A 4NSJA 1JUGA 1UA6Y 5II3A 1HFXA 1BVKC 4DDBA 1GE2A 2D4IA 4W94A 2C8OA 3ZVQB 1EL1A 1G7JC 2DQHY 4ETCA 4YEMA 1F10A 4WO9A 1I1ZA 1IP4A 1GF9A 4HPEA 1EQ4A 1IR7A 1TBYA 4LGKA 1RJCB 4DD3A 4LT1A 3CT0A 5FHWA 1GPQC 3QE8A 1RCMA 1LZ9A 2F2NA 1GAYA 1HHLA 5KXSA 1LHJA 5JENB 4AXTA 1B7QA 3WU7A 4XJDA 4WO6A 1JISA 2MECA 4GCFA 5I54A 4BADA 5KXRA 1ZV5L 1FBIX 3BKHA 1JTPL 2H9KA 1G7HC 3N9CA 4NFVA 1LOZA 1GF3A 1JIYA 5FSTA 1KXXA 1JSFA 4NHPA 4LYZA 4WLTA 1QSWA 1OUBA 3EMSA 4IASA 1NDMC 1GEZA 1GWDA 4GLVA 5AMYA 1GFAA 1UC0A 4XENA 4ETDA 1B5WA 1IWVA 1WTMA 1GB3A 5B07A 1CJ9A 1IP7A 1GF0A 2H5ZA 2HU1A 4G49A 1HSWA 4NEBA 1BWHA 3W3EA 1GB5A 2YDGA 1REYA 1B7PA 4RW1A 4XJFA 1GFUA 4N8ZA 5ILCA 2YSSC 4H92A 4J0LA 2EQLA 1HEQA 2F4GA 1IP6A 3WU8A 2HEFA 4HP0A 1C08C 1IY3A 5FEKA 1GF4A 1WVUA 2BLXA 2F30A 1JKDA 4NG8A 4NHTA 5LYMA 1Z55A 2I6ZA 1GF5A 3KAMA 5HQ1A 2Q0MX 4DWXA 1GEVA 1GFJA 1LZYA 2XTHA 1VATA 1D9UA 5KXTA 1GE1A 2YBHA 5IHGA 1J1OY 1LJIA 1KIRC 1LJJA 1VFBC 1LSZA 2IFFY 1LMNA 1LYOA 4H1PA 5LVKA 1LSFA 5LINA 1FLWA 4QGZA 4YM8A 2CWIA 1LZEA 4B4JA 3EXDA 3LN2A 4YENA 1DI5A 1GXXA 2BQMA 2DQJY 3G3BB 1IVMA 3B0KA 5APDA 1GBSA 1KIQC 1CJ6A 1LMTA 3WUMA 3ATNA 1IOSA 3AZ6A 1LJGA 1PZYA 4LT2A 3A6CY 4H8YA 1JWRA 4LYCA 1HEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q9EA 3K3TA 2CJLA 3HDFA 2DQDY 1L90A 3HTGA 4OWCA 4N5RA 1L77A 130LA 5F14A 134LA 4DJHA 1LKSA 3EBAB 3A96A 4WMGA 2YBMA 1AT5A 2GV0A 5F81A 2G4NA 1XSFA 2G4QA 2DQCY 1L33A 1T6HA 4NSHA 1IOTA 2LZTA 2LZ2A 3EO5A 1XJTA 2HEDA 1XJUA 1GE4A 2OU0X 1OVJA 4WL7A 4A7DA 1L61A 2BQLA 3RT5X 1C6CA 3CDVA 5DN5A 1C10A 3CSRA 1YKYX 2NTHA 4LYTA 1YAQA 2H9JA 102LA 3OE6A 4NIJA 2QARC 3WL2A 4WLYA 9LYZA 2BQGA 1P56A 3B6LA 2BPUA 5LVGA 4ET8A 1LAAA 4OWAA 2ZQ3A 4RDSA 167LA 1HFZA 1L05A 4I7TA 3ULRA 5KXNA 1OUJA 2MEHA 3WPLA 178LA 1B6IA 2RSCA 193LA 2DKVA 209LA 1D3FA 5APCA 1LYYA 3P64A 3OE9A 1P7SA 4P2EA 1XEPA 3V2WA 4OW1A 153LA 131LA 1H6MA 2A7DA 2Y8PA 5I53A 4CJ2A 3DN2A 2YVBA 2DQIY 1WQPA 3TXJA 3A67Y 1JTMA 5KXPA 1GFHA 4DYGA 4G4BA 4EKPA 1IP5A 4LYMA 1HNLA 1L38A 1DQJC 1KY1A 1IY4A 2DQFC 1JPOA 1CVKA 4WLXA 5C6JA 3ATOA 3N9EA 2CUUA 4QEQA 3TMXA 1UACY 2FBDA 3RZ4A 1CX6A 1QTKA 2ZNXY 1B5UA 4NGWA 3W6BA 4GCBA 5LVHA 3UONA 3DKEX 232LA 4IATA 3ZVQA 1L73A 1B7SA 148LE 4DD7A 4GCEA 3HTDA 120LA 2BAAA 4WM5A 1LPIA 1C6AA 4KT3A 2X0AA 2Z19A 1C68A 3CQLA 257LA 4EOFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K3T A;  2CJL A;  2MED A;  1LHM A;  3D3D A;  4UWU A;  4HTK A;  4G9S A;  2DBT A;  2DQD Y;  4ML7 A;  2BQF A;  4OWC A;  4WM2 A;  4AGA A;  1JJ0 A;  4N5R A;  2FYC A;  1CJ8 A;  3WUN A;  5F14 A;  134L A;  1LKS A;  4BS7 A;  4DD9 A;  1GF6 A;  4H9A A;  5IEL A;  1QSA A;  1JKB A;  1NQI A;  3EBA B;  4LT3 A;  3TXE A;  1FLQ A;  3WUL A;  1DKK A;  3A96 A;  132L A;  3WPK A;  1LSP A;  4WMG A;  4BAF A;  5LVJ A;  2YBM A;  1NWG A;  4J1B A;  1AT5 A;  1LSG A;  2BQO A;  2GV0 A;  1NMM A;  1IO5 A;  2VB1 A;  2BQI A;  1AT6 A;  1KXW A;  4WG1 A;  2ZYP A;  2G4N A;  5F81 A;  3RU5 A;  4UWN A;  3HBH A;  3LZ2 A;  4H8X A;  5D5C A;  5F9X A;  1WQR A;  1BWI A;  1XSF A;  1AM7 A;  2ZIJ A;  4NWE A;  3A91 A;  5ILF A;  2G4Q A;  2DQC Y;  4Z46 A;  4NSI A;  5B59 A;  5LA5 A;  1KIP C;  1IX0 A;  1LSA A;  1IOT A;  1UIC A;  1OUG A;  1LSM A;  1TAY A;  1XGP C;  2BQC A;  2LZ2 A;  1BB7 A;  2LZT A;  3EO5 A;  4NHI A;  1BB5 A;  2HED A;  4PJ2 C;  3A3R X;  1HEP A;  1REM A;  4G4C A;  194L A;  1GE4 A;  1B0D A;  1UIF A;  1WQQ A;  3P65 A;  4DDA A;  4EMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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