2DQJY

Crystal structure of hyhel-10 fv (wild-type) complexed with hen egg lysozyme at 1.8a resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqjY00
4N8ZA 1F6RA 1B2KA 3A94A 4NHTA 2F4GA 4XADA 1HMKA 3TXEA 1GBYA 5L9JA 1C7PA 2YBIA 1B5XA 2ZYPA 1UIBA 3P64A 1QSAA 2MEEA 1LSYA 3WXUA 1DI5A 1GF8A 2HUBA 5APCA 1ZVHL 2ZIKA 3M18B 2XBSA 1UCOA 1QDTA 5C6IA 3TXIA 5LA8A 1QUTA 1XSFA 2MECA 4OWBA 1LHLA 4OWCA 1LSFA 4NGYA 1UIFA 2F2NA 1AT6A 4H93A 2D4JA 1NKHA 2HU1A 1JKCA 1IP6A 2MEAA 4G4HA 1CJ6A 1DKKA 4ML7A 1XFPL 4PGJB 4TTDA 5C6LA 2Z39A 4N1CC 4NWEA 2VB1A 1YAMA 4H9IA 1J1XY 1XGRC 4NGOA 1G7IC 2DQGY 2YVBA 3P68A 1BHZA 1LHMA 4XJGA 3AYQA 4E3UA 4XJHA 1AKIA 1IOSA 5E4PA 5F81A 3TMUA 1HFZA 1WQOA 5I5QA 4WL7A 1GBZA 1QTKA 1LYYA 2Z2FA 1LMCA 3AGIA 2D91A 3B0OA 4N9RA 4B4IA 5FELA 135LA 4YM8A 4NHSA 4DWXA 4J7VA 1VDQA 1QUSA 3WPKA 1GF0A 4NGKA 1HC0A 5LAGA 4DD9A 1JKBA 1CKHA 5HNLA 1NDGC 1BWIA 3A96A 1LSCA 4GN5C 3RW8A 2CDSA 2H5ZA 1GB5A 1IWUA 3G3BB 4WMGA 1C45A 1ZVYB 4HV1A 153LA 4DYGA 1BWJA 4H9EA 4LYTA 4NGLA 2F4AA 1DPWA 1XEJA 2FYCA 4ZIXA 2ZNWY 1YL0X 6LYTA 2BLYA 4NSGA 4A7DA 4HTQA 1GEVA 1IP7A 1WVUA 3WW5A 4YEMA 1LSPA 3CB7A 1OP9B 1LJKA 1LMOA 4J0LA 4N0JA 4XJFA 1FN5A 1P2CC 4GLAA 2MEGA 1HF4A 3IWRA 1B7LA 1LJJA 3WUNA 4EOFA 1LSEA 4H92A 3TXDA 1LZ5A 5ILCA 2C8PA 4ETDA 1GF5A 5F9UA 1KXWA 1HEQA 4OOOA 1IR8A 4LT2A 3AJNA 1LZ9A 2YBLA 1OUAA 1LSMA 4NHQA 3ZVQB 1QSWA 1QDRA 5FHWA 1LZBA 3A95A 1HNLA 1GBWA 4NSHA 1YAOA 2BQHA 2IHLA 1LZRA 1LZNA 4XENA 3A34A 1KXXA 2BQFA 2PC2A 3P4ZA 4HSFA 1GBOA 4MSTA 6LYZA 1HSXA 1BGIA 1T6VL 5I4YA 2BQDA 1I1ZA 2LZ2A 4UWUA 7LYZA 4H9CA 1CKFA 1LSGA 3A93A 1GF9A 1G7LC 2MEBA 1LZTA 3B6LA 4G9SA 1FKVA 1LJ3A 2YBJA 2ZIJA 4WM4A 3RU5A 2YSSC 1IORA 1GFKA 1OQMA 1OUFA 1T3PA 1WTNA 4II8A 2BQOA 2WARA 1O23A 4QEQA 2I25L 4NFVA 4QY9A 3ULRA 2HEBA 1IP5A 1DZBX 2DBTA 2ZQ3A 1JWRA 5APEA 2GV0A 2DQIY 1REYA 2I26L 3FE0A 4OW1A 1GB7A 1SLYA 4ETCA 1HERA 2MEDA 4H94A 3W3EA 1C08C 1F0WA 1LMTA 1HMLA 1IY4A 4TUNA 1DXJA 1LMAA 4PRQA 1GBSA 3AW7A 1GB2A 5DN5A 3WPLA 1HHLA 1LTMA 5ILFA 4TSBA 1LSAA 4QDNA 4BAFA 1GB9A 1LJHA 4DC4A 3WU9A 1HFYA 2ZYCA 1NF5A 3AGGG 3W6FA 1JHLA 5I4XA 3WVYA 1GFEA 5F14A 3AZ6A 2I6ZA 4NSIA 4G4BA 4G49A 3TXKA 1UICA 2AUBA 1GFAA 4GCBA 1GHLA 2EPEA 3LYTA 1WQQA 4H8ZA 1GXXA 1GE0A 5KKJA 4CHXA 3FI7A 1I20A 1IOCA 4H1PA 4HP0A 5B1GA 2FBDA 2F30A 4PHIA 2C8OA 1EQ4A 1GPQC 4H8YA 5A3EA 1OUGA 1GE2A 2BQGA 2DQFC 5K7OA 3ATOA 3HBHA 1GE1A 1PZYA 5LVIA 1IIZA 3D3DA 1VEDA 1JITA 1LYSA 4HJZA 4DD1A 2Z38A 1C10A 1J1OY 4L41A 5KXTA 1GFTA 4KXIA 2H9KA 1JUGA 3CSRA 3GXKA 1B9OA 193LA 4OWHA 1LZDA 1LZYA 1BB5A 1Z55A 3ZVQA 1UIEA 4WM6A 2MEHA 1IP1A 2BQNA 4GCCA 4B1AA 1D0LA 4LT0A 1RJCB 5HMJA 4C5FA 1LPIA 3TXFA 1WTMA 4HJYA 3J4GA 2LYOA 1ZV5L 3WUMA 4P2EA 1EQEA 194LA 1LMNA 1W08A 5KXRA 1IVMA 4WL6A 3TXBA 2BAAA 3MGWA 4Z46A 4NGWA 2ZQ4A 5DLAA 4BADA 1UUZC 1CKCA 1YILA 1WVVA 5LYTA 2W1YA 4H9HA 5HNCA 3J6KA 2G4PA 3AW6A 3B72A 5LYZA 4M6DA 3RNXA 4XJIA 4LFXA 1MLCE 4ETAA 2HEDA 1GFRA 1HEOA 1LZ4A 1IC4Y 1QTEA 1LYZA 1B5WA 1B5UA 1XGTC 4W96A 3SP3A 4AXTA 1LMQA 1JSFA 1GEZA 1CJ7A 3LZ2A 1NQIA 4LYBA 5KXZA 4GCFA 5L3IA 3A67Y 1JTTL 2FYDA 5LAFA 4UWVA 1LKSA 3TXGA 4G4CA 1YAPA 4PRUA 5E9RA 4CFPA 1IY3A 1IP3A 1XGPC 1UIHA 1YL1X 2XBRA 3TMVA 3W6CA 3P66A 4H91A 1QIOA 4TSCA 3A91A 5I54A 4IATA 2HECA 2D4IA 4CGEA 1BB4A 4NWHA 3WPJA 4ETBA 1AT5A 1GF3A 2YBHA 1JJ3A 4HTKA 4B4EA 1RI8B 3CSZA 1B0DA 3AGHA 1GXV2 5I4WA 5IDDA 5B07A 1YROA 1LAAA 1IWZA 4LFPA 4WM2A 1YAQA 2DQDY 3AZ5A 2D6BA 4I8SA 1D6QA 2XJWA 3AZ7A 1CJ8A 5AMYA 1NHEA 2BLXA 4KPMA 1OUCA 2BQMA 3IJVA 1LZ6A 1IP4A 4LYMA 4DD3A 3T6UA 1LSNA 2ZILA 1B7OA 4DD7A 1TDYA 1GDXA 4WG7A 5APDA 3WMKA 1LMPA 3HBEX 1BB6A 3A3QA 3LYZA 3A8ZA 1DPXA 2CGIA 1QQYA 3W6BA 2YBMA 2BPUA 4B0DA 1D0MA 4M4OA 1GF7A 1UIAA 2X0AA 3IJUA 1LYOA 133LA 1JPOA 4J1BA 4WLDA 1BVXA 1YKXX 1NBYC 1VDPA 5L3HA 1JISA 4YF2A 4XN6A 2DQAA 1IEEA 4GLVA 4RDSA 1CNSA 1UBZA 1XGUC 2H9JA 1GFHA 4R0FA 5LINA 1I56A 1LJGA 4LZTA 4Z98A 4H90A 3B0KA 4RW2A 1MELL 1FBIX 1V7TA 2BQJA 3TXHA 3WVXA 1GFGA 4B49A 1YQVY 1E8LA 5D5CA 5F16A 1JKAA 2BQLA 3CSQA 4DD0A 2IFFY 1KIRC 1NBZC 1LCNA 3TMWA 1RFPA 3TMXA 1ZMYL 1RE2A 3AZ4A 1LZ1A 1GFJA 3TXJA 4LYZA 4HJVA 4WM3A 4RW1A 2DQEY 1NDMC 4X3BA 4NGIA 2BQIA 5FCPA 1RCMA 2BQAA 3A90A 3GXRA 1W6ZA 4UWNA 1B5VA 2G4QA 4YEOA 1B7NA 1JJ0A 4NHIA 1OUEA 2W1MA 4NHPA 1FDLY 1LJ4A 1IR9A 1VDSA 1LJNA 4DDCA 1GB0A 4NGZA 208LA 4H9AA 1UACY 1JEFA 4LYCA 5LVKA 4R6CA 3BKVA 2Z19A 1BQLY 1LJEA 3N9EA 2N5ZA 5KXLA 3LZTA 3HFMY 1LZEA 1YKZX 1DI3A 1LSBA 4WM1A 4NG8A 3WU8A 3A92A 1REZA 1C46A 1A4VA 1B7PA 5B1FA 3WYHA 5KY1A 3WXTA 4Z41A 1NWGA 1V7SA 2Z12A 1PS5A 4CFOA 1XGQC 3CT5A 1FLYA 3EXDA 5DL9A 5HMVA 1LJFA 3ATNA 4ET9A 1H87A 4N1EI 3EBAB 5KKIA 3WUAA 1NMMA 1YIKA 2EQLA 3K3TA 4TWSA 1IOQA 3A6BY 3QNGA 2CJLA 134LA 1G7HC 5DM9A 1FLWA 4KT3A 5B06A 1LSZA 4WLYA 1REMA 5KXSA 5LXWA 4W94A 1IC5Y 1F10A 5LA5A 3CQLA 3HBDA 1AZFA 1IWVA 4N5RA 3E3DA 4BS7A 4AGAA 4BAPA 1GE3A 1KIQC 207LA 2LHMA 3A6CY 3EMSA 2HEFA 4U3XB 2ZWBA 2EKSC 4XJDA 3OK0A 4YENA 5F9XA 5KXOA 3KAMA 2A7DA 2BQEA 4WO9A 3W6EA 4HPIA 5C6JA 1BWHA 4WO6A 1TAYA 5HLLA 1LSDA 3ZEKA 1TCYA 5LVGA 4NSJA 1WQPA 4H9FA 1OUJA 3G3AB 4GN4A 1WQRA 1XEIA 4DDAA 1B7MA 1G7JC 2DKVA 2DQJY 1UIGA 4FDYA 4LGKA 5KXXA 5LVHA 1LOZA 4I0CA 5T3FA 1VDTA 3A3RX 1A2YC 1B7SA 2CWIA 4D9ZA 1JSEA 1YANA 5JENB 4NIJA 3M3UA 4IASA 1OUHA 2EIZC 3LYMA 5IHGA 5KXWA 1KIPC 5B05A 1JTPL 1LZAA 3QE8A 2LZTA 1GDWA 2BQCA 2BQBA 1LJIA 1VATA 1LZCA 2FBBA 3B0IA 4RLMA 5KJ9A 5IELA 2Z18A 1BVKC 1GE4A 4HPEA 1D0KA 4LYOA 5KXKA 4KL7A 4XJBA 1SQ2L 4ZEEA 5FSTA 1LHJA 1GFVA 2HTXA 2B5ZA 3QY4A 1BB3A 3WU7A 4ET8A 5HQ1A 2BQKA 3N9CA 5KXNA 4CJ2A 1VFBC 3WULA 2HU3A 4O34A 1JJ1A 1TEWA 4GCEA 4LT3A 1GFUA 2YDGA 4NG1A 4QGZA 3W6AA 1GB8A 1YKYX 2HEEA 1OUDA 3BKHA 2ZNXY 2YBNA 4B4JA 9LYZA 5B59A 5KXPA 5II3A 1HSWA 1OUBA 4NGVA 1HELA 2MEIA 3EO5A 3D9AC 4C3WA 4Z3MA 1TBYA 1D9UA 1G7MC 1EL1A 3LHMA 1UC0A 1JKDA 1FLUA 1UA6Y 4DD2A 3RZ4A 4XYYA 4J1AA 5D5FA 1D6PA 1B5ZA 4GCDA 5FDJA 3RT5X 1IX0A 1GBXA 1B7RA 2W1LA 4NY5A 3VWOA 3W6DA 8LYZA 1J1PY 1HEWA 4H8XA 1GB6A 2Q0MX 2Z2EA 5APFA 4GN3A 4YOPA 1IWXA 1LZSA 1CJ9A 1LZGA 132LA 2LYMA 2D4KA 4PJ2C 3AB6A 4EMNA 3CT1A 1HEMA 2NWDX 3WH1A 4IJ4A 5J7CA 1AM7A 1LHIA 4DT3A 5LIOA 1GAYA 4DDBA 4WG1A 1IO5A 5EBHA 1UIDA 4OWEA 1BB7A 2HEAA 1IWTA 5KXMA 1IR7A 1B7QA 1GAZA 1GD6A 1IC7Y 1LHKA 5DN4A 2XTHA 4PPOA 1REXA 2Z37A 1WQMA 3N9AA 1IWYA 5KXYA 4ANRA 2Y8PA 1B5YA 1DI4A 5LYMA 1HEPA 2LYZA 1FKQA 5FEKA 1KXYA 2MEFA 5I53A 4OWAA 4TX7A 1C43A 1LKRA 1IP2A 3CT0A 1CKDA 4HTNA 3T36A 4MCKA 1LHHA 4NEBA 2A7FA 5A3ZA 4RLNA 1OUIA 4WLTA 3WL2A 1EQ5A 1N4FA 4ZFPA 1LZ8A 2W1XA 1XEKA 1CKGA 1H6MA 4FJRA 1IWWA 3P65A 3LN2A 3OJPA 154LA 2G4NA 1GB3A 4HV2A 4WM5A 1IOTA 1HFXA 1F6SA 4ETEA 1GWDA 1WQNA 3F6ZA 2DQCY 4OOTA 5LVJA 1GF6A 1INUA 4NGJA 2RSCA 5M1YA 3LYOA 4LT1A 1ALCA 1FLQA 1VAUA 4WLXA 1DKJA 1HENA 2DQHY 1JTOL 4MR1A 1DQJC 1GF4A 4H9BA 1JIYA 4WOAA 3WW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LI6A 3A94A 1HMKA 209LA 144LA 3TXEA 1GBYA 3UONA 1C7PA 247LA 1UIBA 221LA 3P64A 1OYUA 4I7PA 1ZVHL 1QDTA 3HT9A 2XQOA 5C6IA 3TXIA 1L49A 2O7AA 3OE6A 2D4JA 2HU1A 4G4HA 1IP6A 4H9IA 1J1XY 262LA 1LHMA 3AYQA 4XJHA 1AKIA 4GRVA 5E4PA 3TMUA 3HTDA 1WQOA 1QTKA 3AGIA 4N9RA 2OTZX 1CTWA 5FELA 3DMVA 2B6YA 1QUSA 159LA 1HC0A 250LA 1CKHA 2OU0X 1BWIA 3A96A 4GN5C 1GB5A 1QTDA 4WMGA 1L90A 153LA 4H9EA 4NGLA 2FYCA 4ZIXA 4EPFA 2ZNWY 1LI2A 1YL0X 4A7DA 3HU9A 1IP7A 1L35A 1L41A 1LJKA 4XJFA 3WUNA 1B7LA 1LJJA 1P5CA 4H92A 3TXDA 1HEQA 1IR8A 3AJNA 1LZ9A 3ZVQB 1JQUA 1QDRA 5FHWA 1LZBA 3A95A 1L38A 3C7WA 1LYEA 4NSHA 2L78A 1KXXA 3P4ZA 1KW5A 1GBOA 1C6TA 1BGIA 257LA 3DNAA 1L55A 1LSGA 2MEBA 1LZTA 3RU5A 4WM4A 1T3PA 1GFKA 1WTNA 2I25L 1L32A 2HEBA 1IP5A 234LA 2DQIY 1REYA 2GV0A 251LA 1GB7A 4H94A 2ANXA 1C08C 1F0WA 1LMTA 4I7RA 4PRQA 4W53A 1L94A 3WPLA 1LTMA 5ILFA 4TSBA 1NF5A 1I6SA 5F14A 4NSIA 4ARPA 4G4BA 163LA 1GFAA 2EPEA 1L24A 3LYTA 1IOCA 1CV0A 1C6KA 2FBDA 162LA 5B1GA 1EQ4A 1L59A 4H8YA 5A3EA 1GE2A 2BQGA 2DQFC 1JITA 1J1OY 1QTBA 1JUGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N8Z A;  1F6R A;  1B2K A;  3A94 A;  4NHT A;  2F4G A;  4XAD A;  1HMK A;  3TXE A;  1GBY A;  5L9J A;  1C7P A;  2YBI A;  1B5X A;  2ZYP A;  1UIB A;  3P64 A;  1QSA A;  2MEE A;  1LSY A;  3WXU A;  1DI5 A;  1GF8 A;  2HUB A;  5APC A;  1ZVH L;  2ZIK A;  3M18 B;  2XBS A;  1UCO A;  1QDT A;  5C6I A;  3TXI A;  5LA8 A;  1QUT A;  1XSF A;  2MEC A;  4OWB A;  1LHL A;  4OWC A;  1LSF A;  4NGY A;  1UIF A;  2F2N A;  1AT6 A;  4H93 A;  2D4J A;  1NKH A;  2HU1 A;  1JKC A;  1IP6 A;  2MEA A;  4G4H A;  1CJ6 A;  1DKK A;  4ML7 A;  1XFP L;  4PGJ B;  4TTD A;  5C6L A;  2Z39 A;  4N1C C;  4NWE A;  2VB1 A;  1YAM A;  4H9I A;  1J1X Y;  1XGR C;  4NGO A;  1G7I C;  2DQG Y;  2YVB A;  3P68 A;  1BHZ A;  1LHM A;  4XJG A;  3AYQ A;  4E3U A;  4XJH A;  1AKI A;  1IOS A;  5E4P A;  5F81 A;  3TMU A;  1HFZ A;  1WQO A;  5I5Q A;  4WL7 A;  1GBZ A;  1QTK A;  1LYY A;  2Z2F A;  1LMC A;  3AGI A;  2D91 A;  3B0O A;  4N9R A;  4B4I A;  5FEL A;  135L A;  4YM8 A;  4NHS A;  4DWX A;  4J7V A;  1VDQ A;  1QUS A;  3WPK A;  1GF0 A;  4NGK A;  1HC0 A;  5LAG A;  4DD9 A; 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 1D6P A;  1B5Z A;  4GCD A;  5FDJ A;  3RT5 X;  1IX0 A;  1GBX A;  1B7R A;  2W1L A;  4NY5 A;  3VWO A;  3W6D A;  8LYZ A;  1J1P Y;  1HEW A;  4H8X A;  1GB6 A;  2Q0M X;  2Z2E A;  5APF A;  4GN3 A;  4YOP A;  1IWX A;  1LZS A;  1CJ9 A;  1LZG A;  132L A;  2LYM A;  2D4K A;  4PJ2 C;  3AB6 A;  4EMN A;  3CT1 A;  1HEM A;  2NWD X;  3WH1 A;  4IJ4 A;  5J7C A;  1AM7 A;  1LHI A;  4DT3 A;  5LIO A;  1GAY A;  4DDB A;  4WG1 A;  1IO5 A;  5EBH A;  1UID A;  4OWE A;  1BB7 A;  2HEA A;  1IWT A;  5KXM A;  1IR7 A;  1B7Q A;  1GAZ A;  1GD6 A;  1IC7 Y;  1LHK A;  5DN4 A;  2XTH A;  4PPO A;  1REX A;  2Z37 A;  1WQM A;  3N9A A;  1IWY A;  5KXY A;  4ANR A;  2Y8P A;  1B5Y A;  1DI4 A;  5LYM A;  1HEP A;  2LYZ A;  1FKQ A;  5FEK A;  1KXY A;  2MEF A;  5I53 A;  4OWA A;  4TX7 A;  1C43 A;  1LKR A;  1IP2 A;  3CT0 A;  1CKD A;  4HTN A;  3T36 A;  4MCK A;  1LHH A;  4NEB A;  2A7F A;  5A3Z A;  4RLN A;  1OUI A;  4WLT A;  3WL2 A;  1EQ5 A;  1N4F A;  4ZFP A;  1LZ8 A;  2W1X A;  1XEK A;  1CKG A;  1H6M A;  4FJR A;  1IWW A;  3P65 A;  3LN2 A;  3OJP A;  154L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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