2DQVA

Structure of the c-terminal lobe of bovine lactoferrin in complex with galactose at 2.7 a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal lobe of bovine lactoferrin in complex with galactose at 2.7 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dqvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dqvA02
4ZEIA 1EZOA 1OIBA 3G3GA 5AA4B 4NMYA 1XHYA 4Q8RA 5JEIA 3H03A 4OETA 2ZXTA 1PBQA 3VV5A 3M8UA 4YMBA 2UXAA 1O64A 5CRYA 4BDMA 2ZNUA 4IGTA 2RCBA 4EDPA 3VVDA 3T9VA 5CMCA 3I6VA 1B40A 1BTJA 1DPEA 2F36A 4G8MA 2PT2A 3G3JA 2GHAA 1EZ9A 3D4CA 4PP0A 1OQHA 4QSEA 1JNFA 1QUKA 3O6IA 3OEKA 1FQDA 3RY3A 1QKBA 2V3UA 3K0VA 2I3WA 3TQWA 2VD2A 1PEBA 4ZEDA 2Q9TA 1S50A 4RNSA 1SW2A 2YPNA 4ZEFA 4P11A 5KCJA 3R26A 5AA1A 4IO7A 2AIXA 5FHNA 5H8QB 4XIGQ 1B2HA 4IY6A 4OERA 4EXKA 1QW0A 1N84A 3A09A 1B4ZA 1JEVA 1MQDA 5I57B 3CFXA 3OSRA 5I2NA 3U92A 4PQJA 3EF7A 1O63A 3V5AA 5CI5A 2QL3A 3MQ9A 1HSJA 2DWJA 3QAXA 4R9FA 5H8SA 1FQEA 1ZMGA 5EHMA 2V84A 4U4SA 4E0WA 4OFJA 3BFUA 2FNCA 3I3VA 4LZ7A 3CFLA 5CMMA 3L6GA 2PT1A 1Y20A 1OQGA 3MP1A 3SEUA 1MDP1 4GFRA 1BP5A 1XVXA 3KOTA 1MG1A 4JSDA 2RCAA 1S7YA 3RNNA 3FXUA 1URGA 2HEUA 2RKMA 1ANFA 4NE4A 1SDXA 3W9VA 2A5TB 2X26A 1N7XA 1EH3A 3T96B 2V25A 2O6AA 2Z8DA 5JTYB 3FGSA 1HSLA 4NEDA 1I6QA 5FHMA 3IAZA 1ZKBA 3KSXA 1GGGA 4MF3A 4G68A 4K3FA 1PB9A 3K02A 1ELJA 3QXMA 4NF4A 4GL8A 2QMXA 5KDTB 4BLAA 1PB8A 4FORA 4H8JA 4PFWA 3TTLA 1HSEA 4KCDA 3C9HA 1JEUA 1SQYA 3OENA 2XXXA 4X1BA 4ZE9A 2HZKA 1MY0A 4DLDA 3QK6A 2UVHA 3MPLA 3GXAA 4OFOA 1B58A 4YB5A 4DXBA 2ANJA 1Y3NA 4LONB 1LFIA 3MUQA 2O1LA 1GTKA 3MZ9A 1A99A 2F6GA 1MQHA 1CB6A 3B6TA 1UTHB 3FXQA 2QRYA 4RJZA 3IK6B 5EYFA 1SI0A 4NF6B 3H6UA 3PMXA 4QSCA 3CRBA 4PE5B 3FZVA 3OOAA 2QS2A 1JW1A 1AH5A 1FTOA 1P1QA 1VR5A 1KWHA 2H9BA 5L9SA 4U4XA 4U21A 2V3QA 1FTMA 4EF1A 4LZ5A 1GV8A 2Z22A 5FTIA 4JDFA 3RT8A 1PBPA 3K6WA 4TLMB 2ZYOA 1P1UA 2NOOA 3U8QA 1A8EA 4WKMA 2FA7A 2OCUA 5ICTA 5B7DA 4R2FA 5DEXB 5HBCA 4NF8B 3PPPA 5I56B 1Z7NE 5H8QA 2X7QA 4ZEBA 4GIZA 4M4GA 1ZJLA 1FQFA 1MY4A 1MY3A 3U1OA 1D4NA 4YZZA 4F29A 2G29A 3LSLA 3WAFA 2F6PA 1MXXA 3K6UA 2HAVA 3H6TA 3N94A 4F1UA 4KI0E 4OWDA 4MLVA 3RTWB 4G8NA 1B7HA 4KHZE 3G3FA 3K00A 4IO3A 1YAEA 2DVZA 1NNPA 1A7LA 3Q27A 1PC3A 1XOCA 4HCWA 1FQCA 4OMBA 3DELB 3RTFB 2THIA 2RINA 4EXLA 2Q8JA 3VDFA 2Q2CA 1QVSA 3UIFA 3K4UA 1ATGA 3GBBA 4YKKA 2Z8FA 2B3BA 2CZLA 2O1MA 3TFLA 3UK4A 1NFTA 4ESWA 2H4IA 4AQ4A 1N04A 1S9TA 1Y3PA 2XD3A 3TCFA 5JTYA 1IXIA 3O6HA 3TZAA 5I2KB 2PX1A 1M5CA 3C35A 3M3FA 3H6WA 3T9HB 2E0SA 3TPAA 4G2ZA 4XXUA 4DDDA 3N6TA 3MPKA 4TQUQ 4LQ5A 3KGCA 2XXIA 4DCYA 4GL0A 1B7UA 3LR1A 3TAJA 3E4RA 4GF8A 4KD5A 1B5JA 1MH4A 3DLNA 5ELVA 3TKDA 2NXOA 3B6QA 1PDAA 4LZ8A 1IITA 2HAUA 1ZIUA 2RF1A 3TDJA 2AYSA 1UTBB 5BUUA 5L8DA 1N3WA 5H8NA 1LBCA 3FV1A 3CSBA 4O3CA 1CE2A 1B7ZA 5TP9B 2RC7A 3EQ1A 1TXFA 3KN8A 3VXCA 2E1SA 3CSGA 2Q89A 4OTEA 2D5WA 2I4BA 5CMBA 3FJMA 2Z8EA 4BDRA 3LUYA 3OEMA 3S9MC 2PYYA 1YPNA 1Y4TA 3WAEA 1Y9UA 4GXSB 3BFTA 2DXRA 3H4ZA 3TTMA 4THIA 1BIYA 3IX1A 1MM7A 2O84X 1MS7A 2LAOA 4WEDA 2Y84A 4EF2A 4ZS9A 2OZZA 3HSTA 4YICA 5CBSA 3O29A 4XKRA 4XKQA 1ZBMA 1QUIA 4ZZAA 1VSOA 3UGWA 2XX7A 3Q25A 2RC9A 4JWYA 1N76A 1LAGE 4N6PA 3HHGA 5DEXA 2XXVA 1URSA 1LAHE 4KFQA 4KCCA 1FW0A 3K01A 2DS9A 1IEJA 2ZMBA 4LATA 4ONYA 1NH8A 5ISUA 4YKJA 4U1ZA 1F9BA 2W7YA 2I0BA 3W9WA 2PMSA 1LB9A 2GRVA 5ITOA 3VLVA 3MP6A 1P1NA 1P1OA 3OO6A 3RUMA 5J1DA 5KZTA 1POY1 2F34A 4BDOA 1B3LA 3IB2A 4OZ9A 1XVYA 3HPIA 4NF5A 5FTHA 3OO7A 2VP1A 3V8XB 3TELA 3PD8A 2DOJA 3FD3A 2QS4A 3UORA 4GVOA 2F7AA 1L5TA 4RPNA 4H5GA 1R1NA 2ESNA 4QFPA 3SEVA 1Z7ME 1GVCA 1MY2A 3OXNA 1R6ZA 3QIMA 5H8FB 3GLBA 3ZKKA 3PPRA 1MPCA 4ELRA 1MM6A 4GLIA 2HQ0A 4ESXA 3SETA 4I62A 3RLFE 3C33A 3FUZA 2XXRA 2XD2A 2A5SA 4N13A 1TFAA 4QF9A 1NNTA 4EUOA 1TWYA 4P0GA 3UA8A 1NH7A 2QSXA 3TEPA 2DWIA 1LFHA 2M8CA 3G3IA 4DZ1A 4Q30B 3N26A 4Z7EA 1UTBA 4ZE8A 3KN3A 4KPTA 3IB1A 3PPQA 4L17A 3MWBA 2ZNSA 3SEXA 4XTCQ 4OFLA 3O28A 4DE8A 3KJTA 3IB0A 4OEUA 2QS1A 2DVCA 3FVGA 2QS3A 4JB7A 1LFGA 3K6VA 4H65A 3ZSFA 3E9XA 5B70A 4FAJA 2R71A 2DQVA 1MXYA 1PB7A 5EHSA 4I8CA 3CVGA 1JW4A 1OVBA 1US5A 2GHBA 5AA2A 3S9LC 3USDA 3P7IA 4QFLA 2ABHA 4IY5A 3ZKLA 3MZBA 4M1VA 5TPAB 2XX8A 2VOZA 4MLQA 3OO8A 2Q88A 4R72A 4R9GA 1B1XA 2QJEA 2VGQA 1FQBA 5I59A 3IOWA 5AA2D 4IO5A 5AA3A 2XXQA 4F3PA 3UN6A 1XS5A 4Q0CA 3R6UA 3ECRA 3O6GA 5AA4A 3SESA 4G8HA 3TTKA 4QHQA 3V83A 3IORA 4F22A 2DE2A 4NWDA 1MDQA 1IQ7A 4DIGA 1SW4A 3MW0A 4AB6A 1EZPA 4U23A 4O3AA 3VVFA 1MQIA 1NMUA 2DXYA 1B5HA 3CG1A 3CR9A 3IO6A 3FASA 1IXGA 4IB2A 3Q26A 2QPQA 3FXRA 2GFEA 3IO4A 3Q28A 4R2BA 4R6YA 3RN8A 3B7DA 1QUJA 4FE8A 4C1TA 3OELA 2NVUB 3E3KA 3PPNA 5BWJA 1US4A 4FEBA 1LGBC 3MVWA 2Y7KA 3DP6A 4F3GA 4BDNA 4U22A 5F1QA 1OMPA 1FTJA 5CC2A 5H8FA 4MFIA 3T9XB 4H8IA 2IA4A 5I57A 5JK4A 4KYSA 1D9YA 1M5EA 3OMBA 2AL4A 3FVKA 1IXCA 1H3DA 1FTKA 4HS7A 3MBPA 3IOTA 1P99A 3U94A 1MRPA 3IOVA 4JBZA 2YLNA 3T22A 1TT1A 2DP8A 1J1NA 2DSFA 3N5LA 3MVZA 2B3FA 2IEEA 2VD3A 1TFDA 4H5FA 2I49A 3MVXA 1B5IA 2REJA 2F7BA 4OEVA 4R6HA 5FHOA 1IXHA 4POXA 1IIWA 3BBRA 1MH3A 2UVJA 2DWAA 3VFJA 3EHSA 1H43A 2P2AA 2ALUA 2V93A 1YTVA 2A5TA 1Q35A 4F2OA 5M2VA 2AL5A 3CIJA 4TLLB 3PU5A 4C0RA 3F11A 4YKIA 1USYH 2B65A 5KCJB 4JSOA 5IAIA 1H76A 2Y7PA 4QFOA 3CG3A 4QFKA 3PUZE 4PFUA 3FJ7A 1EU8A 1B32A 3K1PA 4JWXA 5KDTA 5I2NB 1I6AA 4MH5A 1A8FA 2R9JA 3TYHA 5LOMA 3PUYE 2ONSA 3HO7A 1AMFA 1NL5A 4X1DA 4F2QA 1SYIA 2DE4A 3V89B 3FV2A 4FIMA 1OLCA 2OBGA 3H7MA 5F7VA 4RY1A 1VFEA 4FATA 3ZS6A 4IO4A 1VE4A 2Y7RA 4ZZEA 1DTGA 4G77A 3S9EA 3VXBA 1II5A 1UTHA 4OESA 1DTZA 4NF6A 1O7TA 1MPBA 2O68A 4EQ9A 4OQOA 1N0TA 5DTBA 3T93B 1MPDA 3SEYA 2O51A 3OO9A 1DSNA 1SYHA 3A3UA 2H99A 1B6HA 4PFYA 2BJJX 3UP9A 1LAFE 3MZ1A 4G68B 2I58A 1NNKA 3MAMA 5L9MA 1UIUA 4OENA 1I6BA 2I48A 1B05A 1SD3A 1OVTA 4RXLA 1LSTA 1B3FA 3KG2A 1BLFA 2XXPA 2UVGA 2REGA 1A55A 3G7WA 1NKXA 4NF8A 1ZTYA 3EHTA 4GXAA 3VLUA 5I56A 4F18A 4ISUA 3TODA 1B3GA 3JYRA 1XC1A 3OSQA 3PUWE 4QRZA 4OHNA 1SI1A 4EQ7A 1ZU0A 5DT6A 4POWA 3KEIA 4OXVA 1NNFA 4RA1A 3PMWA 4HTGA 3KFMA 3TMGA 4F31B 1RYXA 3PUXE 3RGYA 3VVEA 3PGFA 4R73A 2I6EA 1FTLA 4F39A 4RK2A 2PVUA 2F8DA 3T66A 3RT6B 1LBBA 4EQBA 4LA9A 4LP2B 4GQOA 3VLWA 4YAHX 2D3IA 2V3TA 3O2AA 3U93A 3LSFB 3RQTA 4AB5A 4OYVA 3LSWA 4R75A 2O69A 1Y1ZA 1B52A 3IJXB 4ZECA 1B0LA 3SKPA 1DPPA 5A5XB 5I58B 3PPOA 3FATA 1JQFA 3CI8A 5ICQA 3QUJA 3S2VA 3H06B 3KBRA 1H44A 4FECA 2OK2A 2H5YA 3GBAA 5I2KA 1B46A 1B4HA 4YU0A 4WEPA 3M3KA 4ND9A 4ZDMA 2P0SA 4F19A 1LB8A 4R6KA 2OLBA 1P1WA 3C4MA 2I0CA 4ECFA 1IZ1A 1MXVA 5CBRA 1MXWA 5AE4A 1Y3QA 3JV9A 3EPEA 3IJOB 4U2RA 1MQJA 3W15C 2OWSA 2O7UA 4UACA 3MJNA 2XXTA 2PBWA 3SEWA 4Z0IA 4PETA 2YJPA 2Y7WA 5TP9A 3C36A 3LBSA 4DXCA 3IOUA 4JWOA 4MBPA 4IGRA 1WDNA 2H98A 4H0WA 1B1HA 2XHDA 3C31A 5HM4B 4BDLA 1POTA 2OWTA 1LCFA 4H1XA 3GZGA 1MXUA 4YB7A 1JETA 2QMWA 3CFZA 1FCKA 1LCTA 3PD9A 4H67A 4E0XA 3PMVA 2ZYKA 3A3CA 4Q5TA 5L9OA 5CMKA 4YB6A 4U1OA 4WXJA 3O9PA 4F1VA 1A40A 3JZJA 3S4UA 3OD7A 2R6GE 4HCYA 3IR1A 3AXFA 4H6DA 1OLAA 3N6UA 3O66A 4DCXA 2UYEA 3DM0A 3LSXA 1A54A 1DOTA 1XT8A 4HW8A 3FIRA 3U72A 4BDQA 2ONRA 1B9JA 4IO2A 3TQLA 1RYOA 1B3HA 3PUVE 4NWCA 5H8NB 5H8HB 2UYFA 1I69A 2ZYMA 3TCHA 1AOVA 4ELOA 2F35A 5K2XA 2F7CA 3FVOA 3FVNA 4RYAA 3MVYA 3TCGA 2FYIA 3E13X 1AIVA 3R7XA 1LAXA 4O3BA 3RPWA 3H3GA 1VFDA 4GD5A 3KOSA 4NTLA 2KLFA 3M3LA 2OJTA 3G3HA 4FJPA 4P0IA 1DMBA 3HN0A 1T0KA 3K1MA 3KZGA 1R9QA 3TUSA 2XXYA 4G4PA 4R74A 2HZLA 3ONMA 3THIA 1MY1A 4IO6A 1WVJA 1JW5A 1Y1MA 1MXZA 2Q2AA 1B3EA 4LQ2A 5A5XA 1JVXA 5I58A 4ELQA 4LVQA 2XXUA 1WODA 1AL3A 3K2DA 4GWOA 2DWHA 3KSJA 3IL1B 1RKMA 2X7PA 1QULA 4ELPA 5K2YA 1SW5A 1M5BA 4QFNA 2CMOA 2GH9A 4OVJA 3DP8A 4FEDA 1N7WA 4GOTA 4KYDA 2XX9A 3HCQA 2ONKE 1USYE 2DYXA 5IKBA 4C1UA 1IUDA 5DVFA 1UIVA 1B51A 1SVXB 3B6WA 4GRKA 1GR2A 3MP8A 2Z23A 4F1YA 5CM6A 3SDFA 2XXHA 3MC2A 3C32A 3VE1B 3HV1A 5DYHA 1ZLQA 2RC8A 3QUFA 1FQAA 2HXWA 4PFTA 3ODBA 2D21A 4NF5B 2DE3A 3KN7A 4RK9A 4X48A 1R9LA 3O97A 3KJ7A 3H6VA 2I4CA 2Y7IA 4F3BA 4JXIA 1UQWA 4X9TA 4XKPA 1BKAA 5I84A 3ILUB 4YMAA 4XKNA 4G68C 1M5DA 1LLSA 3EHUA 5TPAA 3C34A 4LUBA 1URDA 1Y4CA 4RPOA 2I3VA 3Q29A 2NWJA 2F5XA 2HCAA 4QSDA 3I5OA 2HFBA 2H25A 2ZNTA 3BKIB 4YKPA 3QYTA 1M5FA 2O7IA 3S9NC 4KR5A 3SERA 1MQGA 1JVYA 2XXWA 3TTNA 5DVIA 1YCJA 1H45A 5H8HA 1D9VA 1SW1A 3ILTB 3TTRA 4DXUA 4N07A 1Q1KA 2WKYA 3EN3A 3G3KA 1N3XA 4ZEKA 4I1DA 5ITPA 1QKAA 4TOZA 4NF4B 3FJGA 1QJMA 1SBPA 5AA2B 4I9DA 4UA8A 1B0HA 2P1SA 5HPQA 3DP4A 4KQPA 4F3SA 2ZYNA 2G93A 3LC8A 3L6HA 2NUVA 2VHAA 5DVJA 2F78A 3HHFA 4KYEA 2UVIA 3QSLA 3T9UA 3K1NA 5I59B 2F97A 3PV0E 3D4GA 1D3KA 3K6XA 5TU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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