2DS9A

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with mannose at 2.8 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with mannose at 2.8 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 107
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ds9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ds9A02
1FCKA 3CI8A 5TP9A 4XTCQ 1QW0A 5CMCA 2P1SA 3OOAA 3PU5A 4IGRA 4Q30B 3O6GA 4MBPA 1GTKA 4AB5A 5A5XB 1SW5A 1J1NA 1IIWA 1NH7A 1NH8A 5K2YA 3UGWA 3K00A 3TTMA 3O6HA 1B7HA 4RA1A 3R26A 1GVCA 4R9FA 4G2ZA 1II5A 1RKMA 1N04A 1FTJA 5CMKA 5FHMA 3PMXA 3VVFA 5IAIA 1QJMA 5H8FA 3KBRA 3VVEA 1H44A 1YAEA 2XXXA 4KCDA 1YPNA 3T96B 4POXA 4GVOA 1B2HA 2RINA 4NF6B 2H5YA 4JWYA 2IEEA 4H8IA 3ONMA 1S50A 2OZZA 1R1NA 2DE2A 2DYXA 2B65A 4M1VA 4KR5A 1IQ7A 3T9UA 2ZYNA 3TZAA 4QFPA 2F36A 1H43A 4GFRA 1M5DA 1NNPA 2F34A 3MW0A 5I56B 5KDTA 3K1MA 4R73A 4ELQA 1Y9UA 4IB2A 5JK4A 3CG3A 2YJPA 3QAXA 3C31A 1SDXA 2RC7A 4OMBA 3PPOA 2Y84A 5HBCA 4YMBA 2RKMA 1KWHA 4OETA 1XHYA 3N6UA 3FATA 5H8QB 3V89B 5AA3A 3PD9A 2V3UA 3U92A 1A55A 2M8CA 2I3VA 4ESWA 4WEPA 2Q2AA 3RQTA 2RC8A 2QL3A 4YU0A 3TTRA 1URSA 1LFIA 1VFDA 2D21A 2Y7RA 3FV2A 3KZGA 2Z8DA 3S2VA 4GWOA 4AB6A 4U23A 2F7AA 2H4IA 3ILTB 4R75A 3F11A 2F8DA 4LONB 1JEVA 2H9BA 4OFOA 5ITPA 4GLIA 4X48A 3IK6B 2OWTA 4F1UA 3E3KA 3SKPA 2ONKE 1EZ9A 4G8HA 1BTJA 1NFTA 3C9HA 1PEBA 2I4BA 1UQWA 4P0IA 3MVYA 4EQ7A 5LOMA 5AA2D 3OSQA 2X26A 3ECRA 3FVKA 1MY0A 2ZNUA 4H8JA 4RNSA 2NWJA 3T22A 4NF4B 3Q28A 3IOTA 4YB5A 3DM0A 2ONRA 4H67A 3FIRA 3PPPA 4F1YA 4EF2A 4RPOA 3PD8A 5CMMA 1VE4A 1Q1KA 3Q25A 2XX8A 4JB7A 4WKMA 3DP4A 1Y4TA 1ZIUA 4GRKA 2GFEA 1DSNA 3UORA 4ONYA 3ZKLA 2XXIA 5DT6A 2I0BA 4LQ5A 2ZYOA 2P2AA 4NEDA 3TPAA 2H25A 3IOUA 1FTMA 3LSLA 5CI5A 1B3FA 5I59A 3U1OA 2F5XA 4JWXA 3SEVA 1M5CA 5L9MA 3B7DA 4DXUA 3K2DA 3K6VA 1LFGA 3HCQA 1IEJA 3MP8A 3CSGA 1QUKA 1URGA 1MPBA 3H03A 1ZJLA 3FUZA 4F3PA 4BLAA 2D3IA 5I2KB 1SW4A 1LSTA 5DTBA 1N0TA 3FXQA 4QFKA 1FQFA 5I58B 4PFUA 2DSFA 4IO3A 5JTYA 2GRVA 2OCUA 3W15C 3V5AA 1SYIA 4QFLA 1P1NA 1Y20A 4PFYA 1O63A 3MVWA 3MZBA 4OEUA 3HN0A 4DZ1A 4BDLA 5AA2B 4OXVA 4FIMA 5KCJA 3PPRA 2NVUB 1XT8A 5CRYA 5DEXB 1SW2A 1US4A 3JZJA 4RPNA 4FATA 1PB9A 3C4MA 1LAFE 2I58A 1B52A 4TLLB 2DP8A 3CIJA 3LSFB 5TU0A 2O51A 3EPEA 3H6VA 1UTHB 2O7IA 1IXHA 3T93B 2E0SA 3TYHA 2UVIA 4O3AA 4N13A 1JQFA 3WAFA 3IL1B 3K6XA 1DTGA 2Z8EA 2ZXTA 3IB1A 2XXWA 1AMFA 1MDQA 3OELA 3MAMA 5EHMA 3K1PA 4YB7A 3T9VA 3E9XA 4OZ9A 4F19A 3R6UA 1B4ZA 1B5IA 2DXRA 3GLBA 4PP0A 1P99A 3ZSFA 1UTBB 4R6HA 4KHZE 4DLDA 4ZEDA 3TTKA 1PBPA 4QHQA 3GXAA 2HAVA 3DLNA 4DIGA 1QKBA 3RLFE 3EHTA 4QFOA 5JEIA 4JXIA 4WEDA 4ZECA 3UA8A 3CSBA 2F7BA 4KI0E 3C34A 1IXGA 4F22A 3L6GA 4ZZAA 4UA8A 2XXTA 3TCGA 2QSXA 3VFJA 3MP6A 1JNFA 1P1OA 3G7WA 2ZMBA 5I57A 3E13X 3H6TA 3QIMA 1IUDA 3DP6A 5KZTA 4U1ZA 3OMBA 2X7PA 4P11A 2VD2A 3D4GA 1MQDA 2UYEA 1GV8A 3TCFA 4ELRA 2ANJA 1ZMGA 3UN6A 1OVTA 4GD5A 3G3FA 4BDNA 4F31B 1ZU0A 1MPCA 2HQ0A 1XVYA 1B5HA 3Q27A 1LBBA 3O6IA 5H8SA 1ZKBA 1FTOA 1N76A 2O1MA 4KYEA 4GL8A 3CFZA 3TFLA 4U1OA 1DMBA 3B6TA 3TCHA 1JW5A 5IKBA 3FVGA 3O28A 4XKRA 2F6GA 1MQGA 4G68B 5CBSA 4QF9A 3K4UA 2AYSA 3MC2A 3O29A 3THIA 3N6TA 2DWJA 5FHNA 3FVOA 5CC2A 4YKJA 1PBQA 5H8HB 1TWYA 4TLMB 1JVXA 3MZ9A 2DVCA 2Z23A 1D3KA 1DPEA 4GF8A 3K6WA 2CMOA 4Q0CA 3KN3A 2GHBA 2X7QA 2RCBA 3TKDA 1POY1 4I8CA 1MQJA 4BDQA 3SERA 3UK4A 4I62A 1A7LA 3TEPA 1Y1ZA 4LZ8A 2E1SA 2Y7PA 2CZLA 3EHSA 1B51A 1IXIA 1DPPA 4YKPA 1NNKA 3TAJA 2H99A 3WAEA 4NF5A 3N94A 1LCFA 4HTGA 4ZE9A 4OERA 2GH9A 1H76A 2REGA 1A8FA 2F35A 3BBRA 1B46A 4R6YA 4G68C 1N3XA 2DE3A 1MRPA 2Q8JA 2D5WA 3K01A 1LCTA 4U22A 3IJOB 3PUVE 2FNCA 2XXHA 2XD3A 3TELA 5AA4A 4FECA 1R9LA 5B70A 4OFJA 4N6PA 1DOTA 1QVSA 3S4UA 3S9EA 3IAZA 5L8DA 4PFWA 1B32A 2FA7A 4F2QA 1VR5A 4LZ5A 3KSJA 1SQYA 2THIA 4H5GA 2YPNA 3MJNA 4XKQA 3IO6A 5I2NA 4IY6A 3N26A 4QFNA 3KG2A 3PUYE 4KFQA 5H8NB 2W7YA 1H45A 3I3VA 2F6PA 1JW1A 4LZ7A 5ICTA 1Z7NE 3USDA 3OD7A 5HM4B 1D4NA 3QUFA 2ZNTA 2FYIA 1B7ZA 3S9NC 5CBRA 1LB9A 3IR1A 3KJTA 1YTVA 3RT6B 3G3IA 3AXFA 5JTYB 1B3EA 3M8UA 1B0LA 1OVBA 3O9PA 1LB8A 2F7CA 3H06B 1NL5A 5L9OA 3SDFA 3OSRA 1BIYA 4JDFA 5FTIA 3BFTA 3U72A 1MXYA 3PUZE 5FTHA 3SEYA 4OENA 3FZVA 4DXCA 4PETA 5A5XA 2REJA 2QPQA 4BDRA 2I4CA 4NF8B 3A09A 3HO7A 4PQJA 2QJEA 1D9VA 3LC8A 4MF3A 2PMSA 4R6KA 3RT8A 5I84A 1RYXA 2HEUA 3E4RA 4LUBA 1OMPA 2I3WA 1MQHA 4EDPA 1O64A 3OO7A 4BDMA 1OIBA 2Q9TA 3LSXA 2QMXA 2XX7A 1TXFA 1CE2A 1VSOA 3Q26A 1Y4CA 2WKYA 1BLFA 4IO6A 3KSXA 2V3TA 3QXMA 4NF6A 1XOCA 2R6GE 2RCAA 4U21A 1MG1A 1BP5A 3LSWA 2PYYA 2Y7KA 3HPIA 4TQUQ 4GL0A 3EN3A 2XXVA 4R72A 1A54A 1GR2A 4IY5A 4EF1A 3FXUA 3PGFA 3PUXE 3TDJA 2ZYMA 4MH5A 1M5BA 4G4PA 2QS4A 4GOTA 2A5SA 1H3DA 1MXZA 5EYFA 5I56A 2VD3A 1NNFA 1LGBC 5TPAB 4R2BA 2OJTA 2ABHA 3HV1A 3TTLA 1YCJA 4LVQA 1M5FA 3TQLA 3TMGA 5H8QA 1CB6A 3SEXA 4YKKA 3CVGA 2XXUA 4GIZA 2XX9A 3M3FA 4Q8RA 4MFIA 4OFLA 1LBCA 4ZEFA 5ITOA 2NOOA 2DXYA 2Q88A 2VHAA 1Y3QA 4FE8A 2XD2A 3FXRA 4XXUA 1B5JA 2O84X 4X9TA 4PFTA 2HAUA 1N84A 3QK6A 5TP9B 1QULA 1B6HA 4UACA 4FAJA 3IB2A 1EU8A 3K1NA 1B3LA 1EH3A 3MUQA 1N7WA 4KPTA 3C36A 2HZLA 1FQEA 3DELB 3RN8A 3O2AA 3G3KA 5HPQA 4GXAA 3V8XB 4DXBA 1B7UA 4OQOA 4ISUA 2V84A 2BJJX 2V3QA 2O6AA 2QRYA 1SYHA 4NF4A 2NUVA 1ZLQA 2R9JA 4ELPA 1SVXB 5H8FB 3FV1A 2F78A 1MXUA 1JW4A 2Y7WA 5B7DA 3VLVA 4FEDA 1UIVA 3PPQA 2YLNA 3BKIB 3MWBA 1XVXA 4JBZA 1NNTA 1M5EA 3K02A 4DCYA 3BFUA 3VDFA 3KOTA 3OO6A 1TT1A 2AIXA 1AOVA 2VGQA 3TQWA 4RK2A 3FJ7A 2I48A 1S9TA 4ESXA 2UYFA 3R7XA 4RXLA 5KDTB 3K0VA 3PMVA 1FTLA 1P1WA 4IGTA 4HCYA 4F2OA 2XXPA 2HXWA 3OO9A 3RTFB 3CG1A 3ILUB 3T9HB 4DDDA 4KCCA 1MDP1 1NKXA 2DWIA 3IORA 2H98A 3FJMA 3H7MA 1FQDA 2XXQA 4KD5A 4ZZEA 3RY3A 1ZBMA 3PMWA 3UP9A 5I2KA 2AL5A 1JEUA 5F7VA 4ECFA 3H3GA 1IXCA 4U2RA 1I6BA 1N7XA 3VXCA 5BUUA 2DWAA 3B6QA 4FEBA 4N07A 2AL4A 2DE4A 3C32A 4QSDA 1RYOA 2HZKA 2KLFA 5I58A 1P1QA 1Q35A 3OENA 4C0RA 1D9YA 5DVIA 4QRZA 3MPLA 3KGCA 2HFBA 1OLAA 3B6WA 4U4SA 5AA2A 1HSJA 3SESA 4F3SA 1A8EA 3RPWA 4MLQA 5DEXA 3H6WA 3G3JA 1MM6A 1PB7A 1MH4A 4O3CA 1EZPA 3KJ7A 2VP1A 3ZKKA 1B1XA 3FASA 1UTHA 3OEMA 5EHSA 4KQPA 2PT1A 4QSEA 3KN8A 4H1XA 3U94A 3SEWA 3OXNA 1FQAA 4WXJA 4I9DA 1F9BA 1S7YA 1PC3A 1TFDA 4X1BA 4DE8A 4ND9A 4C1TA 4RY1A 5FHOA 4THIA 1XC1A 1LAHE 3S9MC 1MXWA 4HS7A 4O3BA 4LA9A 4ZEBA 3SETA 1DTZA 1N3WA 3FD3A 3QUJA 1UTBA 4K3FA 1B0HA 4F1VA 1VFEA 3MBPA 3CFLA 2Q89A 3MVXA 3S9LC 4LQ2A 3IO4A 3MZ1A 3EHUA 3A3CA 2ESNA 1LAXA 5DYHA 1WDNA 3D4CA 3MP1A 3IB0A 4ZEKA 4YICA 2A5TA 4IO5A 3RNNA 1USYH 1Z7ME 5I59B 1QKAA 3W9WA 1LFHA 4OESA 3GZGA 4EXLA 4POWA 4YKIA 4EUOA 1SI0A 1JVYA 3VXBA 3MQ9A 3KN7A 5L9SA 1B1HA 1FQCA 3V83A 5ICQA 4F29A 2O1LA 3FVNA 1HSLA 4HCWA 4HW8A 1O7TA 4KYSA 1B4HA 2DS9A 5DVFA 3O97A 2V25A 3KFMA 1Y3NA 2OBGA 1FW0A 2IA4A 1MXVA 3MPKA 3PUWE 3SEUA 3JYRA 3H6UA 5J1DA 3JV9A 1ANFA 4IO7A 1I6QA 3OO8A 4AQ4A 4F18A 4Z7EA 1MQIA 4ZS9A 4XKNA 2DOJA 3HHGA 2G29A 3PV0E 1MH3A 2Z22A 3RTWB 1OQGA 3VLWA 4OTEA 1URDA 1A99A 5K2XA 4ZDMA 1B9JA 4G68A 3CFXA 2RF1A 3N5LA 3VE1B 4BDOA 5KCJB 3LBSA 4EXKA 2RC9A 1R6ZA 4JSDA 4FORA 3ZS6A 1B05A 5H8HA 4R2FA 3A3UA 3DP8A 2UVGA 1A40A 3PPNA 2Y7IA 4Z0IA 3W9VA 3U93A 3OEKA 3I5OA 4G8NA 1ELJA 4OWDA 1L5TA 4EQBA 1P1UA 4JSOA 5CM6A 1Y3PA 2HCAA 2B3BA 3O66A 1PB8A 4EQ9A 1QUIA 4X1DA 1UIUA 2R71A 5ISUA 1OLCA 1B40A 2GHAA 3U8QA 3RUMA 2ZNSA 1FTKA 2QS1A 3T66A 3ODBA 3M3LA 1USYE 2QMWA 1ATGA 1R9QA 2UVJA 1T0KA 1MY3A 1SD3A 3H4ZA 3IJXB 2PBWA 2V93A 3GBBA 1SBPA 4U4XA 4H5FA 2B3FA 5AA1A 4MLVA 3P7IA 3IOWA 3K6UA 1GGGA 3Q29A 4OEVA 2UVHA 5M2VA 2PT2A 3LR1A 5I57B 2PVUA 4H6DA 3RGYA 4RYAA 4ZE8A 1JETA 4R74A 2I0CA 3KOSA 1US5A 2I6EA 5F1QA 4F39A 4G77A 3MVZA 4H0WA 3VVDA 5H8NA 2G93A 1B3HA 5ELVA 4RJZA 4JWOA 2ALUA 4LP2B 1I6AA 1MY4A 2XXRA 3G3GA 4YAHX 4YMAA 3CR9A 4F3GA 3FJGA 2NXOA 4P0GA 4PE5B 4H65A 4XKPA 1IZ1A 4QSCA 1I69A 1NMUA 1HSEA 2O69A 4GQOA 3T9XB 2ZYKA 4E0WA 1MY2A 1WVJA 4NMYA 4GXSB 4R9GA 3IX1A 3FGSA 1AH5A 4G8MA 2OK2A 2DWHA 2O7UA 1LAGE 4OVJA 2QS2A 4ELOA 2OLBA 4RK9A 2DQVA 1MM7A 4NF8A 1LLSA 4NE4A 3TUSA 5DVJA 4TOZA 1B58A 4ZEIA 3EQ1A 4FJPA 4NWCA 1MY1A 2DVZA 4F3BA 4OHNA 4KYDA 1MS7A 2XHDA 4NF5B 4DCXA 3TTNA 3GBAA 1OQHA 4LATA 4YB6A 2VOZA 2PX1A 4Q5TA 4IO2A 1BKAA 2XXYA 2UXAA 1PDAA 4YZZA 2LAOA 1B3GA 2Q2CA 1XS5A 1SW1A 5CMBA 2ONSA 1IITA 4XIGQ 4IO4A 5AA4B 2F97A 2A5TB 3VLUA 1ZTYA 3EF7A 3QSLA 3QYTA 2Z8FA 1SI1A 4I1DA 1AL3A 1WODA 2P0SA 2QS3A 3CRBA 1AIVA 5I2NB 5TPAA 2O68A 4C1UA 3TODA 3I6VA 3M3KA 3IOVA 1EZOA 1FQBA 4M4GA 4OYVA 4E0XA 3KEIA 3C35A 3UIFA 3HSTA 1MXXA 3HHFA 1POTA 1Y1MA 4L17A 3VV5A 3G3HA 5AE4A 5BWJA 1QUJA 3L6HA 1TFAA 1MPDA 2OWSA 3C33A 3LUYA 4NTLA 2I49A 4NWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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