2DSUA

Binding of chitin-like polysaccharide to protective signalling factor: crystal structure of the complex formed between signalling protein from sheep (sps-40) with a tetrasaccharide at 2.2 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate binding properties and carbohydrate induced conformational switch in sheep secretory glycoprotein (SPS-40): crystal structures of four complexes of SPS-40 with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dsuA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dsuA01
4JFTA 3TONA 1KFWA 5TD4A 2J7GA 3RCNA 4JCMA 2O9PA 5AC5A 1PJ9A 4W7WA 2ZOXA 4CVWA 2CHNA 3VVGA 1RP9A 3W82A 1NWRA 3VD3A 4AZ7A 1UWQA 4QLLA 3E1F1 1NP2A 2PWFA 3TTOA 4J27A 6A3HA 1S46A 3AZRA 5A6KA 2W67A 3VIGA 1KGWA 4AEFA 1B3WA 1LF1A 3GH5A 3VIFA 3BGAA 3WL1A 4LGXA 2EPLX 3WH5A 1DWFM 3IJ7A 1E6PA 1H49A 1UQYA 2JALA 3ARUA 4ACZA 2VZVA 4Z2GA 2E8ZA 2PF0A 1EXPA 1HKKA 3CPUA 3W26A 1BYBA 2F8QA 1AQHA 2ZX6A 5A1AA 1DWIM 4R5EA 1WCGA 4ATLA 3G6LA 2E3ZA 1J0HA 1I75A 4LYRA 5F7UA 4BA0A 3ARVA 2V3GA 1ZJAA 1FP9A 4LYPA 5DF0A 1CXLA 4P8WA 1CGTA 5DT7A 2YBTA 4F8XA 4TOQA 1NP0A 2UY3A 2Z1KA 3CUHA 3FHAA 2VZUA 3SCVA 3GH4A 2QV4A 1NWUA 3AIWA 1KXVA 3G6MA 3OG2A 5FIPA 5A8OA 5BXTA 3DYOA 5JUVA 2X05A 2XUCA 1UHVA 4U3CA 1ITCA 1LWHA 1TG7A 2JIWA 2FHFA 1GOQA 1G1YA 5E6ZA 4XUYA 1BLIA 2WZEA 5GNXA 2DDXA 3ARTA 2D22A 1E4LA 2YJQA 3PHAA 5ECUA 1BG4A 1UH4A 4AIEA 1QI2A 1C8XA 1DWJM 1VJSA 1JYVA 4W7UA 2F2HA 4W84A 3GXMA 3CIVA 3BAYA 3PZVA 2C7FA 4W89A 1CXIA 3BCDA 3A47A 2DQXA 1MQPA 3MANA 2WBKA 2QMJA 4FLSA 3N1AA 4F66A 1UA3A 3WH7A 3CBWA 1UR4A 3SCRA 5HPCA 8A3HA 4PSRA 3APGA 5I0DA 4QCFA 2W4XA 1OIFA 7CGTA 5C70A 3VILA 4UQEA 2ZUSA 1R8LA 1X6NA 4C7GA 4M81A 4H8VA 2PC8A 2CBVA 2WWCA 5CGMA 1UKPA 3BSHA 1UR2A 2EO7A 4LQ1A 1IZKA 3U5YA 3KEHA 4U2YA 2E8YA 4A3YA 4DWSD 1PBGA 1E6RA 1WE5A 4HPHA 3OGSA 2XIIA 1UD8A 4GI6A 3TOPA 1W3JA 3AZTA 3VM7A 5ABEA 2YL6A 3K4AA 2WVSA 3NSXA 4PTXA 1ODZA 2XVLA 3S6TA 3EDFA 3W6LA 2XG9A 5HPOA 1WNOA 3PBGA 1VFOA 4U5KA 4BQ5A 1SYTA 4D72A 3DECA 2O92A 4CN1A 4P7RA 3CUIA 4WKFA 3VMNA 2RGLA 1W3LA 4HTYA 2G3NA 1H4PA 5A69A 1WZLA 2C8NA 5BRPA 4ZXLA 3PZQA 1JFXA 2WSPA 1NQ6A 4PMNA 4HMDA 4L4PA 2XJ7A 2O9RA 1E43A 1WDQA 3MMUA 2D3NA 2C0HA 3WEOA 1E9LA 5IXEA 3VX0A 4AD5A 3WNOA 2YA2A 1IZJA 4GI8A 3CZEA 2YOCA 1UQZA 2BFGA 4S3JA 1XCXA 5A8MA 2ZXQA 4EAMA 4QFUA 1NOFA 3CZJA 2V3DA 2Y2WA 7TAAA 1H2JA 4GZJA 5AYBA 4OJYA 1HJVA 4CU8A 1PZ2A 4F79A 2E9MA 2PWDA 4W87A 5HDRA 1I1XA 5BRQA 3IAQA 1K9DA 3T2PA 4HOXA 1BHGA 2E9LA 3VGDA 3WDPP 4B9ZA 1CGUA 4WKAA 1UR1A 2X2YA 5CPTA 1EA9C 4PMRA 1JZ2A 2WVTA 1V6UA 1JNDA 3WH9A 1QNPA 1XC6A 1KGUA 1HP5A 2CESA 1F4HA 3GBEA 1NARA 5CG0A 2ZICA 3EMCA 3DYMA 4TX6A 4OUEA 2VX6A 2OYLA 1PX4A 1CYGA 4CN6A 1M03A 3NDYA 2G41A 3BLPX 2HISA 2WYSA 2PWGA 4HMCA 2YA1A 1R86A 2J7HA 2FDMA 1OD0A 4OOZA 1W9UA 1ZBWA 1W1PA 1JZ6A 2D3LA 2YL5A 3HU7A 4Z2KA 2YLLA 3WQWA 5FCZA 3T09A 2ZWZA 1U30A 2VT0A 4ML4A 4PUEA 3RJXA 3ZMRA 4CVUA 1O7AA 5DEZA 5IDIA 1GNXA 3PTQA 1DWHM 5ABFB 1PIFA 1BYDA 4MB4A 2G3MA 2AAAA 2IXVA 4YHEA 4AIOA 3AMGA 8CGTA 1JI2A 1NWTA 1KBKA 3W24A 1R87A 3SCSA 1GVIA 3RIKA 1VFUA 3OBAA 1TZ7A 4GO8A 3BCFA 3RM9A 1VB9A 2G3JA 1M53A 3LMYA 1OIMA 2CIPA 4MNLA 4AZGA 1VFMA 3MUY1 1VEMA 5A6BA 4Y7EA 3POHA 3AQUA 1CXFA 2WLZA 1BSIA 3L4YA 3VTRA 2DH3A 4W88A 4CUCA 4J3TA 1UR0A 1V0NA 1XSKA 5E9AA 4D6IA 3WMCA 3UETA 3W29A 4CU7A 3W4RA 3AJ7A 3A4WA 3QOKA 2ZXAA 2NT0A 2JEPA 4AD3A 2WKGA 4NRSA 1C7SA 1E4NA 3MU7A 3QHMA 1J0IA 4NSBA 3OZPA 4HOZA 1W9VA 1UD6A 1X6LA 2PBOA 3BSGA 4D1IA 4IISA 1JYNA 1UH3A 4WSKA 3WKZA 2EJ1A 4N42A 3SCNA 4Z2IA 4WK9A 3CUFA 1BTCA 4WJXA 2WHMA 3GYCA 4F9DA 1KCKA 2WMIB 3PZTA 1YHTA 3MV11 2WCAA 1E4MM 1KXQA 2WW5A 3OLEA 3CO4A 1G9HA 3EMZA 5ABGA 1MWOA 1E73M 5D8WA 3BXWA 1HT6A 1E4IA 1C3FA 3L2MA 1WP6A 3CHEA 2WMHA 1GHRA 3ZSSA 4H04A 3WMBA 2G3IA 4JIEA 3U7VA 4WF7A 3CHFA 3AISA 1W3HA 5JIPA 1BVNP 3AIUA 1UD3A 3AZSA 1OB0A 3SURA 2D24A 1QI3A 4M80A 4FK9A 1WKYA 3GXFA 3WH6A 1SFSA 3ARWA 3WF3A 5AYIA 2NW0A 3MS8A 1XH2A 2VO5A 2OSXA 1HJWA 1MFVA 1TVPA 2FH6A 1PPIA 1KCLA 3KL0A 3WL0A 4A4AA 3RILA 4NI3A 3AIQA 1YQ2A 3W27A 1GORA 2CBJA 1J9YA 3WQVA 4AZIA 3OLDA 2A3CA 1MW0A 1OGSA 4PMOA 3THDA 4XB3A 2CKSA 3WN6A 5A6BD 2VMFA 4M24A 1JYWA 5E0CA 4Z2JA 4UFKA 1QOXA 1WB0A 4P8VA 1V3JA 4UFHA 2YL8A 3U5UA 1E1FA 1W32A 4C7DA 4ZE4A 1M7XA 2J7DA 1HNYA 3VX1A 1XYFA 3GTNA 2F61A 4DUVA 4PMYA 2DIJA 5M5DA 3VKKA 1HKIA 2VOTA 3ZJ6A 3LPFA 1E6XM 2Y24A 3PZUA 4PN2A 2GK1A 2ZXDA 2WM0A 1JXJA 3A4AA 5GNYA 4BZYA 1H41A 5E6YA 4MAVA 4YHGA 2CXGA 1V03A 1W2PA 1GPFA 1CECA 3W37A 3L4WA 5I77A 1LG1A 2XHYA 4OIFA 2XIBA 4CGTA 1J0JA 3VINA 4HZ8A 3W28A 4WKHA 1NH6A 1L8NA 4AC1X 2WWDA 4Q7NA 2E9BA 3K8LA 2WC4A 1KB3A 4X0VA 3NYDA 1TE1A 1XH1A 1AQMA 1MXDA 2WVVB 2CCRA 2BY3A 1TMQA 2G4FA 1JYXA 3IK2A 1PX3A 3POCA 3OGVA 3UG4A 1B3YA 1V02A 3AFBA 3UEQA 1A3HA 1K9TA 1Q6DA 3VGEA 3EDKA 1US2A 3O2LA 1JL8A 3CZLA 3ZO9A 2X0YA 4P7LA 1HXJA 4DWSA 4D6HA 2CBIA 1EO7A 4AYSA 4TX8A 5A6LA 2GJXA 3AHXA 4FMVA 2J79A 3B9AA 1EOMA 1SMAA 3VIMA 2W92A 3MMWA 1CLXA 1G94A 2CITA 2VQTA 3JUGA 4UOZA 3VGGA 3M6DA 2WC3A 3AMCA 2XVPA 4GZEA 4DM1A 1JG9A 3T2OA 5DMYA 4BF7A 3PZ9A 3I3EA 1NOWA 3N12A 1H1NA 2WMJA 2EPNA 2UY4A 1ZBKA 3AIRA 3KL3A 4FLOA 3ZQ9A 3ZT5A 1X1NA 2BS9A 2E40A 1JZ8A 4D1JA 3WQ6A 3M07A 5EBAA 3WDRA 3T0AA 3VMPA 5CJ5A 1FFRA 1BQCA 1SR0A 4M56A 1H3GA 3PZMA 4BS0A 5BXPA 1ZBVA 3S2CA 2GDUA 1JZ3A 3ARRA 4S3KA 2ZX9A 2W63A 2WMKA 3WQ8A 1HVQA 1GQKA 3QGVA 2EPOA 1DP0A 1GW1A 3MSGA 3K1DA 1QHPA 3VD7A 4B3LA 4PSPA 3MV01 1GQLA 1UWSA 1D3CA 4MDPA 3PZOA 3AHYA 2VX7A 2EEXA 2WK2A 2OSYA 4QCEA 2BV9A 1AVAA 2QMKA 1J0KA 1CXKA 2W66A 1VEOA 5CPSA 3L4XA 3THCA 3BC9A 4WIWA 1JD9A 4V2XA 3WD0A 3N13A 1DWGM 6TAAA 1BFNA 4D6CA 1MQRA 1XV8A 3NJ3A 1UWIA 4AZBA 4D6DA 3D5HA 3PN8A 1OT1A 3CH9A 1TCMA 1E70M 4UQBA 3UERA 4TXEA 3N04A 3K4DA 4XV0A 3W0KA 3RM8A 3T0BA 5BXSA 4H41A 3GXDA 3CMJA 5D9MA 1OCQA 3AXHA 1QW9A 2J47A 1FOBA 4PTVA 1NM9A 4N0RA 3OLGA 1TUXA 1UD5A 1QW8A 3ZOAA 4PMZA 2OWCA 4PEEA 3CHDA 2J7BA 3VO0A 1HJQA 4UZSA 4AZCA 3HMCA 2WXDM 4CCEA 2J8FA 5JIWA 5CSUA 4W8AA 1JIBA 4DM2A 4CD8A 4U3AA 3GBDA 4AD4A 1HJUA 1QI5A 4JAWA 3MUIA 4RE2A 1EIBA 1WDSA 2JF6A 1KXHA 1F4AA 5IHRA 1TA3A 1VEPA 1ECEA 2AOSA 4DUXA 4URIA 1Z32X 3W25A 1V6VA 1EDQA 3AROA 1BF2A 2XM1A 1JD7A 4DUWA 2YA0A 3A6OA 1D7FA 4AW7A 5EFFA 4CD6A 1JGIA 3DHUA 2QPUA 5JBFA 1DEDA 4KMQA 1EQPA 1GOIA 2VVSA 1H0GA 2ZX8A 5BYWA 3CGTA 3GNPA 2GSJA 2DGAA 1C7TA 1QNQA 1C8QA 2XSAA 1UKOA 3N18A 2VX4A 2WPGA 3TTYA 1V0LA 3WY1A 2VCBA 3B8SA 2JEQA 1IV8A 2PWHA 3M7SA 4J7RA 1ZBCA 1R7AA 3SUVA 4PTMA 1R7OA 2DSKA 3L4UA 4ZFMA 1GUVA 5A8QA 3PZNA 4UR9A 5D8ZA 2DEPA 3KL5A 1RPKA 3QOMA 3GZAA 2QF8A 2WHJA 3K8MA 3II1A 1J10A 1CXEA 2ZUVA 3CMGA 3D3AA 4GZIA 5I23A 4AXNA 3VNYA 1U33A 2BY2A 1EQCA 2XWDA 2MANA 5EB8A 4ZE5A 4FF5A 2GJPA 3F5KA 2XGIA 1GHSA 2ZIDA 1V02E 2BXZA 3RMEA 4FLRA 1BYAA 2XM2A 4LXFA 5CPQA 1UD2A 3VDAA 3ECQA 4TVDA 2VURA 3WQ4A 1C92A 1WO2A 3NIYA 1DTUA 4PMQA 4U31A 1O6IA 2BY1A 3BAKA 3ZT6A 1E3ZA 2ZE0A 3WNNA 4UFJA 2VCCA 3AS2A 3U57A 5I5RA 3SCWA 3MMDA 4V27A 1LL6A 1E71M 4UQAA 3WMSA 1K6AA 5D4YA 4PYSA 1HF6A 4H2CA 1UKQA 1GOOA 1H09A 3N11A 1QNSA 4KGJA 2Y4SA 1EDGA 2J78A 5KEZA 2CNCA 2WNWA 3IANA 4OBSA 4P7NA 4W86A 2ZUTA 4KWUA 1EDTA 2DT3A 4AD1A 2XGBA 1DWAM 1XYZA 1PEZA 1JNEA 4J3XA 3WH8A 1V3HA 1LQ0A 3AXXA 1A47A 1VF8A 4IPNB 3WF1A 2B31A 1BAGA 2PB1A 4GKLA 5I24A 1CDGA 1FHLA 4Z2HA 4GINA 1HKJA 5AY7A 2WB5A 2XFYA 2XFRA 5A2AA 4OKDA 2A3HA 4H7VA 3BAIA 5C71A 1W1VA 1OGGA 4AZHA 3SCTA 1E5JA 4JHZA 1EHAA 4C7FA 4AWEA 2BVTA 5JH8A 4IUGA 2CERA 3TTQA 2ZUNA 2O9OA 4UFLA 2A3BA 2WHKA 3W53A 3WNMA 3FXYA 3BAWA 1WDRA 5E70A 1XRVA 4UQDA 1E6QM 1JDAA 2DSWA 1JI1A 4W8BA 1UR8A 3UG3A 7A3HA 1MW1A 3BMWA 2YBUA 1V6WA 3SEPA 1KWGA 1ISZA 5DFAA 1BVZA 3O6AA 1L0PA 2D0FA 2XSBA 4UQCA 2BNJA 3ARQA 2QPSA 4ACZB 1ZU8A 1J0YA 3QR3A 3AS1A 3WUGA 3HJEA 3VIOA 1B3ZA 1KBBA 1QHZA 1WAWA 3RJYA 3EDEA 3VGHA 1CIUA 4A3HA 4MNJA 5CQ1A 4HA1A 3WEZA 2JIEA 1LJYA 4QLKA 4MNMA 4W7VA 2J62A 2YL9A 4K68A 4W93A 4WLCA 3WF4A 1E6NA 1EOKA 1MFUA 1QPKA 4PCSA 4UOQA 4AZ5A 1ESWA 2BVDA 3W38A 4MB5A 3WEMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NF7 A;  2YDQ A;  2C16 A;  3E0L A;  4HN4 A;  3LHW A;  3TIM A;  1OM0 A;  4IGH A;  3VPL A;  4PCF A;  2V81 A;  4HCH A;  4JIP A;  2WAN A;  2GFT A;  3W7P A;  4S3A A;  5IBX A;  3P60 A;  3NRK A;  2Y89 A;  3QVQ A;  3I3B A;  2BXY A;  2WQP A;  4R9X A;  4K7V A;  1F74 A;  3VIH A;  2HQA A;  1K7X A;  1QAS A;  4JQ2 A;  4D6E A;  1KR1 A;  4U5I A;  4N02 A;  5BW6 A;  4RNI A;  3OO2 A;  3UWE A;  3QW4 B;  1LBL A;  4UZU A;  3N73 A;  5CAH A;  1EUA A;  4HQV A;  2X0S A;  2QJN A;  3EYP A;  1FWB C;  4PFH A;  1GOK A;  1TJ2 A;  1OYC A;  1GQJ A;  4WEV X;  5CC6 A;  2PBC A;  3WO8 A;  1TYG A;  4M51 A;  4O0K A;  2J66 A;  4LUJ A;  1C29 A;  2OTD A;  3LI1 A;  1GTH A;  5FF3 A;  3QKE A;  4QS6 A;  3WK1 A;  2PEV A;  1MYR A;  4JNM A;  2Z7G A;  1EPX A;  1HVX A;  1KFC A;  3WD4 A;  4IMC A;  3SW6 A;  3W22 A;  3FND A;  4WUI A;  4H4I A;  2J7E A;  1TR9 A;  3W6Y A;  4QJ4 B;  5LNV A;  1VIW A;  3LGD A;  1IXN A;  1YDO A;  3LY0 A;  4H9T A;  2AMG A;  1F6Y A;  3BH4 A;  1PHW A;  1EIX A;  2DZU A;  2ZFA A;  1ADS A;  2X2G A;  2DIE A;  1P4C A;  4QGC A;  5FI8 A;  1OT2 A;  2VVN A;  3D47 A;  4K8H A;  1S2V A;  3AHZ A;  1VYP X;  4Y9O A;  1V4Y A;  4IPP A;  2CLP A;  2VFF A;  1A7X A;  3RDK A;  3TSB A;  1RK5 A;  3FCP A;  1WBJ A;  2F38 A;  4X9Y A;  5EMU A;  2RFG A;  1V3K A;  4ZB2 A;  4RL3 A;  2PDW A;  4J3V A;  1I0D A;  6PTD A;  4V1X A;  5BWF A;  4I6K A;  3KVM A;  4G9P A;  3EWD A;  1XHG A;  2Q3O A;  1XH0 A;  3EB4 A;  3V18 A;  1V6X A;  1VJZ A;  3BDK A;  1B30 A;  4AHP A;  1R85 A;  2FZN A;  2WKL A;  4RX0 A;  1GYN A;  2YIH A;  4IJR A;  5D9P A;  3GS6 A;  5HQL A;  1VBU A;  2I56 A;  1M9H A;  1LWI A;  4D6J A;  1KBI A;  1EP2 A;  2D9F A;  1F07 A;  1NWS A;  3EX4 A;  1V3M A;  3GWQ A;  1JNT A;  3IK8 A;  4K8E A;  1TZZ A;  4XQ6 A;  1XYM A;  4PCN A;  3QEZ A;  1GCY A;  3QPE A;  5A6S A;  4GI9 A;  1YXY A;  1JCM P;  2PTY A;  1X6U A;  4PBG A;  2ZBT A;  1QR7 A;  2VCA A;  1ZPT A;  2VWT A;  2Q71 A;  1J6Y A;  2ZUU A;  4IHC A;  1V08 A;  1PX8 A;  4I90 A;  1PHQ A;  1ZHA A;  5E0F A;  2SFP A;  3U2O A;  3R8R A;  4ZPV R;  5JBD A;  1FKX A;  3HGR A;  4B5U A;  3A64 A;  1Z48 A;  4S2C A;  1LCO A;  1UWU A;  3NPX A;  4GCX A;  1FWR A;  4EAN A;  3ITX A;  3M0V A;  3GDT A;  1FQ0 A;  1OVD A;  2YR1 A;  4HK7 A;  2X1I A;  2ZX7 A;  1T40 A;  5CBB A;  1W1Y A;  4HP5 A;  3RF9 A;  4BEQ A;  2C6Q A;  4CD4 A;  3VM5 A;  4NYY A;  2PDY A;  4JGD A;  3CZG A;  4E8C A;  3O5R A;  4UTH A;  2R9R A;  3C52 A;  3EB3 A;  3VD9 A;  1BF6 A;  3S1U A;  1Q45 A;  3GDB A;  3P8J A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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