2DSWA

Binding of chitin-like polysaccharides to protective signalling factor: crystal structure of the complex of signalling protein from sheep (sps-40) with a pentasaccharide at 2.8 a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Carbohydrate binding properties and carbohydrate induced conformational switch in sheep secretory glycoprotein (SPS-40): crystal structures of four complexes of SPS-40 with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dswA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dswA01
3CMGA 4PTMA 3IK2A 3WH5A 5JBEA 4MDOA 2WVVB 1ZS2A 4D6DA 4JL2A 3WQ5A 2J74A 3VGHA 1C7SA 5I6SA 4GKLA 3IANA 5HDRA 4MJ2A 1EOMA 5DO8A 1W1PA 3WD4A 4J3TA 3A3HA 4UOZA 1KGXA 2GDVA 3GDBA 5FCZA 4XX6A 8CGTA 1TG7A 1MWOA 3AIRA 5D8ZA 3PHAA 4XUYA 3VGFA 4AD1A 1KGWA 5FL0A 5A2BA 5A6LA 3W27A 1ISZA 1WAWA 2D1ZA 3WDHA 3ZOAA 3AS1A 5A3HA 3AHVA 2WW5A 7CGTA 2VRQA 5A1AA 3CUFA 4L4OA 3MMWA 3OGSA 1TR1A 3W29A 5GQBA 3SCOA 1HP4A 1JYVA 4AISA 4K68A 4OOUA 2VC9A 4TOQA 3VNZA 5CJ5A 2J47A 2ZUNA 2WMIB 3VGBA 3RJYA 1ZL1A 3G6MA 1QNPA 1EGZA 1Q6DA 2JFEX 3UG3A 5A6KA 1W1TA 3GTNA 4D6GA 3SUTA 5DT7A 4OBSA 5FL1A 3K1DA 5I5RA 1EIBA 3U5YA 2DT2A 4JFSA 4W7UA 2VI0A 4F66A 2WLYA 1CZ1A 3EBVA 1BGGA 4PBGA 4P8WA 2V38A 3RJXA 1PX4A 1JFHA 1VEPA 1JXJA 1VBRA 3ZIZA 1HT6A 2VL4A 2WCGA 1JD9A 2A3BA 1IZJA 3AMCA 2E9MA 5A6JA 3VD5A 5AC4A 3OLDA 3LPFA 1CLXA 2D0GA 2WVTA 1E72M 1X6NA 5D9MA 2AMGA 2YBUA 2EO7A 1GOIA 4GPNA 4E4PA 3N15A 4ACYA 1GJUA 4W86A 2J8GA 1M53A 1KCLA 3WQWA 1NP2A 3T0BA 3WF4A 4QLJA 3ALFA 2NT1A 4UCFA 3WQVA 4AZHA 1E4IA 2JF7A 4AEFA 3SCSA 4JFTA 1B9ZA 4BS0A 2ZE0A 3CZ8A 3BGAA 2FGZA 4M24A 1V0KA 1WZLA 1O7AA 1VJSA 1IZKA 3OLEA 3IJ9A 1US2A 4GI6A 6CGTA 4P7OA 5C70A 3QGVA 4WJXA 5AYBA 1WE5A 4CCCA 5AYIA 1V6UA 4KMQA 1QNSA 4XV0A 1G5AA 4PSPA 3EYPA 2DSZA 2E9BA 3UR7A 1FA2A 5ABEA 3LPPA 3WBAA 3I3EA 3VDBA 5A8MA 4D1IA 1UKSA 3OB8A 1MQRA 1UUQA 3DHPA 1V6XA 3AHZA 2EBNA 4UQAA 2XGBA 1E6PA 4W93A 3VOCA 3ZT5A 1XYFA 2CBIA 3RM4A 2ZWZA 1UR9A 1QNQA 4AWEA 3CUIA 1H1NA 2OYMA 3W6LA 3TTSA 4QFUA 2XGIA 1VB9A 4AXNA 4KRUA 1EO5A 2WMFA 2YDRA 3AXXA 3DC0A 3RCNA 1WDPA 4C7DA 1OM0A 2PWFA 2VQTA 3BLKA 1QI2A 4F8XA 5TD4A 1KQZA 2DT1A 1WP6A 4HMCA 4HA1A 4TVDA 5FOOA 3EDEA 1E3ZA 4U3AA 2UY2A 3BAXA 3PZOA 5GNXA 5HXMA 1ISWA 1Q6GA 1DEDA 3WF2A 4D6FA 4H8VA 5EB8A 4J3SA 2JALA 5JIPA 1CTNA 1W2VA 2A3CA 2WC4A 3AIUA 3L4ZA 1XSIA 2XUCA 3THCA 3VM5A 1UWTA 2WZIA 4UOQA 4AZIA 2CPUA 4PCTA 1ZJBA 5BWFA 3PZMA 3W28A 4LYRA 1HJXA 3PTKA 2X1IA 2WLZA 4QCEA 1TFVA 3SUWA 2VUYA 1BF2A 3GYCA 3D5HA 4AIUA 1MW3A 2WMGA 3BH4A 1CGXA 4OKDA 1E5JA 2W91A 3TTYA 2XYLA 5I23A 2OWCA 1XRVA 3AYSA 2YBTA 1GOMA 1L0PA 4ATLA 4AMCA 4JZ5A 2ZXBA 1E6SM 1RPKA 2BFGA 1M03A 3AS0A 2Y8KA 1W9DM 3WMSA 4HZ8A 2VX6A 4FF5A 2W63A 1AVAA 1W3HA 3U7VA 3AS2A 3QOMA 1XYZA 1XH2A 3WN6A 1KXHA 1DWAM 3VVGA 5A6BD 4MNJA 4J3VA 1UD3A 1W9VA 3FXYA 3WL0A 1DHKA 1B3YA 1WDRA 3AMDA 4WKAA 1BYDA 2XFYA 4W8LA 4LYQA 1JZ7A 1PZ2A 2DSUA 1OGBA 5M03A 3NDZA 5A6AA 4UZSA 2G8ZA 2GJRA 3WEZA 5BCAA 3FY1A 1GCYA 1TUXA 1W3LA 4PMOA 1UHVA 5I24A 5HOSA 2WANA 2XIIA 3MANA 5GNYA 1H49A 4U31A 3NJ3A 1QBAA 3KL3A 1HF6A 5A6SA 1V6YA 1AQMA 1XCXA 1EHNA 1PBGA 3S2CA 2VJXA 3OZOA 2IXVA 4TX6A 2CYGA 2DIJA 4UQDA 3AIQA 4LQ1A 1HN1A 1CWYA 5KZ6A 4ZEPA 4OBRA 3MUAA 1UR8A 2XSBA 4CN1A 3BMWA 4BQ3A 3GNOA 3VILA 4HOXA 4UFHA 3AI0A 2V3DA 2XVNA 3T2QA 4TVCA 2BHZA 2ZX7A 4B3LA 1ZU8A 3PTMA 5C8BB 1Q6FA 3WNNA 3WDQA 1SR0A 5HBFA 2JIWA 1K9DA 3D3AA 3ZQ9A 3ARUA 2WVUA 1B3XA 2DGAA 3UEQA 4UQCA 2PBOA 3BLPX 3DYOA 1L8NA 2YDQA 3ARQA 3AHXA 2V5DA 4X0NA 2VZUA 2O9PA 2HVMA 1VFUA 1QW9A 4ZENA 4GZEA 5I77A 2XIBA 1GQIA 1KXQA 1CPUA 4H04A 2VNCA 1BG9A 2OYLA 5A8QA 1WKYA 1H4PA 3I3DA 1CXLA 3RILA 5FD0A 4DWSA 3VIOA 1OB0A 2UWFA 1J01A 3B9DA 5CGTA 1GJWA 3A4XA 2DDXA 3PZIA 2WPGA 1ITXA 4P8XA 3VPLA 3OIHA 4AD4A 4NZCA 1A47A 3AXIA 1C7TA 3SURA 3NIYA 1V02A 1U33A 5AY7A 3THDA 5CXPA 2DT0A 5BXPA 1V0NA 4PUDA 1CGYA 3DECA 5CPQA 4CD6A 3WMCA 2A3EA 4P7LA 2VR5A 1CXEA 1J10A 1JAEA 3EDFA 3A47A 5E0CA 1V08A 4U33A 3VIMA 3W37A 1HX0A 1XCWA 3MU7A 1LF1A 3WDIA 4BA0A 3N17A 3S6TA 2XFRA 2YLLA 4AZGA 4CGTA 5IFTA 2UY5A 4W7WA 4D1JA 1V3MA 1H2JA 3L4YA 4HMEA 1JDAA 4EK7A 1WB0A 4V27A 3O2LA 4IPLA 3A4WA 3GZAA 4ZE4A 2ZUVA 1WZKA 5DEZA 1KR1A 3BAIA 1MYRA 3DYPA 1C8QA 4ZXLA 1GNXA 3WNPA 1ITCA 3AZRA 3TONA 3WUBA 3T08A 4RE4A 1V02E 3F4VA 1Y7VA 4ZE5A 2TAAA 1KB3A 1TE1A 4Z2HA 1NWRA 3NSNA 3VKKA 1TMQA 3AICA 3ARPA 3CHCA 1NOWA 3VD3A 1E5NA 3ZT7A 3WH8A 1JNEA 3WNOA 2ZX9A 2DPEA 4HPGA 1BVZA 1WCGA 4M56A 3GM8A 4MB4A 1BVNP 1NM9A 1FP9A 2E40A 2VVSA 4ML4A 3WH7A 2XM2A 4AZBA 2CCRA 1DP0A 4JFVA 1R86A 3L2MA 2WSPA 3PZNA 3ZR6A 1B0IA 3APGA 4IUGA 1LWJA 1E1EA 2CNCA 1EDGA 2WZEA 2XWEA 2QMJA 1BYAA 2C0HA 3J7HA 2CESA 4UFIA 4M29A 1A3HA 1XH0A 2IXUA 3E1F1 4TVUA 4QAWA 1NWUA 5IHRA 2W92A 2VRKA 3VMNA 2XVKA 1E6QM 3MMDA 4DWSC 1ODZA 2OSYA 1C92A 1UG6A 4UFKA 3VX0A 1E70M 3W38A 2YDSA 4D6JA 3L4VA 1QNRA 1N82A 5E9AA 3W81A 1HIZA 1BPLB 2VCAA 3L4TA 1I75A 4QCFA 2D2OA 3W26A 4PSRA 3GBDA 1US3A 3VGDA 3K8MA 3FHQA 3K46A 2VT0A 4AC1X 4GZIA 4S3KA 3K4DA 5A2AA 1YQ2A 2G4FA 1GQLA 4JHZA 4UR9A 2YL8A 4JIEA 2X0HA 1UH4A 4CUCA 4WLCA 4S3JA 4V28A 2FGLA 2WHKA 1E0WA 3CMJA 3A6OA 1UKQA 1HKMA 4Z2GA 4J3UA 1CXKA 4PTVA 2GFTA 1JIBA 4JCMA 1CYGA 2W4XA 2CITA 3CIVA 2OYKA 2FH8A 4PMYA 1CGUA 3VDAA 1WZAA 1GZJA 2YIHA 1PJ9A 5CZKA 2WCSA 2XSAA 3N18A 3VIJA 4JKLA 1QI4A 4HOZA 3GH7A 2VZOA 3ZMRA 1MW2A 4U5KA 4HA3A 2E8YA 4NF7A 3BCDA 2ZX6A 4PCSA 3MV11 3I3BA 3DYMA 4Y7EA 1SMAA 9CGTA 2XWDA 1VRXA 3ZO9A 1XC6A 4JCLA 5ECUA 1JZ2A 2D23A 2NSXA 3ARWA 3WF1A 3TTQA 3BAJA 5EMYA 1C91A 1MXDA 1F4AA 1KBKA 4P7QA 1R87A 1B3ZA 3OG2A 1BYCA 2PBGA 2WK2A 1M7XA 3BC9A 3CHDA 1UR1A 1R7AA 5HPOA 1EOKA 1BLIA 1IV8A 4W88A 2VX5A 1HKKA 3VX1A 1TCMA 2Y5EA 2YA0A 5A6MA 4DWSB 4D72A 4BCEA 4D6HA 3CLWA 5CLWA 1EA9C 1EDQA 1QHZA 3RDKA 1W91A 2XFFA 2W61A 4ACZA 3NCOA 1BYBA 4DUWA 3AXHA 2A3HA 1DTUA 3K8KA 1MFVA 2XHYA 1QBBA 3CZKA 1OBAA 4Z2JA 3SUUA 2DSWA 4MB5A 1OWQA 3MO4A 3ZSSA 4WF7A 3W0KA 2X05A 5FKYA 1UWUA 2VVNA 4PMNA 2J7BA 5GNZA 1HVXA 1JFXA 3PZ9A 2DSKA 2FHFA 3VD7A 4QP0A 3OZPA 1EQPA 1WNOA 1W1VA 1B1YA 4U5IA 2XTKA 4YPJA 4HZ6A 4PTWA 2ZWYA 3WIJA 2D3NA 5IXEA 3AYRA 3WMBA 2Z1KA 1H3GA 1ISYA 4EKJA 4C7GA 5ABFB 1BG4A 1D2KA 3NUKA 3VIIA 1UQZA 5D9PA 4KRTA 5E70A 4UFMA 1XSJA 1OT2A 2J7GA 4AZ5A 1KGUA 2VZTA 2A3AA 2UY3A 4WKHA 1GW1A 1FP8A 1UWRA 2D0FA 4RL3A 4EE9A 3ARVA 3UETA 1K9EA 4B16A 1BHGA 2QMKA 2W62A 4CCDA 4J3XA 3PZTA 3VIFA 4MDPA 4JFWA 3PTQA 2IUZA 1ZB5A 2PC8A 4UZUA 4Z2LA 4MAZA 3UESA 4DUVA 1CGWA 1LL4A 2V3GA 1GVIA 1QI5A 4E8CA 4TXEA 4UNIA 1B2YA 3CBWA 1KBBA 1UKPA 2ZUUA 4PUEA 2VTFA 4CD7A 1E15A 1JF5A 2WSKA 5C71A 4AZ6A 1JAKA 4LGXA 5E09A 3BCFA 1GOWA 3PBGA 1V0LA 2PF0A 2GDUA 1EO7A 1PZ3A 4MB3A 3OA5A 2BY1A 1G94A 3BMVA 4D6IA 4OUEA 1CXHA 3AOFA 3WDJA 3G6LA 3WNLA 2BVYA 4AD0A 3SIMA 4FLQA 1CDGA 2VCBA 2YL5A 1ZBKA 1BFNA 4CN6A 3M07A 2CBUA 2EQDA 2XVGA 4KGJA 2Y8VA 3NDYA 2ZIDA 1CIUA 3GXFA 4N0RA 4HZ7A 2YLAA 3GXMA 5BYWA 2GUYA 4PMRA 1JF6A 2GSJA 1JYXA 1JNDA 1E4NA 1EQCA 1NOUA 3VDCA 4PRWA 2EXOA 5I0DA 3WY1A 4MAVA 1E4LA 2G3IA 1D7FA 3AMKA 3OLGA 1HP5A 2J25A 2VQUA 1OGGA 4MB1A 1VIWA 1R7OA 3VGGA 5M3WA 1EHAA 2BHUA 3AMGA 2CIPA 1E6NA 4CU8A 4D6EA 1FHLA 1TA3A 3MKKA 4RE2A 5CLTA 1GOKA 3AHTA 4GO9A 5ABGA 2O9TA 1E71M 2WYSA 1ZBCA 4LX4A 3VGEA 4MADA 3DHUA 4DUXA 5D9OA 1B31A 4PMZA 2XVPA 3CHEA 1G01A 3NYDA 4LPCA 2JEPA 3RMEA 2J7HA 1KCKA 3QHOA 2WBGA 3GXIA 4AD5A 5BRPA 1UZ1A 1P6WA 1KWKA 3T2OA 1W32A 3VDHA 1UD2A 3AISA 2WWCA 2WBKA 2F2HA 5CPSA 5A95A 2NT0A 1K9TA 1JZ4A 5KEZA 3FAWA 1XH1A 1Q6EA 4MTVA 1LL6A 5IDIA 3ARTA 5E6ZA 2YKKA 3WQ6A 5ABHA 2QLYA 2YL6A 4PEEA 1UA3A 3WDRA 3O6AA 3W53A 4OIFA 1GHSA 3ARXA 1B3VA 1UKTA 1EXPA 4CD4A 4E8DA 2VURA 4CD8A 2HISA 2V3FA 1YHTA 4H8HA 5A8PA 3KEHA 3IAPA 1XV8A 2YA1A 4AD2A 2GJPA 1J0IA 1QHPA 1UA7A 3VO0A 4MNLA 1FFRA 1E0VA 1HNYA 2VZSA 4IISA 5EBAA 1W9BM 4M81A 1MVYA 3RM8A 4JHOA 1GONA 1V3JA 3MUZ1 1C3FA 1WDQA 1GOQA 5BROA 2JEQA 1V3HA 4A3HA 3RIKA 2XG9A 2GVYA 3LPGA 4YHGA 3ZJ6A 4JL1A 3B9AA 5EFDA 5CG0A 3CZJA 5AC5A 1AQ0A 4L4PA 4ACZB 1JI1A 2EPLX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5BXT A;  2YL9 A;  3ARO A;  2PTZ A;  2C18 A;  3L4W A;  3M0H A;  3QV8 A;  3Q65 A;  4GH3 A;  3SCW A;  3WD2 A;  3V1H A;  1VFL A;  2PRH A;  1TWS A;  2OSW A;  3RPM A;  1IEV A;  4PUW A;  3SUV A;  2CBV A;  1L6Y A;  1CGV A;  3F5J A;  4CQB A;  3P0W A;  5XIM A;  4L9Z A;  1ISX A;  3SAZ A;  2WNN A;  1OEP A;  1E4M M;  3EDJ A;  4XZB A;  1K4G A;  3KHD A;  3KAC A;  3EAU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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