The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
PLPQAQTPVSLNEASLEELMALPGIGPVLARRIVEGRPYARVEDLLKVKGIGPATLERLRPYLRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of competence protein ComEA-related protein from Thermus thermophilus HB8
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
Competence protein ComEA-related protein
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| total genus |
18
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00633 | HHH | Helix-hairpin-helix motif |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B66 U; 5TIS U; 5H2F U; 5KAF U; 4PJ0 U; 4IL6 U; 5GTH U; 3WU2 U; 5KAI U; 3A0B U; 5GTI U; 4UB8 U; 5B5E U; 3KZI U; 2AXT U; 2DUY A; 4UB6 U; 5E79 U; 1S5L U; 3A0H U; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PHP A; 4P0Q A; 5AI9 A; 1ZQK A; 9ICI A; 2KSO A; 2UVR A; 2MA1 A; 5ALT A; 2BQ3 A; 2JZB B; 2R8J A; 5J2F A; 2E3T A; 5DBC A; 1KLN A; 5KG2 A; 4HYK A; 3ISC A; 4CF3 A; 4RQ3 A; 7ICH A; 1SWV A; 2KN7 A; 3PVX A; 3C28 A; 4I2I A; 4O5E A; 3PX0 A; 5EOZ A; 2RRD A; 2KK0 A; 5KG6 A; 3PSI A; 4DSL A; 1A76 A; 4EEL A; 5ALW A; 4XA5 A; 4B9N A; 1Z00 A; 2YMQ A; 2XGQ A; 3TAP A; 5DKW A; 1KL9 A; 3T5H A; 2EAP A; 4RNN A; 2ZTE A; 8ICS A; 2KIW A; 3RJE A; 1HUZ A; 5ALD A; 5H2F U; 3V7K A; 2YQE A; 1ZQG A; 1XWL A; 2PMZ C; 2BCQ A; 4KLU A; 2ZUC A; 2C28 A; 2KJ5 A; 4GIB A; 8ICC A; 5B66 U; 1Z1B A; 5ALX A; 3PX6 A; 2P35 A; 1T3N A; 2AJQ A; 2IA6 A; 4LJX A; 5J2G A; 1NJZ A; 3OHB A; 1RYR A; 2M0N A; 2ASJ A; 2H5X A; 5BOL A; 3IV6 A; 1BPD A; 5KFL A; 4XQ8 A; 4EZ9 A; 4FZN A; 3WK6 A; 4C80 A; 5L9X A; 1GO3 F; 7ICM A; 8ICU A; 4FBT A; 2DQN B; 4RQ7 A; 3E2E A; 3WU2 U; 1N61 A; 3GU3 A; 3QZ7 A; 1ZQW A; 4F4W A; 4Y2U A; 7ICQ A; 2F3N A; 4OJ5 A; 3GIL A; 1DGS A; 4QZB A; 4JK1 A; 3HWT A; 4FZL A; 1IM4 A; 1CUK A; 1NK8 A; 2WTF A; 2BCV A; 2C22 A; 3MR5 A; 4DS4 A; 1LB2 B; 4C8K A; 2LYA A; 2XI9 A; 3IDW A; 3H40 A; 4FBU A; 3B0Y A; 3AEV A; 2Y9T A; 3K75 D; 1L8O A; 3HPO A; 4J9R A; 4F92 B; 1S0O A; 3CRX A; 4RQ4 A; 2KFN A; 1HJP A; 4RPX A; 3KTQ A; 1A77 A; 3E0F A; 3V6H A; 5DDM A; 4NLK A; 4YVZ A; 2PFO A; 1JXE A; 1J2M A; 2DL0 A; 1P7D A; 2V4R A; 4DFP A; 4QZA A; 1QSY A; 3KHH A; 2ZUD A; 1ZD5 A; 3RRH A; 2LYB A; 4I2D A; 3QU4 A; 3QZ8 A; 2HHU A; 2AH5 A; 1X42 A; 4F2S A; 1HUO A; 8ICG A; 3QU5 A; 1V97 A; 2XY7 A; 1ZQS A; 1WCL A; 3CW2 C; 4JV1 A; 5AM1 A; 1ZQT A; 4J9M A; 5KFP A; 2ZIX A; 3NVW A; 5ALE A; 3GV8 B; 1XSL A; 3PW5 A; 1F0M A; 4UB2 A; 1S9F A; 4QZ8 A; 1PVQ A; 5DQI A; 4OJO A; 3RB4 A; 4J03 A; 3SEN A; 2JH1 A; 2FJ6 A; 2KOB A; 1MSW D; 2EZX A; 4FZM A; 4RQM A; 2OH2 A; 2ZXH A; 1KEJ A; 1L5U A; 1XU4 A; 1RG6 A; 3TAQ A; 4RQ6 A; 4DS5 A; 4Q8F A; 2HHV A; 2FLN A; 4RQ5 A; 3KBB A; 3EUB 2; 4DSF A; 3HW8 A; 5ALZ A; 3LWL A; 4ECQ A; 4ED7 A; 3QUT A; 2IOH A; 1S0N A; 4Y2Y A; 4J9Q A; 4RUA A; 4PHE A; 8ICP A; 2ZJ8 A; 5AM3 A; 1SB3 C; 1X6J A; 4JUZ A; 4PL1 A; 4IRC A; 3PSF A; 2M9N A; 5AM4 A; 5IIL A; 1D9F A; 2W55 A; 1ZJM A; 3UXP A; 4DFK A; 2R18 A; 2XID A; 5AM0 A; 2HOF A; 4TUQ A; 2MU2 A; 4QWA A; 2WAQ C; 3JPN A; 5KL8 B; 2FLL A; 2PFN A; 5TZV A; 4KLF A; 5CWR A; 3C29 A; 3TQ1 A; 2WB1 F; 3ALR A; 3RAX A; 9ICS A; 8ICB A; 3UM9 A; 4NLC A; 4BXO A; 2RQ5 A; 3TFS A; 2C2E A; 4UB8 U; 1NOM A; 4X5V A; 2HOI A; 3N4M B; 2VA2 A; 3RJH A; 2HHX A; 4C7Z A; 5F3X B; 3WK9 A; 3ZDE A; 1RPL A; 1T3Q A; 2LKY A; 2F1H A; 4I2J A; 1ZQR A; 3MGH A; 2VIX A; 3ED5 A; 3NAS A; 4O3Q A; 4JV0 A; 5DBB A; 2IHM A; 4KLG A; 2D8C A; 4OJL A; 2KSO B; 2HBL A; 4KLE A; 1ZQE A; 4MHV A; 4YD1 A; 3PO4 A; 5DB6 A; 3OTQ A; 4F2R A; 2YB4 A; 2JEG A; 3I1Y A; 4QZG A; 5DG8 A; 1ARO P; 1KDH A; 5KFB A; 3C2L A; 3SQI A; 1QLN A; 2CRX A; 2IBK A; 2HBK A; 5DQH A; 4YXM A; 3AU2 A; 3Q8S B; 1UCV A; 3LVV A; 1Z19 A; 3GII A; 3H4B A; 2P6R A; 1NK9 A; 3PR5 B; 3SAF A; 3C1Z A; 2N1R A; 1N2X A; 5KAI U; 4F4X A; 4TQR A; 2KIC A; 2E8P A; 1NK6 A; 4KIT B; 8ICW A; 7ICE A; 2KP7 A; 3EW9 A; 3MR2 A; 4DLG A; 1OUQ A; 1ZD3 A; 1TAU A; 2DUY A; 3WK7 A; 1S77 D; 4DL3 A; 2ZIX B; 5J2E A; 4DL4 A; 1Q3V A; 3JPT A; 4NM1 A; 1N56 A; 3BS5 B; 1WCN A; 4BWM A; 1NJW A; 1BVS A; 3MBY A; 2W03 A; 4UB6 U; 2FMP A; 5KFM A; 2LI6 A; 3QYP A; 3ICX A; 3LVW A; 1J97 A; 1DOQ A; 1RM6 C; 4P0P A; 4O3M A; 5ALL A; 1RXV A; 1NKB A; 4F5N A; 5KFR A; 2W9C A; 3SYZ A; 1A6S A; 1ZQI A; 1UT8 A; 5ALP A; 4US8 A; 3ZI4 A; 3IRU A; 2J6S A; 2ZIU A; 4FFD A; 3RRG A; 1ZQQ A; 4CF5 A; 3NVZ A; 2Y0S C; 1FIQ A; 4P0P B; 2QLT A; 2KKP A; 3MR6 A; 4KLL A; 4O3N A; 3BS5 A; 5JRT A; 5J0W A; 4RPY A; 1XO0 A; 2D6F C; 1U48 A; 4F50 A; 4KX5 A; 5J2I A; 1S0M A; 4BGD A; 5ALQ A; 3HT3 A; 5ALO A; 4EEY A; 1LVH A; 5KG7 A; 5EE1 A; 3PW2 A; 3F53 A; 2W8K A; 3JPP A; 5AI4 A; 1ZQX A; 4UAV A; 3O0F A; 4DLE A; 5IIO A; 4YP3 A; 4TUS A; 1TE2 A; 3HJE A; 5F9N A; 3SI8 A; 4MEX A; 1ECW A; 4C8M A; 5KAF U; 3G6Y A; 1MQ2 A; 2F1J A; 2KE7 A; 1S10 A; 2JRZ A; 3A0H U; 2J6T A; 2ZIW B; 4DSE A; 1ZYQ A; 1RXW A; 3M9N B; 2E1F A; 1SKW A; 2EAM A; 2ZIU B; 1KBU A; 2K8C B; 1JXL A; 8ICZ A; 1JN3 A; 2PI5 A; 5HML A; 4I2G A; 4QWB A; 5EE0 A; 4DL6 A; 1Z4O A; 1ZQ1 C; 1NJY A; 3QXG A; 2C2R A; 2J6U A; 3H0R B; 1ZQC A; 4UW9 A; 3C21 A; 5JTI A; 4QZE A; 2K8B B; 1KFD A; 4NLZ A; 1PUZ A; 3Q8L A; 3GV7 B; 4EX7 A; 5HP4 A; 3JPQ A; 2K4P A; 4AYB F; 2FPL A; 4Q45 A; 4KLI A; 1T8E A; 4I29 A; 2OHF A; 4PL2 A; 5D49 A; 1RQN A; 4EYH B; 4MFF A; 5T14 A; 5KFU A; 2KVC A; 1JX4 A; 3M1Y A; 2BCR A; 4Z6C A; 1ZQV A; 4Y2V A; 5ALJ A; 5IIJ A; 5JU5 A; 2UVV A; 3MFI A; 4YCX A; 4EX6 A; 5AI8 A; 2YY6 A; 3OHA A; 2MAX A; 2BR0 A; 1SXD A; 9ICB A; 2XCA A; 4NY8 A; 3V6J A; 4DQP A; 1DK2 A; 4I2B A; 5C0Y A; 3PZP A; 5KFS A; 4TQS A; 3SZ2 A; 4CDG A; 7ICL A; 2B0C A; 9ICH A; 1WWU A; 1BPX A; 2AHO B; 1BNP A; 4RPZ A; 3BS7 A; 8ICN A; 2EZY A; 4JWN A; 3IG5 A; 2RLT A; 1WUD A; 4DFJ A; 5KT5 A; 2K8A A; 3KZX A; 4OJP A; 4KLJ A; 1LV5 A; 1Z00 B; 5CHG A; 2HI0 A; 5J8Y C; 4G9B A; 1DRG A; 8ICO A; 4Y2J A; 3UQ0 A; 3SAG A; 2AGQ A; 1K1Q A; 3NVV A; 1OXJ A; 1BNO A; 1PK1 A; 2C2D A; 2W11 A; 3QU7 A; 1JIH A; 3WKA A; 3D2N A; 8ICE A; 1L8L A; 1TAM A; 1ZQL A; 3BZK A; 4DL7 A; 3NUQ A; 4BXO B; 4IR9 A; 3T5K A; 2WF7 A; 1UPH A; 4C8L A; 2DBY A; 7ICF A; 1L7M A; 5DG7 A; 3SR6 A; 2K4H A; 2BPF A; 4JWM A; 3GFK B; 2A1J B; 2AXT U; 3KD3 A; 2I6X A; 7ICU A; 3RH5 A; 1L7P A; 3C5G A; 2K4E A; 4ELU A; 1U9L A; 4P2H A; 3GDX A; 4DCC A; 1QSL A; 5J0X A; 5AKK A; 2HSZ A; 2KHV A; 9ICW A; 4B9V A; 4GXI A; 3UQ2 A; 1F44 A; 3KFU F; 4DQI A; 2F8K A; 1DK3 A; 3KKA C; 1TV9 A; 3Q8Q B; 4U6P A; 3PV8 A; 2WF9 A; 3MC1 A; 3BJY A; 2ZJA A; 5ALV A; 4O3O A; 2NYV A; 3M6K A; 3TAN A; 4KN4 A; 2ISO A; 1A0P A; 1X40 A; 2JEJ A; 3ZDA A; 8ICL A; 1NK7 A; 1K1S A; 4I2F A; 4I2H A; 2W9M A; 2ASL A; 2E1E A; 1WG8 A; 2R8K A; 1KW4 A; 4F4Y A; 1TAQ A; 4J9S A; 2QAR B; 2WHE A; 5ALF A; 3F2B A; 5AI5 A; 2YTU A; 2HVH A; 2GWS A; 1SKR A; 4QW9 A; 4Z6D A; 1Q3U A; 2CXY A; 5KG0 A; 2HHT A; 2W04 A; 3DV9 A; 4DF4 A; 2G06 A; 2ISP A; 2KD1 A; 1S97 A; 3MGI A; 4B9S A; 1SV0 C; 2P6U A; 5ALM A; 3HRD D; 2F1I A; 4WJ3 B; 2OXO A; 1N60 A; 3T5J A; 4RQN A; 5DGA A; 3LK9 A; 1JRO A; 2KVS A; 4M6W A; 3QE9 Y; 5KL1 B; 3M9O B; 4FO6 A; 2QB0 A; 3FDS A; 2W3S A; 2BKE A; 2NO5 A; 5J0R A; 2HOQ A; 4FS2 A; 1FFV A; 1IG6 A; 2DKZ A; 1DGJ A; 5KFH A; 3TAD C; 1IIP A; 4FS1 A; 3QEB Z; 4J9L A; 4QW8 A; 1LKY A; 4KLO A; 1V38 A; 4C4T A; 2NO4 A; 4P0Q B; 1KN5 A; 2G09 A; 1FEZ A; 3EPI A; 4DWI A; 3T5L A; 5CEH A; 3RB3 A; 4F72 A; 2CN1 A; 4MF2 A; 4ELV A; 2KJ8 A; 1UA0 A; 2OWO A; 5EWG A; 1COK A; 4R65 A; 3JPR A; 3CP8 A; 5G5G A; 3PSP A; 5KT4 A; 3WK5 A; 2L5Y A; 1L7O A; 4QIW C; 1PZN A; 2VJ5 A; 2G07 A; 2JMG A; 5J0Q A; 3G6V A; 4ZH4 A; 2GH1 A; 3AQF A; 4XUS A; 8ICH A; 1BPZ A; 5HMM A; 3AL0 B; 4RZR A; 4ECS A; 3PST A; 3N28 A; 2ZIV A; 1CRX A; 1UQV A; 3PR4 A; 2W9C B; 4LZD A; 1AQ6 A; 4EEN A; 1K5O A; 4AP9 A; 2EH9 A; 4ED6 A; 3BQ7 A; 2ZXI A; 4QWE A; 4OJ6 A; 1URJ A; 4PGY A; 5J2H A; 2HW3 A; 1SXE A; 4QZC A; 4B9L A; 3M7D A; 2GLE A; 3VCB A; 3NRW A; 4ACO A; 4TUR A; 4GXK A; 2HHS A; 1XS9 D; 2JEI A; 4I2C A; 1XC9 A; 2LBO A; 2V9W A; 2ZUB A; 1NI3 A; 5HR7 A; 1S5L U; 9ICX A; 4DFM A; 3FM9 A; 4QIW F; 3RJG A; 4EBD A; 5DLG A; 5IIK A; 1SGG A; 1F5S A; 2WAQ F; 1TFR A; 2YML A; 4UAS A; 1IXR A; 1N5W A; 5AIA A; 3F2D A; 3DDH A; 5ALU A; 1JI7 A; 3V7L A; 4CE6 A; 5DDY A; 2W3R A; 8ICY A; 1X2I A; 3HKZ C; 2KZ3 A; 4BX9 C; 4UB5 A; 2VA8 A; 2NRT A; 4F93 B; 5KTQ A; 1QQ5 A; 5AKX A; 1KFS A; 3QUQ A; 4F3O A; 3ZDC A; 1NZB A; 5DB9 A; 2WF8 A; 9ICU A; 2HBM A; 4QZH A; 1KQQ A; 1U4B A; 1SL0 A; 3C2M A; 4ED8 A; 1MN8 A; 1JRP A; 2KZM A; 1ZOL A; 5DB7 A; 3T3F A; 8ICA A; 4YR0 A; 1B22 A; 4NLB A; 5DB8 A; 8ICR A; 4DSK A; 2ODG A; 4QZ9 A; 5B5E U; 3TI0 A; 1MA7 A; 2ALZ A; 4GFJ A; 3B9J A; 4QZD A; 3QU9 A; 3SV3 A; 2JEF A; 4ED0 A; 3ISD A; 5DGB A; 4R66 A; 2IOF K; 4EBC A; 4IQU A; 3M8S A; 2BPG A; 3FAH A; 2W7O A; 2MRL A; 5DLF A; 4UB3 A; 3EZ5 A; 3UMG A; 8ICI A; 3RH4 A; 2FDR A; 3DEE A; 2H3V A; 5KG5 A; 5EWE A; 1YT3 A; 5J0T A; 3PY8 A; 4PGX A; 1JUD A; 3MR3 A; 3ORY A; 3JPS A; 4LZG A; 3PX4 A; 2E5S A; 3GQC A; 4J9N A; 1S8O A; 7ICS A; 2OM6 A; 2KJ9 A; 3CYM A; 2V4Q A; 5JUM A; 4C0Z A; 2EQY A; 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4QZI A; 4DQR A; 1ZQB A; 4O3S A; 2WF6 A; 4KN7 A; 5AHX A; 5AI6 A; 2FI1 A; 9ICE A; 3E58 A; 5K4L A; 1J2N A; 2YMM A; 9ICP A; 7ICN A; 3HX0 A; 3ETR A; 2JXJ A; 1OW5 A; 1C7Y A; 3QX7 A; 3R9K A; 2G0A A; 5AK3 A; 2ASD A; 4BJQ A; 2P66 A; 1Q46 A; 4F4K A; 3RB6 A; 2W8L A; 4NLN A; 1NKC A; 2LM4 A; 5AKY A; 3TAD A; 2DWQ A; 1XSP A; 2B6G A; 2XCP A; 4KLD A; 2EDU A; 5J2J A; 3H0M B; 3V72 A; 7ICT A; 4IR1 A; 4UB1 A; 4I2A A; 2ZIV B; 1KTQ A; 2G5H B; 4US9 A; 2YX8 A; 3UMB A; 5L1I A; 4Y2R A; 4YD2 A; 4DOA A; 4PJ0 U; 1T94 A; 3WK4 A; 4ZOH C; 3NGD A; 1TVA A; 3HKZ F; 5J0U A; 5ALI A; 2RDJ A; 9ICV A; 5AKL A; 5ALS A; 5EWF A; 4O9M A; 5J2D A; 3OGU A; 1ZET A; 2RHF A; 3NS1 A; 2H3Q A; 4QZF A; 4ECT A; 4LVS A; 4GXJ A; 1PK3 A; 5KFN A; 2XC9 A; 4USA A; 1IV8 A; 2FLP A; 2JV3 A; 9ICN A; 2KNJ A; 1FO4 A; 1N63 A; 2RDI A; 4ED2 A; 4UBC A; 8ICK A; 1ZXI A; 2EZZ A; 2LMR A; 1SKS A; 3Q8K A; 7ICG A; 5FP0 A; 2WF5 A; 2VJ4 A; 1ZQJ A; 5KFD A; 1ED1 A; 4IRK A; 7ICP A; 1MC8 A; 2KTQ A; 1Z1V A; 2ZG6 A; 3KHL A; 5KFE A; 3L4P A; 3KHG A; 3D2S A; 3F2C A; 3A0B U; 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