2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
2ANJA 4GXSB 4G68A 1M5FA 5CMCA 1PB7A 3K02A 5I2KA 4ZEFA 3KZGA 1QKBA 2OK2A 3PMWA 3S9MC 5ISUA 2AYSA 1B5JA 3MP8A 4HW8A 3W9WA 1IXHA 3U8QA 3IB2A 3EN3A 5H8NB 4ELQA 3PV0E 3G3HA 3TODA 4AB6A 1FTMA 4C1UA 2QS4A 4OEVA 4GOTA 2XXVA 1B7UA 2THIA 1GGGA 3ONMA 3H6WA 2ONKE 4OZ9A 2V3QA 3RNNA 4DXUA 3L6HA 5CI5A 3O2AA 5AA2B 3TUSA 4H5GA 1ZMGA 4RY1A 3RT8A 4DZ1A 4JWOA 1XS5A 1S7YA 2O84X 4G68C 4KR5A 4X1BA 4UA8A 4ELPA 2F7BA 1ATGA 3G3IA 1DMBA 1AMFA 2Q9TA 3KBRA 3PPNA 1OIBA 3OD7A 1AH5A 5K2XA 1R1NA 3S2VA 1UTBB 1LFHA 2Q88A 1R9QA 1LCTA 4OXVA 4RA1A 5ICQA 5IAIA 3TFLA 5CRYA 5I57A 2X7QA 4GRKA 4EF1A 3IX1A 1MQIA 5HPQA 2DVZA 1URDA 1B3GA 4ZEBA 1H3DA 1OVTA 1MQGA 1H76A 5AA4B 1LB8A 4YKKA 3FD3A 3GLBA 1LFGA 3CRBA 2H99A 3T93B 4GWOA 1PB8A 2H9BA 2XX9A 4IY6A 1H43A 1QW0A 2Q2AA 2O68A 1IZ1A 5KZTA 4YKIA 4Z7EA 3DP8A 1H45A 3K1NA 4Q30B 1L5TA 3IAZA 1B3HA 2RC7A 2B3BA 4R6YA 1XVXA 2REJA 3B6WA 5AA2D 4QFOA 4X1DA 2CMOA 2YLNA 3G3JA 1OQGA 1P1OA 1MXZA 2ZYOA 4E0WA 1SBPA 3VLWA 1Y1ZA 3G3KA 3B6TA 3BFUA 5JTYB 5EHMA 5KDTB 1UTHB 3TMGA 5H8NA 3TTRA 1HSEA 1SDXA 3IJXB 4OYVA 3EHUA 4POXA 1Y1MA 1JQFA 4R6HA 4FIMA 3SEVA 1B3FA 4FEDA 4R74A 3O6HA 5CM6A 1AIVA 2DE3A 3W15C 1GR2A 3KN7A 1MXWA 1MPCA 1HSLA 3V83A 4MLQA 3FV1A 3MJNA 3TKDA 4U4XA 4ZEDA 2G29A 3E9XA 3UGWA 2OCUA 3RUMA 3C34A 2B65A 4GL0A 1LFIA 3CFZA 3O6IA 2RKMA 5DVJA 4QSCA 3FGSA 5DVIA 3H6TA 3GXAA 4QFNA 3VFJA 1A7LA 3MC2A 1B40A 1UTBA 1LLSA 4XKNA 4U21A 4EQ9A 2Q8JA 4KPTA 4F2OA 5HM4B 3SERA 3Q27A 1M5DA 2ZNSA 3H03A 1B4ZA 1MPBA 3SEYA 5I2NB 3DM0A 2Z8EA 3MVXA 3T66A 4UACA 1SYIA 5AA4A 3HN0A 1SYHA 5JK4A 4Q5TA 1QJMA 4G8HA 2DWIA 1POTA 1MY4A 4TLMB 3B6QA 3IORA 3U1OA 5F7VA 4NF8A 1US5A 2E1SA 1Y3PA 1O64A 4KYDA 5KCJB 1BTJA 4NEDA 2ZYKA 1P1UA 3MWBA 4POWA 3V89B 4GXAA 4PQJA 1N3XA 3VXCA 3CFLA 1D3KA 3F11A 1BIYA 3QAXA 5I59B 4G8NA 1MS7A 2B3FA 2O51A 2D3IA 2I49A 5JTYA 3OEMA 1IIWA 5KDTA 3RQTA 1UTHA 1LSTA 1LGBC 5H8HB 2XX7A 1LAGE 2ONSA 2UVGA 3IOUA 2XD3A 2I6EA 3PPRA 3MPKA 1WVJA 4YKPA 4F29A 2VD3A 2F5XA 1DPEA 1RYXA 2O6AA 2F6GA 4THIA 3KGCA 3TELA 3MVYA 3K6XA 4OENA 5I58B 3PPPA 1MH4A 2GHBA 1VFEA 3VVFA 2I3VA 1PBQA 5L9SA 4ZECA 4I8CA 3Q26A 2R71A 4EDPA 4JSDA 1SQYA 1MQJA 3QSLA 2A5TB 2V25A 4YU0A 3W9VA 2DWJA 4ZEIA 4I1DA 1MY3A 1QVSA 1JVXA 4LONB 3I5OA 5LOMA 3TAJA 4ONYA 2RC8A 2ZXTA 1XHYA 1B52A 3FXRA 2I3WA 3QYTA 4LATA 1IQ7A 4F19A 2UYEA 5CC2A 4XXUA 5I2NA 3OSRA 2O1LA 5IKBA 2V3TA 1IXGA 3FXUA 2Y84A 4FAJA 2W7YA 3CVGA 4RK9A 3U92A 4RJZA 2PX1A 4MH5A 5H8FA 1Y3QA 1B9JA 2E0SA 2HQ0A 2V84A 2VOZA 3GBBA 3GZGA 3SESA 4QFLA 4YAHX 4FJPA 2OZZA 4E0XA 1H44A 4OERA 4I62A 2IEEA 5FTIA 4QFPA 1PBPA 1N84A 1YAEA 5KCJA 1FQCA 5FTHA 4PFTA 1DTGA 3LSLA 1OMPA 4RPNA 1OVBA 4AB5A 3KOSA 4F3BA 4DCXA 3M3FA 2XD2A 1LB9A 1B05A 2AL4A 1OLCA 5I59A 3MUQA 3ODBA 3H4ZA 3EHTA 4R2FA 5AA3A 1NH8A 1MXYA 2ONRA 4QSDA 2NUVA 1FQEA 3FIRA 4OETA 5CMMA 2YJPA 2ZNUA 1EZPA 1A8FA 2QJEA 5H8HA 1VSOA 4I9DA 2Q2CA 3RTFB 3PMXA 4IO2A 1URGA 4AQ4A 3IO6A 1N76A 3K6VA 2I4CA 5DYHA 5HBCA 2QL3A 2LAOA 3HO7A 2RINA 4FATA 2X7PA 4NF4A 2OJTA 2QS3A 5I58A 4IO7A 3VLUA 3TQLA 1OQHA 2AIXA 4KD5A 4ESXA 3H06B 4IO6A 3N26A 2A5TA 2OWTA 5CBSA 2H4IA 3O28A 2GHAA 2DWAA 4K3FA 1S9TA 3TTNA 2HEUA 1Y9UA 4ELOA 3HCQA 3BKIB 3T96B 1FTKA 1MM7A 1N7WA 4H67A 3RLFE 2Y7PA 4TLLB 3IOVA 1BP5A 3RT6B 3EHSA 2V3UA 2DVCA 3FVKA 4F1UA 3T9UA 4LQ2A 2FA7A 2HXWA 4MBPA 3M8UA 1TXFA 1UQWA 4XIGQ 3N6TA 4H8IA 4R2BA 4N6PA 3JZJA 1A99A 1NNPA 3S9NC 2FYIA 4N07A 1B46A 4O3BA 4XKPA 2ALUA 1B7ZA 2DQVA 3FZVA 3FUZA 3FXQA 1XVYA 4LP2B 4ZZAA 1SVXB 3CI8A 2F8DA 3SETA 4U2RA 1B5HA 3UIFA 3UA8A 3IB1A 1NH7A 3RPWA 4XKQA 3I3VA 4RXLA 5DT6A 1B0LA 4QSEA 2XXQA 1LAFE 2F36A 1MY0A 3U72A 5M2VA 4NWDA 3H7MA 3TCFA 2DYXA 2I0CA 4RNSA 1B51A 4YKJA 2HCAA 4QFKA 4JWXA 1CB6A 3TTKA 2O69A 3VV5A 4H1XA 1DPPA 4IB2A 4YICA 3G7WA 1IXIA 1Y3NA 3FJ7A 4OFLA 2I0BA 3IB0A 5L9MA 2FNCA 1Y4CA 4EF2A 1FCKA 4Q8RA 3V5AA 4ZDMA 5I56B 2HFBA 3HPIA 4WEPA 3QUFA 1YCJA 4WXJA 2Q89A 3FV2A 5TPAB 4LQ5A 4XTCQ 3SEWA 4DE8A 5AA2A 4LA9A 3SDFA 1M5CA 2Z23A 3VXBA 5ELVA 3OSQA 2R9JA 4GQOA 2CZLA 4KHZE 3TYHA 4C0RA 4KYEA 3TPAA 1IUDA 2NWJA 4DLDA 1TWYA 1QKAA 1BLFA 1LAXA 4ZEKA 4FORA 1DSNA 1EH3A 3KN8A 1P1NA 1A40A 4G2ZA 3M3LA 4OMBA 5DEXB 1VFDA 4NF5B 4OEUA 4NWCA 4TOZA 1YPNA 3MBPA 1N0TA 4F1YA 4YB6A 1GVCA 3G3FA 5FHNA 4NMYA 2F7CA 3RN8A 4ZS9A 3TTLA 3C32A 4P0IA 2Z8FA 4HCWA 2ESNA 3IR1A 2HZLA 4IY5A 4OFJA 2F78A 4BDQA 3Q29A 3MPLA 4FE8A 4ZE8A 3OOAA 3PU5A 4G77A 5L8DA 2XXHA 5K2YA 4BLAA 1B7HA 5B7DA 3K4UA 3FVOA 5EYFA 1FTOA 1R9LA 1ANFA 4ECFA 3T9HB 3PD9A 2XXRA 3KJ7A 3FVGA 4M4GA 3IK6B 4Q0CA 3RY3A 3IOWA 4KI0E 4P11A 4H6DA 4F18A 1P1WA 1NNTA 1O7TA 4NF6B 3KSJA 3OO9A 4OWDA 5CMBA 3UK4A 1FQBA 1FTJA 3JYRA 4JXIA 4G68B 5DVFA 5I2KB 5I56A 4GF8A 2PBWA 3H3GA 4MF3A 3QUJA 2F6PA 2QS1A 4GLIA 1MM6A 1B3LA 3LSWA 3C9HA 2RC9A 2QMWA 3HHGA 1ZKBA 5A5XB 5TPAA 3MW0A 3U93A 3HV1A 1QUIA 1SW5A 4KFQA 4C1TA 3MP1A 3CSGA 4U22A 4BDNA 3THIA 3CIJA 1JW1A 3CFXA 4F31B 3T9XB 5BWJA 4H65A 3OO8A 2DE4A 1ZLQA 3D4GA 3H6VA 3VDFA 3VLVA 4DDDA 1N3WA 1GTKA 4YB5A 3PGFA 4TQUQ 1IXCA 1ELJA 5DEXA 1NL5A 2GH9A 1F9BA 1PB9A 3IL1B 4R9FA 4MLVA 5EHSA 2Z8DA 4NF5A 2IA4A 3EQ1A 4OQOA 4G8MA 4PFUA 2R6GE 1MXVA 1USYE 2GFEA 4N13A 3VVDA 3ILUB 5CBRA 2HZKA 2F97A 3T9VA 2QMXA 1ZTYA 1FQAA 4R72A 3PUZE 3Q25A 1TT1A 4F3SA 4GIZA 1USYH 1P99A 5ITOA 3MZ1A 1MY2A 2P1SA 2PVUA 3OENA 1JNFA 4QHQA 1FQDA 2O7UA 4YZZA 1I6AA 5H8QB 3LSFB 3RGYA 4OVJA 4Z0IA 1PC3A 3D4CA 2QRYA 3KSXA 4FEBA 1QUJA 4ND9A 3OELA 1QULA 2Y7RA 3USDA 3PPOA 2REGA 2P0SA 4IO3A 4NF6A 4NE4A 1D9YA 3PUXE 3LBSA 3O29A 4DCYA 2XHDA 3R26A 2F7AA 4DIGA 3QXMA 4LVQA 4RK2A 4M1VA 4KCDA 5I84A 3TTMA 3C33A 4EXLA 4U1ZA 1JETA 4IO4A 1Y4TA 3T22A 2A5SA 2RF1A 1MH3A 5A5XA 1SW4A 4IGRA 2DWHA 4LUBA 3VE1B 4BDMA 4ISUA 4F3PA 1B5IA 4R73A 1LBCA 4JDFA 1MQHA 2X26A 3G3GA 3TCHA 4U23A 3IJOB 2I48A 4WEDA 3WAFA 4JSOA 4F22A 3MZBA 4ELRA 4DXCA 3MVWA 1B3EA 3ZS6A 1A54A 5AE4A 2ZYNA 3BBRA 1RKMA 4X9TA 5AA1A 1JEVA 4BDRA 1B6HA 4KYSA 2VHAA 3PD8A 4H0WA 2AL5A 1ZIUA 2PYYA 2XXWA 4GFRA 3HSTA 4ZE9A 5H8SA 1GV8A 2ZMBA 1ZBMA 4KQPA 4ESWA 3PUVE 2DXRA 1JW5A 2NVUB 4F3GA 2PT2A 4U1OA 1M5EA 2I58A 2VP1A 1JEUA 3L6GA 5FHOA 1VR5A 2DXYA 3N6UA 4HCYA 1FQFA 5TP9B 3UP9A 2M8CA 1YTVA 4JBZA 1FTLA 1VE4A 3N94A 3OMBA 5H8QA 3MP6A 5JEIA 3KN3A 2H5YA 1XOCA 4QF9A 4NF8B 1AL3A 1B32A 2H25A 1Q1KA 3LR1A 3FJGA 1CE2A 3DLNA 3N5LA 4HS7A 3DELB 3H6UA 4IO5A 4EXKA 1MXUA 3SEUA 4YB7A 1SW2A 3LC8A 4RPOA 1QUKA 4H8JA 4OFOA 2WKYA 4R6KA 3V8XB 3Q28A 5J1DA 3B7DA 1PDAA 2I4BA 3FASA 1WODA 1KWHA 1FW0A 1LAHE 1II5A 1US4A 2UVJA 4O3AA 5B70A 3C36A 3SKPA 3O66A 4NTLA 1B58A 3VVEA 2P2AA 1Z7ME 1EZOA 3CR9A 3QIMA 3CG1A 2PT1A 2DS9A 3FJMA 2QPQA 5CMKA 5TU0A 1NMUA 1Q35A 1T0KA 4EUOA 1AOVA 4EQBA 4F1VA 3PPQA 1SD3A 1I6BA 4ZZEA 3K01A 3WAEA 1PEBA 3RTWB 3GBAA 3PMVA 3LUYA 3PUYE 3O9PA 1TFAA 4GD5A 4R9GA 2ZNTA 1POY1 4R75A 1O63A 1XT8A 3A3UA 3KFMA 1JW4A 3I6VA 2OWSA 3E13X 3TZAA 3EPEA 4MFIA 3K2DA 4YMBA 3C31A 2YPNA 1SI0A 2XXXA 3MVZA 1ZU0A 5TP9A 1RYOA 1P1QA 4OTEA 2QS2A 1S50A 2XXYA 2Z22A 4EQ7A 4QRZA 1B1HA 5ICTA 1MDP1 1URSA 3K6WA 3O6GA 1MQDA 2XXUA 3HHFA 3EF7A 2O1MA 1B0HA 3A3CA 3TDJA 5BUUA 3K0VA 5H8FB 4IGTA 4GVOA 1EU8A 3SEXA 3K00A 4OHNA 1WDNA 1D9VA 2F34A 1B4HA 3KOTA 3U94A 4XKRA 3M3KA 1NKXA 2F35A 4LZ7A 4PETA 4F2QA 1MDQA 2Y7WA 2PMSA 1MRPA 3BFTA 2UVIA 3JV9A 2UXAA 4JWYA 1NFTA 4GL8A 4YMAA 3R7XA 5L9OA 2XX8A 4H5FA 4PP0A 1MPDA 2Y7KA 3LSXA 3UORA 4BDOA 4BDLA 4PFYA 3KEIA 1MG1A 1MXXA 4WKMA 1JVYA 4O3CA 2UVHA 3A09A 1ZJLA 1J1NA 2OBGA 2XXIA 4JB7A 1EZ9A 2QSXA 2D5WA 3ILTB 3C4MA 4NF4B 1LCFA 2O7IA 1M5BA 3TEPA 2DE2A 1D4NA 3S9LC 4DXBA 3TQWA 2RCAA 1B2HA 2BJJX 2XXTA 2GRVA 2UYFA 3OO6A 3MZ9A 2VGQA 2D21A 2DSFA 3MAMA 4G4PA 3FATA 1A55A 3S4UA 1SW1A 5DTBA 1Y20A 3OXNA 3O97A 4RYAA 4FECA 3CG3A 2Y7IA 3IOTA 1IEJA 1N04A 1I69A 3UN6A 1OLAA 1NNKA 2HAUA 3ZKKA 1N7XA 2KLFA 1DTZA 4OESA 1LBBA 4PE5B 1TFDA 3TCGA 4KCCA 3PUWE 4P0GA 1B1XA 1UIUA 4HTGA 3K6UA 2V93A 5I57B 3ZKLA 3KJTA 3ZSFA 3E4RA 2NOOA 1HSJA 1SI1A 2XXPA 3AXFA 1A8EA 1DOTA 2G93A 3MQ9A 3ECRA 1MY1A 3KG2A 3R6UA 5F1QA 2ABHA 4LZ8A 3OEKA 4F39A 1R6ZA 5FHMA 3K1MA 5ITPA 3QK6A 3FVNA 3C35A 2NXOA 2ZYMA 3CSBA 4L17A 3IO4A 2RCBA 4PFWA 1IITA 3DP6A 2DP8A 2VD2A 3P7IA 1Z7NE 2DOJA 3OO7A 4LZ5A 2OLBA 1NNFA 3S9EA 1UIVA 1BKAA 2H98A 4U4SA 3DP4A 3K1PA 1I6QA 3E3KA 4X48A 1XC1A 2HAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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