2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
2CMOA 3GLBA 4TLMB 4DLDA 3N26A 1O7TA 3RLFE 4IY6A 3VLWA 2E1SA 4Q0CA 3TZAA 3S4UA 4RJZA 1OIBA 4FIMA 1R6ZA 4R72A 1UIVA 3DP4A 3U92A 5KDTB 2QS4A 1B0HA 1GR2A 3EQ1A 3FVGA 3TMGA 3M3FA 3E9XA 2OWSA 1B4ZA 2V3TA 2O7UA 4F1UA 4JXIA 3LR1A 2DQVA 2RC8A 3LSLA 4QF9A 5BUUA 1OQGA 3KN7A 1PC3A 2ONRA 4OFOA 1F9BA 2DWIA 4GL0A 3H6UA 4O3AA 2Z23A 3USDA 4OETA 3QIMA 4OFJA 3FATA 1D9VA 4P0IA 3G3HA 3K1MA 4QSCA 5A5XB 4KI0E 2F36A 1BTJA 3GBBA 2H99A 5DEXA 1MDP1 3SERA 3B7DA 4MFIA 4U2RA 1TXFA 4EXLA 5LOMA 3G3FA 1T0KA 4EF2A 4X9TA 4GFRA 2O69A 2Y7WA 4H65A 4PFYA 3QUFA 2DXRA 1JETA 5JTYB 3SESA 4YB5A 5CRYA 1ZJLA 2ZXTA 1B5JA 4YB7A 2R71A 1B7UA 3S9MC 3MZBA 1FQAA 3KBRA 5H8HA 3MZ1A 3PV0E 3VV5A 1IXHA 1NL5A 2FA7A 3SEYA 4RK2A 1B0LA 3FASA 4BDOA 1NNKA 2NOOA 3MUQA 4N07A 1WDNA 1QVSA 3K01A 2OWTA 2AL4A 2VD3A 1JEUA 2REGA 3A09A 3HO7A 1LAGE 3I3VA 3TYHA 1NNTA 3IO4A 2D21A 1XVYA 2DVCA 2X7QA 4U21A 3EPEA 2H4IA 2GH9A 4KCCA 2XXPA 1MPDA 2ZNTA 1N76A 4ZECA 3IOUA 4F29A 1IXIA 4R6HA 2R6GE 3TODA 3LSFB 3TQWA 4F1VA 4F3BA 5H8QA 3C36A 3O9PA 1UTBB 2I49A 3S9NC 4GXSB 1ZIUA 3SEVA 2VGQA 3E4RA 3PMVA 3QSLA 3KOTA 4U4XA 2XX9A 5IAIA 4BDRA 2I3VA 2A5TA 3TPAA 1IXGA 2UYFA 3KGCA 3MZ9A 2Q8JA 3RY3A 1EZPA 3K02A 4RNSA 1S50A 1B5IA 2Z8EA 3RTWB 3W15C 1SDXA 1LFGA 1XHYA 4ELOA 4QFPA 5AA4B 5I59A 1O64A 4DXBA 5FTHA 2ONKE 3TKDA 1USYH 3HHGA 1DTGA 1Q1KA 1JW5A 1Y3NA 2PYYA 3EHUA 5I84A 1FQFA 3C32A 4U4SA 1DMBA 1QUJA 2AL5A 4IB2A 2DE3A 2RCAA 3VDFA 2DE2A 1B1HA 4MBPA 4ZE9A 3R26A 4WKMA 3H3GA 5I2NA 2THIA 2P1SA 3THIA 3CSBA 1YTVA 3WAFA 1LCFA 4OVJA 4GIZA 3UGWA 1DOTA 3L6GA 2LAOA 3MVXA 4FORA 1RYOA 1GV8A 1MRPA 5H8FA 1SYIA 3ILTB 3F11A 3G3KA 2I0BA 1SQYA 4NF8A 1AOVA 1XT8A 1AMFA 1PEBA 2G29A 1PBQA 2RC7A 3O2AA 3I5OA 3A3CA 5ITPA 3OO8A 3MQ9A 4NF4B 3T9XB 4ELPA 1SW4A 5AA1A 5TPAA 4XKPA 3PPNA 2A5SA 4WEPA 3IJOB 2DSFA 5ITOA 2DWAA 2REJA 1URSA 1QKBA 3V89B 4R9GA 3Q26A 3KEIA 2B65A 4ZZEA 3IB0A 3B6TA 5CM6A 2QMXA 4YAHX 2XD2A 1QUKA 1ZLQA 4R9FA 4IO3A 3OXNA 1P1OA 3PPOA 2VP1A 2QL3A 4PE5B 4U23A 1A40A 2ANJA 2DS9A 1MH4A 1YCJA 5KCJB 2Q89A 3SDFA 1XS5A 1B7HA 3U94A 2HAVA 4HW8A 3EF7A 3BFUA 4GLIA 3FVOA 3O29A 2PMSA 3H7MA 5I58A 3V8XB 5I2KB 2QPQA 4U1OA 1Q35A 3K00A 4POWA 2HCAA 3OELA 1MQDA 3H6VA 3IB1A 1SBPA 1JVYA 4G8NA 5AA2B 3FJ7A 2V84A 1SW2A 1MPBA 1JEVA 1YPNA 1B2HA 1Y4TA 1IZ1A 4NWDA 3C35A 4Q5TA 3O28A 3KOSA 2F78A 3FXRA 3IX1A 4MLVA 3VFJA 2F97A 1B32A 1WVJA 1LCTA 3RPWA 3UP9A 1BP5A 1N0TA 2GHAA 2P2AA 1B51A 3Q29A 4GRKA 3C9HA 4BDQA 4KR5A 1CB6A 4LA9A 1N7XA 1OLCA 2ZMBA 4LP2B 5KDTA 2F8DA 4NF5B 3TELA 4WXJA 3Q28A 1NMUA 3TEPA 4YKIA 4EDPA 3IOTA 4NMYA 3SETA 4MH5A 3HSTA 2RINA 2O6AA 4M4GA 2RCBA 3LC8A 4DDDA 3PGFA 5K2XA 3G3JA 4EQ9A 1OVBA 4JSOA 5A5XA 4FEBA 2Q9TA 4F2OA 3K6VA 2D5WA 2Q2CA 1D9YA 1H3DA 1B3GA 3M8UA 5HBCA 3B6WA 3GBAA 4ONYA 2O1MA 3MW0A 3QAXA 5JTYA 4O3BA 3ZKKA 1R9QA 3M3LA 5CMMA 1MM6A 1D4NA 1M5BA 4IO4A 3AXFA 1NNFA 5K2YA 1USYE 1OLAA 3PUZE 3MVWA 4HS7A 3SEXA 3MPLA 3PPQA 4IO2A 3T96B 2PT2A 1MS7A 4DXCA 4TLLB 4POXA 1HSLA 1Y20A 2DP8A 3RTFB 3KFMA 4R2FA 1TWYA 3Q27A 1FQEA 3VLUA 2XX8A 2UVGA 2DXYA 1B1XA 3DELB 3IOVA 4DZ1A 1VFEA 3U1OA 5ISUA 2AIXA 5TU0A 2FNCA 1IEJA 4I1DA 4HTGA 5L8DA 3SKPA 3CR9A 4LUBA 2B3BA 2XXVA 2Q88A 1RKMA 4QFNA 3C33A 3P7IA 1ZU0A 4JDFA 3KJ7A 2X26A 2AYSA 1JVXA 1EZ9A 1NNPA 3K4UA 2RKMA 3OOAA 3TTRA 4X48A 1UTBA 2ESNA 1UTHB 2XXQA 2VD2A 1FQBA 2R9JA 3ILUB 1A55A 2Y7IA 1LSTA 4GXAA 3B6QA 4ZEKA 4Z7EA 2YPNA 4PQJA 2I3WA 4LATA 1A99A 5FTIA 1POY1 2VOZA 2CZLA 4OEUA 1J1NA 1R9LA 3O97A 4Z0IA 1B40A 5AA4A 1MM7A 5L9MA 1LAXA 3KSXA 1LLSA 4NF6B 2ZYMA 3O6HA 2E0SA 1P1UA 1OMPA 3K6XA 1MY4A 4ESXA 2GFEA 4TQUQ 1NH7A 1B3FA 3ZKLA 4F3PA 3CSGA 4ZE8A 4C1UA 1SVXB 1PB8A 3TTNA 3FUZA 1JW4A 1MXYA 3WAEA 4PETA 3IK6B 2QS3A 4ZS9A 3CIJA 5DVFA 3RNNA 1P99A 3FGSA 4P11A 1P1QA 3RUMA 3ODBA 3CFLA 1M5FA 3K1PA 4G2ZA 3QUJA 1QJMA 2M8CA 4ZEBA 1US4A 3H06B 4RA1A 4G77A 1TFAA 4YB6A 4M1VA 2F6GA 2UVIA 4QHQA 3EHTA 3T9VA 4HCWA 1URGA 1FCKA 2DYXA 4F31B 4JBZA 2OBGA 1FW0A 3TTKA 3LUYA 4XIGQ 1P1WA 2ALUA 2I48A 4QSDA 2KLFA 4TOZA 4NF4A 3JYRA 4EXKA 4Q8RA 3IJXB 5HPQA 1FQDA 2IA4A 5HM4B 1B3LA 4UA8A 5BWJA 4ISUA 2XX7A 4HCYA 1PDAA 3OEMA 1VE4A 1S7YA 1D3KA 1FTLA 2G93A 4RY1A 3FV1A 1BLFA 1LAHE 1B4HA 3UA8A 1Y1ZA 5ICQA 3GXAA 5AA3A 3MJNA 3CFZA 5JK4A 4LZ8A 3IB2A 3O66A 1SW5A 1ZMGA 3DP8A 2O7IA 4ND9A 4OQOA 1H43A 5KCJA 4JWYA 4OZ9A 3JZJA 1FTMA 3CG1A 1H76A 3TTLA 1N7WA 3FJGA 3G3IA 1VFDA 3RN8A 4KPTA 3TCHA 1XOCA 1NKXA 3FVKA 2Y7RA 5DTBA 1AH5A 2XXTA 4PFUA 2IEEA 5KZTA 2I0CA 3UORA 4JWOA 4IY5A 1Y4CA 4AQ4A 5I2KA 1TFDA 3CI8A 2XXXA 4I9DA 1JQFA 3VVFA 2UVHA 3OMBA 4LONB 2OZZA 1MY3A 5AA2A 4EQ7A 2VHAA 4R6YA 2PT1A 1N3WA 1LAFE 3ECRA 2PVUA 5I56B 3K6WA 2X7PA 3G7WA 3KN3A 1BKAA 3PMWA 3TQLA 4JWXA 3T9HB 4JSDA 1N04A 2HFBA 3IOWA 3TUSA 1S9TA 4YKPA 1I6QA 2ZYOA 1SD3A 4DIGA 1VSOA 1I6AA 3VVEA 3OENA 3MP8A 4FJPA 5L9SA 2Y7KA 3QYTA 3S9EA 2I58A 3D4GA 3KG2A 3HCQA 1MXZA 2PBWA 4YMBA 4QFLA 1FTJA 5DYHA 1KWHA 1N84A 1SYHA 2Q2AA 4NF5A 2ZNUA 5B7DA 4OXVA 1MY2A 5L9OA 4NE4A 2D3IA 5AA2D 3SEUA 1B7ZA 3DM0A 5EYFA 1MXWA 4KYDA 2Z8DA 3TCGA 3MPKA 2PX1A 1MDQA 1BIYA 1B05A 1QUIA 2QRYA 1LGBC 4AB5A 2ZYNA 4H0WA 3KSJA 1A8FA 3S9LC 1Y9UA 2XXWA 4NTLA 4OENA 5H8NB 1QW0A 3E13X 2Y7PA 4X1DA 2XXIA 4FEDA 2ONSA 2OK2A 1MQHA 3TDJA 5EHMA 2HAUA 5CI5A 1B5HA 1LFHA 2QSXA 1MPCA 1IQ7A 1Z7ME 1II5A 3PD9A 3C4MA 2RC9A 3DP6A 2O68A 4BLAA 3CG3A 1LBCA 3FXUA 4DE8A 2YJPA 3T9UA 3ZSFA 5I57B 5H8SA 4ZDMA 2I4CA 2UYEA 3VVDA 2QS1A 3PPPA 3U72A 4IO5A 1XVXA 4PFTA 3QXMA 1MY0A 2HZKA 4Q30B 2V93A 4OMBA 4F18A 3LSWA 3TAJA 1MQJA 4R74A 4DCYA 3RGYA 3V5AA 4ZZAA 2I4BA 5M2VA 2XXUA 4LZ5A 2DE4A 1MQIA 2Y84A 3N94A 2OCUA 5CMBA 4QRZA 1WODA 3OEKA 4G68B 2F7CA 4DCXA 3RT8A 1LBBA 3TFLA 2Z22A 4JB7A 4EUOA 4THIA 3H4ZA 4YMAA 1B6HA 4G8HA 2XXRA 3T93B 5TP9B 3FV2A 1NFTA 4I8CA 1FTOA 1H44A 1UTHA 1US5A 4OESA 5EHSA 3CVGA 3T66A 3TCFA 3N6UA 2WKYA 5F7VA 1LB9A 4LZ7A 4YKKA 2HXWA 3W9WA 3C31A 1MXXA 5DVJA 1IITA 4BDMA 3O6GA 3EHSA 1QKAA 3IR1A 1RYXA 3IL1B 5FHNA 3U93A 4EF1A 2NXOA 4XKRA 2NVUB 1VR5A 2ZYKA 4NF6A 1FQCA 3CRBA 4FECA 3FD3A 1SW1A 1Y3PA 3OO6A 2V25A 1QULA 4E0XA 1FTKA 4R75A 3MBPA 2HQ0A 2O1LA 4ESWA 1JW1A 1LB8A 4KHZE 2V3UA 4WEDA 2DWJA 4GWOA 4C0RA 4OEVA 4G68C 2DVZA 4X1BA 4GVOA 3L6HA 4ZEDA 3JV9A 5CMCA 3T22A 3TTMA 2HEUA 1N3XA 3DLNA 4OYVA 2QMWA 3N6TA 3C34A 2QS2A 1XC1A 4F3SA 3MP6A 1Y1MA 4RXLA 4YKJA 1PB7A 4IGTA 4H5FA 3V83A 3I6VA 3MWBA 1URDA 5DEXB 4YICA 2F5XA 5ICTA 2UXAA 1CE2A 4BDLA 4P0GA 1ANFA 3VXCA 2H25A 1MY1A 3MAMA 3PUWE 3RT6B 4H67A 4KCDA 2DWHA 3S2VA 3FJMA 1B9JA 4XKNA 3CFXA 1M5CA 2ABHA 1UQWA 4IO6A 5H8HB 4F3GA 2F7BA 3HV1A 3E3KA 2H5YA 2W7YA 5CMKA 3IORA 1A54A 1DPEA 2Z8FA 4YZZA 1I69A 5ELVA 2O51A 4RPOA 2H98A 4C1TA 4K3FA 4GQOA 3OSRA 5AE4A 1ZTYA 2F7AA 4F39A 4H6DA 3PMXA 1GGGA 3K1NA 2RF1A 3PPRA 3BBRA 2F34A 4GD5A 4ZEIA 3SEWA 5FHMA 3LBSA 4DXUA 4PP0A 4U22A 1EZOA 5B70A 4LVQA 1TT1A 5H8QB 2UVJA 5CC2A 1GTKA 4H5GA 1B3HA 1ZKBA 3OD7A 3FVNA 1M5EA 4I62A 4KD5A 4H8IA 3VXBA 4IO7A 3KJTA 3PUYE 4G4PA 3VLVA 3H03A 1MXUA 3UN6A 1YAEA 5I56A 2A5TB 3R7XA 1ELJA 4RK9A 4FE8A 2OLBA 3H6WA 3G3GA 4YU0A 1Y3QA 3HHFA 4FAJA 1PBPA 3N5LA 1L5TA 1AIVA 2XXYA 4OTEA 5DVIA 1P1NA 2ZNSA 5I59B 4OERA 4R2BA 4LQ5A 2P0SA 2B3FA 3Q25A 3IO6A 1SI1A 4RPNA 3GZGA 4EQBA 1NH8A 4RYAA 4R73A 4QFKA 3BKIB 2NUVA 2FYIA 4FATA 1I6BA 2F35A 4G8MA 4N13A 1JNFA 3OO9A 5F1QA 4OFLA 4R6KA 1EU8A 5JEIA 1M5DA 4XTCQ 3PUVE 1MQGA 5I2NB 2GRVA 4OHNA 3UK4A 3MVYA 4XXUA 5H8NA 1Z7NE 1A7LA 1DSNA 2DOJA 1B58A 4LQ2A 1LFIA 3MP1A 4XKQA 3H6TA 4H1XA 4OWDA 4ELQA 3O6IA 3ZS6A 3QK6A 2I6EA 1A8EA 5H8FB 1SI0A 4ELRA 2XXHA 2NWJA 3HN0A 4U1ZA 4NF8B 3K6UA 4KQPA 1AL3A 3KN8A 2QJEA 4UACA 5FHOA 2BJJX 3MVZA 1EH3A 4O3CA 3RQTA 1OQHA 1B3EA 3UIFA 2O84X 5I57A 5TPAB 3U8QA 4NWCA 1B52A 3HPIA 1IUDA 1IIWA 3BFTA 1ATGA 2F6PA 1DPPA 1DTZA 4F22A 4GOTA 4N6PA 1R1NA 3FIRA 3OSQA 3PU5A 4QFOA 4KYEA 1UIUA 1MH3A 2HZLA 5J1DA 5DT6A 3IAZA 3PUXE 2GHBA 4MLQA 3K2DA 4GF8A 4E0WA 3MC2A 3K0VA 4KYSA 1MXVA 4G68A 4F19A 3R6UA 4IGRA 1GVCA 4ZEFA 1H45A 5TP9A 4AB6A 3W9VA 4KFQA 1POTA 1PB9A 3VE1B 4F2QA 5I58B 4H8JA 1O63A 3ONMA 5CBRA 4MF3A 1MG1A 2YLNA 1B46A 4GL8A 1OVTA 2XHDA 3LSXA 3D4CA 2OJTA 5IKBA 4F1YA 3FZVA 1IXCA 3M3KA 3PD8A 3FXQA 2H9BA 4BDNA 4PFWA 4QSEA 3EN3A 2V3QA 3A3UA 3KZGA 1HSEA 5CBSA 2XD3A 4ECFA 1HSJA 4NEDA 1ZBMA 4L17A 3OO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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