2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
2QRYA 1IUDA 2RF1A 4YKKA 4LZ5A 5K2YA 4EQBA 1LCTA 1B1XA 3BBRA 1QUKA 1OVBA 2CMOA 2R71A 2RKMA 5EHSA 4U2RA 3O2AA 5AA2B 2GHAA 2F7CA 3TTLA 2XX7A 1FQBA 3RT8A 3GLBA 3CFXA 4YICA 4NE4A 3U1OA 4FECA 4G8NA 3TZAA 1PB8A 4ZDMA 1M5DA 2VP1A 4HW8A 3K4UA 1XVYA 2ONRA 3IAZA 4H5GA 4PE5B 4YZZA 1P99A 1MQGA 1B6HA 2A5TA 2UVGA 1GGGA 2Y7WA 1PC3A 3PMXA 1MQDA 2DVZA 3VFJA 3MBPA 3M3FA 1IXHA 1UIUA 4ESXA 2H25A 2XXRA 1VSOA 4Q0CA 3RN8A 1PB9A 1S9TA 4XKQA 5DTBA 1AL3A 5FHOA 4ZECA 1LAXA 1ZU0A 1B4ZA 3SEVA 4YMAA 3FVKA 4EUOA 3BFTA 2F35A 3QYTA 3V89B 3R26A 2AL5A 2G29A 4LP2B 1CB6A 1OQHA 2V3TA 3EPEA 3GZGA 2DE3A 1NNFA 4LVQA 4NF6B 1DTZA 4OXVA 1EZ9A 4WEDA 5DEXA 3KSXA 4IO4A 4JWOA 1LFHA 3H3GA 1SW2A 5LOMA 1QULA 3H06B 3QAXA 5H8HA 2QMWA 3MP6A 5TU0A 1FW0A 5I59A 1JEUA 1Z7NE 5KCJA 3ZS6A 3I3VA 3ZKLA 4ESWA 1NL5A 3MVWA 1US4A 3C33A 1RKMA 4Q8RA 1II5A 3ONMA 3C34A 1MRPA 2F5XA 2OCUA 1HSLA 1I6QA 3H6WA 1Y1MA 3A09A 3SERA 2D21A 2PT1A 3SEUA 1BIYA 3TFLA 3ECRA 4FEDA 4NMYA 2RC8A 4E0WA 1H43A 5AA1A 3DLNA 3T9XB 2HAUA 2XXUA 4IO2A 4ND9A 2I0CA 3CVGA 1UTHA 2HQ0A 4YKJA 1I69A 1Y4CA 3MQ9A 4F19A 4YB6A 4BDQA 1B40A 2UYEA 5DVIA 1IXGA 2X26A 3RT6B 3PPOA 4EXKA 2ONKE 3FVOA 1P1NA 3KJTA 2H9BA 4EQ7A 3FJ7A 2VD3A 3CI8A 4OENA 2AYSA 1URDA 1A7LA 1ZMGA 2Z23A 1NNTA 1QKBA 1MPCA 5DT6A 3VVDA 4FATA 3I5OA 5L9MA 4NF8A 4JBZA 3FXUA 2NXOA 4H67A 3GXAA 4ECFA 2XXYA 3FJMA 4IB2A 3T22A 1LGBC 1POY1 3O6IA 4F2QA 3MZ9A 1MG1A 3EHUA 4GQOA 4NEDA 1WDNA 3K6WA 4N07A 3LSLA 4GFRA 2QSXA 1DTGA 3O9PA 1IIWA 4QSCA 2B65A 2HEUA 2ZYKA 4U23A 3O6GA 1B7HA 3PD9A 1SW1A 3IK6B 4F1YA 1FQFA 1B7UA 2QMXA 4R6KA 4F3PA 4XKNA 2I0BA 3FXQA 3KZGA 4FEBA 2R9JA 4F1UA 1SI1A 4U22A 1JVXA 1SBPA 2ONSA 1MDQA 2O7UA 1P1QA 5I84A 3K6VA 3T93B 4X9TA 4O3AA 2QS3A 2I3VA 3C35A 3S2VA 3K0VA 4OYVA 3UA8A 5I57B 1LBBA 1NFTA 4U1ZA 5H8FA 2I4CA 1QUJA 2DWHA 2V3UA 5K2XA 2GH9A 3BFUA 4MF3A 4H6DA 2AL4A 3IOVA 5M2VA 4LA9A 3QIMA 1NNPA 4M4GA 3PU5A 2NUVA 4ZEKA 4OZ9A 1DPPA 1KWHA 4JSOA 1SDXA 4FORA 1OVTA 4R9FA 3UIFA 2DWAA 3TDJA 4RA1A 3TELA 1MH4A 3IB2A 1MXWA 3BKIB 3PPQA 1MXZA 1N3WA 3Q25A 1NH8A 4POXA 4G68A 1XVXA 1H76A 4O3CA 1MM7A 3USDA 1AIVA 4DLDA 4F29A 4U21A 1BP5A 2LAOA 1LLSA 5I2KB 3AXFA 2Y84A 1EZPA 4QFLA 3MP8A 3PMVA 3RQTA 2I6EA 4JXIA 3OSQA 1TWYA 3K00A 1LSTA 1LFGA 5I58A 3UN6A 4ELRA 2O68A 4GF8A 2Q88A 1SVXB 1IQ7A 2Q9TA 2F6GA 5TP9A 5KDTB 3VLWA 1A99A 1LAGE 1R1NA 1Q1KA 3TTNA 2ZYMA 3MPKA 5H8QB 5EYFA 3U8QA 3T9UA 1M5CA 2Y7PA 2CZLA 5A5XB 1SW5A 4OESA 1USYE 1JETA 4KPTA 3O29A 4C0RA 3RPWA 3ZKKA 5HM4B 2O6AA 1JW5A 1N7WA 1R9LA 4EQ9A 3SETA 2DQVA 1MM6A 4F39A 2Z22A 4DXCA 3U94A 1MPDA 3ILTB 1AH5A 4KR5A 1NNKA 3CRBA 1SYHA 3H4ZA 1B7ZA 2XXXA 4H5FA 2Y7RA 1B0HA 1DPEA 4U1OA 3HPIA 1MXUA 1MY3A 2B3FA 4ZEIA 1HSEA 1USYH 3H6TA 1O63A 5ISUA 4IO5A 3LUYA 3K6UA 4F1VA 1B3GA 3KGCA 1UTBA 4NF5B 4I62A 2YJPA 3K02A 3TQLA 3KSJA 2DVCA 2HAVA 4QHQA 4I1DA 2QS2A 4R2BA 4H8IA 4Z0IA 1ZTYA 1FTMA 1P1WA 4BDOA 3U72A 1XC1A 1MQIA 4XTCQ 3QXMA 4X1BA 5L9OA 3FATA 2F8DA 4XKPA 3G3HA 1VFEA 3OSRA 5AA4B 1J1NA 4ONYA 1IZ1A 1B46A 4OHNA 4F3BA 3VXBA 2REGA 2X7QA 2OWSA 1QUIA 4KYSA 3K1MA 1EU8A 4H1XA 4RYAA 1GVCA 3SESA 2IEEA 3H6UA 5FTIA 1D4NA 1FQEA 4KHZE 5I2NA 3KFMA 1ZKBA 4EF1A 4G8HA 4PFTA 3M3KA 5ICQA 5H8SA 4I8CA 1RYOA 3VLVA 2I4BA 1IXCA 2UVHA 1MQHA 4EDPA 4FJPA 3N94A 3LC8A 5B7DA 3IOUA 2HXWA 1XS5A 3U92A 4R9GA 5H8NA 5L8DA 1WVJA 3VV5A 1B5IA 4RNSA 5JTYA 3PPRA 4BDRA 3Q29A 2F7AA 2UXAA 3KN7A 5CMBA 3EHSA 4JB7A 1MDP1 2ZMBA 3WAEA 3VVEA 1FTKA 3HHGA 5TPAA 1DSNA 4GRKA 2ZNTA 3OXNA 1ATGA 3UP9A 3G3GA 3B6WA 3HSTA 2F6PA 4G8MA 4JWYA 2A5SA 4Q5TA 3MVYA 1Y20A 4JSDA 1VE4A 4R75A 3IOWA 2DWIA 3JZJA 2PYYA 1SYIA 4YB7A 1MY4A 2NVUB 2I3WA 4ZZEA 1MY2A 2VOZA 5KZTA 3FVGA 2H99A 1Z7ME 4OFOA 3TCFA 1ZJLA 1URSA 1OIBA 1S7YA 1O64A 2F36A 3IO4A 3IB0A 1PBPA 5CBSA 1B58A 4BDMA 4DXBA 4L17A 4MLQA 4WEPA 1GV8A 5DVFA 3LSFB 5ITPA 2A5TB 3FZVA 3PUWE 4EXLA 2OZZA 3LBSA 2DE4A 3HN0A 3PPPA 2O1LA 1D9VA 1FQDA 1HSJA 1LAFE 3PMWA 2XXVA 2RINA 4MFIA 5I2NB 3CIJA 4RJZA 1MQJA 4AQ4A 3A3UA 5FTHA 2F7BA 3FVNA 3IB1A 5F1QA 4HCYA 1Y3NA 2WKYA 3T9HB 1JNFA 1TT1A 4I9DA 4GIZA 4KFQA 2GHBA 3PGFA 3PUVE 2O1MA 3OOAA 1S50A 2QS1A 5ICTA 5FHMA 4PQJA 5DEXB 1AOVA 2RC9A 3VLUA 2ESNA 2BJJX 3PPNA 3O28A 3TUSA 5CI5A 5H8HB 3CSBA 5I59B 3OO8A 4AB6A 5KCJB 5I56A 1B05A 4K3FA 4P11A 1ZLQA 1M5BA 4H0WA 4TLMB 4XXUA 1US5A 4GL8A 2XXIA 3I6VA 3FXRA 3KOTA 3CR9A 2DXRA 3F11A 3HO7A 2PX1A 1POTA 4UA8A 1MXYA 3SEWA 2E1SA 4OFJA 4BDNA 1NH7A 1NMUA 4LATA 2B3BA 3OD7A 1FTJA 3C9HA 1UTHB 3V8XB 3EF7A 2XD3A 5FHNA 5AA3A 3JYRA 5EHMA 4KYDA 3PV0E 4IY5A 4N13A 4XKRA 4P0IA 3TODA 2M8CA 3TCGA 4F22A 3PD8A 4ZE9A 3PUXE 2REJA 5CMMA 3G3KA 3IL1B 1VFDA 5AA2A 3A3CA 1L5TA 2PT2A 1N84A 1SD3A 3Q27A 4NF8B 4ZE8A 3RTFB 3ODBA 4PFWA 4QF9A 3ZSFA 4WXJA 4RK2A 1FTLA 3PUZE 3JV9A 3R6UA 3HHFA 3TEPA 2OJTA 1N7XA 3C4MA 4Q30B 1Y4TA 4RXLA 5AE4A 2Y7IA 3W9WA 1JW4A 2DSFA 4R6YA 3OEMA 1B3LA 4HTGA 2XXTA 1PDAA 1MPBA 1TXFA 4MH5A 1BTJA 3N5LA 2Y7KA 3Q28A 1SI0A 4RK9A 4RY1A 3B7DA 2H98A 4ZEFA 1A8EA 3TAJA 2UYFA 1UQWA 3B6QA 3RUMA 3E13X 1B52A 4JWXA 4GD5A 2P2AA 3KOSA 4FE8A 2XXWA 2NOOA 3OENA 3TTRA 3TPAA 4LQ5A 2Q89A 3CFLA 3CG1A 3DP4A 3Q26A 2DOJA 1EH3A 3MZBA 1XHYA 3MP1A 4OQOA 3V5AA 4UACA 3C36A 1H3DA 4RPOA 4BDLA 4NF6A 2F34A 4R6HA 3IOTA 4GXAA 1LFIA 3U93A 2AIXA 5H8FB 3LR1A 3D4GA 4G77A 1WODA 3QUJA 2PMSA 1B32A 3M8UA 2V93A 3M3LA 3S9NC 4PP0A 1MXVA 2QS4A 2ZNUA 4IO6A 4IGTA 4ZZAA 2XX9A 3B6TA 2OBGA 2PBWA 4GOTA 4TOZA 3FV2A 3IJXB 3VE1B 4H8JA 3SDFA 4KCDA 4R73A 2IA4A 3P7IA 4LZ7A 2Q2AA 4YB5A 4OWDA 1B5HA 2GFEA 1Y1ZA 3O6HA 4JDFA 2DP8A 3VDFA 5J1DA 2KLFA 3E9XA 3E4RA 1QKAA 4FIMA 1OLAA 4DXUA 2HZLA 1DMBA 3QUFA 1OMPA 4C1TA 4QFNA 4NF4A 3DELB 3K2DA 4G68B 2QPQA 3QSLA 4OETA 3FD3A 4HS7A 4YMBA 2O84X 5ITOA 4GXSB 2H4IA 4H65A 4QFOA 3QK6A 2V3QA 4DIGA 2XHDA 5CM6A 5ELVA 2I48A 4PFYA 1PBQA 2DWJA 2Z8EA 4MLVA 3TKDA 4F3GA 1IITA 1N04A 1B5JA 2QL3A 5BWJA 5I58B 1DOTA 1B1HA 2ZNSA 1A55A 3HV1A 3E3KA 3PUYE 2YPNA 4TQUQ 1FCKA 5TP9B 3TTMA 1QVSA 3DM0A 3V83A 1B2HA 4GLIA 1R9QA 4POWA 3VVFA 4KYEA 2ZXTA 1GR2A 2X7PA 3UORA 2XXPA 1M5FA 4ZEDA 1MS7A 3C31A 3OO6A 3K1PA 4F3SA 3C32A 4QSEA 1ZIUA 3TMGA 3N6TA 3GBAA 3EN3A 4R2FA 2O7IA 1OQGA 4M1VA 1RYXA 3G3JA 4Z7EA 1N0TA 4X48A 4OVJA 1EZOA 3S9MC 2E0SA 2DXYA 3IORA 3T66A 2W7YA 3KN3A 5AA2D 3S4UA 4TLLB 2DYXA 2V25A 1B3EA 3THIA 5IAIA 4YKPA 4OTEA 4U4XA 2O69A 4AB5A 4IO7A 2Q8JA 1O7TA 5I57A 1N76A 3W9VA 2DE2A 1B3FA 3T96B 2ABHA 2Z8FA 2VGQA 3FGSA 3OO7A 4OEVA 1B0LA 1B9JA 2O51A 1GTKA 1UTBB 3UK4A 4NWDA 2XX8A 1PEBA 2HFBA 4GVOA 2RCAA 3MAMA 4NF4B 1H45A 2XD2A 2VD2A 4ZS9A 4FAJA 3N6UA 1JQFA 2THIA 4LUBA 1JEVA 3IR1A 2G93A 2UVIA 4MBPA 3W15C 1Y3QA 4OEUA 1TFDA 3TYHA 1QJMA 1MH3A 1IEJA 4ISUA 1UIVA 1LB8A 4QRZA 3KN8A 1N3XA 1I6BA 3IX1A 3MW0A 5CC2A 1TFAA 4XIGQ 2R6GE 4OFLA 5I2KA 1FTOA 3G3FA 3SEYA 1D9YA 4C1UA 1MY0A 2F78A 1MY1A 1I6AA 3FUZA 5JEIA 3MVXA 2ZYNA 5BUUA 4QFPA 4RPNA 1URGA 2PVUA 3KBRA 3N26A 2HZKA 1VR5A 2DS9A 2UVJA 4G2ZA 4F2OA 3KEIA 3CG3A 5H8NB 3D4CA 3UGWA 3WAFA 3K01A 5F7VA 3IO6A 1LBCA 1ZBMA 5JTYB 4OERA 4KCCA 4QSDA 2I58A 3GBBA 2RC7A 1A8FA 5KDTA 5CMKA 1B3HA 1R6ZA 5TPAB 1JVYA 4R72A 3TCHA 2D5WA 1M5EA 4THIA 5H8QA 1Y3PA 4KI0E 5CMCA 5A5XA 3OELA 4GL0A 2GRVA 4DZ1A 2ANJA 3TTKA 4O3BA 3EHTA 4EF2A 1A54A 4NTLA 1BKAA 4N6PA 2OK2A 3L6HA 2OWTA 1B51A 1CE2A 3L6GA 1YCJA 4IY6A 3FASA 2VHAA 2Z8DA 4YU0A 2P0SA 1H44A 4KQPA 2H5YA 3DP8A 3H03A 3OO9A 3MVZA 1ANFA 3MPLA 2FYIA 3VXCA 4BLAA 4DCYA 1P1OA 3LSXA 4ZEBA 3K1NA 3SEXA 1Q35A 4WKMA 4LONB 5IKBA 1OLCA 1T0KA 1ELJA 1F9BA 3KJ7A 1Y9UA 4ELPA 3OEKA 3IJOB 4DDDA 5L9SA 4DE8A 1LCFA 5HBCA 5CBRA 4DCXA 3CSGA 3FIRA 3KG2A 4NF5A 2HCAA 3LSWA 1FQAA 2QJEA 4X1DA 3DP6A 5DVJA 1XT8A 4E0XA 4G68C 4F31B 4YAHX 3ILUB 3TQWA 2ALUA 4NWCA 1LB9A 3MC2A 5AA4A 3CFZA 1A40A 1D3KA 4IGRA 4QFKA 3OMBA 1JW1A 4OMBA 3H6VA 4ELQA 3FV1A 1LAHE 1XOCA 2Q2CA 1IXIA 3S9LC 1BLFA 1SQYA 1SW4A 3MUQA 3MWBA 3RTWB 1B4HA 2ZYOA 3MJNA 5B70A 1AMFA 3RY3A 3S9EA 3HCQA 1YPNA 2RCBA 1FQCA 3SKPA 3O66A 1PB7A 4KD5A 3K6XA 2FA7A 2I49A 4PETA 1P1UA 1QW0A 5DYHA 3T9VA 4LQ2A 4ELOA 4LZ8A 2P1SA 1MXXA 5JK4A 5I56B 2V84A 4IO3A 3EQ1A 4P0GA 3G7WA 4F18A 2NWJA 2D3IA 1YTVA 3MZ1A 3R7XA 1YAEA 4YKIA 3FJGA 3RGYA 2XXQA 4G4PA 2OLBA 1NKXA 4GWOA 4R74A 4PFUA 3G3IA 2F97A 4HCWA 2XXHA 3RNNA 4U4SA 2YLNA 3RLFE 5HPQA 5CRYA 2FNCA 3O97A 3H7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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