2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
2A5TA 3G3FA 2RF1A 2AIXA 2Z23A 3PGFA 4JWOA 5TU0A 2O68A 3MW0A 4U2RA 4LZ7A 1NNPA 5L8DA 2PX1A 3L6GA 3M3LA 3D4CA 4WEPA 5LOMA 2DE3A 4NF5A 3SKPA 1WDNA 3T96B 3FGSA 2XX7A 3H6VA 2O51A 2ABHA 3KEIA 4F31B 2H25A 3PU5A 4NWDA 4E0WA 5I2KA 2V84A 1POY1 3HHFA 3IJOB 1VSOA 3F11A 3V89B 5I59B 1MQDA 3VDFA 4WKMA 3M3FA 3TCGA 4JDFA 4HTGA 1YTVA 3K1PA 2OWSA 4HW8A 1CB6A 1Y4CA 3MBPA 4QFNA 2F34A 4JSDA 3SEVA 5I58A 3B7DA 4XKRA 3T9UA 4GXAA 5B70A 1BTJA 2Q88A 3K6XA 2HFBA 2V3TA 1LFHA 3S9LC 3FZVA 1LAXA 2P2AA 2UYEA 3O2AA 3DM0A 4WXJA 1BLFA 1QW0A 2NOOA 2Y7WA 3O29A 4OETA 3UP9A 4DXCA 4KI0E 4EDPA 3DP6A 3MUQA 1N7XA 2HQ0A 4QSCA 1O64A 2E0SA 3FXQA 5A5XA 3TTNA 1JQFA 3EHSA 2HEUA 1Y3PA 3FATA 3B6QA 1A55A 5KCJB 4NF5B 2OCUA 4OFOA 2QS4A 4N07A 4MLQA 3RUMA 3SERA 3TDJA 4EF2A 4O3AA 4YB6A 1SW1A 4G77A 3MVWA 4GXSB 4AB6A 2AL4A 3W15C 3ODBA 3VVEA 1MXYA 1IQ7A 3PUVE 1I69A 4OERA 3OO9A 4YU0A 2Q8JA 4GL0A 2VHAA 1GGGA 2NXOA 3PPQA 2X26A 1VE4A 5H8QA 3VE1B 4ISUA 3PUZE 3VXBA 4ELQA 4IO3A 4YB5A 5I59A 1LGBC 1XVYA 4U21A 4PFTA 3LSLA 1MY0A 3MC2A 4R74A 3MP6A 3CI8A 2V3QA 3LBSA 5JK4A 1B4ZA 3FJ7A 1NNTA 1TFDA 3TODA 1OLCA 4ESXA 3SEYA 1A8EA 1GVCA 1WVJA 3DP4A 1H45A 1HSEA 3I6VA 3MPLA 1B5JA 1MDP1 3FVOA 1Q35A 4R2BA 3MZBA 4TLMB 4F2QA 3E13X 3CIJA 3IK6B 2QS3A 4LZ8A 4R6KA 1JEUA 4G68C 2VGQA 4ELPA 3S9NC 1SQYA 3U93A 3TKDA 4OESA 4YMAA 1M5CA 4DIGA 2PT1A 5L9MA 1HSJA 2XXRA 3M8UA 3TELA 1IXIA 2OLBA 5DYHA 3SDFA 1B0HA 3N6UA 4MBPA 4QFKA 3CSGA 1FQFA 3G3KA 4L17A 1RYOA 1MM7A 2IA4A 4I9DA 2H9BA 5CMMA 3DLNA 1US5A 2ZNSA 3CVGA 3GLBA 1AH5A 4G8HA 2D21A 4PQJA 3K4UA 4DCYA 1UTBA 3K6WA 4RA1A 5CMBA 2UVJA 4GF8A 1FTOA 1LAHE 5TP9A 3MJNA 5A5XB 1P1UA 4R6HA 3N6TA 4HCWA 4Z0IA 1FQAA 2HZKA 3OD7A 1FCKA 1LBCA 3N94A 5FHNA 1WODA 4LUBA 2YPNA 3CRBA 3EQ1A 3LC8A 3OEMA 2NWJA 1LBBA 2XXWA 4QFOA 2O7IA 4THIA 1IEJA 1B1HA 3GBBA 4LP2B 1TT1A 1OIBA 2DYXA 2VD3A 4XTCQ 2F97A 1B3HA 4X1DA 5AA1A 5TPAB 5H8HA 1SBPA 3SEUA 3OSQA 5ITPA 4NWCA 1ZU0A 2XHDA 3OO7A 1DSNA 4RK2A 3TMGA 1N3WA 3KN3A 3TTKA 3MVYA 3K02A 1BKAA 2G29A 4H1XA 4JBZA 5F7VA 5L9OA 2A5TB 4KD5A 1MQJA 4RK9A 4RPNA 2PYYA 3OO6A 4MF3A 3FXUA 4YKJA 4WEDA 4ZZAA 3RY3A 3THIA 3UK4A 3TUSA 2O6AA 4X1BA 1FTLA 4BLAA 1LB8A 5AA4B 1ZLQA 1QVSA 4ZEDA 4OHNA 5BWJA 1N84A 1DTGA 3E4RA 4FE8A 5KDTB 3RTFB 4XKQA 5J1DA 1DPPA 2UVHA 2FYIA 3G3GA 3O6HA 3KOSA 4POWA 5I2KB 4FIMA 1FW0A 1MDQA 1UTHA 1II5A 2XXIA 3HN0A 4KCCA 2Q9TA 3ONMA 3RN8A 4EQ7A 1RYXA 2FA7A 1P1OA 4NF6A 1QUJA 3WAFA 4IY5A 3SEXA 1H43A 2VD2A 3V83A 3FJMA 4IGTA 3CG3A 2DOJA 1AL3A 4F3GA 4BDOA 3KGCA 4DZ1A 2XD3A 3T66A 4DLDA 5AA3A 3CSBA 2XX9A 5I56B 1OLAA 5H8NB 5B7DA 2ZNUA 2QMWA 2RKMA 2DVCA 3MVXA 5EHMA 3RNNA 3ILUB 4P0GA 1B40A 1GR2A 5CM6A 3C32A 3ECRA 4OENA 1FTKA 3QAXA 2F36A 3LUYA 5DVFA 2XXTA 4LONB 4F1YA 5AA2D 5FHMA 1A99A 2DVZA 3M3KA 3K0VA 3TCHA 1SYHA 4GVOA 5I58B 2VOZA 2HZLA 1LFIA 3CFLA 4RXLA 5I84A 2F8DA 1PEBA 2DWAA 5TP9B 3VFJA 3Q26A 4I8CA 3OXNA 4R73A 3ZKLA 4HCYA 2ZNTA 4FORA 3KN7A 4M1VA 2F7BA 4NF6B 3QSLA 3QYTA 5ICTA 4PFYA 1MPBA 4K3FA 1ELJA 3TQLA 1TXFA 2Z22A 3IB0A 3CG1A 5AA4A 4ZE8A 3RQTA 3EPEA 1A54A 5KDTA 4MLVA 1FTJA 5F1QA 1LCTA 1S9TA 1B6HA 1MH4A 3VLWA 3S9MC 2IEEA 1B4HA 1B7HA 1NH7A 4U23A 4H65A 3KSJA 2V25A 2GH9A 4PFWA 1N76A 2Q89A 5ELVA 3Q28A 3R7XA 2E1SA 1IZ1A 2Q2AA 4NF8A 4NF4A 1S50A 3G3HA 3BKIB 1R9LA 4DXBA 2DWIA 2V93A 3IJXB 4YICA 1MXZA 5KCJA 1B46A 1UIUA 4F1UA 5HM4B 1SW5A 1P1WA 4DDDA 4IY6A 3MZ1A 1XHYA 2B3FA 2GRVA 3PD9A 3I5OA 4RJZA 5DTBA 3T9HB 4UACA 4BDNA 2I0CA 3OEKA 3TZAA 1QUKA 1SD3A 1MXXA 3OENA 4DXUA 3MQ9A 3TTLA 3GXAA 3QUJA 3HSTA 1ZTYA 2UYFA 3OOAA 4QFPA 1B3FA 4E0XA 1P99A 3QUFA 1NKXA 4Q30B 2QS2A 3OMBA 3C9HA 3E9XA 4QSEA 2REJA 1S7YA 1UTBB 3O97A 2ZXTA 3D4GA 4FAJA 3Q25A 2D3IA 5H8FA 2V3UA 3UIFA 1N0TA 1SW4A 1JETA 5CI5A 1BIYA 4G68B 5HPQA 4PP0A 1PBQA 4KR5A 5M2VA 3UGWA 1SW2A 3G3JA 3Q29A 5HBCA 3U1OA 1B7UA 1ZKBA 1OVBA 4LQ2A 1PBPA 3K01A 4ESWA 2DXRA 4ONYA 4ZS9A 3DELB 5IKBA 4F22A 2XXVA 3A09A 4TOZA 3HO7A 3TYHA 3PUXE 4DCXA 4BDRA 3S2VA 1Y4TA 3BFTA 1GV8A 2F78A 2ZYMA 3PPPA 4ZDMA 3K6VA 1LSTA 4FJPA 2D5WA 3MVZA 3S9EA 1MG1A 1D9YA 5L9SA 3LSXA 4H6DA 1USYH 1N7WA 2KLFA 4R6YA 2I48A 5H8SA 4KHZE 3KSXA 3LR1A 3OELA 4OZ9A 4EXKA 3FV2A 1XC1A 2Y84A 4EQBA 2WKYA 2O69A 4QRZA 1YCJA 1DMBA 1Z7ME 3HHGA 1VR5A 2AYSA 2P1SA 3C34A 3ILTB 4ZEIA 1LB9A 1IXHA 1MPCA 3KJ7A 5DEXA 1B1XA 4ZZEA 1JVYA 4C0RA 3PMWA 3JYRA 1IXCA 4KCDA 1JNFA 1M5EA 2H99A 2Z8EA 3R6UA 1N3XA 2I6EA 3U72A 5I57A 1MH3A 4O3BA 4Z7EA 1NH8A 2QPQA 4OQOA 3TCFA 2GHBA 1US4A 1EU8A 3Q27A 4UA8A 5KZTA 4JWYA 3T9VA 3KG2A 3U92A 1M5FA 4YKPA 3SESA 4G68A 1SYIA 2UVIA 4GD5A 3FVKA 3KOTA 4YKIA 1D3KA 4EQ9A 1B7ZA 2Q2CA 4FATA 4TQUQ 3WAEA 2GHAA 1LFGA 2QRYA 4G8NA 5JEIA 1UTHB 4F3PA 3U8QA 3GBAA 2H5YA 3FXRA 4PETA 1P1NA 1B51A 3ZSFA 2Y7KA 4G4PA 1NFTA 2YJPA 3JV9A 2ALUA 1R9QA 4H5GA 3G7WA 4U4SA 4ECFA 3FJGA 5CRYA 4GLIA 2ZYKA 4C1UA 3KBRA 3K2DA 2I4BA 3N5LA 3C33A 5AA2B 3W9VA 1IITA 1YAEA 2F5XA 1MXWA 3KZGA 1R6ZA 3PPRA 2DQVA 1B3GA 2OJTA 4XKNA 1I6AA 3DP8A 4XXUA 1MQHA 4P0IA 1PB9A 4ZEFA 3SEWA 4AB5A 4JWXA 5IAIA 1ANFA 2R9JA 1F9BA 4G8MA 3CFZA 5JTYA 1D4NA 3IO4A 1R1NA 2DXYA 1JW1A 2I49A 3B6TA 4QFLA 4M4GA 5K2XA 3SETA 4FECA 1MY3A 2XXHA 2OWTA 4GL8A 3O9PA 4H67A 3PV0E 4IGRA 3IOWA 3KFMA 3FVNA 2ONSA 2RC9A 4NE4A 4XIGQ 1NMUA 1MXVA 2QSXA 3KJTA 4ZEKA 3U94A 1GTKA 4OTEA 3PPOA 1EZOA 2F35A 2OK2A 2NUVA 3A3CA 1Y3NA 3RPWA 3GZGA 3S4UA 4BDLA 4ZECA 4ZEBA 1IXGA 2DSFA 2F7CA 3K1NA 3IORA 1MQGA 2DWHA 1B5HA 3C31A 4Q5TA 5AA2A 3IAZA 3QK6A 4F3BA 2RC7A 3CR9A 4EF1A 3H7MA 3HCQA 1DOTA 1H76A 1B3EA 2A5SA 4ELOA 2RC8A 3TPAA 4F19A 2OZZA 1EZ9A 4I62A 1FQCA 3PMXA 4IO2A 2CZLA 1Y20A 3FD3A 2M8CA 2XXQA 2ZYOA 3FVGA 1KWHA 4JB7A 5ITOA 2O7UA 1USYE 4U4XA 5K2YA 4KYDA 2H98A 4DE8A 1VFDA 2REGA 5BUUA 3TFLA 1MY1A 1H44A 3PUYE 2XXXA 3K1MA 3BBRA 3IL1B 1MY4A 1Y3QA 1H3DA 4XKPA 2O84X 3EN3A 2H4IA 4R2FA 1OVTA 1SI0A 2ANJA 4LA9A 5JTYB 2QMXA 2I58A 3O6GA 4JSOA 2XXPA 4NF4B 4NF8B 5H8HB 3A3UA 4ZE9A 1OMPA 2DWJA 3BFUA 3O66A 1MXUA 1TWYA 4LVQA 1NNFA 1B05A 4NMYA 4TLLB 2B3BA 4LZ5A 1UQWA 1EH3A 4OMBA 3IB1A 4IO6A 4NTLA 3ZKKA 2RINA 4KQPA 2AL5A 3VVDA 2DE4A 1PC3A 3PMVA 4OEUA 1RKMA 3TEPA 1YPNA 4N13A 2I3VA 4OFLA 4LQ5A 3EF7A 3PD8A 4YB7A 1ZJLA 3IR1A 3RTWB 1POTA 3MP1A 4F39A 1NL5A 3MZ9A 4F2OA 2PBWA 2O1LA 2Z8FA 2UVGA 3TAJA 4MH5A 1XT8A 5CMCA 3ZS6A 4X9TA 1B0LA 1ZMGA 4H0WA 1MM6A 3HPIA 4O3CA 4N6PA 1MY2A 1SVXB 2CMOA 4OVJA 1AIVA 4GRKA 1OQHA 2THIA 2R6GE 3T22A 1QKBA 2F6PA 1Y9UA 3IX1A 2VP1A 1CE2A 3AXFA 4GQOA 1LLSA 1JW5A 1NNKA 3R26A 4FEDA 4KYSA 3UA8A 2FNCA 5ICQA 5ISUA 3HV1A 5EHSA 1P1QA 4U22A 5H8QB 2Y7RA 3K6UA 3VLUA 4BDMA 1UIVA 3H3GA 3TTRA 1IIWA 4X48A 1QULA 1AMFA 1IUDA 4ND9A 3UORA 4F3SA 1URSA 5AE4A 2PT2A 5CBSA 1I6QA 2DP8A 3I3VA 3PUWE 4R75A 3H03A 4RYAA 3RT8A 4R9FA 2ONKE 3JZJA 1B32A 4H8IA 4IO4A 3VLVA 4PFUA 5I2NB 1BP5A 2HAUA 3O6IA 2ESNA 2XXUA 1JEVA 1O7TA 4U1ZA 5DEXB 3TTMA 2Y7PA 4YMBA 4KYEA 2F6GA 2BJJX 4H5FA 1B3LA 1DPEA 4LATA 5I56A 3USDA 5CBRA 4PE5B 1HSLA 2XX8A 4NEDA 4RY1A 4GIZA 3FASA 1O63A 4F1VA 1B5IA 2G93A 2OBGA 1Z7NE 4F29A 3W9WA 2F7AA 3H6TA 1T0KA 3G3IA 1ZBMA 3H6WA 1J1NA 1B9JA 2DE2A 2DS9A 2RCBA 3MPKA 2I0BA 5DT6A 2W7YA 2B65A 3H4ZA 4IO5A 4AQ4A 2X7PA 2QL3A 3FUZA 3KN8A 3IB2A 4G2ZA 4GWOA 1I6BA 1MRPA 4IB2A 4RPOA 2Y7IA 5DVIA 3RLFE 3V8XB 1FQEA 4OYVA 3QXMA 3IOTA 3C4MA 5FHOA 3C35A 1QJMA 4POXA 1PDAA 4EXLA 1LCFA 5EYFA 4YKKA 3MWBA 3P7IA 3T93B 1A7LA 2HAVA 4BDQA 2O1MA 5CC2A 1Y1ZA 1MQIA 2QS1A 2PVUA 4HS7A 4IO7A 1OQGA 1VFEA 3C36A 2HCAA 2R71A 3EHUA 3FIRA 3K00A 2PMSA 4GOTA 1FQDA 4OFJA 3RT6B 1XS5A 4KFQA 3V5AA 3LSWA 2I4CA 3VV5A 3CFXA 2NVUB 1AOVA 1PB7A 5TPAA 1TFAA 5I2NA 4R72A 1LAGE 3RGYA 1EZPA 1D9VA 3MAMA 4H8JA 4Q0CA 3O28A 2YLNA 4R9GA 4KPTA 4EUOA 1MS7A 1Y1MA 3VXCA 3T9XB 1FQBA 3E3KA 3IOUA 1JW4A 4C1TA 3VVFA 5DVJA 1ATGA 1SI1A 4QF9A 4OXVA 3OSRA 4YZZA 4ELRA 4I1DA 4Q8RA 4JXIA 3TQWA 1M5DA 1ZIUA 3OO8A 1MPDA 2UXAA 1A8FA 1B52A 1PB8A 3EHTA 4OEVA 2I3WA 1A40A 5FTIA 2XD2A 3LSFB 1XVXA 3N26A 3H6UA 1URGA 2X7QA 2QJEA 1JVXA 1Q1KA 1QUIA 1B2HA 1QKAA 1XOCA 2ONRA 2Z8DA 1SDXA 4MFIA 4U1OA 4F18A 4OWDA 1FTMA 3FV1A 3UN6A 3B6WA 4YAHX 2ZYNA 3MP8A 1LAFE 5I57B 2XXYA 3IO6A 1M5BA 2LAOA 1L5TA 1B58A 1URDA 3H06B 3IOVA 5H8FB 4GFRA 3L6HA 3PPNA 2GFEA 2RCAA 1N04A 4RNSA 5H8NA 2HXWA 4P11A 4QHQA 3QIMA 2ZMBA 5CMKA 5FTHA 4QSDA 2P0SA 4FEBA 1DTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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