2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
2XX9A 2ONKE 1TXFA 3KJ7A 3H6WA 3L6HA 1FQBA 1O63A 3THIA 1MH4A 3FVNA 5H8HA 4IY5A 4BDNA 2Q9TA 1URGA 4NF5A 2HCAA 4ISUA 2R9JA 4OESA 4HCYA 5H8HB 1O64A 2F34A 1A7LA 4AB6A 5KDTB 1MPCA 1WDNA 2O1MA 3TTNA 3QIMA 2Y7WA 4KHZE 4C1TA 5L8DA 5KZTA 4EQ9A 4DCYA 4F1UA 2F7CA 3JV9A 2WKYA 3A3UA 3G3FA 2A5SA 3UA8A 2FA7A 1SQYA 1IIWA 4F2QA 3K01A 2RINA 4ZZEA 1FW0A 4QFLA 1BP5A 3IO4A 1Y3QA 2ESNA 4G8MA 3SKPA 3OO8A 4YAHX 5CRYA 1XVYA 2DXRA 3PV0E 2D5WA 2H5YA 1P1UA 4DZ1A 3PUVE 4HS7A 3O29A 3C9HA 1B3EA 5DTBA 3TCGA 3FZVA 2O6AA 1DMBA 3ZKKA 4KYSA 3VXBA 1SVXB 1B5IA 1MM7A 3TDJA 1D9VA 1N3WA 3U8QA 5H8SA 4YKKA 4MBPA 1S9TA 3K1MA 3TUSA 1DTZA 4RNSA 1DSNA 4LUBA 5CBSA 4O3CA 3RGYA 1B6HA 3FD3A 3LBSA 5TPAA 3BKIB 1TT1A 1N3XA 4NWDA 5EHSA 3CR9A 2ZMBA 3PGFA 3ONMA 4OERA 4KD5A 4X1BA 2RC9A 2B65A 2Y7RA 1S50A 4FE8A 2G93A 2Q88A 1H43A 5B7DA 1NNTA 4OMBA 1PDAA 3DELB 2NXOA 1AH5A 3LSXA 3IJOB 1FQDA 1SYHA 1HSJA 1FCKA 1PBPA 4G68C 5CI5A 4YB7A 4U23A 4DIGA 1LSTA 5DVJA 4QFPA 1I6BA 4PFTA 4H5FA 2DE4A 4EXKA 3MW0A 4AB5A 3S2VA 1VFDA 4OFOA 3BFUA 5I56A 4RY1A 4OQOA 1P1QA 1B40A 4LP2B 3LUYA 3KG2A 3HHGA 3V89B 3DM0A 2IA4A 3GLBA 2Y7PA 3DLNA 1LAFE 4M1VA 3KOTA 4I9DA 3K1PA 2YPNA 3IK6B 4FIMA 4N13A 2P0SA 1YPNA 5I58A 4M4GA 5ELVA 3LC8A 3UORA 4RPNA 2Q2CA 4PP0A 3TAJA 2REGA 5J1DA 4H8JA 2O7IA 3CSBA 2HFBA 2ZYNA 3MJNA 3O97A 3QYTA 4H6DA 1B1XA 4OWDA 3T9VA 3VVFA 4EF2A 4LQ2A 4XIGQ 4YB5A 4L17A 5H8FB 1BKAA 4IO2A 1GR2A 2XHDA 3FGSA 3M3FA 2B3FA 2R71A 3KBRA 2QS4A 1XS5A 4IY6A 1R9LA 3G3KA 3ECRA 3E3KA 3CI8A 2R6GE 1JNFA 1SW2A 2DWJA 5IAIA 3RLFE 3N6UA 1OQHA 2AL4A 2DOJA 4HCWA 4EUOA 5CM6A 3T93B 5TU0A 2THIA 3KEIA 2XXTA 4JWYA 1TFDA 1NNFA 4EXLA 3PU5A 3E4RA 1AL3A 1D9YA 2F7AA 4FAJA 1DTGA 3TQWA 2DWAA 4Q30B 2OCUA 3P7IA 2XXUA 3IOUA 2GHBA 3SEWA 3G3GA 4NWCA 1EH3A 2H99A 1JEVA 2IEEA 4OTEA 3VLVA 5DVIA 3FXUA 2KLFA 3DP8A 2DS9A 3N26A 3QXMA 2V3QA 3CFLA 4C1UA 1B7HA 4NF8A 1IEJA 1ZIUA 4N07A 3MPKA 2O51A 2I3VA 1US5A 1UQWA 3C33A 5ICTA 1SW4A 4NF8B 4F1YA 1ELJA 1QUJA 1OIBA 4DXUA 4DXCA 2OZZA 1QUKA 3MP6A 3CSGA 3V83A 2UVGA 3MPLA 2HEUA 3S4UA 3W15C 2XXXA 5HBCA 4QSEA 2F78A 1YCJA 1YTVA 3UP9A 3GBBA 4I62A 2OJTA 4GL8A 5I59B 4RK9A 3KJTA 3QUJA 4O3BA 2XXPA 5L9SA 2O7UA 3LSLA 3TTRA 3VE1B 1GV8A 3H3GA 2REJA 3FATA 4XTCQ 1FTJA 1SI0A 4ZDMA 1XHYA 1LBCA 2QMWA 4JBZA 1LCTA 3MZ1A 4OYVA 3QSLA 1MXVA 2YJPA 4BLAA 4MF3A 2FYIA 1MG1A 4G68B 2XX8A 5L9OA 4IO3A 3RTFB 1B4ZA 2F7BA 3W9VA 2RC8A 5IKBA 3FV1A 2AIXA 1Y1ZA 3G3JA 1A55A 4IO6A 2I6EA 4KYEA 1NNKA 3R6UA 4DLDA 3L6GA 1ANFA 1HSLA 1USYE 4DXBA 1LFGA 5KCJA 4NMYA 4R73A 4RYAA 3TCHA 1UIVA 1FQCA 2QPQA 4Z7EA 3TELA 4E0WA 4X48A 3G3HA 3RTWB 5JTYA 2V25A 3FVOA 3HO7A 4OEVA 1Y4TA 3VLWA 1RKMA 3JZJA 2HAVA 2YLNA 5I57A 5K2XA 1ZLQA 3PPNA 1SW1A 3TQLA 2Y84A 2HAUA 3FXRA 1A99A 3MVWA 4U2RA 5I57B 1UTBA 4PQJA 3CIJA 5KDTA 1XOCA 5LOMA 3PMWA 4YMBA 4KR5A 1UTBB 3Q26A 1Q35A 2A5TA 4BDQA 1RYOA 1SYIA 3IAZA 2ANJA 2I48A 3PMVA 2A5TB 2VGQA 3B6QA 4ECFA 5H8QA 5CMMA 2O1LA 3KZGA 4U1ZA 4LZ7A 3IOTA 5CMBA 1B0LA 1MY3A 1ZTYA 1US4A 4HTGA 4NTLA 1R9QA 1IXHA 5H8QB 2Z8DA 1JVYA 1L5TA 3TCFA 4LONB 4YU0A 5FHNA 2RF1A 3GBAA 2O69A 2Z8FA 2F97A 4X9TA 4IO4A 4JWOA 3RPWA 3FV2A 2F6GA 5FTHA 2DE3A 5ITPA 4KQPA 1NH8A 3PUWE 3PPPA 2GH9A 5CMKA 3TPAA 4ELQA 4GXSB 4QRZA 1USYH 3CG1A 2RCBA 4GOTA 3EPEA 1A54A 3PUYE 1QJMA 4ND9A 3EHTA 5AA4B 3IR1A 3O28A 2DYXA 3FJMA 3KOSA 1URDA 3ODBA 3B6WA 4ZECA 4FEDA 5CMCA 4XKPA 3AXFA 5DEXB 3O66A 1NMUA 4H65A 1DPPA 3VDFA 1YAEA 5JEIA 2VP1A 4IO7A 2G29A 1M5DA 4WXJA 2PX1A 2H4IA 4GL0A 1II5A 2XXYA 5FTIA 1LGBC 2Z8EA 3VLUA 3T9HB 4IGTA 2DVCA 2VHAA 3O6IA 4ZEDA 1B0HA 1MXXA 2PT2A 3WAFA 2ZYKA 4QFNA 4TLMB 4F3BA 1JW5A 1DOTA 3T9UA 2HQ0A 1GGGA 2HXWA 1JEUA 4Z0IA 4H1XA 2DP8A 2F35A 4WEPA 1I69A 1IXIA 3RNNA 1B5JA 4BDLA 4F2OA 3MP1A 1DPEA 2Q8JA 3H7MA 2I0BA 4F18A 3PPOA 4DCXA 2XD3A 4QHQA 3MUQA 4R75A 1FTLA 2HZKA 5AA2D 3E13X 4XXUA 5K2YA 1VE4A 2DE2A 1R6ZA 1H3DA 3GZGA 4Q5TA 2QL3A 1MDQA 2CZLA 3U92A 5H8FA 3MP8A 2PVUA 4F3GA 3K6XA 3EHUA 1FTKA 3OENA 5ITOA 5AA2B 3OEKA 2GFEA 4R6YA 3TMGA 1JVXA 1PC3A 1N7WA 1GTKA 2QS1A 2ZNUA 2DQVA 4C0RA 3UIFA 1RYXA 1Z7ME 5EHMA 3KN8A 2VD3A 2XXWA 3OO7A 3MAMA 3PUXE 4P0IA 2ONRA 3R7XA 2V3UA 3GXAA 5HPQA 3FJGA 3K6VA 4EQBA 1MM6A 2QRYA 4OHNA 1M5FA 1URSA 1JW4A 1MY1A 3S9MC 2PBWA 1POY1 4ZE8A 4F39A 2XXHA 2E1SA 1AMFA 4OETA 4X1DA 3HV1A 3KSXA 4H0WA 1Z7NE 1D3KA 3VVDA 1QW0A 1Q1KA 4PE5B 3IB1A 4H67A 2RCAA 1VSOA 4WEDA 4LQ5A 2I3WA 3T9XB 4BDOA 4GD5A 1ZKBA 1OMPA 3KN7A 1ZMGA 2OWSA 5BWJA 1LLSA 1B05A 4BDMA 4GF8A 2DWHA 3N6TA 3S9NC 1B51A 1B9JA 3OO6A 5I2KB 4O3AA 1M5EA 4EF1A 3EQ1A 1CE2A 4GIZA 3V8XB 4FORA 5AE4A 1MDP1 1EU8A 1MQHA 2ABHA 4OVJA 4LA9A 2UYEA 1BIYA 3M3LA 5I59A 2QMXA 1P1WA 2DXYA 4G2ZA 2F5XA 4MLVA 4YKIA 2Q89A 2X7PA 3D4GA 1B1HA 4JSOA 4G77A 2H98A 3FXQA 3A09A 4K3FA 3HN0A 1PBQA 3H4ZA 3MVZA 2B3BA 3SESA 4U4XA 3K2DA 4KPTA 4ZS9A 3Q27A 1LAXA 2Q2AA 3IO6A 3FJ7A 3CVGA 4JB7A 4OFLA 3ZKLA 3HCQA 2O68A 3ILUB 3R26A 1KWHA 4G68A 2I4CA 1SW5A 1N04A 4EDPA 3RQTA 2QSXA 2FNCA 1VR5A 3D4CA 3S9LC 4P0GA 1GVCA 3K6UA 1LCFA 1FTMA 4ZEIA 2I58A 3MVXA 3O6GA 1UIUA 3IJXB 3K6WA 3RN8A 3VFJA 1B3FA 2NOOA 4FATA 1ZBMA 4NF4B 4JWXA 1FTOA 4R9GA 1OVBA 4U21A 4NEDA 2GRVA 5AA3A 3QAXA 3ILTB 1BTJA 4ESWA 3SEUA 3MWBA 2Y7IA 1A40A 4YZZA 2VOZA 2XD2A 1TWYA 1QVSA 1H44A 1LBBA 4DE8A 4TQUQ 4GRKA 4G8HA 1I6AA 4RJZA 3U72A 4YMAA 2UVHA 1AIVA 3IOWA 3O9PA 2ALUA 3UN6A 1OLAA 2P2AA 4R2BA 5F7VA 5I2NB 2DSFA 4DDDA 1B3GA 2I4BA 3N94A 5H8NA 1QKAA 2UYFA 4PFWA 3T66A 1OQGA 2NWJA 4JDFA 3FIRA 2F36A 5H8NB 1MQGA 1NNPA 4GWOA 3T22A 3FVGA 5M2VA 1Y3PA 1QULA 2LAOA 3CFXA 1A8EA 3CRBA 1D4NA 3OD7A 1B32A 1B7UA 1OLCA 2OBGA 1M5CA 1NKXA 4RPOA 4ESXA 4OZ9A 1LFHA 3Q25A 3PPQA 3I3VA 4NF5B 1M5BA 2PMSA 4TLLB 4U1OA 4WKMA 5CC2A 1N84A 2DVZA 3DP4A 4I8CA 1P1NA 1FQFA 3I6VA 1HSEA 4ELRA 3RUMA 4LZ8A 3E9XA 3TZAA 1NL5A 4ZZAA 2XXVA 5TP9A 3IB0A 2M8CA 2NVUB 3LR1A 4FECA 2OK2A 1P99A 1XT8A 3B6TA 3T96B 4G8NA 5TP9B 4POXA 1F9BA 4PFUA 1MS7A 3OMBA 1A8FA 3SERA 1LAHE 1MY0A 5AA4A 3EHSA 4YICA 3VV5A 4OFJA 1NFTA 1B3LA 3ZS6A 4F1VA 3DP6A 5ICQA 3QUFA 3TTKA 4IB2A 3M3KA 2V93A 3OSRA 3PD9A 2AYSA 1B5HA 1MPDA 5DEXA 4F31B 1MXWA 3ZSFA 2DWIA 3BFTA 3TODA 3C36A 4UA8A 3IL1B 3MQ9A 1MPBA 3WAEA 1AOVA 4Q0CA 4KFQA 1I6QA 2I0CA 3W9WA 4FJPA 5F1QA 1PB8A 3EF7A 4FEBA 4YKPA 1EZOA 3SEXA 3TTLA 4JSDA 2Z23A 3IB2A 3IORA 1ZU0A 4RA1A 4GLIA 5TPAB 4RXLA 2UXAA 1PB7A 4LZ5A 2XXIA 1SI1A 2E0SA 5DVFA 3IOVA 3U94A 4GXAA 2VD2A 2QJEA 4MFIA 3U93A 4F3PA 1TFAA 1FQEA 3TKDA 1B46A 1MXZA 3OOAA 2ONSA 4R9FA 5BUUA 2BJJX 1Y1MA 3OO9A 3SETA 3H6TA 2RKMA 2AL5A 4KI0E 4KCDA 5CBRA 3K4UA 1Y20A 4XKQA 4GQOA 1MY4A 1B3HA 2ZNTA 2V3TA 1SBPA 5I56B 4E0XA 2QS3A 2PT1A 1P1OA 4QF9A 3K1NA 1IITA 3QK6A 3RT8A 3BBRA 1Y9UA 1B2HA 2Y7KA 1H76A 3KN3A 5AA2A 2OWTA 1XC1A 1IXCA 4MLQA 5AA1A 1MY2A 4N6PA 1UTHA 4EQ7A 1MQIA 2OLBA 5I58B 3C31A 4QSDA 4POWA 3M8UA 4ZE9A 4OXVA 3CFZA 2H9BA 1UTHB 3MVYA 3VVEA 3HSTA 1H45A 1B58A 5FHMA 2W7YA 2XX7A 1MQJA 4ZEBA 3PMXA 3CG3A 1Y4CA 3HPIA 3TEPA 2ZYMA 3C34A 4PFYA 1SD3A 3B7DA 3G7WA 4ZEFA 3UK4A 3OXNA 3FASA 2F8DA 4ELPA 4KYDA 1WODA 4R2FA 3SEVA 4JXIA 1N76A 1CB6A 1VFEA 4F3SA 2I49A 3H06B 3TFLA 4F22A 2NUVA 5B70A 2ZYOA 3USDA 4R74A 3MZBA 1MQDA 3H03A 4UACA 4I1DA 4QFOA 1JETA 2X26A 3RY3A 3VXCA 2V84A 5HM4B 4H5GA 5EYFA 5JK4A 2QS2A 3RT6B 5L9MA 2CMOA 5DT6A 5I2KA 3PD8A 1POTA 1MXUA 4IGRA 4GFRA 1LAGE 4F29A 3OSQA 3PPRA 4XKNA 1B52A 3V5AA 4H8IA 1N0TA 2F6PA 4GVOA 1LB8A 3C4MA 3TTMA 3LSFB 1SDXA 1ATGA 3H6UA 3UGWA 1NH7A 5A5XA 3O2AA 1IQ7A 3PUZE 4U22A 4KCCA 4NF6A 4U4SA 3F11A 3KSJA 1QKBA 4P11A 1LB9A 3C35A 1J1NA 3JYRA 1IZ1A 5A5XB 3I5OA 2ZXTA 3LSWA 4PETA 4G4PA 4R6HA 4NF6B 3KGCA 3N5LA 3MBPA 1PB9A 3EN3A 2XXQA 1EZ9A 4HW8A 1MH3A 2UVJA 3SDFA 4LVQA 1B7ZA 4R6KA 3KFMA 2ZNSA 2D3IA 2H25A 4OEUA 4BDRA 2UVIA 3FUZA 4AQ4A 2Z22A 1QUIA 2RC7A 3MC2A 4NF4A 3H6VA 4ELOA 3HHFA 4LATA 4NE4A 1EZPA 4OENA 3MZ9A 4RK2A 2O84X 4ZEKA 1O7TA 4ONYA 1B4HA 5FHOA 4XKRA 5DYHA 1PEBA 4TOZA 2XXRA 3K00A 2HZLA 1Y3NA 3A3CA 3C32A 4QSCA 4Q8RA 3U1OA 4YB6A 2D21A 1OVTA 1T0KA 3OELA 4MH5A 4R72A 1JQFA 1FQAA 1LFIA 1IXGA 4YKJA 3K0VA 2P1SA 4THIA 1ZJLA 2X7QA 5I2NA 3K02A 4F19A 3O6HA 1MRPA 4QFKA 3Q28A 3OEMA 5KCJB 5I84A 3S9EA 1N7XA 4IO5A 2GHAA 3Q29A 1S7YA 1JW1A 5ISUA 5JTYB 1XVXA 3TYHA 3G3IA 1BLFA 1MXYA 1IUDA 3FVKA 1R1NA 1WVJA 2PYYA 3SEYA 3IX1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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