2DVZA

Structure of a periplasmic transporter
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
AYPSKAIRVIVPFAPGGSTDIIARLVTQRMSQELGQPMVVENKGGAGGAIGASEAARAEPDGYTLSIATVSTMAVNPACRPKDLPYDPIKDFQPVTNFANTANVVAVNPKFPAKDFKGFLEELKKNPGKYSYGSSGTCGVLHLMGESFKMATGTDIVHVPYKGSGPAVADAVGGQIELIFDNLPSSMPQIQAGKLRAMAIAWPTRIDAIKDVPTFADAGFPVLNQPVWYGLLAPKGTPMDVVNKLRDAAVVALKDPKVIKALDDQGSAPSGNTPEEFAKEIKEQYDWAQDVVKKQNIKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of Bordetella pertussis BugE solute receptor in a bound conformation
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella pertussis
molecule keywords Putative exported protein
total genus 92
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvzA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2dvzA01
4F3BA 4GD5A 1CB6A 3HN0A 2XXWA 3TPAA 1NFTA 1FTOA 2FA7A 2PMSA 4ZEIA 3RT6B 1MXXA 4YB5A 4LATA 2HXWA 4OYVA 4ZZEA 3FXQA 3VVEA 4PP0A 4NWDA 3RNNA 2XXTA 3MVWA 1B6HA 1B0HA 4KPTA 5CMCA 3Q29A 3SDFA 4EDPA 2Q89A 4XKPA 3T9UA 2DQVA 3G3GA 1FTJA 3H03A 1P1QA 3KN3A 3TTMA 2F97A 4OTEA 5ISUA 4QFPA 3MAMA 3IORA 4IO7A 2QRYA 1LGBC 4OERA 4ZEBA 4KYEA 3LSFB 3CRBA 2O1LA 4IY5A 1MQJA 3KFMA 4GF8A 3MWBA 5I57B 1YAEA 4MBPA 1M5FA 3I3VA 2QMXA 3PUVE 1PB8A 5KZTA 1R1NA 1UTHB 1YPNA 1MY0A 1POTA 4R6HA 3PPRA 5CM6A 1NNTA 1OIBA 3TYHA 2AIXA 4RXLA 2E1SA 2F6PA 4LZ7A 1D9YA 2B65A 2OWTA 3T22A 4GOTA 2V84A 2XXIA 1H45A 3PPOA 3WAFA 2ALUA 1N3XA 3OXNA 3K01A 5H8FB 1B51A 4RK2A 3C35A 3O9PA 2B3FA 4U23A 4BDLA 1IUDA 5H8SA 5CRYA 1Y20A 5L8DA 3IK6B 3N6UA 5L9MA 3F11A 2DWAA 5DTBA 4K3FA 4DIGA 4ELQA 2HEUA 1MM6A 2CZLA 1O63A 4DZ1A 2IEEA 2F7BA 1I6QA 3TCHA 5TPAA 4RYAA 3U92A 1NNKA 5H8NA 4G77A 1IITA 3KN8A 4ZEFA 2A5TB 2XXQA 4ND9A 5HBCA 3O28A 1ZKBA 3OSQA 4GIZA 1MQGA 1RYOA 4G2ZA 3TCFA 3H6UA 4POWA 2O7UA 4LUBA 2X7PA 3O29A 3PUZE 1B7HA 2V3TA 4X1BA 2YPNA 1MQIA 1LBBA 3M8UA 2REJA 4ZDMA 4Q0CA 2PVUA 3IL1B 3KJTA 4FE8A 5CI5A 3H4ZA 3LSWA 1XVYA 1EU8A 5I58B 1B3HA 2F7CA 2O1MA 3O66A 2OBGA 3T9XB 1SW1A 2H9BA 4IO2A 3I6VA 1XOCA 4H0WA 5TU0A 2YLNA 3K6WA 1B7ZA 1B46A 1A8FA 5I2KA 1UIVA 1IZ1A 3TDJA 3FUZA 3G3IA 4R73A 4MH5A 3KOSA 2OJTA 3IJXB 5ITOA 2ZNTA 3CFZA 3RPWA 3LC8A 5H8QB 1MH4A 4KFQA 4XIGQ 3IX1A 3U94A 3PUWE 3PMXA 1LFIA 3P7IA 2XXYA 3PD9A 1EH3A 4N6PA 1URGA 3MPLA 4I62A 3MVXA 3ILUB 3TFLA 1WODA 3EHSA 3K0VA 3U8QA 2HCAA 1SI1A 3CIJA 1MPDA 3OSRA 4FEDA 1IXGA 2OZZA 3IOVA 5F7VA 1MXZA 2VD3A 4F2QA 3R7XA 4BDNA 4ZECA 2VP1A 3DLNA 1R9QA 3FJMA 5H8HA 3H6VA 4GVOA 3ILTB 4ZEDA 3K1MA 3PPQA 4C1TA 4R74A 1JW5A 1OVTA 1PC3A 3OOAA 2DP8A 5EHSA 5FTHA 3VLWA 2F6GA 3IOTA 2XXPA 5K2XA 2Q2CA 2CMOA 1GR2A 4N07A 3MC2A 2OK2A 1GV8A 3RQTA 1DTGA 4IB2A 4R6YA 3IB0A 4F3PA 3JZJA 3TTRA 3MP8A 4OFLA 2R71A 2F34A 3UGWA 3MZBA 2QSXA 1UTBA 1NH7A 1PBPA 2QMWA 4I8CA 2Y7WA 1D4NA 2FNCA 3MW0A 1P1OA 1NH8A 1SVXB 4LVQA 2UVGA 1ATGA 4JWXA 5DVFA 2AL4A 3R26A 2X26A 2GH9A 2DE2A 5I59B 2HZLA 1VFDA 1LCTA 5AA4B 1MM7A 2REGA 3UIFA 2V3UA 4EQ9A 5CMKA 5ICQA 3O2AA 3LR1A 3Q25A 3EPEA 2H98A 2I0CA 3FZVA 3S9NC 1Y9UA 2W7YA 3N94A 3KG2A 3PPPA 1N7WA 4IGTA 3TQWA 3RY3A 3O6GA 3IOWA 1UIUA 1B3FA 3C36A 1OQHA 5AA2D 3G3HA 3EF7A 1Y4CA 2NOOA 2RF1A 3IOUA 4OQOA 4ELRA 3GZGA 3A3UA 1NL5A 4ISUA 4KYDA 3MPKA 4ELOA 5A5XA 3ZKKA 1KWHA 3OMBA 1FQBA 5DEXA 1LB9A 2UXAA 3FVGA 2F78A 3KBRA 3HO7A 4YICA 4PFTA 2O6AA 4JBZA 5CC2A 4O3BA 5F1QA 4BDQA 1JW4A 5HPQA 5H8FA 1CE2A 1JQFA 2Y7KA 2O51A 4ESWA 5L9SA 3SEYA 3DELB 2F5XA 4GL0A 2M8CA 2F7AA 2NVUB 2ONRA 1QUKA 2DS9A 1A40A 4EXKA 2DWJA 5DVIA 1SQYA 4G8NA 2UYFA 4RY1A 3C32A 5FHNA 3A3CA 3SEVA 3OENA 4BLAA 4H5GA 4LONB 4YKKA 1N0TA 2PT1A 2D5WA 3FJGA 4GFRA 4TOZA 5AA1A 4H8IA 2XX9A 3K00A 4MLQA 1QKAA 4OHNA 4QF9A 4LZ8A 4RPOA 1MQDA 5LOMA 3N6TA 2AL5A 1JETA 2DVCA 2QJEA 3CG1A 1S9TA 1P1WA 4QSCA 3C9HA 1XC1A 2O84X 1O7TA 1TFAA 5I2NB 1XVXA 4F22A 1DPPA 5I56A 3KSJA 1Y1ZA 1I6BA 3FVNA 1AOVA 2QL3A 1DPEA 3A09A 5KDTA 1SYIA 4MFIA 3RT8A 1PB9A 2THIA 4X9TA 4YMAA 2ZXTA 3ECRA 4LA9A 5ICTA 1A7LA 3C4MA 2XXVA 4EQ7A 4LQ2A 3FASA 1H43A 3C34A 2HAVA 1S50A 2LAOA 1EZOA 3C33A 4G68B 4F1UA 1Y3QA 2I3VA 1JNFA 3EN3A 1NNPA 4FATA 3FXRA 4DCYA 2HAUA 3QK6A 4WXJA 1JEUA 1WDNA 2XXUA 4C0RA 4FJPA 4HS7A 1MQHA 3GBAA 4NF8A 4TLMB 4GRKA 5JK4A 1MRPA 3O97A 5DVJA 3BKIB 1B32A 1BKAA 4OESA 1RKMA 4OZ9A 3T93B 1FTMA 4FORA 4JDFA 1OLCA 1JW1A 4NF5A 3E4RA 1FTLA 3MVYA 4KHZE 3CVGA 2XX7A 1FQFA 3I5OA 5JTYA 1H3DA 2Z8DA 2RC8A 1XS5A 4F3SA 4R6KA 1ZJLA 1M5BA 1FCKA 3UK4A 5DYHA 4U2RA 3TODA 1SD3A 2G29A 4TLLB 5I84A 2X7QA 3MP1A 3C31A 2XD3A 4OFJA 1ZIUA 2XD2A 4RA1A 4Z7EA 1MXVA 3EHTA 3SEUA 4E0WA 4H6DA 1II5A 3TMGA 3Q28A 4U4SA 4KCCA 4MLVA 4H1XA 3VV5A 4F19A 4YKPA 4H5FA 4O3CA 3KJ7A 3DP6A 2I58A 1FTKA 2UVHA 3VXBA 4NF4B 4DXCA 4BDMA 3IAZA 2GHAA 3VXCA 4F29A 1LAGE 4N13A 1T0KA 4EXLA 1QKBA 1I6AA 5DT6A 3OEKA 4WEPA 1ANFA 4GQOA 1B3LA 2V25A 3ZSFA 2ZNSA 3E3KA 4OEUA 3SKPA 1YTVA 4EF2A 2P0SA 1MXWA 4PFWA 3QIMA 4JB7A 2Y7IA 4YKJA 3B6WA 1P99A 4NE4A 4NWCA 1MXYA 4OVJA 2HFBA 4EUOA 1TFDA 4AB5A 4QRZA 2Z8FA 4NEDA 2ONSA 4F2OA 4O3AA 1US5A 4BDOA 3N5LA 4AB6A 1ZBMA 3K4UA 1BIYA 1MDQA 3RN8A 5AA2A 2QS2A 3SEXA 1URDA 4RJZA 4L17A 2DWHA 1B4HA 3V8XB 1D9VA 5TP9B 2RCAA 3SESA 5CBSA 2KLFA 3V89B 3K1NA 2ZYOA 2H4IA 3QXMA 2NWJA 1D3KA 3VVDA 3HV1A 4OENA 4F3GA 3QAXA 4WEDA 3K6UA 3BFTA 4KI0E 2H25A 1URSA 1BLFA 2V3QA 1LB8A 3ZKLA 3TTLA 3H06B 1QW0A 3FGSA 4Q5TA 4F1YA 4M4GA 3OO6A 4R2BA 3UA8A 3USDA 4ONYA 4Q30B 4R9GA 5I2NA 2OLBA 1EZ9A 4JXIA 4U22A 3S9MC 1B40A 5JEIA 4R9FA 4FECA 4P0IA 3TTKA 5FHMA 5TPAB 1USYH 4IO5A 3FXUA 2Q8JA 1SW4A 2B3BA 5H8NB 4NF6B 2ZMBA 3MP6A 1MY3A 2E0SA 2ABHA 3OD7A 2RC9A 3HSTA 3BBRA 4OMBA 1FW0A 4EQBA 1Z7ME 4FAJA 2WKYA 2VD2A 3THIA 3FV1A 4ECFA 3N26A 1A99A 1IQ7A 2NXOA 2DSFA 4LP2B 1LBCA 5I57A 4UACA 3RGYA 4YMBA 3QYTA 2XXHA 3T66A 4I1DA 1DMBA 2QPQA 1N7XA 5B7DA 3H7MA 3ODBA 2F8DA 1UTHA 5K2YA 2QS3A 1P1UA 4H65A 4OFOA 4U4XA 4FIMA 1SW2A 2XHDA 1YCJA 1Y3PA 3B6QA 3M3KA 4ELPA 1BP5A 1SW5A 3T96B 2DE3A 1DSNA 3G3FA 4LZ5A 5I2KB 1MY2A 5J1DA 4P11A 1B9JA 4OWDA 5IKBA 3M3FA 3O6IA 2UYEA 3FVKA 4RPNA 3PD8A 2XX8A 3MZ9A 3TAJA 3Q27A 4Q8RA 3PU5A 3VE1B 2Z8EA 1MH3A 3KGCA 3CG3A 1B1XA 2RCBA 4F39A 4GXSB 2PT2A 4U1OA 4GXAA 1OVBA 4POXA 5CMMA 2ZYKA 3PMVA 1QUIA 3G3JA 3GXAA 4IY6A 2A5TA 5H8HB 4ESXA 2R6GE 3PPNA 4QSDA 1EZPA 3S9LC 4AQ4A 5KCJB 2BJJX 1J1NA 4JSOA 4G68C 2GFEA 1MPBA 4R72A 3W9WA 1AMFA 2PBWA 3TKDA 4NF4A 3E13X 1US4A 5I58A 1QUJA 4YZZA 3CI8A 1Y1MA 3TEPA 1TWYA 2I6EA 4THIA 1Q1KA 4PFYA 1B5HA 1N76A 5ELVA 4HCWA 1MDP1 3HCQA 3B6TA 3Q26A 3M3LA 3KSXA 1UTBB 2YJPA 1N84A 1JEVA 2QS1A 3OO7A 3QSLA 3VFJA 1Y4TA 1ELJA 3IR1A 3K2DA 4GWOA 3DP8A 1BTJA 1F9BA 5H8QA 4XKQA 3UP9A 1WVJA 2DXYA 4EF1A 1OLAA 2Q2AA 2H99A 4HCYA 2Y7RA 1NNFA 3U72A 3IJOB 2Q9TA 4X1DA 3L6HA 1B0LA 3V5AA 2Z23A 3VVFA 5TP9A 4R75A 2ESNA 3HHGA 3EQ1A 3RLFE 3GLBA 3MJNA 2NUVA 3FD3A 4H8JA 1AIVA 2A5SA 5M2VA 1ZLQA 5A5XB 4YU0A 1MXUA 5DEXB 2PX1A 4UA8A 3U1OA 1RYXA 5B70A 3FV2A 1LAHE 5L9OA 1IXIA 1B4ZA 4BDRA 3W9VA 1TT1A 5BUUA 4NMYA 4HW8A 3ONMA 3SERA 3K02A 3FJ7A 4M1VA 2XXRA 3VLVA 2I0BA 4X48A 3PV0E 3TTNA 3LSXA 4JWOA 1TXFA 5EHMA 2HQ0A 1A8EA 3K6VA 3MVZA 5CMBA 1B58A 1Y3NA 3LSLA 1N04A 1N3WA 4NF6A 4QFNA 1PBQA 4WKMA 1SYHA 2F36A 4TQUQ 3ZS6A 4KD5A 3PGFA 5ITPA 5CBRA 4GL8A 5FTIA 3K1PA 4XKNA 4YAHX 3CSGA 4RK9A 5I59A 3KOTA 4YB6A 3TZAA 2IA4A 1MS7A 5AA4A 1GGGA 5BWJA 2V93A 3D4GA 2Y84A 3IO6A 1NMUA 5IAIA 4NTLA 4DXBA 5EYFA 3K6XA 2DYXA 2DVZA 4XKRA 5I56B 1B5JA 3SETA 2PYYA 3RTWB 4RNSA 1USYE 2P2AA 3CFXA 5KDTB 1HSJA 3GBBA 3G3KA 1ZTYA 3OELA 2UVJA 1IIWA 2I48A 1NKXA 2DWIA 1B5IA 2O68A 2DOJA 4DLDA 3S2VA 3VDFA 4DXUA 4Z0IA 3IB1A 2XXXA 4GLIA 2VOZA 1GVCA 3UORA 3QUJA 4QFOA 3U93A 3T9VA 1S7YA 4XTCQ 3MQ9A 2Y7PA 4DDDA 3EHUA 2QS4A 1XHYA 4ZE9A 4IGRA 2Z22A 2OCUA 4F1VA 1IXHA 3TUSA 2VHAA 1B3GA 2P1SA 4U21A 3S4UA 3HHFA 5HM4B 2G93A 3VLUA 1LAFE 4E0XA 1HSEA 1QJMA 4PFUA 3G7WA 3HPIA 2AYSA 4KR5A 4MF3A 1AL3A 4DCXA 4NF8B 1QVSA 1M5CA 2I4CA 3E9XA 1I69A 1M5EA 4LQ5A 1LCFA 4KYSA 1P1NA 1B3EA 1OQGA 4KQPA 3TELA 3R6UA 3W15C 2DE4A 1VSOA 3FATA 1VE4A 1B52A 4NF5B 4PETA 3MBPA 5KCJA 4ZS9A 1R9LA 2I4BA 4KCDA 3AXFA 1SBPA 5JTYB 3B7DA 1PEBA 3S9EA 2ZYNA 3T9HB 4H67A 3IO4A 2O69A 1A54A 2I49A 1Z7NE 2RKMA 2ZNUA 3PUYE 4G8MA 1IEJA 1GTKA 2D21A 3DP4A 3H6WA 3H6TA 4F18A 3CR9A 2D3IA 3MZ1A 2DXRA 4OXVA 1VR5A 3JYRA 3OEMA 1LSTA 1DTZA 4ZE8A 4ZEKA 4IO3A 4IO6A 1Q35A 4OEVA 3RTFB 1AH5A 2ONKE 4QSEA 1DOTA 3DM0A 1B7UA 4U1ZA 4F31B 2FYIA 1FQAA 4QFKA 4YB7A 1PB7A 2OWSA 3SEWA 3TQLA 1MY1A 3O6HA 1ZMGA 3H3GA 1MY4A 3LUYA 3JV9A 4G68A 1VFEA 2GRVA 1LFGA 3WAEA 1L5TA 3KN7A 1UQWA 5AA3A 3L6GA 2UVIA 1JVXA 1MG1A 1HSLA 1MPCA 3FVOA 2F35A 1QULA 2ZYMA 3OO9A 3OO8A 3BFUA 2Q88A 3MUQA 2GHBA 3QUFA 1O64A 1A55A 3PMWA 1SI0A 3TCGA 3FIRA 1FQCA 2VGQA 1ZU0A 1B1HA 3KEIA 3D4CA 1H44A 2H5YA 4ZZAA 5AE4A 4PE5B 4C1UA 1SDXA 3IB2A 4PQJA 4I9DA 1LLSA 2R9JA 4JWYA 2RC7A 2ANJA 4DE8A 4XXUA 4R2FA 3RUMA 5AA2B 4QFLA 1OMPA 4YKIA 2I3WA 1IXCA 1M5DA 4FEBA 4G8HA 2HZKA 1FQEA 1FQDA 1POY1 4P0GA 1B05A 4QHQA 4IO4A 1B2HA 1JVYA 4G4PA 1PDAA 3LBSA 2RINA 1LAXA 3CSBA 2O7IA 4HTGA 1H76A 1R6ZA 1LFHA 4JSDA 3PUXE 3V83A 1XT8A 4OETA 5FHOA 3CFLA 3KZGA 3UN6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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