2DVZA

Structure of a periplasmic transporter
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
AYPSKAIRVIVPFAPGGSTDIIARLVTQRMSQELGQPMVVENKGGAGGAIGASEAARAEPDGYTLSIATVSTMAVNPACRPKDLPYDPIKDFQPVTNFANTANVVAVNPKFPAKDFKGFLEELKKNPGKYSYGSSGTCGVLHLMGESFKMATGTDIVHVPYKGSGPAVADAVGGQIELIFDNLPSSMPQIQAGKLRAMAIAWPTRIDAIKDVPTFADAGFPVLNQPVWYGLLAPKGTPMDVVNKLRDAAVVALKDPKVIKALDDQGSAPSGNTPEEFAKEIKEQYDWAQDVVKKQNIKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of Bordetella pertussis BugE solute receptor in a bound conformation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative exported protein
source organism Bordetella pertussis
molecule tags Transport protein
total genus 92
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvzA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2dvzA01
2F78A 3M8UA 2PT2A 5J1DA 4GQOA 5I2NA 4FECA 1MRPA 1A40A 5TP9B 4DXBA 1M5EA 3CRBA 5CMBA 4QFLA 3IO4A 1BKAA 2X7QA 5AA4B 3K1NA 4E0WA 2P2AA 1JEVA 4M1VA 2I4CA 4WXJA 4R6HA 5EHSA 3B6QA 5AA2A 3T96B 4OESA 4RK9A 3C36A 4R6YA 1B6HA 3PUYE 4JBZA 3MZ9A 4ZEFA 1NL5A 4EDPA 3KN8A 2A5TB 4YAHX 1BLFA 1B58A 1JQFA 4Q8RA 4E0XA 2NXOA 5CM6A 4ESWA 1MQJA 2V84A 3M3KA 4P0GA 5I2KB 3OXNA 4DDDA 5EYFA 1HSJA 3QUFA 5H8NA 3E13X 2QMXA 1A54A 4OXVA 2OCUA 3VLVA 3ZS6A 3FIRA 2XX7A 4X9TA 1UTHB 1LCTA 1FTMA 2RCAA 4BDRA 1WDNA 4Q0CA 2PX1A 3LR1A 1TFAA 4OZ9A 2O6AA 3DP6A 4XKQA 1Y3NA 2ONSA 3FUZA 2R71A 4RY1A 3K4UA 3A09A 1FQEA 2H4IA 4H5FA 1UTBB 4QFNA 3RGYA 4BDLA 1P1UA 4LZ5A 5AA2D 4NEDA 1TT1A 3HHGA 1USYH 3IK6B 1Y3PA 1N04A 2GRVA 3ILTB 3VVFA 5AA1A 1XOCA 4OERA 5TPAA 4I1DA 1O7TA 3HSTA 2F7CA 4NF8A 3O9PA 5ICTA 2O7UA 1PBPA 1YPNA 3HN0A 3CR9A 1N76A 1I6BA 4YB5A 5KZTA 3LBSA 5ELVA 1A55A 1N0TA 5L9SA 4IO3A 1US4A 3T9HB 4MH5A 2G29A 1A8FA 3EF7A 2I3VA 2F7BA 1LFHA 3P7IA 3TZAA 3QXMA 1B32A 5IKBA 5FHNA 3OO9A 4PFTA 4GOTA 4RA1A 3QAXA 1QULA 5HPQA 1FW0A 2Y7PA 4H6DA 1B05A 2UXAA 1ATGA 3L6GA 3C31A 1FTKA 2DXRA 3PPRA 4IY6A 1XHYA 1B5JA 1URDA 2XHDA 3K02A 3V5AA 3T9UA 3O66A 2XXHA 2DYXA 2RC8A 4N07A 2D3IA 3IOWA 3K6XA 4R74A 2REGA 2F97A 3TTRA 2ABHA 4ELOA 1D9VA 3MZ1A 2KLFA 4ONYA 4GFRA 1B51A 1B3LA 1ZMGA 1I69A 1PDAA 2P0SA 2AYSA 2Y7KA 2XXUA 3HPIA 3PMVA 2RINA 3S2VA 1EU8A 1SBPA 1B0LA 3O97A 3CIJA 3RQTA 1IEJA 2O68A 3LC8A 4M4GA 3MAMA 2UVHA 1DSNA 4XKNA 5H8FA 3TKDA 1AMFA 2ZNUA 3MZBA 1Y20A 3FJGA 3TAJA 4F2OA 4ECFA 4F39A 4IB2A 4ZE8A 4YU0A 3I6VA 1FQFA 5F1QA 4WEPA 1H3DA 4OWDA 3JV9A 5DVIA 4F1VA 2A5SA 5DVJA 1PB7A 4I9DA 2HZKA 2XD3A 4YKKA 2V3QA 1MQGA 3THIA 4FIMA 1IXGA 4BLAA 2ONKE 2R6GE 4NF5B 2YJPA 2AL4A 4NF6A 2UYFA 4Z7EA 5H8HB 4MLVA 2VP1A 3A3UA 1B40A 1TFDA 2F35A 1I6QA 5I57A 1MXXA 3FVNA 3TCHA 4G68C 1EZPA 5DEXA 2I4BA 2NOOA 2H25A 1WODA 2Y84A 4PQJA 4U4XA 4DXUA 1XC1A 4PETA 4MBPA 3K6WA 4F1UA 2XXTA 5H8QA 1B3EA 1IXIA 3K01A 4OEVA 3MVXA 5CRYA 4G77A 3A3CA 3IJOB 1O64A 3E4RA 5CMKA 5FTHA 1B52A 1LLSA 3IB2A 3C35A 3C4MA 3SDFA 3VDFA 4ZEDA 2QJEA 4QFPA 4FEBA 1MXZA 3CSBA 3VLUA 2QL3A 3TELA 1P99A 3OD7A 2XXPA 3T66A 4EF1A 1Z7NE 1M5FA 4ZECA 3GXAA 3UGWA 2R9JA 1PBQA 5CBRA 2HEUA 2G93A 3IAZA 3W9WA 1IXHA 3LUYA 4HCWA 1SDXA 3O29A 3KG2A 4DCXA 1MDP1 3SEYA 3SESA 3JZJA 5M2VA 3MQ9A 1MG1A 3FV2A 2PT1A 3SKPA 1GGGA 1P1WA 3LSWA 2QPQA 3T22A 1IITA 1Q35A 1FTLA 1KWHA 2QSXA 1MH3A 3O28A 3RT8A 2YLNA 1BTJA 3SEXA 4U22A 1B3FA 4DXCA 3PPNA 3OOAA 3OSRA 1QVSA 1MQHA 2BJJX 4QFOA 3I3VA 3V8XB 1B1HA 3KN3A 3MJNA 4R73A 1FQAA 1MM6A 2GFEA 1Y3QA 3PUWE 3RPWA 1URGA 2F34A 1Q1KA 3OEKA 1JW1A 2NWJA 4NWDA 3VFJA 2X26A 3G3JA 3BFTA 3KGCA 4KR5A 3UA8A 2Q2AA 4U2RA 1DMBA 3IORA 1SW4A 5DT6A 3OEMA 4AQ4A 3CG3A 2V25A 1OLAA 3MPLA 3EHTA 4R2BA 1S9TA 3VXCA 1N3WA 3R26A 4GL8A 1PEBA 2B3BA 5ITOA 2LAOA 4LQ5A 3OMBA 1QJMA 1FQDA 4THIA 3IL1B 4FEDA 3W15C 1B46A 5I2NB 3U92A 2HQ0A 4PFUA 1R9LA 4Z0IA 4XXUA 3BBRA 1EZOA 2V3TA 3W9VA 1LCFA 1SW2A 2DVZA 3FZVA 4C0RA 4BDOA 4MF3A 3ZKKA 1ZIUA 2D21A 1OVTA 3FATA 4TLLB 1FQBA 1NMUA 3M3LA 2FNCA 3VV5A 4KFQA 1VR5A 3KOSA 4MLQA 3FV1A 4F3BA 5AA2B 3MWBA 1VFEA 1ZBMA 2VGQA 5I2KA 4IO6A 1B3HA 3D4GA 2OWTA 5KDTA 1MXVA 3HCQA 4GXSB 2AL5A 1LAXA 5KCJB 4ZE9A 3FGSA 3H6UA 3DLNA 3K6VA 4GIZA 1AOVA 3K0VA 1GTKA 3I5OA 3B6WA 1MM7A 2Q8JA 1M5CA 4G2ZA 5ITPA 4KQPA 1OLCA 1UIVA 2XXRA 4R9GA 4L17A 2RCBA 5ICQA 4GF8A 4KD5A 1NNTA 2XX9A 3FD3A 5FHMA 5I84A 5H8NB 3KOTA 4N6PA 3IOVA 2W7YA 3OSQA 3PGFA 4FAJA 5DTBA 3IB1A 2Z8DA 4ELPA 4XKPA 3MP8A 4HW8A 4O3CA 1AL3A 2OJTA 3H3GA 4Q5TA 4OVJA 5IAIA 1R9QA 1SQYA 3KSXA 1SI1A 1R6ZA 3EHSA 3H6TA 4DZ1A 3ONMA 4O3BA 4IY5A 2OK2A 4KYEA 2I6EA 1YCJA 4C1TA 2DWIA 4N13A 2HFBA 1BP5A 4G4PA 3UIFA 2XXQA 5BWJA 2OWSA 1LAGE 3ZKLA 2B3FA 4RPNA 1POY1 1EZ9A 4P11A 1MDQA 3TCFA 4QF9A 1MPBA 3K1PA 4NMYA 5CBSA 3G3GA 1UIUA 3G3KA 5TPAB 2IA4A 2REJA 3QUJA 3JYRA 4DCYA 2QS3A 3S9LC 3C33A 4KCCA 1IZ1A 4FATA 3KEIA 3G3HA 2Y7RA 1RKMA 2VD2A 1NH8A 3LSFB 1URSA 3PUVE 1ZTYA 3IJXB 4WEDA 3K00A 4YKJA 4EQ7A 3B6TA 4G8HA 2XXXA 1JW5A 1QUKA 1SW5A 4UA8A 1MS7A 1N84A 2Z8FA 4U23A 4R9FA 1H76A 1NNPA 3KJ7A 1IUDA 2XXWA 3SEUA 1WVJA 2Z23A 1M5DA 4AB5A 3CI8A 3MPKA 1S7YA 3QK6A 4X1DA 1GVCA 4U1OA 4WKMA 3FVGA 2VOZA 3EN3A 4EQBA 3MUQA 2HXWA 4IGTA 1LAFE 4I8CA 4ZDMA 3BKIB 1DOTA 4ZZEA 3FXUA 3SEWA 1JNFA 3GBAA 5I58A 4PE5B 4LZ8A 2E0SA 4O3AA 1QUIA 5H8SA 1JVXA 3PU5A 1QW0A 1OVBA 2UYEA 4IO4A 1LBCA 3KBRA 3RLFE 1B4ZA 4F1YA 2RKMA 1FQCA 1LBBA 5LOMA 1DTGA 1JEUA 5H8FB 1J1NA 1LSTA 4H65A 3EPEA 3PUXE 1ZKBA 3E9XA 3Q26A 2CZLA 1XT8A 3HO7A 3MP6A 2OLBA 1F9BA 2CMOA 3TEPA 5DYHA 1NKXA 1XVYA 4ZEIA 2RC7A 4OFJA 4XTCQ 5TU0A 3OENA 4F18A 4U1ZA 3MP1A 3PPQA 4ESXA 2DE4A 2F8DA 3RNNA 3G3IA 4HTGA 2DE2A 1ZU0A 4NF6B 4ND9A 5I56A 3IOUA 4GL0A 5I59A 4LVQA 5ISUA 1MY4A 4ELRA 5A5XA 5I57B 1Y1MA 4QRZA 4OEUA 1FTJA 2Q2CA 1SI0A 2XD2A 1EH3A 4H67A 5DEXB 2DQVA 4JB7A 1LFGA 1MH4A 5FTIA 1SVXB 2YPNA 1VSOA 2I49A 3E3KA 3TUSA 4YMAA 5H8QB 3BFUA 4FE8A 3HV1A 1ZJLA 4KI0E 3TTMA 3CVGA 4YZZA 2F6PA 1B3GA 1A99A 1TWYA 4TOZA 5JEIA 3SETA 3H6WA 2Q89A 4H0WA 1MY0A 4YICA 4YKIA 2H9BA 3S9EA 3O6GA 1QKBA 3PUZE 5JTYA 1I6AA 3M3FA 5K2YA 3FASA 4IGRA 1IQ7A 3EHUA 1TXFA 1NFTA 4KCDA 4F3SA 5AA3A 4DLDA 1P1NA 3S9NC 3IOTA 4ZEKA 4R75A 1B0HA 1N7XA 1DPEA 3MBPA 4YB6A 3N6UA 2IEEA 3O6HA 3UN6A 3N5LA 2QS1A 3F11A 2I0CA 2ZYNA 2QMWA 1US5A 5EHMA 1SW1A 4OTEA 1NNFA 3T9XB 4NF4A 3CFXA 4MFIA 3PD9A 1A7LA 4BDNA 4TQUQ 1MY3A 4G68B 2Z8EA 3QSLA 4OYVA 3Q29A 1MXWA 4PFWA 4GXAA 2ZXTA 5TP9A 2RF1A 4FORA 4F22A 2O51A 3V83A 4R6KA 4LP2B 4F3GA 1B5HA 4GVOA 5AA4A 4JXIA 3OO6A 3UP9A 3TTKA 3LSXA 3U8QA 3K2DA 3RN8A 1Y9UA 2HZLA 4H8IA 4BDQA 3U72A 3HHFA 4RK2A 2V93A 4FJPA 3QYTA 1USYE 1SYHA 3C34A 1PC3A 3B7DA 2I58A 2FYIA 1Y1ZA 3TTLA 3ECRA 2E1SA 4LA9A 2FA7A 2O1LA 4XIGQ 2A5TA 3LSLA 5F7VA 4U4SA 3PPOA 4OFOA 3MVZA 2RC9A 2ZYMA 4LONB 3G3FA 3C9HA 1N7WA 2ZYOA 4F29A 4QSEA 1H43A 1OIBA 3ODBA 3SERA 4GWOA 1UQWA 2Y7IA 4Q30B 3U93A 1BIYA 5KCJA 1CB6A 2HAVA 1A8EA 3O2AA 4PFYA 4AB6A 1IXCA 2ONRA 1MQIA 4ISUA 1SYIA 4RXLA 3PMXA 1MQDA 4YB7A 4JWXA 4OMBA 1AH5A 2XXIA 4QFKA 5KDTB 4F31B 1UTHA 2O1MA 1Y4CA 4BDMA 3K1MA 4HCYA 2UVIA 4F19A 1R1NA 3Q28A 1LFIA 3FXQA 3MVWA 3H6VA 4EXLA 3VVEA 1B7ZA 3G7WA 4TLMB 1YAEA 1UTBA 1MY1A 5HBCA 1POTA 5DVFA 1DTZA 3IO6A 4YMBA 2ESNA 2XX8A 3KFMA 2DE3A 4R72A 2UVGA 4H5GA 1YTVA 2HAUA 2DSFA 4JWOA 1DPPA 4OHNA 3H4ZA 3IB0A 3VVDA 4H8JA 1XVXA 2VD3A 3TMGA 1QUJA 2I0BA 2PMSA 1NNKA 3U1OA 2Q88A 2O69A 3KZGA 2NVUB 2DWHA 4H1XA 1FCKA 2PYYA 4DE8A 2H5YA 4G8NA 3Q25A 4HS7A 4JDFA 5L9OA 1B7UA 2I3WA 1VFDA 1M5BA 2H98A 4ELQA 5HM4B 3TTNA 4NF8B 3VLWA 4QSCA 1ELJA 4KPTA 3RT6B 2H99A 1IIWA 1PB8A 3DELB 4C1UA 2PVUA 4ZS9A 5JK4A 3FVKA 4F3PA 3CG1A 2F7AA 3MC2A 3KN7A 4OQOA 3T9VA 3WAFA 3U94A 3O6IA 3N26A 2DOJA 1B5IA 4IO2A 3FXRA 1RYXA 4GLIA 2GHBA 3R7XA 4F2QA 5L8DA 5B70A 3FJMA 3CFZA 5AE4A 4K3FA 3TQWA 3RTFB 2X7PA 4G8MA 3PPPA 1H45A 3L6HA 1II5A 3TFLA 4LUBA 3GLBA 1QKAA 1D4NA 4I62A 3ILUB 1B9JA 1OQHA 1MPCA 1Z7ME 1AIVA 2OZZA 3QIMA 1T0KA 3S4UA 3FJ7A 3MVYA 1GV8A 1P1OA 1MXUA 2B65A 1O63A 3ZSFA 3TCGA 1JW4A 1N3XA 2ZNTA 4P0IA 4R2FA 4POXA 2F5XA 3C32A 1XS5A 3DP4A 5I58B 1ANFA 3Q27A 3KJTA 1D9YA 2OBGA 2THIA 1MXYA 2DVCA 2AIXA 1OQGA 4NF5A 4LATA 5H8HA 1B2HA 2V3UA 3UK4A 1VE4A 3MW0A 3CSGA 2F36A 3SEVA 4DIGA 1ZLQA 4GD5A 3D4CA 4OETA 3PV0E 2M8CA 1LAHE 1B4HA 2I48A 4YKPA 1H44A 3PMWA 2ZNSA 4RNSA 5CMMA 3TODA 2QS2A 4EUOA 4JSDA 3OO7A 5CI5A 2DS9A 4U21A 4IO7A 3UORA 2QS4A 1MY2A 2O7IA 4KYSA 3RUMA 3VXBA 3WAEA 2QRYA 2DWJA 2P1SA 3T93B 3GBBA 4QHQA 2HCAA 3H06B 3DM0A 4JSOA 4EF2A 4PP0A 4KYDA 3TPAA 1B7HA 5I59B 5I56B 3TYHA 1PB9A 1JETA 1JVYA 5A5XB 3KSJA 2XXYA 3AXFA 5B7DA 5CC2A 5L9MA 2F6GA 2DXYA 4X48A 3VE1B 4LQ2A 3R6UA 4RJZA 5FHOA 1SD3A 3TDJA 1GR2A 4QSDA 3CFLA 2WKYA 3S9MC 1P1QA 2GHAA 3OELA 1LGBC 2ZMBA 2DWAA 2DP8A 1S50A 4GRKA 5BUUA 3DP8A 4RYAA 2D5WA 5CMCA 3USDA 4RPOA 3FVOA 2Q9TA 3V89B 4JWYA 4POWA 5JTYB 4KHZE 2GH9A 3OO8A 4OFLA 3H03A 5K2XA 2ANJA 3H7MA 1L5TA 1B1XA 3PD8A 4X1BA 3N94A 2PBWA 1RYOA 3K6UA 4EQ9A 1OMPA 2Y7WA 3EQ1A 1MPDA 3IR1A 2ZYKA 4XKRA 4NE4A 1CE2A 1D3KA 2NUVA 4EXKA 3N6TA 4G68A 1LB8A 1NH7A 4UACA 2UVJA 2Z22A 4OENA 2ALUA 4NTLA 4IO5A 2O84X 3TQLA 4NF4B 3RTWB 1HSLA 1Y4TA 4LZ7A 3GZGA 1HSEA 1LB9A 3RY3A 1FTOA 3IX1A 2VHAA 2XXVA 4ZZAA 4ZEBA 4NWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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