2DXRA

Crystal structure of the complex formed between c-terminal half of bovine lactoferrin and sorbitol at 2.85 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex formed between C-terminal half of bovine lactoferrin and sorbitol at 2.85 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 107
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dxrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dxrA02
5I2KA 3PD9A 3MAMA 4OHNA 2XX9A 3PUZE 4IO4A 1B1HA 3PUWE 3FJMA 3F11A 1B3FA 2QJEA 2O1LA 4XIGQ 4RJZA 4WKMA 4OFOA 2F7AA 1LGBC 3RGYA 2QPQA 4OESA 3A09A 3VLWA 3EQ1A 4YICA 1S9TA 3FD3A 3EHUA 3A3CA 4OQOA 4OFJA 2XX8A 3HO7A 5I56A 3C4MA 3T22A 2ZNTA 3MP6A 5TPAA 3VLUA 1TFAA 2NVUB 4YB6A 4ZECA 3N5LA 3OSRA 3MZ1A 3VFJA 4Z7EA 2ESNA 1XVYA 1D9YA 3JZJA 5AA2D 4R73A 1J1NA 1B2HA 1BP5A 2XX7A 3B6WA 4RK9A 4RA1A 4MF3A 4BDOA 4BLAA 2G29A 2XD2A 4FATA 4U4XA 3G3HA 1SW2A 1HSLA 4OXVA 2B65A 4ONYA 4U4SA 3V8XB 3K6UA 2Q2CA 3FIRA 3IAZA 3Q29A 3TKDA 3QAXA 3SEUA 4IGTA 2HXWA 4LP2B 3C32A 2UVHA 2ZNSA 5AA4A 4G8NA 3FASA 5KCJB 4DDDA 1FTOA 3DP6A 4G77A 1YAEA 3IB0A 4DE8A 2HZKA 2QS2A 4UACA 3IX1A 4FECA 5I59A 3I6VA 3SEWA 1Z7ME 3R6UA 4LZ8A 1MPBA 2OLBA 4G8MA 4O3AA 3UIFA 4LQ5A 1TWYA 5M2VA 4YAHX 3PPRA 2DE2A 1DMBA 2H4IA 5DEXA 4PQJA 3IJXB 3UK4A 2G93A 3E4RA 2XXPA 1S7YA 1N84A 2OZZA 1LFHA 5BUUA 3H6TA 1Y3NA 1R6ZA 4WEPA 3O6IA 1VR5A 3PPOA 3FV1A 5H8QA 1BIYA 2I0CA 3CVGA 4U21A 1SYHA 3T9XB 4LONB 1SQYA 5AA2B 3U8QA 3OXNA 4YKJA 4ZS9A 5H8NA 4OERA 1B58A 3RT6B 4N13A 4XKNA 5B7DA 4QHQA 1B05A 1LFGA 3T9HB 3H4ZA 1YPNA 5L9OA 4I62A 1A8EA 1KWHA 3HN0A 1SI0A 2Y84A 3KN7A 4G68A 2UVGA 4OEVA 3G3KA 2HEUA 3ONMA 4ZDMA 2QS4A 5K2YA 5JTYA 1XS5A 1LAFE 4KPTA 4RYAA 1N3WA 1GTKA 1Q35A 1DTGA 4N6PA 4NMYA 4FEBA 3C31A 3IL1B 4F1YA 4QSDA 2ZMBA 3CSGA 2W7YA 4YU0A 3SEYA 3S4UA 4DCXA 3T96B 1POY1 1MPCA 4H1XA 1D4NA 5TP9B 2Q8JA 4X1DA 4H8JA 5H8SA 4F3GA 1SW1A 3S9NC 3KN8A 1MXXA 2I4CA 1VFEA 2F36A 1TFDA 1FTLA 3AXFA 2ZYOA 1JW1A 2XD3A 1FW0A 2ZXTA 3K6WA 5HBCA 4NF5A 4LUBA 1A99A 4PE5B 3W15C 1H3DA 3VLVA 1URGA 2Z22A 1O63A 1R1NA 3SEVA 2VGQA 3THIA 1VE4A 2Z8EA 2I6EA 5H8FA 4GD5A 3GBAA 1I6AA 2DWAA 3ZSFA 1Y3PA 3H6VA 4XTCQ 1F9BA 5DVFA 1MXYA 4BDMA 3O66A 4POXA 3RNNA 2XXIA 1LAGE 4OETA 3ECRA 2I4BA 3IB2A 3V89B 4GRKA 2DXRA 2IEEA 3KOTA 3OEKA 2O7IA 3ODBA 3PGFA 4JWXA 4JB7A 3RT8A 2HCAA 4LQ2A 1B7HA 1QVSA 1QJMA 4GVOA 1AIVA 2FNCA 3MC2A 3VV5A 2ABHA 4KQPA 5EYFA 1B3LA 3CRBA 3TDJA 2OBGA 5HPQA 3IO4A 5F7VA 1FTMA 3KBRA 3C36A 1ATGA 1MY3A 4H0WA 4F2OA 4KYEA 4L17A 1Y3QA 4ZEKA 3PUXE 1B3HA 4F29A 2V25A 2ONSA 2RCAA 4BDRA 3FXUA 1MXZA 1N7WA 2A5TA 3QYTA 4R6HA 1JEVA 1JNFA 2WKYA 3S9MC 4KR5A 3HHFA 1ZMGA 4IO2A 1ZJLA 4H5GA 4F19A 3MP8A 3TPAA 2H25A 3K1NA 3LR1A 3HCQA 4HW8A 1B5HA 4E0XA 4YMAA 4U1ZA 3N6UA 4IO5A 2UXAA 4OYVA 2XXXA 2QMXA 2R9JA 4RNSA 4F1UA 4OENA 2M8CA 3HHGA 4N07A 5ITPA 5I57B 2AL5A 2I0BA 4K3FA 3OO8A 1PB8A 2Q88A 3W9VA 4X48A 1Y1MA 3MJNA 2X26A 5H8HB 3FATA 4NWCA 1B1XA 1NH7A 2PT1A 4Z0IA 4MBPA 3MWBA 5I2NA 4JSOA 1LSTA 5ELVA 4F1VA 3EHSA 1FCKA 3IJOB 2XXQA 1SI1A 1PDAA 1WDNA 3K4UA 3PMXA 4MLVA 3VVFA 2Q89A 2RINA 1SBPA 3DLNA 2XXRA 4G8HA 4RPOA 3MVYA 2ALUA 4IY6A 2O51A 4DXUA 2A5SA 5KDTB 3R26A 2XXTA 3PPQA 2V3QA 4YZZA 1GR2A 1URSA 3LUYA 3LSLA 3T9UA 2F6PA 3DP8A 5DT6A 3QK6A 2OJTA 4QFNA 3SETA 4XXUA 5AA1A 3G7WA 3U92A 2O84X 2I3WA 4MFIA 4IGRA 3FXRA 2H99A 1T0KA 3TTRA 3QIMA 3OSQA 4R2BA 4BDNA 4NF6B 1NFTA 5I58B 4G4PA 1JW4A 3HV1A 1MQGA 1A7LA 3SESA 1AOVA 3SKPA 2HZLA 3UORA 3ZS6A 3O28A 1FQCA 1UTHB 1M5DA 1B6HA 3C34A 2Y7PA 4GF8A 4R74A 2O6AA 4I1DA 2P0SA 3OMBA 2RKMA 1ZBMA 3VDFA 4GXSB 3FVOA 3MP1A 3PUVE 4OMBA 3ZKLA 1B5JA 3MVXA 5DVIA 4TLMB 5KCJA 1XOCA 2H5YA 3OO9A 5DYHA 2E1SA 1FQFA 4C0RA 3CR9A 1IITA 3KJTA 3IB1A 3K1PA 3BKIB 1EH3A 3MPKA 1B3GA 1SD3A 1URDA 2NOOA 2F97A 3OOAA 1I6BA 2GHAA 1D3KA 4RPNA 1NNKA 1N0TA 1R9QA 4NWDA 1UIVA 2DOJA 2VHAA 2B3BA 4KFQA 3MBPA 4NF4B 1SW4A 1M5BA 1OIBA 1NL5A 1IZ1A 2O68A 1WVJA 4OZ9A 4X1BA 5AA3A 5L9SA 3RTWB 1B51A 1SDXA 3GXAA 1MQHA 4FJPA 2PBWA 5ICQA 3TZAA 3D4GA 4EF2A 5AA2A 2P1SA 3CFXA 1EU8A 2GRVA 1CE2A 4G68C 2Z23A 3LC8A 4NF8B 5CBRA 1PEBA 2UVJA 1UQWA 4P11A 2Y7RA 4OTEA 4IO3A 3CIJA 4JXIA 3L6GA 3K6XA 1L5TA 4P0IA 5KZTA 3LSFB 3BFTA 3RLFE 2YLNA 1B40A 3KSJA 1LCTA 2V93A 4QRZA 1MQDA 2F6GA 2DVCA 3KG2A 4EXLA 3M3LA 4JDFA 2LAOA 1P1NA 1B32A 2QS3A 1A55A 1GV8A 1B52A 3G3JA 5ICTA 1WODA 3DP4A 4OEUA 3M3KA 1MM6A 3RN8A 1LAXA 3Q25A 2Y7WA 4R2FA 1US5A 1LLSA 4THIA 2NUVA 5A5XA 2RC8A 2HAVA 3QXMA 4OVJA 3TCFA 3PU5A 4TLLB 1IUDA 2D3IA 1IQ7A 5CMCA 3P7IA 3QSLA 3V5AA 4F3BA 3PMWA 2VD2A 3K2DA 3TAJA 1P1WA 1P1QA 3VXBA 1IXIA 2KLFA 4TOZA 1A8FA 2QMWA 4ZZAA 3B6TA 2Q9TA 1B4HA 1XC1A 3FJ7A 3SEXA 5I84A 2X7PA 1O64A 4G68B 4ZEDA 4H65A 2DQVA 2DWIA 5CI5A 2O1MA 2ZYNA 3TUSA 1TXFA 3QUJA 2UVIA 1PB7A 3MZBA 3PD8A 3ILTB 3RUMA 2DS9A 4KYDA 4Q8RA 4HCWA 3S2VA 5TU0A 2QS1A 4R6KA 1LFIA 3R7XA 1MY4A 3MUQA 1MRPA 3TELA 1QW0A 5CC2A 1LBBA 2DYXA 1FQBA 1UTBB 3KFMA 1AL3A 2ONKE 1EZPA 1NH8A 4LA9A 4EQBA 5B70A 1B3EA 4GWOA 3O9PA 4F2QA 3E9XA 3GZGA 3U93A 1MPDA 1B7ZA 4YMBA 3MPLA 1JVYA 4E0WA 4RXLA 1MY0A 1XVXA 3IOVA 1MQIA 2RF1A 3S9EA 2AYSA 4GLIA 2DVZA 2Z8DA 4U22A 1IEJA 4BDQA 3USDA 4LZ5A 3TODA 2RCBA 3B7DA 3QUFA 1LB8A 4XKQA 2I49A 3K0VA 3U1OA 1N04A 1MDP1 2D21A 2H98A 4M4GA 3S9LC 4R72A 3MQ9A 3EHTA 3C33A 3KSXA 1H43A 1FQDA 2PT2A 3H6WA 2ZYMA 4KCCA 1HSEA 5I57A 4PETA 3CFZA 4RK2A 1ZIUA 1MQJA 4O3BA 1HSJA 5H8HA 3IOTA 1OVBA 1DPEA 3Q28A 2O69A 5J1DA 1MH4A 1YCJA 2P2AA 2XHDA 1BTJA 1ANFA 4O3CA 1LBCA 2PYYA 4LATA 4YKIA 2Z8FA 3TQLA 4WXJA 3E3KA 4AB5A 4KCDA 3T66A 4X9TA 1N3XA 5FHNA 2PVUA 4FIMA 1POTA 1XT8A 2YPNA 3O6GA 1OQHA 2ANJA 3UA8A 2XXUA 3CG3A 3OELA 3CI8A 1IIWA 4GFRA 3TTLA 2QRYA 3V83A 3BBRA 1ZU0A 3LSXA 4DXCA 5FHOA 4HCYA 1IXGA 3PPPA 3IORA 1Y4CA 4EQ9A 1N76A 2YJPA 4Q5TA 1US4A 3TQWA 4UA8A 1DSNA 3FV2A 3I5OA 3UN6A 4NF6A 2DWJA 5I58A 3PPNA 1N7XA 1RKMA 1GVCA 3KN3A 4DZ1A 4NE4A 4AQ4A 2OWTA 3RPWA 5K2XA 1M5CA 1UTHA 2F35A 1B0LA 5CM6A 4ND9A 1LAHE 2QL3A 3IOWA 3L6HA 1BLFA 1FTKA 1QUJA 5FTHA 4DLDA 5CMKA 3H6UA 4KHZE 3KOSA 3EF7A 4C1UA 4F3SA 1OQGA 1Z7NE 3FGSA 1PC3A 1QUIA 4ISUA 3K02A 3BFUA 2X7QA 4F3PA 3IO6A 3RY3A 4DCYA 2ZNUA 4HTGA 4FAJA 2AIXA 4QFLA 5I2KB 1YTVA 4NEDA 4OWDA 3DM0A 3KZGA 4KI0E 3PMVA 2XXVA 4Q0CA 3FZVA 3IOUA 1MXUA 1PBPA 3Q27A 4ZE9A 3KJ7A 4YKKA 3K6VA 3O97A 4QSCA 4IO7A 4U23A 4NF4A 1JETA 4EUOA 4ELOA 3A3UA 1OMPA 3TEPA 1I69A 4KD5A 1JQFA 2PX1A 3TTMA 5I56B 1H44A 1O7TA 3FUZA 4MH5A 5TPAB 4ZEBA 1SW5A 3T93B 3RQTA 4NF8A 1OVTA 2Y7IA 3M3FA 2DSFA 1EZOA 4QFPA 5L9MA 3U94A 1VFDA 3KGCA 4XKRA 2NWJA 1VSOA 5EHMA 4R6YA 1ZLQA 4M1VA 2F8DA 2DP8A 4ZE8A 4JBZA 4IO6A 4U1OA 1CB6A 3CG1A 3K00A 1MDQA 3WAFA 4R9GA 1ZTYA 3HPIA 5EHSA 1RYOA 1D9VA 2Q2AA 4OFLA 1MS7A 5AA4B 5DVJA 4F39A 1B9JA 3TTNA 2GHBA 4H6DA 1UIUA 2AL4A 2XXYA 3SDFA 5I59B 4DIGA 4Q30B 5AE4A 1B4ZA 1QKBA 4HS7A 1S50A 3TCHA 1DPPA 1M5FA 3N26A 5DEXB 2ZYKA 2F78A 2D5WA 2E0SA 4JWYA 3VXCA 1MG1A 2R6GE 3MVZA 1USYH 3U72A 1BKAA 5BWJA 3FVNA 2Y7KA 3MVWA 4YB5A 5ITOA 4GXAA 1Y9UA 3JV9A 5F1QA 5TP9A 1USYE 4AB6A 3OD7A 2CZLA 3JYRA 3O29A 2ONRA 5H8QB 2NXOA 3OO7A 4GL8A 4ESXA 1M5EA 4PFTA 2I48A 4R9FA 2UYEA 3DELB 4PFUA 2R71A 1SYIA 3TFLA 3OEMA 5H8NB 2H9BA 1II5A 2V84A 2CMOA 4IB2A 3O2AA 1H45A 4PFYA 1A54A 1IXCA 4F22A 1MY2A 4YKPA 4EXKA 4YB7A 2XXHA 3E13X 1I6QA 1B5IA 4LZ7A 3FJGA 1P99A 4GL0A 4P0GA 1FQAA 1IXHA 3WAEA 3MW0A 4BDLA 4I9DA 3N94A 4QSEA 3VVDA 5DTBA 1UTBA 3VE1B 3K01A 1JW5A 1NNFA 5JTYB 5A5XB 1NNTA 2REGA 1H76A 2I3VA 3H03A 4PP0A 3TTKA 1B0HA 2XXWA 2F34A 4G2ZA 4POWA 1AH5A 3UGWA 1DTZA 3PUYE 3M8UA 3ILUB 2BJJX 1A40A 3H3GA 4R75A 1JEUA 4JWOA 2VP1A 3RTFB 1SVXB 2I58A 4MLQA 2DE3A 1PB9A 3TMGA 3TCGA 1NNPA 4DXBA 2VD3A 3KEIA 2OK2A 1B46A 4FEDA 3HSTA 1ZKBA 1OLCA 1JVXA 2F5XA 4NF5B 3I3VA 5ISUA 3UP9A 2THIA 2B3FA 4I8CA 3ZKKA 3C35A 3D4CA 5H8FB 4RY1A 1MXWA 1Y4TA 3G3GA 2HQ0A 4JSDA 1P1OA 2F7BA 3EPEA 3MZ9A 3LSWA 4ELQA 2O7UA 1FQEA 3GLBA 3G3FA 5FHMA 1QULA 2UYFA 4ZEFA 1LCFA 3SERA 5IAIA 5IKBA 4EDPA 5JK4A 3GBBA 2FYIA 1RYXA 1MXVA 2QSXA 4ELPA 3OO6A 4ECFA 4ELRA 3N6TA 4QFOA 4ZZEA 5CMMA 1ELJA 1GGGA 4PFWA 3FVKA 3VVEA 2HAUA 3PV0E 5FTIA 2OWSA 4QFKA 4F31B 4EF1A 1NMUA 4ESWA 2A5TB 1DOTA 3G3IA 1TT1A 4GQOA 2F7CA 3IK6B 4LVQA 2V3UA 1QKAA 3OENA 1R9LA 2GH9A 1Q1KA 1B7UA 1AMFA 2DE4A 4FORA 3Q26A 5CMBA 4F18A 4C1TA 2DXYA 1P1UA 5KDTA 2DWHA 3O6HA 1EZ9A 5LOMA 2IA4A 4GOTA 1LB9A 4FE8A 5CBSA 1Y1ZA 4TQUQ 3T9VA 2RC7A 1Y20A 5JEIA 2V3TA 2REJA 4H8IA 2RC9A 4EQ7A 4ZEIA 3TYHA 4GIZA 1MM7A 3W9WA 2GFEA 2FA7A 5HM4B 4NTLA 3CFLA 1MH3A 3K1MA 1OLAA 2PMSA 3FVGA 4U2RA 5L8DA 3FXQA 1FTJA 2HFBA 1QUKA 1XHYA 1NKXA 3EN3A 4IY5A 3CSBA 3C9HA 3H7MA 3B6QA 4XKPA 4H67A 4KYSA 5CRYA 5I2NB 1MY1A 2VOZA 3LBSA 2OCUA 3H06B 4H5FA 1PBQA 4QF9A 4WEDA 3IR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y5LA 5I2KA 3PD9A 3MAMA 4OHNA 2XX9A 3PUZE 4IO4A 1B1HA 3PUWE 3FJMA 3F11A 1B3FA 2QJEA 1FBPA 2O1LA 4XIGQ 4RJZA 4WKMA 4OFOA 2F7AA 1LGBC 3RGYA 2QPQA 4OESA 1LEVA 4GWZA 3A09A 3VLWA 3EQ1A 4YICA 1S9TA 5I7IA 3FD3A 1NV1A 3RPLB 4X8RA 3EHUA 3A3CA 4OQOA 3D1RA 4OFJA 2XX8A 3HO7A 1EYIA 5I56A 1LBWA 1NV4A 3C4MA 3T22A 2ZNTA 3MP6A 5TPAA 3VLUA 1TFAA 2FIXA 2NVUB 4YB6A 4ZECA 3N5LA 1NV5A 3OSRA 3MZ1A 3VFJA 4Z7EA 2ESNA 1XVYA 1D9YA 3JZJA 5AA2D 4R73A 1J1NA 1B2HA 3ROJA 1BP5A 2XX7A 4P3LA 3B6WA 4RK9A 4RA1A 4MF3A 4N91A 4BDOA 4BLAA 2G29A 5DW8A 2XD2A 4FATA 4U4XA 3G3HA 1SW2A 1HSLA 4OXVA 1XI6A 4PCDA 2B65A 4ONYA 4U4SA 4KXPA 3V8XB 3K6UA 2Q2CA 3FIRA 1IMEA 3IAZA 2OWZA 3Q29A 3TKDA 5ET6A 3QAXA 2QVUA 1FPJA 3SEUA 4IGTA 4DI3D 2HXWA 4LP2B 3C32A 2UVHA 2ZNSA 5AA4A 2WEFA 4G8NA 3FASA 5KCJB 4DDDA 1FTOA 3DP6A 4G77A 1YAEA 1CNQA 2WX9A 3IB0A 4DE8A 2HZKA 2QS2A 4UACA 5IZ3A 3IX1A 4FECA 5I59A 3I6VA 3SEWA 1Z7ME 4GWSA 3R6UA 4LZ8A 1MPBA 2OLBA 4G8MA 4O3AA 3UIFA 4LQ5A 1TWYA 5M2VA 2P3NA 4YAHX 4AS4A 5IGAA 3PPRA 2DE2A 4GBWA 1DMBA 2H4IA 5DEXA 4PQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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