2DY4A

Crystal structure of rb69 gp43 in complex with dna containing thymine glycol
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A structural rationale for stalling of a replicative DNA polymerase at the most common oxidative thymine lesion, thymine glycol.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(CTG)P*GP*GP*AP*AP*TP*GP*A*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*
total genus 265
structure length 902
sequence length 902
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dy4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dy4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dy4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dy4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dy4A03
5HLFA 3IG1A 1HNIA 1XHZA 2HNZA 3ZSZA 3KJVA 5FRMA 3AVGA 4NCGA 1UOCA 1LW2A 5C24A 3VQ5A 1W9HA 4L8RB 4M41A 3MEDA 1BISA 4E1MA 1LAVA 4CJRA 3ALYA 3VQ7A 1SKWA 4C8KA 4CEBA 2GBZA 1L3TA 3VN5A 4DU3A 1JLQA 5HRRA 4CF1A 3L3VA 4CEZA 4FYDA 1HYSA 2HMIA 3QNNA 5HRNA 1ZBHA 4J2EA 1I39A 4CHPA 1NK5A 1HJRA 1RBVA 3AO4A 2BGGA 2JGUA 1WSHA 4CJTA 1S1WA 1J53A 3QEIA 3P83D 2P1JA 4KHQA 4BE2A 4Z4FA 1ASUA 4KHWA 2EHGA 1NK0A 4B08A 3F73A 1J9AA 1KVCA 3OYIA 3RR7A 3ZT1A 1BL3A 4GVMA 3I8DA 4KFBA 1QSLA 3TAQA 1NKEA 3NF9A 1JLFA 3ULDA 4K8ZA 3C94A 1ZBIA 5C42A 4KAZA 4DFMA 4Z4HA 1BCOA 1S1VA 2OPRA 4CHYA 2Z1JA 2XHBA 4C8NA 1QSYA 3V9XA 1JKHA 4KHYA 4FJ9A 1REVA 3SPYA 4LD0A 2YNGA 4RW9A 3QINA 4CJWA 1RBTA 1BIZA 4FCYA 1BCMA 3IAYA 5DMRA 4YNQA 5FRNA 4AH9A 4KHUA 1QTMA 3NFAA 3QEWA 1TL1A 3SJJA 3HL8A 3ZSRA 3OYBA 1T05A 4N76A 3LAMA 1RTHA 5HBMA 1NKBA 4CJKA 4KRFA 1FKOA 1BGXT 4CJFA 4FJLA 1U4BA 3HYFA 1X9MA 4CJQA 2BDPA 4E0DA 3VQ8A 4BE1A 3V81A 3KK1A 3L2VA 5CY4A 4CGFA 4CFCA 5KTQA 4C8OA 1RT1A 3AV9A 3IRXA 4CJSA 1RT4A 3HO1A 3U3GA 3DRPA 4N41A 3WNFA 1YTUA 1HRHA 4DQRA 4CJUA 2GV9A 1J5OA 4NCAA 4LH4A 2W42A 3QLHA 1ASWA 3V9SA 3OYGA 1S1TA 3RRHA 3PY8A 1U47A 4CCHA 4ELUA 3TI0A 1XC9A 1U49A 1ITGA 1VSFA 2P5OA 1BQNA 1K6YA 4RW7A 3NE6A 1SKSA 1HPZA 2D0AA 3DI6A 2O4GA 4W5OA 3CG7A 3RMAA 4HHTA 3V1RA 1NJYA 4E3SA 3PO5A 2Y1IA 1EKEA 2OPSA 4FXDA 5EU7A 3JSMA 4DS4A 1WSEA 4E89A 4CK3A 3PV8A 4DLEA 4FW1A 3H08A 4FJXA 3LWLA 4CIGA 1TK0A 4HVJA 3DLHA 2HVHA 5J2PA 2HHTA 1A5WA 5SZTA 2BE2A 1WNSA 1C1CA 3HVRA 5I42A 4ZTFA 4BWJA 3AVKA 5J2NA 1C0UA 4Q5VA 1IO2A 4EP4A 3NGYA 5D3GA 2HHSA 2B5JA 3VQQA 4JRPA 1WSFA 4B3OA 3QERA 2QXFA 3KLHA 3SZ2A 3OYLA 4FM0A 3NGIA 1T8EA 4M3WA 1NK7A 5J2MA 1BI4A 2YV0X 3QEVA 4DQQA 1VSEA 1Z25A 4KTZA 4R5PA 1BIUA 3O3FA 2G8IA 4DQPA 4O5BA 4E19A 4ELTA 3K5LA 1S9GA 4CHZA 2AJQA 1D5AA 4IKFA 3OYKA 4FJJA 4CJPA 4RW6A 4FZYA 2NUBA 2O4IA 5JS1A 2ZQBA 3VQDA 1C1AA 1XI1A 5KRTA 3AVBA 1HYVA 4B9MA 1C0MA 3QIOA 4HUFA 1JL2A 4EZ9A 1EXQA 3BDPA 4FJNA 4KI6A 3CYMA 3ZSXA 4BDYA 1KSPA 2QKBA 4N56A 2WONA 1LAWA 3VQBA 5HRPA 5T7BA 4HCCA 4B8CA 1LW0A 2DTUA 4DQSA 2YNIA 3T19A 1CLQA 3QESA 3RMCA 4FJKA 2G8WA 3G0ZA 3LANA 3NH2A 4JLHA 2XY8A 4C8MA 3QEXA 3AVIA 1B9FA 3KD5E 1RT5A 3I0RA 2PY5A 3TAGA 3B6PA 5HP1A 2VG7A 4I9LA 2YKNA 4LSNA 1WN7A 1KFDA 4M3XA 1S6QA 3ZSQA 3F9KA 1IKWA 2HNDA 3NGZA 1TKXA 1KCFA 2FBXA 4IDKA 4M3UA 4Z4EA 4PWDA 3TAEA 3UIQA 2ATQA 4CGGA 4O4GA 5CZ2A 3AVJA 3DLRA 1L3VA 5I3UA 4F3TA 2HW3A 3NF7A 1RILA 2QKKA 1W0HA 2YKMA 3CFRA 3SI6A 1VK0A 3OS1A 4B9UA 2E6LA 4DTJA 1Q9YA 2B6AA 3RR8A 3TAFA 1IKYA 4OGCA 1SUQA 4F4KA 3PX6A 3KTQA 4KKOA 3CQ8A 4CIEA 4CHQA 2LSNA 4W5RA 2PYLA 2I5JA 2IOCA 4K8XA 1KLNA 4M45A 3CFPA 1RCHA 4KTQA 3TABA 1YT3A 1RT6A 3MXMA 2KFNA 1DLOA 4IBNA 1L3UA 3RWUA 3ZT0A 1NK9A 4FLUA 3AVMA 3O4NA 1EP4A 2ETJA 3SUPA 2KZMA 3K59A 3QO9A 1NJXA 3LP2A 1UA1A 4OLBA 2IGIA 1IKXA 4CGDA 3RRGA 4ZHRA 1JXEA 3AO1A 4OKEA 2KQ2A 4DSFA 1BI4B 1UAXA 1VSMA 3LPTA 1TAQA 4IG3A 3ZSVA 4FZZA 4FJIA 1EETA 2X78A 4CF8A 4KPYA 4XIUA 4KB1A 1KVBA 1VSDA 1JLAA 4M3YA 4AILC 3ASMA 3BGRA 3EY1A 1WSJA 2F96A 4Z0UA 4F8RA 1VRUA 4Y1CA 4E7IA 4PA1A 3HJFA 3S3NA 4F2SA 3K5OA 1TVRA 1BQMA 4DS5A 1NOYA 3HVTA 2XY6A 1IH7A 2FBTA 3P5JA 4HUEA 1FKPA 3AO2A 4FLYA 3OJUA 1TAUA 1XWLA 2Z1GA 3M8QA 4FJHA 2KFZA 2IC3A 3LZJA 1LWFA 3C95A 3NCIA 4GW6A 3EZ5A 4W5TA 4FW2A 4OPKA 3OYFA 1U04A 4EZ6A 3U3YA 2YNHA 4FM2A 2R7YA 3MEGA 5J2QA 3ZSYA 4CECA 3QNOA 3AVHA 5HROA 4DSJA 1B9DA 3CM6A 4CJEA 4HCBA 4FLVA 1WAJA 2Z1HA 1RBSA 3TAMA 3OYNA 4DFPA 1O1WA 3I0SA 2VG5A 3OVNA 1HQUA 3L2WA 1NOZA 4ZTJA 4G1QA 4NYFA 4DTPA 4Z4GA 4UQGA 2HHQA 4PQUA 3LP3A 4I2QA 3DLKA 3AA3A 2VWJA 4OKKA 2FBVA 1Q9XA 2OA8A 4CFDA 4J2BA 2A1RA 4DSEA 3KK2A 1NJWA 1TGOA 1TL3A 4J2DA 4F3OA 2Z1IA 4B9SA 2OZMA 3RMBA 1EX4A 3VQ6A 3S3OA 3ZT2A 4OVLA 3DOKA 3LWMA 3L2QA 3SV4A 1TV6A 3SQ0A 4Y1DA 2Q3SA 2B4JA 2IS3A 4F2RA 2HHUA 1RTDA 1SL0A 2DY4A 1QS4A 1Y97A 3JYTA 1NK6A 4N47A 1KFSA 5KGWA 1XHXA 3FFIA 2D0BA 1NK4A 4AHTA 2F8TA 5JS2A 4DTSA 3LP0A 2EX3A 4M3RA 1C1BA 1JLGA 4W5NA 3HT3A 1MU2A 2D5RA 2G8VA 1L3SA 4OPJA 4HUGA 1QQCA 2KZZA 1NKCA 2RN2A 3DLGA 1A5VA 4JS5A 1CZBA 1VRTA 3QEPA 1ZBFA 4CJ5A 2OYQA 1JLCA 5K14A 1YVUA 3AVCA 2YHBA 3NF8A 4DTXA 1RDDA 4CK1A 4IG0A 4DTRA 4CFBA 3OYAA 1D9FA 3L2RA 4C8LA 3TARA 1KLMA 4CK2A 3LDSA 4CJ3A 5CZ1A 1QE1A 3P1GA 3D0PA 3VQPA 2HHWA 1Q8IA 4RW8A 4OKJA 3KLGA 4QAGA 1S9EA 2IDOA 4CF2A 3OY9A 2YHAA 4KHSA 4FJ5A 1ZBUA 4E7KA 1TKTA 4E7LA 5CYMA 4BWMA 4DSIA 4OJRA 1VSIA 3CM5A 3MXIA 4KO0A 4OLAA 1QHTA 1SV5A 3OJSA 2OPQA 3ITHA 1LWEA 3L3UA 3V1QA 4I7FA 3HPOA 2E6MA 3OS2A 1IG9A 1NK8A 4QOZB 3HK2A 2ITGA 3M8PA 3KLFA 4FJ7A 3HP9A 4DG1A 3KLIA 4CJLA 3MXJA 3SV3A 1SL1A 4HTUA 2BANA 4O55A 1WAFA 3PX0A 4DTOA 1VSLA 4I2PA 3RMDA 3KLEA 1QSSA 1S1UA 4BE0A 3SQ2A 4CEAA 1D8YA 4B9VA 4OGEA 4BDPA 3OYCA 2RKIA 4DTUA 1J54A 3B6OA 1A5XA 4DTNA 1JXBA 3SCXA 4NCBA 4KV8A 3OYEA 1WLJA 1CXUA 4ELVA 3NF6A 4CEOA 3A2FA 4KTWA 3AO3A 4DMNA 3OS0A 1FK9A 1S1XA 4KI4A 2XO7A 2VG6A 1N5YA 3S3MA 4CIFA 4H4OA 4Q0BA 4DU4A 2JLEA 3SPZA 1CZ9A 1ZYQA 3TR8A 3QIPA 4BDZA 1KTQA 1RTJA 3AO5A 4CGHA 4BACA 3V6DA 4CEFA 3CFOA 1WSGA 2VWKA 4ICLA 3C6TA 4AHVA 3OYHA 4E1NA 1ASVA 1B92A 1DTTA 4J2AA 4CEEA 3T3FA 1X9WA 2G8FA 1GOBA 1R0AA 2RF2A 4DFKA 3ISNC 3HXMA 4CEDA 3DM2A 3OYDA 4YFUA 4M3ZA 1T03A 2DFFA 2IAJA 3PX4A 1N6QA 3KIOA 3DLBA 3KKRA 4CFAA 2RPIA 3VQ9A 3C6UA 3KKSA 1VSKA 3SUQA 1BHLA 1RDBA 2FBYA 1RT2A 4FJ8A 2ZD1A 2WOMA 2OZSA 4QCLA 4CESA 1RT7A 3O4QA 2PYJA 3K57A 3VQCA 3VA0A 4M42A 3AA2A 3V1OA 3VQ4A 1WSIA 4JS4A 3DOLA 4B9LA 2HVIA 2G8KA 4CF9A 4FJMA 4FM1A 1UWBA 1RBUA 3TWHA 1VSHA 2HNYA 4E7HA 4IFVA 3NHGA 4CJ4A 5SWMA 3SUOA 3HSTB 3HM9A 4DSKA 4KHNA 3AVLA 2X6SA 3DMJA 3DYAA 3ZSOA 4M3TA 3ZT4A 4CEQA 3K58A 3AVNA 4Z4CA 1NJZA 3S9HA 3SQ4A 4Z4IA 4KREA 2P51A 3QETA 2GUIA 1S5JA 3D45A 2OPPA 3IS9A 5KRSA 4W5QA 1X1PA 4LY7A 3MAQA 1U48A 5HRSA 3K2PA 5FROA 2DFEA 4FLZA 4I9QA 3V9UA 3LZIA 4DF8A 1KRPA 3VQEA 3U6FA 4PUOA 2E4LA 4TSXA 2Y1JA 3V4IA 2YNFA 3TANA 2D0CA 4ID5A 4CF0A 3SUNA 2G8UA 1VSJA 3SQ1A 1C0TA 1GOAA 2XRIA 4IFYA 3V9WA 1L5UA 1LWCA 4CGJA 3ZT3A 1CXQA 4CJVA 3EYZA 1ZBLA 1SL2A 4DTMA 4MFBA 1IKVA 5KI6A 4DF4A 1HQEA 2XY7A 1G15A 3MEEA 4DU1A 1TKZA 1RTIA 3K5MA 3ZCMA 3TAPA 4GMJB 3VA3A 3HPHA 3O3HA 1JL1A 4B8AB 1TK8A 4EP5A 2ZE2A 4ID1A 2HHVA 3M8SA 1JLBA 1F21A 5KGXA 4LSLA 5CYQA 2DFHA 4CE9A 1C6VA 4RW4A 1U45A 3LP1A 4WE1A 2PZSA 5J1EA 5E41A 3K5NA 3V9ZA 1GOCA 3ZSWA 3O3GA 5DK5A 5FDLA 4H8KA 3KK3A 4MQ3A 3E01A 2HB5A 4FVMA 4N5SA 4DLGA 1RT3A 4JRQA 3NBPA 4DFJA 1X9SA 2KTQA 1YTAA 5C25A 1HMVA 1DTQA 3DRRA 4FLWA 4AHUA 1Z26A 3DLEA 4O44A 3RTVA 4H4MA 4KB0A 4RG8A 2XY5A 1RDCA 3AA4A 3G10A 4CGIA 3OYMA 4O0IA 1FXXA 3T1AA 3OYJA 1RDAA 4FK0A 1KVAA 2A1SA 3AVAA 1HYZA 4FJGA 1D9DA 1RNHA 2G8HA 1I3AA 3PO4A 3LPUA 2P5GA 4DSLA 2HHXA 1TKDA 1JLEA 3VQAA 3WNHA 4B9TA 3AA5X 4CERA 3HP6A 4FZXC 1LV5A 1S6PA 3DRSA 3WNGA 3HPGA 3LAKA 3NH1A 3NDKA 4FLXA 2F8SA 1TK5A 4B9NA 3THVA 1T7PA 3M8RA 4PY5A 4AHCA 4FLTA 4E7JA 3NH0A 3SYZA 1HNVA 3WNEA 4FK2A 3AVFA 1RBRA 2FC0A 3PUFA 4FK4A 4DWIA 4LH5A 4O0JA 2QK9A 3L8BA 3L2UA 1UA0A 3LALA 3MECA 2X74A 4CHNA 4NYNA 2KW4A 4DQIA 2X6NA 3KD1E 3NAEA 4AHSA 4AHRA 1SKRA 4CHOA 3SNNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M7X A;  1FZ4 E;  2NRH A;  3IG1 A;  2BUP A;  1LW2 A;  4H0V B;  1W9H A;  4WCE L;  4M41 A;  3MED A;  1BIS A;  3ENO A;  1LAV A;  1SKW A;  1FZ6 E;  4JK7 A;  2E32 A;  4CF1 A;  5HRN A;  1I39 A;  4JV5 K;  2DEB A;  2ZJP L;  4CJT A;  1J53 A;  1T44 A;  3P83 D;  4GNI A;  3D2E B;  1ASU A;  1NGC A;  4KHW A;  2EHG A;  1NK0 A;  3L1N A;  4B08 A;  4V19 S;  5LY3 A;  3OYI A;  4BR5 A;  4JD2 B;  1QSL A;  4KFB A;  3TAQ A;  3ULD A;  4KAZ A;  4DFM A;  2HHH K;  2ZM6 K;  4BC2 A;  3T1H K;  4FWN A;  2AA4 A;  2FSK A;  2Z1J A;  4RW9 A;  3O8M A;  3DWL A;  3OGL B;  5HL7 L;  3BF3 A;  3IKM A;  1BCM A;  4IO9 L;  4KHU A;  4DUZ K;  4DV4 K;  1QTM A;  3ZSR A;  3HL8 A;  1T05 A;  3C6N B;  1ESV A;  5FLX O;  1NKB A;  1XC3 A;  1G99 A;  4FWM A;  1FKO A;  3LDN A;  1W7A A;  1E4G T;  4NO7 A;  1R59 O;  3VQ8 A;  3V81 A;  3KK1 A;  3R3L A;  4PL8 A;  5KTQ A;  2P9U A;  3IRX A;  3WNF A;  2JH8 A;  2IVN A;  4NCA A;  1U47 A;  1K8K A;  1XC9 A;  5BRH A;  1U49 A;  1VSF A;  1BQN A;  1HPZ A;  1HR0 K;  4U67 L;  4W5O A;  1RDU A;  3CG7 A;  1NJY A;  3V1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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