2DYXA

Structure of the complex of lactoferrin c-lobe with melibiose at 2.0 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-lobe with melibiose at 2.0 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dyxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dyxA02
2Q89A 4BDQA 3PPNA 2VP1A 4U4XA 1B52A 4TLMB 3OELA 3IR1A 3IB1A 2V84A 2O1LA 3CG1A 1N0TA 4MLQA 2P1SA 3VVDA 3C35A 1Y9UA 3M8UA 4OEVA 3N6UA 3S4UA 3RN8A 3FJGA 2ZNUA 4LUBA 1MPBA 4MH5A 4LONB 5H8QA 2QPQA 3PUVE 3L6HA 1MPDA 5I56B 2E1SA 3R7XA 3EHTA 1ZTYA 1QJMA 1D9YA 1IQ7A 3HCQA 1OQGA 3RLFE 3Q28A 4NMYA 5CBRA 1MS7A 3LC8A 3UK4A 3TKDA 2UVHA 4OMBA 3UN6A 1H3DA 3KOTA 5AA2B 5FHMA 1YPNA 3JYRA 4G4PA 2GHAA 2AL5A 3MVWA 3PPQA 1D9VA 4EQBA 4M1VA 1XOCA 4XIGQ 5KDTB 2Y7WA 1M5FA 3FD3A 1I6QA 1FTKA 4QFKA 4H65A 1URSA 2F97A 3IB2A 1RYXA 1ELJA 3FV1A 3K1NA 3TUSA 2F5XA 5H8SA 4R74A 1FQDA 4TOZA 2ZYOA 3L6GA 1Y3NA 4WKMA 3KJTA 1Z7NE 1ZIUA 3U1OA 1MY1A 1HSJA 2Z8FA 2DS9A 3BKIB 1VFEA 2OZZA 3VVEA 4Q8RA 4U2RA 3TMGA 1SW1A 1IITA 1Y3PA 2XHDA 3K6XA 5K2XA 3SESA 3KG2A 3K01A 3U94A 1SI1A 3HHFA 3G3IA 3F11A 1PDAA 1R6ZA 4I8CA 2ZNSA 4F1VA 4U1OA 1QW0A 4LA9A 3MJNA 4I9DA 1NNKA 4DIGA 4FORA 2Y7IA 2GRVA 4QFOA 4H67A 4GLIA 1Y1ZA 4H8JA 1LAFE 3IJXB 2Z23A 2Q2CA 4MFIA 1UTHB 1DPPA 1GGGA 1MQHA 4EF2A 1MY2A 4R6YA 3IAZA 3CSGA 2HQ0A 1JW5A 4F31B 2CZLA 1N04A 3E3KA 2V3TA 3V8XB 2F7AA 2I48A 1H45A 4KCCA 3R6UA 3K4UA 1Y20A 1O63A 4LZ7A 4G2ZA 3DP6A 4XXUA 2ALUA 3BBRA 2H98A 2O1MA 1QUIA 1B6HA 1XVYA 2I3VA 1B5IA 5A5XA 2DVCA 1JW4A 3GBAA 5FHOA 1BLFA 1MDQA 1IXCA 3TTKA 4OENA 2F36A 1H44A 1UQWA 3MPKA 5ITPA 1A55A 3HV1A 4NTLA 1Y3QA 3TELA 5CI5A 3H6WA 3V89B 1B40A 3GZGA 3FV2A 4QSCA 1OLCA 3C4MA 5H8HB 1JEUA 2ZMBA 3KSXA 4WEDA 3OO9A 2BJJX 1MXWA 3CFZA 3B7DA 5DTBA 1B1XA 2R6GE 2ANJA 2Z8DA 2A5TB 5L9MA 3WAEA 5I56A 2F7CA 4PQJA 2HZKA 2DYXA 2P2AA 4UA8A 3RT8A 3PUZE 3PU5A 1N7XA 2F6PA 3MAMA 4ZS9A 4QHQA 2H9BA 1JNFA 1B05A 1DOTA 2RCBA 2PBWA 3G3GA 1JVXA 1ZLQA 2QS3A 5AA4B 1MQGA 1DMBA 4NEDA 5BUUA 1LFHA 2NOOA 2NUVA 2Q2AA 5AA2A 3OO6A 3FVOA 1B7UA 4GFRA 2F78A 1LFGA 1D4NA 3K02A 5JEIA 5AA1A 4OFOA 4IB2A 3GBBA 5KDTA 1H43A 5I57B 1RKMA 3MQ9A 4OYVA 4OTEA 4U1ZA 1A54A 2B3BA 3TQWA 3VFJA 4HTGA 3GXAA 1FTJA 4O3AA 3W9WA 5K2YA 5FTIA 2RINA 3KSJA 3M3KA 1S9TA 2QJEA 3UP9A 1MY4A 4KPTA 4OETA 2R9JA 4LP2B 1M5BA 2UVIA 4C0RA 5FTHA 2G93A 4DCYA 3E9XA 4DDDA 1USYE 2UYEA 2I3WA 4OZ9A 5CM6A 3S9EA 3QIMA 4QSEA 1UIUA 2REJA 1VE4A 3PPPA 1O64A 4FATA 1CB6A 4GXSB 3HO7A 2OBGA 2I6EA 5J1DA 3SEXA 4BDMA 4R73A 4PETA 1P1OA 3EHUA 3KZGA 3KOSA 4LATA 2UYFA 4RNSA 2DWAA 4ZZAA 2H4IA 1LBCA 2H5YA 1M5CA 4IO3A 1NMUA 3C34A 1P1WA 2DXYA 3T96B 3I6VA 4F29A 3RUMA 4ECFA 1NFTA 3FXRA 1UTHA 4F19A 4KD5A 4LZ5A 1FQFA 4U22A 1BIYA 2XD2A 4G8NA 4WEPA 3K1PA 3RY3A 1MQDA 4NF5B 5L9OA 3IOWA 4BLAA 2F6GA 4FJPA 4NF4B 1MDP1 3IOTA 3N26A 2GHBA 3LSXA 3H6TA 1GV8A 3EQ1A 4K3FA 2Y7PA 2X7PA 4U21A 1LAGE 1AL3A 4DXBA 1PB9A 1UIVA 4OWDA 4N13A 1JVYA 4BDRA 1QUJA 1EU8A 1MM6A 1MXVA 4G77A 3CR9A 4MLVA 1Y1MA 5H8FB 1DPEA 1FQAA 3C32A 5L8DA 1B32A 2A5SA 3MZBA 3S9LC 4RXLA 4ZE9A 4N07A 3RNNA 3TCGA 2O68A 3SEVA 5H8HA 3OOAA 4YICA 1MH3A 4P0IA 4N6PA 1QKBA 4GXAA 3TPAA 1B1HA 3DM0A 1ANFA 1ZKBA 4BDLA 3LR1A 1LFIA 3SDFA 3IL1B 3TQLA 2XXQA 5CMKA 2XXYA 1HSEA 2FA7A 1B3FA 3ZKLA 3SEYA 4F18A 1B58A 4AB6A 2FNCA 2A5TA 2PT2A 3N94A 2VD2A 2VD3A 1XHYA 2H99A 1VR5A 4JWOA 3U72A 1A7LA 4R2BA 1NNTA 1R9QA 4JWYA 1L5TA 4GD5A 5AA4A 5B7DA 3ZSFA 3FJ7A 1R9LA 3I3VA 3N5LA 4NWCA 2GH9A 4JBZA 3FVNA 4ND9A 1AH5A 4M4GA 4NF6B 4IO5A 1BP5A 2VHAA 1YCJA 4QSDA 3O29A 4ELPA 1URDA 3TEPA 4R9FA 5I57A 3PV0E 4QFLA 2OWSA 5M2VA 3SERA 4JSDA 4QF9A 3OXNA 2Q8JA 1TT1A 3HPIA 3TTRA 2B3FA 1QUKA 2O7IA 1NNPA 3FUZA 1B4ZA 3G3JA 3UIFA 2QL3A 2KLFA 4EQ9A 4GL0A 1S50A 1SYHA 5EYFA 1PC3A 3ONMA 4KI0E 2RKMA 5I84A 4UACA 4TLLB 2IEEA 3IO6A 4P11A 3FATA 3TCFA 1IXHA 2AIXA 1POY1 2QSXA 1JQFA 4KCDA 1OMPA 3TODA 4DZ1A 1LSTA 1AIVA 3PGFA 1TFAA 3U8QA 4Z0IA 3OEKA 3D4GA 3OEMA 2F7BA 2IA4A 4X48A 3V83A 3UA8A 5CMMA 1UTBB 5ELVA 4HCWA 5IAIA 4H5GA 3T66A 3PMWA 2XD3A 5I58B 1FTOA 3K1MA 1GVCA 4PFUA 4F3SA 1FTLA 4Q0CA 2Q88A 3KGCA 4Q5TA 3MPLA 1SW2A 4JB7A 1P1UA 3D4CA 1MQIA 1M5DA 1N84A 1O7TA 5H8NB 2OWTA 3FASA 4PP0A 4H5FA 2PYYA 4R2FA 1XT8A 3K6WA 3LBSA 1R1NA 4O3BA 3WAFA 3THIA 1DTZA 1FQCA 4IO2A 3QUFA 3Q25A 2YLNA 2I58A 3IJOB 1Y4TA 4HCYA 2AYSA 1TFDA 2DE2A 3A09A 5HM4B 1PB8A 2XXHA 3MP6A 2HZLA 1B5HA 2Y7RA 2O69A 4NF5A 3T9UA 3K6VA 1B0HA 2M8CA 4GIZA 1AMFA 2D5WA 3U93A 3G3HA 3KJ7A 4RYAA 5TU0A 3KFMA 3QXMA 2HFBA 3QK6A 1B3GA 2CMOA 4E0WA 4MF3A 2ONKE 1A99A 1XS5A 3E13X 5TP9B 4BDOA 1B7ZA 2XX7A 5ICQA 3MP8A 3VLWA 3ILUB 3IX1A 3LSFB 2REGA 3FJMA 4JWXA 1KWHA 2B65A 2DOJA 1P99A 2D3IA 4LQ5A 4XKPA 1WVJA 2RC7A 1I6AA 2ONRA 1IXIA 3O6IA 4YB7A 2DWJA 5EHMA 4F3BA 3OMBA 1OLAA 3HSTA 3FXQA 2O7UA 3IOUA 3OSRA 4YKIA 5I59B 3FGSA 5HBCA 2XXXA 2XXIA 3MP1A 4EQ7A 4RJZA 2H25A 3IOVA 1ATGA 4F3PA 2HAVA 4U4SA 5DVFA 4IO4A 2UVGA 1YTVA 4KQPA 3G7WA 4POWA 2DXRA 3A3CA 2QS1A 4HW8A 1BTJA 4QFPA 3HHGA 2ZYKA 3K00A 4ZEIA 1RYOA 4ELOA 1NH8A 1PEBA 4DXUA 1PBPA 3T9XB 2V3QA 1ZBMA 3O6GA 2ZYNA 4FAJA 4KYSA 1TXFA 4AB5A 4KFQA 4POXA 1B0LA 4F1UA 2OCUA 2PMSA 2XXPA 3H6VA 1WODA 4R75A 5AA2D 4IO6A 1Q1KA 4FIMA 3T93B 1SD3A 1MXUA 4BDNA 4GVOA 4EUOA 2W7YA 4ESWA 1SDXA 1LLSA 1ZMGA 3U92A 1FQEA 5LOMA 4F1YA 1LAXA 4YB5A 3W9VA 3P7IA 3LUYA 1B51A 3I5OA 2XXTA 4GF8A 1OVBA 1GR2A 2Y7KA 2V3UA 1II5A 2DSFA 5I2KB 1OQHA 5EHSA 4Z7EA 2DQVA 1FTMA 1B2HA 1LAHE 2ESNA 3EF7A 1Z7ME 1URGA 4YKKA 4YMAA 5DEXB 1NKXA 1UTBA 4GRKA 4NF8B 3O97A 5I58A 2VOZA 4NWDA 3RGYA 2ZXTA 2F8DA 2XX8A 2D21A 1MQJA 5H8NA 3MVXA 1J1NA 2PX1A 4ZDMA 3MZ1A 4FEDA 4YKPA 3IO4A 3TFLA 3QYTA 3UORA 5KCJB 2F34A 5KZTA 1B7HA 4OHNA 1D3KA 1NNFA 5F1QA 4ELRA 3MW0A 2LAOA 3PMVA 4R9GA 1B4HA 5BWJA 2ABHA 4I62A 3CVGA 1H76A 4G68B 1FCKA 1B5JA 4DCXA 3Q29A 1SBPA 2I4CA 3PUYE 4OXVA 5CC2A 1CE2A 3R26A 4PFWA 5TP9A 3Q27A 3HN0A 4MBPA 2QRYA 1N3XA 2AL4A 5I2NB 3MC2A 3G3KA 4F3GA 4X9TA 3RT6B 1QVSA 4F39A 4EF1A 3DP8A 2YPNA 4ZZEA 1MXYA 3UGWA 4C1UA 3OSQA 1LB9A 2DVZA 3PUXE 1EZ9A 1B3EA 1S7YA 4OERA 1B3HA 3PD9A 1LCFA 3TZAA 3TDJA 1XC1A 3T9VA 3MWBA 3ODBA 2O84X 1QULA 3GLBA 3ILTB 2V25A 3ECRA 4H6DA 3CI8A 4FECA 3T9HB 5I59A 3LSWA 4RPNA 3FVGA 2UVJA 5ITOA 1MXZA 4OFJA 2NWJA 3PPOA 3BFTA 2DE4A 3CFXA 1NH7A 3T22A 4IY6A 4H8IA 5HPQA 1SI0A 3MZ9A 2DWHA 2HAUA 4LVQA 4EXLA 2OJTA 3CIJA 2THIA 2QMXA 4JDFA 1FQBA 2NXOA 1EZPA 1N76A 2GFEA 3Q26A 4RY1A 4QRZA 2Y84A 1F9BA 4R6KA 4RPOA 1I69A 4RK9A 4GQOA 4PFYA 4YB6A 4OFLA 4O3CA 4EDPA 5JTYB 1HSLA 2DWIA 3G3FA 4GWOA 4HS7A 4GL8A 1USYH 2UXAA 3VLUA 5TPAB 2RCAA 4IGTA 3KBRA 2PVUA 5AE4A 4F22A 5CRYA 1SQYA 3JV9A 5I2KA 3TAJA 3H7MA 3SEWA 5DYHA 3CRBA 4G8MA 5DEXA 4NF8A 3VDFA 4X1BA 5DVIA 3KEIA 3B6WA 5L9SA 3C31A 3O6HA 4WXJA 4ZE8A 4DLDA 5B70A 1MM7A 2QMWA 1SW4A 3B6QA 3VLVA 2HXWA 3EPEA 3EN3A 1ZJLA 3EHSA 4NE4A 3KN7A 5KCJA 3K6UA 5ICTA 4OEUA 3LSLA 2DP8A 3TTLA 1GTKA 1US4A 4EXKA 3BFUA 3C36A 2P0SA 1M5EA 2Q9TA 4P0GA 1LBBA 3CSBA 4ESXA 1LGBC 1IEJA 3MVZA 4G68A 2HCAA 3C33A 4OVJA 4KYEA 4NF4A 3OD7A 2G29A 2V93A 4YMBA 1QKAA 3SETA 2XXWA 4IGRA 3VE1B 1OIBA 3M3FA 1B9JA 1SW5A 3N6TA 1B46A 4F2OA 2O6AA 2I0BA 1MRPA 5I2NA 3S9MC 2XXUA 3FIRA 3TTMA 1SYIA 2XX9A 5CMCA 2XXVA 1Q35A 3K0VA 2OK2A 1FW0A 3OENA 3OO7A 4X1DA 4YZZA 4YKJA 1MH4A 3DLNA 3ZKKA 1JEVA 5H8FA 3RTFB 2F35A 1LB8A 2R71A 1IZ1A 1Y4CA 2RF1A 4PFTA 1A8EA 3H03A 3C9HA 3IORA 4R6HA 3ZS6A 5ISUA 3H3GA 1AOVA 4ZEDA 4H0WA 3K2DA 1DSNA 4AQ4A 1XVXA 3MUQA 4KYDA 4FEBA 4KR5A 1EH3A 4YU0A 1JW1A 3E4RA 4I1DA 4PE5B 2YJPA 1LCTA 2XXRA 1NL5A 1N3WA 3RPWA 1MG1A 3QAXA 3FXUA 4XKQA 1PBQA 1WDNA 3DELB 2ZYMA 4NF6A 5H8QB 1B3LA 4OESA 5CMBA 3A3UA 2HEUA 1IXGA 4JSOA 2PT1A 3W15C 4ELQA 4QFNA 3JZJA 4FE8A 4R72A 5IKBA 2E0SA 1N7WA 3QUJA 1MY0A 5JTYA 3TYHA 2NVUB 1OVTA 4RK2A 4C1TA 5TPAA 4LZ8A 2FYIA 1IUDA 4GOTA 2I4BA 1ZU0A 1POTA 4H1XA 1I6BA 1MXXA 5CBSA 3RQTA 4KHZE 3VXCA 4XTCQ 2X26A 4ONYA 2OLBA 3KN8A 4IO7A 1VSOA 4L17A 2ONSA 2I0CA 4JXIA 4G8HA 3B6TA 3DP4A 1A40A 2QS2A 1P1NA 3USDA 4U23A 5DVJA 5DT6A 1A8FA 1T0KA 4LQ2A 3SKPA 1P1QA 1US5A 3MVYA 3CFLA 4YAHX 1PB7A 3OO8A 5AA3A 3VV5A 3H6UA 3S2VA 1DTGA 4TQUQ 4OQOA 2X7QA 2DE3A 3MBPA 3KN3A 4ZEKA 4DE8A 2RC8A 2Z22A 5JK4A 3RTWB 3H4ZA 1EZOA 3M3LA 3V5AA 4ZECA 1YAEA 3IK6B 3VVFA 3O9PA 4G68C 3PMXA 4XKRA 1JETA 1MPCA 2RC9A 4ISUA 3O66A 2VGQA 1MY3A 2WKYA 3O2AA 2Z8EA 1TWYA 3PUWE 5FHNA 4F2QA 4ZEBA 3AXFA 3TCHA 1IIWA 1SVXB 1VFDA 3O28A 4RA1A 4E0XA 3VXBA 4XKNA 3TTNA 4Q30B 2I49A 3QSLA 1BKAA 2ZNTA 3CG3A 3PD8A 3FVKA 4IY5A 3FZVA 4THIA 3H06B 3SEUA 4DXCA 3IB0A 3PPRA 3S9NC 2O51A 4ZEFA 5A5XB 2QS4A 5F7VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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