The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
GSSGSSGFQPGDNVEVCEGELINLQGKILSVDGNKITIMPKHEDLKDMLEFPAQELRKY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second KOW motif of human transcription elongation factor SPT5
rcsb |
| molecule keywords |
Transcription elongation factor SPT5
|
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
6
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ4 A; 3CCQ T; 3LGF A; 3A5Z B; 3CXC A; 1KQS S; 1K8A U; 2LCL A; 5IT9 E; 3J7A F; 3PIO A; 1VQ6 T; 3CMA T; 4ZN1 A; 1QVF S; 1K73 C; 2QEX A; 1M1K U; 4TVR A; 3I55 A; 2JOY A; 3CCQ A; 1NZ9 A; 2QA4 A; 2JVV A; 3DLL A; 1YI2 T; 3G71 T; 3P8B B; 4CRI A; 3CCR A; 1Q7Y C; 2DO3 A; 3CMA A; 3CCS T; 1KC8 U; 3G4S A; 1BKB A; 2IG0 A; 3CME T; 1NJI C; 1QVG S; 1N8R C; 5LL6 S; 2L3R A; 3OW2 A; 2JUF A; 5J3B A; 1YJN T; 3LGL A; 5A2Q E; 1RL2 A; 1UEB A; 1JJ2 A; 3I56 A; 1K73 U; 1EIF A; 3CXC S; 1Q82 U; 1M1G A; 2XHC A; 1VQK T; 3G71 A; 1Q86 C; 2KDS A; 4X34 A; 2MI6 A; 2OTL T; 3CCS A; 2MWP A; 3DB4 A; 1SSF A; 3CME A; 1Q81 C; 3JAM E; 1W2B A; 1IZ6 A; 1VQ9 T; 1YJN A; 4YTL A; 1Q7Y U; 3CC7 T; 2E6Z A; 1M90 C; 2OTJ T; 1VQ6 A; 1K9M C; 1VQ8 T; 1NJI U; 3CCJ T; 1N8R U; 2LQ8 A; 4QQD A; 1VQO T; 3ER0 A; 1VQK A; 1YHQ T; 2OTL A; 3CCV T; 3CPW A; 2MWO A; 1YJW T; 1X6O A; 1XNI A; 1YBY A; 5DM7 R; 3CCU T; 1S72 T; 3CD6 T; 5IAY A; 1VQ9 A; 3OW2 S; 1VQP T; 1Q86 U; 5HY6 A; 1YI2 A; 3G6E T; 3PIP A; 1NPP A; 2OTJ A; 1VQM T; 1JJ2 S; 1Q81 U; 1QVG A; 1VQL T; 4RG2 A; 3OYY A; 1YHQ A; 2LVM A; 3I55 T; 3CCV A; 1YJ9 T; 1KD1 C; 1KQS A; 1VQ5 T; 1VQ7 T; 3CC2 T; 5DLQ E; 1YJW A; 3CCU A; 1S72 A; 3CD6 A; 1W2B S; 1K9M U; 3CC4 T; 2QA4 T; 1VQN T; 3CCM T; 3HKS A; 1QVF A; 2G3R A; 3CCE T; 1VQP A; 1K8A C; 1YIT T; 3G6E A; 2JNG A; 3CCR T; 1VQM A; 3G4S T; 3CCL T; 1Q82 C; 1KHI A; 2KVQ G; 3DB3 A; 1VQ4 T; 1YIJ T; 1M1K C; 3KBG A; 3LH0 A; 5FLX E; 5J26 A; 1VQL A; 1VQ5 A; 3CPW S; 1YJ9 A; 2CKK A; 3CC2 A; 1VQ7 A; 3CC7 A; 1XTD A; 3J81 E; 3CC4 A; 1VQN A; 3I56 T; 3CCM A; 3TRE A; 1VQ8 A; 3CCE A; 2QEX T; 4ZN3 A; 3CCJ A; 1YIT A; 1VQO A; 1KD1 U; 2E70 A; 1NPR A; 1KC8 C; 2EIF A; 3CPF A; 1M90 U; 3J80 E; 3CCL A; 1YIJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAN 8; 1EX4 A; 3BFM A; 1K8A U; 3NTH A; 4KGV B; 4CI0 C; 1SF9 A; 1TU0 B; 1K0X A; 4LD9 K; 4C0F A; 5GAO p; 4HKE A; 1AZG B; 4DA4 A; 2DXC A; 5FWB A; 4ORZ A; 3D7S B; 4RCB A; 5CKF A; 1WQ7 A; 2DVJ A; 3VUZ A; 2JVV A; 1FYN A; 1QCO A; 2CZ6 B; 4ELY C; 5HCK A; 3EGD A; 3OSS C; 1BYM A; 3CCS T; 3S6W A; 4RUG A; 1OZ3 A; 2P4T A; 2L3R A; 3CBO A; 2JW4 A; 3EG9 A; 3ZBD A; 4XU3 A; 1OQK A; 2J06 A; 2CYZ B; 4AT1 B; 1VQP Q; 4PLI A; 4ELZ C; 1VQK T; 4A53 A; 3JCM Q; 4J6Y A; 1NYG A; 2KRS A; 4C8Q G; 4JLG A; 1W2B A; 4QVC A; 1UDL A; 2L8D A; 1YJ9 Q; 2X9H A; 4PJO G; 3RKX A; 2KXC A; 3ASK A; 3CCJ T; 1NM7 A; 1Z9Z A; 1UJ0 A; 5C6S A; 4ZGJ B; 3CD6 T; 1TUG B; 2QDL A; 4C8Q D; 1N5Z A; 2EJ9 A; 1KFZ A; 1ZQ1 A; 2I0N A; 4KT0 E; 4PJO D; 2E12 A; 2QGG A; 2KMT A; 3JCM X; 1SRL A; 2HL3 A; 4FIB A; 4B9W A; 2O2O A; 3EGX B; 4ZTF A; 1KQS A; 4HVU A; 1YJW A; 1JQQ A; 3CBP A; 1BIA A; 1C6V X; 3OB9 A; 2ATC B; 2VXF A; 2D9T A; 3SWN C; 2CP7 A; 3EFO A; 1B07 A; 1JBM A; 1LVK A; 1X27 A; 2AK5 A; 4M7A A; 1X01 A; 1X69 A; 3HRU A; 3CC2 A; 3OA6 A; 3CC7 A; 3JCM W; 3CC4 A; 4KH1 B; 1B34 A; 4Q5W A; 2BZY A; 1N9R A; 2EYW A; 3TRE A; 1FMV A; 2QEX T; 2V8I A; 4PJM A; 1UGQ B; 2CS7 A; 4EMG A; 2FB7 A; 3OYK A; 2EAY A; 4M7D C; 1W70 A; 1D3B A; 4PFZ A; 3OBW A; 2OI3 A; 2IPO B; 1M1K U; 3H9N A; 2FZC B; 4MZM A; 1D1B A; 1T0H A; 1YP5 A; 2K7A A; 5GMK l; 3GF5 A; 5HKC A; 3P8B B; 2GFU A; 2DRK A; 3SWN B; 1KJW A; 2YLC A; 2EBP A; 2X3W D; 5CKD A; 3LWI A; 4PFO A; 4QQ6 A; 2RQW A; 1X6B A; 1VYT A; 4C92 E; 3EH1 A; 2GTO A; 1U1S A; 3NMZ C; 4JZ3 A; 1M1G A; 1VYV A; 1Q86 C; 2KQW A; 4BAC A; 2KDS A; 1PD0 A; 2CGH A; 1ZSZ C; 5I21 A; 1FWZ A; 1K1Z A; 2I2L A; 2ENM A; 3EG3 A; 4FYX B; 3CC7 T; 5GAN 5; 4M7D B; 1I0C A; 4LDY A; 1VQ6 A; 2KGT A; 3CCE Q; 2LQ8 A; 3GPL A; 3ER0 A; 1NBE B; 4AFZ C; 4F7U A; 5CKB A; 4IUU A; 1VQ9 A; 3KFV A; 2KI7 A; 2EQU A; 3I35 A; 1F1B B; 2P0P A; 4FT2 A; 5KYW A; 4OMP A; 2ZPF B; 3VS7 A; 4M7A D; 1HYO A; 3CCV A; 3CC2 Q; 2GQV A; 2RF0 A; 1JU5 C; 5DLQ E; 1W2B S; 2FYK A; 3CC4 Q; 1RAD B; 1WNL A; 5FRM A; 2HEQ A; 1WA7 A; 1AT1 B; 1XOV A; 2H3E B; 2MCN A; 3TU4 K; 2KT1 A; 2ROL A; 2RMO A; 1KHI A; 2DXU A; 4FU6 A; 1ZSZ B; 4D8K A; 2RHI A; 3BW1 A; 2RM4 A; 4BI4 A; 1WXT A; 1QP3 A; 1NE8 A; 1I1J A; 4HA8 A; 1VQO A; 1ZBJ A; 2K5I A; 1YIJ A; 4AMC A; 1KQS S; 3QUI A; 2GQI A; 2YRC A; 2JM9 A; 1VQ6 T; 4XTU A; 3QSU A; 1UTI A; 2YXY A; 1SSH A; 3A1P A; 1R0C B; 1UHF A; 1YWO A; 1CKB A; 2A36 A; 2HBP A; 1VUB A; 2E65 A; 3OYC A; 1GCP A; 1WI7 A; 2CP2 A; 2QAS A; 2LQN A; 3HRT A; 2L2P A; 5KE2 A; 2QA4 A; 2HSE B; 4Y92 A; 2YUN A; 1J3T A; 4C8Q C; 2NUT B; 1I8F A; 4MDX A; 4PJO C; 5GAM f; 2BZX A; 3OYD A; 1YJN T; 4JJC A; 3EG0 A; 5GMK m; 2NUZ A; 3JCM J; 3QZ5 B; 4OB0 B; 3I56 A; 4RTW A; 2JM8 A; 1OZ2 A; 3TVT A; 3S3N A; 1D1A A; 3INZ A; 2Y90 A; 3VS5 A; 3R6O A; 2RQT A; 1T3S A; 2A0F B; 4PJN A; 1IO6 A; 2RH2 A; 1KC8 R; 2QDY B; 1LJO A; 4JS4 A; 1PKS A; 2EYY A; 3L1A A; 1G3S A; 1VQO T; 3L2Z A; 2VYT A; 4J6X A; 3CCV Q; 2CSI A; 1VOM A; 2ZPB B; 2DA9 A; 3UPU A; 2ZGW A; 1ACM B; 4OMF B; 2JTF A; 2HCK A; 4K11 A; 2X3X D; 2ZPI B; 1VQM T; 2M51 A; 2IVW A; 1QP2 A; 3NHN A; 1XQH A; 4FM4 B; 1V29 B; 3TEE A; 1UGR B; 1W1F A; 4PJO B; 2RI5 A; 2RJC A; 2E64 A; 1SEM A; 4RTT A; 2QA4 T; 1YNZ A; 3HKS A; 4J9H A; 3U23 A; 1AWW A; 2EQM A; 4A4F A; 1PRL C; 2RO0 A; 3L2Q A; 2FRY A; 2Y4Y A; 2FG0 A; 1O75 A; 3OQ5 A; 1VQ5 A; 1WHM A; 1VQN A; 3I56 T; 4JJN K; 4NL2 A; 4LDV A; 5LJ3 f; 1NLP C; 4ZN3 A; 2WSE E; 1YIT A; 2QI2 A; 4XU2 A; 1WHH A; 2HL5 C; 3ZEH A; 1TH7 A; 2C0I A; 4VUB A; 3CCL A; 3LGF A; 1W4S A; 3V8L A; 1LPL A; 2HKQ B; 3H0F A; 3BDU A; 1B3Q A; 1OV3 A; 3FRN A; 3REB B; 2CZ0 B; 1WFW A; 5KCH A; 3QDF A; 4TVR A; 2JOY A; 3JCM P; 3FLG A; 5J39 A; 3EGD B; 1IHV A; 1WHJ A; 2K79 A; 4JRQ A; 1Q7Y C; 1KC8 U; 4EMK A; 3TQ7 P; 3CME T; 3EG9 B; 1QVG S; 5LL6 S; 4GY5 A; 2LNV A; 3CBM A; 3LGL A; 4ESR A; 3QYG B; 4Z8A A; 2DYI A; 1UEB A; 1WPY A; 2XID A; 5FRO A; 3MP6 A; 2O88 A; 2MI6 A; 2D6F A; 1X43 A; 4CC7 A; 2BKD N; 2P0Q A; 2P84 A; 1N6A A; 3M9Q A; 3REA B; 2EKO A; 4D6W A; 1I4K 1; 4JLI A; 2GFA A; 4M7D F; 3M57 A; 3VRY A; 5IHI A; 5FRN A; 5LJ5 g; 2Z0W A; 4HXJ A; 5I22 A; 5LJ5 e; 1IB8 A; 1C0M A; 3BY7 A; 2K5L A; 1VQ5 Q; 4J7I A; 4KBM B; 2X4W A; 1K9M U; 1VQN Q; 1WX6 A; 3EFO B; 1HSQ A; 1N8R R; 2EYX A; 3MHX A; 2NLU A; 4M7A B; 5GAN f; 4FYV B; 4OP0 A; 4BDZ A; 1M8M A; 2DL5 A; 2FPE A; 2DTH A; 4JDS A; 1GBQ A; 2LCS A; 3CCL Q; 2E3H A; 1B34 B; 4LD6 A; 4R55 A; 2RD1 A; 3ZL7 C; 3RNJ A; 3VU3 C; 5DLO A; 2CP6 A; 1WJS A; 1AWX A; 1IGQ A; 5LJ5 d; 2GCX A; 1D3B B; 2L3P A; 4N4G A; 2NYS A; 3CXC A; 1W2B P; 5CR2 A; 3EHR A; 3T9N A; 3QPH A; 5KYU A; 2DJQ A; 2RHZ A; 3BE3 A; 2WAC A; 4QVD A; 4D8D A; 4DBR A; 2KXD A; 2HMA A; 3EHQ A; 4Y28 E; 3UA7 A; 2R58 A; 1YFN A; 4KUD K; 3PMI A; 3PVL A; 2EQI A; 3M0R A; 1N27 A; 1U3O A; 1SHF A; 2ZAE A; 3QBY A; 1JRI A; 4M78 A; 4M77 E; 3VUB A; 2A37 A; 3CCR A; 2IG0 A; 1ARK A; 1K4U S; 4C5E A; 2CP0 A; 3MEV A; 3OW2 A; 2EVR A; 5AYF A; 3L42 A; 3QHS A; 3G71 A; 2EQK A; 2OTL T; 2RHU A; 2H3J A; 5KH6 A; 4E7L A; 2LRQ A; 2RJD A; 4M75 F; 4RCC A; 1U06 A; 2Y4X A; 4M7D G; 4F7U B; 1WXU A; 1N8R U; 3ZFJ A; 4QQD A; 5CKE A; 3A8M B; 1K8A R; 2L89 A; 1P92 A; 3CCU T; 1MMD A; 4C0D B; 1N9S A; 5KYW B; 5GMK i; 5KYX B; 2QQA A; 3JCM b; 1NLO C; 3OYY A; 4M75 A; 4IUR A; 1KD1 C; 2AKL A; 2QQR A; 1VQ7 T; 1FMW A; 4L59 A; 1WDX A; 1OPK A; 1VQP A; 2JNG A; 2VGM A; 3CCR T; 3G4S Q; 4XQ3 A; 4L6V 5; 2KVQ G; 4WCI A; 3HHT B; 1YJ9 A; 4JJB A; 4Y91 A; 1NEB A; 3MEA A; 1I81 A; 2EYQ A; 3A8H B; 4LE9 A; 4GBQ A; 2YWW A; 3EFS A; 3OYA A; 3HFO A; 3LX7 A; 2XDB A; 1X6G A; 3RUX A; 2M0O A; 4M78 D; 4HCB A; 2GTJ A; 4PNO A; 1K73 C; 2V8K A; 2XU8 A; 3SHW A; 1YWP A; 3H0H A; 2X4J A; 3CCQ A; 1RAC B; 3G71 Q; 3CMA A; 3JCM h; 4BE2 A; 3VYG A; 4WF2 A; 1M90 R; 3L2U A; 4BI3 A; 2PQW A; 4V2S A; 1NEG A; 4HCC A; 4MZP A; 4C92 F; 1TXQ A; 1RL2 A; 3M4Y A; 1GFD A; 2MMP A; 3CXC S; 3GBQ A; 4X34 A; 4M75 G; 2HNI A; 3LYI A; 1Q81 C; 3JAM E; 1IZ6 A; 5IH2 A; 2KT8 A; 3TSW A; 4LUD A; 3AHU A; 2FRW A; 4AFU C; 2QQB A; 2VVK A; 1TUD A; 3OYB A; 3UF4 A; 2MAM A; 1Y96 A; 5CIU A; 4BB7 A; 4KRT A; 4M75 D; 1QVG P; 4C92 A; 1YBY A; 2J6F A; 1OPL A; 3FJ5 A; 3A8G B; 3OW2 S; 4N4H A; 3QKJ A; 2WSC E; 3OYE A; 1M1K R; 3HRS A; 1MMN A; 3AT1 B; 2A3L A; 4JRI A; 2OJ2 A; 4RG2 A; 4O5V A; 3OYL A; 3NFC A; 1IGU A; 2EJF A; 1BI1 A; 3QDR B; 5CK9 A; 2LNH B; 2YSQ A; 3MJX A; 1PRM C; 2GGR A; 1ZHI A; 1ZLM A; 3PGG A; 1UUE A; 2X4X A; 5EC7 A; 5GAO r; 4M7A F; 2COY A; 4F17 A; 5J26 A; 4ZTJ A; 2DAQ A; 2QXF A; 2M16 A; 4DEY A; 1C1A A; 3LLR A; 3CCE A; 4BY6 C; 1YCY A; 4X9D A; 2VWF A; 2ZCF B; 2DTI A; 3RBB B; 1M90 U; 3JB9 H; 2QGF B; 3CCQ Q; 1FMK A; 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5IT9 E; 1PSE A; 1BB9 A; 3PMT A; 1SG5 A; 2EGC A; 1MMA A; 1QVP A; 2R5M A; 2LZ6 B; 1S1N A; 4M78 B; 4M75 C; 3VJP A; 3LWH A; 4JRP A; 1JJ2 P; 1IXD A; 1MV3 A; 2DO3 A; 4J9B A; 3BDL A; 1MHN A; 2EQJ A; 1E7O A; 2V26 A; 5FU6 B; 2PVO B; 2PVG B; 5GAO n; 4NS5 A; 5GAM g; 2K4Y A; 2HZY A; 2MYS A; 2JZ2 A; 4LNP A; 4XU0 A; 1WIE A; 5D6X A; 3C12 A; 5GAM e; 2RK1 A; 4GLK A; 1JXM A; 7AT1 B; 1UGV A; 1G3W A; 3M5A A; 6AT1 B; 4C5H A; 2MPX C; 1WQW A; 3CEY A; 2DL3 A; 1VQ9 T; 2LC4 A; 4J9G A; 3FJP A; 5GAN 3; 4XTY A; 5L23 A; 4F7U G; 1GCQ A; 3CCV T; 4OML A; 2ZPE B; 1S72 Q; 2AZS A; 4MMK A; 1T3L A; 2E5Q A; 3PVQ A; 4N4I A; 4A4H A; 2K3Y A; 1Q82 R; 1RAA B; 1M3C A; 1WJR A; 5HY6 A; 2DKG A; 2VAS A; 1NPP A; 4KH0 B; 2JMC A; 4M75 B; 3GLX A; 1VQL Q; 2BE9 B; 2M0Y A; 3PE0 A; 3I55 Q; 1YHQ A; 2XK0 A; 1KG1 A; 1Q7Y R; 1U1T A; 4DBQ A; 2COW A; 4LXC A; 4QW2 A; 5C0M A; 4RTV A; 3VS6 A; 2RJF A; 1QKW A; 4HCK A; 1QWE A; 1YIJ T; 2E10 A; 4A4K A; 2D0N A; 3L2R A; 2DER A; 3CPW S; 1HK9 A; 4GLM A; 2QQ9 A; 3RES A; 3VYH B; 4BI8 B; 5LJ3 g; 1AZE A; 2EYZ A; 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