The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
119
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structure length |
115
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Chain Sequence |
KKAYFYHSSFQILNVEYTEALNSPATHEYRTLSERIEAMITDEFRGSSLKSEFIRTHVVKLRKEGTGVVADVVMKFRSNRKVMKTRIQSVLRRLSSSGNLEIAPSNEITSLTDQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SEA domain of transmembrane protease from Mus musculus
rcsb |
| molecule keywords |
Transmembrane protease
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
37
|
| structure length |
115
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2007-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01390 | SEA | SEA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | SEA domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E7V A; 1IVZ A; 2ACM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YX4 A; 2HNZ B; 1U2F A; 3PDN A; 1NCL A; 3KHG A; 2WB4 A; 4L3N A; 3OW2 R; 1IBM J; 1RT5 B; 2VH7 A; 3C16 B; 2DR5 A; 3C15 B; 5CYQ B; 4UUW A; 3LH2 S; 4NLV A; 2XMJ A; 3ILI A; 1RK8 A; 1HMV B; 2MJN A; 3MEC A; 1HBN B; 2IM3 A; 2EW9 A; 2HLT A; 1NPR A; 2W7P A; 1FRI A; 4KV8 A; 3MPY A; 4K4V A; 3UVJ A; 1PJ6 A; 3DRS B; 2MPU A; 1U1Q A; 5C2G A; 1EAY C; 2BKP A; 1S10 A; 1Y00 A; 3TJA A; 1C1C B; 3M05 A; 1O8B A; 4J7C A; 4ELV A; 3KMQ A; 2RML A; 3DRP A; 3N0V A; 2O66 A; 3IBC B; 4A8F A; 4Z37 A; 4ZVP B; 1X9M A; 3BSO A; 4Z7Y A; 2KFN A; 2GMJ A; 4F4W A; 4LIW A; 4DS5 A; 1R6V A; 3CD6 S; 3N5B A; 1R31 A; 1Y7P A; 1X31 C; 1ZTW A; 4ECR A; 3H40 A; 2L9D A; 2DR8 A; 4ED4 A; 3UW1 A; 2AT1 B; 1S4F A; 1SQG A; 2N3O A; 2R7X A; 4NA1 A; 2W9C A; 5ETO A; 1EET A; 2KT2 A; 3CSK A; 2MKS A; 4DSF A; 1HNI A; 2AJ1 A; 4WYL A; 1RKI A; 5KFC A; 1NDP A; 3RR8 A; 3JTP A; 2FLN A; 3BGU A; 1CSJ A; 3JB9 k; 4V19 X; 3D4J A; 4R25 A; 4NL5 A; 4MYU A; 3T5K A; 5EWF A; 2MKH A; 1WG1 A; 3M32 B; 1MNE A; 3V6D B; 2MZ1 A; 4NI2 A; 4MIW A; 1ZS6 A; 3OTB A; 4O3Q A; 2IMO A; 4ZP7 A; 1M5P C; 3E01 A; 4TNO A; 4ILM A; 4YFU A; 5L1L A; 2UVR A; 2VV5 A; 4G1Q B; 2PT0 A; 3SBM A; 2V4J A; 2K3I A; 1IKY B; 3Q8R B; 1LWF A; 1VC5 A; 3IM8 A; 2BMB A; 4YME A; 3Q8Y A; 4J9S A; 4DV2 J; 3IMQ J; 5J2N B; 2RB7 A; 3UWT A; 2BJ3 A; 3MPW A; 1CBK A; 1SJ3 P; 4DUT A; 3GYG A; 2DPI A; 3GU0 A; 1FWK A; 1S76 D; 2LLZ A; 5KFE A; 2MYF A; 1U6F A; 3PKY A; 4O3R A; 2QV6 A; 2DEI A; 2C2M B; 3CIZ A; 1X60 A; 4DPT A; 2LYV A; 2J5A A; 1FWP A; 1OPZ A; 4KGZ B; 4RLE A; 2Q3P A; 5J2P B; 3SCJ E; 1FXR A; 4N56 A; 3CJ0 A; 2RIL A; 2H54 B; 4OX7 A; 4OX6 A; 3J80 Y; 1ZAV A; 2ZUA A; 4WFZ A; 1X5T A; 4CDI A; 1FRK A; 1XNQ F; 1IN0 A; 2ERR A; 2QTW A; 1FDN A; 3BN7 A; 3BGF A; 3C6U B; 4YB7 A; 1K9M T; 1W25 A; 3TA2 A; 2XHC A; 4DFK A; 4OYZ A; 2FHK A; 1Q4R A; 1DTT B; 2NUH A; 2IBO A; 5ADZ A; 2EFP A; 4NLP A; 1JKH A; 3AOA A; 2IA6 A; 4ECS A; 3B6B A; 5KFH A; 2XYP B; 2QYC A; 1DQ8 A; 2G0I A; 4KGK A; 1WF2 A; 1HR0 F; 4B3R F; 4MK8 A; 5I42 A; 3SDE B; 1WDD A; 3MM7 A; 2QLF B; 2WBM A; 4WXW A; 5B0E A; 3ZZP A; 2W2N P; 4CLP A; 4HHH A; 1IM6 A; 4IO9 Q; 1RA7 A; 3BKF A; 3C8Y A; 4CQ1 A; 1XIQ A; 5CH7 B; 2JEI A; 3JXO A; 2KXF A; 4LRE A; 2OPR A; 1XMO F; 1EZZ B; 3SSS A; 5AE1 A; 5HQL A; 2HAF A; 4R0J A; 4A48 A; 4PG7 A; 4OMF G; 5HMZ A; 2IBK A; 3OFG A; 1RT1 A; 1NBE B; 4OYP A; 1FRM A; 2C1E B; 2MSS A; 5KT7 A; 2VDI A; 3R5A A; 5HLF B; 3BO4 A; 4YEA A; 3LUY A; 2OPS B; 4QWA A; 3T9N A; 1S6O A; 3I82 A; 3FKB A; 2VPX B; 2H1Y A; 3DLH A; 1ZAX A; 2K3K A; 3A3O B; 4KHM A; 2BQR A; 3NGR A; 1IBC B; 2ZJQ Q; 2HNY B; 1X5S A; 2AIR B; 1RAC B; 1AZS B; 4B3S F; 2OPQ B; 4OZ2 A; 3S01 A; 3DN9 A; 3QRP A; 3J7Y I; 4L73 A; 2BX6 A; 2HBZ B; 4K2X A; 4MJK A; 4ZPC A; 3CD5 A; 3JS9 A; 1CJU A; 3JSY A; 3M2R A; 2H4W B; 1IKW A; 3RYL A; 4EFA C; 4AL5 A; 1YJU A; 4I2P B; 1FJC A; 2EFN A; 4M5L A; 2AJ0 A; 5F3T A; 5GAE I; 4TY8 B; 1S1U A; 3CDU A; 3EVW A; 3AJ2 A; 1UVN A; 4CO2 A; 2B4P A; 3C15 A; 2CA9 A; 3PFO A; 3FBC A; 3CCJ S; 1DUR A; 1HMV A; 3RW6 A; 1HW9 A; 3KLG A; 4MK7 A; 1V3S A; 2NCK L; 1R8H A; 4USI A; 1ZBT A; 4F0K A; 3FJ2 A; 3TVZ A; 1YG0 A; 4P7T A; 3UDV A; 5KFF A; 2HRT A; 1HBM B; 1KBR A; 3MCM A; 4BLG A; 4ZVF A; 1RTH A; 3T19 A; 4YOE A; 1LXJ A; 1UFK A; 3GFH A; 4DV7 F; 1NAQ A; 1R43 A; 5HI7 A; 1RLC L; 3CF5 Q; 4ICL A; 4ZVT B; 2HUR A; 4ILL A; 1RP5 A; 5KFS A; 2D3O 1; 3M8S A; 1FK9 B; 3KUH A; 1UKU A; 1RDR A; 2IM1 A; 1RB0 A; 4ZN1 A; 3EE3 A; 3NGU A; 2PI5 A; 3KJQ B; 2YTC A; 3PG9 A; 4U8V A; 4TYB A; 3PKM A; 3BS9 A; 1NZA A; 5A8K B; 4WZM A; 1IKX B; 3ZTS A; 2DGW A; 4A8X A; 1NK9 A; 2JL9 A; 1H2T Z; 2LDY A; 2W7A A; 2CJA A; 1U2R A; 4C3K A; 4ZIT A; 5LMN F; 2ASD A; 2DNO A; 2V5H G; 3DOL A; 3L7P A; 3ENQ A; 3LGM A; 4USM A; 1FRJ A; 1CVJ A; 5HP1 B; 3R6L B; 2BVZ A; 4XPC A; 1AB8 A; 3MM6 A; 1CJT A; 1VQ7 S; 2CKW A; 4OZ1 A; 2LEA A; 3TP2 A; 2CJX B; 1FKO B; 3IA0 A; 1XTZ A; 4JI5 J; 2AX1 A; 1OY6 A; 1HHQ A; 4I6Y A; 2FGC A; 3A8K A; 1V9O A; 1UET A; 2R8H A; 4O44 B; 1H98 A; 4HTJ A; 3H98 A; 4DG1 B; 1TL1 B; 1QDU B; 3UD4 P; 2HQF A; 2R8I A; 4GC6 A; 4KGX B; 3FK4 A; 4DR7 F; 4H4M B; 5LXR A; 1WJ9 A; 4ELT A; 2C2E A; 1SPB P; 2RKI B; 3RRG A; 4HAC A; 4I69 A; 2C3Y A; 3O6Q A; 2V6A A; 5M2U A; 1KFD A; 3ADA C; 4ELU A; 1LK5 A; 3GPA A; 1L3V A; 2WSC C; 1U1O A; 2FJD B; 2BQ3 A; 2CPJ A; 3O44 A; 3R1L A; 3BZQ A; 1Q8K A; 2E29 A; 3FSX A; 2R7R A; 2QZ8 A; 1NME B; 3DLJ A; 1HQE B; 3C6U A; 2ASL A; 1BHN A; 4N77 A; 2E5I A; 2EC0 A; 1FES A; 4DQQ A; 2LP4 A; 4C3L A; 2ZOF A; 1R0C B; 1S59 A; 2Z58 B; 2BOA A; 5L9X A; 1N8R T; 2PDA A; 3CCS S; 1N34 F; 3NMA A; 2ILY A; 1PYS B; 2N7C A; 1RWO B; 3M8Y A; 3P6Y C; 1M90 T; 2Y8Y A; 4QIV A; 5C5J A; 4RNF A; 2AP6 A; 5A76 A; 3NAI A; 2Y3Y A; 5GVQ A; 1VJW A; 2E1C A; 1WAC A; 4J9M A; 1I94 F; 2VHG A; 5IC4 B; 2W4D A; 4EO6 A; 4H54 A; 4B3O B; 1WEL A; 4IRK A; 4X4V A; 3GV5 B; 4LQ3 A; 4CNZ A; 2BYC A; 1UVI A; 3PYG A; 1RBA A; 3NS6 A; 2F9D A; 2XTJ P; 4LSN A; 2X3D A; 3MF5 A; 3D68 A; 5T7L A; 4YB1 P; 4TVA B; 4CLY A; 4ZPA A; 5L1I A; 4DPY A; 2DNZ A; 1KTV A; 5LMU F; 4OX9 J; 3CUN A; 4X66 F; 4DV6 F; 1G6B A; 2QMU B; 2DYA A; 2MQO A; 2KT5 A; 4Y2M A; 4LFB F; 5LSR A; 2LEB A; 2DNR A; 3T1Y F; 3MFI A; 4N41 A; 3NGS A; 5HMY A; 3R2D J; 2OPS A; 3QIP B; 1JB0 C; 4NA3 A; 4X84 A; 1OJ4 A; 3CCE S; 1B64 A; 4ZDN A; 2HHW A; 3NG8 A; 1MW7 A; 3KK3 A; 3SCL E; 4EWT A; 2NQP A; 1EX8 A; 4ECW A; 3RGI A; 4P74 A; 5HMW A; 5B0A A; 2X51 A; 4M5G A; 5H9F K; 1Y3J A; 3DKD A; 1WEZ A; 2BW7 A; 1RT7 B; 1BXN A; 2K1R A; 3IXQ A; 4JV2 A; 2IJF A; 2HHX A; 7FDR A; 5DDP C; 4Q8E A; 4C11 A; 5HVF A; 1JMT A; 4X62 F; 1REV B; 2HWT A; 4I0W A; 3WIV A; 1Q78 A; 3KK1 B; 1Q16 B; 1S6Q B; 3LP2 A; 2KL8 A; 3GII A; 2ZBC A; 1NK6 A; 4L6V 3; 2UXC F; 4V1A k; 5K8O A; 2GCF A; 3W9H A; 3CD7 A; 1F6T A; 2B5J A; 3R6G B; 1MN7 A; 4PG4 A; 4FF2 A; 4CO3 A; 5IT4 A; 5KFU A; 4GMK A; 4QPX A; 3ILO A; 5L8R C; 4CIO A; 1T8E A; 4OHV A; 2RU9 A; 1WOO A; 4R0E A; 4X64 J; 1VOM A; 4NZ0 A; 4CLF A; 3V81 A; 2KZZ A; 1WI8 A; 1IJE B; 3LOU A; 5KG3 A; 2G2Z A; 2VG7 B; 3K5P A; 2I9S A; 1RE1 B; 3C6T B; 3HVR A; 3Q23 A; 3W65 A; 3GP9 A; 1VHI A; 2JH3 A; 4JP8 A; 1ZA1 B; 3M9N B; 4DR6 J; 1M5K C; 2XI2 A; 4GVL A; 3MOZ A; 2M5Y A; 4HDG A; 1MLA A; 3MTJ A; 2GIQ A; 5DDR C; 7FD1 A; 1M1K T; 4C98 A; 1YGY A; 2GHP A; 3PHE A; 4PXE A; 1GEH A; 3BGO P; 4WWS A; 3HSG A; 2GNK A; 2JC1 A; 2GZO A; 3MCS A; 4QIF A; 1HWK A; 4ZPV R; 4RNH A; 4X65 J; 3H25 A; 3D6H B; 2V8V A; 4ETZ A; 2JZ5 A; 2ZEJ A; 1K1S A; 3MWB A; 3CGI A; 2KG1 A; 2OHD A; 3TJ8 A; 1QAX A; 5HP1 A; 3V4M A; 4O23 A; 2DXE A; 1T9Y A; 1HWJ A; 2ZZT A; 4DV2 F; 3VF0 B; 2WCX A; 3AB4 B; 4OI6 A; 4EYI B; 3A13 A; 4F4Z A; 1VQN S; 2XMK A; 2ZNY A; 2H48 B; 3T6J A; 4F25 A; 4WFA Q; 3HFK A; 2XNR A; 2C2K B; 2BJE A; 1GTH A; 4DR5 F; 3IRX B; 2R42 A; 1TP7 A; 1U7L A; 1NK4 A; 1U1L A; 1NHV A; 4IG0 B; 5CXT A; 4P73 A; 4JI0 F; 3HVA A; 4ENO A; 2MZJ A; 4TU8 A; 5AXM A; 2BM0 A; 3US5 A; 3BBC A; 3TAQ A; 2RKI A; 3SMZ A; 4E0D A; 5FLX Y; 5L1J A; 2MDA A; 1C2P A; 1S9F A; 4B3M F; 1YJN S; 3Q2T C; 4NXN J; 2IYI A; 2HHV A; 3QWP A; 2BJ1 A; 2CPD A; 1PG5 B; 5KFI A; 1SC3 B; 4L75 A; 1WKJ A; 5AE2 A; 2UU9 J; 3ZZO A; 2POK A; 1HQE A; 2HQC A; 4OV6 A; 4HEA 9; 2AD9 A; 3B78 A; 1VYA A; 1VQY A; 1FRL A; 2GGP B; 4LF5 J; 3W5Z A; 3UDL A; 2M52 A; 3G9C A; 5IZH A; 1AT1 B; 2PA8 D; 4DN9 A; 2ZKU A; 3SFG A; 2R7W A; 5BXI A; 1LWC B; 2XS5 A; 3DLK B; 2VG6 A; 2V50 A; 2LEC A; 5HRO B; 3BJY A; 1BMQ B; 2W25 A; 1S6P B; 2ATL A; 1G2E A; 1NKB A; 4Q43 A; 2VQE F; 2ZZM A; 3OR2 A; 3W2V B; 2CZ9 A; 1H2U X; 3QJJ A; 1VDH A; 2HMI A; 1B7F A; 4P71 A; 4AUK A; 1TVR A; 2L3M A; 1QSS A; 3LPY A; 3X3U A; 3QAE A; 1T9U A; 2W4P A; 1LWX A; 3AY0 A; 2BAN B; 3GIK A; 2NXE A; 3LGN A; 5KTQ A; 3I5C A; 2Y1J A; 5KT4 A; 1NEE A; 3I31 A; 2WSE C; 2HK3 A; 3OBI A; 1XNR J; 1TK0 A; 3Q8P B; 2QFI A; 3VCD A; 3KFW X; 5J2M A; 2W9B A; 5E3Q A; 2KM8 B; 3QMQ A; 3D6T B; 2XS2 A; 2E1P A; 3MMJ A; 3NKY A; 1DY3 A; 2IC3 B; 1RTI B; 4O3O A; 1QTN B; 4CM0 A; 2A3J A; 4IFY B; 2EBE A; 1WC4 A; 4J9V A; 1KQG B; 3Q83 A; 3HHL A; 1SBR A; 2AEF A; 2IRU A; 2ZZN A; 2ZH2 A; 4DF4 A; 1A7G E; 1HNV A; 2OIH A; 4B3T F; 1WHY A; 1XWL A; 3NGD A; 5D4L A; 4C8K A; 5L46 A; 5DQH A; 5HQM A; 3CJQ A; 2Z57 B; 3I87 A; 1JJ4 A; 5C24 A; 1U1P A; 2HFZ A; 1SJ4 P; 2E1A A; 1OQ6 A; 2DK2 A; 4IG3 A; 2MQN A; 5EGY A; 2Z56 B; 3PAC A; 2KRR A; 2RUG A; 3KHL A; 3FMW A; 1LNQ A; 5M2P A; 2JRS A; 4LF7 J; 3GCX P; 1G1X A; 3AXK A; 5LSO A; 3OUY A; 1U25 A; 2V34 A; 3MTK A; 3MFH A; 2GIF A; 3FZB A; 4F2R A; 3MOJ B; 4CTA B; 2FC8 A; 1RXO B; 5ETR A; 1UA1 A; 5KFY A; 4U95 A; 3AA8 A; 2VBY A; 3S7R A; 1H72 C; 2F4V J; 3IO1 A; 2MKY A; 1UAW A; 2FZG B; 2WW4 A; 4KJI A; 4OJ1 A; 1WUU A; 3UO0 A; 1SQE A; 1E6V A; 1Y5I B; 5KG4 A; 4WZQ A; 1GXL A; 1U49 A; 4RW6 A; 2MKI A; 5F9N A; 4JI3 F; 5FDL B; 2J0X A; 2XQC A; 2GHW A; 3EM1 A; 4KFB A; 5BYS A; 2J7K A; 3EJM A; 3QFW A; 3MGJ A; 4KB7 A; 3TVY A; 2Z2L A; 5CZX A; 4HVZ A; 1RGV A; 4CP5 A; 2ZUG A; 2ZBR A; 2VFU A; 2LXU A; 2JNJ A; 2HFN A; 2B6A A; 4DS4 A; 2GO8 A; 3R1H A; 2DJW A; 5IT0 A; 2B56 A; 2AMC B; 2DIV A; 3OFF A; 1VLY A; 2GO9 A; 4Q44 A; 4C3M A; 4HDH A; 1PC5 A; 2R7U A; 2VFR A; 1H0H B; 2G4B A; 3PEJ A; 4NA2 A; 1S9E A; 3AFG A; 5MAO A; 2DGO A; 1KEK A; 1X4F A; 4JV5 J; 2LFV A; 1XMQ J; 5E3C A; 4AT1 B; 3M2V B; 2H65 B; 1V3R A; 1OSC A; 4X4R A; 3R7N B; 1X4E A; 2XBP A; 4F2S A; 2NYH A; 2EEY A; 3QGI A; 1C4A A; 2RQM A; 1EIY B; 2VU5 A; 2O67 A; 1BE4 A; 2GFF A; 2BUN A; 3BYP A; 2R7V A; 3BPD A; 3QAT A; 2HGN A; 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