The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
119
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structure length |
115
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Chain Sequence |
KKAYFYHSSFQILNVEYTEALNSPATHEYRTLSERIEAMITDEFRGSSLKSEFIRTHVVKLRKEGTGVVADVVMKFRSNRKVMKTRIQSVLRRLSSSGNLEIAPSNEITSLTDQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SEA domain of transmembrane protease from Mus musculus
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
Transmembrane protease
|
| total genus |
37
|
| structure length |
115
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2007-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01390 | SEA | SEA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | SEA domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IVZ A; 2ACM A; 2E7V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KWM A; 4KQZ A; 2OJ3 A; 2BJ9 A; 4F3Q A; 3QT7 A; 4YR3 A; 2C3U A; 1D09 B; 4DR6 F; 1BQN A; 2FHJ A; 2ZBQ A; 2VQE J; 5HMZ A; 4PXE A; 4DR2 J; 4X4V A; 1UMJ A; 3KUG A; 2IVM A; 3DHW C; 4U95 A; 5K8M A; 2W9B A; 1QE1 B; 4OYA A; 3Q8R B; 1FVQ A; 2OPP A; 4RL1 A; 5HN0 A; 3TWZ A; 1Q78 A; 3ZC4 A; 3NOG A; 1UZD A; 3KOA A; 5ETO A; 2UVU A; 2UU9 F; 5HAO A; 2MQQ A; 2NSC A; 4EFA C; 4M5M A; 3R1H A; 2BRL A; 5HVH A; 3KK2 B; 2Q1L A; 2ILZ A; 4Q7A A; 3R9L A; 3DRP B; 4YHH J; 4PRF A; 1S48 A; 2V69 A; 2XSJ A; 4JB8 B; 1FTC A; 4O3R A; 2ZIT A; 1WOO A; 4KGV B; 3PJ9 A; 2QX0 A; 3V6D B; 3M8Z A; 2EFG A; 1EP4 B; 4QR2 A; 4NMX A; 5M2U A; 5CAB A; 3PRB A; 4XDD A; 3TW0 A; 5I4M A; 4Q8E A; 3D3B J; 3EZU A; 5CZX A; 4ECU A; 2BAB A; 1B7F A; 4CLW A; 4ZPV R; 1W2I A; 3BQ2 A; 4X4Q A; 5KG5 A; 1HQ2 A; 6FDR A; 4V1A k; 3N5F A; 3NGR A; 4ELU A; 2V6A A; 4JI8 F; 1RAG B; 3NGD A; 1XMB A; 2V4J A; 4CLP A; 3TAN A; 1T9X A; 2RS8 A; 1KN6 A; 2VA3 A; 4UUW A; 1M1G A; 1AUD A; 2XGQ A; 2BE2 B; 4DMZ A; 1RKJ A; 3RRG A; 1N48 A; 2RHQ B; 3NNC A; 2NSB A; 1FWP A; 4W4M A; 4I67 A; 2XNR A; 4LRA A; 1Q82 T; 3DKD A; 1L5U A; 5D6G A; 4ZK7 M; 3EPI A; 4YN3 B; 4M5D A; 4MKA A; 4B3R J; 3F0N A; 4WFA Q; 2ZH3 A; 5DS7 A; 1SC1 B; 3A4T A; 3ENQ A; 5GMD A; 4C6A A; 2OAU A; 2W9B B; 4XDC A; 3E2E A; 1TL4 A; 1K47 A; 1WG4 A; 2AF6 A; 1M5K C; 3BGU A; 4PG5 A; 1S6U A; 3UDL A; 4UW2 A; 4TKT A; 4TNO A; 3PDN A; 4K2X A; 1FKA F; 1Z4U A; 3PYD A; 3FDS A; 1MNE A; 2FD2 A; 4DSI A; 3HHK A; 3ZNU A; 2PA8 D; 2VJV A; 3BBB A; 3IG1 A; 4KGZ B; 2XSJ B; 4UY8 5; 2GCF A; 3M32 A; 1M5H A; 2D74 B; 4J9S A; 3SCL E; 5IT4 A; 1WWH A; 2AYB A; 4YME A; 2HWT A; 4WYW A; 3PO5 A; 3SMZ A; 5B0G A; 2E9T A; 1R8C A; 1RHK B; 2QFI A; 5BYS A; 1NPK A; 4OIX A; 1UPM B; 4TQS A; 4PAA A; 2GO9 A; 2XCP A; 4OYX A; 2AJ4 A; 4JI7 J; 1VHF A; 2VFU A; 4KKO B; 2AWZ A; 2EXU A; 3NWR A; 2OPQ B; 1H7X A; 4P74 A; 1CQN A; 2ZC3 A; 5L38 A; 2F40 A; 2XG8 A; 3NBP B; 1XN9 A; 2OH2 A; 4RBT A; 2V4J B; 3PIO Q; 5KG2 A; 2MLY A; 3CC7 S; 5AXM A; 2HZV A; 1B0P A; 4EBC A; 2M9K A; 1YTY A; 3I4P A; 3ILI A; 4ZVQ B; 5KFX A; 1U0H A; 4IFV A; 1GTH A; 1WDT A; 1KKH A; 5IWA J; 3IM8 A; 5CCL A; 4X2B A; 1RT4 A; 4H54 A; 4KPY A; 3HVT A; 2HQD A; 2JVR A; 2P5V A; 1H2V Z; 4OHY A; 2OFH X; 4CZC A; 5AXL A; 3B82 A; 4Y2M A; 5KG4 A; 1H2T Z; 1APS A; 4NZ7 A; 1V3R A; 2RDJ A; 4LQ9 A; 4KHM A; 2VKR A; 2J9D A; 2IVF B; 4JI1 F; 1RDR A; 3AT1 B; 1VIO A; 4ECR A; 2VPW B; 1FE4 A; 2D3O 1; 3HM9 A; 1ACM B; 3ZTS A; 2VPZ B; 2KXF A; 2OD6 A; 2AEF A; 4KB7 A; 2QTW A; 2HG4 A; 4G1P A; 1U1K A; 2ALZ A; 2EBG A; 3GFZ A; 2DNM A; 1F1B B; 1U47 A; 1RLD A; 5F0W A; 3R2D J; 1F0X A; 2CPJ A; 2B4O A; 2Z2Y B; 2UV8 A; 3PX0 A; 2DTJ A; 5L1I A; 4PG8 A; 2IM1 A; 3TAQ A; 2VA2 A; 3BKF A; 4X4N A; 3SCK E; 5B08 A; 1HNV A; 1CUL A; 4ZPB A; 2PI5 A; 2VPY B; 2X3G A; 4P2S A; 1Z2Z A; 3UCZ P; 2KT3 A; 4ZVS B; 4JI6 J; 3M8Y A; 3NRB A; 1RT6 A; 4UQG A; 2MJU A; 2ZDP A; 2GO8 A; 4EMD A; 2EW9 A; 4K4S A; 4DEZ A; 1SCJ B; 4KAI A; 2R8J A; 4NCG A; 3AB2 B; 5HQL A; 3QQC D; 3C14 A; 2PA3 A; 3DN9 A; 1U0S A; 1FRL A; 2BDP A; 2JLG A; 3P6Y C; 2LEP A; 5E2Q A; 5LXR A; 1Y3J A; 1QSL A; 2IBO A; 1BHN A; 2EWH A; 2LDY A; 4WTO B; 1WEL A; 4KC5 A; 2LDI A; 3HVT B; 4DQI A; 4KYZ A; 2IPO B; 3ENA A; 3MR2 A; 1RTI B; 2MQP A; 3GZ7 A; 1C0U B; 1TR0 A; 4PWD A; 1V3S A; 4QR0 A; 3UN5 A; 1ZBT A; 2CQ4 A; 2MDA A; 4NWB A; 3R5C A; 1S77 D; 3C15 A; 3HJV A; 2HHV A; 5H1S V; 1TTH B; 4WXO A; 5BYR A; 1L3K A; 4H4M B; 1XNQ F; 3E3X A; 4DQS A; 1VQK S; 2FC8 A; 2D7S A; 1ZPV A; 4HTI A; 4ZCI A; 2KN4 A; 2M7S A; 1OQ3 A; 3O8W A; 3LWM A; 5T41 A; 4U8V A; 2XUL A; 4I2Q A; 1SV5 B; 5K14 A; 4C8K A; 2ROG A; 1N33 J; 1NSA A; 4K4V A; 4J9N A; 1DZ5 A; 2FJV A; 1UFW A; 3MGJ A; 4JV0 A; 1XQI A; 1BMQ B; 2B9E A; 5ETK A; 1TUG B; 3Q8V A; 1Y11 A; 5FLX Y; 4LMZ A; 3AOB A; 5EN1 A; 1RA7 A; 2NXJ A; 4ID5 B; 1EET B; 2G0I A; 3QFH A; 1FXD A; 5DQH A; 2ZVI A; 1REG X; 1QAX A; 4CNY A; 1RT6 B; 4FBT A; 3H4D A; 3KJV A; 1RT7 A; 4QU6 A; 1IKY A; 3KUE A; 1M90 T; 2KVI A; 2CJK A; 2YNI B; 1K0V A; 4DWI A; 4JV5 J; 3ILO A; 2F9J A; 3SFG A; 4Q0B B; 3EUN A; 2V5H G; 1RYR A; 1U8W A; 3ELH A; 1GT8 A; 2O5D A; 4ICL B; 2YTC A; 3MAQ A; 1EQM A; 5A8K A; 4UOC A; 3G6E S; 5HAN A; 2V4Q A; 2H4W B; 2XMW A; 4MK9 A; 4B9S A; 3D67 A; 4NOH A; 9ATC B; 4DV2 J; 1JLF A; 3VGU A; 1RLC L; 4KH0 B; 3UE2 A; 3DLG A; 4C4W A; 3E8O A; 1NK0 A; 3A8I A; 2Q6B A; 3RJM B; 1HMV B; 4TLQ A; 2DH8 A; 3MFH A; 3C15 B; 2UZA A; 1B3T A; 2BE7 D; 2KRR A; 1XMO J; 3W3S A; 1FD2 A; 5HVG A; 2PMW A; 4ED0 A; 3L7U A; 2Y9H A; 1HBO B; 3HHD A; 3T1A A; 3QGI A; 4MJK A; 1WF2 A; 2R7O A; 2HIY A; 1ZAV A; 1JXL A; 3DRR A; 2JOQ A; 1UCN A; 1AFJ A; 2XHW A; 4IDK A; 4CTA A; 2N4D A; 2CG8 A; 1U24 A; 2ZH6 A; 3FEY B; 3D6T B; 2ZH9 A; 2GIF A; 4X62 J; 1UFL A; 2NXE A; 2Z2M A; 3LAL A; 1Q95 G; 4QYZ J; 2DYA A; 2A3J A; 2QLB B; 4QIE A; 4YFU A; 3US5 A; 2GGP A; 4I4B A; 3GR0 A; 5ETV A; 3VAH A; 5KG0 A; 1L3V A; 3ZZY A; 2H3E B; 5F9N A; 4ES3 A; 2UUW A; 3Q8U A; 4RBU A; 2B4V A; 3KJV B; 1RT7 B; 2HFO A; 3HT3 A; 2YNF A; 2AGP A; 4ZKA A; 5HRO A; 2Q66 A; 5J1N A; 5IT0 A; 3OPK A; 2I8E A; 1V3Z A; 2GA7 A; 1IBL F; 2B8P A; 1SIZ A; 4JBC A; 3DM2 B; 2RIL A; 3MCM A; 1ICE B; 1LFW A; 4C3M A; 1SJQ A; 3VCD A; 1EB0 A; 2QLW A; 3D0H E; 4HYK A; 1UVM A; 3ZTQ A; 1UET A; 1JLF B; 1HNZ F; 2ZFH A; 4IOC Q; 3AQP A; 4CT9 A; 3CCV S; 1MN9 A; 3N5B A; 3HI9 A; 1I94 F; 2CUY A; 2CQC A; 4IKA A; 4J37 A; 4RNO A; 2DIT A; 1N52 B; 4K50 A; 2D9P A; 1FDB A; 4U7U K; 3BQ1 A; 4LSN A; 4MIA A; 2HMI A; 2H4Y B; 4BWM A; 4IDK B; 4CTA B; 2XHC A; 4NYZ A; 5KFB A; 3QT5 A; 3FMW A; 2DGU A; 2E29 A; 1HNX J; 2XQC A; 1HI8 A; 4DV0 F; 5AE3 A; 5GAE I; 4AD6 A; 4P6Q A; 2J8S A; 4KO0 A; 2PT0 A; 3HZE A; 3HFK A; 4HLB A; 1QTN B; 2V4R A; 4A8K A; 2GGP B; 1UA0 A; 1YJV A; 1F2H A; 3D6M B; 2NRE A; 2MGZ A; 5KFF A; 4ZOS A; 5D78 A; 1TKT B; 1C4A A; 1TL7 A; 1KBR A; 1SQE A; 5HP1 A; 3DC2 A; 5KG7 A; 4RUC A; 1D9A A; 3GJR B; 1Y00 A; 2JEF A; 3C6U A; 1HA1 A; 1DRZ A; 2LQ8 A; 3PR4 A; 1OWX A; 1WOS A; 5E3P A; 1WC6 A; 2YNF B; 3M8P A; 4A8X A; 4MKV A; 2XZD B; 1N6Q B; 3T5L A; 2M8D B; 2OO4 A; 2DNL A; 2CDQ A; 4G1Q A; 2VBX A; 4LRB A; 1HFE L; 4ZN3 A; 2UUA F; 3OFG A; 3H90 A; 1IQZ A; 3KLI A; 5G0R A; 4O0I A; 1WG1 A; 1O8B A; 5IZH A; 2FVS A; 2WVC A; 4USU A; 1QM9 A; 2UXD F; 3EVO A; 3LGN A; 4B9U A; 5HLF A; 2HVH A; 1GFW B; 1RAE B; 4NLD A; 3OHA A; 2CQ0 A; 4P2F A; 2W4C A; 4CO2 A; 4D3G A; 3K59 A; 4DX8 H; 4ZPC A; 2OD4 A; 3PW5 A; 1WSR A; 4LRD A; 4WU2 A; 4NYO A; 3W2V B; 2N7C A; 4RW6 A; 3LWL A; 1UEV A; 3QGH A; 1XNR J; 4LSN B; 4MH8 A; 3B6B A; 2EK1 A; 4TY9 A; 1FDA A; 4ZDN A; 2ZVS A; 2R7X A; 2OEM A; 4HHH A; 4M94 A; 3AAW B; 3DU5 A; 2WOM A; 2KG1 A; 5GAG U; 2DK2 A; 4QWD A; 3IO1 A; 2YQ1 A; 1GH8 A; 4KO0 B; 1TK8 A; 2NYI A; 1YLX A; 2VC1 A; 1TL1 A; 2ZOF A; 1SC6 A; 5B0B A; 3MM5 B; 3I0R B; 2MGZ B; 1WHV A; 3T3F A; 1RT2 B; 1VGY A; 3Q86 A; 1S1V B; 1TUV A; 3FBC A; 1N54 B; 4QWB A; 2GC8 A; 3IBW A; 2KVQ E; 1SH0 A; 5KFO A; 3LGM A; 1P1T A; 3RW6 A; 5KFI A; 3PEJ A; 5LMU J; 1F9E B; 2XC9 A; 5J2Q A; 3ENW A; 1SBR A; 3QAU A; 1RKI A; 3JTP A; 4G1Q B; 1NJX A; 1DJ0 A; 5KT5 A; 2MY7 A; 4GKJ J; 2EC2 A; 3WZ0 A; 4P71 A; 4RUH A; 5ADZ A; 5JXS A; 3TZY A; 5HQM A; 1ZZN A; 4J9L A; 5IT9 U; 5RUB A; 2HLU A; 2LQ9 A; 5GMK a; 2P9E A; 4TU7 A; 4TXS A; 4KTQ A; 2YWH A; 5ETM A; 2UXB J; 2DEJ A; 4GVB B; 4A8Q A; 1ZH5 A; 4DS4 A; 1KTV A; 4QOT A; 3P5T L; 4ER8 A; 1RTH A; 3VF0 B; 2IM2 A; 2LYV A; 4P2M A; 1X4D A; 2EFN A; 4DR4 F; 4QW9 A; 4PXB A; 3D6H B; 4PQU A; 7FD1 A; 2BJ7 A; 5DG7 A; 2COL A; 4NL5 A; 4OX6 A; 2EVZ A; 1GEH A; 3VAI A; 5A2Q U; 1CQM A; 4OI0 A; 2K3K A; 2JEG A; 5JUM A; 2WOM B; 4ID8 A; 1RT3 A; 4DL4 A; 3AD8 C; 2DIS A; 3OXG A; 4ZVG A; 2J6S A; 4JI3 F; 3TAP A; 3OTO J; 4QYZ K; 5DLG A; 3BN7 A; 2MZ1 A; 1MRO B; 1WD6 A; 1MWY A; 2PEH A; 2DRB A; 2X51 A; 4CLY A; 5L39 A; 2IYG A; 3CJK A; 3ET6 A; 3CD5 A; 5KFV A; 2D41 A; 2RKI B; 3PYG A; 2JWN A; 2LU2 A; 4IH5 A; 4LF5 J; 2XMT A; 1S6Q A; 3R1L A; 4OX9 J; 4DR7 F; 3HKW A; 1S97 A; 1WHX A; 1N36 J; 3M4X A; 3AY0 A; 2KXH A; 4OV1 A; 4WPA A; 1EQ0 A; 4HT7 A; 4JI0 F; 2W8K A; 2YNG A; 1S1X A; 4A48 A; 3QGP A; 1HPZ A; 2VFT A; 3QJP A; 1D9F A; 2E1C A; 3I55 S; 4P73 A; 1PAE X; 4AXJ A; 5EX3 A; 1B0V A; 1UL3 A; 4WKY A; 1NH8 A; 4PWW A; 3FUY A; 3GIM A; 1Y5I B; 3OVS A; 2OPS A; 1T9W A; 1H73 A; 2VG6 A; 4ZJQ A; 3H2U B; 1NZA A; 4B3T J; 4CT8 A; 1LXN A; 1HBM A; 2WVE A; 2B9W A; 3PCO B; 3JTN A; 1ZM2 A; 5AT1 B; 4DPY A; 3UN2 A; 5A6W A; 3CCJ S; 1OJ4 A; 2RVJ A; 4QJV A; 1T05 A; 1LOU A; 4OJ1 A; 3T6J A; 2V8D A; 3DLK A; 3OFF A; 4IG3 A; 1XMQ F; 4IFY A; 1SXL A; 3A3N B; 2N3L A; 1FRI A; 2XMM A; 3OR1 A; 3TZX A; 3EDQ B; 1FJC A; 3DRS A; 4ECT A; 2ZD1 A; 5KFR A; 2R7W A; 2R7Q A; 5B0C A; 2RS2 A; 1NB7 A; 4P9S A; 3BR9 A; 3GCX P; 2C3O A; 4OFZ A; 3DI6 A; 1KDN A; 1XR7 A; 3GE9 A; 3SSS A; 3BJY A; 3NMR A; 2NLW A; 2GHW A; 5BR8 F; 2V2V A; 4WII A; 1WEZ A; 5LSO A; 3CJ5 A; 2HVD A; 3V6J A; 5DDO C; 1QTM A; 2YH1 A; 1RSC A; 1JLG B; 1N88 A; 3FFI A; 5ETL A; 2ZBC A; 4YY3 J; 4F0H A; 2HK3 A; 3SIP B; 3EGN A; 2WB1 D; 2VB6 A; 1OPZ A; 4F26 A; 1WNE A; 1DAR A; 2HNY A; 3VZH A; 4M5K A; 4KIA A; 3NKY A; 3OSP A; 1RZM A; 1SH3 A; 3S01 A; 1VBK A; 4DV3 F; 1EIY B; 1BC6 A; 4MTP A; 3MED A; 4QZV B; 4I69 A; 3BH7 B; 3A1Y G; 4YP3 A; 3W5Y A; 3BDE A; 2E5L J; 1BUX A; 1YJ7 A; 2B8Q A; 2CJY B; 4J9R A; 1KQG B; 5E3R A; 5MAO A; 2VG5 B; 2OPS B; 3MF5 A; 3QGG A; 4NXM J; 1TKD A; 1NME B; 1RAJ A; 1NJI T; 2A2D A; 4K2J A; 5DGB A; 3PNI A; 4OX8 A; 1HBM B; 1AFI A; 3VHQ A; 5ETT A; 3L3C A; 4LFC J; 3W1Y C; 2I5J B; 1NDL A; 4HTJ A; 5IC4 B; 1RBL A; 3D66 A; 4FYW B; 4WCE Q; 3V4I A; 4DR6 J; 4KBI A; 1TVR B; 4IG0 A; 5EDW A; 4PXD A; 2I38 A; 1CLF A; 4ECV A; 5F8H A; 3DRS B; 2ZUG A; 4NCB A; 2MQN A; 3UCU P; 4OHZ A; 5GAE U; 3EZO A; 3TQE A; 4URG A; 1BGX T; 4X4S A; 2XGP A; 1FT8 A; 3DI6 B; 2HHP A; 1BWV A; 3CDB A; 2YPZ A; 2XMU A; 4ANE A; 3X1L B; 2DB1 A; 3PJX A; 4G3I A; 3AA8 A; 3AXM A; 1UZH A; 1YJ9 S; 3N6L A; 3CO0 P; 4RWW A; 4UY8 T; 3DOK A; 2RRB A; 1SC3 B; 4ZVF A; 1PC5 A; 3RBZ A; 2HAF A; 3KDN A; 3VVT A; 1X4C A; 2HNY B; 1TAQ A; 1S9E A; 3HDS A; 4NAS A; 4R0J A; 4I0W A; 2Y8W A; 5CYQ A; 1N32 F; 1DQA A; 3J7Y U; 3CJ8 A; 2C2Z B; 2XBP A; 3PHE A; 4F4Z A; 1LWF A; 3K5N A; 1HIY A; 1CG2 A; 4RNF A; 4JV2 A; 2HFV A; 3SDE B; 4K4T A; 3DHX A; 4LR7 A; 1HKA A; 4Q44 A; 1GMV A; 4LF1 A; 1SKU B; 4B08 A; 1G6B A; 1HQE A; 3NOC A; 4C3L A; 4F3O A; 1RHU B; 1FFG B; 2BKN A; 3CDW A; 1MMN A; 3KK3 A; 3KK1 B; 1TL5 A; 3GIJ A; 1WOR A; 5L9X A; 4YS2 A; 4O3N A; 2OSQ A; 2PE8 A; 1D1U A; 1AXQ A; 1G4C A; 1VQO S; 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