The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGEAIAKFNFNGDTQVEMSFRKGERITLLRQVDENWYEGRIPGTSRQGIFPITYVDVISGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
|
| total genus |
5
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DIL A; 2DL3 A; 1UG1 A; 3VS4 A; 4RUG A; 3VS3 A; 1GCP A; 3FJ5 A; 2L0A A; 3H0I A; 2A08 A; 4HVW A; 1Z9Z A; 5IHK A; 4RTV A; 1VYU A; 1JQQ A; 4DEY A; 1NLP C; 2D8J A; 1M3A A; 2FRY A; 4EIK A; 5GJV B; 1WI7 A; 3UAT A; 1QKX A; 1ABQ A; 1E7O A; 3ZL7 C; 1J3T A; 2JS2 A; 2EGC A; 2W10 A; 4JJD A; 1BK2 A; 2MOX A; 3H0F A; 4RTX A; 1CKB A; 2VKN A; 1K9A A; 3LH5 A; 1Z9Q A; 5HCK A; 2PNI A; 4RTY A; 2X3W D; 4X1V A; 1OPL A; 1KSW A; 5IHI A; 3SEM A; 1M30 A; 1AWW A; 3M0S A; 4J9C A; 2LCS A; 3VS7 A; 5L23 A; 2O9V A; 3VS1 A; 1QKW A; 4OMM A; 1TUD A; 1GBQ A; 4KRT A; 2BZ8 A; 1XOV A; 4CC3 A; 4F17 A; 1JXM A; 2OI3 A; 1ABO A; 2GTO A; 2YUN A; 3I35 A; 1X27 A; 1Y57 A; 2MCN A; 2EYX A; 2SRC A; 1BU1 A; 4JPB W; 3H0H A; 1HD3 A; 2F2X A; 5IXB A; 4GLM A; 1SSH A; 1NYF A; 2DLP A; 2L3Q A; 2RQV A; 2J05 A; 4Y92 A; 1ZSG A; 4D8K A; 1UUE A; 1A0N B; 4OML A; 1QCF A; 3M0Q A; 4HCK A; 2KBT A; 1UHC A; 2CH4 A; 1RI9 A; 2LNH B; 4ZNX A; 2FPF A; 2RQW A; 4OMP A; 1ZUK A; 4HXJ A; 5I22 A; 2C0I A; 3GBQ A; 3EGU A; 3M0T A; 1ZLM A; 1T3S A; 2CDT A; 1PKT A; 2EGE A; 2DBK A; 2JS0 A; 1NG2 A; 3NHN A; 3H41 A; 2JMA A; 1KIK A; 1SHF A; 2AKK A; 1YN8 A; 3EG2 A; 2ENM A; 2JM8 A; 1JO8 A; 2KXC A; 2LP5 A; 4RTU A; 4CC2 A; 1WLP B; 2EW3 A; 2RPN A; 2KRN A; 1H92 A; 2J6F A; 1TUC A; 3TSW A; 1W6X A; 1E6G A; 3C0C A; 1SPK A; 2KYM A; 2JM9 A; 2EYY A; 5FW9 A; 2DL7 A; 1K4U S; 3R6N A; 1AD5 A; 1BBZ A; 4Z89 A; 3VS0 A; 3UA7 A; 4F16 A; 4OMO A; 2HSP A; 4J9G A; 1WXB A; 1QWF A; 2SEM A; 2ROL A; 1UDL A; 2RF0 A; 4RTZ A; 2JW4 A; 1V1C A; 4JJC A; 2AZS A; 2GQI A; 3I9Q A; 2C0T A; 2DA9 A; 4WCI A; 2FO0 A; 1KFZ A; 1CSK A; 3PVQ A; 4E6R A; 3M0U A; 3IQL A; 2BZX A; 2C0O A; 1UEC A; 1WDX A; 1FMK A; 5GJW B; 3QWX X; 3KFV A; 3JV3 A; 2O88 A; 2A37 A; 2LJ1 A; 2PTK A; 2O2O A; 3I5S A; 3QWY A; 2DRM A; 2QDL A; 4M4Z A; 3UA6 A; 1AZE A; 1KJW A; 1RLP C; 2NWM A; 1WX6 A; 2CT4 A; 2F2V A; 2RNA A; 4AFU C; 2EQI A; 1X43 A; 2K7A A; 3TVT A; 2NUZ A; 1JEG A; 1ZUY A; 1N5Z A; 2ED0 A; 1X2K A; 5FWC A; 1VYV A; 1YNZ A; 1WFW A; 2J6O A; 2K6D A; 2DX1 A; 3VS2 A; 1X6B A; 5IXF A; 2L3P A; 2HCK A; 2GNC A; 2YUP A; 1S1N A; 4Z88 A; 1B07 A; 1TG0 A; 1GFC A; 2L2P A; 2ESW A; 4F14 A; 2JXB A; 1GL5 A; 1UHF A; 4J9I A; 2EBP A; 2EYZ A; 4LE9 A; 2LQN A; 1X6G A; 2G6F X; 1WA7 A; 2KT1 A; 2M0Y A; 2B86 A; 1RLQ C; 4K11 A; 1I07 A; 3M0P A; 3U23 A; 4DEX A; 2K2M A; 2M51 A; 1T0H A; 1VYT A; 1K1Z A; 2H8H A; 2DYB A; 2KR3 A; 1PNJ A; 2P4R A; 1H8K A; 3A98 A; 4Z8A A; 3EHR A; 2FEI A; 2DNU A; 4AG1 C; 1NYG A; 4LUD A; 2CT3 A; 1BB9 A; 1AWO A; 2MIO A; 2K9G A; 1W1F A; 1SHG A; 2DL5 A; 2KRM A; 1QWE A; 2DVJ A; 4D8D A; 2CH4 W; 1UGV A; 2GGR A; 1SRL A; 2KE9 A; 1GCQ A; 3NPF A; 3RBB B; 4JJB A; 5EC7 A; 2KGT A; 1GCQ C; 2CUB A; 2ECZ A; 2YT6 A; 2LQW A; 4AFZ C; 2O31 A; 1UJY A; 2KXD A; 1PWT A; 4IIM A; 1UE9 A; 2FRW A; 2D1X A; 2FPD A; 1M8M A; 2HBW A; 1ZBJ A; 1UFF A; 4LNP A; 2EKH A; 1PRM C; 5I11 A; 2RN8 A; 2L3S A; 2KEA A; 1GBR A; 1SEM A; 3VS6 A; 2V1R A; 2ROT A; 1NLO C; 3EG1 A; 2BTT A; 4QT7 A; 1U06 A; 1AEY A; 4J9F A; 1JXO A; 5ECA A; 1I0C A; 4AFQ C; 1NEB A; 1WXU A; 4HVU A; 2E5K A; 4LUE A; 2EGA A; 3EHQ A; 2RQT A; 4J9E A; 2K79 A; 2RMO A; 1IO6 A; 1SRM A; 2BZY A; 2YUO A; 2CRE A; 4R0K A; 1CKA A; 4OMQ A; 4J9D A; 2DBM A; 1ARK A; 2HDA A; 1B3Q A; 2V1Q A; 1K76 A; 2GTJ A; 3THK A; 2VWF A; 2YUQ A; 2LJ3 A; 4JZ4 A; 1H3H A; 2AZV A; 2ED1 A; 2YSQ A; 1PRL C; 2YDL A; 1AVZ C; 3EG3 A; 3RNJ A; 2LZ6 B; 1M3B A; 1M27 C; 1YWP A; 1OOT A; 2DMO A; 2D0N A; 1QLY A; 2J6K A; 1GRI A; 2LMJ A; 1K0S A; 1G83 A; 2X3X D; 1GFD A; 1YWO A; 1AWX A; 3EG0 A; 1W70 A; 2EYW A; 3VRZ A; 1UTI A; 2DJQ A; 1FYN A; 2OJ2 A; 5IHN A; 1YP5 A; 1X2Q A; 2EPD A; 3TSZ A; 1AZG B; 1HSQ A; 4RTT A; 2DM1 A; 4CC4 B; 1MV0 B; 1JU5 C; 2KT8 A; 5FWB A; 3UF4 A; 1ZUU A; 2DL4 A; 1NM7 A; 1LCK A; 1ZX6 A; 4AFS C; 1HJD A; 1K0X A; 2F2W A; 2EVR A; 3I5R A; 2J7I A; 4ORZ A; 2KNB B; 4LN2 A; 1RUW A; 3CQT A; 4A63 B; 2DE0 X; 4J9H A; 1WIE A; 1UJ0 A; 2LX7 A; 2OAW A; 2K3B A; 2RQR A; 2GBQ A; 3O5Z A; 2FG0 A; 1PKS A; 2O9S A; 1MV3 A; 1WYX A; 2VVK A; 3ULR B; 1VA7 A; 1EFN A; 3PE0 A; 2RQU A; 4AG2 C; 5IH2 A; 3PVL A; 1Y0M A; 1OPK A; 1YCS B; 2PZ1 A; 4ESR A; 2JT4 A; 1X69 A; 4FSS A; 1MUZ A; 2XMF A; 2DRK A; 1U3O A; 4JZ3 A; 2CSQ A; 2JMC A; 2KRO A; 3VS5 A; 2A36 A; 1PHT A; 1T0J A; 4OMN A; 2CUD A; 3SHW A; 3NGP A; 2D8H A; 2KRS A; 3REB B; 4CC7 A; 4GBQ A; 2AK5 A; 2LJ0 A; 2AKL A; 3M0R A; 4IIO A; 1I1J A; 3REA B; 2DL8 A; 2CSI A; 1AOJ A; 1G2B A; 1OEB A; 1T3L A; 1OV3 A; 3VRY A; 2DF6 A; 3NMZ C; 1WXT A; 1AWJ A; 2FPE A; 2IIM A; 2A28 A; 1NEG A; 2ABL A; 1U5S A; 1E6H A; 2HEQ A; 2J06 A; 2I0N A; 1M3C A; 2W0Z A; 2KYB A; 4HVV A; 4RTW A; 2JTE A; 4J9B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DIL A; 1UG1 A; 3CEY A; 2V8J A; 2L0A A; 2FVU A; 1PM3 A; 1Z9Z A; 1O9S A; 4RTV A; 3FIF A; 4C92 F; 1C6V X; 3EFO A; 3SB2 A; 3A5Z B; 4PJO B; 1WI7 A; 3F70 A; 3GOX A; 4F7U G; 1QKX A; 1TUG B; 4BY6 C; 3PMI A; 2CP5 A; 1E7O A; 3V8K A; 4E7S A; 2W10 A; 3A8M B; 4M7A C; 1BK2 A; 2F5K A; 3ZEH A; 2VKN A; 1UGP B; 1KQ1 A; 2X3W D; 4X1V A; 4LD6 A; 5J3B A; 1SG5 A; 3SEM A; 1M30 A; 1AWW A; 1IGQ A; 4M78 C; 3M0S A; 1X6O A; 3KUF A; 3JCM h; 3VS7 A; 1MND A; 2QAZ A; 5L23 A; 4M77 G; 2EKO A; 4CC3 A; 3A1P A; 1JXM A; 2MYS A; 3OQ5 A; 4BI8 B; 4M7A D; 1JBM A; 1ABO A; 2GTO A; 2QEX T; 2EYX A; 1MNE A; 4V2S A; 4FW2 A; 3CCE Q; 2RQV A; 3CCL A; 1WJQ A; 1YJW T; 1KHI A; 4NS5 A; 3TQ7 P; 1UUE A; 1UB4 A; 1A0N B; 2O4X B; 3JCM c; 1Q81 U; 3CCM A; 2QAS A; 4XU2 A; 3QKJ A; 1RI9 A; 2RQW A; 2QTV A; 4IUP A; 1VQ5 T; 4C0D B; 2MWP A; 3OYH A; 4XU1 A; 3MKD A; 1K9M R; 4ZGD B; 2DTH A; 5GMK m; 3I55 Q; 2JS0 A; 1VQ9 T; 2L5Q A; 2EWN A; 2G3R A; 2DIG A; 2P4T A; 3V7S A; 4HT9 A; 3LH0 A; 2V8I A; 3EG2 A; 2CS7 A; 4JS4 A; 5FU6 B; 3CCQ A; 2LP5 A; 1JJ2 S; 1M5Q 1; 5HY6 A; 2EW3 A; 2XID A; 1YIJ T; 2J6F A; 3QHS A; 4OGC A; 2CZ6 B; 2ZZD A; 2MF2 A; 1LVK A; 4TVR A; 1SPK A; 2KYM A; 2JM9 A; 4B9W A; 1IRE B; 4OB3 B; 5GAN h; 1BIB A; 1I5O B; 1I8F A; 4E7J A; 2DK3 A; 1AD5 A; 1VQO Q; 1G3W A; 1BBZ A; 4Z89 A; 3VS0 A; 3TEE A; 2HSP A; 3QYH B; 2LT4 A; 4Z02 A; 2HKQ B; 2SEM A; 4LDY A; 1UDL A; 2RF0 A; 2VGM A; 3M4Y A; 3CCR T; 5I2S A; 4M7A E; 2PUO B; 3CCE A; 3I9Q A; 2FO0 A; 1WPY A; 2YXY A; 3AHU A; 2BZX A; 4KGX B; 4XTW A; 5D6W A; 3QWX X; 3KFV A; 3JV3 A; 3Q1J A; 4QQ6 A; 2O88 A; 2DXU A; 2PTK A; 3I5S A; 5LJ3 f; 3MEV A; 2R5M A; 4A4E A; 3MET A; 4J83 A; 3I55 A; 2MI6 A; 2XDP A; 2RNA A; 4X9C A; 4PJM A; 1H3Z A; 2EQI A; 4BAC A; 3CBM A; 3BY7 A; 2RJE A; 4JLI A; 4WTO B; 4PJO C; 2J6O A; 2IG0 A; 3VS2 A; 1X6B A; 3INZ A; 3CCJ Q; 4ZTJ A; 2KI7 A; 1B07 A; 1TG0 A; 2CP7 A; 4BE0 A; 2QGG A; 3PT9 A; 3CXC P; 1M4Z A; 1GFC A; 1N6A A; 5CKD A; 2RH2 A; 2ESW A; 1GL5 A; 2EBP A; 4C92 B; 4LE9 A; 2LQN A; 2KT1 A; 3I56 Q; 4M7A F; 1RLQ C; 2DXT A; 4AMC A; 1YI2 T; 1VQO A; 2X4Y A; 3M0P A; 4XTZ A; 3U23 A; 4DEX A; 2K2M A; 2M51 A; 1T0H A; 1VYT A; 2RM4 A; 2H3E B; 3J81 E; 4OVA A; 2IPO B; 1PNJ A; 2P4R A; 1D09 B; 1B34 B; 1D0X A; 2PU9 B; 1H8K A; 5CKB A; 5HKC A; 3EHR A; 1I81 A; 3OYN A; 4M78 F; 2OTL Q; 1NE8 A; 4C5G A; 2KSS A; 3C12 A; 3EG9 B; 2MIO A; 2K9G A; 2PVO B; 2JUF A; 3C94 A; 2DL5 A; 2DVJ A; 1YIT Q; 2X4J A; 1UGV A; 2GGR A; 2KE9 A; 4C92 A; 4ZGJ B; 2EQM A; 2KGT A; 1I4K 1; 1M1K R; 3OYC A; 1VQ8 Q; 4EMH A; 2CP6 A; 2KXD A; 3DLL A; 4IIM A; 1PSF A; 1UE9 A; 3C95 A; 5LL6 S; 4ZN3 A; 5LJ5 d; 3G7Z A; 3DB4 A; 1UFF A; 2EYQ A; 1WZO A; 3QXE B; 1SEM A; 2RO0 A; 3MP8 A; 3EG1 A; 3L2U A; 1S72 T; 1BI1 A; 4J9F A; 1I0C A; 1NEB A; 4M77 F; 1D1A A; 4HVU A; 2E5K A; 3CCJ A; 2EGA A; 2PQW A; 2ZAE A; 3FLG A; 2RA2 A; 4OMQ A; 1N9R A; 1D1C A; 3I56 A; 3OYD A; 3EFR A; 3RIR A; 1Q81 C; 4R55 A; 5FU7 B; 2YUQ A; 2LJ3 A; 3HRT A; 1K73 U; 3A8G B; 5GAO m; 4YTL A; 3MP1 A; 2RK1 A; 1AVZ C; 1M3B A; 1M27 C; 4KH1 B; 1VQK T; 4XTY A; 2OTL A; 2WSC E; 2LMJ A; 1RAA B; 4BE1 A; 1K0S A; 2DIQ A; 4C8Q E; 2DEU A; 5GMK i; 1YWO A; 1AWX A; 1YIT A; 4L5G A; 2ZPI B; 1KC8 U; 4DBR A; 3RKW A; 1UTI A; 4CI0 C; 1RAG B; 2XHC A; 5IHN A; 3LX7 A; 3MEW A; 1G3Y A; 4RCB A; 2QA4 Q; 3CME Q; 5GAM g; 5LJ5 e; 3CCV T; 2EAY A; 4C92 G; 3SDZ A; 2DM1 A; 4CC4 B; 1MV0 B; 4EPC A; 3UF4 A; 4RCC A; 2DL4 A; 1LCK A; 4R56 A; 4AFS C; 4QKU A; 3GIB A; 1Y7X A; 3G4S T; 1FMW A; 3CC7 Q; 3M58 A; 5DM7 R; 3I5R A; 2R57 A; 2J7I A; 2JTF A; 4ORZ A; 4LN2 A; 3SWN B; 1RUW A; 3CQT A; 4PFZ A; 2X4W A; 2VUB A; 4J9H A; 3CMA T; 2RQR A; 5LJ5 j; 1MV3 A; 1X75 C; 1WYX A; 4QVZ A; 5J26 A; 2VXF A; 1EFN A; 3PVL A; 1Y0M A; 3M54 A; 1VQ4 T; 2PZ1 A; 3A8H B; 2DEQ A; 4PJO F; 4MZP A; 4ESR A; 1X69 A; 4FSS A; 2FZG B; 2R58 A; 2DRK A; 2CSQ A; 2KRO A; 2DXC A; 3VS5 A; 1T0J A; 2MK5 A; 4RKU E; 5DLO A; 1VQL Q; 4CC7 A; 5D6X A; 5GAN 6; 4BY6 B; 2MMP A; 4E7H A; 4M7A B; 1WXT A; 2KVQ G; 4IUV A; 2FPE A; 3MHX A; 3RUX A; 3URG A; 2QA4 A; 3CME A; 5KE3 A; 1U5S A; 5C6S A; 2I0N A; 2RHU A; 2LQK A; 4LD9 K; 2OTJ Q; 2W0Z A; 2KYB A; 3OYL A; 3V7R A; 2DL3 A; 4WF2 A; 5FLX E; 4RUG A; 1ACM B; 2C06 A; 4PL6 A; 1GCP A; 2PUK B; 2BIV A; 5LJ3 e; 1M9S A; 3CC7 A; 4AT1 B; 2ZPH B; 2LQ8 A; 4EIK A; 5FRO A; 2E4H A; 4A4F A; 4M7A A; 1YJN T; 1M90 R; 2JS2 A; 1VQN Q; 5CAI A; 2Y90 A; 4EMK C; 3OYJ A; 3L2R A; 2PNI A; 4RTY A; 5A2Q E; 3OSS C; 1OX8 A; 4A53 A; 4M78 A; 3LWI A; 1KSW A; 2F1L A; 1WQW A; 4F04 B; 2DZ9 A; 5LJ3 j; 1YIJ Q; 3HKS A; 1QP3 A; 2GF7 A; 5KE2 A; 2O9V A; 3CC2 T; 1G3T A; 1QKW A; 4QVD A; 1TUD A; 1GBQ A; 3QYG B; 3JB9 H; 1VQL A; 1V76 A; 2RK2 A; 4FYW B; 5IT9 E; 2YUN A; 4F7U A; 1X27 A; 1NPR A; 1Y57 A; 2MCN A; 4UC4 A; 4JPB W; 3H0H A; 3OYY A; 4GLM A; 1EZZ B; 2LX9 A; 4D8K A; 5KYX B; 5GMK j; 3RMS A; 1QCF A; 3M0Q A; 3CCR Q; 3LWH A; 1W2B S; 2RHX A; 1Q82 U; 2OTJ A; 1C0M A; 2EJ9 A; 1UHC A; 2I2L A; 2CH4 A; 1BI0 A; 2LNH B; 2FPF A; 3GP8 A; 4M77 A; 1N8R R; 3EGU A; 2FZK B; 1ZLM A; 1Q7Y U; 3TU4 K; 3CD6 T; 4OP0 A; 2DBK A; 3HFN A; 2K5L A; 1NG2 A; 2DD4 A; 3H41 A; 4JDS A; 2JMA A; 3MCA B; 3M56 A; 3OS0 A; 1EIF A; 3TCJ A; 3E9G A; 1YN8 A; 1VQN A; 2ZPE B; 3ZFJ A; 1UGR B; 2KXC A; 1AT1 B; 4CC2 A; 4N0A A; 5KYX A; 3PIP A; 3CCU Q; 2BE9 B; 4M7A G; 2FHD A; 4ANJ A; 3JB9 F; 4HCC A; 1KC8 C; 3TSW A; 1W6X A; 5M9O A; 1OUL A; 3JCM J; 1YIJ A; 4BI4 A; 4ATO A; 1ZA2 B; 4O5V A; 4XU3 A; 1JJ2 P; 1UGS B; 4BE2 A; 4M78 G; 5LJ5 g; 1PD0 A; 3R6N A; 4FT2 A; 5DLQ E; 1Q86 R; 2B8A A; 1VQ7 T; 3OW2 S; 2LCL A; 1R77 A; 3HTR A; 4OMO A; 4ME7 A; 5GAN 5; 4J9G A; 1JRI A; 4BDY A; 1WNL A; 2F69 A; 1WHG A; 4MDX A; 4M75 E; 1EX4 A; 1YHQ Q; 4JJC A; 3CCS Q; 1IHV A; 2AZS A; 4JS5 A; 2C0T A; 1MMN A; 2YRV A; 3PVQ A; 3J7A F; 3E9F A; 5CKE A; 1SF9 A; 3IQL A; 2LVM A; 2RD1 A; 1YCY A; 4KGZ B; 1BKB A; 5FRN A; 1FMK A; 4JLG A; 1WHM A; 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