2EHGA

Crystal structure of hyperthermophilic archaeal rnase hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLRDIGCIILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Type 1 RNase H from a Hyperthermophilic Archaeon with Double-stranded RNA-dependent RNase Activity
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
molecule keywords ribonuclease HI
total genus 49
structure length 149
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ehgA00
4DF8A 4XIUA 1KCFA 1Y97A 2OPRA 3AVLA 5HRRA 1QQCA 4W5OA 4CIGA 4FJLA 4B9VA 4F2SA 4M3XA 1CXQA 1HNVA 1SV5A 5FROA 1JL2A 4Z0UA 2QXFA 4TSXA 3OYCA 1S1UA 1NKBA 4CGHA 4FLZA 3SV4A 2GBZA 1RT4A 3LP0A 3V1QA 4CK2A 3NGIA 3AVIA 3FFIA 1BI4B 3OYNA 3HT3A 2X6NA 3L3UA 4AHVA 4CFAA 4CEZA 3TAFA 1JLGA 4PA1A 2HNZA 1C1CA 4OJRA 4OGEA 4O0JA 3OYDA 3CM5A 4FM0A 3PV8A 1SL2A 3OYGA 2OZSA 1B92A 1ASWA 2G8VA 1SKSA 5CZ2A 5I3UA 2QKKA 1T7PA 2O4IA 2DY4A 3LANA 4IFYA 1QE1A 1VK0A 1WSHA 1C1BA 1VSMA 3AVMA 3VA0A 4W5QA 1IKXA 3ZSRA 1REVA 3AVKA 1GOBA 1TK8A 1RBSA 4FK4A 1HYVA 1WN7A 1S6PA 4FJHA 4DTMA 4LD0A 4FLTA 4DSKA 3LPTA 4PWDA 4KTZA 4E7KA 1KLMA 3KKRA 3D45A 3NDKA 4QAGA 1DTQA 3P5JA 3VQQA 1RT1A 1RT6A 4CEBA 2G8FA 4B9NA 5SZTA 2KTQA 1JLEA 4FVMA 3QEXA 1BISA 4BE0A 3H08A 2VG6A 4LH5A 5HBMA 4RW8A 1FXXA 1TKDA 3BGRA 4M41A 1EX4A 3AV9A 1YVUA 2D0AA 2HNDA 3AVFA 3KJVA 1BHLA 4DTJA 3QEVA 1NK5A 1J54A 4DQRA 3NH1A 3KK1A 3S3OA 3QESA 2YV0X 3AVCA 1C0UA 1HQUA 4OPJA 4DU3A 4FZZA 2KW4A 2YNGA 3CG7A 4EZ6A 1YTUA 3K59A 5C42A 2P5OA 4F3OA 3PO4A 3HL8A 3SPYA 3MECA 3SUQA 2Z1GA 3L8BA 3SYZA 4CGGA 3V9WA 1Q9YA 1TGOA 2PZSA 4H4MA 1TVRA 4BACA 4LY7A 4Z4GA 3OYBA 1WSFA 3V9XA 2HVIA 3QLHA 2D5RA 4HTUA 1DLOA 4E7IA 3P83D 4NYFA 4FZXC 5C24A 3OYFA 3NHGA 2HNYA 1S6QA 4E1MA 3QETA 3LAKA 4DLGA 3DRRA 5HRPA 3QIPA 3DLBA 1RTIA 2BDPA 2G8HA 3KLEA 1LV5A 4KB0A 2VG7A 2HHVA 4CJKA 2ZD1A 4KHYA 4CGFA 3TR8A 3OYJA 3OYKA 4FJ5A 4I9QA 4CJUA 4RW7A 3KKSA 4H4OA 4HCBA 3RRGA 1LWFA 1S9EA 2DTUA 1F21A 4WE1A 4Z4HA 5D3GA 1U47A 3NE6A 3HO1A 3HK2A 2KQ2A 1BQNA 3HPGA 4QOZB 2EX3A 4ELVA 1XHXA 3OYHA 3L3VA 1QTMA 4IDKA 3KTQA 4CJFA 2GUIA 1KVAA 1NJXA 2BE2A 4FXDA 1HRHA 3LDSA 4DQSA 1WLJA 4FLXA 3TAQA 1ZYQA 3VQ9A 4Q5VA 3JYTA 1QSYA 2HHQA 1S9GA 3ALYA 5KRTA 4N41A 1JLQA 3HPHA 2KFZA 2FBXA 3LP3A 1RBUA 3MXJA 4ELTA 1HMVA 4Y1DA 1VSJA 1CLQA 1R0AA 4OKKA 1I3AA 4CGDA 4KB1A 4Y1CA 4ZHRA 3KD1E 4FJMA 1Q9XA 4PQUA 3HXMA 4GMJB 2FC0A 3ZT0A 1IO2A 3U6FA 4OVLA 4W5TA 4RW9A 1XWLA 4GVMA 2HW3A 2KZMA 3ASMA 4LH4A 1SUQA 4BWMA 3NFAA 3C6UA 2OYQA 2OPPA 1NK7A 2DFFA 5JS1A 4R5PA 1N6QA 1C0TA 4O55A 1UAXA 2B4JA 1FKOA 3B6OA 5FDLA 1VSKA 4E89A 3RRHA 1TKXA 1NK6A 2FBYA 4M3RA 5CYMA 3LP2A 1S1VA 4N56A 4E0DA 3RWUA 2KFNA 1NJYA 4CJTA 1WSJA 4EZ9A 2F8TA 1NK8A 3DLGA 3HP9A 1RTDA 4B08A 4DWIA 4PY5A 1T8EA 4BDPA 4ID5A 4Q0BA 3OS1A 3QEWA 3NAEA 1I39A 4RG8A 3K5NA 1TAUA 4HVJA 2E6MA 4K8XA 3HVTA 1KSPA 3AO1A 2YNIA 1CZBA 4NCAA 3LWLA 4C8NA 3NH2A 4PUOA 4CEFA 1HYZA 1NK4A 3I8DA 1VSFA 3LPUA 1O1WA 3T1AA 3D0PA 4DTXA 3PX0A 4EP4A 1IKVA 4DG1A 4IG0A 4CIEA 4HUEA 4CFDA 1U49A 4M42A 1HYSA 2KZZA 3I0SA 2OA8A 4CGIA 5DMRA 1LW0A 3M8QA 4CEQA 3A2FA 4CJSA 3O3FA 3IRXA 3LZJA 4OKEA 2DFEA 4O44A 4J2EA 1RDCA 4IBNA 4AHSA 3NF8A 4CHPA 4ZTJA 3OYEA 4CHZA 3QIOA 3S3MA 4G1QA 4KTWA 4CK3A 2Y1JA 4RW4A 4E19A 3K57A 3DM2A 2X78A 1RCHA 4KTQA 4B3OA 2ITGA 4FJKA 3QINA 1FKPA 2ZQBA 5CZ1A 4CJEA 4EP5A 4CCHA 2PYLA 3AO4A 4FZYA 2IOCA 2RF2A 2WONA 3VQCA 4Z4IA 4FM1A 3DLKA 4DU1A 1XI1A 3OYIA 2D0BA 1IG9A 3U3YA 4KAZA 4N76A 4BE1A 3TI0A 3DLHA 2PY5A 3OY9A 3SUNA 3TAMA 1BL3A 3SJJA 1G15A 3NF7A 4C8KA 4CF1A 4FLWA 3NGZA 5FRMA 1NK9A 3DMJA 4FLUA 1C6VA 1A5WA 4DTPA 1ZBLA 4CHQA 4O4GA 1L3SA 4C8OA 1IH7A 4OLBA 3VQ8A 3SV3A 5J2QA 1SL0A 3OJUA 3V1RA 4JS4A 5EU7A 4DQQA 4NCGA 1VRTA 4M45A 3RTVA 3OS2A 4CERA 4Z4EA 1TKZA 2VWJA 1BQMA 3OVNA 3O3GA 4K8ZA 4FJXA 4BDYA 4KFBA 3L2VA 3QO9A 4KHSA 3KIOA 3QERA 3V81A 3NBPA 3B6PA 3PO5A 1Q8IA 3CFOA 4B8CA 4CIFA 1TAQA 2R7YA 4IKFA 1S1TA 2HHUA 2HB5A 3C6TA 4FJ7A 2AJQA 1IKWA 1UA1A 1GOCA 1QSLA 4DS4A 4DTNA 1FK9A 4DS5A 4CK1A 3ZSYA 3TABA 1N5YA 4DFKA 4DQPA 3HP6A 4RW6A 1K6YA 3NGYA 3KK2A 3ZCMA 3K5MA 4O5BA 5J2PA 4CHNA 4CJQA 1DTTA 1JXBA 3G10A 4KHUA 2HMIA 1KLNA 3IAYA 4DQIA 3CYMA 3DLRA 1WAFA 3VQDA 3NF9A 4KV8A 3TAPA 2LSNA 2YKMA 4M3TA 3VQ6A 3VQBA 4FJ9A 3F73A 1WSGA 2P1JA 1RT7A 3OJSA 4OLAA 3VQ5A 1WAJA 4CESA 4YNQA 3AO2A 3OYMA 1QSSA 4QCLA 1TL1A 3RMBA 3SUOA 2F8SA 1EP4A 4FLYA 1XHZA 4CJPA 4KHQA 3LZIA 1JL1A 1RILA 2O4GA 2XY5A 4NCBA 1B9FA 4DTRA 1XC9A 4J2AA 3SUPA 2Z1JA 3TAGA 5CYQA 5KTQA 2IGIA 2WOMA 4DFPA 3K5OA 1NOYA 3ZSQA 3NH0A 1KFDA 4B9UA 4F4KA 2VG5A 2YNHA 3HPOA 5HRSA 4I7FA 3EY1A 4E7JA 4MQ3A 2RKIA 4ID1A 3L2UA 3DOKA 3IG1A 4CF2A 1D5AA 1T03A 1EETA 4CHYA 1KVBA 4JRQA 3K2PA 3ZSXA 3ZSVA 1VSHA 4J2BA 3HVRA 1VRUA 4C8MA 4CEAA 3KK3A 2A1RA 1J9AA 1U48A 3VA3A 4CECA 4OKJA 3M8SA 1IKYA 4DF4A 4CGJA 2G8WA 3MEGA 3NCIA 3RMCA 4J2DA 3CFPA 1D8YA 4OPKA 3V1OA 3SZ2A 3ZT2A 4AH9A 3T3FA 1HJRA 2XY8A 1TK5A 2HHSA 5KGXA 3O4NA 5C25A 3DLEA 2HHXA 3DRSA 2HHTA 1ASVA 2D0CA 1UWBA 2P5GA 3C95A 3SNNA 1ZBIA 2ZE2A 4IG3A 4BE2A 3K58A 2B6AA 1WSIA 3SI6A 3G0ZA 3PUFA 4KI4A 2G8IA 3MEDA 2Y1IA 4F8RA 3I0RA 3AO5A 1SL1A 1U45A 1HNIA 3V4IA 3SCXA 3LWMA 5K14A 1HQEA 3VQ4A 3VN5A 3OS0A 1RNHA 3MXMA 1B9DA 4KHNA 4FJGA 3MEEA 4E7LA 4DSEA 2E6LA 3C94A 3DOLA 4W5RA 1J53A 3K5LA 4Z4FA 3JSMA 4I9LA 3AA5X 1L3UA 3MAQA 4M3ZA 2Z1IA 3S3NA 1NKCA 4M3YA 3M8PA 1JLCA 1L3VA 1ZBFA 2ETJA 1W0HA 3HSTB 3F9KA 2DFHA 2FBVA 3ITHA 4OGCA 2G8KA 1RTHA 3SQ4A 2RPIA 4FW2A 4H8KA 1NJWA 1KVCA 1TL3A 3VQ7A 4FLVA 3RR7A 3L2WA 1BIZA 3ZT1A 4CJRA 1ZBHA 4JRPA 4I2QA 1WSEA 2BGGA 2Z1HA 1VSEA 4MFBA 2OZMA 4CJ3A 3V9SA 1BCOA 1CXUA 1U4BA 5HLFA 4JLHA 3HM9A 3DYAA 2IC3A 2Q3SA 5HRNA 2IDOA 2JLEA 3T19A 4B8AB 2XY6A 3PY8A 1BIUA 1W9HA 4KKOA 4E1NA 1TK0A 1SKRA 4FJJA 4ELUA 3VQAA 2FBTA 1U04A 3P1GA 2IAJA 3QNOA 1X9WA 1NJZA 3WNEA 1UA0A 4KPYA 4FM2A 4DSJA 2OPQA 4YFUA 4M3WA 2GV9A 1NKEA 4NYNA 1LAWA 3AVNA 3DI6A 4M3UA 4KO0A 4CJ4A 3KLHA 2YKNA 3UIQA 4KHWA 3KLIA 5KGWA 4CF0A 3L2QA 1JLFA 4O0IA 4LSLA 3LP1A 5J2MA 3SQ2A 4CEDA 1WNSA 1CZ9A 4DFMA 3PX6A 4FJNA 4FJ8A 1LAVA 2ATQA 4AHTA 1QS4A 1X1PA 1YTAA 1RBRA 3ZT3A 5SWMA 2W42A 1ITGA 4DU4A 5I42A 1KFSA 4FCYA 2IS3A 1GOAA 1HPZA 2XO7A 4CJ5A 1S1XA 3WNGA 2QK9A 4AHUA 1LW2A 2NUBA 4CHOA 1C0MA 3L2RA 3ZT4A 4CFCA 4GW6A 1A5VA 4W5NA 3AA4A 3QNNA 2XHBA 1L5UA 1D9DA 3TAEA 3CM6A 4UQGA 3BDPA 4FK2A 5E41A 4I2PA 2RN2A 1EKEA 3ZSWA 3TWHA 1MU2A 1RBTA 1VSLA 2YHBA 3TARA 4FJIA 1NK0A 3HYFA 2VWKA 3CQ8A 4DTUA 4FK0A 5J1EA 4ICLA 4LSNA 1RT2A 5KRSA 3EYZA 3AVAA 4B9TA 3AO3A 4CEOA 3OYLA 4DSLA 4KREA 3ZSZA 2E4LA 1JLBA 3AA2A 3LALA 4DFJA 1EXQA 2X6SA 1TKTA 1D9FA 1RTJA 4B9MA 4JS5A 5KI6A 4E7HA 4AILC 4L8RB 4CFBA 4FW1A 4KI6A 2HHWA 1RDAA 1RT5A 1Z25A 2YHAA 4CJWA 1X9MA 1L3TA 3LAMA 2X74A 4CF8A 1KTQA 1RT3A 1SKWA 2PYJA 3VQEA 4AHCA 5T7BA 3SPZA 4DMNA 4IFVA 1QHTA 3SQ0A 3RMDA 1NOZA 3E01A 3CFRA 3MXIA 4B9SA 2OPSA 2XRIA 4HCCA 3OYAA 1ASUA 1C1AA 2EHGA 3KLGA 4E3SA 2QKBA 4F3TA 3NF6A 4FYDA 2YNFA 1BI4A 1VSDA 1UOCA 2P51A 3AVGA 3V6DA 2A1SA 5CY4A 3RR8A 4CE9A 5HROA 3ZSOA 5JS2A 4CF9A 3SQ1A 4KRFA 3DRPA 4CEEA 2F96A 5DK5A 4CJLA 3S9HA 1BGXT 1JLAA 3AA3A 3VQPA 3ULDA 1Z26A 4N5SA 3PX4A 2B5JA 3ISNC 1ZBUA 1LWEA 3TANA 3AVBA 1J5OA 4B9LA 3RMAA 3M8RA 4DSFA 3KD5E 1RDBA 4HHTA 1BCMA 4BWJA 1RBVA 3WNHA 1S1WA 1A5XA 3QEPA 4DSIA 5FRNA 2HVHA 3V9ZA 3U3GA 4ZTFA 1S5JA 1RDDA 3O4QA 3V9UA 1JXEA 1T05A 2XY7A 1KRPA 2I5JA 4HUFA 3AVHA 3QEIA 4F2RA 4Z4CA 1JKHA 4DLEA 4DTOA 3IS9A 4N47A 3WNFA 1X9SA 4CJVA 1TV6A 1YT3A 4BDZA 2JGUA 4HUGA 3HJFA 1LWCA 3O3HA 3KLFA 3THVA 1VSIA 2BANA 4AHRA 3EZ5A 5J2NA 5HP1A 4C8LA 4DTSA 3AVJA 2G8UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCAB 2OPRA 1T6DA 1CXQA 1SV5A 2BH1A 3TPQA 4TSXA 1NKBA 4DV1K 4DR3K 3V1QA 4DR4K 5GAEP 4CK2A 3OYNA 3L3UA 4CEZA 5BR8K 3TAFA 4FM0A 4O0JA 3OYDA 1B92A 1SKSA 5CZ2A 3H1VX 2O4IA 3TTCA 4JKGB 1WSHA 5C2FA 4BROA 3AVKA 2VQEK 2O8BA 2A6AA 1S6PA 4LD0A 3WT0A 2OTJN 4PWDA 3D45A 3ZETA 3VQQA 3NDKA 4NCAA 1RT1A 5JLFA 3O5BA 2KTQA 3MN6A 4LH5A 1DGKN 2RHKA 2WBNA 2E2PA 3BGRA 1EX4A 1YVUA 2HNDA 4FPAA 1J54A 1VQPN 1YXQA 2GX9A 3AVCA 3J8AA 4DU3A 2HSTA 3SMPA 3CQYA 3J80O 4QS8A 3CG7A 1GLJO 4F3OA 4GV9A 3PO4A 3SYZA 3V9WA 1E3MA 1TGOA 4H4MA 2GWJA 3OYBA 4IDHA 2HVIA 4MO5A 4CBXA 3NHGA 1HPMA 3JS6A 3VTHA 3LAKA 4DLGA 5HRPA 3TSQA 1HX1A 4H0PA 3DLBA 1ATRA 3HTVA 3O6WA 4H0OA 2BDPA 2G8HA 3L4QA 1LV5A 2VG7A 4CJKA 4CGFA 3TR8A 3OYJA 4FJ5A 4RW7A 2NNWA 3SAGA 4FWNA 4Z4HA 1XHXA 3VEZA 1DKGD 1T3VA 1ZYQA 3ID8A 3EN9A 4LFAK 3FLCO 4N41A 5FPEA 2P9LB 2KFZA 1RBUA 2DPNA 3THWB 4A59A 4OKKA 2ASMA 4CGDA 4FJMA 1XNQK 1OH8A 4GMJB 3IKMA 1K8KA 4OVLA 3U6FA 4JHDB 4BQLA 4FWOA 3VF2A 1XWLA 1JCFA 4YOUA 4W5TA 1W7AA 2KKZA 3NFAA 3RSEA 1NK7A 2DFFA 4NXNK 3ATUA 2B4JA 4B1XB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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