2EHGA

Crystal structure of hyperthermophilic archaeal rnase hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
b'MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLRDIGCIILT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Type 1 RNase H from a Hyperthermophilic Archaeon with Double-stranded RNA-dependent RNase Activity
rcsb
molecule keywords ribonuclease HI
source organism Sulfolobus tokodaii
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 149
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ehgA00
3L3VA 4CEQA 3IG1A 2JLEA 4MQ3A 4FLZA 1X9MA 3VA0A 1SL1A 1NKCA 1L3TA 4BDZA 4RW4A 4N47A 3T3FA 4G1QA 3D0PA 1HYVA 1RILA 3HK2A 1T05A 4KB0A 4PQUA 1XI1A 4DSFA 1Y97A 1WSJA 3G0ZA 5DMRA 3OYNA 1QSSA 1JL1A 3LAMA 3RRHA 4JS5A 1S1WA 2ETJA 2YKNA 4E7IA 3OJUA 3T19A 4DU3A 3MEDA 4DFMA 4LSNA 4H4OA 1RDBA 4FJ8A 5FRMA 2OPSA 3OYAA 3MECA 3V9SA 2Y1JA 2HMIA 1RT4A 3TANA 1HNIA 2VG7A 5CY4A 2G8FA 3AVNA 3QETA 3QEVA 1WNSA 4CCHA 1S1TA 3A2FA 4CF2A 1RCHA 1BQNA 3S3NA 1I3AA 3P1GA 4O0IA 1D8YA 5KI6A 3EZ5A 3KD1E 4NCBA 3VQ7A 4PUOA 1NK5A 1LAWA 4FLVA 1TGOA 3L2UA 1FXXA 1UOCA 4KRFA 4GVMA 3AVLA 4Z4HA 1DLOA 1JLBA 3M8QA 5CZ2A 3KLFA 3E01A 3KTQA 1HRHA 3OYHA 2FBVA 4DLEA 4FJNA 1JKHA 1HJRA 3WNGA 3SCXA 2KTQA 1B9DA 1UWBA 1RDCA 4DSKA 4CE9A 4O55A 1D9FA 4DLGA 3NAEA 4CF9A 1CXQA 2HB5A 4OVLA 3OYBA 5J2MA 2Y1IA 3G10A 4BE0A 5J1EA 4B9MA 1RTIA 4ELTA 3AV9A 1JLEA 1IH7A 3K5MA 1ZBUA 3HXMA 3V1QA 1ASVA 3FFIA 5FROA 3SUOA 3NGIA 2HVHA 5FRNA 4CJ5A 4HVJA 5E41A 1SKWA 1QTMA 4EZ9A 4B9SA 3OYLA 1HQEA 4CJ4A 2D0BA 1NKBA 3VQ8A 4HTUA 4Q0BA 4DTJA 3PX4A 4DSLA 4OLAA 4ID1A 1JLCA 1IKWA 2E6MA 2YNIA 1KRPA 1L3VA 2RN2A 4CHOA 4W5QA 4FLUA 2LSNA 4FLWA 1L3UA 2FBYA 1U48A 1TK0A 4OKJA 4CHPA 3MEGA 4OPKA 1J5OA 3LP1A 2W42A 3M8PA 4FLYA 2HNDA 5T7BA 1TKZA 3LWLA 2XRIA 3DRPA 4M45A 3OYIA 3RR7A 1BIUA 4K8XA 5JS1A 3L2QA 1VRTA 2GUIA 2G8HA 1NK0A 3VQ5A 2HVIA 4ELVA 1ITGA 4YFUA 4RG8A 1EXQA 4DTUA 3K59A 3SPYA 3L8BA 4J2AA 4CFBA 1BL3A 3HP9A 1DTQA 5HP1A 3AO4A 1U49A 4LH4A 2XY8A 4Z4EA 3F9KA 3BGRA 4IFYA 4RW7A 4FJXA 3OYGA 3KLHA 4FZXC 2HNZA 3B6OA 3DM2A 3DYAA 3WNEA 5C24A 4I7FA 4E89A 4E7KA 3DLRA 4K8ZA 3ZT2A 2A1RA 2F8SA 3TAPA 4DF8A 4RW9A 4CGJA 3V6DA 3NGZA 4FJ7A 3L2VA 1J54A 3QESA 3OYCA 1UA1A 1GOAA 2Z1JA 1UA0A 4QOZB 4CGDA 4CK2A 4CJKA 4FLTA 4B9LA 3QNOA 3T1AA 3ZT3A 3LP2A 1BI4B 4FK2A 1C0UA 3AVCA 3NHGA 1KSPA 2OPRA 2X78A 1JXEA 4E3SA 2RKIA 4KHUA 1BGXT 3HPHA 1JLAA 1Q9XA 3LAKA 3VQ4A 3VQCA 4LD0A 3EYZA 4FJGA 2KFZA 1C1AA 1VSIA 3DRRA 4O0JA 2HNYA 2IDOA 3AVAA 5HRNA 3CFRA 4CJQA 4Q5VA 1C1CA 4BACA 1HQUA 4CJSA 3SYZA 1I39A 1S1VA 4CJLA 4XIUA 3S9HA 4CHNA 4B9NA 1FKPA 2KZMA 1TV6A 4I2PA 3K5OA 3MAQA 4FW1A 1NJWA 2G8UA 4C8OA 1TK8A 4R5PA 3NCIA 2B6AA 3TABA 4DQSA 3PX6A 1C0TA 2F8TA 3QEIA 1RBRA 1TAUA 1W9HA 4FLXA 1QSYA 1TVRA 1SV5A 3I0RA 3O4QA 4DU1A 3ALYA 3OY9A 3QERA 4BDYA 4KFBA 3SI6A 1RBSA 1SL0A 1A5XA 3TAGA 4HUEA 1T8EA 3LWMA 5C25A 5J2NA 1QSLA 2D0AA 4PWDA 3AO2A 3PX0A 4DFPA 3HL8A 5K14A 1CZ9A 4KREA 3TAEA 3DLHA 2AJQA 4CGGA 4H8KA 3NH2A 3OS0A 3KK1A 1SL2A 4N76A 5J2QA 3SQ2A 1KVBA 1YVUA 4BE1A 2QKKA 3NFAA 1VSJA 3NF7A 1R0AA 4DSIA 1Z26A 3CG7A 3KLGA 3TR8A 2VG5A 1VRUA 3ZSZA 2VWKA 4CHQA 1VK0A 4E7HA 4DSEA 5J2PA 4ZTJA 3KKRA 4FM1A 3HJFA 2Z1IA 4Y1CA 4CEOA 4LSLA 1WLJA 3NE6A 4UQGA 1D9DA 3OYEA 3AA3A 3RMDA 2FBXA 4I9QA 1EX4A 3QO9A 3LDSA 3ZSQA 4DTXA 1IG9A 2D0CA 4KI6A 3SPZA 3OVNA 1WSFA 4CEBA 4M3ZA 1BI4A 3P83D 3TAFA 2F96A 3LP3A 3OYFA 1CXUA 4F2SA 2O4GA 1U45A 4CFDA 1BQMA 2KZZA 4TSXA 3ZCMA 2E4LA 2RPIA 3F73A 3S3MA 3MXIA 3HSTB 1FKOA 3OYDA 4FJJA 5HROA 1NOZA 4FJKA 2BE2A 4CK1A 4CIGA 5SZTA 4KKOA 1B9FA 4DMNA 2OA8A 3WNHA 4NCAA 4FVMA 3H08A 3AA5X 2IOCA 3ZT0A 1U04A 4DTMA 1RT1A 3V81A 3QEPA 4CFCA 1ASWA 4CESA 4DF4A 5CYQA 4DS4A 1ZBHA 1RT7A 3QINA 1JLGA 2HHSA 2ATQA 4B9UA 3S3OA 1G15A 2HHQA 3CFOA 1JL2A 3C6TA 3M8SA 2XY6A 1RTJA 4E1MA 3SQ1A 3ZSOA 4O44A 5HRSA 3TAQA 4CGHA 1BIZA 1C6VA 1WSGA 1K6YA 4KHYA 2YNGA 4M42A 1SKRA 3TI0A 4KTQA 2DFFA 1WAFA 2VWJA 2YKMA 4BE2A 1NK7A 1KFSA 2PYLA 1GOBA 2YHBA 4DTNA 1FK9A 4NYFA 3MXMA 5CZ1A 2XHBA 4Z4FA 2QXFA 4IBNA 5HRPA 3AVMA 4B8CA 3PO5A 3HP6A 2P1JA 4HHTA 3CYMA 2EX3A 4IFVA 3OS2A 1QQCA 3V4IA 1LV5A 3K57A 1XC9A 1SUQA 3ZSWA 3RMCA 3RWUA 3SV4A 1IKYA 2X6SA 1RTDA 1QS4A 2I5JA 1JLFA 4F4KA 1LWCA 2GV9A 3AVBA 4WE1A 4FCYA 4OGEA 5KRTA 4FJHA 4B8AB 4KHWA 4M3TA 4CF1A 1BISA 1S6QA 4EP4A 4KHQA 3LZIA 4KV8A 2G8WA 1ZBFA 3SZ2A 4CJRA 1A5WA 4HCBA 2X6NA 5SWMA 3OYKA 1WSEA 1X9SA 3ZSVA 3V9ZA 3BDPA 3IRXA 1RDDA 3HO1A 1UAXA 4AH9A 4CIFA 3LALA 2ITGA 3O4NA 3IS9A 4FK4A 1GOCA 4M3WA 1IKVA 1WN7A 3KK3A 3C95A 3HVTA 1F21A 4OPJA 1NOYA 3KIOA 4FJ5A 3KD5E 2G8VA 4KPYA 3AVGA 3L3UA 3AVHA 1S1XA 4OLBA 4DTPA 1BCMA 4DQRA 3QEWA 4C8NA 1VSEA 4FJIA 3LZJA 4F2RA 1VSDA 2IAJA 4CEDA 1NK8A 3VQ9A 3QIPA 3ZT4A 3U3GA 4CIEA 3TAMA 2OPQA 1N6QA 4YNQA 4M3XA 3MEEA 2VG6A 3DLEA 4E7LA 1YTAA 5KRSA 4CGIA 4ZHRA 4CK3A 5FDLA 1TAQA 1HPZA 4CEAA 3JYTA 5I42A 2Z1HA 4Z4IA 4QCLA 1U47A 2HHXA 3ZSYA 1NKEA 2PYJA 3AVFA 2IGIA 3AO1A 2QKBA 3LPTA 3U6FA 2E6LA 3ASMA 3VQQA 4FZYA 1L3SA 5CYMA 2NUBA 5I3UA 1S1UA 1WAJA 4AHTA 1VSKA 2GBZA 3K5NA 4CJTA 4C8LA 4OKEA 3TARA 4CEZA 3RMAA 2PY5A 4N5SA 2DFEA 3B6PA 4KTWA 4C8MA 3DI6A 4LH5A 4Z4GA 4W5NA 2KQ2A 1QE1A 4CHYA 1X9WA 1B92A 3QEXA 4FZZA 2D5RA 1KLMA 4OKKA 5HLFA 2Q3SA 4E7JA 3THVA 2HHUA 1T7PA 2G8KA 3LANA 4W5RA 3SUPA 4IKFA 3NBPA 4RW6A 3QIOA 2YV0X 3AA2A 4J2EA 5JS2A 4O5BA 4DQQA 1LWFA 2YNFA 3LP0A 3NH1A 1HYSA 4E1NA 3CFPA 2OZSA 3WNFA 4DTSA 4GW6A 1RBVA 1C1BA 3HM9A 3V9WA 1ZBLA 1KVCA 4GMJB 4AHVA 3M8RA 3CQ8A 3SQ4A 1NJZA 1RDAA 3PY8A 1HYZA 4IDKA 2HHVA 4Z0UA 1KFDA 2WONA 4KTZA 2R7YA 4B3OA 3JSMA 4QAGA 3KLEA 5C42A 3SUQA 2A1SA 1S5JA 2P51A 3AVKA 2Z1GA 3U3YA 3V9XA 1KTQA 2B5JA 2FC0A 4CEFA 3HYFA 3KJVA 3RTVA 2RF2A 2KFNA 3OYMA 1RBUA 3HPGA 4MFBA 3SJJA 4IG3A 5KGXA 4W5TA 1NJXA 4FW2A 2X74A 1KCFA 4BDPA 4OGCA 2HHWA 1EKEA 3HVRA 4HUFA 4AHUA 1VSLA 1JXBA 2PZSA 3RRGA 4FM2A 4N41A 4DFKA 3ZSRA 3O3HA 4B9VA 3I0SA 3DOKA 1KVAA 1RTHA 3RR8A 3VQAA 4N56A 1XHXA 2XY5A 1S9GA 1NK6A 3P5JA 1RBTA 3V1RA 4JLHA 4DTOA 4DS5A 4E0DA 1X1PA 1S9EA 4EZ6A 1EETA 3K58A 2G8IA 4CJUA 4DQPA 4CJFA 1TKTA 1J9AA 4PY5A 1WSIA 3KKSA 1VSMA 3NF8A 1BHLA 4JS4A 3VQEA 3TWHA 3DLBA 3KLIA 4L8RB 4AHCA 2ZD1A 4FYDA 1MU2A 4DFJA 3SQ0A 2OPPA 3OJSA 4CJVA 4OJRA 4DSJA 2XO7A 1RT6A 5DK5A 4I2QA 4EP5A 3PV8A 3UIQA 4ICLA 2P5OA 4KB1A 2XY7A 1JLQA 1SKSA 4Z4CA 4M3UA 3ULDA 5EU7A 1TL1A 4AHSA 4FK0A 3NH0A 1EP4A 2B4JA 4CJPA 3I8DA 1U4BA 1WSHA 4AILC 4HCCA 1TKDA 4B9TA 1S6PA 1D5AA 3V1OA 1IKXA 1LAVA 4CGFA 2QK9A 1HMVA 4M41A 4B08A 2IS3A 3VQPA 1RNHA 3ITHA 3C94A 3LPUA 4AHRA 4LY7A 2DY4A 4DWIA 1N5YA 2EHGA 4CFAA 4F3TA 4NCGA 1TK5A 3O3GA 4BWMA 3CM5A 2DTUA 4KHSA 3L2WA 2WOMA 1NJYA 2KW4A 2ZQBA 3C6UA 4CJWA 2IC3A 4H4MA 3SNNA 4KI4A 1NK4A 5KGWA 4CJEA 3V9UA 3K5LA 1T03A 3DMJA 1REVA 3PUFA 1YT3A 4IG0A 4M3RA 4KO0A 4E19A 1RT3A 4CERA 3SUNA 1LW0A 4CF8A 3CM6A 1L5UA 1VSHA 3NGYA 3OS1A 4JRPA 2BDPA 3EY1A 4F3OA 4KHNA 5HRRA 4C8KA 2O4IA 5D3GA 1C0MA 1LW2A 3QLHA 4DG1A 1LWEA 3D45A 4FJLA 4PA1A 3PO4A 1ZBIA 3AVJA 1CZBA 3ZT1A 1Z25A 3MXJA 2YNHA 4DQIA 1J53A 1DTTA 1HNVA 3SV3A 4RW8A 3QNNA 4I9LA 4ID5A 3OYJA 3K2PA 2ZE2A 4CF0A 4CJ3A 3VA3A 4DU4A 3NF6A 4KAZA 4CECA 2P5GA 1ZYQA 2FBTA 4FJMA 3KK2A 4CEEA 4J2DA 3IAYA 5KTQA 4ZTFA 1IO2A 1TL3A 1XHZA 3HT3A 2HHTA 4NYNA 2BANA 1YTUA 4O4GA 1TKXA 2OZMA 1Q8IA 3DLKA 4Y1DA 3HPOA 1RT2A 3ZSXA 4F8RA 5HBMA 1ASUA 1O1WA 1XWLA 3AVIA 4FM0A 1VSFA 1Q9YA 1QHTA 4CHZA 3AA4A 3NDKA 3L2RA 3DLGA 1KLNA 3VQDA 1BCOA 2JGUA 4HUGA 3VN5A 3VQ6A 3DOLA 4M3YA 3NF9A 3O3FA 4JRQA 3ISNC 2OYQA 4ELUA 3DRSA 1W0HA 4DTRA 1RT5A 2HW3A 4BWJA 4W5OA 2BGGA 4FJ9A 4J2BA 2YHAA 2DFHA 1CLQA 1A5VA 3AO5A 3VQBA 3AO3A 1NK9A 4FXDA 3RMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L3VA 1X9MA 1HLUA 1SL1A 5HOOA 1VHXA 1RILA 3CJAA 2O8BB 3G0ZA 3CCJN 3OYNA 2YHYA 4FWNA 3UKRA 1S1WA 2YKNA 4DU3A 3MEDA 4B3SK 2OPSA 3V9SA 2HMIA 4CI6A 1HNIA 2VG7A 2QWMA 1S1TA 3A2FA 5KQ8A 1BQNA 3S3NA 1I3AA 2FXUA 1NK5A 1LAWA 4GVMA 3AVLA 4Z4HA 5F1XA 1DLOA 1Q7YO 3KTQA 2O8CB 1Y64A 3GE1A 2BH1A 1R59O 1UWBA 3LDOA 4R79A 4CZIA 3O80A 4DLGA 1K73O 4BG9A 4C1NK 5J2MA 2CH5A 1XNRK 1N34K 3A5NC 4B9MA 1RTIA 3AV9A 3D6RA 5M1FA 1IH7A 3C6AA 3K5MA 1ZBUA 3V1QA 3ZYYX 2HVHA 3ENBA 5FRNA 1HKGA 4CJ5A 3OYLA 2J4RA 4CJ4A 3R6MA 3VQ8A 3R3LA 1MDUB 2P9SA 1XQSC 4B9QA 3H3OB 1L3VA 4WCEL 4FLWA 1L3UA 2ASOA 4CHPA 3VENA 3MEGA 4EHTA 4GNIA 2GEMA 3P39A 1TKZA 2XRIA 3RR7A 4AF1A 1LOTB 5AFUA 2HVIA 4ELVA 2OTLN 3VF4A 1ESVA 4CFBA 4LH4A 2XY8A 4FJXA 3OYGA 3SI6A 4K8ZA 3DM2A 4I7FA 4O8KA 5EX5A 3BUZB 3I8BA 1X3MA 3ZT2A 2F8SA 4DF8A 3F5TA 2ZGZA 3L2VA 1EWQA 3O1WA 4CD3A 5DM7L 3CXCM 5C10A 1UA0A 4CGDA 4QOZB 3T1AA 3TU5A 3VEWA 4YOUA 2X78A 1JXEA 4E3SA 2RKIA 4KHUA 3HPHA 3LAKA 4FJGA 4LD0A 1U6ZA 3AVAA 3CFRA 4CJQA 1YHQN 4CJSA 4CJLA 4JKBA 1EWRA 4B9NA 3W3DA 1TV6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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