The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGATSYMTCSAYQKVQDSEISFPAGVEVQVLEKQESGWWYVRFGELEGWAPSHYLVLDENEQPDPSGKESGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human KIAA0418
rcsb |
| molecule keywords |
SH3 and PX domain-containing protein 2A
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
5
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UG1 A; 3REA B; 2RPN A; 1ZSG A; 1JEG A; 3M0U A; 2ED1 A; 4K11 A; 3THK A; 1AD5 A; 4J9D A; 3M0Q A; 2HBW A; 2FPF A; 2DNU A; 2RN8 A; 4JJC A; 1KJW A; 2K3B A; 1ZX6 A; 1JXO A; 3UA7 A; 1U3O A; 2EKH A; 3TSW A; 5GJV B; 1GCQ C; 1E6H A; 1ZLM A; 2W0Z A; 2XMF A; 3VRZ A; 1K0S A; 4RTW A; 1QWE A; 2PNI A; 2RF0 A; 1HSQ A; 1GCP A; 2GTJ A; 2KYB A; 1OPL A; 1QLY A; 2DE0 X; 2CSI A; 4J9C A; 1M27 C; 2PZ1 A; 3FJ5 A; 3EG0 A; 1G2B A; 3H0I A; 3M0T A; 4F17 A; 1JXM A; 1H3H A; 1B3Q A; 1ABO A; 2A36 A; 1MUZ A; 1G83 A; 1WYX A; 1PKS A; 1TUD A; 4CC4 B; 1K0X A; 3QWY A; 2YT6 A; 1K4U S; 2O9V A; 2BZX A; 3NGP A; 5FWB A; 1GBR A; 3GBQ A; 2B86 A; 2EW3 A; 4IIO A; 5IXB A; 1T0H A; 1GRI A; 4AG2 C; 2O31 A; 1X43 A; 2V1R A; 2BZY A; 4F16 A; 2M0Y A; 1I0C A; 2KE9 A; 2D1X A; 1RUW A; 5IHI A; 4GBQ A; 2KT8 A; 2HSP A; 1NM7 A; 2DL5 A; 1S1N A; 2KBT A; 3NMZ C; 1ZUY A; 3VS2 A; 2LQN A; 1T0J A; 1QWF A; 2I0N A; 1KFZ A; 1PRL C; 1GCQ A; 1AZG B; 1OEB A; 1M3A A; 1Z9Z A; 3I5R A; 2EGA A; 3VS4 A; 4D8D A; 1WFW A; 5IH2 A; 1WXT A; 1TUC A; 4CC2 A; 1SPK A; 2CT3 A; 2EGC A; 2OJ2 A; 1SHF A; 4HVV A; 4AG1 C; 1T3L A; 1ZBJ A; 2FRW A; 4J9I A; 2VVK A; 1X69 A; 2AKL A; 2KRN A; 1SRL A; 1FYN A; 4F14 A; 1NG2 A; 2L3S A; 1QCF A; 1AWW A; 3SHW A; 3EGU A; 1V1C A; 2F2X A; 2KGT A; 4OMQ A; 2JMA A; 3EG2 A; 1GFD A; 3RBB B; 3VS7 A; 1CKA A; 2SEM A; 2CH4 A; 1WIE A; 4Z89 A; 1RLQ C; 2RMO A; 2JXB A; 1SEM A; 1W1F A; 2HDA A; 2AZS A; 5HCK A; 1KSW A; 4CC3 A; 3PE0 A; 2F2V A; 1PNJ A; 1ARK A; 1AWO A; 3ZL7 C; 2D8H A; 4ZNX A; 1WA7 A; 2ROT A; 1I07 A; 2ENM A; 5FW9 A; 4CC7 A; 2FPE A; 1YP5 A; 2FPD A; 2AKK A; 1LCK A; 3IQL A; 2HEQ A; 1ABQ A; 4LN2 A; 5GJW B; 2FRY A; 2EPD A; 3EHQ A; 1WXU A; 4JPB W; 3SEM A; 2DL7 A; 2V1Q A; 2QDL A; 4M4Z A; 4J9E A; 2DRM A; 4HCK A; 2X3W D; 4OMO A; 3EG3 A; 1HD3 A; 2KEA A; 2BTT A; 2VKN A; 1JQQ A; 2C0I A; 3M0S A; 4E6R A; 2C0T A; 3NHN A; 1GL5 A; 1OPK A; 2ECZ A; 2HCK A; 2DL4 A; 2NUZ A; 1CKB A; 2CH4 W; 2KXD A; 2FG0 A; 5L23 A; 3KFV A; 2EYX A; 1NLP C; 2DYB A; 2VWF A; 4JJB A; 4HVW A; 2GGR A; 3VS0 A; 2YSQ A; 2KRS A; 2L0A A; 3LH5 A; 2P4R A; 2J05 A; 1XOV A; 2K9G A; 2RQW A; 4KRT A; 1HJD A; 3O5Z A; 4HVU A; 1CSK A; 2KXC A; 3EHR A; 2O2O A; 2JM8 A; 4WCI A; 1YNZ A; 1WLP B; 1OOT A; 2L2P A; 1GFC A; 3H0F A; 2FEI A; 1X6G A; 4RTV A; 3H0H A; 1UGV A; 1AWJ A; 1U5S A; 1UFF A; 1PKT A; 2DL8 A; 4Z88 A; 1IO6 A; 1ZUU A; 1JO8 A; 2IIM A; 1TG0 A; 3RNJ A; 2YUQ A; 2CRE A; 3ULR B; 2CUB A; 2O88 A; 4J9G A; 5I22 A; 1WI7 A; 1NEG A; 2MOX A; 1NLO C; 2LJ3 A; 1X2K A; 1VYU A; 1UHF A; 2SRC A; 1T3S A; 4DEX A; 1VYV A; 1UE9 A; 4JZ3 A; 1PWT A; 2RQT A; 1N5Z A; 1M8M A; 1X2Q A; 1K76 A; 5IHK A; 3C0C A; 2LQW A; 1UEC A; 2EYZ A; 2DJQ A; 4AFS C; 3M0R A; 3H41 A; 2DL3 A; 4Z8A A; 2EVR A; 2JT4 A; 2MCN A; 4OML A; 4LUE A; 1Y57 A; 1NEB A; 2AZV A; 2EGE A; 3NPF A; 1W6X A; 1H8K A; 1NYF A; 1MV3 A; 2LJ0 A; 2A28 A; 3PVL A; 1GBQ A; 1W70 A; 5ECA A; 5I11 A; 1B07 A; 2CDT A; 4GLM A; 1J3T A; 3VS3 A; 3I35 A; 2KRM A; 2ROL A; 1MV0 B; 2W10 A; 5EC7 A; 5FWC A; 3UA6 A; 2JW4 A; 2F2W A; 2X3X D; 2GQI A; 1OV3 A; 2O9S A; 1UJY A; 2KT1 A; 2D8J A; 2DBK A; 4OMP A; 2K7A A; 2OI3 A; 1AOJ A; 1FMK A; 2G6F X; 2ED0 A; 2J6F A; 2LNH B; 3I9Q A; 1AZE A; 5IXF A; 2LMJ A; 1AEY A; 2LX7 A; 4R0K A; 4J9B A; 1WX6 A; 3M0P A; 2DVJ A; 2DMO A; 4RTZ A; 1YCS B; 2JMC A; 4RTU A; 4DEY A; 1SHG A; 2K6D A; 3CQT A; 1SSH A; 1Z9Q A; 4J9F A; 1KIK A; 1M3C A; 1UDL A; 1QKX A; 1E7O A; 4LE9 A; 1PHT A; 4JJD A; 2LP5 A; 3R6N A; 1YWP A; 2KYM A; 4ORZ A; 2FO0 A; 2J6O A; 3A98 A; 2DLP A; 1SRM A; 2EYY A; 1PRM C; 1RLP C; 2J7I A; 2JS0 A; 1AVZ C; 2DRK A; 2RQR A; 2ESW A; 2MIO A; 1X6B A; 1YN8 A; 2CUD A; 2C0O A; 2OAW A; 4LNP A; 1RI9 A; 2LJ1 A; 2CT4 A; 1U06 A; 3VS1 A; 1BBZ A; 2L3P A; 3TVT A; 2RNA A; 5IHN A; 1H92 A; 4IIM A; 4OMN A; 4QT7 A; 4OMM A; 2KNB B; 2YUP A; 1A0N B; 1WXB A; 1UUE A; 2ABL A; 2NWM A; 1E6G A; 3JV3 A; 2RQU A; 2L3Q A; 4RTY A; 1UTI A; 2DM1 A; 2EYW A; 2KR3 A; 4Y92 A; 4EIK A; 1I1J A; 2JM9 A; 3QWX X; 2RQV A; 2EQI A; 3I5S A; 3EG1 A; 4AFZ C; 1EFN A; 2DF6 A; 2EBP A; 4X1V A; 2A37 A; 2DA9 A; 2K2M A; 1ZUK A; 1X27 A; 4D8K A; 3PVQ A; 2K79 A; 4RTT A; 2DIL A; 2GBQ A; 1WDX A; 4RTX A; 1YWO A; 2CSQ A; 1VA7 A; 2M51 A; 1BU1 A; 1UJ0 A; 1AWX A; 2DX1 A; 1VYT A; 2JTE A; 4HXJ A; 2GTO A; 4RUG A; 4AFU C; 2AK5 A; 3VS6 A; 3UAT A; 2BZ8 A; 1QKW A; 2KRO A; 2PTK A; 1M30 A; 2J06 A; 2JS2 A; 1K1Z A; 2E5K A; 3VS5 A; 1Y0M A; 3TSZ A; 4ESR A; 2GNC A; 2LZ6 B; 4A63 B; 1BK2 A; 3U23 A; 4FSS A; 1NYG A; 2YDL A; 2D0N A; 2A08 A; 2YUN A; 2YUO A; 1JU5 C; 4AFQ C; 4JZ4 A; 2H8H A; 1K9A A; 3REB B; 4J9H A; 2LCS A; 1M3B A; 3VRY A; 2J6K A; 1BB9 A; 2DBM A; 3UF4 A; 1UHC A; 4LUD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QQA A; 1ZSG A; 1O9S A; 4FSX A; 3M0U A; 1WJR A; 4LDY A; 4ME7 A; 1PD1 A; 4J9D A; 3BDU A; 2HBW A; 2K3B A; 1JXO A; 1BI1 A; 1U3O A; 2GF7 A; 2ZPB B; 4N0A C; 2PUO B; 2CP0 A; 1KD1 R; 2RM4 A; 5CKB A; 2ZPF B; 1K0S A; 4M77 G; 4F7U A; 3I55 Q; 2GTJ A; 3L2V A; 3E2U A; 1OPL A; 5LJ3 d; 2QQR A; 3VJP A; 2KQW A; 4OB0 B; 1N9R A; 2COW A; 1I81 A; 1K9M R; 1M27 C; 3OYK A; 3CME A; 4XU3 A; 1M8V A; 3G71 A; 2RJC A; 3CPF A; 1X75 C; 3H0I A; 4F17 A; 3EFO B; 1B3Q A; 5FRM A; 1ZSZ B; 1WYX A; 4EMK C; 5GAN 4; 4CC4 B; 2QEX T; 5KYX A; 4Y28 E; 4M75 B; 3OYM A; 2BZX A; 3MP1 A; 2DYI A; 3ZFJ A; 4KUL A; 4M78 A; 4IIO A; 1T0H A; 2FZC B; 3RR6 A; 1RAG B; 2E3I A; 1X43 A; 4OGC A; 4F16 A; 4M7A B; 1RUW A; 1LNX A; 2KT8 A; 2HSP A; 1N8R U; 2VYT A; 5CO7 A; 5EG2 A; 3A8L B; 2KBT A; 1G8X A; 2FHD A; 1K73 U; 2DIQ A; 1VIE A; 2DEQ A; 1KFZ A; 2M16 A; 1GCQ A; 1IXD A; 1AZG B; 1KQS A; 3VS4 A; 5IH2 A; 1WXT A; 1TUC A; 1SPK A; 3OYC A; 2EGC A; 3FIF A; 5GAN f; 1KQ1 A; 1UB4 A; 4KH1 B; 4M7D A; 3HTR A; 2X4J A; 2O01 E; 1NG2 A; 1VQ5 A; 1AWW A; 4J8O A; 4XQ3 A; 2CP7 A; 3EGU A; 3LGF A; 4FU6 A; 2KGT A; 3EG2 A; 3RBB B; 1UGS B; 1VQO A; 1WIE A; 4Z89 A; 2RHX A; 3HRT A; 3TCJ A; 1M1F A; 1KSW A; 3PE0 A; 1PNJ A; 1WHK A; 1VQP Q; 3ZL7 C; 2D8H A; 2H3E B; 1YP5 A; 1MHN A; 2QYZ A; 3JCM h; 3QJ6 A; 3CME T; 2QA4 Q; 4XU0 A; 4JPB W; 2DL7 A; 2QDL A; 3JB9 H; 3PMI A; 2Z0W A; 5DY9 A; 2WSE E; 2X3W D; 2NUT A; 4A4F A; 5LJ5 e; 2NYS A; 2RA2 A; 5LJ3 f; 1KK7 A; 4JS4 A; 1VUB A; 2ZPE B; 1VQN A; 1V29 B; 3CPW A; 3CC2 A; 3M0S A; 1W4S A; 2C0T A; 2DTI A; 1BCM A; 1OPK A; 3QYG B; 1Q82 U; 2JJ9 A; 3M53 A; 1BYM A; 1JJ2 S; 2R5M A; 3OYE A; 3C12 A; 3CCS Q; 2KXD A; 2EWN A; 2CP2 A; 1UGP B; 2RHZ A; 3RER A; 3H9N A; 1WHH A; 3OY9 A; 5LJ3 h; 3FJP A; 2YSQ A; 4ELZ C; 3VV0 A; 1HK9 A; 1XOV A; 2EQJ A; 2DTO A; 1HJD A; 4HVU A; 4HT9 A; 3EHR A; 1Q86 U; 2LQ8 A; 1VQ7 A; 3CCJ A; 3M4G A; 2L2P A; 4RTV A; 2GQV A; 2CP6 A; 4FL6 A; 1JO8 A; 1YHQ A; 4HCC A; 1TG0 A; 9ATC B; 3OYN A; 2QAZ A; 5KE3 A; 2O88 A; 4PFO A; 5D6W A; 5KYW A; 2LJ3 A; 3D7S B; 4LD9 K; 3OQ5 A; 1X2K A; 1UE9 A; 4JZ3 A; 1VQO T; 1PWT A; 4JRQ A; 1VOM A; 2GFU A; 1D1A A; 1YI2 A; 4NOY A; 1IZ6 A; 2E70 A; 4DBQ A; 3QDR B; 5GMK j; 3JCM c; 4C92 C; 1G5V A; 3PGG A; 3VU3 C; 2QGG A; 3M54 A; 2EVR A; 3AHU A; 3MEV A; 3V8J A; 3J7A F; 3E9G A; 3NPF A; 1Q81 U; 2CZ1 B; 2BKD N; 2DK3 A; 4BD3 A; 1MV3 A; 1WHM A; 2A28 A; 3PVL A; 1QW1 A; 1VQN T; 3CC2 T; 2W10 A; 1IRE B; 3CCE Q; 1G3S A; 4XTV A; 1YJN Q; 3UA6 A; 2F2W A; 2DET A; 4C8Q F; 2NUP A; 3V7R A; 5FU6 C; 2DBK A; 1RAH B; 2K7A A; 4C8Q G; 1AOJ A; 3OS5 A; 1TSF A; 2VC8 A; 4JUV A; 4M78 C; 1AZE A; 1ZBX A; 2LMJ A; 2XDB A; 4LD6 A; 1B34 B; 2LX7 A; 1VQL A; 2DVJ A; 1VQ7 T; 4HCZ A; 4OP0 A; 3JCM b; 3N5B B; 3CBP A; 2K6D A; 1BI0 A; 3JB9 I; 1Q7Y R; 2F69 A; 2V8I A; 3EGD B; 1K73 R; 4LDV A; 1YHQ T; 1PHT A; 2DXU A; 3EG9 B; 2LP5 A; 4FYV B; 3R6N A; 2KYM A; 4Y91 A; 4MZP A; 3OMG A; 3BE3 A; 2OTJ Q; 1N8R C; 2J7I A; 2JS0 A; 2DRK A; 1YI2 T; 4M7D C; 3PT9 A; 2EQM A; 3G6E Q; 1YN8 A; 1D09 B; 2CUD A; 5CCA A; 2CT4 A; 1QVG P; 1GXI E; 3VS1 A; 3CMA A; 2E41 A; 2L3P A; 3TVT A; 3GIB A; 2DZ9 A; 5IHN A; 2LT4 A; 2D0Q B; 4IIM A; 3X25 B; 4QT7 A; 3L2W A; 1A0N B; 2ABL A; 5FLX E; 5DLO A; 5GAN 2; 1UTI A; 3SFM A; 3OMC A; 3QO3 A; 1H3Z A; 2YRC A; 2EYW A; 2KR3 A; 4B9X A; 2DXB A; 5GAO m; 2JM9 A; 1TS9 A; 3EG1 A; 4AFZ C; 1WJQ A; 1M1G A; 4X1V A; 3M4Y A; 1ZUK A; 2FZK B; 2P0P A; 2BE9 B; 5GMK m; 3DLL A; 2DIL A; 1WDX A; 2E6N A; 2E5Q A; 1YWO A; 2CSQ A; 2EQU A; 1YFN A; 3L1A A; 1RAB B; 3SD4 A; 2QGF B; 1VYT A; 4HXJ A; 2GTO A; 3RKY A; 1NE8 A; 3QSU A; 3UAT A; 3UPU A; 2BZ8 A; 4UC4 A; 1JRI A; 2XKO C; 3HPW A; 1VQL T; 2Y4X A; 4LDU A; 2RI3 A; 4FIB A; 4BDZ A; 1M30 A; 1BI2 A; 2C06 A; 2E5K A; 3VS5 A; 1Y0M A; 5GAO p; 2QDY B; 1BK2 A; 3JCM g; 3PFS A; 3OYB A; 5GAN 6; 2DFU A; 5GAN j; 3MO8 A; 2M1H A; 4IUT A; 1KC8 C; 2YUN A; 2YUO A; 3L2Z A; 1D1C A; 1G3T A; 1Q82 C; 2OTL Q; 4OB3 B; 1ZSZ A; 5C0M A; 2LDM A; 2HBP A; 2X4W A; 1RAF B; 1Q86 R; 4DA4 A; 4M75 A; 3I55 A; 2RPN A; 2WAC A; 1W2B A; 2E1H A; 2ED1 A; 2KSS A; 1BCO A; 4FW2 A; 1IHV A; 3CMA T; 3M0Q A; 4RMO A; 4DBH A; 3CCM Q; 2FPF A; 1NPR A; 2DNU A; 2RN8 A; 4MZT A; 1MGQ A; 2EKH A; 4BI3 A; 3AT1 B; 5GJV B; 2JUF A; 2W0Z A; 3VRZ A; 1VQ6 Q; 3CXC S; 5CQX A; 4RTW A; 3ZEH A; 2HZY A; 2PNI A; 3CCL Q; 3INZ A; 2WSF E; 2FL7 A; 5LJ3 j; 4FW1 A; 2LQK A; 4J9C A; 1D3B B; 2L5Q A; 3EG0 A; 3OBW A; 3M0T A; 1JXM A; 2ZZD A; 1LOJ A; 1MMA A; 4BE0 A; 3WVD B; 4TVR A; 3SWN B; 3ER0 A; 2YT6 A; 2AHJ B; 2QTV A; 5A0D A; 3NGP A; 5FWB A; 3CPW P; 1D1B A; 3GBQ A; 1Q81 C; 1GRI A; 2O4X A; 3OS1 A; 4AG2 C; 4C92 D; 2V1R A; 2KE9 A; 4E7L A; 5IHI A; 5CKE A; 3TEE A; 4NL2 A; 1QWF A; 2I0N A; 3MPU B; 1AHJ B; 1B7T A; 5CIU A; 2QEX A; 1OEB A; 4OMF B; 3JB9 J; 1M3A A; 3I55 T; 1Y71 A; 1SHF A; 2XDD A; 3X28 B; 1VQP A; 4HVV A; 3M56 A; 2F1L A; 2FRW A; 4B9W A; 1M90 R; 1FYN A; 1MMG A; 3UDC A; 1YCY A; 1ZQ1 A; 5A0L A; 4M7A F; 4M78 D; 3CCR Q; 5I2S A; 2HL3 A; 2X9H A; 4II1 A; 1V1C A; 2CS7 A; 2EAY A; 2F2X A; 4OMQ A; 2JMA A; 1PD0 A; 4O5V A; 4M7A G; 1GFD A; 3VS7 A; 5HK0 A; 2SEM A; 3G4S Q; 2RMO A; 3JCM d; 2LNV A; 4BB7 A; 5AYF A; 5GMK e; 1W1F A; 5HCK A; 3JRZ A; 5CKF A; 4CC3 A; 1ARK A; 1C6V X; 3OW2 A; 3DB3 A; 2ROT A; 5FW9 A; 4BY6 B; 1EIF A; 3VYG A; 8ATC B; 2EFI A; 2FPD A; 2AKK A; 1LCK A; 2HEQ A; 2AIR B; 5GJW B; 1K8A U; 4KBM B; 3EHQ A; 3CCS A; 3SEM A; 1QVG A; 4M4Z A; 4QVC A; 4J9E A; 3QHS A; 1SG5 A; 2GCX A; 2MF2 A; 4OMO A; 2RK2 A; 2Y90 A; 3EG3 A; 1HD3 A; 2RI2 A; 3HP9 A; 2FVU A; 3TRE A; 3E1S A; 4IKF A; 4M7D D; 2BTT A; 1MNE A; 2VV5 A; 3SDZ A; 2VKN A; 3EGX B; 1JQQ A; 3C4S A; 2E65 A; 4E6R A; 2ECZ A; 2DL4 A; 1OU9 A; 4CI0 C; 5GAN 7; 3CD6 A; 1RI0 A; 3L2R A; 2FG0 A; 3QXE B; 3KFV A; 4GLK A; 3BW1 A; 3JSC A; 3EFR A; 1TH7 A; 3OYF A; 2JTM A; 3OBY A; 4HVW A; 2GGR A; 4JRK A; 3VS0 A; 3CCV A; 2QK0 A; 1R8O B; 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