The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
145
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structure length |
145
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Chain Sequence |
GVKMVEIGYKDVVFRKAVAKGRIKLKPETVKLIKEGKIEKGNVLATAQIAGILAVKRTPELIPLCHPIPITGVDITFDFGEDYIEVTCEVRAYYKTGVEMEALTGVTVALLAIWDMVKAVEKDEKGQYPYTRIENVHVVEKVKTH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of PH1811 protein from Pyrococcus horikoshii
rcsb |
| molecule tags |
Biosynthetic protein
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| source organism |
Pyrococcus horikoshii
|
| molecule keywords |
Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
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| total genus |
41
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| structure length |
145
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| sequence length |
145
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
4.6.1.17: Cyclic pyranopterin monophosphate synthase. |
| pdb deposition date | 2007-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01967 | MoaC | MoaC family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1EKS A; 2IDE A; 2IIH A; 1EKR A; 2EEY A; 2EKN A; 2OHD A; 4FDF A; 3JQJ A; 4PYD A; 3JQM A; 4PYA A; 3JQK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XWX A; 4K5S A; 2V9W A; 1NK5 A; 1ZAV A; 4C3M A; 1S1V B; 5H9F J; 3FBE A; 5KFL A; 1KOO A; 1HWK A; 2ZOG A; 4ZIW A; 1XMQ F; 4FDF A; 2PII A; 4TXS A; 4DV3 J; 1H7W A; 2BZ2 A; 2VFT A; 4M5M A; 2OD6 A; 1IKX B; 1X31 C; 1TAU A; 4K8R A; 4I69 A; 1LXN A; 2IDL A; 4UT4 A; 3AFG A; 1SJF A; 1RWM B; 2RB7 A; 3CCT A; 1X9S A; 4TNO A; 2QG9 B; 1NK6 A; 1NHK L; 3GYX B; 5K5M A; 2CAJ A; 2BA9 A; 1IM6 A; 3ILI A; 4NEZ A; 2QLX A; 1NK8 A; 1RDR A; 1CC8 A; 4K7Q A; 1X4G A; 2MLX A; 6FDR A; 5THW A; 3QGI A; 1JQG A; 3W5Y A; 4C3L A; 2XZT B; 4UOC A; 1JLG A; 1P6T A; 3Q83 A; 2E9Z A; 2VIC A; 1JLQ B; 3C14 B; 3GFY A; 5DG7 A; 5D0G A; 1NXI A; 1Q5Y A; 1C4C A; 4Q2M A; 4QCL A; 2BUN A; 3CW2 C; 4I6W A; 2FJB B; 4P2S A; 3FQK A; 2A10 A; 4ZPC A; 2P9C A; 5KTQ A; 4TLQ A; 4JI2 J; 2ILY A; 4YHH J; 2IA6 A; 3M30 B; 4C9D A; 3K5P A; 4ZVS B; 2RSQ A; 5F8J A; 1FDA A; 2KRR A; 1KTQ A; 3UVJ B; 2C2E A; 1YK9 A; 4ECY A; 2FLP A; 3THT A; 4ZP7 A; 1E6V B; 4ES1 A; 3MEC B; 2BAC A; 4G1P A; 4CLF A; 1HNX F; 1RSC A; 4JI8 F; 2JDJ A; 3QRP A; 3FDS A; 3PZP A; 3E51 A; 1XNQ J; 5K8N A; 4EYI B; 4K4X A; 2W2O P; 2YKQ A; 1T05 A; 5I4M A; 1VDH A; 2BXJ A; 2CDR B; 1TKT B; 2VZ9 A; 3THP A; 2VOD A; 1S48 A; 1GMV A; 3BJY A; 5HN0 A; 5HMW A; 3BBC A; 1T11 A; 1Y9O A; 1NDK A; 3CCL S; 3S8S A; 2NXU A; 5HP1 B; 2H5I B; 4TU9 A; 1B7F A; 2YNG B; 4X66 J; 2YKM B; 2QA2 A; 3HKZ D; 2ZEJ A; 5C24 A; 1G4C A; 1T9T A; 4LT6 A; 3AJ2 A; 4KGV B; 1X0P A; 2CQ0 A; 1KVJ A; 1NK0 A; 3CCW A; 3FMW A; 1D09 B; 4OZ3 A; 4LSL B; 1BUX A; 3CJ0 A; 3SSQ A; 3N6M A; 3GFZ A; 3W62 A; 3NS6 A; 4YB5 A; 1IBL J; 2FZG B; 4K4W A; 3W63 A; 2N82 B; 2V6A A; 1IKX A; 3LP1 B; 2VQE J; 2DGO A; 4LIR A; 1VS3 A; 2DD8 S; 4JI1 J; 1WC6 A; 3CCR S; 5HQ8 A; 3OVS A; 4ZCI A; 3CJ5 A; 3UNG C; 4DPW A; 1ZA2 B; 2QJ3 A; 2QYC A; 3KFW X; 3X3U A; 3RAX A; 1I6J A; 5F8I A; 3TAM B; 5AE1 A; 4B17 A; 2FVQ A; 3HSZ A; 2R2R A; 3MAH A; 5IT9 Y; 4TKT A; 3K5M A; 4X2B A; 4FXV A; 2PMZ D; 2VU5 A; 4ID8 A; 1DQA A; 2W2N P; 3ITH B; 3KYL A; 2CJK A; 1XBW A; 2WZ1 A; 1IR1 A; 4ED6 A; 2E44 A; 1K0T A; 4NZ7 A; 1JLQ A; 5CYJ A; 3C14 A; 2UUC F; 4TYA A; 2XZW A; 4YN3 B; 3FZ2 A; 3GSD A; 4IFY A; 1VYA A; 3TAN A; 1IKY B; 3POT B; 2D3Z A; 5CYM B; 1Q8I A; 3SCI E; 1LV5 A; 5DGA A; 2IA0 A; 2GIQ A; 8ATC B; 2E29 A; 3NG8 A; 2PA8 D; 2ADC A; 2OAU A; 3R8Y A; 4JB8 B; 5I3Q A; 2Z2M A; 2V67 A; 1NM2 A; 4B9T A; 3CJR A; 4KHM A; 2G2O A; 2PMW A; 3MEC A; 4YP3 A; 3M8R A; 2VPY B; 1RWX B; 2KG0 A; 1YRX A; 5LSL A; 2J0W A; 3JXO A; 2MQ8 A; 1RT4 B; 5A2Q Y; 3TI0 A; 2PA3 A; 5HRO B; 1RT2 B; 5A2Q U; 1N33 J; 2W4D A; 3CO9 A; 3GQC A; 1FA0 A; 2P2C B; 3MWB A; 4CM2 A; 4M5G A; 3OFG A; 4CO3 A; 3BKF A; 3MDF A; 3GYG A; 5HJX A; 4KT0 C; 3BO2 A; 4HH0 A; 3KNA A; 2M4M A; 5E3A A; 1Y7P A; 3SZ2 A; 1GH8 A; 1K47 A; 4U7U K; 1RYR A; 5HP1 A; 3KLE B; 4ELV A; 5JXS A; 3HVA A; 2YNG A; 3N5B A; 4Q45 A; 4C8N A; 1JX4 A; 2YKM A; 1N34 F; 3VZH A; 5GAD I; 2N7Y A; 5A6P A; 1FRX A; 4UUX A; 2ZBC A; 5I42 A; 1ELO A; 2BBE A; 3H5U A; 2ZKU A; 1T03 B; 3QBC A; 3B54 A; 4LSL A; 4GKK F; 2J0Q D; 4NLD A; 3NMR A; 4ED5 A; 4U96 A; 5L39 A; 1FHT A; 2GQ2 A; 5CH7 B; 4F67 A; 3UN3 A; 1CJT A; 1APS A; 1YZ7 A; 3W5X A; 4PG7 A; 2R7W A; 1TP7 A; 4YB1 P; 3LP1 A; 3C2P A; 2YNF B; 1S79 A; 3RRK A; 1YIT S; 1FEE A; 2LXF A; 1VHF A; 3H4B A; 5F3T A; 3ZTP A; 2B4U A; 3MOZ A; 4ZLN A; 2GNK A; 4NMX A; 3TAM A; 1HNW F; 3K8W A; 5BYR A; 4PKD B; 1NSA A; 1NZ8 A; 4DX5 A; 1EET B; 2HHT A; 2QSF A; 4ZJL A; 2W8K A; 4DFM A; 3WZ0 A; 1P1L A; 2LFV A; 1HNZ F; 2G2Y A; 1S1U B; 4HTI A; 2V8V A; 2ASD A; 4YB6 A; 2HVD A; 1PG5 B; 4GC6 A; 3TAP A; 2F63 A; 2UVR A; 2ILZ A; 3PFE A; 3Q8R B; 5J1N A; 2W2M P; 4CLL A; 1VC5 A; 4M5D B; 3POT A; 2G13 A; 2EK1 A; 4OI4 A; 4DL3 A; 1S1T B; 5CYM A; 1S49 A; 1S6P B; 4ZJO A; 3NNH A; 3NEK A; 4O3R A; 4RR5 A; 5KFU A; 1U2F A; 2K06 A; 2R3V A; 2V2Q A; 2OML A; 5IFM A; 4J9Q A; 3CD0 A; 1XN9 A; 2VON A; 5GVQ A; 3KLF A; 3OHB A; 3CNQ P; 4MK7 A; 1VC0 A; 2B8P A; 1NKB A; 4RBU A; 3QAE A; 4HHJ A; 3P4U B; 2P9E A; 2RJZ A; 2BJE A; 5A6W A; 2MST A; 3OL8 A; 1RHM B; 1REV B; 2NCK L; 1DTT B; 3EIC A; 3UO0 A; 3RBX A; 1ZYQ A; 4CH7 A; 3SCK E; 2EFN A; 3IM8 A; 3L7P A; 5L46 A; 3IBC B; 3C16 B; 4ZPA A; 5HRO A; 1RT2 A; 2RRA A; 5J2N B; 2LMI A; 3JSY A; 1RTZ A; 4AL7 A; 2KYX A; 2DHA A; 2C1E B; 2VG6 B; 2ZWO A; 3CJK B; 2HVZ A; 3NKY A; 1M5H A; 4ZP8 A; 4ELU A; 1NUE A; 2GVD B; 3QIP B; 3VAL A; 1YBU A; 2E7V A; 2R8J A; 2GS8 A; 3J81 j; 2GGP B; 3FSI A; 2J7W A; 3FRY A; 5K14 A; 2HHH F; 2GO9 A; 1GK8 A; 4ZCM A; 3BM7 A; 2NSC A; 4JI8 J; 3ZZU A; 1RAO A; 2CJB A; 3SMZ A; 1FKP A; 2DVI A; 1RK8 A; 3PJW A; 4IFV B; 4DPU A; 4NML A; 4LFC J; 5DDO C; 3ZTR A; 4C0O C; 4RW4 B; 3SCL E; 4DPO A; 5IZH A; 1S6U A; 1VQ5 S; 2WAQ D; 3M8Q A; 3QJP A; 1M5K C; 2J0S D; 1GEH A; 2Y8Y A; 3I56 S; 1Q5V A; 4YR2 A; 1UWB B; 3N6L A; 2IAJ A; 2Q43 A; 2LU1 A; 4CLZ A; 4QYZ K; 3BQ2 A; 1EX8 A; 3D0G E; 3IS9 B; 3W2W B; 4HI2 A; 3HHL C; 3BBF A; 2YNF A; 4MH8 A; 4LRF A; 3OLA A; 3OSP A; 3EZU A; 1NLK L; 3PG9 A; 3VR1 A; 1VQN S; 3OJU A; 2GHV C; 2E9R X; 4YQW A; 3IRW P; 1K8A T; 2XM3 A; 3UD4 P; 1EET A; 1U6F A; 3GZ7 A; 1VC6 A; 2CVI A; 3B6B A; 4WP8 A; 3LPY A; 5KFY A; 2J9E A; 4WJB A; 3M2R B; 3P5T L; 1LW2 B; 4KGM A; 1SC3 B; 1FRJ A; 1Q78 A; 4DSJ A; 1B4S A; 1HI0 P; 1NPP A; 4NLV A; 4HL9 A; 2RH3 A; 3QAU A; 3FGV A; 3HMJ G; 2H9Z A; 1GMW A; 3R97 A; 4RNN A; 1WF1 A; 3H0P A; 4M5D A; 2RU3 A; 3AQO A; 2UU9 J; 1S1T A; 4JI6 F; 1HBO B; 3MEK A; 4F02 A; 1ULR A; 3T9N A; 1U8W A; 1U48 A; 5D78 A; 1HPZ A; 2UVV A; 3DFE A; 4RW7 B; 2EXU A; 1FJC A; 2RHQ B; 4WZM A; 3IR7 B; 5FJ4 A; 3K5L A; 2R7Q A; 1F1B B; 2NUH A; 4BC7 A; 2DR7 A; 4LSN B; 1RWN B; 2ALZ A; 4RWW A; 5HK4 A; 5LSO A; 4LFB J; 3UCG A; 4WFB Q; 2B4P A; 1WI8 A; 4OLP A; 2IM3 A; 3M8Y A; 2YX4 A; 2APO A; 6FD1 A; 2NSB A; 2VIH A; 5J2N A; 2MMY A; 4NLP A; 3EXC X; 4DXL A; 4BC9 A; 2MKI A; 4RUB A; 3CJK A; 4E8U A; 4OYZ A; 2ZJR Q; 1LWE B; 3MM7 B; 4O4R A; 2KXN B; 3GLJ A; 1U1R A; 3QIP A; 4USK A; 3DLB A; 1D9F A; 2NLW A; 2Z58 B; 2RIJ A; 4TQS A; 2EPI A; 3A1Y G; 1HD0 A; 3SSS A; 1F5A A; 1S6Q A; 3VGS A; 4NLW A; 4CQ1 A; 4RW4 A; 4DPX A; 2XQC A; 1QUP A; 5H9E J; 4LF4 F; 2CJY B; 1VGY A; 5HQL A; 3D6H B; 4X4U A; 1UWB A; 3K8V A; 2LVW A; 2JVR A; 3G8Q A; 3I0R B; 3IS9 A; 2LDI A; 3DU6 A; 2Z8Q A; 4F36 A; 4A8X A; 6AT1 B; 4L3N A; 2DNK A; 3RB0 A; 4ZVF A; 4IYQ A; 1SI9 A; 2JC0 A; 2DK2 A; 3K89 A; 5KFQ A; 2HHQ A; 5E7O B; 1N34 J; 3KLI B; 5ETV A; 2F8H A; 1R8C A; 4GKK J; 1C1B A; 3FBF A; 2VH7 A; 1VIS A; 1HMV B; 1FER A; 4L73 A; 2OJ3 A; 5GAD U; 4KHR A; 2XMT A; 1LW2 A; 4K0K F; 2N7C A; 2CPY A; 2N4D A; 4DR1 J; 1FRK A; 2OPR B; 4DX8 H; 1FI4 A; 3V4I B; 4DSK A; 1FVQ A; 4DF8 A; 5FDL B; 3DCA A; 3FEX B; 4PG5 A; 1BQM B; 1Y0H A; 4MKB A; 2K3I A; 1HBO A; 1WEZ A; 3WC2 A; 5KG6 A; 1V5I B; 3IMQ J; 4Y2I A; 4RW7 A; 3DXB A; 4F3M A; 2DHX A; 2M52 A; 4MFB A; 1RAJ A; 1KS2 A; 1LOU A; 5IWA J; 3QRQ A; 1HNZ J; 2W2Q P; 3AOB A; 2RDI A; 1IJF B; 4OX6 A; 4QOT A; 2WSF C; 1BQN B; 2LQ8 A; 3D1H A; 2WOM B; 3QAT A; 5K20 B; 1VBX A; 4M1K A; 1F6T A; 4CDI A; 2YH0 A; 5ITH A; 4J9V A; 2BM1 A; 2ZZT A; 3HJF A; 2O3D A; 4UTG A; 3ZXW A; 2CAD A; 4ELT A; 4Y2K A; 4ZOS A; 1LWE A; 2OH2 A; 4JV5 F; 1KTV A; 3GFX A; 1HLW A; 3NS7 B; 1SH3 A; 1JK9 B; 2GMH A; 2NPF A; 4CT9 A; 4PQA A; 5KFD A; 1BXN A; 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3CC2 S; 1UFK A; 2RQM A; 2JC1 A; 2DR8 A; 1U1N A; 1ZM4 A; 3VGU A; 2OEJ A; 4K4T A; 1V3R A; 4CNZ A; 1AA1 B; 4DSE A; 1BQN A; 2OTL S; 2Z0G A; 2WOM A; 4DQI A; 4UUW A; 2X3D A; 3RB3 A; 2D3O 1; 4LF8 J; 4JI6 J; 4KV8 A; 4GKJ F; 2N4C A; 1FE0 A; 2G9O A; 4HAC A; 2HBY B; 4FP9 A; 3NMA A; 4YOE A; 4RNM A; 2YQ1 A; 2CQB A; 2CQC A; 2WB4 A; 2B7B B; 3CDU A; 1UPP A; 4GMK A; 3UDE A; 2O5D A; 2DH8 A; 1S10 A; 2VJV A; 4IQX A; 1SQG A; 3DI6 A; 2KN4 A; 5LL6 d; 3DDK A; 2O66 A; 3PW5 A; 2Y1L B; 2GCF A; 2C2M B; 4DV6 J; 1S0M A; 1F0X A; 1OYD A; 4DV7 F; 5A76 A; 4IH6 A; 4B08 A; 2FHJ D; 4K4S A; 1IM4 A; 1RA6 A; 4R0E A; 1JLA B; 4ZN1 A; 1KKH A; 5EDW A; 3R7N B; 3R6L B; 5KT4 A; 3G96 A; 2LLZ A; 2XNR A; 1NDC A; 3KLG A; 1NKC A; 2LDY A; 5ETR A; 2DIV A; 3RYL A; 3EPG A; 2DYA A; 2BYC A; 2AZ1 A; 2Y9H A; 5GAH I; 5LT5 A; 3LW5 C; 1G7C B; 1HKA A; 1TV6 B; 4A8F A; 3CXC R; 1WC3 A; 2HZA A; 3LPE A; 1W2I A; 3AOA A; 1K1S A; 4EZ6 A; 4LF4 J; 1TL5 A; 4Y00 A; 1FJG F; 4FZV A; 1F5C A; 1BHN A; 4KIA A; 2VQF J; 5D4O A; 2EBG A; 1PC4 A; 1UL3 A; 3HFK A; 2ADB A; 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